NA ----> NA

Intron 1 GTGTTTTACT ... TCTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.26	94	2.3	95
A2	53.13	90	1	102
A3	51.26	116	1.6	122
A4	52.54	56	3.3	62
A5	51.11	44	1	46
A6	51.05	1137	16.8	1186
A7	50.73	1223	14.8	1259
A8	50.74	1232	29.3	1269
A9	51.57	985	11.6	1049
A10	50.95	684	15.1	710.4

>TRINITY_DN37528_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

AAGAAAACAAAAATATTTAACAAAACTGAAAAAAAATGAAGGTGATTTAATCGAAACGGGGAATACATATGAAGAACATTAAGAAAACATTTTAACCAAAACTAATTAAAAAAAACACTAAGAATACATTTTAACCCCCTCTGAAAAATTCATAATAGGTGAAATGCGGCATATATGACACTACGGAGAGGTTCAGTTTT
GATCACAAAGCTCGAGCCAAGGTAGGGTAAGCTCACAACAATGGCGGCACAGCAAGCTCGATCCCTCGCCCAGATTCTCCGCCTTTCATCATCACATACACAATGCGTATCCTCCCGGGCTTCTCAGCTGCAGCCAAGTCGCAGATTTTCAGCAGAACATCATGGTCCACCTAAGATTAACTTTTGGGAAGATCCAATGA
GTCCTTCTATATGGAAAGAAGAGCATTTTGTGCTCTTGTCGCTTGCTGGCTGGGGTGTACTCATTTACAGTGGCTATAAATTTTTTACTGGTGGGAAAAAGGATACAGTTGCTGAGGGTTTATTTTCCATATCACAGCTACCGCTCTTTTCACCAACATTATACCTCTTCAGAATTTGTTTGTCAGAGCTAAATTTTTGA
AAGGTCAGGAAGGATCTCATTAGTTTTTGGCGTTACCTTTTGTCCGTGATAAAAGAGGAATGCAGTTAAGCATGTGGGAAATAAGAGTCAAAAGTGTTGTAGCTTATGACTAGATAATATTTGTCTTTGGATCGTCACATTCTGTAACGGCCGTGCTTCTTACCTGTAATTGTTGTTTTAGTCAGGACACGTGGAAGAAT
CTTTGTTAAATTTTGTTGCTTTGGTCCAAGACCTGCTAATGGCTTGAATAAGGAATCTATTACAATTCTGTTTGACTCCTCATTTATCTGGCGAAGCTCAAATTTGAGATGGGAAAAGTAGTTAATTGTATGAAACAATATCATTTGATTGAATCATTGGAGCAATCGAATGATTAATTTTGGTAAAGTTCAGTCTTAAT
TTTGCTTTCTGCA

>TRINITY_DN37528_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAGAAAACAAAAATATTTAACAAAACTGAAAAAAAATGAAGGTGATTTAATCGAAACGGGGAATACATATGAAGAACATTAAGAAAACATTTTAACCAAAACTAATTAAAAAAAACACTAAGAATACATTTTAACCCCCTCTGAAAAATTCATAATAGGTGAAATGCGGCATATATGACACTACGGAGAGGTTCAGTTTT
GATCACAAAGCTCGAGCCAAGGTAGGGTAAGCTCACAACAATGGCGGCACAGCAAGCTCGATCCCTCGCCCAGATTCTCCGCCTTTCATCATCACATACACAATGCGTATCCTCCCGGGCTTCTCAGCTGCAGCCAAGTCGCAGATTTTCAGCAGAACATCATGGTCCACCTAAGATTAACTTTTGGGAAGATCCAATGA
GTCCTTCTATATGGAAAGAAGAGCATTTTGTGCTCTTGTCGCTTGCTGGCTGGGGTGTACTCATTTACAGTGGCTATAAATTTTTTACTGGTGGGAAAAAGGATACAGTTGCTGAGGGTTTATTTTCCATATCACAGCTACCGCTCTTTTCACCAACATTATACCTCTTCAGAATTTGTTTGTCAGAGCTAAATTTTTGg
tgttttactttgttctctggcgttacactcaagattctatgaaatagatgtcttacgtttgtaattttgatatgattgccaagagtactgaatatctttttgggattagttgtcgtttacaatcaatattctttgagattgtctaacataacatcagtggagctaaatgtttttttttgcaaaatcttctgcagAAAGGT

CAGGAAGGATCTCATTAGTTTTTGGCGTTACCTTTTGTCCGTGATAAAAGAGGAATGCAGTTAAGCATGTGGGAAATAAGAGTCAAAAGTGTTGTAGCTTATGACTAGATAATATTTGTCTTTGGATCGTCACATTCTGTAACGGCCGTGCTTCTTACCTGTAATTGTTGTTTTAGTCAGGACACGTGGAAGAATCTTTG
TTAAATTTTGTTGCTTTGGTCCAAGACCTGCTAATGGCTTGAATAAGGAATCTATTACAATTCTGTTTGACTCCTCATTTATCTGGCGAAGCTCAAATTTGAGATGGGAAAAGTAGTTAATTGTATGAAACAATATCATTTGATTGAATCATTGGAGCAATCGAATGATTAATTTTGGTAAAGTTCAGTCTTAATTTTGC
TTTCTGCA

Intron 2 GTAATTATTT ... GTCTCAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.4	184	110	36
A2	30.82	239	153	60
A3	29.7	290	163	82
A4	29.93	192	124	40
A5	28.7	123	67	32
A6	26.12	3439	1394	1038
A7	26.15	3138	1213	1009
A8	25.78	3444	1382	1010
A9	26.52	3079	1345	878
A10	26.3	2119	956	556

>TRINITY_DN98715_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

GGGGAATACATATGAAGAACATTAAGAAAACATTTTAACCAAAACTAATTAAAAAAGACACTAAGAATACATTTTAACCCCCTCTGAAAAATTCATAATAGGTGAAATGCGGCATATATGACACTACGGAGAGGTTCAGTTTTGATCACAAAGCTCGAGCCAAGGTAGGGTAAGCTCACAACAATGGCGGCACAGCAAGC
TCGATCCCTCGCCCAGATTCTCCGCCTTTCATCATCACATACACAATGCGTATCCTCCCGGGCTTCTCAGCTGCAGCCAAGTCGCAGATTTTCAGCAGAACATCATGGTCCACCTAAGATTAACTTTTGGGAAGATCCAATGAGTCCTTCTATATGGAAAGAAGAGCATTTTGTGCTCTTGTCGCTTGCTGGCTGGGGTG
TACTCATTTACAGTGGCTATAAATTTTTTACTGGTGGGAAAAAGGATACAGTTGCTGAGGTTGGTGCATAGGCTTAATTTAGTTCTAGATATGCACAATGAAAAAGCTTGTAGCTAATTGTAAACCAAGATACATAGGATGTCTTTCATTCATGTGGGCATGCTATGATTTCCTTTTCATAAATGATTTTTAAACCCTTG
TGATACTCACTGAATATTCATCTTGCTATATGGTCACCATGTGTTCTTGAAACATTATTAGTAGGATACTTCAAATTTGTTCCTATTCTATTTGAAATTAGTAATTACTGAAGTTTTATTGTTGGTATTGATGGTTTACTGTTATAAACATGTTCTATATGCATATGAACGATGGTTTTAATCACCTTAAAAACCCTTCT
TCTGAAATATTAGTTGCTCTATAGATTTGGACAATGTGTATGGAGGTCTGTGTGATGTCCAATTATTATTTGTTCCCAGACTTCCCCAGAGTTTGGATTCTTCCCAGTCTGTAGTTCTGACAATTGAAAAAATGGTGCT

>TRINITY_DN98715_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGGGAATACATATGAAGAACATTAAGAAAACATTTTAACCAAAACTAATTAAAAAAGACACTAAGAATACATTTTAACCCCCTCTGAAAAATTCATAATAGGTGAAATGCGGCATATATGACACTACGGAGAGGTTCAGTTTTGATCACAAAGCTCGAGCCAAGGTAGGGTAAGCTCACAACAATGGCGGCACAGCAAGC
TCGATCCCTCGCCCAGATTCTCCGCCTTTCATCATCACATACACAATGCGTATCCTCCCGGGCTTCTCAGCTGCAGCCAAGTCGCAGATTTTCAGCAGAACATCATGGTCCACCTAAGATTAACTTTTGGGAAGATCCAATGAGTCCTTCTATATGGAAAGAAGAGCATTTTGTGCTCTTGTCGCTTGCTGGCTGGGGTG
TACTCATTTACAGTGGCTATAAATTTTTTACTGGTGGGAAAAAGGATACAGTTGCTGAGgtaattatttacttctcatttattttttcctttcttgttttcatgataatttgtaggatcctgcttacatgggattcaagtgcttttctgtagctgtgctgattatttacttcttccatgtgtctcaacagGTTGGTGCAT
AGGCTTAATTTAGTTCTAGATATGCACAATGAAAAAGCTTGTAGCTAATTGTAAACCAAGATACATAGGATGTCTTTCATTCATGTGGGCATGCTATGATTTCCTTTTCATAAATGATTTTTAAACCCTTGTGATACTCACTGAATATTCATCTTGCTATATGGTCACCATGTGTTCTTGAAACATTATTAGTAGGATAC
TTCAAATTTGTTCCTATTCTATTTGAAATTAGTAATTACTGAAGTTTTATTGTTGGTATTGATGGTTTACTGTTATAAACATGTTCTATATGCATATGAACGATGGTTTTAATCACCTTAAAAACCCTTCTTCTGAAATATTAGTTGCTCTATAGATTTGGACAATGTGTATGGAGGTCTGTGTGATGTCCAATTATTAT
TTGTTCCCAGACTTCCCCAGAGTTTGGATTCTTCCCAGTCTGTAGTTCTGACAATTGAAAAAATGGTGCT