NA ----> NA
Intron 1 GTAACTCTCA ... TTTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.13 | 7 | 4 | 5 |
| A2 | 36.59 | 13 | 6 | 9 |
| A3 | 13.04 | 10 | 1 | 2 |
| A4 | 33.33 | 4 | 0 | 4 |
| A5 | 37.5 | 5 | 3 | 3 |
| A6 | 17.65 | 49 | 14 | 7 |
| A7 | 20 | 38 | 12 | 7 |
| A8 | 23.26 | 33 | 8 | 12 |
| A9 | 13.85 | 28 | 5 | 4 |
| A10 | 20.83 | 19 | 5 | 5 |
>TRINITY_DN121652_c4_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATCAATCCTGGTGGGTTGGTAACTTCATCAGAATTAGTGATGGGTTCCATGGAGCATCCTTTATCAAGGTTGGAGATATTTGGATCCATGAGAGCAGATGGAGAGAGTTATAAATCCATCACAGAAAGCCAGAATGTTGATGTAATGGGCGGTTCCGGTGGTGGTTCTGGTGGAAGCCTTCTTTTCTTCTTACAATCACT
TACATTGGGTAACAATTCATTGCTTTCTAGTTCGGGGGGACATGGTGGTCAGCCTGGTGGTGGAGGCGGAGGTGGTGGAAGAGTTCATTTTGATTGGTTTAACATAGCTACAGGAGATGAGTATGTTCCGATGGCTGCAGTTAATGGAACAATATTGACAAGGGGAGGAACTGGAAGTGACGATGGTCACGGTGGGAAGG
ATGGTACTCTGACAGGGAAGGAATGCCCTAAAGGGCTTTTTGGAGTTTTCTGTGAGGAATGTCCTATTGGTACTTACAAGGATGTAAATGGATCTAATGAGGCATTGTGCATTCCTTGCCCACCTGAGCAACTTCCTCATCGTGCAGCTTATACATTTGTCCGGGGTGGTGTAACTGAACCTTCCTGTCCATATGAATGT
ATCTCTGACAAGTATCACATGCCACATTGTTATACACCACTTGAAGACTTAATATACACATTAGGTGGTCCATGGCTTTTTGGTCTTTTGCTTTCTGGCCTTTTGGTGCTTCTGGCGCTTGTCTTGAGTGTTGCACGTATGAAGTTTATTGGAACAGATGAATTTTCTGGCCCTACACCAACGCCACATGAATCGCAAAT
TGATCATTCCTTTCCTTTCCTTGAGTCTCTGAATGAGGTTCTGGAAACCAACAGAACGGAGGAATCTCAGAGTCATGTTCACAGGATGTATTTTATGGGTTCCAATACTTTCAATCAACCATGGCACTTGCCTCCCTCACCACCAGATGAAATTACTGAGCTTGTGTATGCAGATGCTTTTGACAAATTTGTTGACGAGA
TTAACTCTTTGGCTGCTTATCAGTGGTGGGAAGGGTCTGTGTATAGAATCCTTTCATTATTTGCATATCCATTTGCTTGGTCATGGCAACAATGGTGTCGCAAAAAGAAATTCCAGCAACTTCGTGAGTTTGTACGATCTGAATATGACCATGCATGCCTCCGGTCATGCCGGTCACGAGCTCTTTATGAAGGCCTTAAG
GTGGCTGCTACACCTGATTTGATGGTTGCATATGTTGATTTTTTCTTGGGTGGGGACGAGAAGCGGCCTGATCTGCCTCCACGCCTGCAGCAAAGATTCCCCATGTGTATCATCTTTGGAGGGGCTGGAAGCTATATGGCTCCTTACACTCTTCACAGTGATAACCTTCTGACCAGCCTTATGGGGCAGGCTGTGCCTGC
AACCATATGGTATCGACTTGTTGCTGGTTTGAATGCTCAACTGCGTACAGTACGACAAGGTCGTCTTCATAGTACACTAATGCCTGTCATAACTTGGCTTGGCACCCATGCAAATTATGGGGTCAGTTTACAAGGCGTGCAGGTTGACCTTGCCTGGTTTCACCCCTCAGCTTCTGGTTACTACCAGCTAGGCCTTGTGG
TAAATTCAGTTGAAGTGGCCCATGACACGCTTGTATCAGAATTTTCAAATACGATAAGCATTGAACAATTGAGGACAAATGATGTTTGTAGCTACCGTCAGTATGTTCCATCTTTAGGGAATTCACAATACAACTATCTTAGCTCAACGGATAGAAGGATAAATGGAGCAATAATCAATTCATTTAATCTGCATTGTCTG
AAGAATCAGAAGGATGTTTTATTTCCTTTATCATTTGTTTTGCGTAATACACGACCAGTCGGCCATCAAGACCTTGTTGGTCTCATCATCTCAATTTTGCTTTTAGCAGATTTTAGCTTAATGCTTTTAACTTTGCTGCAATTCTACTCAATATCGTTGGGGGCTTTTCTTGTGGTCCTTCTTATTCTTCCTCTTGCATT
GTTATCTCCATTGCCTGCTGGTATAAGTGCTTTATTCAGTCATGGGCCTCGAAGATCAGCAGGACTTGCTCGGGTCTACGCATTGTGGAATGTCACATCAGTTGTTAATGTTGTGGTGGCTTTGATCTATGGATCTATCCATTACAAGATTCAATGTACTTCCAACAAAGGAGCAAAGAATTTTCATGCTTGGAACTTTA
GCACGGAGGAGAGTGGATGGTGGCTTTTTCCCACAACACTTCTTTTATGCAAATGTGTACAAGTTCCCATGGTGGATTGGCATATTGCCAATTTAGAGATACAAGATCGCACTTTATACAGCAAAGACCCAGCAAAATTTTGGGAGTCATGAATTTCATCCATATTAGATAAATCTGAAGCCTGCTACTTTGAGATATAG
TCACGGTGTCCTGATGCTGTCAAAGTTGAAGAAGGGGCATATGCTTTCCATCAGGATGTGGCATCAATCAGATGGTTGATTTTCCTTCTGTAGACTCGGATATTGCCTTGTTTTTTAGCTAGCATGCTTCTCCAGTGGGATTATCCTCCGAGTTTACAAGAAGGAAAATGTTCTGAAGTGATATCAAATGTAGCGAGGCA
TGATCTTTTTCCACCTCATAATTCAGCTAAATGTGCCTTAACTGTATCCTGGAAAAAATTATGCTTATAGTGTATAGTAGTGGTCTATTATTAAAATTTTGATATTTGAATTACTCAAAAATGTATCCCCTCAAGTATTTAGGGTAGTTAGTGTGCAGGTGTTTTGCTTTTAATACGAACTGCTGTGTAACATAGAAATG
CTCTGCATTTTGTGCTTTTTGCACGTCCAAGTGCATGACCAGGCAGTTTTTTCTTACGGCCTGGAATTCTTTATTATCTTTTGAGATGACTGTATGCTCGTACACTGTACAATAAAGTTTAACATGATATGATGTCTATGCAGAATTGTAATTGCAGGTCTAACCAACGAAGGGATGTACCTTGGTCCAGTGTGTTTCAA
GGGAGCTTTTATGAATTGAAAAGCTTCATATTTATAAAGACAATTTACCAATATAATAAAAGGGAGATTTATATGCATCTTCTGTGTGGGATGGCATCTCCTTGTTACTGTTGAGTGCTGCTTGAGAAA
>TRINITY_DN121652_c4_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGGTGGTCATGGAGGGAAGGGTGGTCCTGGATTTTTCAATTCTCATTTGAGTGAAGGTGGGGAAGAATATGGAAATGCAGATCTTCCTTGTGAGTTGGGAAGTGGGGGTGGCAATTCAACTTCAGAAGGGACTACTGCTGGTGGTGGGGTAATAGTGATGGGTTCCATGGAGCATCCTTTATCAAGGTTGGAGATATTT
GGATCCATGAGAGCAGATGGAGAGAGTTATAAATCCATCACAGAAAGCCAGAATGTTGATGTAATGGGCGGTTCCGGTGGTGGTTCTGGTGGAAGCCTTCTTTTCTTCTTACAATCACTTACATTGGGTAACAATTCATTGCTTTCTAGTTCGGGGGGACATGGTGGTCAGCCTGGTGGTGGAGGCGGAGGTGGTGGAAG
AGTTCATTTTGATTGGTTTAACATAGCTACAGGAGATGAGTATGTTCCGATGGCTGCAGTTAATGGAACAATATTGACAAGGGGAGGAACTGGAAGTGACGATGGTCACGGTGGGAAGGATGGTACTCTGACAGGGAAGGAATGCCCTAAAGGGCTTTTTGGAGTTTTCTGTGAGGAATGTCCTATTGGTACTTACAAGG
ATGTAAATGGATCTAATGAGGCATTGTGCATTCCTTGCCCACCTGAGCAACTTCCTCATCGTGCAGCTTATACATTTGTCCGGGGTGGTGTAACTGAACCTTCCTGTCCATATGAATGTATCTCTGACAAGTATCACATGCCACATTGTTATACACCACTTGAAGACTTAATATACACATTAGGTGGTCCATGGCTTTTT
GGTCTTTTGCTTTCTGGCCTTTTGGTGCTTCTGGCGCTTGTCTTGAGTGTTGCACGTATGAAGTTTATTGGAACAGATGAATTTTCTGGCCCTACACCAACGCCACATGAATCGCAAATTGATCATTCCTTTCCTTTCCTTGAGTCTCTGAATGAGGTTCTGGAAACCAACAGAACGGAGGAATCTCAGAGTCATGTTCA
CAGGATGTATTTTATGGGTTCCAATACTTTCAATCAACCATGGCACTTGCCTCCCTCACCACCAGATGAAATTACTGAGCTTGTGTATGCAGATGCTTTTGACAAATTTGTTGACGAGATTAACTCTTTGGCTGCTTATCAGTGGTGGGAAGGGTCTGTGTATAGAATCCTTTCATTATTTGCATATCCATTTGCTTGGT
CATGGCAACAATGGTGTCGCAAAAAGAAATTCCAGCAACTTCGTGAGTTTGTACGATCTGAATATGACCATGCATGCCTCCGGTCATGCCGGTCACGAGCTCTTTATGAAGGCCTTAAGGTGGCTGCTACACCTGATTTGATGGTTGCATATGTTGATTTTTTCTTGGGTGGGGACGAGAAGCGGCCTGATCTGCCTCCA
CGCCTGCAGCAAAGATTCCCCATGTGTATCATCTTTGGAGGGGCTGGAAGCTATATGGCTCCTTACACTCTTCACAGTGATAACCTTCTGACCAGCCTTATGGGGCAGGCTGTGCCTGCAACCATATGGTATCGACTTGTTGCTGGTTTGAATGCTCAACTGCGTACAGTACGACAAGGTCGTCTTCATAGTACACTAAT
GCCTGTCATAACTTGGCTTGGCACCCATGCAAATTATGGGGTCAGTTTACAAGGCGTGCAGGTTGACCTTGCCTGGTTTCACCCCTCAGCTTCTGGTTACTACCAGCTAGGCCTTGTGGTAAATTCAGTTGAAGTGGCCCATGACACGCTTGTATCAGAATTTTCAAATACGATAAGCATTGAACAATTGAGGACAAATG
ATGTTTGTAGCTACCGTCAGTATGTTCCATCTTTAGGGAATTCACAATACAACTATCTTAGCTCAACGGATAGAAGGATAAATGGAGCAATAATCAATTCATTTAATCTGCATTGTCTGAAGAATCAGAAGGATGTTTTATTTCCTTTATCATTTGTTTTGCGTAATACACGACCAGTCGGCCATCAAgtaactctcatt
cttaggatgttggatttcacaactttatttgtttggaactgttaacgtaacccttctttttgcatgctttctaaatcttactactaggggtataacttgatgcaggaagtcagttgtctgttacaatactaacgtatttccatcttgttttattgcagGACCTTGTTGGTCTCATCATCTCAATTTTGCTTTTAGCAGAT
TTTAGCTTAATGCTTTTAACTTTGCTGCAATTCTACTCAATATCGTTGGGGGCTTTTCTTGTGGTCCTTCTTATTCTTCCTCTTGCATTGTTATCTCCATTGCCTGCTGGTATAAGTGCTTTATTCAGTCATGGGCCTCGAAGATCAGCAGGACTTGCTCGGGTCTACGCATTGTGGAATGTCACATCAGTTGTTAATGT
TGTGGTGGCTTTGATCTATGGATCTATCCATTACAAGATTCAATGTACTTCCAACAAAGGAGCAAAGAATTTTCATGCTTGGAACTTTAGCACGGAGGAGAGTGGATGGTGGCTTTTTCCCACAACACTTCTTTTATGCAAATGTGTACAAGTTCCCATGGTGGATTGGCATATTGCCAATTTAGAGATACAAGATCGCA
CTTTATACAGCAAAGACCCAGCAAAATTTTGGGAGTCATGAATTTCATCCATATTAGATAAATCTGAAGCCTGCTACTTTGAGATATAGTCACGGTGTCCTGATGCTGTCAAAGTTGAAGAAGGGGCATATGCTTTCCATCAGGATGTGGCATCAATCAGATGGTTGATTTTCCTTCTGTAGACTCGGATATTGCCTTGT
TTTTTAGCTAGCATGCTTCTCCAGTGGGATTATCCTCCGAGTTTACAAGAAGGAAAATGTTCTGAAGTGATATCAAATGTAGCGAGGCATGATCTTTTTCCACCTCATAATTCAGCTAAATGTGCCTTAACTGTATCCTGGAAAAAATTATGCTTATAGTGTATAGTAGTGGTCTATTATTAAAATTTTGATATTTGAAT
TACTCAAAAATGTATCCCCTCAAGTATTTAGGGTAGTTAGTGTGCAGGTGTTTTGCTTTTAATACGAACTGCTGTGTAACATAGAAATGCTCTGCATTTTGTGCTTTTTGCACGTCCAAGTGCATGACCAGGCAGTTTTTTCTTACGGCCTGGAATTCTTTATTATCTTTTGAGATGACTGTATGCTCGTACACTGTACA
ATAAAGTTTAACATGATATGATGTCTATGCAGAATTGTAATTGCAGGTCTAACCAACGAAGGGATGTACCTTGGTCCAGTGTGTTTCAAGGGAGCTTTTATGAATTGAAAAGCTTCATATTTATAAAGACAATTTACCAATATAATAAAAGGGAGATTTATATGCATCTTCTGTGTGGGATGGCATCTCCTTGTTACTGT
TGAGTGCTGCTTGAGAAA
Intron 2 GTGGTGTAAC ... ATTGGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 82.5 | 7 | 30 | 36 |
| A2 | 79.41 | 7 | 39 | 15 |
| A3 | 77.22 | 9 | 38 | 23 |
| A4 | 57.89 | 16 | 23 | 21 |
| A5 | 76 | 3 | 7 | 12 |
| A6 | 65.08 | 11 | 25 | 16 |
| A7 | 60.56 | 14 | 27 | 16 |
| A8 | 58.97 | 8 | 14 | 9 |
| A9 | 63.89 | 13 | 33 | 13 |
| A10 | 65.85 | 14 | 33 | 21 |
>TRINITY_DN47262_c0_g2_i2 from sample A10 / Example spliced isoformAGGGGGGACATGGTGGTCAGCCTGGTGGTGGAGGCGGAGGTGGTGGAAGAGTTCATTTTGATTGGTTTAACATAGCTACAGGAGATGAGTATGTTCCGATGGCTGCAGTTAATGGAACAATATTGACAAGGGGAGGAACTGGAAGTGACGATGGTCACGGTGGGAAGGATGGTACTCTGACAGGGAAGGAATGCCCTAAA
GGGCTTTTTGGAGTTTTCTGTGAGGAATGTCCTATTGGTACTTACAAGGATGTAAATGGATCTAATGAGGCATTGTGCATTCCTTGCCCACCTGAGCAACTTCCTCATCGTGCAGCTTATACATTTGTCCGGGATGAATTTTCTGGCCCTACACCAACGCCACATGAATCGCAAATTGATCATTCCTTTCCTTTCCTTGA
GTCTCTGAATGAGGTTCTGGAAACCAACAGAACGGAGGAATCTCAGAGTCATGTTCACAGGATGTATTTTATGGGTTCCAATACTTTCAATCAACCATGGCACTTGCCTCCCTCACCACCAGATGAAATTACTGAGCTTGTGTATGCAGATGCTTTTGACAAATTCGTTGACGAGATTAACTCTTTGGCTGCTTATCAGT
GGTGGGAAGGGTCTGTGTATAGAATCCTTTCATTATTTGCATATCCATTTGCTTGGTCATGGCAACAATGGTGTCGCAAAAAGAAATTCCAGCAACTTCGTGAGTTTGTACGATCTGAATATGACCATGCATGCCTCCGGTCATGCCGGTCACGAGCTCTTTATGAAGGCCTTAAGGTGGCTGCTACACCTGATTTGATG
GTTGCATATGTTGATTTTTTCTTGGGTGGGGACGAGAAGCGGCCTGATCTGCCTCCACGCCTGCAGCAAAGATTCCCCATGTGTATCATCTTTGGAGGGGCTGGAAGCTATATGGCTCCTTACACTCTTCACAGTGATAACCTTCTGACCAGCCTTATGGGGCAGGCTGTGCCTGCAACCATATGGTATCGACTTGTTGC
TGGTTTGAATGCTCAACTGCGTACAGTACGACAAGGTCGTCTTCATAGTACACTAATGCCTGTCATAACTTGGCTTGGCACCCATGCAAATTATGGGGTCAGTTTACAAGGCGTGCAGGTTGACCTTGCCTGGTTTCACCCCTCAGCTTCTGGTTACTACCAGCTAGGCCTTGTGGTAAATTCAGTTGAAGTGGCCCATG
ACACGCTTGTATCAGAATTTTCAAATACGATAAGCATTGAACAATTGAGGACAAATGATGTTTGTGGCTACCGTCAGTATGTTCCATCTTTAGGGAATTCACAATACAACTATCTTAGCTCAACGGATAGAAGGATAAATGGAGCAATAATCAATTCATTTAATCTGCATTGTCTGAAGAATCAGAAGGATGTTTTATTT
CCTTTATCATTTGTTTTGCGTAATACACGACCAGTCGGCCATCAAGACCTTGTTGGTCTCATTATCTCAATTTTGCTCTTAGCAGATTTTAGCTTAATGCTTTTAACTTTGCTGCAATTCTACTCAATATCGTTGGGGGCTTTTCTTGTGGTCCTTCTTATTCTTCCTCTTGCATTGTTATCTCCATTGCCTGCTGGTAT
AAGTGCTTTATTCAGTCATGGGCCTCGAAGATCAGCAGGACTTGCTCGGGTCTACGCATTGTGGAATGTCACATCAGTTGTTAATGTTGTGGTTGCTTTGATCTATGGATCTATCCATTACAAGATTCAATGTACTTCCAACAAAGGAGCAAAGAATTTTCATGCTTGGAACTTTAGCACGGAGGAGAGTGGATGGTGGC
TTTTTCCCACAACACTTCTTTTATGCAAATGTGTACAAGTTCCCATGGTGGATTGGCATATTGCCAATTTAGAGATACAAGATCGCACTTTATACAGCAAAGACCCAGCAAAATTTTGGGAGTCATGAATTTCATCCATATTAGATAAATCTGAAGCCTGCTACTTTGAGATATAGTCACGGTGTCGGGATGCTGTCAAA
GTTGAAGAAGGGGCATATGCTTTCCATCAGGATGTGGCATCAATCAGATGGTTGATTTTCCTTCTGTAGACTCGGATATTGCCTTGTTTTTTAGCTAGCATGCTTCTCCAGTGGGATTATCCTCCGAGTTTACAAGAAGGAAAATGTTCTGAAGTGATATCAAATGTAGCGAGGCATGATCTTTTTCCACCTCATAATTC
AGCTAAATGTGCCTTAACTGTATCCTGGAAAAAATTATGCTGATAGTGTATAGTAGTGTTCTATTATTAAAATTTTGATATTTGAATTACTCAAAAATGTATCCCCTCAAGTATTTAGGGTAGTTAGTGTGCAGGTGTTTTGCTTTTAATACGAACTGCTGTGTAACATAGAAATGCTCTGCATTTTGTGCTTTTTGCAC
GTCCAAGTGCATGACCAGGCAGTTTTTTCTTACGGCCTGGAATTCTTTATAATCTTTTGAGATGACTGTATGCTCGTACACTGTACAATAAAGTTTAACATGATATGATGTCTATGCAGAAGTGTAATTGCGGGTCTAACCAATGAAGGGATGTACCTTGGTCCAGTGTGTTTCAAGGGAGCTTTTATGAATTGAAAAGC
TTCATATTTATAAAGACAATTTACCAATATAATAAAAGGGAGATTTATATGCATCTTCTGTGTGGGATGGCATCTCCTTGTTACTGTTGAGTGCTGCTTGAGAAAACTATTTAGTATTGGGTTGCTCCTAATAGACAATGAGTTTGCAGAGTTCTTCCATATTTTTTTGCAGATCG
>TRINITY_DN47262_c0_g2_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:AGGGGGGACATGGTGGTCAGCCTGGTGGTGGAGGCGGAGGTGGTGGAAGAGTTCATTTTGATTGGTTTAACATAGCTACAGGAGATGAGTATGTTCCGATGGCTGCAGTTAATGGAACAATATTGACAAGGGGAGGAACTGGAAGTGACGATGGTCACGGTGGGAAGGATGGTACTCTGACAGGGAAGGAATGCCCTAAA
GGGCTTTTTGGAGTTTTCTGTGAGGAATGTCCTATTGGTACTTACAAGGATGTAAATGGATCTAATGAGGCATTGTGCATTCCTTGCCCACCTGAGCAACTTCCTCATCGTGCAGCTTATACATTTGTCCGGGgtggtgtaactgaaccttcctgtccatatgaatgtatctctgacaagtatcacatgccacattgtta
tacaccacttgaagacttaatatacacattaggtggtccatggctttttggtcttttgctttctggccttttggtgcttctggcgcttgtcttgagtgttgcacgtatgaagtttattggaacagATGAATTTTCTGGCCCTACACCAACGCCACATGAATCGCAAATTGATCATTCCTTTCCTTTCCTTGAGTCTCTGA
ATGAGGTTCTGGAAACCAACAGAACGGAGGAATCTCAGAGTCATGTTCACAGGATGTATTTTATGGGTTCCAATACTTTCAATCAACCATGGCACTTGCCTCCCTCACCACCAGATGAAATTACTGAGCTTGTGTATGCAGATGCTTTTGACAAATTCGTTGACGAGATTAACTCTTTGGCTGCTTATCAGTGGTGGGAA
GGGTCTGTGTATAGAATCCTTTCATTATTTGCATATCCATTTGCTTGGTCATGGCAACAATGGTGTCGCAAAAAGAAATTCCAGCAACTTCGTGAGTTTGTACGATCTGAATATGACCATGCATGCCTCCGGTCATGCCGGTCACGAGCTCTTTATGAAGGCCTTAAGGTGGCTGCTACACCTGATTTGATGGTTGCATA
TGTTGATTTTTTCTTGGGTGGGGACGAGAAGCGGCCTGATCTGCCTCCACGCCTGCAGCAAAGATTCCCCATGTGTATCATCTTTGGAGGGGCTGGAAGCTATATGGCTCCTTACACTCTTCACAGTGATAACCTTCTGACCAGCCTTATGGGGCAGGCTGTGCCTGCAACCATATGGTATCGACTTGTTGCTGGTTTGA
ATGCTCAACTGCGTACAGTACGACAAGGTCGTCTTCATAGTACACTAATGCCTGTCATAACTTGGCTTGGCACCCATGCAAATTATGGGGTCAGTTTACAAGGCGTGCAGGTTGACCTTGCCTGGTTTCACCCCTCAGCTTCTGGTTACTACCAGCTAGGCCTTGTGGTAAATTCAGTTGAAGTGGCCCATGACACGCTT
GTATCAGAATTTTCAAATACGATAAGCATTGAACAATTGAGGACAAATGATGTTTGTGGCTACCGTCAGTATGTTCCATCTTTAGGGAATTCACAATACAACTATCTTAGCTCAACGGATAGAAGGATAAATGGAGCAATAATCAATTCATTTAATCTGCATTGTCTGAAGAATCAGAAGGATGTTTTATTTCCTTTATC
ATTTGTTTTGCGTAATACACGACCAGTCGGCCATCAAGACCTTGTTGGTCTCATTATCTCAATTTTGCTCTTAGCAGATTTTAGCTTAATGCTTTTAACTTTGCTGCAATTCTACTCAATATCGTTGGGGGCTTTTCTTGTGGTCCTTCTTATTCTTCCTCTTGCATTGTTATCTCCATTGCCTGCTGGTATAAGTGCTT
TATTCAGTCATGGGCCTCGAAGATCAGCAGGACTTGCTCGGGTCTACGCATTGTGGAATGTCACATCAGTTGTTAATGTTGTGGTTGCTTTGATCTATGGATCTATCCATTACAAGATTCAATGTACTTCCAACAAAGGAGCAAAGAATTTTCATGCTTGGAACTTTAGCACGGAGGAGAGTGGATGGTGGCTTTTTCCC
ACAACACTTCTTTTATGCAAATGTGTACAAGTTCCCATGGTGGATTGGCATATTGCCAATTTAGAGATACAAGATCGCACTTTATACAGCAAAGACCCAGCAAAATTTTGGGAGTCATGAATTTCATCCATATTAGATAAATCTGAAGCCTGCTACTTTGAGATATAGTCACGGTGTCGGGATGCTGTCAAAGTTGAAGA
AGGGGCATATGCTTTCCATCAGGATGTGGCATCAATCAGATGGTTGATTTTCCTTCTGTAGACTCGGATATTGCCTTGTTTTTTAGCTAGCATGCTTCTCCAGTGGGATTATCCTCCGAGTTTACAAGAAGGAAAATGTTCTGAAGTGATATCAAATGTAGCGAGGCATGATCTTTTTCCACCTCATAATTCAGCTAAAT
GTGCCTTAACTGTATCCTGGAAAAAATTATGCTGATAGTGTATAGTAGTGTTCTATTATTAAAATTTTGATATTTGAATTACTCAAAAATGTATCCCCTCAAGTATTTAGGGTAGTTAGTGTGCAGGTGTTTTGCTTTTAATACGAACTGCTGTGTAACATAGAAATGCTCTGCATTTTGTGCTTTTTGCACGTCCAAGT
GCATGACCAGGCAGTTTTTTCTTACGGCCTGGAATTCTTTATAATCTTTTGAGATGACTGTATGCTCGTACACTGTACAATAAAGTTTAACATGATATGATGTCTATGCAGAAGTGTAATTGCGGGTCTAACCAATGAAGGGATGTACCTTGGTCCAGTGTGTTTCAAGGGAGCTTTTATGAATTGAAAAGCTTCATATT
TATAAAGACAATTTACCAATATAATAAAAGGGAGATTTATATGCATCTTCTGTGTGGGATGGCATCTCCTTGTTACTGTTGAGTGCTGCTTGAGAAAACTATTTAGTATTGGGTTGCTCCTAATAGACAATGAGTTTGCAGAGTTCTTCCATATTTTTTTGCAGATCG
Intron 3 GTATGGTATT ... CATTTTAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0 | 19 | 0 | 0 |
| A2 | 4.76 | 20 | 0 | 1 |
| A3 | 0 | 19 | 0 | 0 |
| A4 | 13.64 | 19 | 0 | 3 |
| A5 | 0 | 6 | 0 | 0 |
| A6 | 5.56 | 34 | 0 | 2 |
| A7 | 5.56 | 34 | 0 | 2 |
| A8 | 0 | 11 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 42 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 19 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN47730_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformGGAAGGGTGGTCCTGGATTTTTCAATTCTCATTTGAGTGAAGGTGGGGAAGAATATGGAAATGCAGATCTTCCTTGTGAGTTGGGAAGTGGGGGTGGCAATTCAACTTCAGAAGGGACTACTGCTGGTGGTGGGGTAATAGTGATGGGTTCCATGGAGCATCCTTTATCAAGGTTGGAGATATTTGGATCCATGAGAGCA
GATGGAGAGAGTTATAAATCCATCACAGAAAGCCAGAATGTTGATGTAATGGGCGGTTCCGGTGGTGGTTCTGGTGGAAGCCTTCTTTTCTTCTTACAATCACTTACATTGGGTAACAATTCATTGCTTTCTAGTTCGGGGGGACATGGTGGTCAGCCTGGTGGTGGAGGCGGAGGTGGTGGAAGAGTTCATTTTGATTG
GTTTAACATAGCTACAGGAGATGAGTATGTTCCGATGGCTGCAGTTAATGGAACAATATTGACAAGGGGAGGAACTGGAAGTGACGATGGTCACGGTGGGAAGGATGGTACTCTGACAGGGAAGGAATGCCCTAAAGGGCTTTTTGGAGTTTTCTGTGAGGAATGTCCTATTGGTACTTACAAGGATGTAAATGGATCTA
ATGAGGCATTGTGCATTCCTTGCCCACCTGAGCAACTTCCTCATCGTGCAGCTTATACATTTGTCCGGGGTGGTGTAACTGAACCTTCCTGTCCATATGAATGTATCTCTGACAAGTATCACATGCCACATTGTTATACACCACTTGAAGACTTAATATACACATTAGGTGGTCCATGGCTTTTTGGTCTTTTGCTTTCT
GGCCTTTTGGTGCTTCTGGCGCTTGTCTTGAGTGTTGCACGTATGAAGTTTATTGGAACAGATGAATTTTCTGGCCCTACACCAACGCCACATGAATCGCAAATTGATCATTCCTTTCCTTTCCTTGAGTCTCTGAATGAGGTTCTGGAAACCAACAGAACGGAGGAATCTCAGAGTCATGTTCACAGGATGTATTTTAT
GGGTTCCAATACTTTCAATCAACCATGGCACTTGCCTCCCTCACCACCAGATGAAATTACTGAGCTTGTGTATGCAGATGCTTTTGACAAATTTGTTGACGAGATTAACTCTTTGGCTGCTTATCAGTGGTGGGAAGGGTCTGTGTATAGAATCCTTTCATTATTTGCATATCCATTTGCTTGGTCATGGCAACAATGGT
GTCGCAAAAAGAAATTCCAGCAACTTCGTGAGTTTGTACGATCTGAATATGACCATGCATGCCTCCGGTCATGCCGGTCACGAGCTCTTTATGAAGGCCTTAAGGTGGCTGCTACACCTGATTTGATGGTTGCATATGTTGATTTTTTCTTGGGTGGGGACGAGAAGCGGCCTGATCTGCCTCCACGCCTGCAGCAAAGA
TTCCCC
>TRINITY_DN47730_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:GCTCTTTATGAAGGCCTTAAGgtatggtattgcatccaaagaagatcaagaacacttactcttaccttgtttactttgtcttaatgggaacaccttgcatacctctgtggtgatcatcaagtaacattttagagGTGGCTGCTACACCTGATTTGATGGTTGCATATGTTGATTTTTTCTTGGGTGGGGACGAGAAGCGG
CCTGATCTGCCTCCACGCCTGCAGCAAAGATTCCCC