sp|F4HYJ7|DEXH3_ARATH ----> DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3

Intron 1 GTGCAATTTC ... TGCTTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.83	38	10	10
A2	12.73	24	4	3
A3	18.71	44	12	8.3
A4	11.11	28	1	6
A5	29.03	11	4	5
A6	7.69	6	0	1
A7	20	16	4	4
A8	15.67	12.8	3.8	1
A9	18.52	22	5	5
A10	21.43	11	1	5

>TRINITY_DN115677_c0_g1_i23 from sample A3 / Example spliced isoform

GAAATTTACATCATTAGGTTAAAATGAATAGGTGGCGTCATTGACATACATCAATACAAAAGCATAGACAAAAGCATATCTTCTTCTAGTAAGTATAGCGTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCC
TCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCC
ATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCT
GGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATG
AATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGG
CGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTAC
TGTTCTGGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCGTTGTATCCGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAA
CACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTG
CTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCTTGAATGCGGAGCTATT
TTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACC
TTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATTGCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAG
CTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAACCATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAA
GGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAATATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTT
GTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCACTTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTT
ATTATGGGCGCTGTTTTTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGCTGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCTTGTCCGTGCATATGAAGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAACGGG
ATCAGCTTATGAATATTGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGCAAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGGTTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGT
CTGTTGTGAATAGAGGAAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGTCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGT
TTACTTAGTCGTGGAGAAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTACAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTT
GTCAGCAGATCAATACAATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGATGCCCAAGGTTTCCATGGGCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGGAAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCA
GAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTTTGTAGGAAAACCTTGTCGTAGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGGAGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGG
AAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCATGACGCTTGGGAAAAAGAAAAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCATTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCAAGAACCAACTTTGACATGGATTATGTT
TGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAATCCAAGTCTTCACAGTCCAAATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGTTACAGTAAGTATGTGGCTCTGATAATA
TACAGTGTCCATTTGCTGATGTATATAGCTTTTTGCAACTGGAATTTCTGCTATTGAACATGGTTTCAACAATAAAATTATTTGGTCAGAGTTATAACTCTAGAAGATCATGTGGTTTTACAATCATATTCCAGTGGTATTTTGAAAAGGAAATTGTAACAGATGTCACGATATATTTCATTCTTGCAGGGTGTCTCCTA
TAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTCGACATCACTTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTGGATGATGGTTAATTTATTTAATTCCTCTCTGGGAG
TATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTATTCGTCCTTCCATAAAACAAGGGCAGCTGCCTGTTTATGGTTTTCATTGGTTGGACTCTTGGCTAGCTATGCTATATCTTTGCTTCGCGGTTATCCTTATTCCTATGGAATTGCTCGAAATAATTTCTCAGATTGTAAGTTTATTGACGAGTACAAA
TGATTCACAACAGAGCATTTCTTAACAATGTTTTTTGATAATAGTACTTGCCTGTGCCAAACAAGATGGCTCTGTATGATTTCATTACAAACTTCAGAAACAAGTGAATAAGGG

>TRINITY_DN115677_c0_g1_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TATGTCCTTCATGATATCACATGGTAACCATTGCTTACCAACTTTTTATTTGCTCATTCTCAGTTTGAAAGGGAAAAGGCATGCATAAGGATATTCATAGCTTTCATATGAATGTAAGATGTTTATGTATTGCTGTTATTTGTGAATATTCTGTTGCAGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATAT
TTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGgtgcaatttcttgaagtttaagttttgaatgacttcattttttaaagatatgaacaattcaaatttgcatggt
taaatgagtccttgtgttatttggtattgcttctcagGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATTGCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGAT
GGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGGTATTTCTAATTTGAATGTCTAATGTGGGAGTGCT

Intron 2 GTAAGTCTTA ... CAGCTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.51	26	23	26
A2	37.84	46	28	28
A3	40	30	19	21
A4	32.61	31	23	7
A5	46.67	8	8	6
A6	23.81	8	1	4
A7	32.26	21	5	15
A8	54.55	5	3	9
A9	28.57	10	5	3
A10	32.2	20	9	10

>TRINITY_DN122689_c0_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACC
GAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGG
TTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTA
TGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTG
CTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCG
AATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAACGACGATGGCCTCTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCTGATAGTACTGTTCTAGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAAC
TCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCATTGTATCTGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTG
CAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAAC
GAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCTTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACAT
TGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTATAGCTTGCTGGAAACCCGATTGC

>TRINITY_DN122689_c0_g1_i32 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACC
GAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGG
TTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTA
TGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTG
CTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCG
AATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTACTGTTCTGGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAAC
TCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCGTTGTATCCGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTG
CAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAAC
GAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCTTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTgtaagtcttaaatactttgcaatgtgaggccctcatgtggtaaaagcaacaaaatggctcaatga
aaatataaaatcaatcaagcttgatctgattgttttgaaagatattcttcctcggcgcccagacctcaagttaattcttatgagtgcaaccttgaatgcggagctattttcatctttctttggtggagcacctaaaattcatatacctttgtatcctggacccttgctgattttttgacgatgctgatgttatcaactat
ggactgacaactatgttttaaatgaagaaattgtacactttccataagccaacaatcaatctcacattttgccaattaatgtgttcctttcatcgttctggattctgttttgaagtatgtatgacagctaacagGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATT
GACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTATAGCTTGCTGGAAACCCGATTGC

Intron 3 GTAAGTTGTT ... TGTTATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.52	43.6	17	3.7
A2	20.01	39.8	10	9.8
A3	13.24	47.6	11	3.4
A4	19.48	48.1	16	6.9
A5	21.44	10.3	5	0.5
A6	15.64	18.1	6	0.6
A7	14.38	66.3	10	12.6
A8	15.79	67.9	14	11.3
A9	9.71	39.5	7	1.7
A10	8.59	50.1	6	3.5

>TRINITY_DN132939_c0_g3_i19 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAAAACATATCTTCTTCTAGTAAGTATAGCGTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCTTCAGTCAAGATACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAG
GCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTC
ATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTC
AAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAA
AAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACA
TCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTACTGTTCTGGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAA
CACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCGTTGTATCCGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATT
TGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCA
TGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTTTGTATCCTGGACCCTTGCTGATTTTTT
GCCGATGCTGATGTTATCAACTATGGACTGACAACTATGTTTTAAATGAAGAAATTGTACACTTTCCATAAGCCAACAATCAATCTCACATTTTGCCAATTAATGTGTTCCTTTCATCGTTCTGGATTCTGTTTTGAAGTATGTATGACAGCTAACAGGTGTTTTCTCTGCCTTTGACCTTGGTTTCATTCACATTTTGA
TTGTATAGAGGGGCCATTGTAAAAGTATTCATTTTTAAGGACAGTTGAAGTTGTAGATTTATGTCCTTCATGATATCACATGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACAC
AGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATTGCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTC
TTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAAC
CATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAAT
ATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCAC
TTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTTTTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGCTGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCT
TGTCCGTGCATATGAGGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAACGGGATCAGCTTATGAATATTGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGCAAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGG
TTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGGAAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGTCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGAT
TCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAGAAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTA
CAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATACAATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGATGCCCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGG
AAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTTTGTAGGAAAACCTTGTCGTAGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGG
AGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCATGACGCTTGGGAAAAAGAAAAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCATTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCA
AGAACCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAATCCAAGTCTTCACAGTCCAAATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGT
TACAGTAAGTATGTGGCTCTGATAATATACAGTGTCCATTTGCTGATGTATATAGCTTTTTGCAACTGGAATTTCTGCTATTGAACATGGTTTCAACAATAAAATTATTTGGTCAGAGTTATAACTCTAGAAGATCATGTGGTTTTACAATCATATTCCAGTGGTATTTTGAAAAGGAAACTGTAACAGATGTCACGTAT
ATTTCATTCTTGCAGGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTCGACATCACTTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTGGATGATGGT
TAATTTATTTAATTCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTATTCGTCCTTCCATAAAACAAGGGCAGCTGCCTGTTTATGGTTTTCATTGGTTGGACTCTTGGCTAGCTATGCTATATCTTTGCTTCGCGGTTATCCTTATTCCTATGGAATTGCTCGAAATAATTTCTCAG
ATTGTAAGTTTATTGACGAGTACAAATGATTCACAACAGAGCATTTCTTAACAATGTTTTTTGATAATAGTACTTGCCTGTGCCAAACAAGATGGCTCTGTATGATTTCATTACAAACTTCAGAAACAAGTGAATAAGGGCGA

>TRINITY_DN132939_c0_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAGAAGGGgtaagttgtttcaggtattttttttgtt
agattctatgggaacccaaggcttactaattaaatctaaaaagcattgcatgcttttaatactgacttgtgtatttatatcaatttgttatatagCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAA
AAGAAA

Intron 4 GTAAGTCTTA ... CAGCTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.51	26	23	26
A2	36.99	46	28	26
A3	40	30	19	21
A4	32.61	31	23	7
A5	46.67	8	8	6
A6	23.81	8	1	4
A7	32.26	21	5	15
A8	54.55	5	3	9
A9	25.93	10	5	2
A10	32.2	20	9	10

>TRINITY_DN122689_c0_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACC
GAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGG
TTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTA
TGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTG
CTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCG
AATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAACGACGATGGCCTCTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCTGATAGTACTGTTCTAGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAAC
TCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCATTGTATCTGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTG
CAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAAC
GAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCTTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACAT
TGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTATAGCTTGCTGGAAACCCGATTGC

>TRINITY_DN122689_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTT
AAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCC
ATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTT
GAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCT
ATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTG
GTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTACTGTTCTGGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGTTATCATTGTATCTGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATAC
ATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGG
TATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCTTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTG
GAGCACCTAAAATTCATATACCTgtaagtcttaaatactttgcaatgtgaggccctcatgtggtaaaagcaacaaaatggctcaatgaaaatataaaatcaatcaagcttgatctgattgttttgaaagatattcttcctcggcgcccagacctcaagttaattcttatgagtgcaaccttgaatgcggagctattttca
tctttctttggtggagcacctaaaattcatatacctttgtatcctggacccttgctgattttttgacgatgctgatgttatcaactatggactgacaactatgttttaaatgaagaaattgtacactttccataagccaacaatcaatctcacattttgccaattaatgtgttcctttcatcgttctggattctgtttga
agtatgtatgacagctaacagGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTG
CGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTATAGCTTGCTGGAAACCCGATTGC

Intron 5 GTAATGATGT ... TGGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	46	10	13
A2	21.8	52	10	19
A3	21.9	41	13	10
A4	32.2	40	22	16
A5	21.57	20	8	3
A6	9.09	5	1	0
A7	11.11	24	5	1
A8	13.04	10	3	0
A9	25	12	5	3
A10	18.75	39	12	6

>TRINITY_DN106948_c1_g1_i20 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCA
TGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGAT
GCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCTTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCG
AGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAG
CAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTG
TCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAACGACGATGGCCTCTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCTGATAGTACTGTTCTAGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCG
GCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCATTGTATCTGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGG
CTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGC
ATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGTAAGTCTTAAATACTTTGCAATGTGAGGCCCTCATGTGGTAAAAGCAACAAAATGGCT
CAATGAAAATATAAAATCAATCAAGCTTGATCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAG
AGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATTGC
ATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGATAAGTCTTA
AATACTTTGCAATGTGAGGCCCTCATGTGGTAAAAGCAACAAAATGGCTCACTGTTGTTGCATGTGCACAGAATAATCCTTATTTCTTTGTGACAATTTTATTAAACTTTTTCTATTCTTGTAAGTATTGGCTGGTTATGAGAGAGTTGACTAGCTTTGCAGCTATTCTTGTGTCTTTGTCGTCATATTTATAACTTGTT
TTATGTAGGAGTTTGAAGAGAGTGCATCTTATTATAGGCATCCTGGACGAATAGTTTAAATCAGAGCATTAATGTATGCATAAAAAAATGATTTCTTGGACCTCAAGTAAACTATAGCATATAACAAAATATGTTTTCAAATGAAAAATAATATCAAGACTCAATTCAGAGGATCAGAAATTCTGGACATTTGGAGAAAA
TTTACCAGCAAAGGCGCAAAGCTAGTTTTGCCTGATCTAGGGTGGGAAAATTGCCCAAGCAGCAATGAAGCAAATATCTGAAAAAACTGCTTGAAAGATCTCTGCAATTTTTTTTTCTTTTTAATATCAAAATGAAAACAGTTCATTTTTGTATTAGAAAGTTGCTACAGCCTTGCTGGTCAGCATAATAATGTAAAAAG
AGTAGGACTGTCCCACAGTCTATGATTTAGAGTTCGCCCAAAAACTTGGAAATTGACTACAAAAAAGTATTGCTATCCTTCGCAGAGGATGTCCAAAAGTTTTTATTAGTATAAAGCCTGGAAGGGTCACCTAAAAACAGACGTATATTGCTAAACATTATTGAATGTGAGATGAGTGAAAAACATGGTAGCTGTGAGCT
TCCTCTTGTTCCACAGGTGAAGGCTGGGAATCCTGATTCATATAAACCATGTCCATATCTTCTGGGAGTTGATGAATAGTCTTCTCTTCTTTAAAATACCCAGGAACTGAACCCATTGACATGCTGTAATCGGAGGCATTGGACTGTGAGCCCCTAGCAAGATTTGAAACCAGATGATGAAGCATATTGCACTCAGCCTC
TAAGGCTTGAATTTGTCTCTTTTGCTGGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAACCATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTT
GGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAATATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCC
AGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCACTTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTTTTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGC
TGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCTTGTCCGTGCATATGAGGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAATGGGATCAGCTTATGAATATTGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGC
AAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGGTTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGGAAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGT
CCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAGAAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATA
CTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTACAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATACAATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGA
TGCCCAAGGTTTCCATGGGCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGGAAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTTTGTAGGAAAACCTTGTCGT
AGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGGAGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCATGACGCTTGGGAAAAAGAA
AAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCGTTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCAAGAACCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAATCCAAGTCTTCACAGTCCAA
ATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGTTACAGTAAGTATGTGGCTCTGATAATATACAGTGTCCATTTGCTGATGTATATAGCTTTTTGCAACTGGAATTTCTG
CTATTGAACATGGTTTCAACAATAAAATTATCTGGTCAGAGTTATAACTCTAGAAGATCATGTGGTTTTACAATCATATTCCAGTGGTATTTTGAAAAGGAAACTGTAACAGATGTCACGTATATTTCATTCTTGCAGGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTCGACATCAC
TTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTGGATGATGGTTAATTTATTTAATTCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTATTCATCCT
TCCATAAAACAAGG

>TRINITY_DN106948_c1_g1_i15 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGGGAACAATTGGGTGAATCAGTGCGTTTCTGCTGTTTGAACAACTCTTTTGCCATGCTTTTATATTGTCAAAATGTCAAACACTGTTCTTCGATGCTTCTGTATTTAGCATTTTTGATAAGTTTGGCTGATTTATTCCATCATGCACTATTTTTTGACTATATCAACAAACATGTTAGGTTGGTTACAAAGTTCGCTTA
GAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGgtaatgatgttttcagtactataacttatttgtacattgttgtaaattgatattgctagaa
aattagaaatgcattgaaagcatgtgtgtgactattggtttggattgcagATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGTAAGTCTTAAATACTTTG
CAATGTGAGGCCCTCATGTGGTAAAAGCAACAAAATGGCTCAATGAAAATATAAAATCAATCAAGCTTGATCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCT

Intron 6 GTAAGTATGT ... ATTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.54	23	33	20
A2	50.52	24	24	25
A3	63.08	12	20	21
A4	51.72	21	31	14
A5	70	3	7	7
A6	67.23	29	75	44
A7	66.67	30	55	65
A8	63.58	59	111	95
A9	68.13	29	69	55
A10	62.24	27	35	54

>TRINITY_DN115677_c0_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoform

GAAATTTACATCATTAGGTTAAAATGAATAGGTGGCGTCATTGACATACATCAATACAAAAGCATAGACAAAAGCATATCTTCTTCTAGTAAGTATAGCGTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTAC
AGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTC
TCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCG
GCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCT
TAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGG
TTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTACTGTTCTGGAAAACATT
CTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCGTTGTATCCGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATA
CATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTG
GTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCTTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGT
GGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCT
TGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATTGCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTC
TTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAACCATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGAT
GCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAATATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATG
TTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCACTTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTT
TTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGCTGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCTTGTCCGTGCATATGAAGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAACGGGATCAGCTTATGAATAT
TGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGCAAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGGTTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGG
AAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGTCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAG
AAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTACAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATAC
AATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGATGCCCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGGAAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTT
TGTAGGAAAACCTTGTCGTAGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGGAGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCA
TGACGCTTGGGAAAAAGAAAAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCATTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCAAGAACCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAAT
CCAAGTCTTCACAGTCCAAATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGTTACAGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTC
GACATCACTTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTGGATGATGGTTAATTTATTTAATTCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTA
TTCGTCCTTCCATAAAACAAGGGCAGCTGCCTGTTTATGGTTTTCATTGGTTGGACTCTTGGCTAGCTATGCTATATCTTTGCTTCGCGGTTATCCTTATTCCTATGGAATTGCTCGAAATAATTTCTCAGATTGTAAGTTTATTGACGAGTACAAATGATTCACAACAGAGCATTTCTTAACAATGTTTTTTGATAATA
GTACTTGCCTGTGCCAAACAAGATGGCTCTGTATGATTTCATTACAAACTTCAGAAACAAGTGAATAAGGG

>TRINITY_DN115677_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAAATTTACATCATTAGGTTAAAATGAATAGGTGGCGTCATTGACATACATCAATACAAAAGCATAGACAAAAGCATATCTTCTTCTAGTAAGTATAGCGTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTAC
AGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTC
TCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCG
GCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCT
TAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGG
TTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTACTGTTCTGGAAAACATT
CTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCGTTGTATCCGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATA
CATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTG
GTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCTTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGT
GGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCT
TGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATTGCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTC
TTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAACCATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGAT
GCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAATATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATG
TTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCACTTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTT
TTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGCTGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCTTGTCCGTGCATATGAAGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAACGGGATCAGCTTATGAATAT
TGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGCAAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGGTTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGG
AAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGTCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAG
AAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTACAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATAC
AATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGATGCCCAAGGTTTCCATGGGCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGGAAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATT
TAATGGGATGCAGTTTGTAGGAAAACCTTGTCGTAGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGGAGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGG
ACAATGATGAGGCCATGACGCTTGGGAAAAAGAAAAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCATTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCAAGAACCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATA
GCCACCATTAGAAATCCAAGTCTTCACAGTCCAAATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGTTACAgtaagtatgtggctctgataatatacagtgtccatttgc
tgatgtatatagctttttgcaactggaatttctgctattgaacatggtttcaacaataaaattatttggtcagagttataactctagaagatcatgtggttttacaatcatattccagtggtattttgaaaaggaaattgtaacagatgtcacgatatatttcattcttgcagGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGG
ATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTCGACATCACTTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTGGATGATGGTTAATTTATTTAATTCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATG
TAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTATTCGTCCTTCCATAAAACAAGGGCAGCTGCCTGTTTATGGTTTTCATTGGTTGGACTCTTGGCTAGCTATGCTATATCTTTGCTTCGCGGTTATCCTTATTCCTATGGAATTGCTCGAAATAATTTCTCAGATTGTAAGTTTATTGACGAGTACAAATGATTCACAACAGAGC
ATTTCTTAACAATGTTTTTTGATAATAGTACTTGCCTGTGCCAAACAAGATGGCTCTGTATGATTTCATTACAAACTTCAGAAACAAGTGAATAAGGG

Intron 7 GTGCTCAAAT ... TGAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.7	50	10	13
A2	18.84	58.1	21	6
A3	21.37	46	14	11
A4	25.93	40	19	9
A5	26.09	17	5	7
A6	25	9	1	5
A7	11.11	16	2	2
A8	20	6	2	1
A9	11.76	15	1	3
A10	12.12	29	2	6

>TRINITY_DN122689_c0_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACC
GAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGG
TTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTA
TGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTG
CTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCG
AATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAACGACGATGGCCTCTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCTGATAGTACTGTTCTAGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAAC
TCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCATTGTATCTGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTG
CAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAAC
GAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCTTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACAT
TGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTATAGCTTGCTGGAAACCCGATTGC

>TRINITY_DN122689_c0_g1_i30 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTT
AAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCC
ATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTT
GAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCT

ATACTGgtgctcaaatgaaagcagtttgttaatatatgctgttttgttatcaatacccatgcatttgtgtttcattagtattgtagtatctttcttttgtttgttataatatggatggaaagtatttagattcatgtctgtgaatttcagCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATT
ACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCA

Intron 8 GTGTTTTCTC ... TCTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.9	27	18	26
A2	35.48	30	10	23
A3	36	24	7	20
A4	33.33	8	2	6
A5	36.84	6	2	5
A6	33.33	4	0	4
A7	38.78	15	3	16
A8	28	9	3	4
A9	14.29	3	1	0
A10	16.67	10	1	3

>TRINITY_DN44287_c1_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

CCGATGTTGCCGAGAAGTTGTATCCTGGACCCTTGCTGATTTTTTGCCGATGCTGATGTTATCAACTATGGACTGACAACTATGTTTTAAATGAAGAAATTGTACACTTTCCATAAGCCAACAATCAATCTCACATTTTGCCAATTAATGTGTTCCTTTCATCGTTCTGGATTCTGTTTTGAAGTATGTATGACAGCTAA
CAGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAA
GTATAGTTATGGGACACGAGAATCTATAGCTTGCTGGAAACCCGATTGCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGG
TTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAACCATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGT
TTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAATATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGT
TGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCACTTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTTTTCACTGCCTAGACCCTGTAC
TTACAGCTGCAGCTGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCTTGTCCGTGCATATGAGGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAACGGGATCAGCTTATGAATATTGCTGGAGAAATTTTCTGTCA
GCACATACTTTGCAAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGGTTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGGAAGGTCTATTAGTACTAAAAC
TATGGAAGATGGTCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAGAAGGGCCCGGTCACTTGAGAA
TGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTACAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATACAATGGGAGGTTTGTCTTTGGC
CGTAAAGTCAAGATGCCCAAGGTTTCCATGGGCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGGAAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTTTGTAGG
AAAACCTTGTCGTAGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGGAGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCATGACGC
TTGGGAAAAAGAAAAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCATTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCAAGAACCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAATCCAAGT
CTTCACAGTCCAAATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGTTACAGTAAGTATGTGGCTCTGATAATATACAGTGTCCATTTGCTGATGTATATAGCTTTTTGCA
ACTGGAATTTCTGCTATTGAACATGGTTTCAACAATAAAATTATCTGGTCAGAGTTATAACTCTAGAAGATCATGTGGTTTTACAATCATATTCCAGTGGTATTTTGAAAAGGAAATTGTAACAGATGTCACGATATATTTCATTCTTGCAGGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGG
CATTTCGACATCACTTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTAGATGATGGTTAATTTATTTAATCCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCA
AATTTATTCGTCCTTCCATAAAACAAGGGCAGCTGCCTGTTTATGGTTTTCATTGGTTGGACTCTTGGCTAGCTATGCTATATCTTTGCTTCGCGGTTATCCTTATTCCTATGGAATTGCTCGAAATAATTTCTCAGATTGTAAGTTTATTGACGAGTACAAATGATTCACAACAGAGCATTTCTTAACAATGTTTTTTG
ATAATAGTACTTGCCTGTGCCAAACAAGATGGCTCTGTATGATTTCATTACAAACTTCAGAAACAAGTGAATAAGGGCTGTTACATACACTGTAATATTTCATTCATGTTATGTGCACGTTCAACATACTTGGGTGCATTTAATAGTGAATATTCCATGTGTTGGCCTTACCATCGTATACAACAAACTAGCAAAAATGA
TGTGACATTCATAGCAGTGCAATGGTTTAACTAATCTG

>TRINITY_DN44287_c1_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CCGATGTTGCCGAGAAGTTGTATCCTGGACCCTTGCTGATTTTTTGCCGATGCTGATGTTATCAACTATGGACTGACAACTATGTTTTAAATGAAGAAATTGTACACTTTCCATAAGCCAACAATCAATCTCACATTTTGCCAATTAATGTGTTCCTTTCATCGTTCTGGATTCTGTTTTGAAGTATGTATGACAGCTAA
CAGgtgttttctctgcctttgaccttggtttcattcacattttgattgtatagaggggccattgtaaaagtattcatttttaaggacagttgaagttgtagatttatgtccttcatgatatcacatggtaaccattgcttaccaactttttatttgatcattctcagtttgaaagggaaaaggcatgcataaggatattc
atagctttcatatgaatgtaagatgtttatgtattgctgttatttgtgaatattctgttgcagGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAA
GAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTATAGCTTGCTGGAAACCCGATTGCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGATGGGATG
ATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAACCATCAATGATGTTGTATTT
GTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAATATCAATTGCCGGAGCTTCT
TAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCACTTGTCCATGCTTCCAGTGG
AGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTTTTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGCTGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCTTGTCCGTGCATATGAGGGA
TGGAAAGAGGCAGAAAGAACGGGATCAGCTTATGAATATTGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGCAAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGGTTAGAGCAATTATTTGTGC
TGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGGAAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGTCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATT
CTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAGAAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTACAAGGATGGTCATCATCTA
TTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATACAATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGATGCCCAAGGTTTCCATGGGCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGGAAAA
ACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTTTGTAGGAAAACCTTGTCGTAGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGGAGAA
GCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCATGACGCTTGGGAAAAAGAAAAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCATTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCAAGAA
CCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAATCCAAGTCTTCACAGTCCAAATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGTTACA
GTAAGTATGTGGCTCTGATAATATACAGTGTCCATTTGCTGATGTATATAGCTTTTTGCAACTGGAATTTCTGCTATTGAACATGGTTTCAACAATAAAATTATCTGGTCAGAGTTATAACTCTAGAAGATCATGTGGTTTTACAATCATATTCCAGTGGTATTTTGAAAAGGAAATTGTAACAGATGTCACGATATATT
TCATTCTTGCAGGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTCGACATCACTTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTAGATGATGGTTAA
TTTATTTAATCCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTATTCGTCCTTCCATAAAACAAGGGCAGCTGCCTGTTTATGGTTTTCATTGGTTGGACTCTTGGCTAGCTATGCTATATCTTTGCTTCGCGGTTATCCTTATTCCTATGGAATTGCTCGAAATAATTTCTCAGATT
GTAAGTTTATTGACGAGTACAAATGATTCACAACAGAGCATTTCTTAACAATGTTTTTTGATAATAGTACTTGCCTGTGCCAAACAAGATGGCTCTGTATGATTTCATTACAAACTTCAGAAACAAGTGAATAAGGGCTGTTACATACACTGTAATATTTCATTCATGTTATGTGCACGTTCAACATACTTGGGTGCATT
TAATAGTGAATATTCCATGTGTTGGCCTTACCATCGTATACAACAAACTAGCAAAAATGATGTGACATTCATAGCAGTGCAATGGTTTAACTAATCTG

Intron 9 GTGCGTTTCT ... AACATGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.21	43	0	13
A2	25	21	2	7
A3	27.66	34	0	13
A4	34.43	40	2	21
A5	8.7	21	0	2
A6	30	7	0	3
A7	22.22	35	0	10
A8	12.5	7	0	1
A9	28	18	0	7
A10	11.63	38	0	5

>TRINITY_DN106948_c1_g1_i20 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCA
TGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGAT
GCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCTTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCG
AGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAG
CAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTG
TCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAACGACGATGGCCTCTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCTGATAGTACTGTTCTAGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCG
GCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCATTGTATCTGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGG
CTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGC
ATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGTAAGTCTTAAATACTTTGCAATGTGAGGCCCTCATGTGGTAAAAGCAACAAAATGGCT
CAATGAAAATATAAAATCAATCAAGCTTGATCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAG
AGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATTGC
ATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGATAAGTCTTA
AATACTTTGCAATGTGAGGCCCTCATGTGGTAAAAGCAACAAAATGGCTCACTGTTGTTGCATGTGCACAGAATAATCCTTATTTCTTTGTGACAATTTTATTAAACTTTTTCTATTCTTGTAAGTATTGGCTGGTTATGAGAGAGTTGACTAGCTTTGCAGCTATTCTTGTGTCTTTGTCGTCATATTTATAACTTGTT
TTATGTAGGAGTTTGAAGAGAGTGCATCTTATTATAGGCATCCTGGACGAATAGTTTAAATCAGAGCATTAATGTATGCATAAAAAAATGATTTCTTGGACCTCAAGTAAACTATAGCATATAACAAAATATGTTTTCAAATGAAAAATAATATCAAGACTCAATTCAGAGGATCAGAAATTCTGGACATTTGGAGAAAA
TTTACCAGCAAAGGCGCAAAGCTAGTTTTGCCTGATCTAGGGTGGGAAAATTGCCCAAGCAGCAATGAAGCAAATATCTGAAAAAACTGCTTGAAAGATCTCTGCAATTTTTTTTTCTTTTTAATATCAAAATGAAAACAGTTCATTTTTGTATTAGAAAGTTGCTACAGCCTTGCTGGTCAGCATAATAATGTAAAAAG
AGTAGGACTGTCCCACAGTCTATGATTTAGAGTTCGCCCAAAAACTTGGAAATTGACTACAAAAAAGTATTGCTATCCTTCGCAGAGGATGTCCAAAAGTTTTTATTAGTATAAAGCCTGGAAGGGTCACCTAAAAACAGACGTATATTGCTAAACATTATTGAATGTGAGATGAGTGAAAAACATGGTAGCTGTGAGCT
TCCTCTTGTTCCACAGGTGAAGGCTGGGAATCCTGATTCATATAAACCATGTCCATATCTTCTGGGAGTTGATGAATAGTCTTCTCTTCTTTAAAATACCCAGGAACTGAACCCATTGACATGCTGTAATCGGAGGCATTGGACTGTGAGCCCCTAGCAAGATTTGAAACCAGATGATGAAGCATATTGCACTCAGCCTC
TAAGGCTTGAATTTGTCTCTTTTGCTGGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAACCATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTT
GGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAATATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCC
AGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCACTTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTTTTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGC
TGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCTTGTCCGTGCATATGAGGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAATGGGATCAGCTTATGAATATTGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGC
AAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGGTTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGGAAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGT
CCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAGAAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATA
CTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTACAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATACAATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGA
TGCCCAAGGTTTCCATGGGCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGGAAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTTTGTAGGAAAACCTTGTCGT
AGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGGAGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCATGACGCTTGGGAAAAAGAA
AAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCGTTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCAAGAACCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAATCCAAGTCTTCACAGTCCAA
ATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGTTACAGTAAGTATGTGGCTCTGATAATATACAGTGTCCATTTGCTGATGTATATAGCTTTTTGCAACTGGAATTTCTG
CTATTGAACATGGTTTCAACAATAAAATTATCTGGTCAGAGTTATAACTCTAGAAGATCATGTGGTTTTACAATCATATTCCAGTGGTATTTTGAAAAGGAAACTGTAACAGATGTCACGTATATTTCATTCTTGCAGGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTCGACATCAC
TTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTGGATGATGGTTAATTTATTTAATTCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTATTCATCCT
TCCATAAAACAAGG

>TRINITY_DN106948_c1_g1_i15 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGGGAACAATTGGGTGAATCAgtgcgtttctgctgtttgaacaactcttttgccatgcttttatattgtcaaaatgtcaaacactgttcttcgatgcttctgtatttagcatttttgataagtttggctgatttattccatcatgcactattttttgactatatcaacaaacatgttagGTTGGTTACAAAGTTCGCTTA
GAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGGTAATGATGTTTTCAGTACTATAACTTATTTGTACATTGTTGTAAATTGATATTGCTAGAA
AATTAGAAATGCATTGAAAGCATGTGTGTGACTATTGGTTTGGATTGCAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGTAAGTCTTAAATACTTTG
CAATGTGAGGCCCTCATGTGGTAAAAGCAACAAAATGGCTCAATGAAAATATAAAATCAATCAAGCTTGATCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCT

Intron 10 GTAAGTATGT ... ATTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	50.52	24	24	25
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A5	70	3	7	7
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A7	66.67	30	55	65
A8	63.58	59	111	95
A9	68.35	29.1	69	56.8
A10	62.24	27	35	54

>TRINITY_DN132939_c0_g3_i17 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAAAACATATCTTCTTCTAGTAAGTATAGCGTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAACCCCTCGTCAGTCAAGCTACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAGGCCGAGCATCAACATT
TACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTCATGGCCATCGCGTGAT
ACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTCAAGATTTCTTTCCATT
TTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAAAAGGATCGGCGTGACT
ATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACATCTTGATAAAAAAAGA
ATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTACTGTTCTGGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAACACCTGAAGGCCAAAA
GATGCTAGATTTCCGGCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCGTTGTATCCGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATTTGCACTCAACCTAGGC
GTATATCTGCTATGGCTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCATGTAATTGTGGATGAA
ATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTT
AGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACACAGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATT
GCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTCTTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAA
TTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAACCATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGG
CAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAATATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTC
AAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCACTTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTTTTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGCTGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCT
CATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCTTGTCCGTGCATATGAGGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAACGGGATCAGCTTATGAATATTGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGCAAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATT
TCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGGTTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGGAAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGTCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCC
ATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGATTCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAGAAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAG
ATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTACAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATACAATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGATGCCCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAA
AACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGGAAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTTTGTAGGAAAACCTTGTCGTAGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGT
TGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGGAGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCATGACGCTTGGGAAAAAGAAAAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAG
AACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCATTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCAAGAACCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAATCCAAGTCTTCACAGTCCAAATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTG
TAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGTTACAGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTCGACATCACTTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGA
GATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTGGATGATGGTTAATTTATTTAATTCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTATTCGTCCTTCCATAAAACAAGGGCAGCTGCCTGTTTATGGTTTTCATTGGTTGGACTCTTGGCTAGCT
ATGCTATATCTTTGCTTCGCGGTTATCCTTATTCCTATGGAATTGCTCGAAATAATTTCTCAGATTGTAAGTTTATTGACGAGTACAAATGATTCACAACAGAGCATTTCTTAACAATGTTTTTTGATAATAGTACTTGCCTGTGCCAAACAAGATGGCTCTGTATGATTTCATTACAAACTTCAGAAACAAGTGAATAA
GGGCGA

>TRINITY_DN132939_c0_g3_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAAAAACATATCTTCTTCTAGTAAGTATAGCGTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCTTCAGTCAAGATACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAG
GCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTC
ATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTC
AAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAA
AAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACA
TCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTACTGTTCTGGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAA
CACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCGTTGTATCCGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATT
TGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCA
TGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTTTGTATCCTGGACCCTTGCTGATTTTTT
GCCGATGCTGATGTTATCAACTATGGACTGACAACTATGTTTTAAATGAAGAAATTGTACACTTTCCATAAGCCAACAATCAATCTCACATTTTGCCAATTAATGTGTTCCTTTCATCGTTCTGGATTCTGTTTTGAAGTATGTATGACAGCTAACAGGTGTTTTCTCTGCCTTTGACCTTGGTTTCATTCACATTTTGA
TTGTATAGAGGGGCCATTGTAAAAGTATTCATTTTTAAGGACAGTTGAAGTTGTAGATTTATGTCCTTCATGATATCACATGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACAC
AGAAGCAAGCACTCAGGAAGAAGAAGAGCCAGCTTGCTAACCTTGTTGAGGATGCGCTTGCGACTGCTAACTTTGCCAAGTATAGTTATGGGACACGAGAATCTGTAGCTTGCTGGAAACCCGATTGCATAGGTTTTAATCTTATAGAAGCTGTCCTATGCCATATTTGTAGAAATGGAAGACCAGGTGCTGTCTTGGTC
TTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAAC
CATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAAT
ATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCAC
TTGTCCATGCTTCCAGTGGAGCCTAGGCTTGGAAAGATGCTTATTATGGGCGCTGTTTTTCACTGCCTAGACCCTGTACTTACAGCTGCAGCTGGCTTGAGTGTTAGGGATCCTTTTCTGCTACCTCATGATAAAAAGGAGCTTGCAGATTCAGCAAAGGCTAAGTTCTCTGCAAATGATTATAGTGACCATCTGGCTCT
TGTCCGTGCATATGAGGGATGGAAAGAGGCAGAAAGAACGGGATCAGCTTATGAATATTGCTGGAGAAATTTTCTGTCAGCACATACTTTGCAAGCCATAAAGTCTCTTCGTAAACAATTTGAATTTCTGCTGAAGGATGTGGGATTAGTGAATAGTAATACTGCCATCAGTAATCAGCTGAGTGATAATCAGTCTTTGG
TTAGAGCAATTATTTGTGCTGGACTGTACCCTAGCGTAATGTCTGTTGTGAATAGAGGAAGGTCTATTAGTACTAAAACTATGGAAGATGGTCCAGTTCTGCTCTATCATAATTCTGTCAATGCCCATGAGCAAAAAATTCCCTGCCCATGGTTGATGTTCTTTGAGAAAGTCAAAATTAATGCAGTATTTATCCGTGAT
TCAACAGGAATCTCAGATTCTGTATTGCTGCTTTTTGGTGGTTTACTTAGTCGTGGAGAAGGGCCCGGTCACTTGAGAATGTTAGATGGATACTTGGAGTTCTTTATGGAACCTGAGTTAGCAGAGATCTACTTGAAGCTCAAAGAGGAGCTCGATGAACTGATTCAAAAGAAACTTCAAAATCCCAGTATGGACATTTA
CAAGGATGGTCATCATCTATTACTAGCAGTTGATGAGCTCTTGTCAGCAGATCAATACAATGGGAGGTTTGTCTTTGGCCGTAAAGTCAAGATGCCCAAGGTTTCCATGGGCGATCCTTGTAGCAAAACTGATGAAAATCCTAAGAGTCTATTACAAACACTGGTTTCAAGGTCAGGATATGGTCAACCTAAATACAAGG
AAAAACATCTAAAAAATAATCAGTTCAGAGCAATGGTGGAATTTAATGGGATGCAGTTTGTAGGAAAACCTTGTCGTAGCAAAAAGCTTGCAGAGAAAGAGGCAGCAATGGAAGCATTAGCATGGTTGACTGGTGCCTCACGTCCAACATCTTCTCCTACAAGTAATGAGGCAATGCCACTTAAGAAAGACAAGAAAGGG
AGAAGCACTGAGGCAATGTTCCTGGGGAAAGATGAGAGAAAGGACAATGATGAGGCCATGACGCTTGGGAAAAAGAAAAGGGAACGTGAACAGGTAAAAGGGGCTACTTACCAGTGGTAAATTCAGAACTGGAGAAGTTTAAAGCTATGTTCCCATATATGAGCACACAAGTGCATTAAAACTCTATTTTAAGCTTGCCA
AGAACCAACTTTGACATGGATTATGTTTGGTAAATGTTAGATAGCCACCATTAGAAATCCAAGTCTTCACAGTCCAAATGGAATTAGGTGAAAGTTGATGATAATGTGCTCATTCGGCAGTTGGTGTAACTTGTGCTTCGTCCATTGCTAAACAATCTGCGACCTTGATGGCCTCTGAAACATCTAGGTATCAGAGAAGT
TACAgtaagtatgtggctctgataatatacagtgtccatttgctgatgtatatagctttttgcaactggaatttctgctattgaacatggtttcaacaataaaattatttggtcagagttataactctagaagatcatgtggttttacaatcatattccagtggtattttgaaaaggaaactgtaacagatgtcacgtat
atttcattcttgcagGGTGTCTCCTATAGGCAGTGAGATAGGATGGAAAATTTGGTTTCAGGGCATTTCGACATCACTTGTAGATGCATCACAGAATGTTTTGAGATATAAAGTAGGGTTGTATTGGAATTCATGGAGATGGGTACTATCATTTCTGCCCCATCTTTATATTTTCTCTTATCTGCTGCCTGGATGATGGT
TAATTTATTTAATTCCTCTCTGGGAGTATAGAGAGGTTAATGTAGGGAGTTTTATTGTATGCAAATTTATTCGTCCTTCCATAAAACAAGGGCAGCTGCCTGTTTATGGTTTTCATTGGTTGGACTCTTGGCTAGCTATGCTATATCTTTGCTTCGCGGTTATCCTTATTCCTATGGAATTGCTCGAAATAATTTCTCAG
ATTGTAAGTTTATTGACGAGTACAAATGATTCACAACAGAGCATTTCTTAACAATGTTTTTTGATAATAGTACTTGCCTGTGCCAAACAAGATGGCTCTGTATGATTTCATTACAAACTTCAGAAACAAGTGAATAAGGGCGA

Intron 11 GTAACCATTG ... TCTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.65	21	3	6
A2	13.04	20	3	3
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A9	-1	0	0	0
A10	0	5	0	0

>TRINITY_DN132939_c0_g3_i19 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAAAACATATCTTCTTCTAGTAAGTATAGCGTTCTAGTCACCACGAAAAACATGGCATCCACACGCTGAAATCCACACTTATTGAAACAACTGAGACGGGTTTAGGAGAAGCCCCTTGGGAGTAAAACCCCTCTTCAGTCAAGATACAGAGCATACAGGACGCAGGGTTTAATGTGCAACCCCCCCCCAGTTGGTGTAG
GCCGAGCATCAACATTTACCGTTTCAGGCCATGGACCGAAAGCTCATCCGCTTAAATCCCAAAACGCAATAATTGTAAGCCGAGCTCTGCAATTACAGGGGCATATATCGTTTTAGGATGCCATATTCGGCCATAATTCAGAGGCTTCTCAGGACTCGGCCTCAACGGTCAATGCTACTAAGTTCAGGCATTGAGTGTTC
ATGGCCATCGCGTGATACGAGAGGATTGGATGCAGGGTTGCCGTGGTTCAGCCATTCAGCTATAAATTCCAGGTTTCGCAGAGTCGGGTTTATTCGTAGACGGCAATATGCTACACTTGGTCGCCGCCTTCTGGACGTCTCTTGTTCGGCCTTGAAAGAGTCGGTGAACAGGGAAAAAAAGACGGGCGTTGCAATTCGTC
AAGATTTCTTTCCATTTTCTCAGCCAACCCGAGGGTATGAGAGATATGCGTTTGAACAGTATTCGGACGATGAGCGTGATGCATTGGAGGTTGATGACCCAAAGGTTGCTTCCTCCGTTGCAAATATTGATGAATGGAAATGGAAGCTTAGCATGCTTATGCGTAACAAGGATGAGCAGGAAATAATTTCGAAGGAAAAA
AAGGATCGGCGTGACTATGACCAAATTGCAGCAATTGCTGCAAGAATGGGCCTATACTGCCAACAATATGAAAAAGTGGTGGTGGTGAGCAAGGTCCCTTTGCCAAATTACAGACCTGATTTAGATGACAGGCGTCCACAGCGGGAGGTTGTCATTCCTCTTGGAGTGCAAAAACAAGTGGGGAGTCTTCTTCGTCAACA
TCTTGATAAAAAAAGAATGAATGCAAACCTGTCTTCGAATGCTGGTATATCTGGTGCAAGAGTCAATGATAGCCTGGCTTTCAGCGACGATGGCCTTTTAGAACAAAATGAACATAAAATGCCCGATAGTACTGTTCTGGAAAACATTCTTAAGCGAAGAAGTTTGCATATCCGCAATATGCAGCGGGCCTGGCAGGAAA
CACCTGAAGGCCAAAAGATGCTAGATTTCCGGCGAACTCTTCCTGCTTACAAGGAGAAGGATGCATTGCTTGAAGCTGTGGCAAGGAATCAGGTTATCGTTGTATCCGGGGAGACTGGCTGTGGGAAAACAACACAACTTCCTCAATACATATTAGAGTCTGAAATAGTGTCTGGCCAGGGGGCAATGTGCAATATTATT
TGCACTCAACCTAGGCGTATATCTGCTATGGCTGTTGCAGAAAGGGTTGCTGCAGAAAGAGGGGAACAATTGGGTGAATCAGTTGGTTACAAAGTTCGCTTAGAGGGCATGAGAGGGAAAAACACACGCTTGCTTTTCTGTACAACTGGTATTTTGCTCAGAAGATTGCTAGTGGATAGGGAATTAAAAGGTGTAACCCA
TGTAATTGTGGATGAAATTCATGAGCGTGGCATGAACGAAGATTTTCTTCTGATTGTTTTGAAAGATATTCTTCCTCGGCGCCCAGACCTCAAGTTAATTCTTATGAGTGCAACCCTGAATGCGGAGCTATTTTCATCTTTCTTTGGTGGAGCACCTAAAATTCATATACCTTTGTATCCTGGACCCTTGCTGATTTTTT
GCCGATGCTGATGTTATCAACTATGGACTGACAACTATGTTTTAAATGAAGAAATTGTACACTTTCCATAAGCCAACAATCAATCTCACATTTTGCCAATTAATGTGTTCCTTTCATCGTTCTGGATTCTGTTTTGAAGTATGTATGACAGCTAACAGGTGTTTTCTCTGCCTTTGACCTTGGTTTCATTCACATTTTGA
TTGTATAGAGGGGCCATTGTAAAAGTATTCATTTTTAAGGACAGTTGAAGTTGTAGATTTATGTCCTTCATGATATCACATGGGATTTACGCACCCAGTAAGAGCACATTTTTTAGAAAATATTTTAGAGACAACAGGCTACACATTGACATCATTTAACCAATTGGATGATTATGGACAAGACAAGATATGGAAAACAC
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TTTATGACAGGATGGGATGATATCAATGCTTTGAAGGACCAGCTGCATGCACATTCTCTTCTAGGTGATCCAAACAGGGTTCTACTACTTGCATGCCATGGATCAATGGCTAGTTCAGAGCAGAAATTAATTTTTGAAAAGCCCCCACCAGATGTTCGAAAGATAGTGCTTGCTACAAATATGGCAGAGACAAGTATAAC
CATCAATGATGTTGTATTTGTGGTGGACTGTGGGAAGGCGAAGGAAACATCCTATGATGCACTGAATAACACTCCTTGTTTGCTTCCTACTTGGATATCAAAAGCTTCTGCTCGACAAAGAAGAGGCAGGGCTGGCCGTGTTCAATCAGGTGAATGCTATCATCTATATCCAAGATGTGTTCATGACGCTTTGGCAGAAT
ATCAATTGCCGGAGCTTCTTAGAACACCCTTACAGTCTCTTTGTCTGCAAATAAAATGTTTGCAGCTTGGAAGCATAGTTGAATTCCTGTCCAGAGCTTTGCAACCTCCTGAACCTCTCTCGGTTCAAAATGCAGTTCAATATTTGAAGACCATTGGAGCTCTTGATGACAAGGAAAACCTAACAAACCTTGGGCGCCAC
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>TRINITY_DN132939_c0_g3_i26 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGTATCCTGGACCCTTGCTGATTTTTTGCCGATGCTGATGTTATCAACTATGGACTGACAACTATGTTTTAAATGAAGAAATTGTACACTTTCCATAAGCCAACAATCAATCTCACATTTTGCCAATTAATGTGTTCCTTTCATCGTTCTGGATTCTGTTTTGAAGTATGTATGACAGCTAACAGGTGTTTTCTCTGCC
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