sp|O64640|CXE8_ARATH ----> Probable carboxylesterase 8

Intron 1 GTATGTCTGG ... ATTTTGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90	4	38	34
A2	68.25	10	34	9
A3	73.08	7	24	14
A4	83.33	6	32	28
A5	77.14	4	17	10
A6	61.9	20	50	15
A7	68.91	30	109	24
A8	61.01	54	116	53
A9	58.45	43	98	23
A10	56.78	43	78	35

>TRINITY_DN45045_c0_g3_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

AACGACTCATCATGTTGGACGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCCTTCCACTCAATACCGATTTTACTCTGCCTATGGAGGATGGAGCTTTTAAAGGTAGTGCGCTACAGCATGGAACTCGAATTAGATCCATAATGATGATTGTGGATGATTTTCAC
GAAAATTATTTCACCAATGGCAAATTAGTTCTACCAGCAATAAGTCGAATTCTAATTTACAGAATCTGGATAAAGATATTAGTGTGGTCAAATTCTACCACTCAGCCGGATTTGTAGATTCCAAATAGCGATGCTAGTGTGGTTAATTCCGTTTTTCCATATCGGTTAGTGGGTGTCACATATCATTTGTATTGTAGTAA
TAGTTCCATTCCCTCACCATAGCAATAGGAATCTCGTGTATGATTTGCACATCATGCATTAAAAAAATAATTATGTTTTATCTATTTTTTTAAATTCAAAATTGAGTATATAAATATATCCCATTGTGATAGTGTTACAAAAAAAAGAGTAC

>TRINITY_DN45045_c0_g3_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AACGACTCATCATGTTGGACGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCCTTCCACTCAATACCGgtatgtctggtctgaccttctcttctctgctttgtgatcttaatttaatgtgtctttctatgatctgatatttcatcagcaatctgtctctgcgcttt
tattttttgtcggtggaaataaaatctaatgtaggaatgagattctagcattccttcaatataaatataaaatcctgggtcttggtcatccagttggcgatattggttgcatctcttttcaaatttattaaaaaaaaagaaagaaatggaaaaaagaaaaccgtgagaatctaaaaccaccatatctttttctcacggtt
ttatttttctccatctcattcaattccgaaacaaccacctccatcgccgcaagtagatcggagtaggaagaatagtttataaacaaccaatttagctttggtagcgattccgaaacaaccaagaacattcgacccaggacccaggaacgcaatggaggaagtacgagtagcatagcaataggcatctcgtgtagatctgt
aggccgtagtagaggaagtactagaacttctatcttcatgcctctgcgggcaatgaataattaataataaggacactgaggagactttgttaacatccaaacatgggttacattcaaacaggtaaactgtaagagtgatactcttttataatttttttatatattattgatagcatatttttatggcttttgcatatcac
ctatgttttttctttcattttgttaaatcaaaattgtatatatatatatatgaaaatgatttgagataatgttttttcccaggcaaagaagaaggcagaaataagtctataaaaataaggaacaaccctttttactatattgggtggtgggcttttatatctagctaagactggccttatttatctgattcaattcttac
ccggatggcaaatcctccagcatgaaggtggcctattgggtggtaaatccttctatgagaacctggccttatatagagtagctggtaatttatcctctataaaggtggccttatctttaaatttatttgattttatttaatctgtaaaattttattaattataatattggtctgtagtgttatagtattctgcctaatca
taattacaagaaagaatcattaatgttttctccctttgtttgttttaatggtttctctatatataatttttttaagatcaacaaacaatgtatatctcaacaacttaaattcaacattcaattcaatccaacagatctatgggatgcatgaactgaaccataaaaataccagtcgaagacagatccacacaaccattaat
aacccaacaaatttttaaataattcctactctcaatacttaaaaatcattttgcagatctaaaattcagtattatttttattgatccgcacatccaaactgacctaactaactcgtcatggattatttttctaatcaagtgtattaactttgattcactaggacatattcggcacactttaaggctctgattatggttta
tattactattgttttaattagattttgatgtaattatatataatgaaaattttgttagATTTTACTCTGCCTATGGAGGATGGAGCTTTTAACGGTAGTGCGCTACAGCATGGAACTCGAATTAGATCCATAATGATGATTGCGGATGATTTTCACGAAAATTATTTCACCACTTATATATGGCAAATTAGTTCTACCAG
CAATAAGTCGAATTCTAATTTACAGAATCTGGATAAAGATATTAGTGTGGTCAAATTCTACCACTCAGCCGGATTTGTAGATTCCAAATAGCGATGCTAGTGTGGTTAATTCCGTTTTTCCATATCGGTTAGTGGGTGTCACATATCATTTGTATTGTAGTAATAGTTCCATTCCCTCACCATAGCAATAGGAATCTCGT
GTATGATTTGCACATCATGCATTAAAAAAATAATTATGTTTTATCTATTTTTTTAAATTCAAAATTGAGTATATAAATATATCCCATTGTGATAGTGTTACAAAAAAAAGAGTAC

Intron 2 GTATGTCTGG ... ATTTTGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90	4	38	34
A2	68.25	10	34	9
A3	73.08	7	24	14
A4	83.33	6	32	28
A5	77.14	4	17	10
A6	61.9	20	50	15
A7	68.91	30	109	24
A8	61.01	54	116	53
A9	58.45	43	98	23
A10	56.78	43	78	35

>TRINITY_DN45045_c0_g3_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

AACGACTCATCATGTTGGACGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCCTTCCACTCAATACCGATTTTACTCTGCCTATGGAGGATGGAGCTTTTAAAGGTAGTGCGCTACAGCATGGAACTCGAATTAGATCCATAATGATGATTGTGGATGATTTTCAC
GAAAATTATTTCACCAATGGCAAATTAGTTCTACCAGCAATAAGTCGAATTCTAATTTACAGAATCTGGATAAAGATATTAGTGTGGTCAAATTCTACCACTCAGCCGGATTTGTAGATTCCAAATAGCGATGCTAGTGTGGTTAATTCCGTTTTTCCATATCGGTTAGTGGGTGTCACATATCATTTGTATTGTAGTAA
TAGTTCCATTCCCTCACCATAGCAATAGGAATCTCGTGTATGATTTGCACATCATGCATTAAAAAAATAATTATGTTTTATCTATTTTTTTAAATTCAAAATTGAGTATATAAATATATCCCATTGTGATAGTGTTACAAAAAAAAGAGTAC

>TRINITY_DN45045_c0_g3_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AACGACTCATCATGTTGGACGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCCTTCCACTCAATACCGgtatgtctggtctgaccttctcttctctgctttgtgatcttaatttaatgtgtctttctatgatctgatatttcatcagcaatctgtctctgcgcttt
tattttttgtcggtggaaataaaatctaatgtaggaatgagattctagcattccttcaatataaatataaaatcctgggtcttggtcatccagttggcgatattggttgcatctcttttgaaatttattaaaaaaaagaaagaaatggaaaaaagaaaaccgtgagaatctaaaaccaccatatctttttctcacggttt
tatttttctccatctcattcaattccgaaacaaccacctccatcgccgcaagtagatcggagtaggaagaatagtttataaacaaccaatttagctttggtagcgattccgaaacaaccaagaacattcgacccaggacccaggaacgcaatggaggaagtacgagtagcatagcaataggcatctcgtgtagatctgta
ggccgtagtagaggaagtactagaacttctatcttcatgcctctgcgggcaatgaataattaataataaggacactgaggagactttgttaacatccaaacatgggttacattcaaacaggtaaactgtaagagtgatactcttttataatttttttatatattattgatagcatatttttatggcttttgcatatcacc
tatgttttttctttcattttgttaaatcaaaattgtatatatatatatatgaaaatgatttgagataatgttttttcccaggcaaagaagaaggcagaaataagtctataaaaataaggaacaaccctttttactatattgggtggtgggcttttatatctagctaagactggccttatttatctgattcaattcttacc
cggatggcaaatcctccagcatgaaggtggcctattgggtggtaaatccttctatgagaacctggccttatatagagtagctggtaatttatcctctataaaggtggccttatctttaaatttatttgattttatttaatctgtaaaattttattaattataatattggtctgtagtgttatagtattctgcctaatcat
aattacaagaaagaatcattaatgttttctccctttgtttgttttaatggtttctctatatataatttttttaagatcaacaaacaatgtatatctcaacaacttaaattcaacattcaattcaatccaacagatctatgggatgcatgaactgaaccataaaaataccagtcgaagacagatccacacaaccattaata
acccaacaaatttttaaataattcctactctcaatacttaaaaatcattttgcagatctaaaattcagtattatttttattgatccgcacatccaaactgacctaactaactcgtcatggattatttttctaatcaagtgtattaactttgattcactaggacatattcggcacactttaaggctctgattatggtttat
attactattgttttaattagattttgatgtaattatatataatgaaaattttgttagATTTTACTCTGCCTATAGAGGATGGAGCTTTTAAAGGTAGTGCGCTACAGCATGGAACTCGAATTAGATCCATAATGATGATTGCGGATGATTTTCACGAAAATTATTTCACCACTTATATATGGCAAATTAGTTCTACCAGC
AATAAGTCGAATTCTAATTTACAGAATCTGGATAAAGATATTAGTGTGGTCAAATTCTACCACTCAGCCGGATTTGTAGATTCCAAATAGCGATGCTAGTGTGGTTAATTCCGTTTTTCCATATCGGTTAGTGGGTGTCACATATCATTTGTATTGTAGTAATAGTTCCATTCCCTCACCATAGCAATAGGAATCTCGTG
TATGATTTGCACATCATGCATTAAAAAAATAATTATGTTTTATCTATTTTTTTAAATTCAAAATTGAGTATATAAATATATCCCATTGTGATAGTGTTACAAAAAAAAGAGTAC

Intron 3 GTATGTCTGG ... TTTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.72	8.9	41	7
A2	94.29	2.9	34.1	4
A3	80.78	6	24.3	6
A4	76.92	10.7	33.9	11
A5	71.82	6.7	17.3	6
A6	53.61	45	53.7	17
A7	75.24	39	114.4	11
A8	71.23	50	121.7	17
A9	54	91.3	111.4	40
A10	61.97	54.9	88.4	15

>TRINITY_DN108710_c1_g1_i7 from sample A5 / Example spliced isoform

CTCCTCTATCGATTATCAATTTGTGGTGTGCTGTGTGTCTTAGTCCTGAGTCTGTGTCTGTTTACTCTGAATGGCAATTACTCACAGCAGTGATTTTTAATACTCAAAATTACTGTTAGTATTCGAATCTGCACTCTGCTGTTCTATATTCTACATTCGTGCATTGCATCTTCCACACTTCTCCATTCCAGATGATCAAT
TCGTAAGTTGTATGGTGTTAATTGATGGAAAACAGACAGACTGGTATGGACTTCCAAACGCTGGCCACGCCTGTCCCGCAGTCCACAGAAGGTTCAAGACCTGAGGATATTTCTGGATTTGCGTCCAAGGAAGTAATCTTGGATCAGAATCTCCTCAAACTCATCACGACGAGAGCATGCGCTTGCCCGTTTGCCTCTAT
TTCCATGGCGGTGGCTTCATCATGGGATCTCCGGCAAATGCTGTAGGAGCAATTGTCATTTCTGTCAATTACAGGCTTCCTCCCAATCACCACCTCCCAGCTGCTTACGACGATAGCCTCACCGCCCTATCGTGGCTCCGTTCCGAAGCGACGAAGAGAGACGAAGATAATGGAAGAGATGGGGTTCCGTGGCTTCTAAA
GCCACGCCGACCTCTCCAGAGTGTTTCTTGTGGGCGACAGCTCAGGCGAAAACATCGTGCACAATGTAATTGTGAAGAACAACGACTTGAGTCCAGGCAACGGGGCGGTGATGAACAACGCACTCAGTTGGAGATCGAATCGCCGAAGGAATTGGAACGAAGTGTGAAGCATCGCATGATGGCTCTGCCAAAAGGGGCTG
ATAAGGAGCATCCCTTCAGCACTTACCCGACCTTGGCCGAAACGACTCATCATGTTGGACGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCCTTCCACTCAATACCGGCAAAGAAGAAGGCAGAAATAAGTCTATAAAAATAAGGAACAACCCTTTTTACTATAT
TGGGTGGTGGGCTTTTATATCTAGCTAAGACTGGCCTTATTTATCTGATTCAATTCTTACCCGGATGGCAAATCCTCCAGCATGAAGGTGGCCTATTGGGTGGTAAATCCTTCTATGAGAACCTGGCCTTATATAGAGTAGCTGGTAATTTATCCTCTATAAAGGTGGCCTTATCTTTAAATTTATTTGATTTTATTTAA
TCTGTAAAATTTTATTAATTATAATATTGGTCTGTAGTGTTATAGTATTCTGCCTAATCATAATTACAAGAAAGAATCATTAATGTTTTCTCCCTTTGTTTGTTTTAATGGTTTCTCTATATATAATTTTTTTAAGATCAACAAACAATGTATATCTCAACAACTTAAATTCAACATTCAATTCAATCCAACAGATCTAT
GGGATGCATGAACTGAACCATAAAAATACCAGTCGAAGACAGATCCACACAACCATTAATAACCCAACAAATTTTTAAATAATTCCTACTCTCAATACTTAAAAATCATTTTGCAGATCTAAAATTCAGTATTATTTTTATTGATCCGCACATCCAAACTGACCTAACTAACTCGTCATGGAT

>TRINITY_DN108710_c1_g1_i6 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CTCCTCTATCGATTATCAATTTGTGGTGTGCTGTGTGTCTTAGTCCTGAGTCTGTGTCTGTTTACTCTGAATGGCAATTACTCACAGCAGTGATTTTTAATACTCAAAATTACTGTTAGTATTCGAATCTGCACTCTGCTGTTCTATATTCTACATTCGTGCATTGCATCTTCCACACTTCTCCATTCCAGATGATCAAT
TCGTAAGTTGTATGGTGTTAATTGATGGAAAACAGACAGACTGGTATGGACTTCCAAACGCTGGCCACGCCTGTCCCGCAGTCCACAGAAGGTTCAAGACCTGAGGATATTTCTGGAGCAATTGTCATTTCTGTCAATTACAGGCTTCCTCCCAATCACCACCTCCCAGCTGCTTACGACGATAGCCTCACCGCCCTATC
GTGGCTCCGTTCCGAAGCGACGAAGAGAGACGAAGATAATGGAAGAGATGGGGTTCCGTGGCTTCTAAAGCCACGCCGACCTCTCCAGAGTGTTTCTTGTGGGCGACAGCTCAGGCGAAAACATCGTGCACAATGTAATTGTGAAGAACAACGACTTGAATCCAGGCAGCGGGGCGGTGATGAACAACGCACTCAGTTGG
AGATCGAATCGCCGAAGGAATTGGAACGAAGTGTGAAGCATCGCATGATGGCTCTGCCAAAAGGGGCTGATAAGGAGCATCCCTTCAGCACTTACCCGACCTTGGCCGAAACGACTCATCATGTTGGACGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCCTTCC
ACTCAATACCGgtatgtctggtctgaccttctcttctctgctttgtgatcttaatttaatgtgtctttctatgatctgatatttcatcagcaatctgtctctgcgcttttattttttgtcggtggaaataaaatctaatgtaggaatgagattctagcattccttcaatataaatataaaatcctgggtcttggtcatcc
agttggcgatattggttgcatctcttttcaaatttattaaaaaaaaagaaagaaatggaaaaaagaaaaccgtgagaatctaaaaccaccatatctttttctcacggttttatttttctccatctcattcaattccgaaacaaccacctccatcgccgcaagtagatcggagtaggaagaatagtttataaacaaccaat
ttagctttggtagcgattccgaaacaaccaagaacattcgacccaggacccaggaacgcaatggaggaagtacgagtagcatagcaataggcatctcgtgtagatctgtaggccgtagtagaggaagtactagaacttctatcttcatgcctctgcgggcaatgaataattaataataaggacactgaggagactttgtt
aacatccaaacatgggttacattcaaacaggtaaactgtaagagtgatactcttttataatttttttatatattattgatagcatatttttatggcttttgcatatcacctatgttttttctttcattttgttaaatcaaaattgtatatatatatatatgaaaatgatttgagataatgttttttcccagGCAAAGAAG
AAGGCAGAAATAAGTCTATAAAAATAAGGAACAACCCTTTTTACTATATTGGGTGGTGGGCTTTTATATCTAGCTAAGACTGGCCTTATTTATCTGATTCAATTCTTACCCGGATGGCAAATCCTCCAGCATGAAGGTGGCCTATTGGGTGGTAAATCCTTCTATGAGAACCTGGCCTTATATAGAGTAGCTGGTAATTT
ATCCTCTATAAAGGTGGCCTTATCTTTAAATTTATTTGATTTTATTTAATCTGTAAAATTTTATTAATTATAATATTGGTCTGTAGTGTTATAGTATTCTGCCTAATCATAATTACAAGAAAGAATCATTAATGTTTTCTCCCTTTGTTTGTTTTAATGGTTTCTCTATATATAATTTTTTTAAGATCAACAAACAATGT
ATATCTCAACAACTTAAATTCAACATTCAATTCAATCCAACAGATCTATGGGATGCATGAACTGAACCATAAAAATACCAGTCGAAGACAGATCCACACAACCATTAATAACCCAACAAATTTTTAAATAATTCCTACTCTCAATACTTAAAAATCATTTTGCAGATCTAAAATTCAGTATTATTTTTATTGATCCGCAC
ATCCAAACTGACCTAACTAACTCGTCATGGAT

Intron 4 GCAAAGAAGA ... ATTTTGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.07	14.5	12	33.5
A2	30.38	15	4	9
A3	47.28	12	7.5	12.8
A4	59.72	17.5	13.8	27.5
A5	54.81	8	7.8	9.5
A6	47.83	39.5	51.3	14
A7	40.32	53.8	47.8	21.8
A8	40.28	80.8	59.3	47.8
A9	45.77	81.3	106.5	20.8
A10	41.73	72.8	66	33.3

>TRINITY_DN122547_c3_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

TATCGTGGCTCCGTTCCGAAGCGACGAAGAGAGACGAAGATAATGGAAGAGATGGGGTTCCGTGGCTTCTAAAGCCACGCCGACTTCTCCAGAGTGTTTCTTGTGGGCGACAGCTCAGGCGAAAACATCGTGCACAATGTAATTGTGAAGAACAACGACTTGAATCCAGGCAGCGGGGCGGTGATGAACAACGCACTCAG
TTGGAGATCGAATCGCCGAAGGAATTGGAACGAAGCGTGAAGCATCGCATGATGGCTCTGCCAAAAGGGGCTGATAAGGAGCATCCCTTCAGCACTTACCCGACCTTGGCCGAAACGACTCATCATGTTGGATGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCC
TTCCACTCAATACCGATTTTACTCTGCCTATGGAGGATGGAGCTTTTAAAGGTAGTGCGCTACAGCATGGAACTCGAATTAGATCCATAATGATGATTGCGGATGATTTTCACGAAAATTATTTCACCACTTATATATGGCAAATTAGTTCTACCAGCAATAAGTGGAATTCTAATTTACAGAATCTGAATAAAGATATT
AGTGTGGTCAAATTCTACCACTCAGCCGGATTTGTAGATTCCAAATAGCGATGCTAGTGTGGTTAATTCAGTTTTTCCATATCGGTTAGTGGGTGTCACATATCATTTGTATTGTAGTAATAGTTCCATTCCCTCACCATAGCAATAGGAATCTCGTGTATGATTTGCACATCATGCATTAAAAAAATAATTATGTTTTA
TCTATTTTTTTAAATTCAAAATTGAGTATATAAATATATCCCATTGTGATAGTGTTACAAAAAAAAAGTACCTTTTTGATATAATTTTTTTTTAATATTTTAAATTTATTTGATTTTATTTAATGTGTAAAATTCTTTTGATTATAATGTTTGTATTATATTCTTTTACATAAATATTTTTTACAATTTTAATACTTAAA
AAACCAC

>TRINITY_DN122547_c3_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TATCGTGGCTCCGTTCCGAAGCGACGAAGAGAGACGAAGATAATGGAAGAGATGGGGTTCCGTGGCTTCTAAAGCCACGCCGACTTCTCCAGAGTGTTTCTTGTGGGCGACAGCTCAGGCGAAAACATCGTGCACAATGTAATTGTGAAGAACAACGACTTGAATCCAGGCAGCGGGGCGGTGATGAACAACGCACTCAG
TTGGAGATCGAATCGCCGAAGGAATTGGAACGAAGCGTGAAGCATCGCATGATGGCTCTGCCAAAAGGGGCTGATAAGGAGCATCCCTTCAGCACTTACCCGACCTTGGCCGAAACGACTCATCATGTTGGATGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCC
TTCCACTCAATACCGgcaaagaagaaggcagaaataagtctataaaaataaggaacaaccctttttactatattgggtggtgggcttttatatctagctaagactggccttatttatctgattcaattcttacccggatggcaaatcctccagcatgaaggtggcctattgggtggtaaatccttctatgagaacctggc
cttatatagagtagctggtaatttatcctctataaaggtggccttatctttaaatttatttgattttatttaatctgtaaaattttattaattataatattggtctgtagtgttatagtattctgcctaatcataattacaagaaagaatcattaatgttttctccctttgtttgttttaatggtttctctatatataat
ttttttaagatcaacaaacaatgtatatctcaacaacttaaattcaacattcaattcaatccaacagatctatgggatgcatgaactgaaccataaaaataccagtcgaagacagatccacacaaccattaataacccaacaaatttttaaataattcctactctcaatacttaaaaatcattttgcagatctaaaattc
agtattatttttattgatccgcacatccaaactgacctaactaactcgtcatggattatttttctaatcaagtgtattaactttgattcactaggacatattcggcacactttaaggctctgattatggtttatattactattgttttaattagattttgatgtaattatatataatgaaaattttgttagATTTTACTC
TGCCTATGGAGGATGGAGCTTTTAAAGGTAGTGCGCTACAGCATGGAACTCGAATTAGATCCATAATGATGATTGCGGATGATTTTCACGAAAATTATTTCACCACTTATATATGGCAAATTAGTTCTACCAGCAATAAGTGGAATTCTAATTTACAGAATCTGAATAAAGATATTAGTGTGGTCAAATTCTACCACTCA
GCCGGATTTGTAGATTCCAAATAGCGATGCTAGTGTGGTTAATTCAGTTTTTCCATATCGGTTAGTGGGTGTCACATATCATTTGTATTGTAGTAATAGTTCCATTCCCTCACCATAGCAATAGGAATCTCGTGTATGATTTGCACATCATGCATTAAAAAAATAATTATGTTTTATCTATTTTTTTAAATTCAAAATTG
AGTATATAAATATATCCCATTGTGATAGTGTTACAAAAAAAAAGTACCTTTTTGATATAATTTTTTTTTAATATTTTAAATTTATTTGATTTTATTTAATGTGTAAAATTCTTTTGATTATAATGTTTGTATTATATTCTTTTACATAAATATTTTTTACAATTTTAATACTTAAAAAACCAC

Intron 5 GTATGTCTGG ... TTTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	89.69	4	35.5	7
A2	100	0	31.3	4
A3	83.03	4	21	6
A4	79.24	7	28.3	11
A5	72.27	5	14.3	6
A6	52.61	35	42	17
A7	77.08	26.3	94.8	11
A8	72.19	37.5	102.5	17
A9	52.58	69	82.5	40
A10	62.28	39.8	68.5	15

>TRINITY_DN45045_c0_g3_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

AACGACTCATCATGTTGGACGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCCTTCCACTCAATACCGGCAAAGAAGAAGGCAGAAATAAGTCTATAAAAATAAGGAACAACCCTTTTTACTATATTGGGTGGTGGGCTTTTATATCTAGCTAAGACTGGCCTTAT
TTATCTGATTCAATTCTTACCCGGATGGCAAATCCTCCAGCATGAAGGTGGCCTATTGGGTGGTAAATCCTTCTATGAGAACCTGGCCTTATATAGAGTAGCTGGTAATTTATCCTCTATAAAGGTGGCCTTATCTTTAAATTTATTTGATTTTATTTAATCTGTAAAATTTTATTAATTATAATATTGGTCTGTAGTGT
TATAGTATTCTGCCTAATCATAATTACAAGAAAGAATCATTAATGTTTTCTCCCTTTGTTTGTTTTAATGGTTTCTCTATATATAATTTTTTTAAGATCAACAAACAATGTATATCTCAACAACTTAAATTCAACATTCAATTCAATCCAACAGATCTATGGGATGCATGAACTGAACCATAAAAATACCAGTCGAAGAC
AGATCCACACAACCATTAATAACCCAACAAATTTTTAAATAATTCCTACTCTCAATACTTAAAAATCATTTTGCAGATCTAAAATTCAGTATTATTTTTATTGATCCGCACATCCAAACTGACCTAACTAACTCGTCATGGATTATTTTTCTAATCAAGTGTATTAACTTTGATTCACTAGGACATATTCGGCACACTTT
AAGGCTCTGATTATGGTTTATATTACTATTGTTTTAATTAGATTTTGATGTAATTATATATAATGAAAATTTTGTTAGATTTTACTCTGCCTATGGAGGATGGAGCTTTTAAAGGTAGTGCGCTACAGCATGGAACTCGAATTAGATCCATAATGATGATTGCGGATGATTTTCACGAAAATTATTTTAATTAGATTTGA
ACAATGATGTATTTTATCTTAGTGTATACCATGA

>TRINITY_DN45045_c0_g3_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AACGACTCATCATGTTGGACGCGGCTTTGAAGGACCCCTCGAGAGGAGATGGATTTAGACATCTTCTCTAGAAGGACCTCTGCACCCTTCCACTCAATACCGgtatgtctggtctgaccttctcttctctgctttgtgatcttaatttaatgtgtctttctatgatctgatatttcatcagcaatctgtctctgcgcttt
tattttttgtcggtggaaataaaatctaatgtaggaatgagattctagcattccttcaatataaatataaaatcctgggtcttggtcatccagttggcgatattggttgcatctcttttgaaatttattaaaaaaaagaaagaaatggaaaaaagaaaaccgtgagaatctaaaaccaccatatctttttctcacggttt
tatttttctccatctcattcaattccgaaacaaccacctccatcgccgcaagtagatcggagtaggaagaatagtttataaacaaccaatttagctttggtagcgattccgaaacaaccaagaacattcgacccaggacccaggaacgcaatggaggaagtacgagtagcatagcaataggcatctcgtgtagatctgta
ggccgtagtagaggaagtactagaacttctatcttcatgcctctgcgggcaatgaataattaataataaggacactgaggagactttgttaacatccaaacatgggttacattcaaacaggtaaactgtaagagtgatactcttttataatttttttatatattattgatagcatatttttatggcttttgcatatcacc
tatgttttttctttcattttgttaaatcaaaattgtatatatatatatatgaaaatgatttgagataatgttttttcccagGCAAAGAAGAAGGCAGAAATAAGTCTATAAAAATAAGGAACAACCCTTTTTACTATATTGGGTGGTGGGCTTTTATATCTAGCTAAGACTGGCCTTATTTATCTGATTCAATTCTTACC
CGGATGGCAAATCCTCCAGCATGAAGGTGGCCTATTGGGTGGTAAATCCTTCTATGAGAACCTGGCCTTATATAGAGTAGCTGGTAATTTATCCTCTATAAAGGTGGCCTTATCTTTAAATTTATTTGATTTTATTTAATCTGTAAAATTTTATTAATTATAATATTGGTCTGTAGTGTTATAGTATTCTGCCTAATCAT
AATTACAAGAAAGAATCATTAATGTTTTCTCCCTTTGTTTGTTTTAATGGTTTCTCTATATATAATTTTTTTAAGATCAACAAACAATGTATATCTCAACAACTTAAATTCAACATTCAATTCAATCCAACAGATCTATGGGATGCATGAACTGAACCATAAAAATACCAGTCGAAGACAGATCCACACAACCATTAATA
ACCCAACAAATTTTTAAATAATTCCTACTCTCAATACTTAAAAATCATTTTGCAGATCTAAAATTCAGTATTATTTTTATTGATCCGCACATCCAAACTGACCTAACTAACTCGTCATGGATTATTTTTCTAATCAAGTGTATTAACTTTGATTCACTAGGACATATTCGGCACACTTTAAGGCTCTGATTATGGTTTAT
ATTACTATTGTTTTAATTAGATTTTGATGTAATTATATATAATGAAAATTTTGTTAGATTTTACTCTGCCTATAGAGGATGGAGCTTTTAAAGGTAGTGCGCTACAGCATGGAACTCGAATTAGATCCATAATGATGATTGCGGATGATTTTCACGAAAATTATTTCACCACTTATATATGGCAAATTAGTTCTACCAGC
AATAAGTCGAATTCTAATTTACAGAATCTGGATAAAGATATTAGTGTGGTCAAATTCTACCACTCAGCCGGATTTGTAGATTCCAAATAGCGATGCTAGTGTGGTTAATTCCGTTTTTCCATATCGGTTAGTGGGTGTCACATATCATTTGTATTGTAGTAATAGTTCCATTCCCTCACCATAGCAATAGGAATCTCGTG
TATGATTTGCACATCATGCATTAAAAAAATAATTATGTTTTATCTATTTTTTTAAATTCAAAATTGAGTATATAAATATATCCCATTGTGATAGTGTTACAAAAAAAAGAGTAC