sp|Q9LME6|MBD8_ARATH ----> Methyl-CpG-binding domain-containing protein 8
Intron 1 GTAAGAAATA ... GTTTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.36 | 142.4 | 87.6 | 48.7 |
| A2 | 30.06 | 114 | 58 | 40 |
| A3 | 29.19 | 127 | 66 | 38.7 |
| A4 | 32.24 | 136 | 67 | 62.4 |
| A5 | 29.11 | 56 | 23 | 23 |
| A6 | 29.85 | 616 | 281.1 | 243.1 |
| A7 | 30.74 | 545 | 249.3 | 234.6 |
| A8 | 32.35 | 587 | 286 | 275.4 |
| A9 | 30.76 | 447 | 202.1 | 195 |
| A10 | 33 | 284.7 | 138 | 142.4 |
>TRINITY_DN119323_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoformAATTTGTAAGGAGATGGAAATTTGTAATCTCTTTACTTCCACGGGAACAAACCATGTCAATGATTCAAACCCTAAACTATCGAATGAATATAGCTTTATAAATCAATCACTAGTAACCATAGGAGCTAGGGTTACATGACTCTTGGATTTAACTCTTAGGTCAATAATCAGGGGCACGCGGAAGAAACCCTTGCTTAACA
TTAATCAAGGGCACGCGGAAGAAATCCTTGCATCCATTTGTTGAATCTGCGGGAGTGCTCACCACTATGGACCCACACCACGGATTAAACTCATGAATTCAACTTTTTATTTTGTGGTTTCAAGTGTCAATCAGCGAAGCTCGCGTGCTGGCGGATTTCCACTTGCGCCAGACTGCTAACGGGTGGAAATGCTTTTATTT
CCATTTTAATCAAAACTTCTCTGCTGCTTTGAAAGTGTTGTGTTCGAATCCTGGGCTTCGGAGCTTTGGCGGGTTTTGTCGGGGCTTTTCTTCTCTCCAGGAGAAGATAAGGTATGCTGTAATCACTGGAAGCTACATGGTAGCTGTTAGCCCTCTTCAGGCATGGATTGTTCTTTGACTGTTTCAACATCGGAACTGTC
ACTGTAAATCCCAAGTTCTTCTGAAGCTTTAAGCATTAGAATTTAAAAAGGCAAAGTTCTTGTGATGGCGTTTGCCGTGGATGAAGGCCATAGCCATCCGGAGTTTCGCAAAATTCCAGTCATAGATTTACGGTTTCTGTCTCAAGATGAGATCAATTGCGCAGCCCAGTGGTCAGACGAGGACACGGAATTACAGCTCA
AGGATATTGTAATCCCTAAAATAGACCGCTCCATTTTTAATGAGAGTGCCGGTAGTCGCAAGCAAACATATTCGAGACTGCGGTTTTCTCAGAGAAAAGAGGAACTTGGAGGTCTTTCAAGACGCAGAGCTGGGCTTCTTAGTGTGTCGAGACACTCTGTTGAAGTTGGGATAACGCCGACTATACGAAGGAAACCTGCA
AATGGATCTGACCTAAAGGATAACAGTCAGATCTTGCAGCTGTTGAAGGGGCTGTTCACGAAAGGAGATCGATCCTTGACATGTAACGAAGCACCCAAAGTACAGTTGTCAAACCCTCCTCTGAACTCAGAAAGTGGCAGCAATCGTTCTTCAAATGTCACCCACAATATACAAAGTTGCAATGGGAAACAAGATTCTGG
TCCCGAGCCAGCGAACAATCTGCAGTTAGTTGTTAGGGATCCCGAAATGGAGACTGAAGGTCTAAGTGCAGTCATTCAGGGAACACACAATGAACAATTTAATGACAATGCAGACCGGGAAATCTCCGATGCTAGGATTTCAGATACACAGATGGAGTCAAAGACAACTCTGGATGCAGACAGGAGTAGGCCTCTAGTGG
ACGGTAGTGTGGATAGACCGAAAAAGAGGATGAGAACAAAAGAGGATGCAAGAAGGAAGGCGTTTGCAAATGCAGAAGAACAAATTGCGATGAGAGCATCAATGTCTATTAAGAATAATACTATTGTGGATGATTGCAGCCATACTGATACAAAGGCAGTAGGAAGTCCAGATGATAAAACTTTCAGCGAATCCAGCCAT
ACTGACACAACAATTATTAGATCTATGCAGGACAATACTGTGAATAACTCTCCCACTGACAAAAAAGTAGAAGATGTGAATGATGTGCCACCACAAAAAGGTGCCAAATTTGGCGGCAAGGGTTGTTCATCGACTGCACAAGAACCTTCTGTGGCTCAATTAAAGAGAAAATTTCCACCTTTAAAAACAGAAGCTCAATT
GCAGGATTTTTTTGACAAAGTAGGTGGCCAATGGGCATCTAAGAGGGAGAGGCGTAAGATTGTGGATGCTAGAGATTTTGGTGATGGATTTCCTGAAGGTTGGAAACTTCTATTGGGTGTTAGAAAAAAGGATGGTCGGTTTTTGATTGAATGCCGCAATTATATAAGCCCAGAGGGCCGCAAATTAAAATCCTGCCGTG
AAGTTTCTGCTCATATGCTTTCAACCCGTATGCACTGCCCAGCTGTTGGAACTGCCCAACAACCATCTGGCAACTCAACAAACCCAGTGGATAGCAGTGGAGAATGTTCTAAACAACAGACTGCCCATTTGAATGGCGTTGCCTTTCTTAATGCTGAAGAGCAACAAACATCACAAAGTAATGCTTCACCTATGACAGTG
GTTAAGGTTGAAGGAAATTCAATAAAGGATAACTGTGTTATTGCTTCAGATACTTCAGTTAAATGCTCAAAAGGCGACTTAAACTTAAGTAACAGAAGTGATTCAATGGCACATTTGACTGGTCATCACACCCAGAAGGTGAAAAAAACAAGCACTTCTAAGTCAATTGTGGATGGTGTAATCATGATAAATGGTAAATA
TGAATGTCAAATATGCCATAAAGTTTTCAACGAGAGGAATCGTTACACTGGCCATGTTGGTGTTCATGTGAGAAATGCAAAAAGGCTTCTTGATCCCCAGGGCGAAATCTCTAGTGGAGGCAAAGCAGACATTCATCCTCCTGAAACTTTTGGTAACGAGTTTAAGGACTACAGCAATGTTGATTCCACCATGGCAACCA
CAGGTACTAAACCCTGTGATCAGCAAGAGCAAAATGGAAATATGGCTTTGGGAACAATTCTAGATTCGTCATCACCTTCAGGAGAAAATGACTTTACATCTTCGCATGATGTGGGGATCCTCAGTACATTAGACATATCAGCAAAGGATGAGATTGATTTTAATTCTGAAACTCAGAAGCTTGATAGTCTGAAAGGCTTT
GAAGAGTTTCAGATGGAGTATGCTCATTCGCCAAAGTTTGCATTTCAAACGGGCCAGGATACGGACAGTGTGATTGATGCACAATTAGACTTAGGCTTAGATGCGGGTGTTTTGCAGCAGGAAATTGATCCTCCTGGTCAGTTTGAGTGGGAGAGTGTCTTATCCAAGATAGAGAATAGTTCTCAGGTCTTTGTCTGTGT
CTGGTGTAATTCAGAGTTCAGCCATGATGGCCTTGATGAGGAACTCCAAGCAGACTCTGTTGGCTTCATTTGTTCACACTGCAAGAATAAGATTTCAGGGCAAATTGATATTTAAATGGTATCGAGACTATGCCACGAGTCATTTGGGAGGAAATTTGACTCTAAGTAAGCATGCAGTCTTCTTTTCTGCCTTATGGATC
TGCCTTATTGTTGGCAATTGATCTAACGTGCTCTAGGAGAATGTGTTTTCAAATTTTCCCCTGAGCCAATAAGGAAAGATTCAGTTTAAAATATCATGTTGGAGAAGTCCCGACATTGCTTTGCCGAGGTAAAAATGCTGTGTTTATGCAGGCTATGCCATGAGTCATTTGGGAGGAAATGTGACCGTTTAAATAGCCAC
TGCAGTTTCCTTTTTCCGACTTACGGAATTCCCGTATTGTTGGCAAGTGATCTAACATGCTCCTAGAAGAATGTGTTTTGGAATTTTCCCCTAGGCCCACAAGGCAGGGTTCAGGTTAAAATGCCATGTTGGAGAAGTCTGACCATTGCTTTTTCGTTATGTAGATCTGTTGGTATTATATAACTTTTCTATGACCGATA
TTGTTTATGTCGATGAATTTATATACTCCTTATTCAATGTTTCCACAAGGTTTGGTTCTTTCGATTGCATTTTCCTTCTTTGTTTCTGTTTTCAATGAAGGTGAATGCATTCATTGTAATGCAATCTTCAAACTTCTCGTTTTGCAGAAACATGTTATATAATTGAAG
>TRINITY_DN119323_c0_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATTTGTAAGGAGATGGAAATTTGTAATCTCTTTACTTCCACGGGAACAAACCATGTCAATGATTCAAACCCTAAACTATCGAATGAATATAGCTTTATAAATCAATCACTAGTAACCATAGGAGCTAGGGTTACATGACTCTTGGATTTAACTCTTAGGTCAATAATCAGGGGCACGCGGAAGAAACCCTTGCTTAACA
TTAATCAAGGGCACGCGGAAGAAATCCTTGCATCCATTTGTTGAATCTGCGGGAGTGCTCACCACTATGGACCCACACCACGGATTAAACTCATGAATTCAACTTTTTATTTTGTGGTTTCAAGTGTCAATCAGCGAAGCTCGCGTGCTGGCGGATTTCCACTTGCGCCAGACTGCTAACGGGTGGAAATGCTTTTATTT
CCATTTTAATCAAAACTTCTCTGCTGCTTTGAAAGTGTTGTGTTCGAATCCTGGGCTTCGGAGCTTTGGCGGGTTTTGTCGGGGCTTTTCTTCTCTCCAGGAGAAGATAAGGTATGCTGTAATCACTGGAAGCTACATGGTAGCTGTTAGCCCTCTTCAGGCATGGATTGTTCTTTGACTGTTTCAACATCGGAACTGTC
ACTGTAAATCCCAAGTTCTTCTGAAGCTTTAAGCATTAGAATTTAAAAAGGCAAAGTTCTTGTGATGGCGTTTGCCGTGGATGAAGGCCATAGCCATCCGGAGTTTCGCAAAATTCCAGTCATAGATTTACGGTTTCTGTCTCAAGATGAGATCAATTGCGCAGCCCAGTGGTCAGACGAGGACACGGAATTACAGCTCA
AGGATATTGTAATCCCTAAAATAGACCGCTCCATTTTTAATGAGAGTGCCGGTAGTCGCAAGCAAACATATTCGAGACTGCGGTTTTCTCAGAGAAAAGAGGAACTTGGAGGTCTTTCAAGACGCAGAGCTGGGCTTCTTAGTGTGTCGAGACACTCTGTTGAAGTTGGGATAACGCCGACTATACGAAGGAAACCTGCA
AATGGATCTGACCTAAAGGATAACAGTCAGATCTTGCAGCTGTTGAAGGGGCTGTTCACGAAAGGAGATCGATCCTTGACATGTAACGAAGCACCCAAAGTACAGTTGTCAAACCCTCCTCTGAACTCAGAAAGTGGCAGCAATCGTTCTTCAAATGTCACCCACAATATACAAAGTTGCAATGGGAAACAAGATTCTGG
TCCCGAGCCAGCGAACAATCTGCAGTTAGTTGTTAGGGATCCCGAAATGGAGACTGAAGGTCTAAGTGCAGTCATTCAGGGAACACACAATGAACAATTTAATGACAATGCAGACCGGGAAATCTCCGATGCTAGGATTTCAGATACACAGATGGAGTCAAAGACAACTCTGGATGCAGACAGGAGTAGGCCTCTAGTGG
ACGGTAGTGTGGATAGACCGAAAAAGAGGATGAGAACAAAAGAGGATGCAAGAAGGAAGGCGTTTGCAAATGCAGAAGAACAAATTGCGATGAGAGCATCAATGTCTATTAAGAATAATACTATTGTGGATGATTGCAGCCATACTGATACAAAGGCAGTAGGAAGTCCAGATGATAAAACTTTCAGCGAATCCAGCCAT
ACTGACACAACAATTATTAGATCTATGCAGGACAATACTGTGAATAACTCTCCCACTGACAAAAAAGTAGAAGATGTGAATGATGTGCCACCACAAAAAGGTGCCAAATTTGGCGGCAAGGGTTGTTCATCGACTGCACAAGAACCTTCTGTGGCTCAATTAAAGAGAAAATTTCCACCTTTAAAAACAGAAGCTCAATT
GCAGGATTTTTTTGACAAAGTAGGTGGCCAATGGGCATCTAAGAGGGAGAGGCGTAAGATTGTGGATGCTAGAGATTTTGGTGATGGATTTCCTGAAGGTTGGAAACTTCTATTGGGTGTTAGAAAAAAGGATGGTCGGTTTTTGATTGAATGCCGCAATTATATAAGCCCAGAGGGCCGCAAATTAAAATCCTGCCGTG
AAGTTTCTGCTCATATGCTTTCAACCCGTATGCACTGCCCAGCTGTTGGAACTGCCCAACAACCATCTGGCAACTCAACAAACCCAGTGGATAGCAGTGGAGAATGTTCTAAACAACAGACTGCCCATTTGAATGGCGTTGCCTTTCTTAATGCTGAAGAGCAACAAACATCACAAAGTAATGCTTCACCTATGACAGTG
GTTAAGGTTGAAGGAAATTCAATAAAGGATAACTGTGTTATTGCTTCAGATACTTCAGTTAAATGCTCAAAAGGCGACTTAAACTTAAGTAACAGAAGTGATTCAATGGCACATTTGACTGGTCATCACACCCAGAAGGTGAAAAAAACAAGCACTTCTAAGTCAATTGTGGATGGTGTAATCATGATAAATGGTAAATA
TGAATGTCAAATATGCCATAAAGTTTTCAACGAGAGGAATCGTTACACTGGCCATGTTGGTGTTCATGTGAGAAATGCAAAAAGGCTTCTTGATCCCCAGGGCGAAATCTCTAGTGGAGGCAAAGCAGACATTCATCCTCCTGAAACTTTTGGTAACGAGTTTAAGGACTACAGCAATGTTGATTCCACCATGGCAACCA
CAGGTACTAAACCCTGTGATCAGCAAGAGCAAAATGGAAATATGGCTTTGGGAACAATTCTAGATTCGTCATCACCTTCAGGAGAAAATGACTTTACATCTTCGCATGATGTGGGGATCCTCAGTACATTAGACATATCAGCAAAGGATGAGATTGATTTTAATTCTGAAACTCAGAAGCTTGATAGTCTGAAAGGCTTT
GAAGAGTTTCAGATGGAGTATGCTCATTCGCCAAAGTTTGCATTTCAAACGGGCCAGGATACGGACAGTGTGATTGATGCACAATTAGACTTAGGCTTAGATGCGGGTGTTTTGCAGCAGGAAATTGATCCTCCTGGTCAGTTTGAGTGGGAGAGTGTCTTATCCAAGATAGAGAATAGTTCTCAGGTCTTTGTCTGTGT
CTGGTGTAATTCAGAGTTCAGCCATGATGGCCTTGATGAGGAACTCCAAGCAGACTCTGTTGGCTTCATTTGTTCACACTGCAAGAATAAGATTTCAGGGCAAATTGATATTTAAATGGTATCGAGgtaagaaatatttcaattggcaaaataaagaagtgatctgttttactggagcgatttggtcactttattccaca
atataggacagttatctagagaaatagaaaaagttacggaaccccgtagtaaaatcgtctttggacaaaattctactttcatgtctgacataattgcgtaactgaggctaaaatgctctgtttatgcagACTATGCCACGAGTCATTTGGGAGGAAATTTGACTCTAAGTAAGCATGCAGTCTTCTTTTCTGCCTTATGG
ATCTGCCTTATTGTTGGCAATTGATCTAACGTGCTCTAGGAGAATGTGTTTTCAAATTTTCCCCTGAGCCAATAAGGAAAGATTCAGTTTAAAATATCATGTTGGAGAAGTCCCGACATTGCTTTGCCGAGGTAAAAATGCTGTGTTTATGCAGGCTATGCCATGAGTCATTTGGGAGGAAATGTGACCGTTTAAATAGC
CACTGCAGTTTCCTTTTTCCGACTTACGGAATTCCCGTATTGTTGGCAAGTGATCTAACATGCTCCTAGAAGAATGTGTTTTGGAATTTTCCCCTAGGCCCACAAGGCAGGGTTCAGGTTAAAATGCCATGTTGGAGAAGTCTGACCATTGCTTTTTCGTTATGTAGATCTGTTGGTATTATATAACTTTTCTATGACCG
ATATTGTTTATGTCGATGAATTTATATACTCCTTATTCAATGTTTCCACAAGGTTTGGTTCTTTCGATTGCATTTTCCTTCTTTGTTTCTGTTTTCAATGAAGGTGAATGCATTCATTGTAATGCAATCTTCAAACTTCTCGTTTTGCAGAAACATGTTATATAATTGAAG
Intron 2 GTGAGGGTTT ... AATGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.16 | 169 | 0 | 35 |
| A2 | 22.54 | 110 | 2 | 32 |
| A3 | 18.23 | 166 | 1 | 37 |
| A4 | 16.13 | 182 | 0 | 35 |
| A5 | 14.58 | 82 | 0 | 14 |
| A6 | 11.9 | 37 | 0 | 5 |
| A7 | 25 | 93 | 0 | 31 |
| A8 | 0 | 12 | 0 | 0 |
| A9 | 18.42 | 62 | 0 | 14 |
| A10 | 25 | 93 | 0 | 31 |
>TRINITY_DN112663_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformATTTGTAATCTCTTTACTTCCACGGGAACAAACCATGTCAATGATTCAAACCCTAAACTATCGAATGAATATAGCTTTATAAATCAATCACTAGTAACCATAGGAGCTAGGGTTACATGACTCTTGGATTTAACTCTTAGGTCAATAATCAGGGGCACGCGGAAGAAACCCTTGCTTAACATTAATCAAGGGCACGCGGA
AGAAATCCTTGCATCCATTTGTTGAATCTGCGGGAGTGCTCACCACTATGGACCCACACCACGGATTAAACTCATGAATTCAACTTTTTATTTTGTGGTTTCAAGTGTCAATCAGCGAAGCTCGCGTGCTGGCGGATTTCCACTTGCGCCAGACTGCTAACGGGTGGAAATGCTTTTATTTCCATTTTAATCAAAACTTC
TCTGCTGCTTTGAAAGTGTTGTGTTCGAATCCTGGGCTTCGGAGCTTTGGCGGGTTTTGTCGGGGCTTTTCTTCTCTCCAGGAGAAGATAAGGTATGCTGTAATCACTGGAAGCTACATGGTAGCTGTTAGCCCTCTTCAGGCATGGATTGTTCTTTGACTGTTTCAACATCGGAACTGTCACTGTAAATCCCAAGTTCT
TCTGAAGCTTTAAGCATTAGAATTTAAAAAGGCAAAGTTCTTGTGATGGCGTTTGCCGTGGATGAAGGCCATAGCCATCCGGAGTTTCGCAAAATTCCAGTCATAGATTTACGGTTTCTGTCTCAAGATGAGATCAATTGCGCAGCCCAGTGGTCAGACGAGGACACGGAATTACAGCTCAAGGATATTGTAATCCCTAA
AATAGACCGCTCCATTTTTAATGAGAGTGCCGGTAGTCGCAAGCAAACATATTCGAGACTGCGGTTTTCTCAGAGAAAAGAGGAACTTGGAGGTCTTTCAAGACGCAGAGCTGGGCTTCTTAGTGTGTCGAGACACTCTGTTGAAGTTGGGATAACGCCGACTATACGAAGGAAACCTGCAAATGGATCTGACCTAAAGG
ATAACAGTCAGATCTTGCAGCTGTTGAAGGGGCTGTTCACGAAAGGAGATCGATCCTTGACATGTAACGAAGTACCCAAAGTACAGTTGTCAAACCCTCCTCTGAACTCAGAAAGTGGCAGCAATCGTTCTTCAAATGTCACCCACAATATACAAAGTTGCAATGGGAAACAAGATTCTGGTCCCGAGCCAGCGAACAAT
CTGCAGTTAGTTGTTAGGGATCCCGAAATGGAGACTGAAGGTCTAAGTGCAGTCATTCAGGGAACACACAATGAACAATTTAATGACAATGCAGACCGGGAAATCTCCGATGCTAGGATTTCAGATACACAGATGGAGTCAAAGACAACTCTGGATGCAGACAGGAGTAGGCCTCTAGTGGACGGTAGTGTGGATAGACC
GAAAAAGAGGATGAGAACAAAAGAGGATGCAAGAAGGAAGGCGTTTGCAAATGCAGAAGAACAAATTGCGATGAGAGCATCAATGTCTATTAAGAATAATACTATTGTGGATGATTGCAGCCATACTGATACAAAGGCAGTAGGAAGTCCAGATGATAAAACTTTCAGCGAATCCAGCCATACTGACACAACAATTATTA
GATCTATGCAGGACAATACTGTGAATAACTCTCCCACTGACAAAAAAGTAGAAGATGTGAATGATGTGCCACCACAAAAAGGTGCCAAATTTGGCGGCAAGGGTTGTTCATCGACTGCACAAGAACCTTCTGTGGCTCAATTAAAGAGAAAATTTCCACCTTTAAAAACAGAAGCTCAATTGCAGGATTTTTTTGACAAA
GTAGGTGGCCAATGGGCATCTAAGAGGGAGAGGCGTAAGATTGTGGATGCTAGAGATTTTGGTGATGGATTTCCTGAAGGTTGGAAACTTCTATTGGGTGTTAGAAAAAAGGATGGTCGGTTTTTGATTGAATGCCGCAATTATATAAGCCCAGAGGGCCGCAAATTAAAATCCTGCCGTGAAGTTTCTGCTCATATGCT
TTCAACCCGTATGCACTGCCCAGCTGTTGGAACTGCCCAACAACCATCTGGCAACTCAACAAACCCAGTGGATAGCAGTGGAGAATGTTCTAAACAACAGACTGCCCATTTGAATGGCGTTGCCTTTCTTAATGCTGAAGAGCAACAAACATCACAAAGTAATGCTTCACCTATGACAGTGGTTAAGGTTGAAGGAAATT
CAATAAAGGATAACTGTGTTATTGCTTCAGATACTTCAGTTAAATGCTCAAAAGGCGACTTAAACTTAAGTAACAGAAGTGATTCAATGGCACATTTGACTGGTCATCACACCCAGAAGGTGAAAAAAACAAGCACTTCTAAGTCAATTGTGGATGGTGTAATCATGATAAATGGTAAATATGAATGTCAAATATGCCAT
AAAGTTTTCAACGAGAGGAATCGTTACACTGGCCATGTTGGTGTTCATGTGAGAAATGCAAAAAGGCTTCTTGATCCCCAGGGCGAAATCTCTAGTGGAGGCAAAGCAGACATTCATCCTCCTGAAACTTTTGGTAACGAGTTTAAGGACTACAGCAATGTTGATTCCACCATGGCAACCACAGGTACTAAACCCTGTGA
TCAGCAAGAGCAAAATGGAAATATGGCTTTGGGAACAATTCTAGATTCGTCATCACCTTCAGGAGAAAATGACTTTACATCTTCGCATGATGTGGGGATCCTCAGTACATTAGACATATCAGCAAAGGATGAGATTGATTTTAATTCTGAAACTCAGAAGCTTGATAGTCTGAAAGGCTTTGAAGAGTTTCAGATGGAGT
ATGCTCATTCGCCAAAGTTTGCATTTCAAACGGGCCAGGATACGGACAGTGTGATTGATGCACAATTAGACTTAGGCTTAGATGCGGGTGTTTTGCAGCAGGAAATTGATCCTCCTGGTCAGTTTGAGTGGGAGAGTGTCTTATCCAAGATAGAGAATAGTTCTCAGGTCTTTGTCTGTGTCTGGTGTAATTCAGAGTTC
AGCCATGATGGCCTTGATGAGGAACTCCAAGCAGACTCTGTTGGCTTCATTTGTTCACACTGCAAGAATAAGATTTCAGGGCAAATTGATATTTAAATGGTATTGAGACTATGCCACGAGTCATTTGGGAGGAAATTTGACTCTAAGTAAGCATGCAGTCTTCTTTTCTGCCTTATGGATCTGCCTTATTGTTGGCAATT
GATCTAACGTGCTCTAGGAGAATGTGTTTTCAAATTTTCCCCTGAGCCAATAAGGAAAGATTCAGTTTAAAATATCATGTTGGAGAAGTCCCGACATTGCTTTGCCGAGGTAAAAATGCTGTGTTTATGCAGGCTATGCCATGAGTCATTTGGGAGGAAATGTGACCGTTTAAATAGCCACTGCAGTTTCCTTTTTCCGA
CTTACGGAATTCCCGTATTGTTGGCAAGTGATCTAACATGCTCCTAGAAGAATGTGTTTTGGAATTTTCCCCTAGGCCCACAAGGCAGGGTTCAGGTTAAAATGCCATGTTGGAGAAGTCTGACCATTGCTTTTTCGTTATGTAGATCTGTTGGTATTATATAACTTTTCTATGACCGATATTGTTTATGTCGATGAATT
TATATACTCCTTATTCAATGTTTCCACAAGGTTTGGTTCTTTCGATTGCATTTTCCTTCTTTGTTTCTGTTTTCAATGAAGGTGAATGCATTCATTGTAATGCAATCTTCAAACTTCTCGTTTTGCAGAAACATGTTATATAATTGAAGAG
>TRINITY_DN112663_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:TCGGGGCTTTTCTTCTCTCCAGgtgagggtttattctctgatttagctcgacatgacaattcatggcttcgattttattttattattatttttaaacagtgaaataaaactataatgatgcagGAGAAGATAAGGTATGCTGTAATCACTGGAAGCTACATGGTAGCTGTTAGCCCTCTTCAGGCATGGATTGTTCTTTG
ACTGTTTCAACATCGGAACTGTCACTGTAAATCCCAAGTTCTTCTGAAGCTTTAAGCATTAGAATTTAAAAAGGCAAAGTTCTTGTGATGGCGTTTGCCGTGGATGAAGGCCATAGCCATCCGGAGTTTCGCAAAATTCCAGTCATAGATTTACGGTTTCTGTCTCAAGATGAGATCAATTGCGCAGCCCAGTGGTCAGA
CGAGGACACGGAATTACAGCTCAAGGATATTGTAATCCCTAAAATAGACCGCTCCATTTTTAATGAGAGTGCCGGTAGTCGCAAGCAAACATATTCGAGACTGCGGTTTTCTCAGAGAAAAGAGGAACTTGGAGGTCTTTCAAGACGCAGAGCTGGGCTTCTTAGTGTGTCGAGACACTCTGTTGAAGTTGGGATAACGC
CGACTATACGAAGGAAACCTGCAAATGGATCTGACCTAAAGGATAACAGTCAGATCTTGCAGCTGTTGAAGGGGCTGTTCACGAAAGGAGATCGATCCTTGACATGTAACGAAGTACCCAAAGTACAGTTGTCAAACCCTCCTCTGAACTCAGAAAGTGGCAGCAATCGTTCTTCAAATGTCACCCACAATATACAAAGT
TGCAATGGGAAACAAGATTCTGGTCCCGAGCCAGCGAACAATCTGCAGTTAGTTGTTAGGGATCCCGAAATGGAGACTGAAGGTCTAAGTGCAGTCATTCAGGGAACACACAATGAACAATTTAATGACAATGCAGACCGGGAAATCTCCGATGCTAGGATTTCAGATACACAGATGGAGTCAAAGACAACTCTGGATGC
AGACAGGAGTAGGCCTCTAGTGGACGGTAGTGTGGATAGACCGAAAAAGAGGATGAGAACAAAAGAGGATGCAAGAAGGAAGGCGTTTGCAAATGCAGAAGAACAAATTGCGATGAGAGCATCAATGTCTATTAAGAATAATACTATTGTGGATGATTGCAGCCATACTGATACAAAGGCAGTAGGAAGTCCAGATGATA
AAACTTTCAGCGAATCCAGCCATACTGACACAACAATTATTAGATCTATGCAGGACAATACTGTGAATAACTCTCCCACTGACAAAAAAGTAGAAGATGTGAATGATGTGCCACCACAAAAAGGTGCCAAATTTGGCGGCAAGGGTTGTTCATCGACTGCACAAGAACCTTCTGTGGCTCAATTAAAGAGAAAATTTCCA
CCTTTAAAAACAGAAGCTCAATTGCAGGATTTTTTTGACAAAGTAGGTGGCCAATGGGCATCTAAGAGGGAGAGGCGTAAGATTGTGGATGCTAGAGATTTTGGTGATGGATTTCCTGAAGGTTGGAAACTTCTATTGGGTGTTAGAAAAAAGGATGGTCGGTTTTTGATTGAATGCCGCAATTATATAAGCCCAGAGGG
CCGCAAATTAAAATCCTGCCGTGAAGTTTCTGCTCATATGCTTTCAACCCGTATGCACTGCCCAGCTGTTGGAACTGCCCAACAACCATCTGGCAACTCAACAAACCCAGTGGATAGCAGTGGAGAATGTTCTAAACAACAGACTGCCCATTTGAATGGCGTTGCCTTTCTTAATGCTGAAGAGCAACAAACATCACAAA
GTAATGCTTCACCTATGACAGTGGTTAAGGTTGAAGGAAATTCAATAAAGGATAACTGTGTTATTGCTTCAGATACTTCAGTTAAATGCTCAAAAGGCGACTTAAACTTAAGTAACAGAAGTGATTCAATGGCACATTTGACTGGTCATCACACCCAGAAGGTGAAAAAAACAAGCACTTCTAAGTCAATTGTGGATGGT
GTAATCATGATAAATGGTAAATATGAATGTCAAATATGCCATAAAGTTTTCAACGAGAGGAATCGTTACACTGGCCATGTTGGTGTTCATGTGAGAAATGCAAAAAGGCTTCTTGATCCCCAGGGCGAAATCTCTAGTGGAGGCAAAGCAGACATTCATCCTCCTGAAACTTTTGGTAACGAGTTTAAGGACTACAGCAA
TGTTGATTCCACCATGGCAACCACAGGTACTAAACCCTGTGATCAGCAAGAGCAAAATGGAAATATGGCTTTGGGAACAATTCTAGATTCGTCATCACCTTCAGGAGAAAATGACTTTACATCTTCGCATGATGTGGGGATCCTCAGTACATTAGACATATCAGCAAAGGATGAGATTGATTTTAATTCTGAAACTCAGA
AGCTTGATAGTCTGAAAGGCTTTGAAGAGTTTCAGATGGAGTATGCTCATTCGCCAAAGTTTGCATTTCAAACGGGCCAGGATACGGACAGTGTGATTGATGCACAATTAGACTTAGGCTTAGATGCGGGTGTTTTGCAGCAGGAAATTGATCCTCCTGGTCAGTTTGAGTGGGAGAGTGTCTTATCCAAGATAGAGAAT
AGTTCTCAGGTCTTTGTCTGTGTCTGGTGTAATTCAGAGTTCAGCCATGATGGCCTTGATGAGGAACTCCAAGCAGACTCTGTTGGCTTCATTTGTTCACACTGCAAGAATAAGATTTCAGGGCAAATTGATATTTAAATGGTATCGAGGTAAGAAATATTTCAATTGGCAAAATAAAGAAGTGATCTGTTTTACTGGAG
CGATTTGGTCACTTTATTCCACAATATAGGACAGTTATCTAGAGAAATAGAAAAAGTTACGGAACCCCGTAGTAAAATCGTCTTTGGACAAAATTCTACTTTCATGTCTGACATAATTGCGTAACTGAGGCTAAAATGCTCTGTTTATGCAGACTATGCCACGAGTCATTTGGGAGGAAATTTGACTCTAAGTAAGCATG
CAGTCTTCTTTTCTGCCTTATGGATCTGCCTTATTGTTGGCAATTGATCTAACGTGCTCTAGGAGAATGTGTTTTCAAATTTTCCCCTGAGCCAATAAGGAAAGATTCAGTTTAAAATATCATGTTGGAGAAGTCCCGACATTGCTTTGCCGAGGTAAAAATGCTGTGTTTATGCAGGCTATGCCATGAGTCATTTGGGA
GGAAATGTGACCGTTTAAATAGCCACTGCAGTTTCCTTTTTCCGACTTACGGAATTCCCGTATTGTTGGCAAGTGATCTAACATGCTCCTAGAAGAATGTGTTTTGGAATTTTCCCCTAGGCCCACAAGGCAGGGTTCAGGTTAAAATGCCATGTTGGAGAAGTCTGACCATTGCTTTTTCGTTATGTAGATCTGTTGGT
ATTATATAACTTTTCTATGACCGATATTGTTTATGTCGATGAATTTATATACTCCTTATTCAATGTTTCCACAAGGTTTGGTTCTTTCGATTGCATTTTCCTTCTTTGTTTCTGTTTTCAATGAAGGTGAATGCATTCATTGTAATGCAATCTTCAAACTTCTCGTTTTGCAGAAACATGTTATATAATTGAAGAG
Intron 3 GTGAGGGTTT ... TTTTAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 1.59 | 124 | 0 | 2 |
| A2 | 9.57 | 85 | 2 | 9 |
| A3 | 4.93 | 135 | 1 | 7 |
| A4 | 1.39 | 142 | 0 | 2 |
| A5 | 2.82 | 69 | 0 | 2 |
| A6 | 0 | 30 | 0 | 0 |
| A7 | 1.37 | 72 | 0 | 1 |
| A8 | 0 | 14 | 0 | 0 |
| A9 | 4 | 48 | 0 | 2 |
| A10 | 0 | 57 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN112663_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformATTTGTAATCTCTTTACTTCCACGGGAACAAACCATGTCAATGATTCAAACCCTAAACTATCGAATGAATATAGCTTTATAAATCAATCACTAGTAACCATAGGAGCTAGGGTTACATGACTCTTGGATTTAACTCTTAGGTCAATAATCAGGGGCACGCGGAAGAAACCCTTGCTTAACATTAATCAAGGGCACGCGGA
AGAAATCCTTGCATCCATTTGTTGAATCTGCGGGAGTGCTCACCACTATGGACCCACACCACGGATTAAACTCATGAATTCAACTTTTTATTTTGTGGTTTCAAGTGTCAATCAGCGAAGCTCGCGTGCTGGCGGATTTCCACTTGCGCCAGACTGCTAACGGGTGGAAATGCTTTTATTTCCATTTTAATCAAAACTTC
TCTGCTGCTTTGAAAGTGTTGTGTTCGAATCCTGGGCTTCGGAGCTTTGGCGGGTTTTGTCGGGGCTTTTCTTCTCTCCAGTGAAATAAAACTATAATGATGCAGGAGAAGATAAGGTATGCTGTAATCACTGGAAGCTACATGGTAGCTGTTAGCCCTCTTCAGGCATGGATTGTTCTTTGACTGTTTCAACATCGGAA
CTGTCACTGTAAATCCCAAGTTCTTCTGAAGCTTTAAGCATTAGAATTTAAAAAGGCAAAGTTCTTGTGATGGCGTTTGCCGTGGATGAAGGCCATAGCCATCCGGAGTTTCGCAAAATTCCAGTCATAGATTTACGGTTTCTGTCTCAAGATGAGATCAATTGCGCAGCCCAGTGGTCAGACGAGGACACGGAATTACA
GCTCAAGGATATTGTAATCCCTAAAATAGACCGCTCCATTTTTAATGAGAGTGCCGGTAGTCGCAAGCAAACATATTCGAGACTGCGGTTTTCTCAGAGAAAAGAGGAACTTGGAGGTCTTTCAAGACGCAGAGCTGGGCTTCTTAGTGTGTCGAGACACTCTGTTGAAGTTGGGATAACGCCGACTATACGAAGGAAAC
CTGCAAATGGATCTGACCTAAAGGATAACAGTCAGATCTTGCAGCTGTTGAAGGGGCTGTTCACGAAAGGAGATCGATCCTTGACATGTAACGAAGTACCCAAAGTACAGTTGTCAAACCCTCCTCTGAACTCAGAAAGTGGCAGCAATCGTTCTTCAAATGTCACCCACAATATACAAAGTTGCAATGGGAAACAAGAT
TCTGGTCCCGAGCCAGCGAACAATCTGCAGTTAGTTGTTAGGGATCCCGAAATGGAGACTGAAGGTCTAAGTGCAGTCATTCAGGGAACACACAATGAACAATTTAATGACAATGCAGACCGGGAAATCTCCGATGCTAGGATTTCAGATACACAGATGGAGTCAAAGACAACTCTGGATGCAGACAGGAGTAGGCCTCT
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