sp|Q9SUH6|PP341_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g30700

Intron 1 GCGAGCGCTT ... CTTTAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	2	4	2
A2	55.56	2	3	2
A3	33.33	2	0	2
A4	11.11	4	0	1
A5	33.33	1	0	1
A6	57.14	9	12	12
A7	25.88	20.8	5.5	9
A8	38.93	14.1	9	9
A9	50	7	3	11
A10	30.91	23	12.6	8

>TRINITY_DN43645_c9_g3_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GTTTATCTCCAAGACTTGTGAACGAGAAATTATGGTAAGGGATGCTAACCGCTTCCATCATTTCAAGGATGGCTTCTGTTCTTGTGGGGATTACTGGTGAAATGGCAAATATGAATGCTTTCATAATTCATTATCTCACTTATCTTGTGGGCAGAGAAATGATCAGATTTGACAGCAGGGTTGATCATATTTGTTTGGAA
GGATTTTGTTTTGTATGAATGATTACTTTGGATACACCCATAATTTTTGCAAGGTTGGGATCATGCCATACCTTGAAATATTTCTAGTACTCAAGAATTAAAGTTGATAAGTTCTCCATACATTGGCCTTCTTTCTTCAGAAAGTAGCTATTGTTATGGGTTTACAGACCAGTCCATTCAAAAAACCTATGCATATTTTG
GAGAGCCCTGTTGTGGACTTGCACAGTGCACACAGTAGCTAAGTTCATCTCCAAAATTGTTAAATGAGAAATTGTATTGAGGGGTGATACTGCTTCTGTCATTTCAAAGATGGATTATTCTTTGCGGATTCTACTGGTGAAACTAGAAACACAAGCAGTTTCATCATTCTGCTTAACTTCTTATCGGGGTACGTGGATTA
AAGTGTGACAGTAAGGCTGATCAGAGTTGATGGGCAAGGTTTTATTTATTTGAATGATTCTTTGGGAGTCTGCAAAGGGTGCCCTTCTGACAATCAAAATTTAAATACCCCAGGCAGAAGCAGCGCATTACTTTTGGTCACACCTATCGGTGTTATTCTCTCCACTTTTGGTCCGGGATGGAGATTGCTCTCCAAAAATC
CTAGATTCCTGAAGAATATTTGTCGTCCTTTAAATGATGACAGGATAAATGGTTTACAGTTATGGGATGTAGTTTCAATCCTGGGAAAATCTATTTATCGGGAGACAGAACAGTTACCAGAAGTTCCTGGGCGAAATATTTAATTGAAATGCGAAGCTCCAGCTAGCTTATATTGCATTTCTTTTTCTGGAGGGCAGCTA
GCGGGGGGCACAACTCGTTAGGAAGGCAGGAATGGGTTTTCTCGAGGGTTTCTTTGCACAACAGACACGCTGCTTTTATTTACGGAGGATTATGCCCAAACCAGGGCTGTTTTAGAGATTTTTTTGTTATGGTTTCATACGTATTTTGATGTCCGCTCTTTCTATGAGTAGTTCATTTATCTATAGCAAGATTTTCTGAG
CACTAAGTTCAAGGGATTGGATCAAATGGGTGGCAACTAAGAGTTTCATATGAGAGGTTTAAAGTCTACCTTTTGTGGAATTTGTAATAATTAGTAATATTTTTAGCTTTTATGAAGAACGTTACAACTTTTTATGAATTCTAGAATTGTTGTGAAAGATGTGAAGGG

>TRINITY_DN43645_c9_g3_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTTTATCTCCAAGACTTGTGAACGAGAAATTATGGTAAGGGATGCTAACCGCTTCCATCATTTCAAGGATGGCTTCTGTTCTTGTGGGGATTACTGGTGAAATGGCAAATATGAATGCTTTCATAATTCATTATCTCACTTATCTTGTGGGCAGAGAAATGATCAGATTTGACAGCAGGGTTGATCATATTTGTTTGGAA
GGATTTTGTTTTGTATGAATGATTACTTTGGATACACCCATAATTTTTGCAAGGTTGGGATCATGCCATACCTTGAAATATTTCTAGTACTCAAGAATTAAAGTTGATAAGTTCTCCATACATTGGCCTTCTTTCTTCAGAAAGTAGCTATTGTTATGGGTTTACAGACCAGTCCATTCAAAAAACCTATGCATATTTTG
GAGAGCCCTGTTGTGGACTTGCACAGTGCACACAGTAGCTAAGTTCATCTCCAAAATTGTTAAATGAGAAATTGTATTGAGGGGTGATACTGCTTCTGTCATTTCAAAGATGGATTATTCTTTGCGGATTCTACTGGTGAAACTAGAAACACAAGCAGTTTCATCATTCTGCTTAACTTCTTATCGGGGTACGTGGATTA
AAGTGTGACAGTAAGGCTGATCAGAGTTGATGGGCAAGGTTTTATTTATTTGAATGATTCTTTGGGAGTCTGCAAAGGGTGCCCTTCTGACAATCAAAATTTAAATACCCCAGGCAGAAGCAGCGCATTACTTTTGGTCACACCTATCGGTGTTATTCTCTCCACTTTTGGTCCGGGATGGAGATTGCTCTCCAAAAATC
CTAGATTCCTGAAGAATATTTGTCGTCCTTTAAATGATGACAGGATAAATGGTTTACAGTTATGGGATGTAGTTTCAATCCTGGGAAAATCTATTTATCGGGAGACAGAACAGTTACCAGAAGTTCCTGGGCGAAATATTTAATTGAAATGCGAAGCTCCAGCTAGCTTATATTGCATTTCTTTTTCTGGAGGGCAGCTA
GCGGGGGGCACAACTCGTTAGgtgagcgctttgtgtattttgaattttcagggttcttctgggcagttattccattttgcaggtctttttgaaggtttgtaacacctctttcttgtttttgcaattggctgaattgtaaaacctcaactgtagtgtttttctttaagcagGAAGGCAGGAATGGGTTTTCTCGAGGGTTT
CTTTGCACAACAGACACGCTGCTTTTATTTACGGAGGATTATGCCCAAACCAGGGCTGTTTTAGAGATTTTTTTGTTATGGTTTCATACGTATTTTGATGTCCGCTCTTTCTATGAGTAGTTCATTTATCTATAGCAAGATTTTCTGAGCACTAAGTTCAAGGGATTGGATCAAATGGGTGGCAACTAAGAGTTTCATAT
GAGAGGTTTAAAGTCTACCTTTTGTGGAATTTGTAATAATTAGTAATATTTTTAGCTTTTATGAAGAACGTTACAACTTTTTATGAATTCTAGAATTGTTGTGAAAGATGTGAAGGG