sp|F4HPZ9|LIG6_ARATH ----> DNA ligase 6
Intron 1 GTGAGTTGGT ... GAGAAGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30 | 7 | 5 | 1 |
| A2 | 34.78 | 15 | 12 | 4 |
| A3 | 38.46 | 4 | 1 | 4 |
| A4 | 45.08 | 12.8 | 10 | 11 |
| A5 | 41.18 | 5 | 3 | 4 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 26.32 | 7 | 2 | 3 |
| A8 | 18.92 | 15 | 2 | 5 |
| A9 | 20 | 4 | 1 | 1 |
| A10 | 33.33 | 4 | 1 | 3 |
>TRINITY_DN45140_c0_g1_i9 from sample A7 / Example spliced isoformCCGGAATCCTACACAATTCTTTCCCTTTCCCGCCGTTATCCTCTGCCCAAATTCCCGTCGAATTTCCCCCAGGCCAAGCGCATTCCCAACACACGCTTCGTCGTGGATGGATTCCGCTCCACAGGCCCTTTTTCCGTTGCGTATTTCCTCACGCATTTCCATGCCGATCACTACGCGGGGCTTACGCCACACTGGGCACG
GGGTTTGATTTTTTGCTCTGAGGTTACGGCGCGGCTCCTGGTGGAATGCCTGAAAATCTCAGAAACCCTCGTGGTTCCGCTGACGGTAGGGGAAATTGTGCAAATTGACGACTGCGAGGTGACGTTAATAGAGGCCAATCACTGCCCCGGTGCGGTCCAGATTCTGTTCAGGGTTTATACTGAAGACGGTGAAATCGAGA
AGTATGTACATACGGGCGACATGAGGTATTCTCCGAATATGAAGCTGGAGCCTGCCCTCTGTGAATTTATTGGTGCCGATGCTGTATATTTAGATACTACGTATTGCAATCCCAAATTCGTATTCCCTTCTCAGGAAGAATCCGTAGAATACGTAGCGAATACTGTATATAGAATTATGAGGGAACAGAATGATACAATT
GAGATTAACGGAGAAAAGGTCCAGAAAAAGTCATCTGTTTTGTTTCTTATCTCGGCCTATGTTGTTGGGAAGGAGAAGATTTTGACGGCCGTATCTAGGCGCTGCAATTGTCGTGTGTATGTTGATGAAACAAAATTGTCGATTTTGAAGTGCTTAGATTTGGCGGATGTTGCCGAGGTTTTTACTGTGGATTCTGCAGC
GAGCAATGTTCATGTAGTGAGCTGGAATGTGCTGGGGGAAACATGGCCTTATTTCAGACCAAATTGGGGCAATATGGAGAGGATTATGCGTGAGAGGGGGTATAGCCGAGTTGTCGGTTTTGTGCCAACTGGGTGGATGTACGAAGTGCAGAAGTATAGTTTTCCTGTTAGAGTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTG
TACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAG
GCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACGAGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGA
GTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTTGCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTA
TGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGACTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCT
AAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAATTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTA
TAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCAGGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGG
GCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGCATGTTGGTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTA
GCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCTGCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCCCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGAATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGA
AGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAATACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAAGGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTG
TGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCAGCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCAGCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTCAGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCA
ATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATA
CAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAA
TGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAATTGGTGGCGCTTCCTCTTCGTGAAAGGCGAAAGCGTCTGGCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGT
TTTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGA
AGGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTT
TGGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGATTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGATCTTACAGTTTCTCCAGTGCATCAGGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGTGGAATATCCATGAGATTTCCTAGATTTATTCGCCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAA
GATGGTAGCACACCAACAGATATAGCAGATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTGTAAATTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAATGGAAAACATATCTCAGTGCCTTTGTGTCTGACATAAATTGGCTAAATTGGAAGAGAA
ACAGGAGGCGAGGTATGTGCTAAATTATTGGTGCTTCATACCATTTTAAGGTGAAGAGAGTTTGCTGGCTGGAATCCAATTTGCAAATGTAGATTTTTGTTATGAATAATGTTCCTTTGGTGTGCACAGGACAAGATTTATGTTAAGACGAACAAAAAAACAGGTCCGGAAATTTTGATGCATTTTATGGAATTCAAGCG
AAATTTGGCAGTCCTAGCGGATAGGCTCCCGGTAGTGAACAATTTGTATTTATGCTGTATTTATGCTATATTCATGTACAGCTAATCCTCACAAAGAAGTATATTTCATTGCAAGCCTTCCCATGGTTTTGTACTTCGAATAAAAGACTAAGGGATGGTGCCCTCAAGCTTTCCTCTAGTTTGACCCTGAAAGATGCCCT
TCTTGGCAATTTACAAGGGCTGCTTCTTGTAAGCCTTCAGCATTTATAGAAAGATATTTTTAGAAAAACAAAGCTACGGGATTTTGTTTATGAAAGGCATTTTCCACTTTATATTCTCAGTGTATCCATATTGGAGTTTATCATACTCTTTACCATGCTTTGTGTTAATTTTCATCTGATTATGGTACTACAGGAATGGC
ATACTTCAAACCCAATGCACTGAATCCAGTCATGATAATTTCCAAA
>TRINITY_DN45140_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:CCGGAATCCTACACAATTCTTTCCCTTTCCCGCCGTTATCCTCTGCCCAAATTCCCGTCGAATTTCCCCCAGGCCAAGCGCATTCCCAACACACGCTTCGTCGTGGATGGATTCCGCTCCACAGGCCCTTTTTCCGTTGCGTATTTCCTCACGCATTTCCATGCCGATCACTACGCGGGGCTTACGCCACACTGGGCACG
GGGTTTGATTTTTTGCTCTGAGGTTACGGCGCGGCTCCTGGTGGAATGCCTGAAAATCTCAGAAACCCTCGTGGTTCCGCTGACGGTAGGGGAAATTGTGCAAATTGACGACTGCGAGGTGACGTTAATAGAGGCCAATCACTGCCCCGGTGCGGTCCAGATTCTGTTCAGGGTTTATACTGAAGACGGTGAAATCGAGA
AGTATGTACATACGGGCGACATGAGGTATTCTCCGAATATGAAGCTGGAGCCTGCCCTCTGTGAATTTATTGGTGCCGATGCTGTATATTTAGATACTACGTATTGCAATCCCAAATTCGTATTCCCTTCTCAGGAAGAATCCGTAGAATACGTAGCGAATACTGTATATAGAATTATGAGGGAACAGAATGATACAATT
GAGATTAACGGAGAAAAGGTCCAGAAAAAGTCATCTGTTTTGTTTCTTATCTCGGCCTATGTTGTTGGGAAGGAGAAGATTTTGACGGCCGTATCTAGGCGCTGCAATTGTCGTGTGTATGTTGATGAAACAAAATTGTCGATTTTGAAGTGCTTAGATTTGGCGGATGTTGCCGAGGTTTTTACTGTGGATTCTGCAGC
GAGCAATGTTCATGTAGTGAGCTGGAATGTGCTGGGGGAAACATGGCCTTATTTCAGACCAAATTGGGGCAATATGGAGAGGATTATGCGTGAGAGGGGGTATAGCCGAGTTGTCGGTTTTGTGCCAACTGGGTGGATGTACGAAGTGCAGAAGTATAGTTTTCCTGTTAGAGTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTG
TACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAG
GCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACGAGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGA
GTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTTGCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTA
TGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGACTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCT
AAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAATTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTA
TAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCAGGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGG
GCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGCATGTTGGTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTA
GCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCTGCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCCCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGAATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGA
AGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAATACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAAGGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTG
TGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCAGCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCAGCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTCAGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCA
ATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGgtgagttggtgttatgaaagaattgtgttggatggagcattgtaattgagaagaaagAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAAC
AAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGA
ATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAATTGGTGGCGCTTCCTCTTCGT
GAAAGGCGAAAGCGTCTGGCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGTTTTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGA
GTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAAGGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTG
GATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGATTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGATCTTACAGTTTCTCCAGTGCATCAGGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGT
GGAATATCCATGAGATTTCCTAGATTTATTCGCCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAAGATGGTAGCACACCAACAGATATAGCAGATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTGTAAATTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAAT
GGAAAACATATCTCAGTGCCTTTGTGTCTGACATAAATTGGCTAAATTGGAAGAGAAACAGGAGGCGAGGTATGTGCTAAATTATTGGTGCTTCATACCATTTTAAGGTGAAGAGAGTTTGCTGGCTGGAATCCAATTTGCAAATGTAGATTTTTGTTATGAATAATGTTCCTTTGGTGTGCACAGGACAAGATTTATGT
TAAGACGAACAAAAAAACAGGTCCGGAAATTTTGATGCATTTTATGGAATTCAAGCGAAATTTGGCAGTCCTAGCGGATAGGCTCCCGGTAGTGAACAATTTGTATTTATGCTGTATTTATGCTATATTCATGTACAGCTAATCCTCACAAAGAAGTATATTTCATTGCAAGCCTTCCCATGGTTTTGTACTTCGAATAA
AAGACTAAGGGATGGTGCCCTCAAGCTTTCCTCTAGTTTGACCCTGAAAGATGCCCTTCTTGGCAATTTACAAGGGCTGCTTCTTGTAAGCCTTCAGCATTTATAGAAAGATATTTTTAGAAAAACAAAGCTACGGGATTTTGTTTATGAAAGGCATTTTCCACTTTATATTCTCAGTGTATCCATATTGGAGTTTATCA
TACTCTTTACCATGCTTTGTGTTAATTTTCATCTGATTATGGTACTACAGGAATGGCATACTTCAAACCCAATGCACTGAATCCAGTCATGATAATTTCCAAA
Intron 2 GTATGATGGT ... GAACATCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.94 | 16 | 29 | 7 |
| A2 | 78.57 | 3 | 11 | 11 |
| A3 | 46.34 | 11 | 14 | 5 |
| A4 | 47.06 | 9 | 8 | 8 |
| A5 | 69.23 | 4 | 8 | 10 |
| A6 | 75 | 2 | 4 | 8 |
| A7 | 62.5 | 6 | 14 | 6 |
| A8 | 92.59 | 1 | 13 | 12 |
| A9 | 52.38 | 5 | 10 | 1 |
| A10 | 74.19 | 4 | 10 | 13 |
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i16 from sample A1 / Example spliced isoformGATTTTGAGAGGGTTGGTCTAGAAGAAAAACCCTTGAAAGATGATTAATTTTCAGATGTGTTTATCTCTTCATGTGAGGGGAGGAAATTTTATTCTAGATTTATATTGGAGCTGCCTTCAAAACGCCTCTTGCTTGATGGATTGATGGGAGGTATTGGTGGGCTGTCTAGTGGTGATTACATCAGCTACATCCACCTTTA
GAAGGGGCTTGCAATGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTTGATGTTTGCGTCTTCAT
CTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAGTCTGGCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGTTTTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCT
CTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAAGGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGT
TTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGATTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGG
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGC
AGGTTCTTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACA
AAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAGGCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACG
AGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGAGTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTT
GCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTATGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGA
CTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCTAAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAA
TTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTATAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCA
GGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGGGCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGCATGTTG
GTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTAGCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCTGCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGA
ATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAATACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAA
GGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTGTGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCAGCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCAGCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTC
AGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCAATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAA
AGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAgtatgatggtcaacgagctcaagttcacatgctaactgatggcacgatacggatattttctcgcaacttggaagattcaacctctagatttccagatgtgattgagataattctttcatcaataaagtcaactaccaagaattttgtcttggatgctgaggtg
gtggctattgacagacataacggaaataggataatggctttccaacatttagcttcacgtgaaagagggcgaaatgggtcttctattcagtttcagaacatcaagGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAGTCTGGCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGTT
TTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAA
GGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTT
GGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGATTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGTGGAATATCCATGAGATTTCCTAGATTTATTCGCCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAAGATGGTAGCACACCAACAGATATAGCA
GATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTGTAAATTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAATGGAAAACATATCTCAGTGCCTTTGTGTCTGACATAAATTGGCTAAATTGGAAGAGAAACAGGAGGCGAGGTATGTGCTAAATTA
TTGGTGCTTCATACCATTTTAAGGTGAAGAGAGTTTGCTGGCTGGAATCCAATTTGCAAATGTAGATTTTTGTTATGAATAATGTTCCTTTGGTGTGCACAGGACAAGATTTATGTTAAGACGAACAAAAAAACAGGTCCGGAAATTTTGATGCATTTTATGGAATTCAAGCGAAATTTGGCAGTCCTAGCGGATAGGCT
CCCGGTAGTGAACAATTTGTATTTATGCTGTATTTATGCTATATTCATGTACAGCTAATCCTCACAAAGAAGTATATTTCATTGCAAGCCTTCCCATGGTTTTGTACTTCGAATAAAAGACTAAGGGATGGTGCCCTCAAGCTTTCCTCTAGTTTGACCCTGAAAGATGCCCTTCTTGGCAATTTACAAGGGCTGCTTCT
TGTAAGCCTTCAGCATTTATAGAAAGATATTTTTAGAAAAACAAAGCTACGG
Intron 3 GTAGGCTGCA ... ACTTTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.45 | 17 | 14 | 14.4 |
| A2 | 45.75 | 11 | 10 | 8.6 |
| A3 | 47.29 | 13 | 9 | 14.4 |
| A4 | 44.77 | 17 | 7 | 20.6 |
| A5 | 36.74 | 11 | 5 | 7.8 |
| A6 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A7 | 33.33 | 5 | 5 | 0 |
| A8 | 50 | 1 | 2 | 0 |
| A9 | 31.54 | 3 | 0 | 2.8 |
| A10 | 22.71 | 3 | 0 | 1.8 |
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i17 from sample A1 / Example spliced isoformTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGC
AGGTTCTTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACA
AAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAGGCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACG
AGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGAGTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTT
GCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTATGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGA
CTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCTAAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAA
TTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTATAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCA
GGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGGGCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGCATGTTG
GTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTAGCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCTGCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGA
ATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTAAGGATGTTCATTGGTTATGTTCTGTGGATGGTAATACGTCTCCAGTTAATCATTTGCCAGATTATGGTTCCTGTATCTTTTAGTTTTCTGAAGAATAAATA
TATGTTTTTCTAATTATAACTGCTTTTACAAGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAATACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGGTATGAAAAGTATATCAATCCCTGAAAAAAGTTTCAAATGTGCTATCATAAAATGCTAAAAAACTGTAGCA
TGCCATTTATACAGGGATGCATAAATTTATAATTTCTAACCATCTGAGGTCTTGTTAAATACCTCCAGACTATGTATTCATTTAAGTTTATTCAACTGATTTAAGGACTTGATGCCATCTGTGCTATCGCTATGAATTATTGGCAGTATTTACATTGCATGGATTGTAGACTGTAAACTTTGAAGAGAACATTCATTGAG
TAGTGAAAAGGCAGCCTTTGACAGATTAATACTTTTATACCTATAGGGGACTCTAAAGACAATTTTTAAAGAACTGCTTTGATAAATTTCTTTTTTGATGCACTTTATAGTTACAAATGATCAGCCTAATGCTTCATCAGGGATCCCTATCAGAGTGGTAGAGGTTTCCTTTGCACTGGAACAAGAAAACAAGAGGTTTT
AAAAAATTGGATAGTGTGTTGTCTGTTGTGGATATGACTGCACAAGACCCCAAGCTTTAGATCATCCTTTTTAATATTTGGTTAGGGGTCCATCTTAGGGAGAGCCCATTCTTTTGTCTTTGTTGTACCTTTTCTCTGAGGATCTGTCAGCTGTCTATATGGACCACTTTGTAGGTTATGCCAATCAACAAGGATTTTTT
TGTACTGTACTTTTCAGGAATGCAATAAACTATTTTATAATTTTGTTTCTGCTCACTTGGAAACAATAAAGATGCCACAGAGATGCTCATCTACAGGTGATTGCTTAAAATATGAATACAGGGATGTAGTAGAAGTTAAAATTCTCAATACAGCCTCTAGTTCAATGTAGTTAAATATCCAAATCAACTAAATGACAGCT
AAACTTAAATAGTATCTAAATAATATTAATATTCTAGATGCCTTTACTGAGCAACCCTTACATGCTTCATGTCGGAGGACATCGATATGTTTGTTTTTGGAATCTGTTGCTGCCGAAAGCACACCTGGGGGAAACACAGGAGAAATCTTTAAGCTGCTTGGTGTGTCCTTGGGGGCAAGTCTCGAGTTAGGTGCTGTCAC
CTGATCCTGACTCCTCTGTTTAGGCAAACTCCTAACAAAGCCAAGGGGG
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGC
AGGTTCTTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACA
AAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAGGCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACG
AGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGAGTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTT
GCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTATGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGA
CTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCTAAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAA
TTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTATAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCA
GGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGGGCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGgtaggct
gcatggttccttcagactgttttaggggaatcatatctgtctaccacatattttacaaaagagctagaaaatgcttgtatttggtttctgcaaatcaattttcaagatggattatttgttgaacaaagaaaaaagggtttttataatcagcttttggatgaagaattatgtatgcattatgtggttttatgaaatggaat
gatatattactaaagcagtacttgtttgatgatgatacttgcacttttatagCATGTTGGTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTAGCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCT
GCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGAATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAA
TACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAAGGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTGTGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCA
GCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCAGCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTCAGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCAATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACC
TGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTG
AGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTGTAGTGTAATATCCATGAATTTTGTCTCGCATCT
TTAATGATCTTTGAAAATTTTAAACGACGAGTTGTGGGAAATAGTTGTGCTCATTCTTTTGACTTGTTAATATTAGAGAGTCCCCAGGTAGCAAACATTATTTCTGGTGAAATGTGAAAAATATGTCTTTGATTCCTTAGCAGAATTGAAATGTAATTAGG
Intron 4 GTAAGAGTTG ... AGTGCATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40 | 12 | 2 | 14 |
| A2 | 34.38 | 21 | 5 | 17 |
| A3 | 35.85 | 17 | 10 | 9 |
| A4 | 35.29 | 11 | 8 | 4 |
| A5 | 40 | 3 | 2 | 2 |
| A6 | 33.33 | 29 | 11 | 18 |
| A7 | 29.9 | 34 | 7 | 22 |
| A8 | 28.7 | 41 | 5 | 28 |
| A9 | 35.24 | 34 | 11 | 26 |
| A10 | 33.33 | 10 | 2 | 8 |
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGC
AGGTTCTTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACA
AAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAGGCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACG
AGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGAGTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTT
GCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTATGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGA
CTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCTAAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAA
TTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTATAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCA
GGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGGGCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGCATGTTG
GTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTAGCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCTGCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGA
ATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAATACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAA
GGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTGTGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCAGCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCAGCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTC
AGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCAATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAA
AGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTG
GTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAGTCTGGCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGTT
TTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAA
GGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTT
GGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGATTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGTGGAATATCCATGAGATTTCCTAGATTTATTCGCCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAAGATGGTAGCACACCAACAGATATAGCA
GATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTGTAAATTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAATGGAAAACATATCTCAGTGCCTTTGTGTCTGACATAAATTGGCTAAATTGGAAGAGAAACAGGAGGCGAGGTATGTGCTAAATTA
TTGGTGCTTCATACCATTTTAAGGTGAAGAGAGTTTGCTGGCTGGAATCCAATTTGCAAATGTAGATTTTTGTTATGAATAATGTTCCTTTGGTGTGCACAGGACAAGATTTATGTTAAGACGAACAAAAAAACAGGTCCGGAAATTTTGATGCATTTTATGGAATTCAAGCGAAATTTGGCAGTCCTAGCGGATAGGCT
CCCGGTAGTGAACAATTTGTATTTATGCTGTATTTATGCTATATTCATGTACAGCTAATCCTCACAAAGAAGTATATTTCATTGCAAGCCTTCCCATGGTTTTGTACTTCGAATAAAAGACTAAGGGATGGTGCCCTCAAGCTTTCCTCTAGTTTGACCCTGAAAGATGCCCTTCTTGGCAATTTACAAGGGCTGCTTCT
TGTAAGCCTTCAGCATTTATAGAAAGATATTTTTAGAAAAACAAAGCTACGG
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCT
TTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAATTGGTGGCGCTTCCTCTTCGTGAAAGGCGAAAGCGTCTGGCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGTTTTGC
AAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAAGGTT
TGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGAC
AAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGATTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGgtaagagttgtccttgagaaagttttgatgggttcttccatatcttttcccacatattgaccactttttcttgtttgcttgtacaaattattccatttcagatcttacagtttctcca
gtgcatcagGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGTGGAATATCCATGAGATTTCCTAGATTTATTCGCCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAAGATGGTAGCACACCAACAGATATAGCAGATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTG
TAAATTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAATGGAAAACATATCTCAGTGCCTTTGTGTCTGACATAAATTGGCTAAATTGGAAGAGAAACAGGAGGCGAGGTATGTGCTAAATTATTGGTGCTTCATACCATTTTAAGGTGAAGAGAGTTTGCTGGCTGGAATCCAATTTGCAAATGTAGATTTTTGTTATG
AATAATGTTCCTTTGGTGTGCACAGGACAAGATTTATGTTAAGACGAACAAAAAAACAGGTCCGGAAATTTTGATGCATTTTATGGAATTCAAGCGAAATTTGGCAGTCCTAGCGGATAGGCTCCCGGTAGTGAACAATTTGTATTTATGCTGTATTTATGCTATATTCATGTACAGCTAATCCTCACAAAGAAGTATAT
TTCATTGCAAGCCTTCCCATGGTTTTGTACTTCGAATAAAAGACTAAGGGATGGTGCCCTCAAGCTTTCCTCTAGTTTGACCCTGAAAGATGCCCTTCTTGGCAATTTACAAGGGCTGCTTCTTGTAAGCCTTCAGCATTTATAGAAAGATATTTTTAGAAAAACAAAGCTACGG
Intron 5 GTAAGAGTTG ... TCCATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.79 | 8.8 | 0.6 | 8 |
| A2 | 31.58 | 13 | 3 | 6 |
| A3 | 25.33 | 14.8 | 6.2 | 5 |
| A4 | 0 | 8 | 3.6 | 0 |
| A5 | 33.33 | 2 | 1.6 | 1 |
| A6 | 24 | 19 | 6.6 | 6 |
| A7 | 23.81 | 32 | 3 | 10 |
| A8 | 33.33 | 32 | 2.2 | 16 |
| A9 | 32.61 | 31 | 6.2 | 15 |
| A10 | 44.44 | 10 | 1.2 | 8 |
>TRINITY_DN39653_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoformTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGAATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAATACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTA
CTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAAGGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTGTGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCAGCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCA
GCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTCAGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCAATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAAT
AACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCA
AGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAGTCTGGCGGAACTGTTCTG
TGATACAAAACCAGGATACCTGGGTTTTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGC
TAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAAGGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTG
GAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGCTTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGATCTTACAGTTTCTCCAGTGCATCAGGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGTGGAATATCCATGAGATTTCCTAGATTTATTCG
CCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAAGATGGTAGCACACCAACAGATATAGCAGATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTGTAAATTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAATGGAAAACATATCTCAGTGCCTTTGTGTCTGAC
ATAAATTGGCTAAATTGGAAGAGAAACAGGAGGCGAGGTATGTGCTAAATTATTGGTGCTTCATACCATTTTAAGGTGAAGAGAGTTTGCTGGCTGGAATCCAATTTGCAAATGTAGATTTTTGTTATGAATAATGTTCCTTTGGTGTGCACAGGACAAGATTTATGTTAAGACGAACAAAAAAACAGGTCCGGAAATTT
TGATGCATTTTATGGAATTCAAGCGAAATTTGGCAGTCCTAGCGGATAGGCTCCCGGTAGTGAACAATTTGTATTTATGCTGTATTTATGCTATATTCATGTACAGCTAATCCTCACAAAGAAGTATATTTCATTGCAAGCCTTCCCATGGTTTTGTACTTCGAATAAAAGACTAAGGGATGGTGCCCTCAAGCTTTCCT
CTAGTTTGACCCTGAAAGATGCCCTTCTTGGCAATTTACAAGGGCTGCTTCTTGTAAGCCTTCAGCATTTATAGAAAGATATTTTTAGAAAAACAAAGCTACGGGATTTTGTTTATGAAAGGCATTTTCCACTTTATATTCTCAGTGTATCCATATTGGAGTTTATCATACTCTTTACCATGCTTTGTGTTAATTTTCAT
CTGATTATGGTACTACAGGAATGGCATACTTCAAACCCAATGCACTGAATCCAG
>TRINITY_DN39653_c0_g1_i15 from sample A6 / Example unspliced isoform:CCGGGGGCTTGGTAAGCTATAGTCCTTTGCAAAATTTTTAATTTGATGATATATTCTTTGATGATTTTGAGAGGGTTGGTCTAGAAGAAAAACCCTTGAAAGATGATTAATTTTCAGATGTGTTTATCTCTTCATGTGAGGGGAGGAAATTTTATTCTAGATTTATATTGGAGCTGCCTTCAAAACGCCTCTTGCTTGAT
GGATTGATGGGAGGTATTGGTGGGCTGTCTAGTGGTGATTACATCAGCTACATCCACCTTTAGAAGGGGCTTGCAATGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGT
GTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTG
AGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGACAAGA
AACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGCTTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGgtaagagttgtccttgagaaagttttgatgggttcttccatatcttttcccacatattgaccactttttcttgtttgcttgtacaaattattccatttcagATCTTACAGTTTCTCCAGTGC
ATCAGGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGTGGAATATCCATGAGATTTCCTAGATTTATTCGCCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAAGATGGTAGCACACCAACAGATATAGCAGATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTGTAAA
TTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAATGGAAAACATATCTCAGTGCCTTTGTGTCTGACATAAATTGGCTAAATTGGAAGAGAAACAGGAGGCGAGGTATGTGCTAAATTATTGGTGCTTCATACCATTTTAAGGTGAAGAGAGTTTGCTGGCTGGAATCCAATTTGCAAATGTAGATTTTTGTTATGAATA
ATGTTCCTTTGGTGTGCACAGGACAAGATTTATGTTAAGACGAACAAAAAAACAGGTCCGGAAATTTTGATGCATTTTATGGAATTCAAGCGAAATTTGGCAGTCCTAGCGGATAGGCTCCCGGTAGTGAACAATTTGTATTTATGCTGTATTTATGCTATATTCATGTACAGCTAATCCTCACAAAGAAGTATATTTCA
TTGCAAGCCTTCCCATGGTTTTGTACTTCGAATAAAAGACTAAGGGATGGTGCCCTCAAGCTTTCCTCTAGTTTGACCCTGAAAGATGCCCTTCTTGGCAATTTACAAGGGCTGCTTCTTGTAAGCCTTCAGCATTTATAGAAAGATATTTTTAGAAAAACAAAGCTACGGGATTTTGTTTATGAAAGGCATTTTCCACT
TTATATTCTCAGTGTATCCATATTGGAGTTTATCATACTCTTTACCATGCTTTGTGTTAATTTTCATCTGATTATGGTACTACAGGAATGGCATACTTCAAACCCAATGCACTGAATCCAG
Intron 6 ATAACGGAAA ... ATGCTGAGAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.91 | 6 | 14 | 20 |
| A2 | 86.11 | 5 | 30 | 32 |
| A3 | 96.43 | 1 | 28 | 26 |
| A4 | 75 | 5 | 12 | 18 |
| A5 | 64.29 | 5 | 9 | 9 |
| A6 | 70.37 | 4 | 10 | 9 |
| A7 | 67.74 | 5 | 9 | 12 |
| A8 | 75 | 5 | 14 | 16 |
| A9 | 100 | 0 | 4 | 4 |
| A10 | 58.62 | 6 | 7 | 10 |
>TRINITY_DN105785_c0_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoformCATGACTAAGGATTCATCTTAAGTGGTATGAGAGCTGTGTGATTTTTTCTCAACCAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTCCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTT
TGCAAATGGGGAACAATTGGTGGCGCTTCCTCTTCGTGAAAGGCGAAAGCGTCTGGCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGTTTTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCG
AAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAAGGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGAT
TCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGCTTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGGTAAGAGTTGTCCTTGAGA
AAGTTTTGATGGGTTCTTCCATAACTTTTCCC
>TRINITY_DN105785_c0_g1_i15 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTCAGAGGAGACTTGAATATTGGACGTTTCTTAGAACTTAAAGAGAAAATATAAAGCAAGACATTGCATGATGTAAGCAGTTTTTATTTTCAGGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGA
TAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACataacggaaataggataatggctttccaacatttagcttcacgtgaaagagggcgaaatgggtcttctattcagtttcagaacatcaaggtatgatggtcaacgagctcaagttcacatgctaactga
tggcacgatacggatattttctcgcaacttggaagattcaacctctagatttccagatgtgattgagataattctttcatcaataaagtcaactaccaagaattttgtcttggatgctgagacATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTC
CAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAATTGGTGGCGCTTCCTCTTCGTGAAAGGCGAAAGCGTCTGGCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGTTTTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAAT
GAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAAGGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAA
AAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCA
GAGCTTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGGTAAGAGTTGTCCTTGAGAAAGTTTTGATGGGTTCTTCCATAACTTTTCCC
Intron 7 GTGTGGTGGA ... TGGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.92 | 32.6 | 3 | 8.4 |
| A2 | 10.46 | 24.3 | 5 | 0.7 |
| A3 | 25.91 | 19.6 | 6 | 7.7 |
| A4 | 18.39 | 27.6 | 12 | 0.4 |
| A5 | 1.79 | 6.7 | 0 | 0.3 |
| A6 | 60 | 1 | 1 | 2 |
| A7 | 10.46 | 4.9 | 0 | 1.1 |
| A8 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A9 | 12.83 | 3.9 | 1 | 0.1 |
| A10 | 10.57 | 6.4 | 1 | 0.6 |
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoformTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGC
AGGTTCTTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACA
AAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAGGCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACG
AGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGAGTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTT
GCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTATGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGA
CTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCTAAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAA
TTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTATAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCA
GGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGGGCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGGTAGGCT
GCATGGTTCCTTCAGACTGTTTTAGGGGAATCATATCTGTCTACCACATATTTTACAAAAGAGCTAGAAAATGCTTGTATTTGGTTTCTGCAAATCAATTTTCAAGATGGATTATTTGTTGAACAAAGAAAAAAGGGTTTTTATAATCAGCTTTTGGATGAAGAATTATGTATGCATTATGTGGTTTTATGAAATGGAAT
GATATATTACTAAAGCAGTACTTGTTTGATGATGATACTTGCACTTTTATAGCATGTTGGTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTAGCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCT
GCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGAATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAA
TACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAAGGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTGTGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCA
GCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCAGCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTCAGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCAATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACC
TGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTG
AGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTGTAGTGTAATATCCATGAATTTTGTCTCGCATCT
TTAATGATCTTTGAAAATTTTAAACGACGAGTTGTGGGAAATAGTTGTGCTCATTCTTTTGACTTGTTAATATTAGAGAGTCCCCAGGTAGCAAACATTATTTCTGGTGAAATGTGAAAAATATGTCTTTGATTCCTTAGCAGAATTGAAATGTAATTAGG
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTAGGCTGCATGGTTCCTTCAGACTGTTTTAGGGGAATCATATCTGTCTACCACATATTTTACAAAAGAGCTAGAAAATGCTTGTATTTGGTTTCTGCAAATCAATTTTCAAGATGGATTATTTGTTGAACAAAGAAAAAAGGGTTTTTATAATCAGCTTTTGGATGAAGAATTATGTATGCATTATGTGGTTTTATGAA
ATGGAATGATATATTACTAAAGCAGTACTTGTTTGATGATGATACTTGCACTTTTATAGCATGTTGGTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTAGCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGgtgtggtggacaataggatgatt
tcaatcttgatatttcctttctgatttttgaaagaattcctcatttgatgtctttcacagcactgttattagcttgtgtcctattggatgagtgccaaccttttcacaacttggattgcagCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCTGCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCCCCTGATTACGAGAAT
GTGGTCAGTTCTTGGTTTATGACATCTTGTCAGTTCTTTTATCATTCATATAATTAACTTACAAATGATGTACCGATAATTGTTTTTCCCTGCCAATTTTATTCTCATCCTAGTTGTAGGACAAAATTTTGTTTTCTAAGCTAGCAGCTTTGTTGCTCTTTCTAATAATAATTAGATTTATTTTGTTTTAATTATGCTTG
GAATATAGGGAAAAGTCTATACTTACGTGACACATTGACACCTCATACATGCATACCGAATTTACATGAACAATACGATCGGAATCGATAGAAGAATTTGGTGTAGGTGTGGTACTTATCCTAAAATTAGGAATCGGGGAATTGGAACCCCGACTCTAATTTATTTAGAAATATACATTTAAAATTTCA
Intron 8 GTAAGGATGT ... CTTTTACAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.05 | 16.7 | 11 | 7 |
| A2 | 17.72 | 17.8 | 5 | 2.7 |
| A3 | 37.64 | 21.8 | 12 | 14.4 |
| A4 | 31.1 | 16.5 | 13 | 1.8 |
| A5 | 75 | 2 | 5 | 7 |
| A6 | 14.52 | 8.8 | 3 | 0 |
| A7 | 34.36 | 1.5 | 0 | 1 |
| A8 | 4.74 | 10.3 | 1 | 0 |
| A9 | 14.29 | 3 | 1 | 0 |
| A10 | 33.33 | 3 | 1 | 2 |
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoformTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGC
AGGTTCTTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACA
AAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAGGCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACG
AGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGAGTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTT
GCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTATGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGA
CTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCTAAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAA
TTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTATAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCA
GGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGGGCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGGTAGGCT
GCATGGTTCCTTCAGACTGTTTTAGGGGAATCATATCTGTCTACCACATATTTTACAAAAGAGCTAGAAAATGCTTGTATTTGGTTTCTGCAAATCAATTTTCAAGATGGATTATTTGTTGAACAAAGAAAAAAGGGTTTTTATAATCAGCTTTTGGATGAAGAATTATGTATGCATTATGTGGTTTTATGAAATGGAAT
GATATATTACTAAAGCAGTACTTGTTTGATGATGATACTTGCACTTTTATAGCATGTTGGTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTAGCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCT
GCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGAATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAA
TACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAAGGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTGTGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCA
GCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCAGCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTCAGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCAATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACC
TGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTG
AGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTGTAGTGTAATATCCATGAATTTTGTCTCGCATCT
TTAATGATCTTTGAAAATTTTAAACGACGAGTTGTGGGAAATAGTTGTGCTCATTCTTTTGACTTGTTAATATTAGAGAGTCCCCAGGTAGCAAACATTATTTCTGGTGAAATGTGAAAAATATGTCTTTGATTCCTTAGCAGAATTGAAATGTAATTAGG
>TRINITY_DN125300_c0_g2_i17 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACAAAAACGC
AGGTTCTTGAAGGGTTGCTTTGAGGTCCATCTTGTACCGTATAGCGAACATTCAAGTTATGATGAGCTTAGAGAGTATGTGGAGTTTTTACGGCCCAAGGGGATTGTACCAACTGTGGGGTTGGAAGGTTTGGGTTTGGATAGTAAGCAGGCTGCTTCAATGATGAAGTATTTTGCAAATTTGGTCGATGAAACGGCACA
AAAACGCAGGTTCTTGAAGGGTTTTAATCGCAAGGCTGTTACTGCACAGCCGACAAAGGCTCAGGATGTAGAGGAAGAGGGCAGTGAAGAGCCGGACAACAACGAGGGGCAAACAATCGTGGAGATGGTGACTGTATGCCAAGAAGTTCCAATTCAAGTGGTCGGCGGTCAATCCGCTAAGACTGTTAATGTTATGGACG
AGGCAATCGAAGAATTGAAGACATGCTTGCCTGAGTGGGTTACTGCAGATCAGATGATAGACTTACTTACCCAATCACAAGGTGATATAACTTCAGCAGTTTCTGAGTTCTATGAGCGTGAAACTGAATTTCGGAAGCAAGTTGCGACCAATGCCCAATCTAACTCTCCTGGGAATGATGGTCTAATTACTGGGAAGTTT
GCTGCAGATCATGTTTCCCAACAAGTAAATTCTATGTCCAATGCTTCTATTGCCAGTGGAAAAGTAGTTTTCGCACTTGCTGCTGCCGACAGTATGGGATTGAGGGCGCCCAATGCCCATCCTTCATCTGCCAATAGGATTATGAAAAGTACCGGAAAGAAGAGGCCACCGACACGGAGTACCCAGTCGAGAATCACTGA
CTGGACTATTGACAGTAAATCCAATAAGAAGCCTAAGTTCTCCATCAAATCTGCCCCAAATAAAAGCAAACAATCATCTATTACTAACTTCTTTAGGAGAGCAGTTGTGGAGGATGGTGCACAAGATGTCGATTTGGGAATCTCTAGTCCTCAATGTGCAGGCAAAGTTTCTGTCGGACCACAATCTGGTGGGTTAGAAA
TTGCGTGCAAGTTCAAAGGGACTAAACATATGTATAGTGAAAAAGTACCCCAGTTTCTTCAGATATTAGATAGCAATGTATCAAAAGAAGATGCTTTAGTTTTATTGGAGAAGGCAAAAGGGGATGTGAATACAGCTTTGGATTTATATTACAGTACATATAATGAACTATCAGTCAAGGAAACTGGAAGGCAAGAAGCA
GGCTCATATGAATGTATTTCTTCTGTTCAAACGGGCAGTAATCTTTTTAATTGTGACAGTAGGGAAAATGCAAGCGGCAACACTGCAGAAGTGACAGCACTGTCCATTAAAAAGCTTTCAGAGGCTTCCACAGTGGATGCTAAAGCCTCTTCTGTTGCACTGCCATTTGAAAAGTATAATCCCGTTGAGCATGCATGTTG
GTGTGCAGGAGAATCAGCACCTTATTTACACTTAGCACGGACATTTGATTTGGTTGAACAGGAAAGTGGTAAATTGAAGACCACTGTCATGCTATGCAATATGTTCCGAAGCTTGCTTTCTTTATCACCAGAGGATGTGCTGCCTACTATTTACCTATGTACTAATCGGATTGCTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGA
ATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGgtaaggatgttcattggttatgttctgtggatggtaatacgtctccagttaatcatttgccagattatggttcctgtatcttttagttttctgaagaataaata
tatgtttttctaattataactgcttttacaagGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAATACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTACTGCTTTACAACAAATAAGGTATGAAAAGTATATCAATCCCTGAAAAAAGTTTCAAATGTGCTATCATAAAATGCTAAAAAACTGTAGCA
TGCCATTTATACAGGGATGCATAAATTTATAATTTCTAACCATCTGAGGTCTTGTTAAATACCTCCAGACTATGTATTCATTTAAGTTTATTCAACTGATTTAAGGACTTGATGCCATCTGTGCTATCGCTATGAATTATTGGCAGTATTTACATTGCATGGATTGTAGACTGTAAACTTTGAAGAGAACATTCATTGAG
TAGTGAAAAGGCAGCCTTTGACAGATTAATACTTTTATACCTATAGGGGACTCTAAAGACAATTTTTAAAGAACTGCTTTGATAAATTTCTTTTTTGATGCACTTTATAGTTACAAATGATCAGCCTAATGCTTCATCAGGGATCCCTATCAGAGTGGTAGAGGTTTCCTTTGCACTGGAACAAGAAAACAAGAGGTTTT
AAAAAATTGGATAGTGTGTTGTCTGTTGTGGATATGACTGCACAAGACCCCAAGCTTTAGATCATCCTTTTTAATATTTGGTTAGGGGTCCATCTTAGGGAGAGCCCATTCTTTTGTCTTTGTTGTACCTTTTCTCTGAGGATCTGTCAGCTGTCTATATGGACCACTTTGTAGGTTATGCCAATCAACAAGGATTTTTT
TGTACTGTACTTTTCAGGAATGCAATAAACTATTTTATAATTTTGTTTCTGCTCACTTGGAAACAATAAAGATGCCACAGAGATGCTCATCTACAGGTGATTGCTTAAAATATGAATACAGGGATGTAGTAGAAGTTAAAATTCTCAATACAGCCTCTAGTTCAATGTAGTTAAATATCCAAATCAACTAAATGACAGCT
AAACTTAAATAGTATCTAAATAATATTAATATTCTAGATGCCTTTACTGAGCAACCCTTACATGCTTCATGTCGGAGGACATCGATATGTTTGTTTTTGGAATCTGTTGCTGCCGAAAGCACACCTGGGGGAAACACAGGAGAAATCTTTAAGCTGCTTGGTGTGTCCTTGGGGGCAAGTCTCGAGTTAGGTGCTGTCAC
CTGATCCTGACTCCTCTGTTTAGGCAAACTCCTAACAAAGCCAAGGGGG
Intron 9 GTAGATGTTT ... ATATTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 4 | 0 | 2 |
| A2 | 33.33 | 4 | 1.3 | 2 |
| A3 | 25 | 6 | 2 | 2 |
| A4 | 27.27 | 8 | 2 | 3 |
| A5 | 33.33 | 4 | 1.3 | 2 |
| A6 | 23.44 | 49 | 10 | 15 |
| A7 | 25 | 33 | 1.3 | 11 |
| A8 | 26.09 | 51 | 6.7 | 18 |
| A9 | 15.38 | 33 | 9.3 | 6 |
| A10 | 24.24 | 25 | 2 | 8 |
>TRINITY_DN39653_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoformTCCTGATTACGAGAATGTGGATCTGAATCTAGGTGGCAGCACAGTGTTAGCAGCAATTGAAGATTCTTTTGGAACACAAAAATCTAAGCTGAGAGAAATGTACAACAGCATGGGTGACCTTGGTGACGTGGCTCAAGCATGTCGACAAACACAATCCTTGCTCACAATACCACGTCCTCTCTTAATTCATCAAGTTTTTA
CTGCTTTACAACAAATAAGCAAGGAAGGAGGAAGTGGAAGTAGTGTTCGAAAGAAAGGTGTGATTCTCAGCCTGTTACGCTCTTGTAGAGAGAAAGAGACAAAGTTTATTGTTCGAACTCTGGTTAGGAATATGCGTATTGGAGCCATGATGAGAACTGTTTTACCAGCATTGGCACAAGCTGTAATATTAAATTCCTCA
GCTGTTTGCCTAGAGGAAGGTGTTTCAGAGAACTTGAGAACACAGCTTCAACAAGCATCAATAGCAGCTATGGAGGCTTATAATATTCTCCCCAATTTGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAAT
AACAAATGGTGTTCCTGAGGTGTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCA
AGAATTTTGTCTTGGATGCTGAGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAGTCTGGCGGAACTGTTCTG
TGATACAAAACCAGGATACCTGGGTTTTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCGCTCTGATTTTTGGC
TAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAAGGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTTACAAGGAGATGTTG
GAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGCTTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGATCTTACAGTTTCTCCAGTGCATCAGGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGTGGAATATCCATGAGATTTCCTAGATTTATTCG
CCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAAGATGGTAGCACACCAACAGATATAGCAGATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTGTAAATTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAATGGAAAACATATCTCAGTGCCTTTGTGTCTGAC
ATAAATTGGCTAAATTGGAAGAGAAACAGGAGGCGAGGTATGTGCTAAATTATTGGTGCTTCATACCATTTTAAGGTGAAGAGAGTTTGCTGGCTGGAATCCAATTTGCAAATGTAGATTTTTGTTATGAATAATGTTCCTTTGGTGTGCACAGGACAAGATTTATGTTAAGACGAACAAAAAAACAGGTCCGGAAATTT
TGATGCATTTTATGGAATTCAAGCGAAATTTGGCAGTCCTAGCGGATAGGCTCCCGGTAGTGAACAATTTGTATTTATGCTGTATTTATGCTATATTCATGTACAGCTAATCCTCACAAAGAAGTATATTTCATTGCAAGCCTTCCCATGGTTTTGTACTTCGAATAAAAGACTAAGGGATGGTGCCCTCAAGCTTTCCT
CTAGTTTGACCCTGAAAGATGCCCTTCTTGGCAATTTACAAGGGCTGCTTCTTGTAAGCCTTCAGCATTTATAGAAAGATATTTTTAGAAAAACAAAGCTACGGGATTTTGTTTATGAAAGGCATTTTCCACTTTATATTCTCAGTGTATCCATATTGGAGTTTATCATACTCTTTACCATGCTTTGTGTTAATTTTCAT
CTGATTATGGTACTACAGGAATGGCATACTTCAAACCCAATGCACTGAATCCAG
>TRINITY_DN39653_c0_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:CCGGGGGCTTGGTAAGCTATAGTCCTTTGCAAAATTTTTAATTTGATGATATATTCTTTGATGATTTTGAGAGGGTTGGTCTAGAAGAAAAACCCTTGAAAGATGATTAATTTTCAGATGTGTTTATCTCTTCATGTGAGGGGAGGAAATTTTATTCTAGATTTATATTGGAGCTGCCTTCAAAACGCCTCTTGCTTGAT
GGATTGATGGGAGGTATTGGTGGGCTGTCTAGTGGTGATTACATCAGCTACATCCACCTTTAGAAGGGGCTTGCAATGAATATCTTGGTTCCTACTATCATGAATAAAGGAATAGATCTTTTGTCAACAACTATATCGATTTCACCTGGTGTTCCTATCAAGCCTATGCTAGCAAAAATAACAAATGGTGTTCCTGAGGT
GTTAAAGCGTTTTCAGGGGAAGGCATTCACATGTGAATACAAGTATGATGGTCAACGAGCTCAAGTTCACATGCTAACTGATGGCACGATACGGATATTTTCTCGCAACTTGGAAGATTCAACCTCTAGATTTCCAGATGTGATTGAGATAATTCTTTCATCAATAAAGTCAACTACCAAGAATTTTGTCTTGGATGCTG
AGGTGGTGGCTATTGACAGACATAACGGAAATAGGATAATGGCTTTCCAACATTTAGCTTCACGTGAAAGAGGGCGAAATGGGTCTTCTATTCAGTTTCAGAACATCAAGGTTGATGTTTGCGTCTTCATCTTTGATCTCATGTTTGCAAATGGGGAACAATTGGTGGCGCTTCCTCTTCGTGAAAGGCGAAAGCGTCTG
GCGGAACTGTTCTGTGATACAAAACCAGGATACCTGGGTTTTGCAAATCAGATAACTGTTGAAGATGACGAAGCATATCCAAGTTCTACATTGACAATGAATAAGGTTGATGAGTTTCTAGCAGAATCTATTTCATCCTCATGCGAAGGAATTATGGTCAAAGCTCTCGATGATAGTTCTGAGTATGCCCCATCAAAGCG
CTCTGATTTTTGGCTAAAGGTTAAACGAGACTATGTGGAAGGTTTGCATGAAACCCTTGATTTGGTTCCAATTGGGGCCTGGCATGGAAATGGAAGAAAAGCTGGGTGGTTCAGTCCATTTCTTCTTGCATGCTATGATCCAGATTCAGAAGAATATCAGAGTGTTTGTCGAGTTATGTCTGGATTCTCAGATGCCTTTT
ACAAGGAGATGTTGGAATTCTTTTCAGGAGAAAGGATTTTGGACAAGAAACCTGCTTACTACCGGACACTTGAGGAGCCAGATATTTGGTTTTCTCCAGAGCTTGTATGGGAAATCAGAGGCGCAGATCTTACAGTTTCTCCAGTGCATCAGGCAGCTTTGGGTTTAGTCCATCCTTCTCGTGGAATATCCATGAGATTT
CCTAGATTTATTCGCCAGCGCATTGATAAGAAGCCAGAAGATGGTAGCACACCAACAGATATAGCAGATTTATTTAACCATCAGACACGCAAGATGGATTTTGGCATTGACGATCAGAATCCATAGTCATAAATACAGTTCTGTAAATTTGTATTAATCAATTGTTTGAATTTTGTTGCAATGGAAAACATATCTCAGTG
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