sp|Q9LXX5|PPD6_ARATH ----> PsbP domain-containing protein 6, chloroplastic
Intron 1 GTATCACTTT ... GCATGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.66 | 16 | 14.5 | 22.5 |
| A2 | 66.67 | 3 | 6 | 6 |
| A3 | 41.43 | 6 | 6.5 | 2 |
| A4 | 63.64 | 4 | 9 | 5 |
| A5 | 63.64 | 2 | 4 | 3 |
| A6 | 38.46 | 4 | 3 | 2 |
| A7 | 44.44 | 5 | 3 | 5 |
| A8 | 79.95 | 2 | 7 | 9 |
| A9 | 42.86 | 4 | 2 | 4 |
| A10 | 55.56 | 4 | 3 | 7 |
>TRINITY_DN41990_c2_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoformTTTTTTCAATTCTTTCACATTGTTGGTTTGCCAATGACAGCAGGATCGTCTTTGCTGATTTTGTGACAAAGCTTCTTCCATCAATTCATCTGCCATTAAGTGAATAGGATTTCTGAGCATTAATTGCTGAGGAAAACAAATGTACAGGATCTGTTTCCCTCCGCAATTGATACTCAGAAATCCTGCCACTCCAAAATTCA
ATCAATCGAGATTCATCAGGTCCTGACGGTAAGGGTATAGCAGAGCACCACTTTGATGCAAGACGATGACAACCGTACCAGGACATCTATTATGGAAGATCGTGAAGAACAATTTTTTTTTGTGAAGCAGAACAGCCACAGCAGCACCAAGGTTCTGTTCAGCATTCATACAATTTTTTAGGTATAGCTTATCCTTTTTG
TTTCTATTGGAGTGTAGGTATATTTTGAAATTTGAATTGCTTATAAGTTATTTGCTTAGTGGTGCTTTCTTCTTGAAGTCTCAATAGAGACTTAAAGAAAGCATATAAATACATTAAAATAGCGATTATAGATTTCAAGGAACAATATGTGCCTTGGAACTTGATTTTCTCTGTAAGCTTTTAGGGTTCTTTGATATTTG
GCTGCAACTTTTCACTTATGCAAAATTCTTGTAGTAATTTTGTTAATAAAGGTGCTTGATACCGCTCTGAATATGCATATAAGTTATATAGACAACTCTGCAGTCCCATGGACCTACTTCAGTGGTCACTAGTTGGATTTTAATAAATTATCTTTCTTATCTGCCAACCTTGGTGTTTGCCTTTGCCTTTGTCATTGTTC
GTGTTTTAGGCATCTATTTTATCAACTCATGATTTGTTCTTAGGAGCTAATGTTGAACCATATCTGTCAATTTGTTCTACCCGAAAAGAAGTCTGAGTTGCTGACATACTACCGGGTAACTATTCTCAGCCCAAGTGTGTAAAGCCTTGGGTGGAGGCAAAATTTGGAGATGAAAAGCAAGGAACTGTTCAGGTATCTAC
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TACCTTTGAAACCTTTTGTTCATTCTTTTCCTGGAAATATGATATCAACATGTTTGATTCAAGAGCCTCCTGCACATTTCCAAACTGATTCCATGGGACCAAGAACCAGAATACTCTTCATGCTCCAACCCCATGGCCAAACTTGGAGGGCTCATTGAGCTTGGGATGTCTCCATACCTGAATATCACTACCAGAGGAGC
TGCTATACAGGATGTTGAGTGCCATTCCGAAAGAAATCATGTACCTACCATTTCCTCAGTCAAAAGATGCCATACGTCACCCTGCTCTTCGACTACATGCCCCCTTGCGAAATATAGACCTGTTAAAAAATAGACATGCCAGAGGATGGTCTTGTAGTTCATGCTGAGGATCCCATTTCCAACAGTGTTGATGGCTTCAT
GATTGATCATGTTGATCAGTGATATGTAGTAGGCTAGTATCCTAATCGGCTATTACCTTGTAGCATGTTGTGTTTTGGATTCTAGAGGCCATTTAAAGCTTTGTTGATTATGTATTTTGTGTTTCAGATGTGTATTGCACTCGGTGTCATTTTGATATATTCACCCTTACATGGTATATACATTAGTAGAATTTGCATAT
TTTGTCTCTAATGGTTTGGAATCTTAAAATAGTTTTTT
>TRINITY_DN41990_c2_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:TTTTTTCAATTCTTTCACATTGTTGGTTTGCCAATGACAGCAGGATCGTCTTTGCTGATTTTGTGACAAAGCTTCTTCCATCAATTCATCTGCCATTAAGTGAATAGGATTTCTGAGCATTAATTGCTGAGGAAAACAAATGTACAGGATCTGTTTCCCTCCGCAATTGATACTCAGAAATCCTGCCACTCCAAAATTCA
ATCAATCGAGATTCATCAGGTCCTGACGGTAAGGGTATAGCAGAGCACCACTTTGATGCAAGgtatcactttttttccatttacagtcaatacctattaaatatctctttttttcaatttttttcttatttatcaaggggtatagatacagttttaacctgtgttgcatgcacagACGATGACAACCGTACCAGGACATC
TATTATGGAAGATCGTGAAGAACAATTTTTTTTTGTGAAGCAGAACAGCCACAGCAGCACCAAGGTTCTGTTCAGCATTCATACAATTTTTTAGGTATAGCTTATCCTTTTTGTTTCTATTGGAGTGTAGGTATATTTTGAAATTTGAATTGCTTATAAGTTATTTGCTTAGTGGTGCTTTCTTCTTGAAGTCTCAATAG
AGACTTAAAGAAAGCATATAAATACATTAAAATAGCGATTATAGATTTCAAGGAACAATATGTGCCTTGGAACTTGATTTTCTCTGTAAGCTTTTAGGGTTCTTTGATATTTGGCTGCAACTTTTCACTTATGCAAAATTCTTGTAGTAATTTTGTTAATAAAGGTGCTTGATACCGCTCTGAATATGCATATAAGTTAT
ATAGACAACTCTGCAGTCCCATGGACCTACTTCAGTGGTCACTAGTTGGATTTTAATAAATTATCTTTCTTATCTGCCAACCTTGGTGTTTGCCTTTGCCTTTGTCATTGTTCGTGTTTTAGGCATCTATTTTATCAACTCATGATTTGTTCTTAGGAGCTAATGTTGAACCATATCTGTCAATTTGTTCTACCCGAAAA
GAAGTCTGAGTTGCTGACATACTACCGGGTAACTATTCTCAGCCCAAGTGTGTAAAGCCTTGGGTGGAGGCAAAATTTGGAGATGAAAAGCAAGGAACTGTTCAGGTATCTACTACAAATAAAGGGGTTTTTGACAATTATTTCAGACAGTAGTCCTTTTTGTCTCCCACTTTCTCACTGAATAAATATTTTGTTAATTT
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ATTCCATGGGACCAAGAACCAGAATACTCTTCATGCTCCAACCCCATGGCCAAACTTGGAGGGCTCATTGAGCTTGGGATGTCTCCATACCTGAATATCACTACCAGAGGAGCTGCTATACAGGATGTTGAGTGCCATTCCGAAAGAAATCATGTACCTACCATTTCCTCAGTCAAAAGATGCCATACGTCACCCTGCTC
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GCCATTTAAAGCTTTGTTGATTATGTATTTTGTGTTTCAGATGTGTATTGCACTCGGTGTCATTTTGATATATTCACCCTTACATGGTATATACATTAGTAGAATTTGCATATTTTGTCTCTAATGGTTTGGAATCTTAAAATAGTTTTTT
Intron 2 GTATCACTTT ... GCATGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.82 | 15 | 15 | 16 |
| A2 | 73.91 | 3 | 12 | 5 |
| A3 | 45.45 | 6 | 8 | 2 |
| A4 | 55.56 | 4 | 7 | 3 |
| A5 | 73.33 | 2 | 9 | 2 |
| A6 | 27.27 | 4 | 2 | 1 |
| A7 | 41.18 | 5 | 2 | 5 |
| A8 | 76.47 | 2 | 7 | 6 |
| A9 | 33.33 | 4 | 1 | 3 |
| A10 | 46.67 | 4 | 1 | 6 |
>TRINITY_DN41439_c1_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformTAAATAGCATCTTGAAATTTTTTTATGACTATAAAAACTTCTATTAAAAAATCACTATTTCACATAGGTTTTTAGGATTGGTTTGTCATGGTGCCTGCTGTGATTGGTCTGCCGGTGATATTTAAGCCCCAATATATTATGATTTTATGCCATTAAGAATTTAAGACCATTTCTGTGTGCTTTATTTTTTAGAAGAAATT
TCTTTAACTGCATTCACCTTGTGTTGGGTAAATTTATATAAATTCATTCAAGGAACTGGAAAGTATCTTTCATATTGTTGGTTTGCCAATGACAGCAGGATCGTCTTTGCTGATTTTGTGACAAAGCTTCTTCCATCAATTCATCTGCCATTAAGTGATCAGGATTTCTGAGCATCAATTTCCGAGGAAAACAAATGCAG
AGGATCTGTTTCCCTCCGCAACTGATGCTCAGAAATCCTGTCACATCAAAATTCTATCCATCAAGATTCATCAGGTCCTGATGGTGACGGTATAGCAGAGCACCACTTAGTTTTTTCCATCAATTCATCTGCCATTAAGTGAATAGGATTTCTGAGCATTAATTGCTGAGGAAAACAAATGCACAGGATCTGTTTCCCTC
CGCGATTGATGCTCAGAAATCCTGCCACTCCAAAATTCAATCAATCGAGATTCATCAGGTCCTGACGGTAAGGGTATAGCAGAGCACCACTTTGATGCAAGACGATGACAACCGTACCAGGACATCTATTATGGAAGATCGTGAAGAACAATTTTTTTTTGTGAAGCAGAACAGCCACAGCAGCACCAAGGTTCTGTTCA
GCATTCATACAATTTTTTAGGATTCTATGGACATCTTGAAGATTATCTGCTTGCAAAACTGAATGGTGATTGACTAAGCTTAATGGAGCCAAACATGTTCTACTCACTTTGACAAGGCCTTCTACCTTTCTAGCTCCATCACCTGCAGCTACCTTTCTAGATCCATCACCTGAAGCTTTGTGGTCAGGCAGATCTACTTC
ACTAGGAAGTGGAAGTACTGGATCAGAAATCTGCAGCGCTTGTTTTCATTAATTCCTCTCTTTAGTCAGTATGTTGATTTTATGGCTTCTTCTGATTCACTTTGGTGATTGGTAGTCACTTTCATTGAGTTCAAATCCATCTTAATTTTACATGTTTGACTTTTTAATATTTTTTTGTTGTTGTGTAAGCTTTGATAATA
ATATATAATAATGAATCAATGATTTGCAAAGCTGAAAGCTTCTTCATCTTTTAGGAAGTGTCTGTGCACTTTAAGGCAGTTTATAATATATATAC
>TRINITY_DN41439_c1_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:GCAGAGCACCACTTTGATGCAAGGTATCACTTTTTTTCCATTTACAGTCAATACCTATTAAATATCTCTGTTTTTTCAATTCTTTCACATTGTTGGTTTGCCAATGACAGCAGGATCGTCTTTGCTGATTTTGTGACAAAGCTTCTTCCATCAATTCATCTGCCATTAAGTGATCAGGATTTCTGAGCATCAATTTCCGA
GGAAAACAAATGCAGAGGATCTGTTTCCCTCCGCAACTGATGCTCAGAAATCCTGTCACATCAAAATTCTATCCATCAAGATTCATCAGGTCCTGATGGTGACGGTATAGCAGAGCACCACTTAGTTTTTTCCATCAATTCATCTGCCATTAAGTGAATAGGATTTCTGAGCATTAATTGCTGAGGAAAACAAATGTACA
GGATCTGTTTCCCTCCGCAATTGATACTCAGAAATCCTGCCACTCCAAAATTCAATCAATCGAGATTCATCAGGTCCTGACGGTAAGGGTATAGCAGAGCACCACTTTGATGCAAGgtatcactttttttccatttacagtcaatacctattgaatatctcttttttttcaattctttcatattgttggtttgccaatga
cagcaggatcgtctttgctgattttgtgacaaagcttcttccatcaattcatctgccattaaaatatctctttttttcaatttttttcttatttatcaaggggtatagatacagttttaacctgtgttgcatgcacagACGATGACAACCGTACCAGGACATCTATTATGGAAGATCGTGAAGAACAATTTTTTTTTGTG
AAGCAGAACAGCCACAGCAGCACCAAGGTTCTGTTCAGCATTCATACAATTTTTTAGGATTCTATGGACATCTTGAAGATTATCTGCTTGCAAAACTGAATGGTGATTGACTAAGCTTAATGGAGCCAAACATGTTCTACTCACTTTGACAAGGCCTTCTACCTTTCTAGCTCCATCACCTGCAGCTACCTTTCTAGATC
CATCACCTGAAGCTTTGTGGTCAGGCAGATCTACTTCACTAGGAAGTGGAAGTACTGGATCAGAAATCTGCAGCGCTTGTTTTCATTAATTCCTCTCTTTAGTCAGTATGTTGATTTTATGGCTTCTTCTGATTCACTTTGGTGATTGGTAGTCACTTTCATTGAGTTCAAATCCATCTTAATTTTACATGTTTGACTTT
TTAATATTTTTTTGTTGTTGTGTAAGCTTTGATAATAATATATAATAATGAATCAATGATTTGCAAAGCTGAAAGCTTCTTCATCTTTTAGGAAGTGTCTGTGCACTTTAAGGCAGTTTATAATATATATAC