sp|Q84TH4|SR45A_ARATH ----> Serine/arginine-rich splicing factor SR45a


Intron 1 GTTGTATGCC ... ACTGCTGCAG

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>TRINITY_DN113818_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA
GCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGCAAAA

AGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACG
GGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCAT
CACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTT
ATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA


>TRINITY_DN113818_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTAAGTATTGCTTTTGTGGTAATATGCGTTATGGTATCATTTTCTTGCAGGTTTTATAATCAATGTTTGGCCTAATTTTTTGTTCGAACTTAGTTTTGATGTTCTGTTATTCTAGATATCCAATTATTATAAAAAATAAGACTTTTATT
GTTTAGATACTGTTAAGGTTAAGACTGTTTTTGGATCAGTGGTTAGCTACATAGAAGGGGAATGAGCTATATGGAGGCTATGATATAGCTGTTGTGTTCTATTTTGTACAGCATTCTAGCTGTTATAGTTCGGTCACTTTTTTCTTGTAAGTGCTGTTGTAGGAAGCTCAGATTAATTGTTTGCATGTTATCCTATATAT
TATCTGCAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGGTATGCATTAATGGAGGAGTTTCAGTTCAACCTCTGAAATT
GGGCAGGATGCATTGCAAATGGCTATGAAATAGTTGTTTTGACTAATTGTATTATTGGCCCTCACCATTCAGAAATGTTGCCTCTATTATTTTGGCAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATA
CAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGgttgtatgccctgcatttttgtttcaaagcaattaactgactttttccttgcatatgcctccatgcatacgattagatgctagtagatgttgtagagtgtatgcatatt
aaagctatagccctatattttgtattgtgtagtatgtgagaattgtctgccgtgagaattgacaagatgattaacttctctatcttatgttctcagttttgctcttcatcgatgtgttgtgtgttttagcttttagacaaacttccagggcgtatgtaggcaatatttttttaaactctagatcttttatttactgttgc
actttataggttattatattcttgattatttttggtgacaccattactgctgcag
GCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCAT
ACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTC
TCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTT
CTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATA
TACTATTGGAAGGATGTGCA




Intron 2 GTGAGTTTTT ... TTTCATACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A100.756610



>TRINITY_DN101894_c1_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoform
TAAAGGGCGTCTGCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGAT
TTGTGGGAAGGTCGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTT
ACGGGCTTGTCCCCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTAT
AACTGTTGAGAAGGTATGCATTAATGGAGGAGTTTCAGTTCAACCTCTGAAATTGGGCAGGATGCATTGCAAATGGCTATGAAATAGTTGTTTTGACTAATTGTATTATTGGCCCTCACCATTCAGAAATGTTGCCTCTATTATTTTGGCAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTA
AGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGTTGTATGCCCTGCATTTTTGTTTCAAAGCAATTAACTGACTTTTTCCTTGCATA
TGCCTCCATGCATACGATTAGATGCTAGTAGATGTTGTAGAGTGTATGCATATTAAAGCTATAGCCCTATATTTTGTATTGTGTAGTATGTGAGAATTGTCTGCCGTGAGAATTGACAAGATGATTAACTTCTCTATCTTATGTTCTCAGTTTTGCTCTTCATCGATGTGTTGTGTGTTTTAGCTTTTAGACAAACTTCC
AGGGCGTATGTAGGCAATATTTTTTTAAACTCTAGATCTTTTATTTACTGTTGCACTTTATAGGTTATTATATTCTTGATTATTTTTGGTGACACCATTACTGCTGCAGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTT
ACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCA
TATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTG
TTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCA
AGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCTTATGTCTACTAGCTAGCTATATGTCGGTGCTTGAGATTTTTGTACTCATTTAGCTGTTGGTTGCACACTTGGTTTAAAGTTGGTTGCACACTTGGTTTAAAGTGATGATAATTTGTGTTCTATAAA
TAAATTCTGTTCTGATTATAAGGTGTAGCAGATGTTTCAATTGGATTTTAACTTGTTGATGCCCAAAGAAATGCCTTTTTGTTTCTGTGGGCTATGTGCCCTTTTTGGCGTTAAGGGGCATTGGAATGGGCACACTGGAAAAGGGAAATTACGCTTCTCTTGAATAAGAAGAGCCTATTGATTGTAATGCCATTTGTTGT
TTAGAAGGGTTAACCATCATTAAAATTCATAATCTCATACCTTAAATATTAGAATCATTATAAATAGGTATGGTGAAACAGACAATAAACAAATTGCAATAAAAAGCACATAGCCCAAGTGTTAACAT


>TRINITY_DN101894_c1_g1_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TAAAGGGCGTCTGCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGAT
TTGTGGGAAGGTCGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGgtgagtttttgtctttctgttttcgagttaaatcttataacttaatggagaaaatgcgatgtaatgatatctgcaaactcgttctgttggcttgaaagtattcaagctgtcaaagaaaacgaagcgaaaattcattaaaaagaa
gtctgtcatcaaggttaagctagagatagtgccccacgattgtttggggaattttgcgttgggtcttggtggcttgggttgtaaaatacattttgattggctttctgttgtgacctgtgtaaattaagttttcaagtaatgctttgtttcttaaaattgtaattgtaatgttttggggaatgttttgtttcttaattggt
aaaatcaaagacttttgaaatcttggacccagttttatccacaaatgtcaatacccaatttttttaattagttctattagacatggcagcatgtagccaacagagtatcagagcatctaattgttggtgggcaccctctgtgggcaatctctgtgtcacttataatatatactctttgttgcttccttttctgagaaacc
atggaaagaatagcttgatttttttaagccgctagtatccgtttttcacaggacaccctgtttggctggtgaaattcttgatccgacttcgttaatatattgcctctcattttacactggacaatccagttttaaagggaatcgtactctgttgggaatatcatcaccttttcttgaccaaccagccaggctcataagag
gttgtgctattgataattataagttgaagataacagcatatccagtaaggattattggagattaccgacattgcatgcatgataaacgggcatattaattagacacatataatggtttagaataatgatggaggttaaaatcttccatttggatgttactaaataaatactccatttttatgttactaaataatgttatt
aagagtaggtcgtccattgggctctgttccattctttagagggaattgacccccagtgagggtcacgcactttcttttaacaatcagtggttttttttttagagaatatgctgctgataaatggagatcaatataacatatacctaataatgaggcataattggagattggtggagaatgttttactgataaccggaaat
taaagacaacatgagcctaataataattaagcataatcggagattagtttgatagttaagacacaacgaatggtgtggagtgtttattgatagcggttaaaatgatctatttcaatatttttaaataatatgtatagaataggttgcccatcgggctgtggttcatcactgatccagtgggagtttacctcaactggtct
aggtttgaataccagtgtttttatcccatcttattaatccgggagtctacagaaacacttatcctacggtattgaagctaatggaaaaatgtttgtaaagtaggttgaaaggcactggaaagcatattataatctagtgacggtttcacccgctatattatccatagcaatgaattgcacaggcttttctagctatatct
tatttattaagcctatacaaggcagaagacaaccgatgtaaaatcccaagggctactttctaagggctattcgaagtttcaatattttaaagttaatcaaattgtcacatgctagttttttaggagctttattgcaaacatcatatatagagttaagcgggttgaagtgtttttcgaatgggaattttaattacatgaaa
ttatgagagttggtgtatttatttcggcctgcagcagactgaataatgctcgccatttatttacttgagattcaacggcctgttgcattaaatggcgtgcagcaggctaaataatgctcgccatttattttaattttatgctgacatgctttctatttgtaaaatcgctttctatttgtaaaatcccaagtgctacaagg
gctatccgaagtttcaaattttaaagttatcacgtgctagttctttaggagccttatttcaaacatcatatatagagttaagcggtttgaagtggttttcgcatgggaattttaattgcatgaaattatgtgttatagtgtattttatattttatattttatgctgacatgctttctatttttctttttcatacag
TCGT
AC
TCAAGGAGAGGGAGGTGAGTTCTATATAAATACTGAGCTTCTTGTAATTCTTTTTCCTCGTTGCATCAATATATAGTAGATATTTGAATTTTTCTTTTTCGTCTTTAAAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGTATGGACAGTGA
AATGTTTTTATGCTGTTGTGACATTCTATGATTTCAAAAAATCTTCCACCCAAAAAATTATTTATCAGAAAAATTGAGATTATTTATTATATTTTTATGCTTTTGTTTAATTAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCCCCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTG
AAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTAAGTATTGCTTTTGTGGTAATATGCGTTATGGTATCATTTTCTTGCAGGTTTTATAATCAATGTTTGGCCTAATTTTTTGTTCGAACTTAGTTTTGATGTTCTGTTATTCTAGATATCCAATTATTATAAAAAATAAGACTTTTATTGTTTAGATACTGTTAAGGTTAAGAC
TGTTTTTGGATCAGTGGTTAGCTACATAGAAGGGGAATGAGCTATATGGAGGCTATGATATAGCTGTTGTGTTCTATTTTGTACAGCATTCTAGCTGTTATAGTTCGGTCACTTTTTTCTTGTAAGTGCTGTTGTAGGAAGCTCAGATTAATTGTTTGCATGTTATCCTATATATTATCTGCAGGTTGTCGAATGTCATC
TTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGGTATGCATTAATGGAGGAGTTTCAGTTCAACCTCTGAAATTGGGCAGGATGCATTGCAAATGGCTA
TGAAATAGTTGTTTTGACTAATTGTATTATTGGCCCTCACCATTCAGAAATGTTGCCTCTATTATTTTGGCAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTA
CATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAG
TTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGG
ATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGC
ATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTT
TGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCTTATGTCTACTAGCTAGCTATATGTCGGTGCTTGAGATTTTTGTACTCATTTAGCTGTTGGTTGCACACTTGGTTTAAAGTTGGTTGCACACTTGGTTTAAAGTGATGATAATTTGTGTTCTATAAATAAATTCTGTTCTGATTATAAGGTGTAGCAGATGTTTCAATTG
GATTTTAACTTGTTGATGCCCAAAGAAATGCCTTTTTGTTTCTGTGGGCTATGTGCCCTTTTTGGCGTTAAGGGGCATTGGAATGGGCACACTGGAAAAGGGAAATTACGCTTCTCTTGAATAAGAAGAGCCTATTGATTGTAATGCCATTTGTTGTTTAGAAGGGTTAACCATCATTAAAATTCATAATCTCATACCTT
AAATATTAGAATCATTATAAATAGGTATGGTGAAACAGACAATAAACAAATTGCAATAAAAAGCACATAGCCCAAGTGTTAACAT




Intron 3 GTATGCATTA ... CACCATTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A170.2710.82410
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A884.393.2178
A973.3312.4274
A1071.4911.62819



>TRINITY_DN101894_c1_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
GCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGAAATGTTGCCTCTATTATTTTGGCAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAA
TATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCG
ATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAA
GGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAAC
AACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGG
ATGTGCTTATGTCTACTAGCTAGCTATATGTCGGTGCTTGAGATTTTTGTACTCATTTAGCTGTTGGTTGCACACTTGGTTTAAAGTTGGTTGCACACTTGGTTTAAAGTGATGATAATTTGTGTTCTATAAATAAATTCTGTTCTGATTATAAGGTGTAGCAGATGTTTCAATTGGATTTTAACTTGTTGATGCCCAAA
GAAATGCCTTTTTGTTTCTGTGGGCTATGTGCCCTTTTTGGCGTTAAGGGGCATTGGAATGGGCACACTGGAAAAGGGAAATTACGCTTCTCTTGAATAAGAAGAGCCTATTGATTGTAATGCCATTTGTTGTTTAGAAGGGTTAACCATCATTAAAATTCATAATCTCATACCTTAAATATTAGAATCATTATAAATAG
GTATGGTGAAACAGACAATAAACAAATTGCAATAAAAAGCACATAGCCCAAGTGTTAACAT


>TRINITY_DN101894_c1_g1_i13 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TAAAGGGCGTCTGCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGAT
TTGTGGGAAGGTCGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGGTGAGTTTTTGTCTTTCTGTTTTCGAGTTAAATCTTATAACTTAATGGAGAAAATGCGATGTAATGATATCTGCAAACTCGTTCTGTTGGCTTGAAAGTATTCAAGCTGTCAAAGAAAACGAAGCGAAAATTCATTAAAAAGAA
GTCTGTCATCAAGGTTAAGCTAGAGATAGTGCCCCACGATTGTTTGGGGAATTTTGCGTTGGGTCTTGGTGGCTTGGGTTGTAAAATACATTTTGATTGGCTTTCTGTTGTGACCTGTGTAAATTAAGTTTTCAAGTAATGCTTTGTTTCTTAAAATTGTAATTGTAATGTTTTGGGGAATGTTTTGTTTCTTAATTGGT
AAAATCAAAGACTTTTGAAATCTTGGACCCAGTTTTATCCACAAATGTCAATACCCAATTTTTTTAATTAGTTCTATTAGACATGGCAGCATGTAGCCAACAGAGTATCAGAGCATCTAATTGTTGGTGGGCACCCTCTGTGGGCAATCTCTGTGTCACTTATAATATATACTCTTTGTTGCTTCCTTTTCTGAGAAACC
ATGGAAAGAATAGCTTGATTTTTTTAAGCCGCTAGTATCCGTTTTTCACAGGACACCCTGTTTGGCTGGTGAAATTCTTGATCCGACTTCGTTAATATATTGCCTCTCATTTTACACTGGACAATCCAGTTTTAAAGGGAATCGTACTCTGTTGGGAATATCATCACCTTTTCTTGACCAACCAGCCAGGCTCATAAGAG
GTTGTGCTATTGATAATTATAAGTTGAAGATAACAGCATATCCAGTAAGGATTATTGGAGATTACCGACATTGCATGCATGATAAACGGGCATATTAATTAGACACATATAATGGTTTAGAATAATGATGGAGGTTAAAATCTTCCATTTGGATGTTACTAAATAAATACTCCATTTTTATGTTACTAAATAATGTTATT
AAGAGTAGGTCGTCCATTGGGCTCTGTTCCATTCTTTAGAGGGAATTGACCCCCAGTGAGGGTCACGCACTTTCTTTTAACAATCAGTGGTTTTTTTTTTAGAGAATATGCTGCTGATAAATGGAGATCAATATAACATATACCTAATAATGAGGCATAATTGGAGATTGGTGGAGAATGTTTTACTGATAACCGGAAAT
TAAAGACAACATGAGCCTAATAATAATTAAGCATAATCGGAGATTAGTTTGATAGTTAAGACACAACGAATGGTGTGGAGTGTTTATTGATAGCGGTTAAAATGATCTATTTCAATATTTTTAAATAATATGTATAGAATAGGTTGCCCATCGGGCTGTGGTTCATCACTGATCCAGTGGGAGTTTACCTCAACTGGTCT
AGGTTTGAATACCAGTGTTTTTATCCCATCTTATTAATCCGGGAGTCTACAGAAACACTTATCCTACGGTATTGAAGCTAATGGAAAAATGTTTGTAAAGTAGGTTGAAAGGCACTGGAAAGCATATTATAATCTAGTGACGGTTTCACCCGCTATATTATCCATAGCAATGAATTGCACAGGCTTTTCTAGCTATATCT
TATTTATTAAGCCTATACAAGGCAGAAGACAACCGATGTAAAATCCCAAGGGCTACTTTCTAAGGGCTATTCGAAGTTTCAATATTTTAAAGTTAATCAAATTGTCACATGCTAGTTTTTTAGGAGCTTTATTGCAAACATCATATATAGAGTTAAGCGGGTTGAAGTGTTTTTCGAATGGGAATTTTAATTACATGAAA
TTATGAGAGTTGGTGTATTTATTTCGGCCTGCAGCAGACTGAATAATGCTCGCCATTTATTTACTTGAGATTCAACGGCCTGTTGCATTAAATGGCGTGCAGCAGGCTAAATAATGCTCGCCATTTATTTTAATTTTATGCTGACATGCTTTCTATTTGTAAAATCGCTTTCTATTTGTAAAATCCCAAGTGCTACAAGG
GCTATCCGAAGTTTCAAATTTTAAAGTTATCACGTGCTAGTTCTTTAGGAGCCTTATTTCAAACATCATATATAGAGTTAAGCGGTTTGAAGTGGTTTTCGCATGGGAATTTTAATTGCATGAAATTATGTGTTATAGTGTATTTTATATTTTATATTTTATGCTGACATGCTTTCTATTTTTCTTTTTCATACAGTCGT
ACTCAAGGAGAGGGAGGTGAGTTCTATATAAATACTGAGCTTCTTGTAATTCTTTTTCCTCGTTGCATCAATATATAGTAGATATTTGAATTTTTCTTTTTCGTCTTTAAAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGTATGGACAGTGA
AATGTTTTTATGCTGTTGTGACATTCTATGATTTCAAAAAATCTTCCACCCAAAAAATTATTTATCAGAAAAATTGAGATTATTTATTATATTTTTATGCTTTTGTTTAATTAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCCCCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTG
AAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTAAGTATTGCTTTTGTGGTAATATGCGTTATGGTATCATTTTCTTGCAGGTTTTATAATCAATGTTTGGCCTAATTTTTTGTTCGAACTTAGTTTTGATGTTCTGTTATTCTAGATATCCAATTATTATAAAAAATAAGACTTTTATTGTTTAGATACTGTTAAGGTTAAGAC
TGTTTTTGGATCAGTGGTTAGCTACATAGAAGGGGAATGAGCTATATGGAGGCTATGATATAGCTGTTGTGTTCTATTTTGTACAGCATTCTAGCTGTTATAGTTCGGTCACTTTTTTCTTGTAAGTGCTGTTGTAGGAAGCTCAGATTAATTGTTTGCATGTTATCCTATATATTATCTGCAGGTTGTCGAATGTCATC
TTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGgtatgcattaatggaggagtttcagttcaacctctgaaattgggcaggatgcattgcaaatggcta
tgaaatagttgttttgactaattgtattattggccctcaccattcag
AAATGTTGCCTCTATTATTTTGGCAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTA
CATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGTTGTATGCCCTGCATTTTTGTTTCAAAGCAATTAACTGACTTTTTCCTTGCATATGCCTCCATGCATACGATTAGATGCTAGTAGATGTTGTAGAGTGTATGCATATTAAAGCTATAGCCCTATATTTTGTAT
TGTGTAGTATGTGAGAATTGTCTGCCGTGAGAATTGACAAGATGATTAACTTCTCTATCTTATGTTCTCAGTTTTGCTCTTCATCGATGTGTTGTGTGTTTTAGCTTTTAGACAAACTTCCAGGGCGTATGTAGGCAATATTTTTTTAAACTCTAGATCTTTTATTTACTGTTGCACTTTATAGGTTATTATATTCTTGA
TTATTTTTGGTGACACCATTACTGCTGCAGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGGTAACAAGGAATTGTTTTAAAGCCCCCTTGTTTGCAGTGTAGTAAATTCCAAAATGTATTGATGCTTCATTTTCACAGTTTCCCTTAAAATTGTCTTTTGGTTTTG
GGACTTTTCTCGTCACACTACATAATCCGCTAACATTTTCTGTGTAAGCAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGG
TCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATA
TTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATT
TAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCTTATGTCTACTAGCTAGCTATATGTCGGTGCTTGAGATTTTTGTACTCA
TTTAGCTGTTGGTTGCACACTTGGTTTAAAGTTGGTTGCACACTTGGTTTAAAGTGATGATAATTTGTGTTCTATAAATAAATTCTGTTCTGATTATAAGGTGTAGCAGATGTTTCAATTGGATTTTAACTTGTTGATGCCCAAAGAAATGCCTTTTTGTTTCTGTGGGCTATGTGCCCTTTTTGGCGTTAAGGGGCATT
GGAATGGGCACACTGGAAAAGGGAAATTACGCTTCTCTTGAATAAGAAGAGCCTATTGATTGTAATGCCATTTGTTGTTTAGAAGGGTTAACCATCATTAAAATTCATAATCTCATACCTTAAATATTAGAATCATTATAAATAGGTATGGTGAAACAGACAATAAACAAATTGCAATAAAAAGCACATAGCCCAAGTGT
TAACAT




Intron 4 GTAACAAGGA ... GTGTAAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A113.7439.85.55.8
A221.8239.910.78.3
A318.923.7513.2
A433.133.317.24.5
A515.4529.25.13.6
A62.9163.41.825.1
A77.9151.848
A823.2543.1138
A923.2331.49.27.3
A1015.7346.68.56.6



>TRINITY_DN113818_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA
GCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGCAAAA
AGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACG
GGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCAT
CACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTT
ATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA


>TRINITY_DN113818_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGgtaacaaggaattgttttaaagcccccttgtttgcagtgtagtaaattccaaaatgtattgatgcttcattttcacagtttcccttaaaattgtcttttggttttgggacttttctcgtcacactacataatccgctaacattttctgtgtaagcagTGCGTGACTATGACAGACGA
CGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCT
CTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTAT
ATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCT
TCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA




Intron 5 GTATGGACAG ... GTTTAATTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A118.193327.4
A213.8928.324.7
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A108.3631.45.8



>TRINITY_DN113818_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA
GCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGCAAAA
AGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACG
GGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCAT
CACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTT
ATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA


>TRINITY_DN113818_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGgtatggacagtgaaatgtttttatgctgttgtgacattctatgatttcaaaaaatcttccacccaaaaaattatttatcagaaaaattgagattatttattatatttttatgcttttgtttaattagGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTAC
GGGCTTGTCCCCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAA
CTGTTGAGAAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATAC
AAGGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAA
GTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAAC
GGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCC
GTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA




Intron 6 GTATGCATTA ... ACTGCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A150.5525.32427.6
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A454.4426.32735.6
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A747.4634.63131.6
A852.6627.21743.4
A941.0136.52723.8
A1036.8950.82831.4



>TRINITY_DN113818_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA
G
GCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTT
ATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGA
GCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTA
TTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA


>TRINITY_DN113818_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTAAGTATTGCTTTTGTGGTAATATGCGTTATGGTATCATTTTCTTGCAGGTTTTATAATCAATGTTTGGCCTAATTTTTTGTTCGAACTTAGTTTTGATGTTCTGTTATTCTAGATATCCAATTATTATAAAAAATAAGACTTTTATT
GTTTAGATACTGTTAAGGTTAAGACTGTTTTTGGATCAGTGGTTAGCTACATAGAAGGGGAATGAGCTATATGGAGGCTATGATATAGCTGTTGTGTTCTATTTTGTACAGCATTCTAGCTGTTATAGTTCGGTCACTTTTTTCTTGTAAGTGCTGTTGTAGGAAGCTCAGATTAATTGTTTGCATGTTATCCTATATAT
TATCTGCAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGgtatgcattaatggaggagtttcagttcaacctctgaaatt
gggcaggatgcattgcaaatggctatgaaatagttgttttgactaattgtattattggccctcaccattcagaaatgttgcctctattattttggcagcagggcagctgtgtagcttcatcgactctttttcaacttaagagcctaagcctacgagcataacgactttcccgtcaacttgcattggcatttgtgttgata
caatcgacaatgtcaccatcagctacatcagatttcaaaaataattcaatatgctgacgttcaaatgcagcaaccacccgactatacaagggttgtatgccctgcatttttgtttcaaagcaattaactgactttttccttgcatatgcctccatgcatacgattagatgctagtagatgttgtagagtgtatgcatatt
aaagctatagccctatattttgtattgtgtagtatgtgagaattgtctgccgtgagaattgacaagatgattaacttctctatcttatgttctcagttttgctcttcatcgatgtgttgtgtgttttagcttttagacaaacttccagggcgtatgtaggcaatatttttttaaactctagatcttttatttactgttgc
actttataggttattatattcttgattatttttggtgacaccattactgctgcag
GCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCAT
ACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTC
TCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTT
CTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATA
TACTATTGGAAGGATGTGCA




Intron 7 GTATGCATTA ... ATTTTGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A137.0828249
A229.826.416.46
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A444.54332726
A527.271263
A637.2516118
A741.8535.43120
A851.0212178
A933.3333276
A1053.19222822



>TRINITY_DN113818_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA
G
CAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGCAAAA
AGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACG
GGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCAT
CACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTT
ATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA


>TRINITY_DN113818_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA
G
gtatgcattaatggaggagtttcagttcaacctctgaaattgggcaggatgcattgcaaatggctatgaaatagttgttttgactaattgtattattggccctcaccattcagaaatgttgcctctattattttggcagCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCA
TAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGTTGTATGCCCTGCATTTTTGTTTCAAAGCAATTAACTGACTTTTTCCTTGCATATGCCTCCATGCA
TACGATTAGATGCTAGTAGATGTTGTAGAGTGTATGCATATTAAAGCTATAGCCCTATATTTTGTATTGTGTAGTATGTGAGAATTGTCTGCCGTGAGAATTGACAAGATGATTAACTTCTCTATCTTATGTTCTCAGTTTTGCTCTTCATCGATGTGTTGTGTGTTTTAGCTTTTAGACAAACTTCCAGGGCGTATGTA
GGCAATATTTTTTTAAACTCTAGATCTTTTATTTACTGTTGCACTTTATAGGTTATTATATTCTTGATTATTTTTGGTGACACCATTACTGCTGCAGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCA
GTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGG
GATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTT
ATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTG
TAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA




Intron 8 GTAAGTATTG ... TTATCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A136.11238.313
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A525152.35
A628.432.811.213
A727.87443.917
A821.95324.19
A928.0717.97.87
A1014.07553.99



>TRINITY_DN113818_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA
GCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGCAAAA
AGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACG
GGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCAT
CACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTT
ATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA


>TRINITY_DN113818_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGgtaagtattgcttttgtggtaatatgcgttatggtatcattttcttgcaggttttataatcaatgtttggcctaattttttgttcgaacttagttttgatgttctgttattctagatatccaattattataaaaaataagacttttatt
gtttagatactgttaaggttaagactgtttttggatcagtggttagctacatagaaggggaatgagctatatggaggctatgatatagctgttgtgttctattttgtacagcattctagctgttatagttcggtcacttttttcttgtaagtgctgttgtaggaagctcagattaattgtttgcatgttatcctatatat
tatctgcag
GTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGGTATGCATTAATGGAGGAGTTTCAGTTCAACCTCTGAAATT
GGGCAGGATGCATTGCAAATGGCTATGAAATAGTTGTTTTGACTAATTGTATTATTGGCCCTCACCATTCAGAAATGTTGCCTCTATTATTTTGGCAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATA
CAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGTTGTATGCCCTGCATTTTTGTTTCAAAGCAATTAACTGACTTTTTCCTTGCATATGCCTCCATGCATACGATTAGATGCTAGTAGATGTTGTAGAGTGTATGCATATT
AAAGCTATAGCCCTATATTTTGTATTGTGTAGTATGTGAGAATTGTCTGCCGTGAGAATTGACAAGATGATTAACTTCTCTATCTTATGTTCTCAGTTTTGCTCTTCATCGATGTGTTGTGTGTTTTAGCTTTTAGACAAACTTCCAGGGCGTATGTAGGCAATATTTTTTTAAACTCTAGATCTTTTATTTACTGTTGC
ACTTTATAGGTTATTATATTCTTGATTATTTTTGGTGACACCATTACTGCTGCAGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCAT
ACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTC
TCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTT
CTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATA
TACTATTGGAAGGATGTGCA




Intron 9 GCAGGGCAGC ... ACTATACAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A154242816.6
A259.2818.326.411.6
A369.039.92212.8
A457.8824.13314.5
A542.8916.61218.3
A638.4425.91617.4
A750.8734.335.416.9
A832.63251212.8
A947.6936.33312
A1030.6750.12216.1



>TRINITY_DN113818_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA


GGCAAA
AAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTT
ATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGA
GCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTA
TTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA


>TRINITY_DN113818_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATATTTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGT
CGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCC
CCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAA


gcagggcagctgtgtagcttcatcgactctttttcaacttaagagcctaagcctacgagcataacgactttcccgtcaacttgcattggcatttgtgttgatacaatcgacaatgtcaccatcagctacatcagatttcaaaaataattcaatatgctgacgttcaaatgcagcaaccacccgactatacaag
GGCAAAA
AGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACG
GGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCAT
CACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTT
ATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGGAAGGATGTGCA




Intron 10 GCAATTAACT ... ACTGCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A148.94241630
A263.04172236
A38031410
A462192537
A551.61151418
A663.22161738
A769.86111734
A867.01161946
A958.21141326
A1062.5151535



>TRINITY_DN122103_c6_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoform
CAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACTTTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGTTGTAT
GCCCTGCATTTTTGTTTCAAAGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTC
CCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCC
CTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAG
AGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGG


>TRINITY_DN122103_c6_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AGTTAAGCGGTTTGAAGTGGTTTTCGCATGGGAATTTTAATTGCATGAAATTATGTGTTATAGTGTATTTTATATTTTATATTTTATGCTGACATGCTTTCTATTTTTCTTTTTCATACAGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTGAGTTCTATATAAATACTGAGCTTCTTGTAATTCTTTTTCCTCGTTGCATCAATATA
TAGTAGATATTTGAATTTTTCTTTTTCGTCTTTAAAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCCCCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAA
GGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTAAGTATTGCTTTTGTGGTAATATGCGTTATGGTATCATTTTCTTGCAGGTTTTATAATCAATGTTTGGCCTAATTTTTTGTTCGAACTTAGTTTTGATGTTCTGTTATTCTAGATATCCAATTATTATAAAAAATAAGACTTTTATTGTTTAGATACTGTTAAGGTTAAGACTG
TTTTTGGATCAGTGGTTAGCTACATAGAAGGGGAATGAGCTATATGGAGGCTATGATATAGCTGTTGTGTTCTATTTTGTACAGCATTCTAGCTGTTATAGTTCGGTCACTTTTTTCTTGTAAGTGCTGTTGTAGGAAGCTCAGATTAATTGTTTGCATGTTATCCTATATATTATCTGCAGGTTGTCGAATGTCATCTT
GTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACT
TTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGTTGTATGCCCTGCATTTTTGTTTCAAAgcaattaactgactttttccttgcatatgcctccatgcatacgatta
gatgctagtagatgttgtagagtgtatgcatattaaagctatagccctatattttgtattgtgtagtatgtgagaattgtctgccgtgagaattgacaagatgattaacttctctatcttatgttctcagttttgctcttcatcgatgtgttgtgtgttttagcttttagacaaacttccagggcgtatgtaggcaatat
ttttttaaactctagatcttttatttactgttgcactttataggttattatattcttgattatttttggtgacaccattactgctgcag
GCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGC
CATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTC
TCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAG
TATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCAT
TTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGG




Intron 11 GTGAGTTCTA ... GTCTTTAAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A117.9349.5714.2
A212.6349.1103.2
A320.1160.2920.6
A434.37271116.4
A523.8920.339.2
A610.5232.725
A74.9775.225
A811.963244.4
A96.0828.103.4
A106.5371.509.2



>TRINITY_DN122103_c6_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTTTATCGTTCCGTTCTAGTTATTTAAAGGGCGTCTGCAAGGGCGTTTTAGAGGCCAAATTAAGAGATTCATAGCAAAAGATCGGACTTTATCAATTTGCCTGCACATTGGATTTTATTGGCATCTCTGTAAAACTGAAGTTTCAATGTTTTTTTCTCTCTTTGGCCGTTGCTTCTAGGGTTTTGCCGCACGCTAATAT
TTTCCGGGGTAAGCGAGGGTTTGATTTGTGGGAAGGTCGAAGACATACTGTCCACCGGAATCTCTTCTCCAAGCGGTCATGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGGTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGC
AAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCCCCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAAGGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTTGTCGAATGTCATCTTGTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATC
GATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGCCATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATAT
GGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTCTCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCG
GGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAGTATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACT
TAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCATTTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGG


>TRINITY_DN122103_c6_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AGTTAAGCGGTTTGAAGTGGTTTTCGCATGGGAATTTTAATTGCATGAAATTATGTGTTATAGTGTATTTTATATTTTATATTTTATGCTGACATGCTTTCTATTTTTCTTTTTCATACAGTCGTACTCAAGGAGAGGGAGgtgagttctatataaatactgagcttcttgtaattctttttcctcgttgcatcaatata
tagtagatatttgaatttttctttttcgtctttaaag
GTATGATTCATACTCCCCAGTAAGGAGAAATCGTTCTATATCAAGGTCAATTTCAAGGTCTCGGAGCCGTTCCAGGAGCTGGGATTCGAATGGTGTTGCAAATCCTGGAAACAACCTTTATGTTACGGGCTTGTCCCCTCGAATTGCAAAAGGGGATCTTGAA
GGCCATTTCTCTACAGAAGGAAAGGTAAGTATTGCTTTTGTGGTAATATGCGTTATGGTATCATTTTCTTGCAGGTTTTATAATCAATGTTTGGCCTAATTTTTTGTTCGAACTTAGTTTTGATGTTCTGTTATTCTAGATATCCAATTATTATAAAAAATAAGACTTTTATTGTTTAGATACTGTTAAGGTTAAGACTG
TTTTTGGATCAGTGGTTAGCTACATAGAAGGGGAATGAGCTATATGGAGGCTATGATATAGCTGTTGTGTTCTATTTTGTACAGCATTCTAGCTGTTATAGTTCGGTCACTTTTTTCTTGTAAGTGCTGTTGTAGGAAGCTCAGATTAATTGTTTGCATGTTATCCTATATATTATCTGCAGGTTGTCGAATGTCATCTT
GTCGTTGATCCTCGTACCAGGGAGTCACGTGGTTTTGGATTTGTTACAATGGCCACTTTGGAAGATGCAGAGCGTTGTATTAAACATTTGAATCGATCTGTTTTAGAAGGCCGTGTTATAACTGTTGAGAAGCAGGGCAGCTGTGTAGCTTCATCGACTCTTTTTCAACTTAAGAGCCTAAGCCTACGAGCATAACGACT
TTCCCGTCAACTTGCATTGGCATTTGTGTTGATACAATCGACAATGTCACCATCAGCTACATCAGATTTCAAAAATAATTCAATATGCTGACGTTCAAATGCAGCAACCACCCGACTATACAAGGGTTGTATGCCCTGCATTTTTGTTTCAAAGCAATTAACTGACTTTTTCCTTGCATATGCCTCCATGCATACGATTA
GATGCTAGTAGATGTTGTAGAGTGTATGCATATTAAAGCTATAGCCCTATATTTTGTATTGTGTAGTATGTGAGAATTGTCTGCCGTGAGAATTGACAAGATGATTAACTTCTCTATCTTATGTTCTCAGTTTTGCTCTTCATCGATGTGTTGTGTGTTTTAGCTTTTAGACAAACTTCCAGGGCGTATGTAGGCAATAT
TTTTTTAAACTCTAGATCTTTTATTTACTGTTGCACTTTATAGGTTATTATATTCTTGATTATTTTTGGTGACACCATTACTGCTGCAGGCAAAAAGGAAGCGGGGAAGGACACCTACACCTGGCAAATACCTAGGCGTGAGGCCAACAAGAGTGCGTGACTATGACAGACGACGTACTTACAGCAGATCCAGTGATCGC
CATAGTTCACGGCGTTCTCCAAGTTATTCTCCATACAGGGGGGACCGATATGGCTCACCTCGGTATTCCCCATATGATGACAGAAGTTATGGACGGGATAGGTCGGTGTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATAGGTCGGTTTCTCCTTATTACAGAAGGCGGGATGGGTCTCTCTCGCCATATGGTGGGAGGGATAGGTC
TCTCTCTCCATATGGTAGAAGGGATCGGTCACTCTCCCCTTACAGAAGGCGGGATCGGTCACTATCCCCTTACAGTAGGAGGAACGGAGCAGCATCACCATATTCAAGGCGTTATCGATCAGTGTCTCCTGCAGATTCTCCCTATCGGGGTTCCAACAGACCCTGAAATTTATATACCTGTTGGAAGGGTTTATCTAGAG
TATGGTTCTGGCTTAATTAGAGCATTGTTCTCTTCTAGTAGTTTAACAACTTAATTTATCTTGTAAAGAGCCCCTTTGGAGTTCCGTATTAACTTATTCATTTAACTTTGTCTTCAATCATTGTTATTGGAGATTAAAATCTCAACCACTCTAGAATAAGCCTCTTTGACTCTTCTTGCAAGCTACCTTTTGTAATGCAT
TTTGAATGTGCAGTTGGCCTCTTTGTAATGTATATACTATTGG