sp|Q9LY66|RK1_ARATH ----> Large ribosomal subunit protein uL1c

Intron 1 GTATGATTTC ... CCGTCATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.91	19	87.7	56
A2	76.36	24	104.3	61
A3	74.76	24	103.7	50
A4	69.16	30	72.3	67
A5	76.34	11	57.3	23
A6	85.75	14	121.3	68
A7	78.16	33	172.7	88
A8	81.89	15	64	75
A9	71.14	51	134.7	129
A10	75.12	34	131.7	93.3

>TRINITY_DN106812_c4_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform

TAAAACCATTCTTGTGTTCTATTCCCCTCTTTCACTGTTTCTGATGAAATAGGAATTATTCGGGGTGTTGGGGGCTGGTTGGATCAATAGCTCTGTTGCCCTTTTTCCTGTTTGGTGAGGAGGCCATGCAATTGGCTCCATATCTTGAATTGCAATTCAGCAGCCCATCATCTCAGGCAACATCCATTTCAATGCATTTA
CTGGTCTGTCAAGGTGCATGAAACAGCTCTTGTTTTGCAAGAGTGTGAGGACATGGGGGAGTGTACGCGTGTACTGTGTAGCAGGAGGCAGAATAAGGACGCGTGCTGTAGCAGCAGGAGTTGCGGAGTCTCTTGTGGGAGAAGAGGAAGCAACAGAGCAAGAGCAAGCTGGCGAAGGAACGGTGGCTCTGCCGAGACTG
AAACCCAAGACTGGGAAAGCTGCATTGCCTCTTAAAAGTGACAGAGTATGTCCCTCCTCTATTTTCTCATTCGTTGTAGTATGGTTTTAATTTTAATCATATATTTCATCAATGC

>TRINITY_DN106812_c4_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TAAAACCATTCTTGTGTTCTATTCCCCTCTTTCACTGTTTCTGATGAAATAGGAATTATTCGGGGTGTTGGGGGCTGGTTGGATCAATAGCTCTGTTGCCCTTTTTCCTGTTTGGTGAGGAGGCCATGCAATTGGCTCCATATCTTGAATTGgtatgatttcactggagttttttagttagttttgtaattcggtatttt
tccttccattaatttgtttcaagttattgctctatctggttggtttccaccatagctggcctcatctgaatacatcccaagctggcctcatctgaatacatcccagagggtgttttcagagtgaatttgtaaggctgcatgacatacctctacccatagagttgttccctacaagctcttagaattagtacaaatgacta
ctctaactgcaaccacagctctagtagatgtaggagtagcagcagcaggtcaccgtaacgcattgagtaatttctccaaatcatcatccttatcatcatcaccgtcatcagCAATTCAGCAGCCCATCATCTCAGGCAACATCCATTTCAATGCATTTACTGGTCTGTCAAGGTGCATGAAACAGCTCTTGTTTTGCAAG
AGTGTGAGGACATGGGGGAGTGTACGCGTGTACTGTGTAGCAGGAGGCAGAATAAGGACGCGTGCTGTAGCAGCAGGAGTTGCGGAGTCTCTTGTGGGAGAAGAGGAAGCAACAGAGCAAGAGCAAGCTGGCGAAGGAACGGTGGCTCTGCCGAGACTGAAACCCAAGACTGGGAAAGCTGCATTGCCTCTTAAAAGTGA
CAGAAGGCGTTCAAAAAGATTTTTAGAAATTCAGAAGTTGCGAGTGAAAAAAGAGGAGTATGATCCTATAGCTGCAATTACTTTGCTCAAGCAAACTTCAAGTACAAAGTTTATAGAGACAGCAGAGGCTCATTTCCGTCTCAATATCGATCCCAAATACAATGATCAGCAATTAAGAGCAACGGTGATTTTACCTAAAG
GAACGGGTCAGACTGTTAGGGTAGCTGTTCTTGCACAAGGAGAAAAGCTTATTGAGGCTGAGAATGCAGGAGCTGATTTGGTGGGTGGAGAAGATTTGATTGCACAAATTAAAGGGGGCTTTATGGAGTTTGATAAATTAATTGCTTCTCCAGATATGATGCCAAAGGTGGGATTTGTCTATGGAACCTAGTGTTGAGTC
TCGCTGGACTATCTAAGCATTAAGTGCATCCTTTAATTTAGACTTTCTTAAAAGAGAATGACCGACTTTTCATGTTAGAACCTTTCTTTATTGTACCTGCTGTGATTTCATGATTCATTTGCTTAGAATGAGTTAAAGACCAAATGATATCAAGCTGATCTGTTTTATAATGAAAACTTTGTTATTTCTGGAG

Intron 2 GTATGATTTC ... TCCACCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.3	20	115	71
A2	81.68	24	134	80
A3	79.7	27	135	77
A4	95	4	93	59
A5	86.89	8	77	29
A6	91.13	11	164	62
A7	80.86	40	230	108
A8	87.92	9	80	51
A9	77.26	39	179	86
A10	81.07	30	181	76

>TRINITY_DN45857_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGGAGGATTGCCATGTGGATAAAACCATTCTTGTGTTCTATTCCCCTCTTTCACTGTTTCTGATGAAATAGGAATTATTCGGGGTGTTGGGGGCTGGTTGGATCAATAGCTCTGTTGCCCTTTTTCCTGTTTGGTGAGGAGGCCATGCAATTGGCTCCATATCTTTAATTGCTGGCCTCATCTGAATACATCCCAAGCT
GGCCTCATCTGAATACATCCCAGAGGGTGTTTTCAGAGTGAATTTGTAAGGCTGCATGACATACCTCTACCCATAGAGTTGTTCCCTACAAGCTCTTAGAATTAGTACAAATGACTACTCTAACTGCAACCACAGCTCTAGTAGATGTAGGAGTAGCAGCAGCAGGTCACCGTAACGCATTGAGTAATTTCTCCAAATCA
TCATCGTTATCATCATCACCGTCATCAAGCTGGCCTCATCTGAATACATCGCAATTCAGCAGCCCATCATCTCAGGCAACATCCATTTCAATGCATTTACTGGTCTGTCAAGGTGCATGAAACAGCTCTTGTTTTGCAAGAGTGTGAGGACATGGGGGAGTGTACGCGTGTACTGTGTAGCAGGAGGCAGAATAAGGACG
CGTGCTGTAGCAGCAGGAGTTGCGGAGTCTCTTGTGGGAGAAGAGGAAGCAACAGAGCAAGAGCAAGCTGGCGAAGGAACGGTGGCTCTGCCGAGACTGAAACCCAAGACTGGGAAAGCTGCATTGCCTCTTAAAAGTGACAGAAGGCGTTCAAAAAGATTTTTAGAAATTCAGAAGTTGCGAGTGAAAAAAGAGGAGTA
TGATCCTATAGCTGCAATTACTTTGCTCAAGCAAACTTCAAGTACAAAGTTTATAGAGACAGCAGAGGCTCATTTCCGTCTCAATATCGATCCCAAATACAATGATCAGCAATTAAGAGCAACGGTGATTTTACCTAAAGGAACGGGTCAGACTGTTAGGGTAGCTGTTCTTGCACAAGGAGAAAAGCTTATTGAGGCTG
AGAATGCAGGAGCTGATTTGGTGGGTGGAGAAGATTTGATTGCACAAATTAAAGGGGGCTTTATGGAGTTTGATAAATTAATTGCTTCTCCAGATATGATGCCAAAGGTTGCCAGTTTAGGGAAGTTACTGGGTCCTCGTGGACTTATGCCAAATCCCAAAGCAGGCACCGTCACCACAGATATTCCACAGGCTATATCC
GAATTCAAAAAAGGAAAGGTAGAATATCGTGCAGATAAGACAGGGATTGTTCATATTCCATTTGGAAAGACAAACTTTGCAGACGAGGATCTTCTTACAAATCTAATTGCAGCAGTTAACTCAGTGGATGCTAACAAGCCATCTGGAGCTAAGGGTGTCTACTGGAAATCTGCCCACATATGTGCAACAATGGGTCCATC
GATCAGAATGAATATAAAAGACACGCGTGAATTCAAGCTTCCATCATGATCTGTCATATATTCATTTTTTTTGGTGTATAGTATACATATCCTTCGTTGAGTTAGGAATTTCCAGTAAATGCAGGAGCAAATTCTCTTGGAATGAAAGCTGTACGATTCATAAGACCTGGGATTTTAATTACTTGGTCTTTTTATCATAA
ATACAATTTGGCTAGGCTGGCTTGTTCTCTTCTCAATTCGACCTTTGAATTGAATGAAGCATTTTTTTAATCTCCTAATTCTAGCTAACATGTTTATCTTACAGCTTGCCAATCCCCTAGGATGGTTGCTATGCTGTTTCGTCTTTATACAGTCTCTAATAGAAGCTTGTAATGCTCAGTGTTTCGGTACAAGTTTCTGC
ATCAGGGATGCCCTTTGTTTTGTGTTTGTGGTTGGTCTATATCCAGACTGACACAATTACAAAGCCATCCCTATCAACAGGGATGTAAGTACGGTAATTTGCCATTGATTGCATCATTTTACTTTTCTAATCATCTTTTAGCTTTTATTATGTTGTAACGCTCTCAAGCTAAGGCTCCTCAAGGAAACTCTGTCAATTGT
AATTTGTTCAAGTTTGTTCCCACCTCCACTTAAGAGGTTAAGACCGTCTACTCGTATATGATCACTAGCTCGGTATGGTTGTTAATCTAGGAACATTGCAGATTTCACAGATATTAGCTAATTATGCAGATAGGGGAATGGTAAGGAAAAAATTGAGAAATCGAAATTATAGATGATGTAGTTGCATATAATGGCCTAAG
ATTCATGATAAGCTTTCTATGATGATATAGCTGCGAAACAAATTGAGTCATACTGCAACCTTGATTCTCCAACGGTTTGTCAATCATTCAAAATTTTATTTTTTGAACTACACCCACAGATTATAGTTTTTATACCTTGCAAGGTTTAGGTTCTTCCAGGGAAAAAAATGAACACGAGGGAAAATACATTGAATGTGGGT
GTAAACTTTTAGAAGTATTGGCCGATACTACAATGAATAGGTGCATAGGTTTGTACGTGCATTATAGTTGTGCACTTTGTAACTTTTAGTATGGGTTAATTGGACTATTAAATTACCTGATATGTTGTTTTATGACACGATCTACACAAGCATACAGATTTGTTTGGTTTGTTAAAATTTTTGGCAGGG

>TRINITY_DN45857_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGGAGGATTGCCATGTGGATAAAACCATTCTTGTGTTCTATTCCCCTCTTTCACTGTTTCTGATGAAATAGGAATTATTCGGGGTGTTGGGGGCTGGTTGGATCAATAGCTCTGTTGCCCTTTTTCCTGTTTGGTGAGGAGGCCATGCAATTGGCTCCATATCTTTAATTGgtatgatttcactggagttttttagtta
gttttgtaattcggtatttttccttctattaatttgtttcaagttattgctctatctggctggtttccaccatagCTGGCCTCATCTGAATACATCCCAAGCTGGCCTCATCTGAATACATCCCAGAGGGTGTTTTCAGAGTGAATTTGTAAGGCTGCATGACATACCTCTACCCATAGAGTTGTTCCCTACAAGCTCTT
AGAATTAGTACAAATGACTACTCTAACTGCAACCACAGCTCTAGTAGATGTAGGAGTAGCAGCAGCAGGTCACCGTAACGCATTGAGTAATTTCTCCAAATCATCATCGTTATCATCATCACCGTCATCAAGCTGGCCTCATCTGAATACATCGCAATTCAGCAGCCCATCATCTCAGGCAACATCCATTTCAATGCATT
TACTGGTCTGTCAAGGTGCATGAAACAGCTCTTGTTTTGCAAGAGTGTGAGGACATGGGGGAGTGTACGCGTGTACTGTGTAGCAGGAGGCAGAATAAGGACGCGTGCTGTAGCAGCAGGAGTTGCGGAGTCTCTTGTGGGAGAAGAGGAAGCAACAGAGCAAGAGCAAGCTGGCGAAGGAACGGTGGCTCTGCCGAGAC
TGAAACCCAAGACTGGGAAAGCTGCATTGCCTCTTAAAAGTGACAGAAGGCGTTCAAAAAGATTTTTAGAAATTCAGAAGTTGCGAGTGAAAAAAGAGGAGTATGATCCTATAGCTGCAATTACTTTGCTCAAGCAAACTTCAAGTACAAAGTTTATAGAGACAGCAGAGGCTCATTTCCGTCTCAATATCGATCCCAAA
TACAATGATCAGCAATTAAGAGCAACGGTGATTTTACCTAAAGGAACGGGTCAGACTGTTAGGGTAGCTGTTCTTGCACAAGGAGAAAAGCTTATTGAGGCTGAGAATGCAGGAGCTGATTTGGTGGGTGGAGAAGATTTGATTGCACAAATTAAAGGGGGCTTTATGGAGTTTGATAAATTAATTGCTTCTCCAGATAT
GATGCCAAAGGTTGCCAGTTTAGGGAAGTTACTGGGTCCTCGTGGACTTATGCCAAATCCCAAAGCAGGCACCGTCACCACAGATATTCCACAGGCTATATCCGAATTCAAAAAAGGAAAGGTAGAATATCGTGCAGATAAGACAGGGATTGTTCATATTCCATTTGGAAAGACAAACTTTGCAGACGAGGATCTTCTTA
CAAATCTAATTGCAGCAGTTAACTCAGTGGATGCTAACAAGCCATCTGGAGCTAAGGGTGTCTACTGGAAATCTGCCCACATATGTGCAACAATGGGTCCATCGATCAGAATGAATATAAAAGACACGCGTGAATTCAAGCTTCCATCATGATCTGTCATATATTCATTTTTTTTGGTGTATAGTATACATATCCTTCGT
TGAGTTAGGAATTTCCAGTAAATGCAGGAGCAAATTCTCTTGGAATGAAAGCTGTACGATTCATAAGACCTGGGATTTTAATTACTTGGTCTTTTTATCATAAATACAATTTGGCTAGGCTGGCTTGTTCTCTTCTCAATTCGACCTTTGAATTGAATGAAGCATTTTTTTAATCTCCTAATTCTAGCTAACATGTTTAT
CTTACAGCTTGCCAATCCCCTAGGATGGTTGCTATGCTGTTTCGTCTTTATACAGTCTCTAATAGAAGCTTGTAATGCTCAGTGTTTCGGTACAAGTTTCTGCATCAGGGATGCCCTTTGTTTTGTGTTTGTGGTTGGTCTATATCCAGACTGACACAATTACAAAGCCATCCCTATCAACAGGGATGTAAGTACGGTAA
TTTGCCATTGATTGCATCATTTTACTTTTCTAATCATCTTTTAGCTTTTATTATGTTGTAACGCTCTCAAGCTAAGGCTCCTCAAGGAAACTCTGTCAATTGTAATTTGTTCAAGTTTGTTCCCACCTCCACTTAAGAGGTTAAGACCGTCTACTCGTATATGATCACTAGCTCGGTATGGTTGTTAATCTAGGAACATT
GCAGATTTCACAGATATTAGCTAATTATGCAGATAGGGGAATGGTAAGGAAAAAATTGAGAAATCGAAATTATAGATGATGTAGTTGCATATAATGGCCTAAGATTCATGATAAGCTTTCTATGATGATATAGCTGCGAAACAAATTGAGTCATACTGCAACCTTGATTCTCCAACGGTTTGTCAATCATTCAAAATTTT
ATTTTTTGAACTACACCCACAGATTATAGTTTTTATACCTTGCAAGGTTTAGGTTCTTCCAGGGAAAAAAATGAACACGAGGGAAAATACATTGAATGTGGGTGTAAACTTTTAGAAGTATTGGCCGATACTACAATGAATAGGTGCATAGGTTTGTACGTGCATTATAGTTGTGCACTTTGTAACTTTTAGTATGGGTT
AATTGGACTATTAAATTACCTGATATGTTGTTTTATGACACGATCTACACAAGCATACAGATTTGTTTGGTTTGTTAAAATTTTTGGCAGGG