sp|Q40588|ASO_TOBAC ----> L-ascorbate oxidase

Intron 1 GTAAGATAAA ... ATTATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.09	46.9	24	26.6
A2	41.49	22.6	20	12
A3	67.68	12.7	25	28
A4	49.82	23.7	23	24
A5	65.4	8	12.1	18.3
A6	21.74	9	5	0
A7	27.78	13	5	5
A8	33.5	7	4	3
A9	27.11	9.4	5	2
A10	27.27	16	12	0

>TRINITY_DN127489_c6_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAGAGACTCGTTCAAAATTAGAAGGGAGAATCCAGAAAAAGCTATTACCGTTGGAGGGCGAATTCCGAAAACTCTGTTACCGTTGGAGAACCATGTTATCACATTATAAATGGAGTCTTGCCATTGGAGAGAGTCCGTCTGTTTGAGTTCTTATTATTTCTCGGCTTTACTGTTTCCTATTATTTTTTATTTAGTTTC
TTGCATGAATTTACCTGTGTACATATTTTTGCAAGGAATAGGAGCTTTGTTTGTTTAATCTATTGTTTTTTCTAGGTTATTGGCTGGTAACTTACTTGATTAGTTTTGCTGTTTGGCTTATTTGCAGTCTTTTACTTTTTGCACTCTGGTTTTGATTTTGCATATGTATGGATCGTGTTACATTTCATTCGTTTTCGTTT
TTTCTAATGTTTCCCTTTGGTTTTACAATTTCTTCTAATATTTTGGCATGGATAAATGTGTTTATGGTTTTGCAACGAATGAAAGAAAAGATTCTTGGAGCATCTATCTTATTGTGGATCAGGTTGTTTTGATTATATGCACATATAGTTCTGTCCGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAA
AGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGGTAAGTTCGATTACCATGACGTTTTATTTTTTGTTTTGCAAAATATAAAATTCCAGAGGTTTTGATGGTCTTGGTATCTGTTAGCCTAGATTCAAAGTTAGTGATTAATTTTTTTTAACTTGGCCATGTATGAACATGTACAAATTACTTAGCCATACTCCAGTGATAAAACCTATA
TAAAAACATAATTCACATTAATATATCGGGCTTCCCCATCTAAGAAATCACTATTAGCTTATCTGTGTGAAAGGGATTTTGTGGAAAGCTGCCTGTTCTCAATATATTGAGAAAACTAGAGCAATACCTATTGACCTAGATATTGCACAATATGTTCCCATACCCTAACAGAAGATTCAAAAAATAATGGCGTATCCGAT
TTCTTTCCTGCTGATCTGCTCTTCTGTTTCAGGTGGGAAGTTAATTCTTAAATCAGATCGGAAAAAGGTAGGTATTGTGAGAAGAAAGGGCCGTGGAAAGAAATCCCCCAATCCAATAATAGCCCTAGAAGGAAGTCCTATGTATGCAACGGAGTGTTTTCTTGCTGCTTCCGCTTCGCCTCTTCTTAATTTCAGATTCG
GGGTTAGAGTACTAG

>TRINITY_DN127489_c6_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAGAGACTCGTTCAAAATTAGAAGGGAGAATCCAGAAAAAGCTATTACCGTTGGAGGGCGAATTCCGAAAACTCTGTTACCGTTGGAGAACCATGTTATCACATTATAAATGGAGTCTTGCCATTGGAGAGAGTCCGTCTGTTTGAGTTCTTATTATTTCTCGGCTTTACTGTTTCCTATTATTTTTTATTTAGTTTC
TTGCATGAATTTACCTGTGTACATATTTTTGCAAGGAATAGGAGCTTTGTTTGTTTAATCTATTGTTTTTTCTAGGTTATTGGCTGGTAACTTACTTGATTAGTTTTGCTGTTTGGCTTATTTGCAGTCTTTTACTTTTTGCACTCTGGTTTTGATTTTGCATATGTATGGATCGTGTTACATTTCATTCGTTTTCGTTT
TTTCTAATGTTTCCCTTTGGTTTTACAATTTCTTCTAATATTTTGGCATGGATAAATGTGTTTATGGTTTTGCAACGAATGAAAGAAAAGATTCTTGGAGCATCTATCTTATTGTGGATCAGgtaagataaacgattatttcaatatcctggttttctttgcttttcaatgaaaaaatttaatgaaaacccttgaaatta
tgacagGTTGTTTTGATTATATGCACATATAGTTCTGTCCGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAAAGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGGTAAGTTCGATTACCATGACGTTTTATTTTTTGTTTTGCAAAATATAAAATTCCAGAGGTTTTGATGGTCTTGGTATCTGTTAGCCTAGATTC
AAAGTTAGTGATTAATTTTTTTTAACTTGGCCATGTATGAACATGTACAAATTACTTAGCCATACTCCAGTGATAAAACCTATATAAAAACATAATTCACATTAATATATCGGGCTTCCCCATCTAAGAAATCACTATTAGCTTATCTGTGTGAAAGGGATTTTGTGGAAAGCTGCCTGTTCTCAATATATTGAGAAAAC
TAGAGCAATACCTATTGACCTAGATATTGCACAATATGTTCCCATACCCTAACAGAAGATTCAAAAAATAATGGCGTATCCGATTTCTTTCCTGCTGATCTGCTCTTCTGTTTCAGGTGGGAAGTTAATTCTTAAATCAGATCGGAAAAAGGTAGGTATTGTGAGAAGAAAGGGCC

Intron 2 GCAGGGTTAT ... TCAGCCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52	12	13	2
A2	66.67	3	6	4
A3	56.25	7	9	3
A4	100	0	8	0
A5	44.44	5	4	0
A6	-1	0	0	1
A7	50	5	5	2
A8	66.67	1	2	3
A9	50	2	2	2
A10	50	3	3	0

>TRINITY_DN42983_c0_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform

CGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAAAGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGGGACACAAGATGATCGTTGTTGAGGCGGAATTGTGGAATTGGAGAATCTGGACGTGTAGCCCGTGGAGCCCGTGGAATTGTGGAATTGGAGAATTCGGGAGATTCGTACTCAATTTTGCTAAGGGCCGACCA
AGTTCCGTCGAAAAATTATTGGGCAGCTATGAATGTGAGAGGGTGGCGGCCCAAGATGCCGACAGGTCTGCCAGAGGGAAATAAAGAGGAGGCATTGCAGAGTTGGACGTCTGCAAGGCCTCTCTGATCAAGAGGGAAATAAAGAAGAGGTACACGGTCACATTTTAGAAGGGCATGGCACACAAGCAG

>TRINITY_DN42983_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAAAGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGGGACACAAGATGATCGTTGTTGAGGCGGAATTGTGGAATTGGAGAATCTGGACGTGTAGCCCGTGGAGCCCGTGGAATTGTGGAATTGGAGAATTCGGGAGATTCGTACTCAATTTTGCTAAGGGCCGACCA
AGTTCCGTCGAAAAATTATTGGGCAGCTATGAATGTGAGAGGGTGGCGGCCCAAGATGCCGACAGGTCTGCCAGAGGGAAATAAAGAGGAGGCATTGCAGAGTTGGACGTCTGCAAGGCCTCTCTGATCAAGgcagggttatgactgttctgagagctttatgaccgtttctacgggcaacaggattagctaaagaacag
atcaagttgctgatacacactcgaatctgcgagaacaaactcagcctcagAGGGAAATAAAGAAGAGGTACACGGTCACATTTTAGAAGGGCATGGCACACAAGCAGCCTGCAGGTGAGTCATGTAAAACGAAAATGAGAAATAAAGAATCTGTTCTCCTATCCGATTGGACATTCTTTGGACACTTGGCTGGACGGAGC
GGCATAAGTTAGATTCGTGTTTCTTTCTTCATCAGCTAAAAAAACTTGAGCAACAAATTTTGATAGAAACATGAATACTAAGTTTAATGAGGAAAATACCATAAGGAATGTTTTGAGGGGTCCTACGAGGTACCTGAGGATTACTTAGCTATGTTTAGCTAAAGCATTTGTTCCTATCCCTCTTGCGCATATTTCAGGTG
TTACGATTGTAATGAATGTTGAGTATGAAAAGGCTCTGGGACATCACCAGTTCTGGTCCTAGCATTGAAGTCTTCTGACAGTTGTTGTTAGTGGATGTATGAGTGTATGCCACGGTGGCTATGAGCACATGACGGAGTTGATAAAATTGTAATACGAGTCCGAGCTGTAACTAGCTTTTCCCTTTGGAATATTGAGTTGG
CATTGTCGTGGTTGTAACATTAATGATGTCTTGAATGTAGTGGTTTCCCACTTTCCAACGTTCCTGTTTGGTAGCAATCTTCACCATTGATCTAAGTTTCTTGATATTTTAATGGAAAACCCTAACTTCATACTACAACAGCATTGAAACACATTCCTCAGCATTCATTTTTCTAGGTAATGGTCTTGGGGAGAGGCTGA
TAGGCCGAGGGGTTCTAGGGTTTTGAGAGTTGGAGGTTCTCCAAGCTCGAACCCGTGACCTATGTGCGTTAAAACTACAAGTGGAAGTCATGTTATGAAGCCGAGCCTCTGGCAGAGTTTTTATAGTAGCTAAAACATCGAAGGGGAAATTCTTTAGATGATATCTCTGTGTAATTCTTGAGAGAGTGTTAGTTCATGGT
CTGTGTTGAAGTAATTGAACTAGTTTCAGCCTTTCATGCCGTGATACTTTCAAACTCAGAACTTGAACTCTCTCTTCCATAAGCTGGATGGGTGGCTTTAACCTTGTTTGCAGGAGAGTCTTCTCAATGCGAAGGTTTTCCTTTGCCGGAGGACCATTCACTTGAGAAATGATGGAGGTGCTCTGCTTGTCCACCAGTAA
GCCTCGATGGTTTCCTTACCTCGTTGGTCATCCTGGTTTAGCTGAGGTCAACGAATGATGTTTGACAAAGTTGTAGGTGTTTGGATTTTTGGCACGGTTTTTGTCCTTTGAATGTAACTTGTGAGCATTAATACTAAGTGCCTAGCTGCTAAGATGTTGGCTAGTTTGGTTAATACAGCATCTACTGTAATTTTTTTGTT
TGAAAAGTATCTTGTTTGGAGATTTATTTGATGAAGGAATGAACCCTCGTTTTTAATGGAACATACAATTTTTAAAACTGAAGTGTTTACTGTGTAACGTTTTGGAATCCCAATCATCGATGCGG

Intron 3 GTAATGCATT ... TTTGTGACAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	1	0	1
A2	33.33	1	0	1
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	53.85	3	0	7
A7	100	0	1	2
A8	33.33	6	4	2
A9	14.29	3	1	0
A10	71.43	1	2	3

>TRINITY_DN42983_c0_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

CGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAAAGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGGGACACAAGATGATCGTTGTTGAGGCGGAATTGTGGAATTGGAGAATCTGGACGTGTAGCCCGTGGAGCCCGTGGAATTGTGGAATTGGAGAATTCGGGAGATTCGTACTCAATTTTGCTAAGGGCCGACCA
AGTTCCGTCGAAAAATTATTGGGCAGCTATGAATGTGAGAGGGTGGCGGCCCAAGATGCCGACAGGTCTGCCAGAGGGAAATAAAGAGGAGGCATTGCAGAGTTGGACGTCTGCAAGGCCTCTCTGATCAAGGCAGGGTTATGACTGTTCTGAGAGCTTTATGACCGTTTCTACGGGCAACAGGATTAGCTAAAGAACAG
ATCAAGTTGCTGATACACACTCGAATCTGCGAGAACAAACTCAGCCTCAGAGGGAAATAAAGAAGAGGTACACGGTCACATTTTAGAAGGGCATGGCACACAAGCAGCCTGCAGGTGAGTCATGTAAAACGAAAATGAGAAATAAAGAATCTGTTCTCCTATCCGATTGGACATTCTTTGGACACTTGGCTGGACGGAGC
GGCATAAGTTAGATTCGTGTTTCTTTCTTCATCAGCTAAAAAAACTTGAGCAACAAATTTTGATAGAAACATGAATACTAAGTTTAATGAGGAAAATACCATAAGGAATGTTTTGAGGGGTCCTACGAGGTACCTGAGGATTACTTAGCTATGTTTAGCTAAAGCATTTGTTCCTATCCCTCTTGCGCATATTTCAGGTG
TTACGATTGTAATGAATGTTGAGTATGAAAAGGCTCTGGGACATCACCAGTTCTGGTCCTAGCATTGAAGTCTTCTGACAGTTGTTGTTAGTGGATGTATGAGTGTATGCCACGGTGGCTATGAGCACATGACGGAGTTGATAAAATTGTAATACGAGTCCGAGCTGTAACTAGCTTTTCCCTTTGGAATATTGAGTTGG
CATTGTCGTGGTTGTAACATTAATGATGTCTTGAATGTAGTGGTTTCCCACTTTCCAACGTTCCTGTTTGGTAGCAATCTTCACCATTGATCTAAGTTTCTTGATATTTTAATGGAAAACCCTAACTTCATACTACAACAGCATTGAAACACATTCCTCAGCATTCATTTTTCTAGGTAATGGTCTTGGGGAGAGGCTGA
TAGGCCGAGGGGTTCTAGGGTTTTGAGAGTTGGAGGTTCTCCAAGCTCGAACCCGTGACCTATGTGCGTTAAAACTACAAGTGGAAGTCATGTTATGAAGCCGAGCCTCTGGCAGAGTTTTTATAGTAGCTAAAACATCGAAGGGGAAATTCTTTAGATGATATCTCTGTGTAATTCTTGAGAGAGTGTTAGTTCATGGT
CTGTGTTGAAGTAATTGAACTAGTTTCAGCCTTTCATGCCGTGATACTTTCAAACTCAGAACTTGAACTCTCTCTTCCATAAGCTGGATGGGTGGCTTTAACCTTGTTTGCAGGAGAGTCTTCTCAATGCGAAGGTTTTCCTTTGCCGGAGGACCATTCACTTGAGAAATGATGGAGGTGCTCTGCTTGTCCACCAGTAA
GCCTCGATGGTTTCCTTACCTCGTTGGTCATCCTGGTTTAGCTGAGGTCAACGAATGATGTTTGACAAAGTTGTAGGTGTTTGGATTTTTGGCACGGTTTTTGTCCTTTGAATGTAACTTGTGAGCATTAATACTAAGTGCCTAGCTGCTAAGATGTTGGCTAGTTTGGTTAATACAGCATCTACTGTAATTTTTTTGTT
TGAAAAGTATCTTGTTTGGAGATTTATTTGATGAAGGAATGAACCCTCGTTTTTAATGGAACATACAATTTTTAAAACTGAAGTGTTTACTGTGTAACGTTTTGGAATCCCAATCATCGATGCGG

>TRINITY_DN42983_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAGGTGTTACGATTGTAATGAATGTTGAGTATGAAAAGGCTCTGGGACATCACCAGTTCTGGTCCTAGCATTGAAGTCTTCTGACAGTTGTTGTTAGTGGATGTATGAGTGTATGCCACGGTGGCTATGAGCACATGACGGAGTTGATAAAATTGTAATACGAGTCCGAGCTGTAACTAGCTTTTCCCTTTGGAATATTG
AGTTGGCATTGTCGTGGTTGTAACATTAATGATGTCTTGAATGTAGTGGTTTCCCACTTTCCAACGTTCCTGTTTGGTAGCAATCTTCACCATTGATCTAAGTTTCTTGATATTTTAATGGAAAACCCTAACTTCATACTACAACAGCATTGAAACACATTCCTCAGCATTCATTTTTCTAGGTAATGGTCTTGGGGAGA
GGCTGATAGGCCGAGGGGTTCTAGGGTTTTGAGAGTTGGAGGTTCTCCAAGCTCGAACCCGTGACCTATGTGCGTTAAAACTACAAGTGGAAGTCATGTTATGAAGCCGAGCCTCTGGCAGAGTTTTTATAGTAGCTAAAACATCGAAGGGGAAATTCTTTAGATGATATCTCTGTGTAATTCTTGAGAGAGTGTTAGTT
CATGGTCTGTGTTGAAGTAATTGAACTAGTTTCAGCCTTTCATGCCGTGATACTTTCAAACTCAGAACTTGAACTCTCTCTTCCATAAGCTGGATGGGTGGCTTTAACCTTGTTTGCAGGAGAGTCTTCTCAATGCGAAGgtaatgcattcttctaatccatcactgttattttaaatgcttccataaatatatctagta
acttgtttaaccattcacagtttttgtgacagGTTTTCCTTTGCCGGAGGACCATTCACTTGAGAAATGATGGAGGTGCTCTGCTTGTCCACCAGTAAGCCTCGATGGTTTCCTTACCTCGTTGGTCATCCTAGTTTAGCTGAGGTCAACGAATGATGTTTGACAAAGTTGTAGGTGTTTGGATTTTTGGCACGGTTTTT
GTCCTTTGAATGTAACTTGTGAGCATTAATACTAAGTGCCTAGCTGCTAAGATGTTGGCTAGTTTGGTTAATACAGCATCTACTGTAATTTTTTTGTTTGAAAAGTATCTTGTTTGGAGATTTATTTGATGAAGGAATGAACCCTCGTTTTTAATGGAACATACAATTTTTAAAACTGAAGTGTTTACTGTGTAACGTTT
TGGAATCCCAATCATCGATGCGG

Intron 4 GTAAGTTCGA ... TGTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.62	32	43.3	25
A2	54.91	16	19	20
A3	59.44	15	30	14
A4	69.13	9	23.3	17
A5	49.12	10	8.3	11
A6	34	10	4.3	6
A7	44.12	12	16	3
A8	51.72	7	12	3
A9	44.92	10	15.3	1
A10	17.39	19	5	3

>TRINITY_DN127489_c6_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAGAGACTCGTTCAAAATTAGAAGGGAGAATCCAGAAAAAGCTATTACCGTTGGAGGGCGAATTCCGAAAACTCTGTTACCGTTGGAGAACCATGTTATCACATTATAAATGGAGTCTTGCCATTGGAGAGAGTCCGTCTGTTTGAGTTCTTATTATTTCTCGGCTTTACTGTTTCCTATTATTTTTTATTTAGTTTC
TTGCATGAATTTACCTGTGTACATATTTTTGCAAGGAATAGGAGCTTTGTTTGTTTAATCTATTGTTTTTTCTAGGTTATTGGCTGGTAACTTACTTGATTAGTTTTGCTGTTTGGCTTATTTGCAGTCTTTTACTTTTTGCACTCTGGTTTTGATTTTGCATATGTATGGATCGTGTTACATTTCATTCGTTTTCGTTT
TTTCTAATGTTTCCCTTTGGTTTTACAATTTCTTCTAATATTTTGGCATGGATAAATGTGTTTATGGTTTTGCAACGAATGAAAGAAAAGATTCTTGGAGCATCTATCTTATTGTGGATCAGGTTGTTTTGATTATATGCACATATAGTTCTGTCCGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAA
AGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGGGACACAAGATGATCGTTGTTGAGGCGGAATTGTGGAATTGGAGAATCTGGACGTGTAGCCCGTGGAGCCCGTGGAATTGTGGAATTGGAGAATTCGGGAGATTCGTACTCAATTTTGCTAAGGGCCGACCAAGTTCCGTCGAAAAATTATTGGGCAGCTATGAATGTGAGAGGGTG
GCGGCCCAAGATGCCGACAGGTCTGCCAGAGGGAAATAAAGAGGAGGCATTGCAGAGTTGGACGTCTGCAAGGCCTCTCTGATCAAGGCAGAGGGAAATAAAGAAGAGGTACACGGTCAC

>TRINITY_DN127489_c6_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAGAGACTCGTTCAAAATTAGAAGGGAGAATCCAGAAAAAGCTATTACCGTTGGAGGGCGAATTCCGAAAACTCTGTTACCGTTGGAGAACCATGTTATCACATTATAAATGGAGTCTTGCCATTGGAGAGAGTCCGTCTGTTTGAGTTCTTATTATTTCTCGGCTTTACTGTTTCCTATTATTTTTTATTTAGTTTC
TTGCATGAATTTACCTGTGTACATATTTTTGCAAGGAATAGGAGCTTTGTTTGTTTAATCTATTGTTTTTTCTAGGTTATTGGCTGGTAACTTACTTGATTAGTTTTGCTGTTTGGCTTATTTGCAGTCTTTTACTTTTTGCACTCTGGTTTTGATTTTGCATATGTATGGATCGTGTTACATTTCATTCGTTTTCGTTT
TTTCTAATGTTTCCCTTTGGTTTTACAATTTCTTCTAATATTTTGGCATGGATAAATGTGTTTATGGTTTTGCAACGAATGAAAGAAAAGATTCTTGGAGCATCTATCTTATTGTGGATCAGGTTGTTTTGATTATATGCACATATAGTTCTGTCCGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAA
AGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGgtaagttcgattaccatgacgttttattttttgttttgcaaaatataaaattccagaggttttgatggtcttggtatctgttagcctagattcaaagttagtgattaattttttttaacttggccatgtatgaacatgtacaaattacttagccatactccagtgataaaacctata
taaaaacataattcacattaatatatcgggcttccccatctaagaaatcactattagcttatctgtgtgaaagggattttgtggaaagctgcctgttctcaatatattgagaaaactagagcaatacctattgacctagatattgcacaatatgttcccataccctaacagaagattcaaaaaataatggcgtatccgat
ttctttcctgctgatctgctcttctgtttcaggtgggaagttaattcttaaatcagatcggaaaaaggtaggtattgtgagaagaaagggccagcttaatatccgataagagccattgaatgaaattaatttctgggttgccggatcgctagcgtagcctttatcggcccccaattttattcaaacctaatcaaatatta
aatgatgaactgtttgttccatgtttttcagGGACACAAGATGATCGTTGTTGAGGCGGAATTGTGGAATTGGAGAATCTGGACGTGTAGCCCGTGGAGCCCGTGGAATTGTGGAATTGGAGAATTCGGGAGATTCGTACTCAATTTTGCTAAGGGCCGACCAAGTTCCGTCGAAAAATTATTGGGCAGCTATGAATGTG
AGAGGGTGGCGGCCCAAGATGCCGACAGGTCTGCCAGAGGGAAATAAAGAGGAGGCATTGCAGAGTTGGACGTCTGCAAGGCCTCTCTGATCAAGGCAGGTTAGGTTTTATTTACCAGATGTATTTGTTTATGATATTTAACCTAGATTTCATTTTCAATAGGCTCAGCCACATTTAAAATTTTAAACAAAATTCGCCCA
AGATTTATATTGTGTAGGTTTTTAGTGTGATATTTTCAAGGTAGTTAGGTTTTAATAGATATGTGTTTTGTGAATGATATGGAATTTAGATTTCATTCTCAATTCCCTTCAATCGGCTGTGATATTTAGGATTTTGAACGAAATCCGCCCGCTGCGATATTTAGGATTTTAAGTAAAATCCTCCCATCAGATTAAGATTT
ATATTCTGTAGGTTTTTATTATGATATTTTCAAGGCAATTTATAGCTTTGTGTTTTTTAATGATATTGAATTTAGATTTCATATTCAATCCGCCTAGATTTATGATTTAAAATTTCCATTTCAGATTTATATTTTTGTGGGTTTTTATGTATGCATATTATCTTAATGGCATTTAGTTTATTTTTTTTAGGTTTTATGGC
GTTATGCTTAGATTTAGTTTACTCCTTTTAGGTTTTATGGCGTTATGCTCGGATTTAGGTTTTGTGGGTTTGTAAGTATACTTATTGTGTTATTTTAAAACAGGTTGGTTTAACGTTCCATTAAATTTTATGGGTTTCAAGTATGAGGACTTAATCATTTTGTATCGATTTCTGTTACATTACCCTGCTTTTAATGTTTA
ATTAATGTCTAATTTATTGTTTTATACTGGTTCTTTTAATGATTAATTTATTGTTTTATGCATCTTTTAATTGACTACCTCCATTAGCTCTCACCCTCCCGCTCACCTGAAAATAACTCTAGATATCATTGCATTGCATTTGAGAACCAGCTTGTGTGCATTGCGATTCTCACCTTGGCGTTCCTTTTAGCGTTGCCCTC
TTTGAAATAGGGTTATGACTGTTCTGAGAGCTTTATGACCGTTTCTACGGGCAACAAGATTAGCTAAAGAACAGATCAAGTTGCTGATACACACTCGAATCTGCGAGAACAAACTCAGCCTCAGGTACTAACATGTATTTCGTGTTTTTATTTGTTTAATTTATTTTAGTGTATTTGTGTTTATATTTGTTTAATTTATT
TTATTGTATTTAATATTTATTTGTGTTAAAAAATATGATTTTTATTTATTAAATTTTTATTATTGTTTAATTAAAAATTCATTTTAATTTTTTAATGATTTTAAAATGTATTTGATGTTTTTATTTTCTTAATATTTATTTTATTTATTTATTTTTTAAAATTTATATTTATTTATAATTTTTTGAAAATGTCAATGGCT
TTGAAAGGGAAAATTTTGAAAGTTGCAAAATATTAATATTTTCTTCTTTCTTTTTTCTGTTTTAAATTACTGCCTTATGCTACCTATGTCTTTAGATGTTGCCCGTTAATATTGTGAGTGATGTGTAAATCTTTAAATGGACATGGCATATATGGAAGCAGAGGCAGAGGATCACACTTTCATGGAAATGGCATCAATCT
CCTTTTAAGTATCAAGTTTATAACTTTATATTCCATAGCTAGATTTTTTATGCTCGAGACAATTTATCCCAATCCCACTCAATGAGCGGACTCACAAATCTCATCCCTTCTTGCTTCTACGTCCTTACTTTTCCATTCAATCAAATACTAAAAACTGAGTTTACATAACCATTGCATCTCTATGATGAAGCCAAGGCTGG
GTGTTTTCCATTGTCACGTGCCTCAATCAAGTGGTCGGTGGCTGGTGTAGGTCTGAGCTGGCCAGTTTGGTCGGTTTGGCCAAGGTTAATGAAGATAAAAACTCCATAAGGGTTTCCAGGGTCAACATCTTAGTGTCCATGCCTGTTGCTTTGTGTTTTTGTTGTTTCTCTTGCTATGCTTGGTTTTGCTATGCTTGGTT
TTACATGTATTATAACTTCTGAAATAATGCTTTGGCATAGTCAAAAGTATTAATTTTATATTTAATAGATATTATTCAGATTTTTTATGATTTTATTATGTTATATGTTTTTAATGATAATTTCAAAGTTTATATTTAAATGATAAAATTCAAATTTAGATTTGGTAATTTTTTATTATTAAAATAGATTTTTGAGTTTT
AGATTTTTCTTAGAATTTTAACACAATATTCCATAAAAATGATAAATATTATTTATTAACAAGATTAAAGGAAAATGTTCAATATTTAATTGTAAAGGTATGTTCCGATTATAATTTTTTTTAAGTGATAATAATTTTTTTAAAAACAAATTTCAAGAGTATTTAAAGTTATATTTTGATTAGATATTTAGAATTCTTAT
TCAGATTTAGAAAAATCATTTCAAATATGTTTTTAAATTCTACTTTTATTTATATTAAAACATTCATTAGACATAATTCTATCACATTGATATTGAAAAATCCATTTGATCATTCTATCACAACAATCATTACTACATAATCTGGAAACTATCCCACTACAAACAAAATCTGAAAAGACAGTTATTTTCAGTTTCCCTAC
CGATAATAACTTATCTCCTAAACAATCTGGGAGTGATCCGTCCTCTCTCCTTGAGTTGGAACATTCATTCCATAATTCTATCACATTCATATTGACATATTTATTTAATCATTCTATCACAACAATCATTACTACATAATCTGGAAACTATCCCACTACAAACAAAATCTGAAAAGACAGTTGTTTTCAGTTTCCCAACC
GATAATA

Intron 5 GCAGGATTAG ... TCAGCCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.85	12	14	1
A2	78.57	3	11	4
A3	53.33	7	8	3
A4	100	0	12	2
A5	44.44	5	4	0
A6	100	0	1	1
A7	50	5	5	2
A8	75	1	3	3
A9	50	2	2	2
A10	66.67	3	6	2

>TRINITY_DN42983_c0_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform

CGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAAAGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGGGACACAAGATGATCGTTGTTGAGGCGGAATTGTGGAATTGGAGAATCTGGACGTGTAGCCCGTGGAGCCCGTGGAATTGTGGAATTGGAGAATTCGGGAGATTCGTACTCAATTTTGCTAAGGGCCGACCA
AGTTCCGTCGAAAAATTATTGGGCAGCTATGAATGTGAGAGGGTGGCGGCCCAAGATGCCGACAGGTCTGCCAGAGGGAAATAAAGAGGAGGCATTGCAGAGTTGGACGTCTGCAAGGCCTCTCTGATCAAGAGGGAAATAAAGAAGAGGTACACGGTCACATTTTAGAAGGGCATGGCACACAAGCAG

>TRINITY_DN42983_c0_g1_i12 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGGATAAGAAGATAATGATAATACTTGTGCCAGCGGATTAAATAAAGAAGGCCTTTCGGTGAAATATGGGACACAAGATGATCGTTGTTGAGGCGGAATTGTGGAATTGGAGAATCTGGACGTGTAGCCCGTGGAGCCCGTGGAATTGTGGAATTGGAGAATTCGGGAGATTCGTACTCAATTTTGCTAAGGGCCGACCA
AGTTCCGTCGAAAAATTATTGGGCAGCTATGAATGTGAGAGGGTGGCGGCCCAAGATGCCGACAGGTCTGCCAGAGGGAAATAAAGAGGAGGCATTGCAGAGTTGGACGTCTGCAAGGCCTCTCTGATCAAGgcaggattagctaaagaacagatcaagttgctgatacacactcgaatctgcgagaacaaactcagcct
cagAGGGAAATAAAGAAGAGGTACACGGTCACATTTTAGAAGGGCATGGCACACAAGCAGCCTGCAGGTGAGTCATGTAAAACGAAAATGAGAAATAAAGAATCTGTTCTCCTATCCGATTGGACATTCTTTGGACACTTGGCTGGACGGAGCGGCATAAGTTAGATTCGTGTTTCTTTCTTCATCAGCTAAAAAAACTT
GAGCAACAAATTTTGATAGAAACATGAATACTAAGTTTAATGAGGAAAATACCATAAGGAATGTTTTGAGGGGTCCTACGAGGTACCTGAGGATTACTTAGCTATGTTTAGCTAAAGCATTTGTTCCTATCCCTCTTGCGCATATTTCAGGTGTTACGATTGTAATGAATGTTGAGTATGAAAAGGCTCTGGGACATCAC
CAGTTCTGGTCCTAGCATTGAAGTCTTCTGACAGTTGTTGTTAGTGGATGTATGAGTGTATGCCACGGTGGCTATGAGCACATGACGGAGTTGATAAAATTGTAATACGAGTCCGAGCTGTAACTAGCTTTTCCCTTTGGAATATTGAGTTGGCATTGTCGTGGTTGTAACATTAATGATGTCTTGAATGTAGTGGTTTC
CCACTTTCCAACGTTCCTGTTTGGTAGCAATCTTCACCATTGATCTAAGTTTCTTGATATTTTAATGGAAAACCCTAACTTCATACTACAACAGCATTGAAACACATTCCTCAGCATTCATTTTTCTAGGTAATGGTCTTGGGGAGAGGCTGATAGGCCGAGGGGTTCTAGGGTTTTGAGAGTTGGAGGTTCTCCAAGCT
CGAACCCGTGACCTATGTGCGTTAAAACTACAAGTGGAAGTCATGTTATGAAGCCGAGCCTCTGGCAGAGTTTTTATAGTAGCTAAAACATCGAAGGGGAAATTCTTTAGATGATATCTCTGTGTAATTCTTGAGAGAGTGTTAGTTCATGGTCTGTGTTGAAGTAATTGAACTAGTTTCAGCCTTTCATGCCGTGATAC
TTTCAAACTCAGAACTTGAACTCTCTCTTCCATAAGCTGGATGGGTGGCTTTAACCTTGTTTGCAGGAGAGTCTTCTCAATGCGAAGGTTTTCCTTTGCCGGAGGACCATTCACTTGAGAAATGATGGAGGTGCTCTGCTTGTCCACCAGTAAGCCTCGATGGTTTCCTTACCTCGTTGGTCATCCTGGTTTAGCTGAGG
TCAACGAATGATGTTTGACAAAGTTGTAGGTGTTTGGATTTTTGGCACGGTTTTTGTCCTTTGAATGTAACTTGTGAGCATTAATACTAAGTGCCTAGCTGCTAAGATGTTGGCTAGTTTGGTTAATACAGCATCTACTGTAATTTTTTTGTTTGAAAAGTATCTTGTTTGGAGATTTATTTGATGAAGGAATGAACCCT
CGTTTTTAATGGAACATACAATTTTTAAAACTGAAGTGTTTACTGTGTAACGTTTTGGAATCCCAATCATCGATGCGG