sp|O81629|KLCR1_ARATH ----> Protein KINESIN LIGHT CHAIN-RELATED 1

Intron 1 GTCCACCATT ... AAATTAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.67	10	0	2
A2	18.75	26	2	6
A3	22.92	37	1	11
A4	11.76	15	1	2
A5	0	5	0	0
A6	9.79	129	3	14
A7	6.7	167	2	12
A8	4.96	115	3	6
A9	9.64	178	0	19
A10	6.05	202	3	13

>TRINITY_DN41612_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGCATTTTGGAATGAATAGGTCGATTGTAACTGATCTTATATTTTTTGGATGTGTGATGGATAAATAAAGAAGGGAAGGGAGAGTAAGGGTTGATTTTCTTCCAGAAACTTGTTCGGAGAGTCAAATCCAGGTGATGGGGTTTGATTTCATGAAAGAGTTATCTGAAGATGATGCAGAT
TTCAAGGAAGCTTTTGAAGCTTGCAAGAACCCAACATTTAATGCAGAAAAAACAGAAGAAGATGGAAACAATACAATGGAACATGTTCAATGGAAAAAACAAATGCCAGTAACTGAGTCTCTACAACTATAAAATATTTTGGACAAAAGGATAAAGACAAAGACCAGAGGAAAGGAGTATTTTGAATACTTAGTAAAGTG
GAAAGATCAACCAATTGAAGAATGAACATGGATGAATGCCACACTTTTACACAAAAGTGGCCATATTGTTGAAGATATCATGGACAGGCCCGTCCATGAATAGTTTCAAGCCTAGAAGCATGATGCATGAGCATTTTTTATTTTCATGTTTGTTATTAAATTTTTGAATCTAGTTTAGTCTGGATTAGTTTTAATAAATA
GTGATAAGTTTAAATGTAATAATGTCTATAATGCCAAGTGTGCCCTCGAATCAGTTAGTGATCGAGATTGAAGTAGTTATTTTCTATTTTTAGGATAAAAAAATCCTTGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGTAGTTTGGAATGAATAGGTCGATTGCAACTAAAATTATTTTTTTTGGATGTGTGGTGGATAGATAAGGAA
GGGAAGAGAGAGTCCTGTCTCCCTGTTCAATTTATTCCAGAAACCTGTTTGGTTAGTTTCAAATATTTATGTTTACTGTACATTGAATTTATCTTTTCTTTTATCAATATCAGAG

>TRINITY_DN41612_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGCATTTTGGAATGAATAGGTCGATTGTAACTGATCTTATATTTTTTGGATGTGTGATGGATAAATAAAGAAGGGAAGGGAGAGTAAGGGTTGATTTTCTTCCAGAAACTTGTTCGgtccaccattgatatgatccaacgtttgtgcaaaattttgctgagcttagttgcatagaggat
aatgaaggagtttggacgcggaattgtttttttttaaaccacctttgctttattggaagtctggaactgctaatatttgtggtatgctcactctggaaacactgctaatttagttggggtttcatgttggcgatatgagtttggtgaaaggttgaggaagtcgaagtctgcccgcttgaggtggtatcagagcatgagta
gaacaagaataagaacattgttccaggaagaaaagtgatcatttgtattaaaacatggctatcagagttggtggaggtcgaagagaaaggaggcatgtagcaaacgctgaggtgatgagggttatgcaacgtttggaagcaagacttgatgtcttagaaggtggtagacgaagggatcctggtgatgtcagtgagggtga
agaacctcaagaagaagaagcagttgtagatcatgagctggttgagatgaggatgctgagacaagtattaggatccacctcaagacccaaaactaatataccaaattatactggcagtttgaaccttgaagagcttgttgactggatcaatgatatggaaaatgtctttgaatatgaggagatggaagatgaaaagaagg
tgaaatttgttgtgacaaagttgaaaggacatgattctttatggtgggatggtgtgcaggcagaaaggaggaagcaaaacaagcaaaagatcaagaattggacaagaatggttgcaaaattaaaagGAGAGTCAAATCCAGGTGATGGGGTTTGATTTCATGAAAGAGTTATCTGAAGATGATGCAGATTTCAAGGAAGC
TTTTGAAGCTTGCAAGAACCCAACATTTAATGCAGAAAAAACAGAAGAAGATGGAAACAATACAATGGAACATGTTCAATGGAAAAAACAAATGCCAGTAACTGAGTCTCTACAACTATAAAATATTTTGGACAAAAGGATAAAGACAAAGACCAGAGGAAAGGAGTATTTTGAATACTTAGTAAAGTGGAAAGATCAAC
CAATTGAAGAATGAACATGGATGAATGCCACACTTTTACACAAAAGTGGCCATATTGTTGAAGATATCATGGACAGGCCCGTCCATGAATAGTTTCAAGCCTAGAAGCATGATGCATGAGCATTTTTTATTTTCATGTTTGTTATTAAATTTTTGAATCTAGTTTAGTCTGGATTAGTTTTAATAAATAGTGATAAGTTT
AAATGTAATAATGTCTATAATGCCAAGTGTGCCCTCGAATCAGTTAGTGATCGAGATTGAAGTAGTTATTTTCTATTTTTAGGATAAAAAAATCCTTGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGTAGTTTGGAATGAATAGGTCGATTGCAACTAAAATTATTTTTTTTGGATGTGTGGTGGATAGATAAGGAAGGGAAGAGAGA
GTCCTGTCTCCCTGTTCAATTTATTCCAGAAACCTGTTTGGTTAGTTTCAAATATTTATGTTTACTGTACATTGAATTTATCTTTTCTTTTATCAATATCAGAG

Intron 2 GTCCACCATT ... TTTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	2	0	7
A2	48	13	2	12
A3	44.44	5	1	4
A4	30.77	9	1	4
A5	41.67	7	0	5
A6	54.29	32	3	38
A7	52.83	25	2	28
A8	46.81	25	3	22
A9	42.05	51	0	37
A10	65.12	15	3	28

>TRINITY_DN41612_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGCATTTTGGAATGAATAGGTCGATTGTAACTGATCTTATATTTTTTGGATGTGTGATGGATAAATAAAGAAGGGAAGGGAGAGTAAGGGTTGATTTTCTTCCAGAAACTTGTTCGAAAAAACAGAAGAAGATGGAAACAATACAATGGAACATGTTCAATGGAAAAAACAAATGCCAG
TAACTGAGTCTCTACAACTATAAAATATTTTGGACAAAAGGATAAAGACAAAGACCAGAGGAAAGGAGTATTTTGAATACTTAGTAAAGTGGAAAGATCAACCAATTGAAGAATGAACATGGATGAATGCCACACTTTTACACAAAAGTGGCCATATTGTTGAAGATATCATGGACAGGCCCGTCCATGAATAGTTTCAA
GCCTAGAAGCATGATGCATGAGCATTTTTTATTTTCATGTTTGTTATTAAATTTTTGAATCTAGTTTAGTCTGGATTAGTTTTAATAAATAGTGATAAGTTTAAATGTAATAATGTCTATAATGCCAAGTGTGCCCTCGAATCAGTTAGTGATCGAGATTGAAGTAGTTATTTTCTATTTTTAGGATAAAAAAATCCTTG
TGGATCAGTTAGGTTTTTGAGTAGTTTGGAATGAATAGGTCGATTGCAACTAAAATTATTTTTTTTGGATGTGTGGTGGATAGATAAGGAAGGGAAGAGAGAGTCCTGTCTCCCTGTTCAATTTATTCCAGAAACCTGTTTGGTTAGTTTCAAATATTTATGTTTACTGTACATTGAATTTATCTTTTCTTTTATCAATA
TCAGAG

>TRINITY_DN41612_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGCATTTTGGAATGAATAGGTCGATTGTAACTGATCTTATATTTTTTGGATGTGTGATGGATAAATAAAGAAGGGAAGGGAGAGTAAGGGTTGATTTTCTTCCAGAAACTTGTTCGgtccaccattgatatgatccaacgtttgtgcaaaattttgctgagcttagttgcatagaggat
aatgaaggagtttggacgcggaattgtttttttttaaaccacctttgctttattggaagtctggaactgctaatatttgtggtatgctcactctggaaacactgctaatttagttggggtttcatgttggcgatatgagtttggtgaaaggttgaggaagtcgaagtctgcccgcttgaggtggtatcagagcatgagta
gaacaagaataagaacattgttccaggaagaaaagtgatcatttgtattaaaacatggctatcagagttggtggaggtcgaagagaaaggaggcatgtagcaaacgctgaggtgatgagggttatgcaacgtttggaagcaagacttgatgtcttagaaggtggtagacgaagggatcctggtgatgtcagtgagggtga
agaacctcaagaagaagaagcagttgtagatcatgagctggttgagatgaggatgctgagacaagtattaggatccacctcaagacccaaaactaatataccaaattatactggcagtttgaaccttgaagagcttgttgactggatcaatgatatggaaaatgtctttgaatatgaggagatggaagatgaaaagaagg
tgaaatttgttgtgacaaagttgaaaggacatgattctttatggtgggatggtgtgcaggcagaaaggaggaagcaaaacaagcaaaagatcaagaattggacaagaatggttgcaaaattaaaaggagagtcaaatccaggtgatggggtttgatttcatgaaagagttatctgaagatgatgcagatttcaaggaagc
ttttgaagcttgcaagaacccaacatttaatgcagAAAAAACAGAAGAAGATGGAAACAATACAATGGAACATGTTCAATGGAAAAAACAAATGCCAGTAACTGAGTCTCTACAACTATAAAATATTTTGGACAAAAGGATAAAGACAAAGACCAGAGGAAAGGAGTATTTTGAATACTTAGTAAAGTGGAAAGATCAAC
CAATTGAAGAATGAACATGGATGAATGCCACACTTTTACACAAAAGTGGCCATATTGTTGAAGATATCATGGACAGGCCCGTCCATGAATAGTTTCAAGCCTAGAAGCATGATGCATGAGCATTTTTTATTTTCATGTTTGTTATTAAATTTTTGAATCTAGTTTAGTCTGGATTAGTTTTAATAAATAGTGATAAGTTT
AAATGTAATAATGTCTATAATGCCAAGTGTGCCCTCGAATCAGTTAGTGATCGAGATTGAAGTAGTTATTTTCTATTTTTAGGATAAAAAAATCCTTGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGTAGTTTGGAATGAATAGGTCGATTGCAACTAAAATTATTTTTTTTGGATGTGTGGTGGATAGATAAGGAAGGGAAGAGAGA
GTCCTGTCTCCCTGTTCAATTTATTCCAGAAACCTGTTTGGTTAGTTTCAAATATTTATGTTTACTGTACATTGAATTTATCTTTTCTTTTATCAATATCAGAG

Intron 3 GTAAGAGACA ... TTTGTACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.35	12.6	36	7
A2	64.68	18.2	32	7
A3	78.39	14.8	49	3
A4	82.18	5	22	0
A5	55	4.2	5	5
A6	70.09	80.2	174	17
A7	70.53	91.8	197	19
A8	75.22	63.2	175	36
A9	73.84	104.2	270	31
A10	71.37	107.2	237	11

>TRINITY_DN41612_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGCATTTTGGAATGAATAGGTCGATTGTAACTGATCTTATATTTTTTGGATGTGTGATGGATAAATAAAGAAGGGAAGGGAGAGTAAGGGTTGATTTTCTTCCAGAAACTTGTTCGGTCCACCATTGATATGATCCAACGTTTGTGCAAAATTTTGCTGAGCTTAGTTGCATAGAGGAT
AATGAAGGAGTTTGGACGCGGAATTGTTTTTTTTTAAACCACCTTTGCTTTATTGGAAGTCTGGAACTGCTAATATTTGTGGTATGCTCACTCTGGAAACACTGCTAATTTAGTTGGGGTTTCATGTTGGCGATATGAGTTTGGTGAAAGGTTGAGGAAGTCGAAGTCTGCCCGCTTGAGGTGGTATCAGAGCATGAGTA
GAACAAGAATAAGAACATTGTTCCAGGAAGAAAAGTGATCATTTGTATTAAAACATGGCTATCAGAGTTGGTGGAGGTCGAAGAGAAAGGAGGCATGTAGCAAACGCTGAGGTGATGAGGGTTATGCAACGTTTGGAAGCAAGACTTGATGTCTTAGAAGGTGGTAGACGAAGGGATCCTGGTGATGTCAGTGAGGGTGA
AGAACCTCAAGAAGAAGAAGCAGTTGTAGATCATGAGCTGGTTGAGATGAGGATGCTGAGACAAGTATTAGGATCCACCTCAAGACCCAAAACTAATATACCAAATTATACTGGCAGTTTGAACCTTGAAGAGCTTGTTGACTGGATCAATGATATGGAAAATGTCTTTGAATATGAGGAGATGGAAGATGAAAAGAAGG
TGAAATTTGTTGTGACAAAGTTGAAAGGACATGATTCTTTATGGTGGGATGGTGTGCAGGCAGAAAGGAGGAAGCAAAACAAGCAAAAGATCAAGAATTGGACAAGAATGGTTGCAAAATTAAAAGGAGAGTCAAATCCAGGTGATGGGGTTTGATTTCATGAAAGAGTTATCTGAAGATGATGCAGATTTCAAGGAAGC
TTTTGAAGCTTGCAAGAACCCAACATTTAATGCAGAAAAAACAGAAGAAGATGGAAACAATACAATGGAACATGTTCAATGGAAAAAACAAATGCCAGTAACTGAGTCTCTACAACTATAAAATATTTTGGACAAAAGGATAAAGACAAAGACCAGAGGAAAGGAGTATTTTGAATACTTAGTAAAGTGGAAAGATCAAC
CAATTGAAGAATGAACATGGATGAATGCCACACTTTTACACAAAAGTGGCCATATTGTTGAAGATATCATGGACAGGCCCGTCCATGAATAGTTTCAAGCCTAGAAGCATGATGCATGAGCATTTTTTATTTTCATGTTTGTTATTAAATTTTTGAATCTAGTTTAGTCTGGATTAGTTTTAATAAATAGTGATAAGTTT
AAATGTAATAATGTCTATAATGCCAAGTGTGCCCTCGAATCAGTTAGTGATCGAGATTGAAGTAGTTATTTTCTATTTTTAGGATAAAAAAATCCTTGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGTAGTTTGGAATGAATAGGTCGATTGCAACTAAAATTATTTTTTTTGGATGTGTGGTGGATAGATAAGGAAGGGAAGAGAGA
GTCCTGTCTCCCTGTTCAATTTATTCCAGAAACCTGTTTGGTTAGTTTCAAATATTTATGTTTACTGTACATTGAATTTATCTTTTCTTTTATCAATATCAGAG

>TRINITY_DN41612_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGCATTTTGGAATGAATAGGTCGATTGTAACTGATCTTATATTTTTTGGATGTGTGATGGATAAATAAAGAAGGGAAGGGAGAGTAAGGGTTGATTTTCTTCCAGAAACTTGTTCGGAGAGTCAAATCCAGGTGATGGGGTTTGATTTCATGAAAGAGTTATCTGAAGATGATGCAGAT
TTCAAGGAAGCTTTTGAAGCTTGCAAGAACCCAACAgtaagagacaaaagtccatggttagaatatatgtagcaagatgttttattgttcaagaatagtcagctttgtatccctaaatgctcaatgagagagaaattggtcaaagagaaacatagtggaggactaagtggaaattttggtcatgataaaacttataaaca
attgaagaatttttacttttggccaagaatgagggtatatgttcagaagtatgtggaccattatagaatctgtcaacatgcaaaaggtaagagtcaaaacaaaggtttgtatactgcacttccaattcccagcaggacttgggattcaataagcatggactttgtacttggtttacccaagacaaagagaggtaatgatt
cagtttttggagtggctgatagattttccaaaatggctcacttcattctttgtttcaagactagtgatgctactcatataactaatctgttctttaaagaagttgtgaagctgcgtggacttccaaagaaaattgtatcagacagagacacaaaaattcttggacatttttggaagactctgtggaaaaattttggaaca
taattgagttacagttcaacttgtcatccacaaatagatggacataatgaagcagtcaatagaagtctaggaaatctcttgagaagcttagttggagagcatcctaagcaatgggatcaagtactttctcaagctgaagtacgggaaaaagtccattccagattttatatggtatgcatccaagaggaatttatgaactt
agaaatttaggaaaagttgaaaaaagcagtgctaatggagaagattttgctacaaccatgcaagatattcatgagaaggtgaaacaaaagctataggaaagcagtctcaaatacaaaatcatagcatatttgaaaaaaatagagaataatttcaaagttggagaactggttttagcacatttgagatgaggaaagatttc
caaaaggagaatataacaaactgaagtttaaaaagattggaccttgcagaattctcaaaattttttccaataatgcatatgaaattgaattactagtagggctaagtatatctccaatttttgatgtgtcatatttgtacaagTTTAATGCAGAAAAAACAGAAGAAGATGGAAACAATACAATGGAACATGTTCAATGG
AAAAAACAAATGCCAGTAACTGAGTCTCTACAACTATAAAATATTTTGGACAAAAGGATAAAGACAAAGACCAGAGGAAAGGAGTATTTTGAATACTTAGTAAAGTGGAAAGATCAACCAATTGAAGAATGAACATGGATGAATGCCACACTTTTACACAAAAGTGGCCATATTGTTGAAGATATCATGGACAGGCCCGT
CCATGAATAGTTTCAAGCCTAGAAGCATGATGCATGAGCATTTTTTATTTTCATGTTTGTTATTAAATTTTTGAATCTAGTTTAGTCTGGATTAGTTTTAATAAATAGTGATAAGTTTAAATGTAATAATGTCTATAATGCCAAGTGTGCCCTCGAATCAGTTAGTGATCGAGATTGAAGTAGTTATTTTCTATTTTTAG
GATAAAAAAATCCTTGTGGATCAGTTAGGTTTTTGAGTAGTTTGGAATGAATAGGTCGATTGCAACTAAAATTATTTTTTTTGGATGTGTGGTGGATAGATAAGGAAGGGAAGAGAGAGTCCTGTCTCCCTGTTCAATTTATTCCAGAAACCTGTTTGGTTAGTTTCAAATATTTATGTTTACTGTACATTGAATTTATC
TTTTCTTTTATCAATATCAGAG