NA ----> NA

Intron 1 GTTTGGAAAA ... ATGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.64	3.5	2	6.5
A2	7.42	14.3	0	2
A3	58.2	6.3	6	11
A4	10.42	7.3	1	0.5
A5	39.59	7.8	5	5
A6	20.59	29.5	6	9
A7	12.29	37.3	6.3	4
A8	13.44	73.3	13	10
A9	9.79	50.3	7	3.5
A10	24.35	33.5	13	8.5

>TRINITY_DN117864_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

CGCTCGTATTTTAAATGGTTTCCAACGATGCGGGCAAACCAAAGTTTACTGGTCTTAGACCTTCGAGATGAAACCTAAACCTAATCCCCTCTACTCTCTTTCTGCTGCTTCTGCATTCCATTCTTTGCATTTTGCTGCTGCTTCCATCCATTTCATGACTCTCAGGGGTTTTGAACCAGAGATTGTCGGTATCCAGATGA
TGGGGGCAACGATGTTGGAAGATGGTGTGGTACAGAGCTGTCTTTATGGAATGGGTAGAATTGAAAAGAATGTATTACTGAGATTGTGCAACAGTTCACTGGTTTCAACGTCCTGTGGAAGCATGAGCAGGTCATGCGGTTTGAGGATTTGATTCACGTGGACAATGAAATGGGAGAAACATTGTCCCTGAAGCCAAATA
TATAACACTGGAGAAGGTCACGTGGTTTGAAGATTTGATTCACGTGGACAATGAAATGGGAAAGATAGTGGATCTTGCTTATATTGATAGTGGATCTTGCCGCTGATTATATTGATAGTGGATCTTGGCGCTGATTATATTGACAACACGTTCCCTGAAGCCAAACAAAAGAGAAGAATTTCTGCATCAAAGACAAAGAA
TCCCTATGGTATCCTTGAGCAAGTCCACATTAATAGATGATATCCTTCAGCAAGTCCACTCTTATCCCATAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACCATAGCTACTTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTCCATGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACTTTG
TTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATT
TTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTAGATGTCGGCACCACTCTTATGGCC
ATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTTGGATGCTCTCA
ATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGACCATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGGTGCAACAATCCACAAAG
GTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCACC
AATCCAAGGTCAAATGGAGACGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCCAGGTACGTTTGATGGGACTTTTGTATGTTGTAAACAAAGTTTACATGCCAATGTGGTTTATAATGACTATTTTATTTTTTAATTAATGTAGGATATTCTTGTAGCGATCTTCCTCCTACCCAAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTTCT
CCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTGATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTG
TAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTTGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATATTGAGAAGCGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCCGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCATGCATAGATTTGCAGACTGTTTCATTTCAGACAGAA
GACTTGTTTTAGACTATGTGAATCAAAGTCAATAATTTTTGTTGTCACTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGC

>TRINITY_DN117864_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CGCTCGTATTTTAAATGGTTTCCAACGATGCGGGCAAACCAAAGTTTACTGGTCTTAGACCTTCGAGATGAAACCTAAACCTAATCCCCTCTACTCTCTTTCTGCTGCTTCTGCATTCCATTCTTTGCATTTTGCTGCTGCTTCCATCCATTTCATGACTCTCAGGGGTTTTGAACCAGAGATTGTCGGTATCCAGATGA
TGGGGGCAACGATGTTGGAAGATGGTGTGGTACAGAGCTGTCTTTATGGAATGGGTAGAATTGAAAAGAATGTATTACTGAGATTGTGCAACAGTTCACTGGTTTCAACGTCCTGTGGAAGCATGAGCAGGTCATGCGGTTTGAGGATTTGATTCACGTGGACAATGAAATGGGAGAAACATTGTCCCTGAAGCCAAATA
TATAACACTGGAGAAGGTCACGTGGTTTGAAGATTTGATTCACGTGGACAATGAAATGGGAAAGATAGTGGATCTTGCTTATATTGATAGTGGATCTTGCCGCTGATTATATTGATAGTGGATCTTGGCGCTGATTATATTGACAACACGTTCCCTGAAGCCAAACAAAAGAGAAGAATTTCTGCATCAAAGACAAAGAA
TCCCTATGGTATCCTTGAGCAAGTCCACATTAATAGATGATATCCTTCAGCAAGTCCACTCTTATCCCATAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACCATAGCTACTTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTCCATGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACTTTG
TTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATT
TTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTAGATGTCGGCACCACTCTTATGGCC
ATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTTGGATGCTCTCA
ATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGACCATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGGTTAGTTTCATAGATTGACG
AGAGTAATGAGTTTAGATTAGTGTATTTAGTCATCACCATTCTGTAACATGTGGTGTATTATTGTTTGTAGAGGTGCAACAATCCACAAAGGTACATTTCATGTTACTTTTCATATGATGTAAAAGCAATTTTTGAATTATTGTATGTTTCATATCTATATGACGTGTTCATGTTTGTAGAGGTACAACAATCCACAACC
GTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGgtttggaaaatgctatattatcaactctttgtcaattactctttttttaggtattgccattctttaagatgttttgcgttgatgtgtgcagAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCACCAATCC
AAGGTCAAATGGAGACGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCCAGGTACGTTTGATGGGACTTTTGTATGTTGTAAACAAAGTTTACATGCCAATGTGGTTTATAATGACTATTTTATTTTTTAATTAATGTAGGATATTCTTGTAGCGATCTTCCTCCTACCCAAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTTCTCCTTT
GAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTGATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATG
TTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTTGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATATTGAGAAGCGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCCGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCATGCATAGATTTGCAGACTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTT
GTTTTAGACTATGTGAATCAAAGTCAATAATTTTTGTTGTCACTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGC

Intron 2 GTTAGTTTCA ... TTGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.68	14	14	3.7
A2	20	9	2.7	2
A3	18.94	12	3.7	2.3
A4	76.86	3	11.3	8.7
A5	29.41	6	5	0
A6	43.57	11	10	7
A7	49.48	22	28	15.3
A8	48.07	42	55.7	22.3
A9	32.17	29	21.7	6
A10	39.71	24	20	11.7

>TRINITY_DN118534_c0_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCACATGGACAATGAAATGGGAAACATAGTCCCTGAAGCCAAATATATAACACTGGACAAGGTCATGCGGTTTGAGGATTTGATTCACGTGGACAATGAAATGGGAGAAACATTGTCCCTGAAGCCAAATATATAACACCGGAGAAGGTCACGTGGTTTGAAGATTTGATTCACGTGGACAATGAAATGGGAAAGATAG
TGGATCTTGCTGCTGATTATATTGACAACACGTTCCCTGAAGCCAAACAAAACAGAAGAATTCTGCATCAAAGACAAAGAATCCCTATGGTATCCTTGAGCAAGTCCACATTAATAGATGATATCCTTCAGCAAGTCCACTCTTATCCCATAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACCATAGCTACTTGGGGACAAA
CTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTCCATGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACTTTGTTATTGGTTCAAAGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGTTAGTGATTGCTGCCCTCATG
AGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATG
GCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATT
GATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTTGGATGCTCTCAATTCGTCTTTGAAGAGGAAGAAGAGTTTCCTTGGGTCTGCAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGACCATTTCAG
TTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGGTGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAG
GGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCACCAATCCAAGGTCAAATGGAGACGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCAAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTTCTCCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTA
TCTGCAAGATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTCTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTCGTTATGAAG
GGAGATTCCATAAATACTGAGAAGGGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCTGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCACGCATAGATTTGCGG

>TRINITY_DN118534_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTATCACTGTCGTTTCCCACCCGTTTCGAATCCGTTTCCGTATCTGAAACGGGGAATGGCGTTTCCGGGGTGCCACTCAGCCGTTTCTGGTAACTTAGGAATATCTTGTTCCCTGGTTTGACTATCTGGTTCATTTGTTTAAACAGCTGGCAGTGAAACGATGAATTCGATAATGATCAGAATCTCTCATGTTATAAAT
AAAAAAGAGATCAGTAAATACCAGAACTTATCTCGTAAAAGGATCTCTACGGTTGTGAATTCAAAAAGAAATCAGAATATAATAGAAACTAGTTGTCATTTAAACGAACCTGCTAGATTAGTTCGAAGCTATGCAGATTGCCTGGGTTTGTTGTGGCTGTGGCTCTACCTCCATCTTTAGCAAAGCAAAGCTTTAATCAC
CTTATCCTTGATCTTCAAAACTGGCCAAAAAAACCAGAGAAAGAGAAAATCATTGGTAAAATACGAAATTGCATTATCAATTGAGACCTTAGGTAAGAAGAATAAATTTATTCCCTAAATGTGGAAAAATAATTTCAATTCAATATTTTTCTGGAACTGTTGAGCATAGTTTGCCCTTGATCATACCCACAGTGTATTGG
TTCTATAATGTGTAAATGTAGAAAATTTTAAATATATATCTGTACAGGAAAGACGCTCTCTTCGGCAACATAAATAATTCTACCGAGTACAGCTATGCACATTAATAGATGATATCCTTGAGCAAGTCCACTCTTATCCCATAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACCATAGCTACTTGGGGACAAACTTCCTATC
TGATCGAAGGAAAAAATGTCCATGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACTTTGTTATTGGTTCAAAGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGTTAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACAC
CTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACA
TTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTT
AAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTTGGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAACCATTTCAGTTTCAATAC
CTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGgttagtttcatagactgacgagagtaatgagtttagattagtgtatttagtcatcaccattctttaatatgtggtgtgttgttatttgtagAGGTGCAACAATCCACAA

Intron 3 GTACATTTGA ... TATCTGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.69	6.3	2	14
A2	61.67	12.3	0	17
A3	57.14	8	2	10
A4	64.1	4.7	1	6
A5	60	3	0	4
A6	65.78	24.3	0	44
A7	67.82	31.7	1	60
A8	60.37	49.3	2	72
A9	65.61	33.3	0	57
A10	62.74	18.3	4	27

>TRINITY_DN48647_c1_g2_i16 from sample A10 / Example spliced isoform

TAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAATATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAA
TGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAGTGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACAGCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAG
AGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAATGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTG
TAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGCTAGAAATAATTACCAGAAACCAACATTTCAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTCTTTATTTCTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAAGCAGTCCATGGATTTT
TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
AGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACCATAGCTACTTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTCCATGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACTTTGTTATTGGTTCAAAGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCA
TTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGTTAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATA
TTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGAT
TCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAGCAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTTGGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTT
GGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGGTTAGTTTCATAGATTGACGAGAGTAATGAGTTTAGATTAGTGTATTTAGTCATCACCATTCTTTAACATGTGGTGTGTTATTGTTTGTAGAG
GTGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGGTACATTTCATGTTACTTTTCATATGATGTAAAAGCAATTTTTGAATTATTGTATGTTTCATATCTATATGACGTGTTCATGTTTGTAGAGGTACAACAATTCACA
ACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGGTTTGGAAAATGCTATATTATCAACTCTTTGTCAATTACTCTTTTTTTAGGTATTGCCATTCTTTAAGATGTTTTGCGTTGATGTGTGCAGAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCACCAA
TCCAAGGTCAAATGGAGACGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCCAGATGTAGGAGATTCTTGTAGCGATCTTCCTCCTACCCAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAAC
TCTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTTGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATATTGAGAAGCGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCCGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCACGCATAGATTTGCGGACTGTTTCATTTCAGACAG
AAGACTTGTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAACTTTTGTTGTCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCC

>TRINITY_DN48647_c1_g2_i9 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TCCAACTTTTCTTGCTATGCCAGgtacatttgatgggacttttgtatgttgtaaacaaagtttacatgccaatgtggttcttaatgactattttattttttaattatagatacaagaaatcaaggaattgttctcctttgaaacatgcccaactggttgacaagtctccaagttatctgcaagATGTAGGAGATTCTTGT
AGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTCTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTT

Intron 4 GTGCAACAGT ... GCCATGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.22	7	2	2
A2	-1	0	0	0
A3	20	4	1	1
A4	0	1	0	0
A5	33.33	2	0	2
A6	20	6	1	2
A7	27.27	24	14	4
A8	23.81	48	10	20
A9	40	12	6	10
A10	45.45	9	7	8

>TRINITY_DN48647_c1_g2_i11 from sample A10 / Example spliced isoform

TAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAATATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAA
TGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAGTGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACAGCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAG
AGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAATGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTG
TAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGCTAGAAATAATTACCAGAAACCAACATTTCAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTCTTTATTTCTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAAGCAGTCCATGGATTTT
TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
AGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACCATAGCTACTTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTCCATGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACTTTGTTATTGGTTCAAAGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCA
TTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGTTAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATA
TTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGAT
TCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAGCAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTTGGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTT
GGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGGTTAGTTTCATAGATTGACGAGAGTAATGAGTTTAGATTAGTGTATTTAGTCATCACCATTCTGTAACATGTGGTGTATTATTGTTTGTAGAG
GTGCAACAATCCACAAAGGTACATTTCATGTTACTTTTCATATGATGTAAAAGCAATTTTTGAATTATTGTATGTTTCATATCTATATGACGTGTTCATGTTTGTAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGC
AAGGTTTGGAAAATGCTATATTATCAACTCTTTGTCAATTACTCTTTTTTTAGGTATTGCCATTCTTTAAGATGTTTTGCGTTGATGTGTGCAGAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCACCAATCCAAGGTCAAATGGAGACGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCCAGATGTAGGAGATTCTTGTAGCGATCT
TCCTCCTACCCAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTCTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTTGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATATTGAGAAGCGCTTGGGA
CAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCCGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCACGCATAGATTTGCGGACTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTTGTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAACTTTTGTTGTCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAAC
TTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCC

>TRINITY_DN48647_c1_g2_i16 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAATATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAA
TGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAGTGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACAGCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAG
AGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAATGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTG
TAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGCTAGAAATAATTACCAGAAACCAACATTTCAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTCTTTATTTCTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAAGCAGTCCATGGATTTT
TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
AGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACCATAGCTACTTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTCCATGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACTTTGTTATTGGTTCAAAGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCA
TTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGTTAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATA
TTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGAT
TCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAGCAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTTGGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTT
GGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGGTTAGTTTCATAGATTGACGAGAGTAATGAGTTTAGATTAGTGTATTTAGTCATCACCATTCTTTAACATGTGGTGTGTTATTGTTTGTAGAG
GTGCAACAATCCACAAAGgtgcaacagtccacaacagtggcgtcaatccaaagccgaagggagaaacaccatccaacttttcttgccatgtcagGTACATTTCATGTTACTTTTCATATGATGTAAAAGCAATTTTTGAATTATTGTATGTTTCATATCTATATGACGTGTTCATGTTTGTAGAGGTACAACAATTCACA
ACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGGTTTGGAAAATGCTATATTATCAACTCTTTGTCAATTACTCTTTTTTTAGGTATTGCCATTCTTTAAGATGTTTTGCGTTGATGTGTGCAGAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCACCAA
TCCAAGGTCAAATGGAGACGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCCAGATGTAGGAGATTCTTGTAGCGATCTTCCTCCTACCCAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAAC
TCTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTTGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATATTGAGAAGCGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCCGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCACGCATAGATTTGCGGACTGTTTCATTTCAGACAG
AAGACTTGTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAACTTTTGTTGTCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCC

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>TRINITY_DN48647_c1_g2_i7 from sample A10 / Example spliced isoform

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TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
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TTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGA
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TGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGACCATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGGTGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATG
TCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCAAGGTACATTTGATGGGACTTT
TGTATGTTGTAAACAAAGTTTACATGCCTATGTTTCTTTACATGCCAATGTGGTTTATGATGACTCTTTTATTTTTTAATTACAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTTCTCCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGGTTTGGAAAAATGCTATGTTATCAACTCTTTAGGCATCGCC
ATTCTTTAACGTGTGTATTGCTTTACACACCAATATGGTTAACAATCAGAATTGCTTGCTATATTTCAGATGTAGGAGATTCTTGTAGCGATCTTCCTCCTACCCAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCA
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CTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTTGTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAACTTTTGTTGTCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCC

>TRINITY_DN48647_c1_g2_i16 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAATATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAA
TGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAGTGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACAGCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAG
AGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAATGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTG
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TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
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TTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGTTAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATA
TTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGAT
TCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAGCAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTTGGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTT
GGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGGTTAGTTTCATAGATTGACGAGAGTAATGAGTTTAGATTAGTGTATTTAGTCATCACCATTCTTTAACATGTGGTGTGTTATTGTTTGTAGAG
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TCTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTTGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATATTGAGAAGCGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCCGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCACGCATAGATTTGCGGACTGTTTCATTTCAGACAG
AAGACTTGTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAACTTTTGTTGTCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCC

Intron 6 GTACATTTGA ... TTAATTACAG

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>TRINITY_DN48647_c1_g2_i3 from sample A10 / Example spliced isoform

TAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAATATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAA
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AGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAATGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTG
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TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
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TGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGACCATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGGTGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATG
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TTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCC

>TRINITY_DN48647_c1_g2_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAATATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAA
TGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAGTGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACAGCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAG
AGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAATGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTG
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TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
AGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACCATAGCTACTTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTCCATGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACTTTGTTATTGGTTCAAAGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCA
TTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGTTAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCGTAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATA
TTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGA
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TGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGACCATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGGTGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATG
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tgtatgttgtaaacaaagtttacatgcctatgtttctttacatgccaatgtggtttatgatgactcttttattttttaattacagATACAAGAAATCAAGGAATTGTTCTCCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGGTTTGGAAAAATGCTATGTTATCAACTCTTTAGGCATCGCC
ATTCTTTAACGTGTGTATTGCTTTACACACCAATATGGTTAACAATCAGAATTGCTTGCTATATTTCAGATGTAGGAGATTCTTGTAGCGATCTTCCTCCTACCCAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCA
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Intron 7 GTTTGGAAAA ... TATATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN48647_c1_g2_i3 from sample A10 / Example spliced isoform

TAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAATATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAA
TGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAGTGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACAGCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAG
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TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
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TGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGACCATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGGTGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATG
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TTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCC

>TRINITY_DN48647_c1_g2_i7 from sample A10 / Example unspliced isoform:

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Intron 8 GTTTGGAAAA ... ATGTGTGCAG

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A10	22.45	38	9	13

>TRINITY_DN48647_c1_g2_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

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TTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTAGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGG
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>TRINITY_DN48647_c1_g2_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAATATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAA
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