NA ----> NA

Intron 1 GTTGAGTCCA ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.29	18640	30785.5	39
A2	62.66	25785	43282.5	19
A3	63.63	26107	45678	9
A4	63.3	25417	43839	19
A5	66.92	27495	55627.5	14
A6	50.13	717	721	130
A7	46.79	432	380	108
A8	49.38	376	367	101
A9	44.19	467	370	101
A10	48.34	423	396	82

>TRINITY_DN110543_c1_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

GATGCAGCATTGCCCAGATAAACTTGATCTTATCTGAGCGGTTTCCCTGTTCGTGGTCTCTGTGGGGAGAGGGGCTTGTCGAATGAGTGAAGCCATGTTGCCGCCGCTATTTCTTGCGGCCATGGTAGCTAGCTTGCATCTATCCGAAACCCTGGCCCTCCCTTCAGATGTGCCTGCCACAGGAATATGAGCCGCTGTGA
CGACTGCCCGCGAGAGCTTTAGCCGTGCTGTTTCCTCCACATTCGTGCCCTTCAAGCGCTTTGTATAAAAGAATGGCCCAGGTTTCTTGCCCCATAGGTGATCCGGATAATCTGTTGATTGTCAATACTATGCACATAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGATTTAAGGCTCAGGTTTTGATTAATTACCA
TGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAG
CCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATATATATATATACTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAG
TCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGGATGATAGGAGATGATTAATGTTTATATAAATTATATGGTTGGTAGAATGCAATATACATTTGCTATATCTGAACACAGTTTCAGTTATGGACTGGAAATCTTTGAATGTACTAACTTTCTCCAATTTGAACCTATGCCATAAGAGGAAACACATGTATAAAAGAATGGCACA
GGTTTAGATGATTCGAATGATCTGTTGATTGCTAATGCTATGCACGCAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGGTTCAAGGCTCATGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAG
AATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTT
GAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATATATATATATACTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAGTCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGGATGATAGGAGATGATTAATGTTTATATAAATT

>TRINITY_DN110543_c1_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATGCAGCATTGCCCAGATAAACTTGATCTTATCTGAGCGGTTTCCCTGTTCGTGGTCTCTGTGGGGAGAGGGGCTTGTCGAATGAGTGAAGCCATGTTGCCGCCGCTATTTCTTGCGGCCATGGTAGCTAGCTTGCATCTATCCGAAACCCTGGCCCTCCCTTCAGATGTGCCTGCCACAGGAATATGAGCCGCTGTGA
CGACTGCCCGCGAgttgagtccatgtatatctgggcaatgctgcatccgcgggctcacccacttatcaaaattttaaactgaaagttttccgttttctttgtagaaatatttcgtgccaccgtatgttttggattgattgttattttggctttgtttgcagGAGCTTTAGCCGTGCTGTTTCCTCCACATTCGTGCCCTT
CAAGCGCTTTGTATAAAAGAATGGCCCAGGTTTCTTGCCCCATAGGTGATCCGGATAATCTGTTGATTGTCAATACTATGCACATAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGATTTAAGGCTCAGGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATAT
GGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAA
GAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATATATATATATACTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAGTCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGGATGATAGGAGATGATTAATGTTTA
TATAAATTATATGGTTGGTAGAATGCAATATACATTTGCTATATCTGAACACAGTTTCAGTTATGGACTGGAAATCTTTGAATGTACTAACTTTCTCCAATTTGAACCTATGCCATAAGAGGAAACACATGTATAAAAGAATGGCACAGGTTTAGATGATTCGAATGATCTGTTGATTGCTAATGCTATGCACGCAGTGC
CTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGGTTCAAGGCTCATGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTG
TCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATATATATATA
TACTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAGTCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGGATGATAGGAGATGATTAATGTTTATATAAATT

Intron 2 GTATATATGC ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.98	8	2	39
A2	85.71	3	0	18
A3	69.23	4	0	9
A4	79.17	5	1	19
A5	93.33	1	0	14
A6	73.45	47	0	130
A7	71.52	43	1	108
A8	84.17	19	2	101
A9	65.16	54	2	101
A10	83	17	0	83

>TRINITY_DN42345_c1_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AACGAGAGTAAACAAACTCACGCAAACCGCCACGATTCTGAGTTAACGAACTTTTGACCACGGTTAGGTTAGGTTAGGGCAAGGGTCAGAGCAGAGAGCGGGAGCTTTAGCCGTGCTGTTTCCTCCACATTCGTACCCTTCAAGCGCTTTGGCCCAGGTTTCTTGCCCCATAGGTGATCCGGATAATCTGTTGATTGTCA
ATACTATGCACATAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGATTTAAGGCTCAGGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGT
TGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATA
TATATATATATATATATTGGTCTCTAGAAGAAAATAT

>TRINITY_DN42345_c1_g2_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AACGAGAGTAAACAAACTCACGCAAACCGCCACGATTCTGAGTTAACGAACTTTTGACCACGGTTAGGTTAGGTTAGGGCAAGGGTCAGAGCAGAGAGCGGgtatatatgcctaccttgtccccctctcgaaattgttaaacttgatcttatctgagcggtttccctgttcgtggtctctgtggggagaagggcttgtcg
aatgagtgaagccatgttgccgccgctatttcttgcggccatggtagctagcttgcatctatccgaaaccctggccctcccttcagatgtgcctgccacaggaatatgagccgctgtgacgactgcccgcgagttgagtccatgtatatctgggcaatgctgcatccgcgggctcacccacttatcaaaattttaaactg
aaaattttctgctttctctgtacaaaatatttcgtgctatcgtatgttttggattgattgttattttggctttgtttgcagGAGCTTTAGCCGTGCTGTTTCCTCCACATTCGTGCCCTTCAAGCGCTTTGTATAAAAGAATGGCCCAGGTTTCTTGCCCCATAGGTGATCCGGATAATCTGTTGATTGTCAATACTATG
CACATAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGATTTAAGGCTCAGGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACAT
GACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATA
TATATATATTGGTCTCTAGAAGAAAATAT

Intron 3 GTATATCTGG ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.59	10438.3	21969.5	31
A2	75.52	15294.8	31965.5	15.5
A3	75.58	16344.5	34304.8	7.5
A4	75.51	15570.8	32532	14.5
A5	75.65	20871.5	44074.8	12.5
A6	62.77	393.5	537.3	93
A7	58.18	238.3	280.5	80
A8	62.44	208	288.8	79.5
A9	55.08	253.3	264	66.3
A10	62.12	220	294.5	64.5

>TRINITY_DN103678_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TCTTATCTGAGCGGTTTCCCTGTTCGTGGTCTCTGTGGGGAGAAGGGCTTGTCGAATGAGTGAAGCCATGTTGCCGCCGCTATTTCTTGCGGCCATGGTAGCTAGCTTGCATCTATCCGAAACCCTGGCCCTCCCTTCAGATGTGCCTGCCACAGGAATATGAGCCGCTGTGACGACTGCCCGCGAGTTGAGTCCATGAG
CTTTAGCCGTGCTGTTTCCTCCACATTCGTGCCCTTCAAGCGCTTTGTATAAAAGAATGGCCCAGGTTTCTTGCCCCATAGGTGATCCGGATAATCTGTTGATTGTCAATACTATGCACATAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGATTTAAGGCTCAGGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTAT
GGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGA
AAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATACTCTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAGTCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAG
CGGG

>TRINITY_DN103678_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCTTATCTGAGCGGTTTCCCTGTTCGTGGTCTCTGTGGGGAGAAGGGCTTGTCGAATGAGTGAAGCCATGTTGCCGCCGCTATTTCTTGCGGCCATGGTAGCTAGCTTGCATCTATCCGAAACCCTGGCCCTCCCTTCAGATGTGCCTGCCACAGGAATATGAGCCGCTGTGACGACTGCCCGCGAGTTGAGTCCATgta
tatctgggcaatgctgcatccgtgggctcacccacttatcaaaattttaaactgaaaattttctgctttctctgtacaaaatatttcgtgctatcgtatgttttggattgattgttattttggctttgtttgcagGAGCTTTAGCCGTGCTGTTTCCTCCACATTCGTGCCCTTCAAGCGCTTTGTATAAAAGAATGGCC
CAGGTTTCTTGCCCCATAGGTGATCCGGATAATCTGTTGATTGTCAATACTATGCACATAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGATTTAAGGCTCAGGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGA
AGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATC
TGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATACTCTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAGTCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGG

Intron 4 GTTGAGTCCA ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.29	18637.3	30785.8	35
A2	62.67	25784.3	43284.8	16.8
A3	63.63	26105.5	45678.5	8.3
A4	63.3	25416.8	43840.5	16.8
A5	66.92	27494.3	55630.3	13.3
A6	50.67	712.3	732	111.5
A7	47.34	428.8	385.5	94
A8	50.1	371	372.5	90.3
A9	44.9	462.8	377.3	83.5
A10	48.94	420.3	403	73.8

>TRINITY_DN110543_c1_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

GATGCAGCATTGCCCAGATAAACTTGATCTTATCTGAGCGGTTTCCCTGTTCGTGGTCTCTGTGGGGAGAGGGGCTTGTCGAATGAGTGAAGCCATGTTGCCGCCGCTATTTCTTGCGGCCATGGTAGCTAGCTTGCATCTATCCGAAACCCTGGCCCTCCCTTCAGATGTGCCTGCCACAGGAATATGAGCCGCTGTGA
CGACTGCCCGCGAGAGCTTTAGCCGTGCTGTTTCCTCCACATTCGTGCCCTTCAAGCGCTTTGTATAAAAGAATGGCCCAGGTTTCTTGCCCCATAGGTGATCCGGATAATCTGTTGATTGTCAATACTATGCACATAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGATTTAAGGCTCAGGTTTTGATTAATTACCA
TGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAG
CCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATATATATATATACTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAG
TCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGGATGATAGGAGATGATTAATGTTTATATAAATTATATGGTTGGTAGAATGCAATATACATTTGCTATATCTGAACACAGTTTCAGTTATGGACTGGAAATCTTTGAATGTACTAACTTTCTCCAATTTGAACCTATGCCATAAGAGGAAACACATGTATAAAAGAATGGCACA
GGTTTAGATGATTCGAATGATCTGTTGATTGCTAATGCTATGCACGCAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGGTTCAAGGCTCATGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAG
AATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTT
GAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATATATATATATACTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAGTCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGGATGATAGGAGATGATTAATGTTTATATAAATT

>TRINITY_DN110543_c1_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATCTTATCTGAGCGGTTGCCCTGTTCGCGGTCTCTGTGGGGAGAAGGGGTTGTCGAATGAGTGAAGCCATGTTGCCGCCGCTATTTCTTGCGGCCATGGTAGCTAGCTTGCATATATCCGAAACCCTAACCCTCCCTTCAGATGTGCCTGCCACAGGCATATAAACCGCTGTGACGACTGCCCGCGAgttgagtccatgt
atatctgggcaatgctgcatccgcgggctcacccacttatcaaaattttaaactgaaaattttctgctttctctgtacaaaatatttcgtgctatcgtatgttttggattgattgttattttggctttgtttgcagGAGCTTTAGCCGTGCTGTTTCCTCCACATTCGTGCCCTTCAAGCGCTTTGTATAAAAGAATGGC
CCAGGTTTCTTGCCCCATAGGTGATCCGGATAATCTGTTGATTGTCAATACTATGCACATAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAAAGGATTTAAGGCTCAGGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGG
AAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGCATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAAT
CTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATATATATATATACTAAATTCAGTTCTCATGCAATTGAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAGTCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGGATGATAGGAGATGATTAATGTTTATATAAATTATATGGTTGGTAGAATG
CAATATACATTTGCTATATCTGAACACAGTTTCAGTTATGGACTGGAAATCTTTGAATGTACTAACTTTCTCCAATTTGAACCTATGCCATAAGAGGAAACACATGTATAAAAGAATGGCACAGGTTTAGATGATTCGAATGATCTGTTGATTGCTAATGCTATGCACGCAGTGCCTGAATAATCTTGAAGAACCCTAAA
AGGGTTCAAGGCTCATGTTTTGATTAATTACCATGATTTCAGGTTCTATGGTAGTACATAATAGACCTCTTTCTGTTGTTTATATGGGAGTGAAAAGTAAGGGTTTCAGGAAGTGCTTGCCAGAATGAAGGGATCTTGAATATCTTTATAAAATGGTTGTTACATGACATTCTTGTCTGGTTTCTCCTATATATGTAAGC
ATTCATTTTGACCTGTGGTAATTTGATGTGCAGCCCAGACATTTGTAGAAAGTTGTAGAAGTTAAAAAATGATTTTGTATTACAAGAACTACGAGTATGTGTGACATAATCTGTATTTGAGTTGAAATTTCTCAGCAAGATTGCCATTAATAATATATATATATATATATATATATACTAAATTCAGTTCTCATGCAATT
GAGGACATAATATCAACGGTTAACAACATTTAGTCCTAAAACCGGGGAAGGAGAAAGCGGGATGATAGGAGATGATTAATGTTTATATAAATT