sp|P14749|AGAL_CYATE ----> Alpha-galactosidase
Intron 1 GTAGTGCAGT ... ATCTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.68 | 23 | 6.4 | 1.3 |
| A2 | 20.37 | 15 | 3.9 | 3.1 |
| A3 | 21.19 | 30 | 8.2 | 2.2 |
| A4 | 4.68 | 17 | 0.9 | 0.7 |
| A5 | 33.31 | 18 | 9.1 | 3.6 |
| A6 | 7.72 | 27 | 2.3 | 0.8 |
| A7 | 9.26 | 38 | 4.4 | 0.4 |
| A8 | 7.73 | 19 | 1.8 | 0.7 |
| A9 | 10.04 | 24 | 3.1 | 1.9 |
| A10 | 14.04 | 26 | 5.3 | 0.6 |
>TRINITY_DN109539_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACC
GATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTT
GGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATC
AGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAA
GCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGTAGGTGGGTTTCTTTTTTCAAAGTGTTTTGGCAATATGGTGGGTTTG
CAGAAGATGATGTTATAATGCTTTTGATTCAGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGT
AGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACC
TTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCT
CATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTA
TATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATA
TTGCTAAGTTGCAATGTAAAAAATATTTATTTTAGTTTTTGTCTTGGTTTTTGTTTGATGTTTTATTAAAATTTCCA
>TRINITY_DN109539_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACC
GATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTT
GGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGgtagtgcagtctttgattttcttgtattcgttttcagctatt
gttttttttagaaatatggtacctcactgaccagtatttaatgaaatgttgtatatctttacagCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGTACGCCCTGCCTTTCTCTTTCCATTACAATACGTTTGCAAGTA
GCAGTTTTTAAAATGGATTTATTGATCTGTTTTTGTTCTTATTACAATATGTTTGCAAATAGCAGTGTTTATAAGTGGGTTTATTGATCTGTTTCTTTGATTTATTTCTTGTGCTGTTGTGCCTACAGGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAG
GGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCG
GCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAG
GAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTT
GAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCA
TGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATA
TTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATT
GCTAAGTTGCAATGTAAAAAATATTTATTTTAGTTTTTGTCTTGGTTTTTGTTTGATGTTTTATTAAAATTTCCA
Intron 2 GTGAGATAAC ... TTGTGGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.89 | 32 | 13 | 1 |
| A2 | 36.36 | 28 | 16 | 1 |
| A3 | 12.5 | 28 | 4 | 5 |
| A4 | 16 | 21 | 4 | 0 |
| A5 | 35 | 26 | 14 | 7 |
| A6 | 23.81 | 32 | 10 | 0 |
| A7 | 20.97 | 49 | 13 | 1 |
| A8 | 16 | 21 | 4 | 0 |
| A9 | 24.32 | 28 | 9 | 0 |
| A10 | 22.73 | 34 | 10 | 0 |
>TRINITY_DN105624_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoformTCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCC
TTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAG
TTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCC
TGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGT
ATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGAT
CCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTATACAAGTCTGTAACCTCTTGTTTGTAACTCTTTCTAATGAAGCTTCTGTTGCTTTGCTTTAATGCTTGAAAACCGTGGTACACAAATCCCTCTCCTGTCTTCTCCCAGCACTAGGAGATAGACTCCTTGCATTTCGTTTTAGTCTTTTT
GTTCATGATTTTGACCTGGAAAAGCTG
>TRINITY_DN105624_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:TCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCC
TTGCCAAGACGCCTCCCATGGGgtgagataacatatatctttgatatagaagagtttttctttctgagtttatcagttgctttggatttcagttcataaatggtgtttgaagagatttatttgtgggcagATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGGTAGTGCAGTC
TTTGATTTTCTTGTATTCGTTTTCAGCTATTGTTTTTTTTAGAAATATGGTACCTCACTGACCAGTATTTAATGAAATGTTGTATATCTTTACAGCTGATGCATTGGTCTCAAC
Intron 3 GTATGTTCCC ... TCCTCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75 | 5 | 8 | 15 |
| A2 | 67.65 | 11 | 5 | 23 |
| A3 | 62.5 | 18 | 8 | 30 |
| A4 | 72.34 | 13 | 6 | 34 |
| A5 | 71.43 | 4 | 2 | 10 |
| A6 | 56.86 | 22 | 4 | 29 |
| A7 | 62.07 | 11 | 14 | 18 |
| A8 | 62.5 | 6 | 3 | 10 |
| A9 | 84.62 | 4 | 5 | 22 |
| A10 | 76.47 | 8 | 15 | 26 |
>TRINITY_DN43297_c0_g2_i5 from sample A6 / Example spliced isoformGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACCGATCGAATCATCGGC
CTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACG
CCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGG
CATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGT
ACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCA
GGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGT
ACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAG
>TRINITY_DN43297_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACCGATCGAATCATCGGC
CTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTgtatgttccctattggagtgtaccattaccattattcattcattccttcattcattccttccttcctctgtagGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTG
CACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAG
ATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACA
TTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGA
CATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACAC
ATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGTTTGCAATTTGGTGAATTCTAAGGACTGCCAATTTAAAATTTCCCAGATTTGGTAAATTTAATGGCAGCTTGGACCTTGCCATATTCCAG
GTTCAACCACAAATCTTTGTATGCCATGGTCCAGATTATGCCAGGGCTCATAAATTTGCATAATCTCCTGCACAGAAGTGACGAGCAAACATTTTGCAAGATTGAAGCAGGGCAAGCTCAATAGCAAATTTTATCATAGTTATTTTGCATTGTTGATTTTCTTTTCCAAATTTCATTGTTTCTGAATTTGAACCAGAAAG
TGAACGAGGTGAAAGAGAGGGAAAACAGATTTCA
Intron 4 GTTGTTAGCT ... TGTTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.4 | 19.4 | 5 | 10.8 |
| A2 | 14.04 | 19 | 5 | 3.2 |
| A3 | 10 | 23.8 | 0 | 3.2 |
| A4 | 12.31 | 27 | 0 | 4.8 |
| A5 | 26.87 | 27.6 | 8 | 10.2 |
| A6 | 11.72 | 40.2 | 0 | 6.8 |
| A7 | 10.96 | 52.2 | 0 | 8 |
| A8 | 7.06 | 27.8 | 1 | 2.4 |
| A9 | 8.53 | 56.2 | 0 | 6.4 |
| A10 | 7.87 | 49 | 0 | 4.8 |
>TRINITY_DN117390_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformTGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAG
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAA
GCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTA
CTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGC
TACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGAT
GCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGTAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCT
TGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTG
>TRINITY_DN117390_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAG
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGTAATCCCCTTTCCTTTTTGGTCTTTTGGTAAAGTATTATTAATTTATTCTTCTAAATTCTTTGGGGATGGACTATGGTAGATTGATGGAGTAAAGTAGTAGATGATGTTTTGTTCTTCTGCAGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGG
TCTAAGCCTGAAAGCCGGTAAATCTTTTTCCGAAGAGTGGAATCCTTCTTATTTTTTCTTCTTCCATTCAGCAGAATTCTATTCACAATTGCCTGTCAGTCTCAGACTGGTTTGGGAATGAACACAGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGTAGGTG
GGTTTCTTTTTTCAAAGTGTTTTGGCAATATGGTGGGTTTGCAGAAGATGATGTTATAATGCTTTTGATTCAGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGgttgttagctgtagcttctaagtagcctggatggtttgaattt
tgaaatttcccacagctctaaatctagctgaacttgggttttgttttccatgtgttttacagTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGC
TCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGA
ATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAA
GATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGTAAGGTTTTACAAGTCTGTATT
TTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTG
Intron 5 GTAAATCTTT ... ATGAACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.51 | 16 | 2 | 3 |
| A2 | 6.9 | 27 | 4 | 0 |
| A3 | 3.85 | 25 | 0 | 2 |
| A4 | 1.41 | 35 | 0 | 1 |
| A5 | 5.38 | 44 | 4 | 1 |
| A6 | 0 | 50 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 51 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 21 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 45 | 0 | 0 |
| A10 | 2.33 | 42 | 2 | 0 |
>TRINITY_DN117390_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformTGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAG
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAA
GCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTA
CTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGC
TACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGAT
GCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGTAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCT
TGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTG
>TRINITY_DN117390_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAG
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGTAATCCCCTTTCCTTTTTGGTCTTTTGGTAAAGTATTATTAATTTATTCTTCTAAATTCTTTGGGGATGGACTATGGTAGATTGATGGAGTAAAGTAGTAGATGATGTTTTGTTCTTCTGCAGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGG
TCTAAGCCTGAAAGCCGgtaaatctttttccgaagagtggaatccttcttattttttcttcttccattcagcagaattctattcacaattgcctgtcagtctcagactggtttgggaatgaacacagGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGTAGGTG
GGTTTCTTTTTTCAAAGTGTTTTGGCAATATGGTGGGTTTGCAGAAGATGATGTTATAATGCTTTTGATTCAGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGGTTGTTAGCTGTAGCTTCTAAGTAGCCTGGATGGTTTGAATTT
TGAAATTTCCCACAGCTCTAAATCTAGCTGAACTTGGGTTTTGTTTTCCATGTGTTTTACAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGC
TCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGA
ATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAA
GATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGTAAGGTTTTACAAGTCTGTATT
TTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTG
Intron 6 GTAGGTGGGT ... TTTGATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.28 | 18 | 7.3 | 3 |
| A2 | 36.1 | 20 | 11.7 | 9.7 |
| A3 | 21.29 | 21 | 6 | 3.7 |
| A4 | 13.3 | 23 | 3.7 | 2.7 |
| A5 | 13.63 | 35 | 6 | 6.3 |
| A6 | 13.05 | 37 | 6 | 2 |
| A7 | 11.28 | 54 | 7.3 | 4.3 |
| A8 | 16.67 | 21 | 4.7 | 3 |
| A9 | 10.25 | 55 | 6.7 | 3.3 |
| A10 | 13.33 | 32 | 5.3 | 3.7 |
>TRINITY_DN117390_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformTGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAG
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAA
GCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTA
CTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGC
TACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGAT
GCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGTAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCT
TGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTG
>TRINITY_DN117390_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAG
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGTAATCCCCTTTCCTTTTTGGTCTTTTGGTAAAGTATTATTAATTTATTCTTCTAAATTCTTTGGGGATGGACTATGGTAGATTGATGGAGTAAAGTAGTAGATGATGTTTTGTTCTTCTGCAGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGG
TCTAAGCCTGAAAGCCGGTAAATCTTTTTCCGAAGAGTGGAATCCTTCTTATTTTTTCTTCTTCCATTCAGCAGAATTCTATTCACAATTGCCTGTCAGTCTCAGACTGGTTTGGGAATGAACACAGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGgtaggtg
ggtttcttttttcaaagtgttttggcaatatggtgggtttgcagaagatgatgttataatgcttttgattcagGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGGTTGTTAGCTGTAGCTTCTAAGTAGCCTGGATGGTTTGAATTT
TGAAATTTCCCACAGCTCTAAATCTAGCTGAACTTGGGTTTTGTTTTCCATGTGTTTTACAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGC
TCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGA
ATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAA
GATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGTAAGGTTTTACAAGTCTGTATT
TTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTG
Intron 7 GTATACAAGT ... CTTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.84 | 45 | 19 | 25 |
| A2 | 41.61 | 40 | 23 | 34 |
| A3 | 31.51 | 25 | 3 | 20 |
| A4 | 31.71 | 28 | 4 | 22 |
| A5 | 36.67 | 19 | 11 | 11 |
| A6 | 33.33 | 56 | 16 | 40 |
| A7 | 34.68 | 81 | 26 | 60 |
| A8 | 31.76 | 58 | 8 | 46 |
| A9 | 28.32 | 81 | 22 | 42 |
| A10 | 34.88 | 84 | 25 | 65 |
>TRINITY_DN46259_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCTTTGATATAGAAGAGTTTTTCTTTCTGAGTTTTTCAGTTGCTTTGGATTTCAGTTCATAAATGGTGTTTGAAGAGATTTATATGTGGGCAGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGT
AAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATG
CCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACA
ACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGA
TGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCA
AATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTAT
CTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGA
TCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAG
>TRINITY_DN46259_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CAAATAAGGTCTGATAAGGTTAGCCAAGAAGAATGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACT
CTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCA
TGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCT
GATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTA
TACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGG
ATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACAT
TTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGgtatacaagtctgtaacctcttgtttgtaactctt
tctaatgaagcttctgttgctttgctttaatgcttgaaaaccgtggtacacaaatccctctcctgtcttctcccagcactaggagatagactccttgcatttcgttttagtctttttgttcatgattttgacctggaaaagctgaaggttcaaacgtaattggcaaccacgtggttcattgtgtcctgggaggtccatgc
tgtccacttaggaattttcaatccatttaaaaagagctggtggaaggtaaaggcccattgccctgtctctttcgatctgtataaaaagatggggactatttaaataaaaagataatagaatgtttaacaccggtggaccttaaaaggtattgagaaataggagttgtgtatgctaagtttcatggccaacctcacactgt
agttagattaattacaataatcataaaagcaagatagacaaaacacttaagaggggtaatggccaccagagtgaacttgagctggagagatcagcttcatccttacagttatttcctaccagccctttcttaccaaatctccaattgatctatgtttagatggttttgataaaatctgcaaaatgtcaaaaaccttaatg
cagctcatattatatttgcctgtttttattgaaacagtttgcaatttggtgaattctaaggactgccaatttaaaatttcccagatttggtaaatttaatggcagcttggaccttgccatattccaggttcaaccacaaatctttgtatgccatggtccagattatgccagggctcataaatttgcataatctcctgcac
agaagtgacgagcaaacattttgcaagattgaagcagggcaagctcaatagcaaattttatcatacttattttgcattgttgattttcttttccaaatttcattgtttctgaatttgaaccagaaagtgaactaggtgaaagagagggaaaacagatttcaatttttagttttaagaggatcttgacagaatgcagcgtg
tagcagcatgaaaatcagggaaagtttattttggccttgcaaagcaggggaaactgtggtttattctaactgtaagcactttgtgcagGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAG
CTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGGTAATGACAAAACAAAGTTTTCTTTGTAAAATTTGAAGTCTCATATTTTGATATTTCTTCATTCTATCTTGGCTGCTGACATTTTCTTTTTCTTCAATATAACAGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAG
ATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGT
AGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAG
Intron 8 GTTAAAGTTT ... ATACATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70 | 9 | 13 | 21 |
| A2 | 64.81 | 19 | 15 | 35 |
| A3 | 91.89 | 3 | 6 | 34 |
| A4 | 82.61 | 8 | 6 | 38 |
| A5 | 65.79 | 13 | 2 | 25 |
| A6 | 76.36 | 13 | 7 | 42 |
| A7 | 61.36 | 17 | 24 | 27 |
| A8 | 77.78 | 4 | 1 | 14 |
| A9 | 71.11 | 13 | 5 | 32 |
| A10 | 67.92 | 17 | 11 | 36 |
>TRINITY_DN42246_c1_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformTGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGC
AACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGG
GGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGG
GGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGG
TTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACC
GTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTT
TAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGC
AAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCC
>TRINITY_DN42246_c1_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGgttaaagtttcaaccgactgcagcaggcatcttgtggctataaatctgtatgttccctattggagtgtaccattaccattattcattcattccttcattcattccttccttcctctgtaggaaaccatggattttcaatatgggtgcttcatacattcag
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAA
GCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTA
CTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGC
TACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGAT
GCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCT
TGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCC
Intron 9 GTAATCCCCT ... TCTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.57 | 20 | 7.7 | 5.3 |
| A2 | 19.59 | 30 | 7.3 | 5.3 |
| A3 | 9.09 | 30 | 3 | 2.3 |
| A4 | 18.87 | 44 | 10.7 | 0 |
| A5 | 17.69 | 31 | 6.7 | 3 |
| A6 | 5.55 | 33 | 2 | 2.3 |
| A7 | 14.03 | 30 | 5.3 | 1.3 |
| A8 | 9.08 | 23 | 2.3 | 2.3 |
| A9 | 13.61 | 39 | 6.7 | 3 |
| A10 | 14.63 | 32 | 6 | 2.3 |
>TRINITY_DN117390_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformTGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAG
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAA
GCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTA
CTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGC
TACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGAT
GCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGTAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCT
TGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTG
>TRINITY_DN117390_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTG
TATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAG
TGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTG
GGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACA
TGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGgtaatcccctttcctttttggtcttttggtaaagtattattaatttattcttctaaattctttggggatggactatggtagattgatggagtaaagtagtagatgatgttttgttcttctgcagGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGG
TCTAAGCCTGAAAGCCGGTAAATCTTTTTCCGAAGAGTGGAATCCTTCTTATTTTTTCTTCTTCCATTCAGCAGAATTCTATTCACAATTGCCTGTCAGTCTCAGACTGGTTTGGGAATGAACACAGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGTAGGTG
GGTTTCTTTTTTCAAAGTGTTTTGGCAATATGGTGGGTTTGCAGAAGATGATGTTATAATGCTTTTGATTCAGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGGTTGTTAGCTGTAGCTTCTAAGTAGCCTGGATGGTTTGAATTT
TGAAATTTCCCACAGCTCTAAATCTAGCTGAACTTGGGTTTTGTTTTCCATGTGTTTTACAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGC
TCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGA
ATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAA
GATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGTAAGGTTTTACAAGTCTGTATT
TTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTG
Intron 10 GTATATCATC ... AGTTTATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.71 | 26 | 9 | 7 |
| A2 | 26.67 | 55 | 20 | 6 |
| A3 | 21.57 | 40 | 11 | 5 |
| A4 | 15.38 | 55 | 10 | 3 |
| A5 | 30.43 | 32 | 14 | 7 |
| A6 | 15.56 | 38 | 7 | 0 |
| A7 | 30.67 | 52 | 23 | 0 |
| A8 | 20 | 20 | 5 | 2 |
| A9 | 13.79 | 50 | 8 | 0 |
| A10 | 14.89 | 40 | 7 | 1 |
>TRINITY_DN105624_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoformTCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCC
TTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAG
TTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCC
TGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGT
ATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGAT
CCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTATACAAGTCTGTAACCTCTTGTTTGTAACTCTTTCTAATGAAGCTTCTGTTGCTTTGCTTTAATGCTTGAAAACCGTGGTACACAAATCCCTCTCCTGTCTTCTCCCAGCACTAGGAGATAGACTCCTTGCATTTCGTTTTAGTCTTTTT
GTTCATGATTTTGACCTGGAAAAGCTG
>TRINITY_DN105624_c0_g1_i7 from sample A5 / Example unspliced isoform:TCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCC
TTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAG
TTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGgtatatcatctctgctttattttttagttctcttttcttatatacaagatgctttctgtggtaactgtatggcaagcatgccctttcgcgagctggaagtgttataaaagccatcgaagtctt
gtttcaatttcatgaatggtcacttacagaaacgagtctccctgaggatttgaacctttgttgattataaaacacctactttaccaatgaacccaagacccgtgaagctgaatacactgtattctttttatgcatttttaaatttctcgtgatcctctccagtttattagGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTC
CTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGTAATCCCCTTTCCTTTTTGGTCTTTTGGTAAAGTATTATTAATTTATTCTTCTAAATTCTTTGGGGATGGACTATGGTAGATTGATGGAGTAAAGTAGTAGATGATGTTTTGTTCTTCTGCAGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTAC
AATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAA
CAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTA
TTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTATACAAGTCTGTAACCTCTTGTTTGTAACTCTTTCTAATGAAGCTTCTGTTGCTTTGCTTTAATGCTTGAAAACCGTGGTACACAAATCCCTCTCCTGTCTTCTCCCAGCACTAGGAGATAGACTCCTTGCAT
TTCGTTTTAGTCTTTTTGTTCATGATTTTGACCTGGAAAAGCTG
Intron 11 GTAATGACAA ... AATATAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.63 | 50 | 3.3 | 13 |
| A2 | 15.38 | 44 | 6 | 8 |
| A3 | 24 | 19 | 2.9 | 6 |
| A4 | 26.66 | 41.3 | 2 | 15 |
| A5 | 31.58 | 13 | 1.7 | 6 |
| A6 | 21.62 | 116 | 9.7 | 32 |
| A7 | 21.64 | 105 | 15.4 | 29 |
| A8 | 16.67 | 115 | 12.4 | 23 |
| A9 | 25.73 | 127 | 13.7 | 44 |
| A10 | 20.48 | 66 | 4.9 | 17 |
>TRINITY_DN43297_c0_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACCGATCGAATCATCGGC
CTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTG
CACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAG
ATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACA
TTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGA
CATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACAC
ATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAA
GATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAG
AATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTA
TAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCC
>TRINITY_DN43297_c0_g2_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:TCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGgtaatgacaaaacaaagttttctttgtaaaatttgaagtctcatattttgatatttcttcattctatcttggctgctgacattttctttttcttcaatataacagCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTAT
GTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATA
TGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCC
Intron 12 GTACGCCCTG ... GTGCCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32 | 17 | 0 | 8 |
| A2 | 44.23 | 29 | 2 | 23 |
| A3 | 17.39 | 38 | 0 | 8 |
| A4 | 23.08 | 30 | 2 | 9 |
| A5 | 20 | 28 | 5 | 7 |
| A6 | 12.5 | 35 | 0 | 5 |
| A7 | 20.83 | 57 | 0 | 15 |
| A8 | 11.76 | 15 | 0 | 2 |
| A9 | 30.77 | 27 | 1 | 12 |
| A10 | 25.93 | 20 | 0 | 7 |
>TRINITY_DN109539_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACC
GATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTT
GGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATC
AGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAA
GCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTG
GAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTG
GATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATC
GTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTT
TTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAA
AGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATTGCTAAGTTGCAATGTAAAAAATATTTATTTTAGTTTTTGTCTTGGTTTTTGTTTGATGTTTTATTAAAATTTCCA
>TRINITY_DN109539_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCTACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACC
GATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAACCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTT
GGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACAGGTAGTGCAGTCTTTGATTTTCTTGTATTCGTTTTCAGCTATT
GTTTTTTTTAGAAATATGGTACCTCACTGACCAGTATTTAATGAAATGTTGTATATCTTTACAGCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATgtacgccctgcctttctctttccattacaatacgtttgcaagta
gcagtttttaaaatggatttattgatctgtttttgttcttattacaatatgtttgcaaatagcagtgtttataagtgggtttattgatctgtttctttgatttatttcttgtgctgttgtgcctacagGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAG
GGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTACTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCG
GCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGATTGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAG
GAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTT
GAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGTAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCA
TGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGCGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATA
TTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGGTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATGATTGTGTTATATT
GCTAAGTTGCAATGTAAAAAATATTTATTTTAGTTTTTGTCTTGGTTTTTGTTTGATGTTTTATTAAAATTTCCA
Intron 13 GTAAAAGTTT ... TGTGGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26 | 37 | 3 | 13 |
| A2 | 31.25 | 44 | 3 | 20 |
| A3 | 33.33 | 44 | 2 | 22 |
| A4 | 31.03 | 40 | 2 | 18 |
| A5 | 25 | 30 | 4 | 10 |
| A6 | 24.79 | 91 | 0 | 30 |
| A7 | 29.79 | 99 | 0 | 42 |
| A8 | 27.54 | 50 | 0 | 19 |
| A9 | 17.2 | 77 | 0 | 16 |
| A10 | 23.3 | 79 | 0 | 24 |
>TRINITY_DN98259_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformATTCAAATAAGGTCTGATAAGGTTAGCCAAGAAGAATGTGAACGAGCATGAAGAATATGGGGGATTTGTGCATTCTTTGGTCCCACAAGAGCTGATTCTTTTAGTGCACGGTCGGCACCGTGTTGCAACAACTTTTACTCCAGTCAGGCCAGTGGGTGGTGTTGGTGAAAAATGTGAACAATAATATTATTCAAATACCT
ACTCTCACAAATTTACACCCATGTGATGAATAATTGTATTACCGATCGAATCATCGGCCTGTGTAAAGTTTCAAAGGTTAAAGTTTCAACCGACTGCAGCAGGCATCTTGTGGCTATAAATCTGTATGTTCCCTATTGGAGTGTACCATTACCATTATTCATTCATTCCTTCATTCATTCCTTCCTTCCTCTGTAGGAAA
CCATGGATTTTCAATATGGGTGCTTCATACATTCAGTGTTCTTGGCCTTTGTGTGTTGCACTGCTGTGACTTGTGCTGCTGAGAACACAACCTTTCGACGAAATCTGCTTCAGGATGGCCTTGCCAAGACGCCTCCCATGGGATGGAACAGTTGGAATCATTACAGTTGCAACATCAATGAGAATGTTATACGAGCAACA
GCTGATGCATTGGTCTCAACTGGGCTCTCTAAACTGGGATATCAGTATGTAAATATAGATGACTGTTGGGCAGAGCTCAATCGTGATAGCAATGGAAGATTGGTTGCAAGTTCTTCAAAGTTTCCATCTGGCATCAAGGCTCTTGCTGATTATGTGCACAGCAAGGGCCTCAAATTGGGCATATATTCAGATGCGGGGTA
CTATACCTGTCAAATGCAGCCAGGTTCCTTGGGACATGAGCAAGCAGATGCCGATACATTTGCTTACTGGGGTGTGGATTATCTCAAATATGATAACTGTTACAATGATGGGTCTAAGCCTGAAAGCCGGTACCCAAAGATGCGTGATGCACTTTTGAGAACTCGGCGGCCAATATTCTATTCCTTGTGTGAATGGGGAT
TGGATATCCCGGCCACTTGGGCTCGACAAATTGGAAGCAGTTGGAGAACAACACAAGACATTGAGGACAAGTGGGAAAGTATGGTATCCCGTGCAGACCAAAACAATGAATATGCAGGGTATGCTGGCCCAGGTGGATGGAATGATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTCA
CATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTGT
AGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAGC
GACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAGG
TTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATG
>TRINITY_DN98259_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:GCCCAGGTGGATGGAATGgtaaaagtttctacaaccttataatagcaagtcaaatacatgattggaacttttgaaagtagacatttagttccttttctagtttccaactcttcatcattgctgtcctttgctttctgtggagcagATCCAGATATGTTGGAAGTAGGAAATGGCAACATGACTCCTGAGGAATATGGTTC
ACATTTCAGCATCTGGGCTCTGATGAAGGCACCTTTACTTCTTGGATGCGATGTAACACATATGGACAAGAAGACTTATGGAATCCTAAGTAACTCTGAGGTTATTGCAGTCAATCAAGATCCTTTGGGAGTACAAGGGAAAAAAGTAAACAAGCAAGGAGACCTTGAGGTTTGGGCAGGTCCCCTATCTAACAACCGTG
TAGCTGTGGTTCTATGGAATAGAAGCAACTCAAGAGCTACAATCGTTGCCAAATGGGAAGATATTGGATTGAATCCCTCAGCTGTTGTCAGGGTCAGGAATTTATGGAGGCACAGAGAACTGGAAGCAAATCGCCAAGGCAGCCTCACAGCATCAGTGAAGCCTCATGCATGCAAGATGTATGTTCTAACAAGCGTTTAG
CGACCATTCAAACTAAAAGATTGCAGAAGTTCTAGATGCAGTTTTTCCTATCTGTTTAGAATTGGGTAATTTACATTCCGAGCATTGGTGGGTGATGATGCTACTCAAAAAAGGGATAGATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATATCACACTCTTTATATTCTTAAAGTAGAATATGAGTATGGAAGTGCAAG
GTTTTACAAGTCTGTATTTTTTTCTCTTTCTCCATCTTGTTGAAAGAGAGATCAAGTTATAGTGCAGTCAAAGTTGTTAAGTTAGTGATATTTATTATTGACATGGCTATATAAAAAATTGGGAAGAAGTTGGTACACGATGAGCCTAAAATG