sp|Q1EBV4|DDI1_ARATH ----> Protein DNA-DAMAGE INDUCIBLE 1

Intron 1 GTATGTGGAA ... TGTGATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.14	70	1	17
A2	32.2	42	0	19
A3	30.84	45.5	0	20
A4	24.41	51.5	6	16
A5	40	12	4	8
A6	17.63	100	0	21
A7	20.33	171	0	43
A8	24.15	127	0	40
A9	22.77	154.5	0	45
A10	21.23	153.5	0	40

>TRINITY_DN103832_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

TAAAAGTAAATAAATTGTTCAGTTTTTTACTATTTTACTAATAATAATTGTTGATTTTCACTCTTGATGGTTTCTCAAATCAAATCCTCATAGCTGTGATGGGTGTGTCACTGTGGTTTTTGTTGATGTTTATTCTTCTGTTGTTTCATGGACATTGTGCAAATTAAAGAAAATGTATTTGTAATTATTATGGTGTATCC
TCTCAGAAAAGCATTAATGAAAATTGGGAAGCTGCACTAGAACATAATCCAGAGGCTTTTGCGCGAGTGGTCATGTTGTATGTTGACATGGAGGTCAATGGTGTTCCTTTAAAGGCATTTGTGGACAGTGGAGCCCAGATGACGATAATATCTAGGAGTTGTGCGGAGCGTTGTGGGTTGCTAAGACTTTTGGATCGACG
GTATGTGGGTGTTGCTCATGGGGTTGGTCAATCTGAAATAGTGGGTCGTATACATGTGGCACCAATTAAGGTAATTTCTAGTTTTTTCTTTTACTTTCTAGATTTACTGCCAGTGTCTTGCTTGTAGTT

>TRINITY_DN103832_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TAAAAGTAAATAAATTGTTCAGTTTTTTACTATTTTACTAATAATAATTGTTGATTTTCACTCTTGATGGTTTCTCAAATCAAATCCTCATAGCTGTGATGGGTGTGTCACTGTGGTTTTTGTTGATGTTTATTCTTCTGTTGTTTCATGGACATTGTGCAAATTAAAGAAAATGTATTTGTAATTATTATGGTGTATCC
TCTCAGAAAAGCATTAATGAAAATTGGGAAGCTGCACTAGAACATAATCCAGAGGCTTTTGCGCGAGTGgtatgtggaattctatcttttctatatccaatgcaaaataagataatattattaaatatctaatggtccttattacatgtgattcagGTCATGTTGTATGTTGACATGGAGGTCAATGGTGTTCCTTTAAA
GGCATTTGTGGACAGTGGAGCCCAGATGACGATAATATCTAGGAGTTGTGCGGAGCGTTGTGGGTTGCTAAGACTTTTGGATCGACGGTATGTGGGTGTTGCTCATGGGGTTGGTCAATCTGAAATAGTGGGTCGTATACATGTGGCACCAATTAAG

Intron 2 GTGGAAAATG ... CGAGGTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.4	36	162	175
A2	81.96	35	153	165
A3	88.15	24	181	176
A4	86.7	26	169	170
A5	86.67	11	68	75
A6	87.58	28	195	200
A7	90.79	36	351	359
A8	85.83	26	148	167
A9	86.35	61	391	381
A10	87.75	61	430	444

>TRINITY_DN45070_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

CCGAACTTTAGTTATTTTTGCGAAGACAAATTGATTCCTTAGGAAAGAAGCAACTCAAAGCATCAAAACTTATATATAAACAAAGAGGGATCTGTGCATCGGTCCGAGCTCTTTGTTTGGATTCTAGATTCAGAGTGGGGCGGACACGATGAAGATCACTATCATGACAGCAGACGAACGGTTCGTGACACTGGATGTTG
ATCCTCAAGAACTAACTCAAGTCTCTCTTCAGCAGCAGCAATTACTTTACCATGGGAGGGAAATAAAGAATTCAGATCGTCTGAGTTCAATTGGAGTTGTAGAGGGGGATTTAGTTATGATGGTTTCACTTTCAACAACTTCAAGGACAGGGACAAATGATTTGAGTCTAAATCCAGATGGCTCAGCTGTAAATCCTAGA
GCTATGCAGCAGCACATTCGAAATGATTCACATCTTATGAACCTATTGCTGGAGAGAGATCCAGCATTTGCAGAGGCTGTTCTTGGGGACAACTTGGACGTTTTTCAAAATAGTCTCAGACAGCAACACCAGCAAAGGCTGCAGCTTGAACGCAAAAAACAGGAAGAAATCGCACTCCTTAATGCAGATCCTTTTGATAT
TGAAGCACAGAAAAGGATTGAAGAGGCTATTCGACAGAAAAGCATTAATGAAAATTGGGAAGCTGCACTAGAACATAATCCAGAGGCTTTTGCGCGAGTGGTCATGTTGTATGTTGACATGGAGGTCAATGGTGTTCCTTTAAAGGCATTTGTGGACAGTGGAGCCCAGATGACGATAATATCTAGGAGTTGTGCGGAGC
GTTGTGGGTTGCTAAGACTTTTGGATCGACGGTATGTGGGTGTTGCTCATGGGGTTGGTCAATCTGAAATAGTGGGTCGTATACATGTGGCACCAATTAAGATTGGGACACAATTTTACCCTTGTAGCTTCACAGTGCTTGATTCTCCTAATTTGGAATTTATTTTTGGACTGGATATGCTACGCAAGCATCAGTGTCAA
ATTGACTTGAAAGACAATGTTCTTCGTGTTGGTGGAGGAGAAGTATCTGTGCCATTTTTGCAAGAGAAAGATATTCCAACCGATTTTATTGGTGGAGAAAAATTTGCAAATCAAGGAGCATCTGCTTCAGCTGAATTGAGCACTGCAACTAAAAAGGCTGGAAGTTCAAGTGCACCTGCATCAACTTCTGGTCCTTCACA
AGTATCTCATACCCAGGGATCGGATCATGAAGCAAAGATTGCAAAGCTTGTAGAACTTGGGTTTGATCGTGCATCAGTGATTCAAGCACTCAATCTTTTCAATGGCAATGAAGAACAAGCCGCGGGTTTCTTATTTGGGGGTTGACAACAGGAACCGTCCCTTCGACCGATGTTGTGTGACCAGCTTTGCATAGCTGATG
AAGACAAAGCTATTGGTCATGTTTCTGATATTATATTGTGAACCTGTGCAATTTTATTGTCTGATGGTTCATCATAAATTATTGTGGGTATGGGTCACATTTCACCATGGCAGTGTTATTCTGCTATATTGATTCATTTCCATGCCCTGCAAGTGTTGTCGCTTCATATTAAATGATACGCAATTTTCATGTCAATGTCG
TGCTGTCAACTTTGTCGGCAGTTTATTTATAGCATAATGGTCAAAAAGACCTCGGGTGAATTTTTTGTATTATTCAGTTTCTTGTGATTGTTGGCATCTGGGCACAGTGTATGTGACTTTAGCAGGGAAACTAAATTCAGAACATGTTGCAAATTTGGAAATTCAAGGTAAACACCATGCGGCATTCTCCTAATTTATAA
GGTGAAGTGGTTTAGCACAAGGCGGAAAAGGTCGATTGTCTCTTTGTTTGGCAACTAGCAAGCAATGACCCCTAAATGATAGGGATGAATCATGTCAAACTATTTAACTAACACAAAATTATCTAGAAAAAACAGGCAATTTGAAAAATAATAGGATATAATAGAGCTTTAACATAAT

>TRINITY_DN45070_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CCGAACTTTAGTTATTTTTGCGAAGACAAATTGATTCCTTAGGAAAGAAGCAACTCAAAGCATCAAAACTTATATATAAACAAAGAGGGATCTGTGCATCGGTCCGAGCTCTTTGTTTGGATTCTAGATTCAGAGTGGGGCGGACACGATGAAGATCACTATCATGACAGCAGACGAACGGTTCGTGACACTGGATGTTG
ATCCTCAAGAACTAgtggaaaatgttaaggctcttctcgaggttgagACTCAAGTCTCTCTTCAGCAGCAGCAATTACTTTACCATGGGAGGGAAATAAAGAATTCAGATCGTCTGAGTTCAATTGGAGTTGTAGAGGGGGATTTAGTTATGATGGTTTCACTTTCAACAACTTCAAGGACAGGGACAAATGATTTGAGT
CTAAATCCAGATGGCTCAGCTGTAAATCCTAGAGCTATGCAGCAGCACATTCGAAATGATTCACATCTTATGAACCTATTGCTGGAGAGAGATCCAGCATTTGCAGAGGCTGTTCTTGGGGACAACTTGGACGTTTTTCAAAATAGTCTCAGACAGCAACACCAGCAAAGGCTGCAGCTTGAACGCAAAAAACAGGAAGA
AATCGCACTCCTTAATGCAGATCCTTTTGATATTGAAGCACAGAAAAGGATTGAAGAGGCTATTCGACAGAAAAGCATTAATGAAAATTGGGAAGCTGCACTAGAACATAATCCAGAGGCTTTTGCGCGAGTGGTCATGTTGTATGTTGACATGGAGGTCAATGGTGTTCCTTTAAAGGCATTTGTGGACAGTGGAGCCC
AGATGACGATAATATCTAGGAGTTGTGCGGAGCGTTGTGGGTTGCTAAGACTTTTGGATCGACGGTATGTGGGTGTTGCTCATGGGGTTGGTCAATCTGAAATAGTGGGTCGTATACATGTGGCACCAATTAAGATTGGGACACAATTTTACCCTTGTAGCTTCACAGTGCTTGATTCTCCTAATTTGGAATTTATTTTT
GGACTGGATATGCTACGCAAGCATCAGTGTCAAATTGACTTGAAAGACAATGTTCTTCGTGTTGGTGGAGGAGAAGTATCTGTGCCATTTTTGCAAGAGAAAGATATTCCAACCGATTTTATTGGTGGAGAAAAATTTGCAAATCAAGGAGCATCTGCTTCAGCTGAATTGAGCACTGCAACTAAAAAGGCTGGAAGTTC
AAGTGCACCTGCATCAACTTCTGGTCCTTCACAAGTATCTCATACCCAGGGATCGGATCATGAAGCAAAGATTGCAAAGCTTGTAGAACTTGGGTTTGATCGTGCATCAGTGATTCAAGCACTCAATCTTTTCAATGGCAATGAAGAACAAGCCGCGGGTTTCTTATTTGGGGGTTGACAACAGGAACCGTCCCTTCGAC
CGATGTTGTGTGACCAGCTTTGCATAGCTGATGAAGACAAAGCTATTGGTCATGTTTCTGATATTATATTGTGAACCTGTGCAATTTTATTGTCTGATGGTTCATCATAAATTATTGTGGGTATGGGTCACATTTCACCATGGCAGTGTTATTCTGCTATATTGATTCATTTCCATGCCCTGCAAGTGTTGTCGCTTCAT
ATTAAATGATACGCAATTTTCATGTCAATGTCGTGCTGTCAACTTTGTCGGCAGTTTATTTATAGCATAATGGTCAAAAAGACCTCGGGTGAATTTTTTGTATTATTCAGTTTCTTGTGATTGTTGGCATCTGGGCACAGTGTATGTGACTTTAGCAGGGAAACTAAATTCAGAACATGTTGCAAATTTGGAAATTCAAG
GTAAACACCATGCGGCATTCTCCTAATTTATAAGGTGAAGTGGTTTAGCACAAGGCGGAAAAGGTCGATTGTCTCTTTGTTTGGCAACTAGCAAGCAATGACCCCTAAATGATAGGGATGAATCATGTCAAACTATTTAACTAACACAAAATTATCTAGAAAAAACAGGCAATTTGAAAAATAATAGGATATAATAGAGC
TTTAACATAAT