sp|Q9MA87|OFT23_ARATH ----> O-fucosyltransferase 23

Intron 1 GTGAGTGACC ... ACGTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.36	39	1	17
A2	27.27	32	0	12
A3	24.39	62	0	20
A4	23.21	43	0	13
A5	12.5	28	0	4
A6	28.47	98	0	39
A7	20.34	231	2	59
A8	23.89	86	1	27
A9	23.33	299	4	91
A10	19.54	280	0	68

>TRINITY_DN45096_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CAACAAGCCCATAATTTATTGGAGCCCACTCACCTGCTCTTTTGCTGTTTGTTTGGTTCTGGACTTGCCTATCAATGATCATCACTTCAAATTTCTTTAAAGTAAAAGAGACTTCTGGATTACGGAGGGGTCTACGCTTCGATTCCCAACACGTCCAAAATCGATACGCGTTGTATACTTACCAGCTGGATTACGACGAC
TGATGCCTCTTGTATTGTATGCTCCGCCTTCTGAAACACCAAGCATGCTGCCATGCACAAACTGAAAGTGACGCTTACAGGTTGTATTCATGTCGCCCATGCCCATGCCCATGCCCTTCATGTCCAGAGTATTCCAAATAAAGAAAGCCAAAACTAGTTCCATGACGAATGCTGCAGCCAAAACGAAGACGAAGGAGGAT
GAGAGGTCCTCCTGTGTAGAGGATACAGCGGGATTCTTGAGAGTCATGGCTTACAGATGGGTTCTCCTCCTCTTCTCATGTCTTCTTCTTTCCAGATTTCTCACGCTTGCACAGCTAAGAGACCTCGGGCTCGCATATCAACATTGGAGGCCGAATCCCACCAGTTCCAGATTGAGCATGCCCAAGGCAGGTGTTAGAGA
TGATAAGTTTATGGAAGTTCCTCAAATCGTCTGGGGTCTTAATAATCAGAAGATCGCCCTCGCCAGAGCGGCCTTGACGGCCAGAATATTGAACCGGACTCTCCTCATGCCCAACCTCAGCGCCTCGCTCTTCTACAAAGAGACCGACCTTCTTGAGCCCCTCGGTTTCGATCAGCTGTTCTCCCTCGATCGTTTCAATT
CTTTCTGCCATGGCTTCGTTCGCATAAGCCGCATGAATTCGGGCATGTTTTCCGATGTTTTCGTTGTGGCTAAAGGGAACGGACGGCGGTGGACGGCTGAGAGGGATATGGCACAGCTGGAAGAATGCAGCAGCCCTGAGATCGATCAGCATACCGTTATTAAGTTGGAGGGTAAGCACCCTTTTCTTTGGCACGACCAC
TGGCCTGTCGTTGATTATGCCAGAGTCTTTGAATGTCTGGTTCTTGTCGATAATTTGTCTGCCGAAGTCTCCAGAGTTGTATCCAAGCTCAAGAGCTTGAGCTCTCCTGCTGGAATTGATGATAACAAAATACGAATGAGCCCATTCATGTTTCAGCCCAAATATGTGGCGGTCCATATGAGAATTGAGAAAGATTGGAT
GATCCATTGCAAGAAGCTGGAGATTAGGTCCAAAGCTAGAAATGGCAAGGACTTGAGAATTTGCAGTAGCAAGGAGGAAATAATGACGAGGGTTGCTAAGATTCCTGGACTGGAGAAACCCTCTGTTGTTTATCTGGCTGTTGCAGATGATCTTCTGGAGGATAAGACGCTGTTGGAGGGATGGAGTGGCTTCTTAGCCC
CTTATGAAAAGAAGAAACTGGGTGTGCTGGATATCTACTCTAAGTATCCTTATCTAATTCAATCTGCAATTGATTATGAAGTATGCCTGCAGGCTGACACATTCGTGGGCAATAGCTTTTCTACATTTTCGAGTCTCATAGTGTTGCAGAGGACCATGAGAATGAATAGGGCCCAGGATTGTGAAGGTTCCGCCATGGCT
TCTTATGCTTACAACATTGAAGGTCCAGCAGGAGAACCTAAAAGATGGGCGACCAACATGTCGGATTTGAGCCTTGTTGCTATTAGCTATGGATCTAATGAGGTCTCTTGCTTGTGAAAATATTACAACAAGAGGTTCAAATTTTTTCAGATACAGACTTGAATCTCAACAGCAATGCGATTCCATGTACTTTTTTGTAA
GCTATGTACGCTACAAAGAAATTGCCTGCTCTTGGGGAATGGAAGGCTACAGAGTTATTTTCTCTCAGCCAGAAATGGAATATCCTTGTGAACCATTTTTTCACATGCTGCCCAAATGAGATAAAACACCTCTTGCAGAAGCTTACAGTTTATATAGAATCCGGGCATCTGATTTCTCCAAGCGTAAGATGGGTTTCTGT
GTTTGAAATACAGCCACTGAAACAGCTAATTTGATCTAAATGTTTATGTGCATTTTCTATGATTCTTGTTCAGGATGATACTATTCATATATGATCTGATATATTTTTAACAGACACTGGAAGATTGATAATGCCTTAAGACTAATGGCTGTTGTTCAAACAAATTGTTATATACAATGATGTGGGTAAGAACCACTATT
GTTAAATTGGGTCCATATTTATATTAGAATTAATCCAGTTTGTTCTTGAAGATGGTCATTGTAAGCTTGAATTTTTATTTTTGGCAATTCCATACACAAAACTAAATGGTTTGATTCTTGAAACCTTAACAACAGCAAACCCAGCCTGTCTTTCCAATGCATCTGGGTACTTTGAATTGTAATAGAAAGGATTGCTTGCT
CTACTAGTTGATCAGAGACCGAAGTTCTTATTTTTCCTGTAAAAGCCATTGAATCGAAGGGATTAGTGAAGAGTTTAAACAGCACTGTGGTTAAACTCTGCATATCTAAAGTATTTATAACTGTGGGGTATAGCAGACTGCATTTTTTTATTCCAAATGCCAAAACTAAGTTGTACGAGGTAGTGATTTGTTCAAGATTC
TCAAACTTATTGGACATTGATGTCAAACTTTAACTGGAAAGACATCTGCAAGTCGATCTATATATGATTAATCAAAATTGTCCGAGTACTTCTGAATCATTTGCATTAAAAAATTCGAATGTCCCTGG

>TRINITY_DN45096_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTTAAAGTAAAAGAGACTTCTGGgtgagtgacctaattattataagttctttttttcctcgtaagttcttttttttttaatttggacgatctgagattttgaaaattttcaagattctaggaaaattttctttaccccaaaaattctgatttctgttctgaatcgataagtaagattattataattatttgcaagctgta
tacagttttattggatttgacatgacgtatacagATTACGGAGGGGTCTACGCTTCGATTCCCAACACGTCCAAAATCGATACGCGTTGTATACTTACCAGCTGGATTACGACGACTGATGCCTCTTGTATTGTATGCTCCGCCTTCTGAAACACCAAGCATGCTGCCATGCACAAACTGAAAGTGACGCTTACAGGTTG
TATTCATGTCGCCCATGCCCATGCCCATGCCCTTCATGTCCAGAGTATTCCAAATAAAGAAAGCCAAAACTAGTTCCATGACGAATGCTGCAGCCAAAACGAAGACGAAGGAGGATGAGAGGTCCTCCTGTGTAGAGGATACAGCGGGATTCTTGAGAGTCATGGCTTACAGATGGGTTCTCCTCCTCTTCTCATGTCTT
CTTCTTTCCAGATTTCTCACGCTTGCACAGCTAAGAGACCTCGGGCTCGCATATCAACATTGGAGGCCGAATCCCACCAGTTCCAGATTGAGCATGCCCAAGGCAGGTGTTAGAGATGATAAGTTTATGGAAGTTCCTCAAATCGTCTGGGGTCTTAATAATCAGAAGATCGCCCTCGCCAGAGCGGCCTTGACGGCCAG
AATATTGAACCGGACTCTCCTCATGCCCAACCTCAGCGCCTCGCTCTTCTACAAAGAGACCGACCTTCTTGAGCCCCTCGGTTTCGATCAGCTGTTCTCCCTCGATCGTTTCAATTCTTTCTGCCATGGCTTCGTTCGCATAAGCCGCATGAATTCGGGCATGTTTTCCGATGTTTTCGTTGTGGCTAAAGGGAACGGAC
GGCGGTGGACGGCTGAGAGGGATATGGCACAGCTGGAAGAATGCAGCAGCCCTGAGATCGATCAGCATACCGTTATTAAGTTGGAGGGTAAGCACCCTTTTCTTTGGCACGACCACTGGCCTGTCGTTGATTATGCCAGAGTCTTTGAATGTCTGGTTCTTGTCGATAATTTGTCTGCCGAAGTCTCCAGAGTTGTATCC
AAGCTCAAGAGCTTGAGCTCTCCTGCTGGAATTGATGATAACAAAATACGAATGAGCCCATTCATGTTTCAGCCCAAATATGTGGCGGTCCATATGAGAATTGAGAAAGATTGGATGATCCATTGCAAGAAGCTGGAGATTAGGTCCAAAGCTAGAAATGGCAAGGACTTGAGAATTTGCAGTAGCAAGGAGGAAATAAT
GACGAGGGTTGCTAAGATTCCTGGACTGGAGAAACCCTCTGTTGTTTATCTGGCTGTTGCAGATGATCTTCTGGAGGATAAGACGCTGTTGGAGGGATGGAGTGGCTTCTTAGCCCCTTATGAAAAGAAGAAACTGGGTGTGCTGGATATCTACTCTAAGTATCCTTATCTAATTCAATCTGCAATTGATTATGAAGTAT
GCCTGCAGGCTGACACATTCGTGGGCAATAGCTTTTCTACATTTTCGAGTCTCATAGTGTTGCAGAGGACCATGAGAATGAATAGGGCCCAGGATTGTGAAGGTTCCGCCATGGCTTCTTATGCTTACAACATTGAAGGTCCAGCAGGAGAACCTAAAAGATGGGCGACCAACATGTCGGATTTGAGCCTTGTTGCTATT
AGCTATGGATCTAATGAGGTCTCTTGCTTGTGAAAATATTACAACAAGAGGTTCAAATTTTTTCAGATACAGACTTGAATCTCAACAGCAATGCGATTCCATGTACTTTTTTGTAAGCTATGTACGCTACAAAGAAATTGCCTGCTCTTGGGGAATGGAAGGCTACAGAGTTATTTTCTCTCAGCCAGAAATGGAATATC
CTTGTGAACCATTTTTTCACATGCTGCCCAAATGAGATAAAACACCTCTTGCAGAAGCTTACAGTTTATATAGAATCCGGGCATCTGATTTCTCCAAGCGTAAGATGGGTTTCTGTGTTTGAAATACAGCCACTGAAACAGCTAATTTGATCTAAATGTTTATGTGCATTTTCTATGATTCTTGTTCAGGATGATACTAT
TCATATATGATCTGATATATTTTTAACAGACACTGGAAGATTGATAATGCCTTAAGACTAATGGCTGTTGTTCAAACAAATTGTTATATACAATGATGTGGGTAAGAACCACTATTGTTAAATTGGGTCCATATTTATATTAGAATTAATCCAGTTTGTTCTTGAAGATGGTCATTGTAAGCTTGAATTTTTATTTTTGG
CAATTCCATACACAAAACTAAATGGTTTGATTCTTGAAACCTTAACAACAGCAAACCCAGCCTGTCTTTCCAATGCATCTGGGTACTTTGAATTGTAATAGAAAGGATTGCTTGCTCTACTAGTTGATCAGAGACCGAAGTTCTTATTTTTCCTGTAAAAGCCATTGAATCGAAGGGATTAGTGAAGAGTTTAAACAGCA
CTGTGGTTAAACTCTGCATATCTAAAGTATTTATAACTGTGGGGTATAGCAGACTGCATTTTTTTATTCCAAATGCCAAAACTAAGTTGTACGAGGTAGTGATTTGTTCAAGATTCTCAAACTTATTGGACATTGATGTCAAACTTTAACTGGAAAGACATCTGCAAGTCGATCTATATATGATTAATCAAAATTGTCCG
AGTACTTCTGAATCATTTGCATTAAAAAATTCGAATGTCCCTGG

Intron 2 GTCTCTTGCA ... AACTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.5	84	192	88
A2	56.85	74	143	52
A3	59.72	86	191	64
A4	52.82	67	112	38
A5	58.39	31	58	29
A6	64.02	559	1265	724
A7	64.84	491	1166	645
A8	66.18	711	1715	1067
A9	65.91	476	1170	671
A10	65.27	327	842	387

>TRINITY_DN100961_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GTCGCCTACCAGCTGGTTCTGGTTCTACGTTTTTTCAATCGAGAAAATCGGCTATGGACTTTCATAGAGTCAACTAAAATAATTTATCCAAAAACATCATTCTAGATGGTCCCCAAAAATCCTTGGTCTTTCTTTACAATGTGGGGTCACGCAATGTGACAAAGAGAGTGTTTGAATCTATATATATATTACTGCATGAT
CATGGAGATTCTTACTGTTATTTCCAAGCTGTCTACAGTTCATTTGATTTCATAATCCATGTGCAGATTGGCGGAGAGGTTTACGCATCGATTCCCACAACGATCGTTTAGGATCGAAAATATACTTGCCAGCTGGATTATGACGGCTGATTCTTCTTTGAATTCTCCGCCAGTTGATTCGTCTTTGAATTCTCCGCCAG
TCCAAGTAGACAGCCAGCATGCAGAAACAAAAAACATACACTTCCAGGTAGGACTCATGGCGGCCATACCTACACTGGCGGCTTCGGACTTGATGCTTTCTTGATTTCAACTCAAGAAAACCAACACAAGTTGCACAATGGTTGCAGCCAAGACGAAGGAAGAGGAGAGGTCCTCTAGTGTTGAGAATAGTACAGCGGGG
TTCATGAGACTTACGGTTTACAGATGGGTTCTCCTGTTAGTCTCATGTCTTCTCCTTTCCAGAATTCTCACGCTTACACAGCTAAAAGATATCAGCGGCTTATATCACCAATGGGCGCTGGATCCCACCTCTTCCCGATTGATCATGCGGGTTACGGATGTTAGAAATGATAAGTTTCTTGAAGTTCCGCAGATCGTATG
GGGTCTCAACAATCAGAAGATTGCCCTCGCCAGAGCGGTCTTGACGGCAAGAAAATTGAACCGGACTCTCCTCATGCCCAACCTCAGCGCCTCGCTCTTCTACAAAGAGACCGACCTTCTCGAGCCGCTGGGATTCGATCAGCTCTTCTCCCTTCCTCGTTTCAATTCTCTCTGCAACGGCTTCGTTGGCATAAGCGGCA
TGAATTCAGGCATGTTTTCTGATGTTTTCGTTGTGGCCAAGGGGAGCGGGCGGCGGTGGACGGTGGAGAGGGATATGGCGCAGCTGGAAGAATGCAGCAGCCCTGAGATCGATCAGCATACCGTTATTAAGTTGGAGGGTAAGCACCCTTTTCTTTGGCATGACCACTGGCCTGTCGTTGATTATGCCAGAGTCTTTGAA
TGCCTGGTTCTTGTCGATAATTTGTCTGCCGAAGTCTCCAGAGTTGTATCCAAGATCAAGAGCTTGAGCTCTCCTCCTGGAATGGAAAATAACAAAATACGGATGAGTCCCTTCATGTTTCAACCCAAATATGTGGCGGTCCATATGAGAATTGAGAAAGATTGGATGATCCATTGCAAGAAGCTGGAGATGAGATCCAA
AGCTAGAGATGGAAAGGACTTGAGAATTTGTAGTAGTAAGGAGGAAATAATGAATAGGGTTGCTAACATTCCTGCACTAGAGAAGCCCTCTGTTGTTTATCTGGCTGTTGCAGATGATCTTCTGGAGGACAAGACGCTGTTGGAGGGATGGGGTGGTTTCTTGGTACCTTATGAAAAGAAAAAACTGGGTGTACTGGATA
TTTACTCGAAGTATCCCTATCTCATTCAATCTGCAATTGATTATGAAGTATGCCTACAGGCTGACATATTTGTGGGGAATAGCTTTTCTACATTTTCAAGTCTCATAGTGTTGCAGAGGACCATGAGAATGAATAAGGCCCGGAATTGTGAAGGTTCCAGTATGGCTTCTTATGCTTACAACATTGAAGGTCCAGCAGGA
GAACCTAAAAGATGGGCGACCAACATGTCGGATTTGAACCTTGCTGCTATTAGCTATGGATCTAATGAGGTTGAACCCTGCAAATAAATTGCCTGATTTTGGGGGATCGAAAGCTGCTGAGGATTATTTTTTTGGTTAAAGATAGTATTTTAAATTTTTTATTGCCTCAAATTGTACGAGTAAATTTTTTTCGGTCTTGT
ACAGAAGAGCTAGAATGAAATGAGTATATCAGTCTCTGCCATTTTTTTATAAAACAACTCTTGCAGAAGCTACAGTTTATATATATCCCAGCAGCTGATTTCTCCAATCGCAATATGGGGTAAGTGTGTTTCTGTGTTTCAACAATAGCCATTGTATTAGGTCACCCGAA

>TRINITY_DN100961_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTCGCCTACCAGCTGGTTCTGGTTCTACGTTTTTTCAATCGAGAAAATCGGCTATGGACTTTCATAGAGTCAACTAAAATAATTTATCCAAAAACATCATTCTAGATGGTCCCCAAAAATCCTTGGTCTTTCTTTACAATGTGGGGTCACGCAATGTGACAAAGAGAGTGTTTGAATCTATATATATATTACTGCATGAT
CATGGAGATTCTTACTGTTATTTCCAAGCTGTCTACAGTTCATTTGATTTCATAATCCATGTGCAGATTGGCGGAGAGGTTTACGCATCGATTCCCACAACGATCGTTTAGGATCGAAAATATACTTGCCAGCTGGATTATGACGGCTGATTCTTCTTTGAATTCTCCGCCAGTTGATTCGTCTTTGAATTCTCCGCCAG
TCCAAGTAGACAGCCAGCATGCAGAAACAAAAAACATACACTTCCAGGTAGGACTCATGGCGGCCATACCTACACTGGCGGCTTCGGACTTGATGCTTTCTTGATTTCAACTCAAGAAAACCAACACAAGTTGCACAATGGTTGCAGCCAAGACGAAGGAAGAGGAGAGGTCCTCTAGTGTTGAGAATAGTACAGCGGGG
TTCATGAGACTTACGGTTTACAGATGGGTTCTCCTGTTAGTCTCATGTCTTCTCCTTTCCAGAATTCTCACGCTTACACAGCTAAAAGATATCAGCGGCTTATATCACCAATGGGCGCTGGATCCCACCTCTTCCCGATTGATCATGCGGGTTACGGATGTTAGAAATGATAAGTTTCTTGAAGTTCCGCAGATCGTATG
GGGTCTCAACAATCAGAAGATTGCCCTCGCCAGAGCGGTCTTGACGGCAAGAAAATTGAACCGGACTCTCCTCATGCCCAACCTCAGCGCCTCGCTCTTCTACAAAGAGACCGACCTTCTCGAGCCGCTGGGATTCGATCAGCTCTTCTCCCTTCCTCGTTTCAATTCTCTCTGCAACGGCTTCGTTGGCATAAGCGGCA
TGAATTCAGGCATGTTTTCTGATGTTTTCGTTGTGGCCAAGGGGAGCGGGCGGCGGTGGACGGTGGAGAGGGATATGGCGCAGCTGGAAGAATGCAGCAGCCCTGAGATCGATCAGCATACCGTTATTAAGTTGGAGGGTAAGCACCCTTTTCTTTGGCATGACCACTGGCCTGTCGTTGATTATGCCAGAGTCTTTGAA
TGCCTGGTTCTTGTCGATAATTTGTCTGCCGAAGTCTCCAGAGTTGTATCCAAGATCAAGAGCTTGAGCTCTCCTCCTGGAATGGAAAATAACAAAATACGGATGAGTCCCTTCATGTTTCAACCCAAATATGTGGCGGTCCATATGAGAATTGAGAAAGATTGGATGATCCATTGCAAGAAGCTGGAGATGAGATCCAA
AGCTAGAGATGGAAAGGACTTGAGAATTTGTAGTAGTAAGGAGGAAATAATGAATAGGGTTGCTAACATTCCTGCACTAGAGAAGCCCTCTGTTGTTTATCTGGCTGTTGCAGATGATCTTCTGGAGGACAAGACGCTGTTGGAGGGATGGGGTGGTTTCTTGGTACCTTATGAAAAGAAAAAACTGGGTGTACTGGATA
TTTACTCGAAGTATCCCTATCTCATTCAATCTGCAATTGATTATGAAGTATGCCTACAGGCTGACATATTTGTGGGGAATAGCTTTTCTACATTTTCAAGTCTCATAGTGTTGCAGAGGACCATGAGAATGAATAAGGCCCGGAATTGTGAAGGTTCCAGTATGGCTTCTTATGCTTACAACATTGAAGGTCCAGCAGGA
GAACCTAAAAGATGGGCGACCAACATGTCGGATTTGAACCTTGCTGCTATTAGCTATGGATCTAATGAGgtctcttgcatgtgaaatactatacaaccagattgtttacattttttcagattcaggtttgaatctcaataatgtgattccatgtactataactttgtagGTTGAACCCTGCAAATAAATTGCCTGATTTT
GGGGGATCGAAAGCTGCTGAGGATTATTTTTTTGGTTAAAGATAGTATTTTAAATTTTTTATTGCCTCAAATTGTACGAGTAAATTTTTTTCGGTCTTGTACAGAAGAGCTAGAATGAAATGAGTATATCAGTCTCTGCCATTTTTTTATAAAACAACTCTTGCAGAAGCTACAGTTTATATATATCCCAGCAGCTGATT
TCTCCAATCGCAATATGGGGTAAGTGTGTTTCTGTGTTTCAACAATAGCCATTGTATTAGGTCACCCGAA

Intron 3 GTAAGTTCTT ... ACGTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	17	1	17
A2	52.17	11	1	12
A3	51.28	19	3	20
A4	44.83	16	0	13
A5	50	4	0	4
A6	56.52	30	0	39
A7	48.76	62	7	59
A8	54	23	3	27
A9	48.66	96	7	91
A10	48.92	71	0	68

>TRINITY_DN41861_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

CTGGAGATGCTTCGCCCCTTGAATTAGACCGTTCACCACTCAAGTAATTTTAACGAATACGAAACGTACTTTGAAAGCGAGTTTAATTATAAATCTAAATGCAACAAGCCCATAATTTATTGGAGCCCACTCACCTGCTCTTTTGCTGTTTGTTTGGTTCTGGACTTGCCTATCAATGATCATCACTTCAAATTTCTTTA
AAGTAAAAGAGACTTCTGGGTGAGTGACCTAATTATTATAAGTTCTTTTTTTCCTCATTACGGAGGGGTCTACGCTTCGATTCCCAACACGTCCAAAATCGATACGCGTTGTATACTTACCAGCTGGATTACGACGACTGATGCCTCTTGTATTGTATGCTCCGCCTTCTGAAACACCAAGCATGCTGCCATGCACAAAC
TGAAAGTGACGCTTACAGGTTGTATTCATGTCGCCCATGCCCATGCCCATGCCCTTCATGTCCAGAGTATTCCAAATAAAGAAAGCCAAAACTAGTTCCATGACGAATGCTGCAGCCAAAACGAAGACGAAGGAGGATGAGAGGTCCTCCTGTGTAGAGGATACAGCGGGATTCTTGAGAGTCATGGCTTACAGATGGGT
TCTCCTCCTCTTCTCATGTCTTCTTCTTTCCAGATTTCTCACGCTTGCACAGCTAAGAGACCTCGGGCTCGCATATCAACATTGGAGGCCGAATCCCACCAGTTCCAGATTGAGCATGCCCAAGGCAGGTGTTAGAGATGATAAGTTTATGGAAGTTCCTCAAATCGTCTGGGGTCTTAATAATCAGAAGATCGCCCTCG
CCAGAGCGGCCTTGACGGCCAGAATATTGAACCGGACTCTCCTCATGCCCAACCTCAGCGCCTCGCTCTTCTACAAAGAGACCGACCTTCTTGAGCCCCTCGGTTTCGATCAGCTGTTCTCCCTCGATCGTTTCAATTCTTTCTGCCATGGCTTCGTTCGCATAAGCCGCATGAATTCGGGCATGTTTTCCGATGTTTTC
GTTGTGGCTAAAGGGAACGGACGGCGGTGGACGGCTGAGAGGGATATGGCACAGCTGGAAGAATGCAGCAGCCCTGAGATCGATCAGCATACCGTTATTAAGTTGGAGGGTAAGCACCCTTTTCTTTGGCACGACCACTGGCCTGTCGTTGATTATGCCAGAGTCTTTGAATGCCTGGTTCTTGTCGATAATTTGTCTGC
CGAAGTCTCCAGAGTTGTATCCAAGCTCAAGAGCTTGAGCTCTCCTGCTGGAATTGATGATAACAAAATACGAATGAGCCCATTCATGTTTCAGCCCAAATATGTGGCGGTCCATATGAGAATTGAGAAAGATTGGATGATCCATTGCAAGAAGCTGGAGATTAGGTCCAAAGCTAGAAATGGCAAGGACTTGAGAATTT
GCAGTAGCAAGGAGGAAATAATGACGAGGGTTGCTAAGATTCCTGGACTGGAGAAACCCTCTGTTGTTTATCTGGCTGTTGCAGATGATCTTCTGGAGGATAAGACGCTGTTGGAGGGATGGAGTGGCTTCTTAGCCCCTTATGAAAAGAAGAAACTGGGTGTGCTGGATATCTACTCTAAGTATCCTTATCTAATTCAA
TCTGCAATTGATTATGAAGTATGCCTGCAGGCTGACACATTCGTGGGCAATAGCTTTTCTACATTTTCGAGTCTCATAGTGTTGCAGAGGACCATGAGAATGAATAGGGCCCAGGATTGTGAAGGTTCCGCCATGGCTTCTTATGCTTACAACATTGAAGGTCCAGCAGGAGAACCTAAAAGATGGGCGACCAACATGTC
GGATTTGAGCCTTGTTGCTATTAGCTATGGATCTAATGAGGTCTCTTGCTTGTGAAAATATTACAACAAGAGGTTCAAATTTTTTCAGATACAGACTTGAATCTCAACAGCAATGCGATTCCATGTACTTTTTTGTAAGCTATGTACGCTACAAAGAAATTGCCTGCTCTTGGGGAATGGAAGGCTACAGAGTTATTTTC
TCTCAGCCAGAAATGGAATATCCTTGTGAACCATTTTTTCACATGCTGCCCAAATGAGATAAAACACCTCTTGCAGAAGCTTACAGTTTATATAGAATCCGGGCATCTGATTTCTCCAAGCGTAAGATGGGTTTCTGTGTTTGAAATACAGCCACTGAAACAGCTAATTTGATCTAAATGTTTATGTGCATTTTCTATGA
TTCTTGTTCAGGATGATACTATTCATATATGATCTGATATATTTTTAACAGACACTGGAAGATTGATAATGCCTTAAGACTAATGGCTGTTGTTCAAACAAATTGTTATATACAATGATGTGGGTAAGAACCACTATTGTTAAATTGGGTCCATATTTATATTAGAATTAATCCAGTTTGTTCTTGAAGATGGTCATTGT
AAGCTTGAATTTTTATTTTTGGCAATTCCATACACAAAACTAAATGGTTTGATTCTTGAAACCTTAACAACAGCAAACCCAGCCTGTCTTTCCAATGCATCTGGGTACTTTGAATTGTAATAGAAAGGATTGCTTGCTCTACTAGTTGATCAGAGACCGAAGTTCTTATTTTTCCTGTAAAAGCCATTGAATCGAAGGGA
TTAGTGAAGAGTTTAAACAGCACTGTGGTTAAACTCTGCATATCTAAAGTATTTATAACTGTGGGGTATAGCAGACTGCATTTTTTTATTCCAAATGCCGTAACTAAGTTGTACGAGGTAGTGATTTGTTCAAGATTCTCAAACTTATTGGACATTGATGTCAAACTTTAACTGGAAAGACATCTGCAAGTCGATCTATA
TATGATTAATCAAAATTGTCCGAGTACTTCTGAATCATTTGCATTAAAAAATTCGAATGTCCCTGGGATTTTGTTGCAGTCGACATAAAAGTAGGCCTGTTCTCATTCCAGCTTTTTCAGGCCAAGTTTTTACATTGTTGAAAAGCTGCAGCCTGCGTAATAGGGTGTTGCTTTTTTCTGTTGAATCGCCATTCGTCACA
GGAGTCAGTTTCCAGGCCATGGTTTTAAAAGCGCG

>TRINITY_DN41861_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTGGAGATGCTTCGCCCCTTGAATTAGACCGTTCACCACTCAAGTAATTTTAACGAATACGAAACGTACTTTGAAAGCGAGTTTAATTATAAATCTAAATGCAACAAGCCCATAATTTATTGGAGCCCACTCACCTGCTCTTTTGCTGTTTGTTTGGTTCTGGACTTGCCTATCAATGATCATCACTTCAAATTTCTTTA
AAGTAAAAGAGACTTCTGGGTGAGTGACCTAATTATTATAAGTTCTTTTTTTCCTCgtaagttctttttttttaatttggacgatctgagattttgaaaattttcaagattctaggaaaattttctttaccccaaaaattctgatttctgttctgaatcgataagtaagattattataattatttgcaagctgtatacag
ttttattggatttgacatgacgtatacagATTACGGAGGGGTCTACGCTTCGATTCCCAACACGTCCAAAATCGATACGCGTTGTATACTTACCAGCTGGATTACGACGACTGATGCCTCTTGTATTGTATGCTCCGCCTTCTGAAACACCAAGCATGCTGCCATGCACAAACTGAAAGTGACGCTTACAGGTTGTATTC
ATGTCGCCCATGCCCATGCCCATGCCCTTCATGTCCAGAGTATTCCAAATAAAGAAAGCCAAAACTAGTTCCATGACGAATGCTGCAGCCAAAACGAAGACGAAGGAGGATGAGAGGTCCTCCTGTGTAGAGGATACAGCGGGATTCTTGAGAGTCATGGCTTACAGATGGGTTCTCCTCCTCTTCTCATGTCTTCTTCT
TTCCAGATTTCTCACGCTTGCACAGCTAAGAGACCTCGGGCTCGCATATCAACATTGGAGGCCGAATCCCACCAGTTCCAGATTGAGCATGCCCAAGGCAGGTGTTAGAGATGATAAGTTTATGGAAGTTCCTCAAATCGTCTGGGGTCTTAATAATCAGAAGATCGCCCTCGCCAGAGCGGCCTTGACGGCCAGAATAT
TGAACCGGACTCTCCTCATGCCCAACCTCAGCGCCTCGCTCTTCTACAAAGAGACCGACCTTCTTGAGCCCCTCGGTTTCGATCAGCTGTTCTCCCTCGATCGTTTCAATTCTTTCTGCCATGGCTTCGTTCGCATAAGCCGCATGAATTCGGGCATGTTTTCCGATGTTTTCGTTGTGGCTAAAGGGAACGGACGGCGG
TGGACGGCTGAGAGGGATATGGCACAGCTGGAAGAATGCAGCAGCCCTGAGATCGATCAGCATACCGTTATTAAGTTGGAGGGTAAGCACCCTTTTCTTTGGCACGACCACTGGCCTGTCGTTGATTATGCCAGAGTCTTTGAATGCCTGGTTCTTGTCGATAATTTGTCTGCCGAAGTCTCCAGAGTTGTATCCAAGCT
CAAGAGCTTGAGCTCTCCTGCTGGAATTGATGATAACAAAATACGAATGAGCCCATTCATGTTTCAGCCCAAATATGTGGCGGTCCATATGAGAATTGAGAAAGATTGGATGATCCATTGCAAGAAGCTGGAGATTAGGTCCAAAGCTAGAAATGGCAAGGACTTGAGAATTTGCAGTAGCAAGGAGGAAATAATGACGA
GGGTTGCTAAGATTCCTGGACTGGAGAAACCCTCTGTTGTTTATCTGGCTGTTGCAGATGATCTTCTGGAGGATAAGACGCTGTTGGAGGGATGGAGTGGCTTCTTAGCCCCTTATGAAAAGAAGAAACTGGGTGTGCTGGATATCTACTCTAAGTATCCTTATCTAATTCAATCTGCAATTGATTATGAAGTATGCCTG
CAGGCTGACACATTCGTGGGCAATAGCTTTTCTACATTTTCGAGTCTCATAGTGTTGCAGAGGACCATGAGAATGAATAGGGCCCAGGATTGTGAAGGTTCCGCCATGGCTTCTTATGCTTACAACATTGAAGGTCCAGCAGGAGAACCTAAAAGATGGGCGACCAACATGTCGGATTTGAGCCTTGTTGCTATTAGCTA
TGGATCTAATGAGGTCTCTTGCTTGTGAAAATATTACAACAAGAGGTTCAAATTTTTTCAGATACAGACTTGAATCTCAACAGCAATGCGATTCCATGTACTTTTTTGTAAGCTATGTACGCTACAAAGAAATTGCCTGCTCTTGGGGAATGGAAGGCTACAGAGTTATTTTCTCTCAGCCAGAAATGGAATATCCTTGT
GAACCATTTTTTCACATGCTGCCCAAATGAGATAAAACACCTCTTGCAGAAGCTTACAGTTTATATAGAATCCGGGCATCTGATTTCTCCAAGCGTAAGATGGGTTTCTGTGTTTGAAATACAGCCACTGAAACAGCTAATTTGATCTAAATGTTTATGTGCATTTTCTATGATTCTTGTTCAGGATGATACTATTCATA
TATGATCTGATATATTTTTAACAGACACTGGAAGATTGATAATGCCTTAAGACTAATGGCTGTTGTTCAAACAAATTGTTATATACAATGATGTGGGTAAGAACCACTATTGTTAAATTGGGTCCATATTTATATTAGAATTAATCCAGTTTGTTCTTGAAGATGGTCATTGTAAGCTTGAATTTTTATTTTTGGCAATT
CCATACACAAAACTAAATGGTTTGATTCTTGAAACCTTAACAACAGCAAACCCAGCCTGTCTTTCCAATGCATCTGGGTACTTTGAATTGTAATAGAAAGGATTGCTTGCTCTACTAGTTGATCAGAGACCGAAGTTCTTATTTTTCCTGTAAAAGCCATTGAATCGAAGGGATTAGTGAAGAGTTTAAACAGCACTGTG
GTTAAACTCTGCATATCTAAAGTATTTATAACTGTGGGGTATAGCAGACTGCATTTTTTTATTCCAAATGCCGTAACTAAGTTGTACGAGGTAGTGATTTGTTCAAGATTCTCAAACTTATTGGACATTGATGTCAAACTTTAACTGGAAAGACATCTGCAAGTCGATCTATATATGATTAATCAAAATTGTCCGAGTAC
TTCTGAATCATTTGCATTAAAAAATTCGAATGTCCCTGGGATTTTGTTGCAGTCGACATAAAAGTAGGCCTGTTCTCATTCCAGCTTTTTCAGGCCAAGTTTTTACATTGTTGAAAAGCTGCAGCCTGCGTAATAGGGTGTTGCTTTTTTCTGTTGAATCGCCATTCGTCACAGGAGTCAGTTTCCAGGCCATGGTTTTA
AAAGCGCG

Intron 4 GTGAGTGACC ... ACGTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.36	39	1	17
A2	27.27	32	1	12
A3	24.39	62	2	20
A4	23.21	43	0	13
A5	12.5	28	0	4
A6	28.47	98	0	39
A7	20.34	231	7	59
A8	24.04	85.3	2.3	27
A9	23.33	299	8	91
A10	19.54	280	0	68

>TRINITY_DN45130_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CACTCACCTGCTCTTTTGCTGTTTGTTTGGTTCTGGACTTGCCTATCAATGATCATCACTTCAAATTTCTTTAAAGTAAAAGAGACTTCTGGATTACGGAGGGGTCTACGCTTCGATTCCCAACACGTCCAAAATCGATACGCGTTGTATACTTACCAGCTGGATTACGACGACTGATGCCTCTTGTATTGTATGCTCCG
CCTTCTGAAACACCAAGCATGCTGCCATGCACAAACTGAAAGTGACGCTTACAGGTTGTATTCATGTCGCCCATGCCCATGCCCATGCCCATGCCCTTCATGTCCAGAGTATTCCAAATAAAGAAAGCCAAAACTAGTTCCATGACGAATGCTGCAGCCAAAACGAAGACGAAGGAGGATGAGAGGTCCTCCTGTGTAGA
GGATACAGCGGGATTCTTGAGAGTCATGGCTTACAGATGGGTTCTCCTCCTCTTCTCATGTCTTCTTCTTTCCAGATTTCTCACGCTTGCACAGCTAAGAGACCTCGGGCTCGCATATCAACATTGGAGGCCGAATCCCACCAGTTCCAGATTGAGCATGCCCAAGGCAGGTGTTAGAGATGATAAGTTTATGGAAGTTC
CTCAAATCGTCTGGGGTCTTAATAATCAGAAGATCGCCCTCGCCAGAGCGGCCTTGACGGCCAGAATATTGAACCGGACTCTCCTCATGCCCAACCTCAGCGCCTCGCTCTTCTACAAAGAGACCGACCTTCTTGAGCCCCTCGGTTTCGATCAGCTGTTCTCCCTCGATCGTTTCAATTCTTTCTGCCATGGCTTCGTT
CGCATAAGCCGCATGAATTCGGGCATGTTTTCCGATGTTTTCGTTGTGGCTAAAGGGAACGGACGGCGGTGGACGGCTGAGAGGGATATGGCACAGCTGGAAGAATGCAGCAGCCCTGAGATCGATCAGCATACCGTTATTAAGTTGGAGGGTAAGCACCCTTTTCTTTGGCATGACCACTGGCCTGTCGTTGATTATGC
CAGAGTCTTTGAATGCCTGGTTCTTGTCGATAATTTGTCTGCCGAAGTCTCCAGAGTTGTATCCAAGATCAAGAGCTTGAGCTCTCCTCCTGGAATGGAAAATAACAAAATACGGATGAGTCCCTTCATGTTTCAACCCAAATATGTGGCGGTCCATATGAGAATTGAGAAAGATTGGATGATCCATTGCAAGAAGCTGG
AGATGAGATCCAAAGCTAGAGATGGAAAGGACTTGAGAATTTGTAGTAGTAAGGAGGAAATAATGAATAGGGTTGCTAACATTCCTGCACTAGAGAAGCCCTCTGTTGTTTATCTGGCTGTTGCAGATGATCTTCTGGAGGACAAGACGCTGTTGGAGGGATGGGGTGGTTTCTTGGTACCTTATGAAAAGAAAAAACTG
GGTGTACTGGATATTTACTCGAAGTATCCCTATCTCATTCAATCTGCAATTGATTATGAAGTATGCCTACAGGCTGACATATTTGTGGGGAATAGCTTTTCTACATTTTCAAGTCTCATAGTGTTGCAGAGGACCATGAGAATGAATAAGGCCCGGAATTGTGAAGGTTCCAGTATGGCTTCTTATGCTTACAACATTGA
AGGTCCAGCAGGAGAACCTAAAAGATGGGCGACCAACATGTCGGATTTGAACCTTGCTGCTATTAGCTATGGATCTAATGAGGTCTCTTGCATGTGAAATACTATACAACCAGATTGTTTACATTTTTTCAGATTCAGGTTTGAATCTCAATAATGTGATTCCATGTACTATAACTTTGTAGGTTGAACCCTGCAAATAA
ATTGCCTGATTTTGGGGGATCGAAAGCTGCTGAGGATTATTTTTTTGGTTAAAGATAGTATTTTAAATTTTTTATTGCCTCAAATTGTACGAGTAAATTTTTTTCGGTCTTGTACAGAAGAGCTAGAATGAAATGAGTATATCAGTCTCTGCCATTTTTTTATAAAACAACTCTTGCAGAAGCTACAGTTTATATATATC
CCAGCAGCTGATTTCTCCAATCGCAATATGGGGTAAGTGTGTTTCTGTGTTTCAACAATAGCCATTGTATTAGGCCA

>TRINITY_DN45130_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CACTCACCTGCTCTTTTGCTGTTTGTTTGGTTCTGGACTTGCCTATCAATGATCATCACTTCAAATTTCTTTAAAGTAAAAGAGACTTCTGGgtgagtgacctaattattataagttctttttttcctcgtaagttctttttttttaatttggacgatctgagattttgaaaattttcaagattctaggaaaattttctt
taccccaaaaattctgatttctgttctgaatcgataagtaagattattataattatttgcaagctgtatacagttttattggatttgacatgacgtatacagATTACGGAGGGGTCTACGCTTCGATTCCCAACACGTCCAAAATCGATACGCGTTGTATACTTACCAGCTGGATTACGACGACTGATGCCTCTTGTATT
GTATGCTCCGCCTTCTGAAACACCAAGCATGCTGCCATGCACAAACTGAAAGTGACGCTTACAGGTTGTATTCATGTCGCCCATGCCCATGCCCATGCCCATGCCCTTCATGTCCAGAGTATTCCAAATAAAGAAAGCCAAAACTAGTTCCATGACGAATGCTGCAGCCAAAACGAAGACGAAGGAGGATGAGAGGTCCT
CCTGTGTAGAGGATACAGCGGGATTCTTGAGAGTCATGGCTTACAGATGGGTTCTCCTCCTCTTCTCATGTCTTCTTCTTTCCAGATTTCTCACGCTTGCACAGCTAAGAGACCTCGGGCTCGCATATCAACATTGGAGGCCGAATCCCACCAGTTCCAGATTGAGCATGCCCAAGGCAGGTGTTAGAGATGATAAGTTT
ATGGAAGTTCCTCAAATCGTCTGGGGTCTTAATAATCAGAAGATCGCCCTCGCCAGAGCGGCCTTGACGGCCAGAATATTGAACCGGACTCTCCTCATGCCCAACCTCAGCGCCTCGCTCTTCTACAAAGAGACCGACCTTCT