sp|Q9C9U5|SIS8_ARATH ----> Probable serine/threonine-protein kinase SIS8

Intron 1 GTATGTACTT ... GACTTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.23	15	8	5
A2	37.14	11	10	3
A3	33.33	5	4	1
A4	23.08	15	3	6
A5	36	8	8	1
A6	42.86	2	2	1
A7	20	10	2	3
A8	100	0	1	0
A9	0	1	0	0
A10	33.33	6	5	1

>TRINITY_DN117579_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

CGAGTAAACTTTTTGCCACCATTTTTATAAAAAGCCTCATATCGTATTCATTTGTTGTTATCGTTCTGCGAGTACTGCGACTCTTTTTCACCTCTTCTGTTCCTTTTGCGGCCCTCTGTCGGGATCGATACCGACTCTCTATCCTCCCAAACCCTCGCCTTCTCTTCTGTCTCCTCCTTCACCTTTCTCACTTTCGTTGG
AAGCTTTGAGGAGATTTTGCTCGGGATCGACGCTTGTGACCTGCAGGGGCTCGATCGCAGAACCTGTCACGCGCGGTTTCATCTTCAAGTAATTGCCAAATTCTCTTTGGTCACAAGGGTTCAAAAGCTTCGATCTGTTGTTGAGTTGCATAATGTGCTATTATTATTATGACCAGTTCCTATTGGTGTTTCTTTCCCTA
TCAAAATGATCAGGGTAGGCTGCAGCAGATATGACGGACACCAAGGATGGATGAGGACACCTGTGATTGGCCTAAAAAAGGTGCTTATGCATGGAGTGAGAGGTGTGGTGGAATGAAGCTATATTCAACACTAATCAAGAGATGGAGGAAACAGCTGGAGATTCAGGGCCAGAGGCAGACACATCCCATTACAGATGGTT
ACCGCCAAGCTTAGTGGAAAAAATGCAAGCTATTGATTTGTGCTCCCAAGAAGAGATCTCTGGAGGAGTTCCTGGATGCAGTGAAGAAGAAGAAGTTCCACCTCAAGCTGCATCTCAGATGCTCTGGGAAACTGGAATATTGAATTGCAGGATTCCAAATGGATTTTATTCAGTAATTCCAGATAAAAAATTGAAGGCAC
GGTTTTCGGCAATTCCAACTCCAGATGAGTTGTCTGCATTAGGCCCAGAAAGCGTTATAGCTGATGCAGTTCTTGTCGATGCAGAGAAGGATAAGAGAGTTGCAAAATTGAAGCAATTTACGATAGCATTAGTGAAAGGTTTGAGTTCAAATCCGGCGTCAATGATAAAGAAAATTGCTGAAGTGGTTTGTGAGTTTTAT
GGGGGACCTCTTTCTGATGTAATCCCTGCTAAGAATTCACCTGAAGAGACACCTTTAGCAGATAACCAGGGTCTGCAGCTCTTAGGGCAGATTAAAAATGGGTTATGCCGTCCAAGGGCAATTTTATTCAAGGTCCTTGCAGATGCTGTGGGACTCAGAAGTAAGCTTCTAGTGGGCCTACAACTATATGATAGGGGAAT
TGCATATGCAGATGCTTACAAGCATATGTCACTGTTAGTTGGATTAAATTCCATGGAGCTATTAGTTGATGTCATGCAGTCTCCTGGCCAGTTAATACCCTTCTCAATGAGAGCTCTTATAATGTACCATATTTCTGGGACTGGAGAAAGTGATTCAGCTGAGAATGATTCATGTGATTCTCCTGTAGAGCCAAATAGTC
CAATGTTTGGTTTTTCAGATAAAATGGGCAGTGAAAGTCCATCCCAAAGTGAGCCAGATATTGCAAATAGTTTCTGGAGGCGTAGCCGCAGGAAAGCCATTGCTGAACAGCGGACAGCTAGTTCCAGGTCAGATTCTAGCAAATCTGTAGTTTTCTTTTGCATTGATATCTGTAAATTTGCAAAAATCTATAGTTTTCTT
TTGCATTGATATCTGTAAATTTGCAAAAATCTATAGTTTTCTTTTGCATTGATATC

>TRINITY_DN117579_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTATCTATGCACATATGGCCTTTTTTCCTTCTATTATCTGCTGTTAGTTGGCTTATCCTAATTTTTTTGTAATGTATACTTGCAAATATAAGGTGCTTATGCATGGAGTGAGAGGTGTGGTGGAATGAAGCTATATTCAACACTAATCAAGAGATGGAGGAAACAGCTGGAGATTCAGGGCCAGAGGCAGACACATCCC
ATTACAGATGGTTACCGCCAAGCTTAGTGGAAAAAATGCAAGCTATTGATTTGTGCTCCCAAGAAGAGATCTCTGGAGGAGTTCCTGGATGCAGTGAAGAAGAAGAAGTTCCACCTCAAGCTGCATCTCAGATGCTCTGGGAAACTGGAATATTGAATTGCAGGATTCCAAATGGATTTTATTCAGTAATTCCAgtatgt
acttttggtttcctttcattattgttgagactcaggtttgaaacttttttatgtagttttcctgtctttgtgtggtagagattttgatataagtttataacgtatacatgccagcgagagaataacataaagtagcctgtttgagactatgcttgagaggcattggcatgccaatgatgcttgcctgaaagtgtactgaa
agcgttgcttatttatcgtgcttcgaattgatacacgaaggaattcaagctcacatggagctttaggaaagtggattccatgatgatatttgaagggcagatgtgttaatgactttgaagGATAAAAAATTGAAGGCACGGTTTTCGGCAATTCCAACTCCAGATGAGTTGTCTGCATTAGGCCCAGAAAGCGTTATAGC
TGATGCAGTTCTTGTCGATGCAGAGAAGGATAAGAGAGTTGCAAAATTGAAGCAATTTACGATAGCATTAGTGAAAGGTTTGAGTTCAAATCCGGCGTCAATGATAAAGAAAATTGCTGAAGTGGTTTGTGAGTTTTATGGGGGACCTCTTTCTGATGTAATCCCTGCTAAGAATTCACCTGAAGAGACACCTTTAGCAG
ATAACCAGGGTCTGCAG

Intron 2 GTATGTACTT ... TACATGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	2	8	8
A2	100	0	10	0
A3	75	1	4	2
A4	100	0	3	1
A5	85.71	1	8	4
A6	75	1	2	4
A7	80	1	2	6
A8	100	0	1	1
A9	33.33	1	0	1
A10	75	1	5	1

>TRINITY_DN117579_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTTATTCAGTAATTCCACGAGAGAATAACATAAAGTAGCCTGTTTGAGACTATGCTTGAGAGGCATTGGCATGCCAATGATGCTTGCCTGAAAGTGTACTGAAAGCGTTGCTTATTTATCGTGCTTCGAATTGATACACGAAGGAATTCAAGCTCACATGGAGCTTTAGGAAAGTGGATTCCATGATGATATTTGAAGG
GCAGATGTGTTAATGACTTTGAAGGATAAAAAATTGAAGGCACGGTTTTCGGCAATTCCAACTCCAGATGAGTTGTCTGCATTAGGCCCAGAAAGCGTTATAGCTGATGCAGTTCTTGTCGATGCAGAGAAGGATAAGAGAGTTGCAAAATTGAAGCAATTTACGATAGCATTAGTGAAAGGTTTGAGTTCAAATCCGGC
GTCAATGATAAAGAAAATTGCTGAAGTGGTTTGTGAGTTTTATGGGGGACCTCTTTCTGATGTAATCCCTGCTAAGAATTCACCTGAAGAGACACCTTTAGCAGATAACCAGGGTCTGCAG

>TRINITY_DN117579_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTATCTATGCACATATGGCCTTTTTTCCTTCTATTATCTGCTGTTAGTTGGCTTATCCTAATTTTTTTGTAATGTATACTTGCAAATATAAGGTGCTTATGCATGGAGTGAGAGGTGTGGTGGAATGAAGCTATATTCAACACTAATCAAGAGATGGAGGAAACAGCTGGAGATTCAGGGCCAGAGGCAGACACATCCC
ATTACAGATGGTTACCGCCAAGCTTAGTGGAAAAAATGCAAGCTATTGATTTGTGCTCCCAAGAAGAGATCTCTGGAGGAGTTCCTGGATGCAGTGAAGAAGAAGAAGTTCCACCTCAAGCTGCATCTCAGATGCTCTGGGAAACTGGAATATTGAATTGCAGGATTCCAAATGGATTTTATTCAGTAATTCCAgtatgt
acttttggtttcctttcattattgttgagactcaggtttgaaacttttttatgtagttttcctgtctttgtgtggtagagattttgatataagtttataacgtatacatgccagCGAGAGAATAACATAAAGTAGCCTGTTTGAGACTATGCTTGAGAGGCATTGGCATGCCAATGATGCTTGCCTGAAAGTGTACTGAA
AGCGTTGCTTATTTATCGTGCTTCGAATTGATACACGAAGGAATTCAAGCTCACATGGAGCTTTAGGAAAGTGGATTCCATGATGATATTTGAAGGGCAGATGTGTTAATGACTTTGAAGGATAAAAAATTGAAGGCACGGTTTTCGGCAATTCCAACTCCAGATGAGTTGTCTGCATTAGGCCCAGAAAGCGTTATAGC
TGATGCAGTTCTTGTCGATGCAGAGAAGGATAAGAGAGTTGCAAAATTGAAGCAATTTACGATAGCATTAGTGAAAGGTTTGAGTTCAAATCCGGCGTCAATGATAAAGAAAATTGCTGAAGTGGTTTGTGAGTTTTATGGGGGACCTCTTTCTGATGTAATCCCTGCTAAGAATTCACCTGAAGAGACACCTTTAGCAG
ATAACCAGGGTCTGCAG