sp|F4J0A8|P4H6_ARATH ----> Probable prolyl 4-hydroxylase 6

Intron 1 GTAAGCTTAA ... ATAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.17	246	0	51
A2	13.99	246	0	40
A3	11.9	222	0	30
A4	13.68	202	0	32
A5	11.56	153	1	20
A6	15.14	1849	0	330
A7	15.28	1486	0	268
A8	16.68	1379	1	276
A9	16.27	1374	6	267
A10	14.07	1069	0	175

>TRINITY_DN30577_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTTTATTAAATATTTTCGAAAGCCTATTTCCAAGGGATTGACCTTCAAACCGACATCGAACCTTTACTTTGATTCTTTCCAGGTTACCTCTTTTCATCGTGACCAATTCCATGACTTTAAGCATAAAGGATTCAAACCGACATTCAACCTTTGCTTTGATTCTTTCAAGGTTACCTTTTCATCGGACCAACTTTCGATA
GGACAGTAAAAAATCCTACGATACAATGCTAACATCACCCCACATCGTATGATGGATTTCGGTGTATTCTGGCTCTCCTTTGTGCTTTAAAATACAAAACCCTTGTGTGTTTTACATAGATCTATATTTGTGTGCAAGCGTTGTCTGCGGGGTTATTGTCTGACAAGTGATCAATTCGATGGCGTCTCGAATGAATGAGA
TCTGGATCGTACTTCTATTGGCGTTTTTCAGACTAAATGTTGCAGTTAATGCCATACGGAATGTGGAGAAACTACACAATGAATCTCTGAATTATTCCATCTTAGATCTCAACCAGCAGCATCAGTCTAACAATAACAATCCCATTGTGTATCCTACCAGAGTCGAGCAAATTTCATGGAAGCCCAGAGCTTTTGTATAT
AGAGGGTTCCTTTCCGAGGAAGAGTGCGAACATTTGATTTCTCTCGCCAAGTCAGAACTTAAGAGATCTGCTGTGGCAGACAGTGGTTCTGGTGAGAGTACAGTGAGTGAAGTTCGCACAAGCTCTGGTATGTTTATACCTAAAGGAAAGGATGCGATTATTTCAAGGATTGAGGACAAAATTGCAGCTTGGACATTCCT
GCCGAAAGAAAATGGAGAGGATATGCAAGTACTAAGATACGAGTCTGGTGAAAAGTACGATCCACATTTTGATTTCTTTCAGGATAAAATCAACATTGTTCGTGGTGGACATCGTGTAGCAACTGTCCTGATGTATCTCACAGACGTAGCCAAAGGTGGTGAAACAGTATTCCCTTCAGCCGAGGAGGATAGACGCCATA
GAATTAATAGTATTATCAAAGATGATACTCTATCTGACTGTGCCAAGAAAGGAATTGCAGTGAAACCAAAGAGAGGAGATGCTCTTCTTTTCTTTAGCCTTACTCCTCGTGCCATACCTGATACAAAAAGCCTTCATGCTGGATGCCCTGTAATAGAGGGAGAAAAGTGGTCAGTAACCAAATGGATACATGTAGACTCT
TTTGATAAGCAAAGACAAAGCTCAGATAATTGTGTGGATGAGAATCCCCGTTGTGGTGAGTGGGCAGCTTATGGGGAGTGTAAGAATAATCCTGTATACATGTTGGGCTCACCTGAATTACCAGGTGCTTGCAGAAAGAGTTGCAAAGTTTGTTAGTTTTAGATTGTATACTCGGAGATTCCACAGTTGTCATGATTTGT
TAGTTTTGTTGGATGAAGATATTGATGAAGACTGCCAGCAATGATATCTTTCTAGGTTCAGTAAATTGTTTTACAAAATAAGCAGAGTTCCAGTTTGTCATGTGGGCAGTAGGGTTGCAAAGATTGGAGTTACTTATTTGTTAAAGTTTCTTTATAAACAGATCTGTACTATTATTTGCATATCAAGTTGGAGGCTTTAG
TAAATTTCTATCAGAAAATGAGTTTGGCCGGCTTTATAGGAAATGATGATTTAGTTGTTCAGATTGAAAGCATGGCATATAATACGTTGTTAAAGAGTCTTTGGCCTACTTCTCATGAGTGTAGATGCTATTTCTCACACTATTTCTAGTAAAAAGTCTTTCCTCTCCCTAATATTCGAGATGCAGATGAACTGATTGAA
CATTCTTAATAGAAAATATAATATTTCAGTCAAATTTTGATTTGGT

>TRINITY_DN30577_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTGTGCCAAGAAAGGAATTGCAGgtaagcttaaaaaatggaatatgaatcttcattcaacttttgtcacctagcaagcaagaaatcacatgtttaatgcatttgacaagctttttggttccttgttcactttatgatatattgtggtcgatcatggataattgcagTGAAACCAAAGAGAGGAGATGCTCTTCTTTTCTT
TAGCCTTACTCCTCGTGCCATACCTGATACAAAAAGCCTTCATGCTGGATGCCCTGTAATAGAGGGAGAAAAGTGGTCAGTAACCAAATGGATACATGTAGACTCTTTTGATAAGCAAAGACAAAGCTCAGATAATTGTGTGGATGAGAATCCCCGTTGTGGTGAGTGGGCAGCTTATGGGGAGTGTAAGAATAATCCTG
TATACATGTTGGGCTCACCTGAATTACCAGGTGCTTGCAGAAAGAGTTGCAAAGTTTGTTAGTTTTAGATTGTATACTCGGAGATTCCACAGTTGTCATGATTTGTTAGTTTTGTTGGATGAAGATATTGATGAAGACTGCCAGCAATGATATCTTTCTAGGTTCAGTAAATTGTTTTACAAAATAAGCAGAGTTCCAGT
TTGTCATGTGGGCAGTAGGGTTGCAAAGATTGGAGTTACTTATTTGTTAAAGTTTCTTTATAAACAGATCTGTACTATTATTTGCATATCAAGTTGGAGGCTTTAGTAAATTTCTATCAGAAAATGAGTTTGGCCGGCTTTATAGGAAATGATGATTTAGTTGTTCAGATTGAAAGCATGGCATATAATACGTTGTTAAA
GAGTCTTTGGCCTACTTCTCATGAGTGTAGATGCTATTTCTCACACTATTTCTAGTAAAAAGTCTTTCCTCTCCCTAATATTCGAGATGCAGATGAACTGATTGAACATTCTTAATAGAAAATATAATATTTCAGTCAAATTTTGATTTGGT

Intron 2 GTAAAAATTC ... TTCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.53	219.5	71	12
A2	29.02	218	88	3
A3	29.09	228	93	2
A4	27.59	235	89	0
A5	32.14	129	60	3
A6	31.56	934	422	0
A7	35.25	793.5	425	0
A8	30.35	482	206	2
A9	32.88	792	381	0
A10	33.34	617.5	304	0

>TRINITY_DN133627_c6_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CCTCTTTTCATCGTGACCAATTCCATGACTTTAAGCATAAAGGATTCAAACCGACATTCAACCTTTGCTTTGATTCTTTCAAGGTTACCTTTTCATCGGACCAACTTTCGATAGGACAGTAAAAAATCCTACGATACAATGCTAACATCACCCCACATCGTATGATGGATTTCGGTGTATTCTGGCTCTCCTTTGTGCTT
TAAAATACAAAACCCTTGTGTGTTTTACATAGATCTATATTTGTGTGCAAGCGTTGTCTGCGGGGTTATTGTCTGACAAGTGATCAATTCGATGGCGTCTCGAATGAATGAGATCTGGATCGTACTTCTATTGGCGTTTTTCAGACTAAATGTTGCAGTTAATGCCATACGGAATGTGGAGAAACTACACAATGAATCTC
TGAATTATTCCATCTTAGATCTCAACCAGCAGCATCAGTCTAACAATAACAATCCCATTGTGTATCCTACCAGAGTCGAGCAAATTTCATGGAAGCCCAGAGCTTTTGTATATAGAGGGTTCCTTTCCGAGGAAGAGTGCGAACATTTGATTTCTCTCGTGAGAATCTCAGACTCTTTATCCCCTGTTTTCAATTAGGAA
ATACACCATACACACACAGATATACAGATACGGTCGCTGTTCTCCTTTCCATACACGCCATCAAATTACTGTTGTACACAAC

>TRINITY_DN133627_c6_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCTCTTTTCATCGTGACCAATTCCATGACTTTAAGCATAAAGGATTCAAACCGACATTCAACCTTTGCTTTGATTCTTTCAAGGTTACCTTTTCATCGGACCAACTTTCGATAGGACAGTAAAAAATCCTACGATACAATGCTAACATCACCCCACATCGTATGATGGATTTCGGTGTATTCTGGCTCTCCTTTGTGCTT
TAAAATACAAAACCCTTGTGTGTTTTACATAGATCTATATTTGTGTGCAAGCGTTGTCTGCGGGGTTATTGTCTGACAAGTGATCAATTCGATGGCGTCTCGAATGAATGAGATCTGGATCGTACTTCTATTGGCGTTTTTCAGACTAAATGTTGCAGTTAATGCCATACGGAATGTGGAGAAACTACACAATGAATCTC
TGAATTATTCCATCTTAGATCTCAACCAGCAGCATCAGTCTAACAATAACAATCCCATTGTGTATCCTACCAGAGTCGAGCAAATTTCATGGAAGCCCAGgtaaaaattctccttagaattctttcttgttttttaaagctttggaagttcgtccacgtgatattcccttcagattttcattttcattgtatggtaattg
ctgaagattactgagaacaaagattatggtttcgatgttttagaattcagacacccacagacatctacttttagtactaagcaatgttttttggattcattgcagAGCTTTTGTATATAGAGGGTTCCTTTCCGAGGAAGAGTGCGAACATTTGATTTCTCTCGTGAGAATCTCAGACTCTTTATCCCCTGTTTTCAATT
AGGAAATACACCATACACACACAGATATACAGATACGGTCGCTGTTCTCCTTTCCATACACGCCATCAAATTACTGTTGTACACAAC