sp|O82486|MTA70_ARATH ----> N6-adenosine-methyltransferase MT-A70-like

Intron 1 GTATGTAACT ... GGGATATTAG

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A9	18.85	607	0	141
A10	15.51	610	1	112

>TRINITY_DN109326_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GCAAAGGCTGCGGCCAAGTTGTCGGATAACCAGGTTATAATTATTGTGTCAGTACCTAGAAATATAGATTTCAGCAACGATCGACGTAATGTTCCAGAGCTGATACAGATTTTGGCATCTAGATTATGTGCTTGATTGTGAGCCATTCATTCATTTTATTGGTTAATTGCACTCGGGAGTTTCCTTTTTGCATCCAGAAT
TCAAGAACATTAACGCCACCTACAAGAAAATTGGTTTGTTACATTTTTGCCCCAGCAGTGGTCAATGTCAAAGGTAGATATGCACATTGAAGGAAATGAGGAATTGATCTACCTGAAGGAGAAGAGGCAGAAGTTGGTGGAGCAAATTGAGGATAGGTGTATTGTCCAGGATGAGCTCATATATACGCTTGACAGGATTG
TGCCTAATCTTGTTAGCTCTTTGGACCTTTCTCAAAGGGTAATTTCTGCATTCAACGGAGGAGATCAGAATAGAAGGGTACGGCCACAGAAGCGCCATCACGGGGGTTCTGATTCACACACAAGAAATGCCTTGAGTGCCAAAGTTTTAGGCAGTGGTGTGGCTGCAACAGGTGGTGTCTTGAATTCTGAAGACAGAAAT
GGTGTTTTGAGATTGGACTTTGCAAATGGTAGCGAAGAAGCAGATATCAGGTCTCGTTTGCTTCGGTTGGATGACAAGCACGAGTATGAGAACGGGGGTGATTCATTAAGAGAAGCAAGCAATGATGCCAGTGGATCTCATCCTAAGGCTCTTAGCACCGTCAAAGTTATGGTTGCTTCTGTTTTGCACGATCGCACGCC
TTTTGTGCCCATTGATTCTGCTGCAATTCTTAGGAAGTTGGAAAATGGATACTGCCCACCCGCAGATAAGAATACCCTCGTTGAACTTGGGGGAGAAGTCGGGGCTATTGCAGCTGTAGAAATGGCCTTGAAAGCGCTTGCAGATGAAAATGCAGGTGTAGAGTTAGAAGATTTTGCGGTGAGTGGTAAATCTAGGATAA
TGGTACTTGGAATTGACCGAACACGACTGGCAAAGGTGCTTCCTGAAACAGCACAGCAACTAAATACTAAAAATACAGATAATTCAAATGCAATGGGTACTGTTCAAGTATTGGGAACTGCTGGAGGAATGGATTTAGGTAGATCCCCAGCTGGTATGAATTCTGGCATCCCGAGGCCAGATATGTGGGCTCTATCTGGA
GAGCCTCATCCACAAGGCGTTCATGGCATGCCAGTGGCAGGGCCTCCAATGTTTCCAGGAAGCAATCCTCCACAAATGATGGCCCCAAGAGGTGTCCATAGACCCATGGGTCTTATGGGAATGCCTGGACCTGGTGGTGTTCCTGGACAGCCGATGGGATTTAATGGTCATCCTGCTATGCAAAGGCCACCAATAGGACC
ATCTCCTGGTTTAGGTCCACCTCCTCTATCTTCCAAACCAAGGACAGAGGAAGATGACATCAAAGATATTGAAGCATTGCTTAAGAAAAAATCATTTAAGGAGTTGCAGAAGTCCAAGACAGGTGAAGAACTTTATGATCTAATTCACCGTCCTACTGCAAGAGAAACTGCTCTTGCTGCAAAGTTTAAAACAAAAGGAG
GTACACAGTTGAAAGAGTATTGTAAGGCTTTAACAAAAGAAGATTGCCGACGTCAAAGATGCTCCTATATTGCGTGTGAGAAGGTTCACTTCAGGCGAATAATTGCTCCACATACTGATATTAGCCTGGGTGATTGTTCTTTTTTGGACACTTGCCGACATATGAAGACATGCAAATATGTGCACTATGAGTTGGATCCA
ACTCCTGATGTGCCTATTCCAGGGATGGTTGGCCTTCCACCACCAAAACCGCTGCGTGCAGAATATTGCTCAGAAGTTGAGCTTGGGGAGCCACAATGGATCAATTGTGATATTCGTAATTTCAGAATGGATATTTTGGGTCAGTTTGGAGTTATTATGGCAGACCCACCTTGGGATATTCACATGGAGTTGCCATATGG
AACAATGGCTGATGATGAGATGAGAAATTTGAATGTGCCAACTCTGCAAACTGATGGCCTTATTTTCCTCTGGGTTACTGGACGTGCAATGGAACTTGGACGAGAATGTCTGGAACTATGGGGTTATCGTCGCATTGAAGAGCTTATCTGGGTGAAGACTAATCAGCTTCAGCGAATTATTAGAACAGGGCGAACCGGCC
ACTGGTTGAATCACAGTAAAGAACATTGTCTTGTTGGTATCAAGGGTGATCCGGAAGTGAACCGCAACATTGACACAGATGTTCTTGTTTCTGAAGTTCGGGAGACAAGCCGAAAACCAGATGAAATGTATCCGATGCTAGAAAGGATAAGTCCTCGTACCCGAAAACTTGAACTGTTTGCACGGATGCATAACACTCAT
GCAGGGTGGATGTCACTTGGTAATCAATTAAGTGGGGTGAGATTAGTCGATGAAGGATTAAGAGCAAGGTTCAAAGCTGCCTATTCAGATGTGGAAGTGCAGCCTGCTTCTCCTCCAAGGGCCGCCCCTGTCTCCGATGGAGAGGCAACTGCACAAGCAAAAAATCGATTTAGCGGAATTGAAGCCAAGGTTACACCTGA
ACACATGCCTATGACAGGGTCAGAAAATTATGCGTTGGAGGAGAAGTTTGTAGCTAAAGATGCTGAAATGATAACTTGAAAATTCTATTTTAGTTGTTGAAGTCACCAACATATTATTCAAAGGTCTCTTGGCTGAAGGGGAAGGCAACTATATAACATTGGTGACTTTTCAGTGATCGAGAATCTGATTCTACAATGGA
AAATGTGTAATTGATGGATATGGCAAAAGGTATGTAGCAAAGGAGAATTTCACACACAAGGTTTATAATTTGTGACACTCGAATAGTGTTGTCACAGCTTTTAGGTCCAACTCCCATTTTTTCAAAAGGCATTTCTTGCAAATGTAACTGTCTGAAAAGGAACTCTTTATATCAATAGAATCTACAGTAGCAGCTGAAGA
GGCTCAGAAATGTTGTTCTTGACATCAGTGAAATCTGTAGGTGCAAAATGCAAAAGGTGATGATAAAAATGTATTTTAGGAATTGTATGATTTAATCACTTTCTGAAATTTGTGCACTGAAAAATTGGTCAGATCTGTGTATGTAATATTGGTTTTCCTTTAGGCTTCTTTTTAACAACAAACACTAGATTTCTTCATTC
TATCCTTATATTTGTAAGTCAAGCTTTTTCTCTCTTGAATTGGCATTTTTGTAATTTGAAGTGTGAACGAAATTCCAGTTCTCTGT

>TRINITY_DN109326_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATGCATAACACTCATGCAGGgtatgtaactatgtctatatttcatgctatatataagaggggggatgctatagtgtgatagatggtaacaagggtttgtattgtttataagctttaaatcacttcagatttcatccagattccatttgttttctaaccaattttattatgtttataatgataaattgatgggatattag


GTGGATGTCACTTGGTAATCAATTAAGTGGGGTGAGATTAGTCGATGAAGGATTAAGAGCAAGGTTCAAAGCTGCCTATTCAGATGTGGAAGTGCAGCCTGCTTCTCCTCCAAGGGCCGCCCCTGTCTCCGATGGAGAGGCAACTGCACAAGCAAAAAATCGATTTAGCGGAATTGAAGCCAAGGTTACACCTGAACACA
TGCCTATGACAGGGTCAGAAAATTATGCGTTGGAGGAGAAGTTTGTAGCTAAAGATGCTGAAATGATAACTTGAAAATTCTATTTTAGTTGTTGAAGTCACCAACATATTATTCAAAGGTCTCTTGGCTGAAGGGGAAGGCAACTATATAACATTGGTGACTTTTCAGTGATCGAGAATCTGATTCTACAATGGAAAATG
TGTAATTGATGGATATGGCAAAAGGTATGTAGCAAAGGAGAATTTCACACACAAGGTTTATAATTTGTGACACTCGAATAGTGTTGTCACAGCTTTTAGGTCCAACTCCCATTTTTTCAAAAGGCATTTCTTGCAAATGTAACTGTCTGAAAAGGAACTCTTTATATCAATAGAATCTACAGTAGCAGCTGAAGAGGCTC
AGAAATGTTGTTCTTGACATCAGTGAAATCTGTAGGTGCAAAATGCAAAAGGTGATGATAAAAATGTATTTTAGGAATTGTATGATTTAATCACTTTCTGAAATTTGTGCACTGAAAAATTGGTCAGATCTGTGTATGTAATATTGGTTTTCCTTTAGGCTTCTTTTTAACAACAAACACTAGATTTCTTCATTCTATCC
TTATATTTGTAAGTCAAGCTTTTTCTCTCTTGAATTGGCATTTTTGTAATTTGAAGTGTGAACGAAATTCCAGTTCTCTGT

Intron 2 GTAAGTTTTA ... TTATGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.55	249	34	72
A2	14.04	196	17	47
A3	19.55	253	48	75
A4	14.91	157	17	38
A5	15.58	130	21	27
A6	18.31	464	82	126
A7	18.15	936	168	247
A8	19.66	979	163	316
A9	19.28	691	110	220
A10	17.8	718	106	205

>TRINITY_DN41293_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

CGAGCAAAGGCTGCGGCCAAGTTGTCGGATAACCAGGTTATAATTATTGTGTCAGTACCTAGAAATATAGATTTCAGCAACGATCGACGTAATGTTCCAGAGCTGATACAGATTTTGGCATCTAGATTATGTGCTTGATTGTGAGCCATTCATTCATTTTATTGGTTAATTGCACTCGGGAGTTTCCTTTTTGCATCCAG
AATTCAAGAACATTAACGCCACCTACAAGAAAATTGGTTTGTTACATTTTTGCCCCAGCAGTGGTCAATGTCAAAGGTAGATATGCACATTGAAGGAAATGAGGAATTGATCTACCTGAAGGAGAAGAGGCAGAAGTTGGTGGAGCAAATTGAGGATAGGTGTATTGTCCAGGATGAGCTCATATATACGCTTGACAGGA
TTGTGCCTAATCTTGTTAGCTCTTTGGACCTTTCTCAAAGGGTAATTTCTGCATTCAACGGAGGAGATCAGAATAGAAGGGTACGGCCACAGAAGCGCCATCACGGGGGTTCTGATTCGCACACAAGAAATGCCTTGAGTGCCAAAGTTTTAGGCAGTGGTGTGGCTGCAACAGGTGGTGTCTTGAATTCTGAAGACAGA
AATGGTGTTTTGAGATTGGACTTTGCAAATGGTAGCGAAGAAGCAGATATCAGGTCTCGTTTGCTTCGGTTGGATGACAAGCACGAGTATGAGAACGGGGGTGATTCATTAAGAGAAGCAAGCAATGATGCCAGTGGATCTCATCCTAAGGCTCTTAGCACCGTCAAAGTTATGGTTGCTTCTGTTTTGCACGATCGCAC
GCCTTTTGTGCCCATTGATTCTGCTGCAATTCTTAGGAAGTTGGAAAATGGATACTGCCCACCCGCAGATAAGAATACCCTCGTTGAACTTGGGGGAGAAGTCGGGGCTATTGCAGCTGTAGAAATGGCCTTGAAAGCGCTTGCAGATGAAAATGCAGGTGTAGAGTTAGAAGATTTTGCGGTGAGTGGTAAATCTAGGA
TAATGGTACTTGGAATTGACCGAACACGACTGGCAAAGGTGCTTCCTGAAACAGCACAGCAACTAAATACTAAAAATACAGATAATTCAAATGCAATGGGTACTGTTCAAGTATTGGGAACTGCTGGAGGAATGGATTTAGGTAGATCCCCAGCTGGTATGAATTCTGGCATCCCGAGGCCAGATATGTGGGCTCTATCT
GGAGAGCCTCATCCACAAGGCGTTCATGGCATGCCAGTGGCAGGGCCTCCAATGTTTCCAGGAAGCAATCCTCCACAAATGATGGCCCCAAGAGGTGTCCATAGACCCATGGGTCTTATGGGAATGCCTGGACCTGGTGGTGTTCCTGGACAGCCGATGGGATTTAATGGTCATCCTGCTATGCAAAGGCCACCAATAGG
ACCATCTCCTGGTTTAGGTCCACCTCCTCTATCTTCCAAACCAAGGACAGAGGAAGATGACATCAAAGATATTGAAGCATTGCTTAAGAAAAAATCATTTAAGGAGTTGCAGAAGTCCAAGACAGGTGAAGAACTTTATGATCTAATTCACCGTCCTACTGCAAGAGAAACTGCTCTTGCTGCAAAGTTTAAAACAAAAG
GAGGTACACAGTTGAAAGAGTATTGTAAGGCTTTAACAAAAGAAGATTGCCGACGTCAAAGATGCTCCTATATTGCGTGTGAGAAGGTTCACTTCAGGCGAATAATTGCTCCACATACTGATATTAGCCTGGGTGATTGTTCTTTTTTGGACACTTGCCGACATATGAAGACATGCAAATATGTGCACTATGAGTTGGAT
CCAACTCCTGATGTGCCTATTCCAGGGATGGTTGGCCTTCCACCACCAAAACCGCTGCGTGCAGAATATTGCTCAGAAGTTGAGCTTGGGGAGCCACAATGGATCAATTGTGATATTCGTAATTTCAGAATGGATATTTTGGGTCAGTTTGGAGTTATTATGGCAGACCCACCTTGGGATATTCACATGGAGTTGCCATA
TGGAACAATGGCTGATGATGAGATGAGAAATTTGAATGTGCCAACTCTGCAAACTGATGGCCTTATTTTCCTCTGGGTTACTGGACGTGCAATGGAACTTGGACGAGAATGTCTGGAACTATGGGGTTATCGTCGCATTGAAGAGCTTATCTGGGTGAAGACTAATCAGCTTCAGCGAATTATTAGAACAGGGCGAACCG
GCCACTGGTTGAATCACAGTAAAGAACATTGTCTTGTTGGTATCAAGGGTGATCCGGAAGTGAACCGCAACATTGACACAGATGTTCTTGTTTCTGAAGTTCGGGAGACAAGCCGAAAACCAGATGAAATGTATCCGATGCTAGAAAGGATAAGTCCTCGTACCCGAAAACTTGAACTGTTTGCACGGATGCATAACACT
CATGCAGGGTGGATGTCACTTGGTAATCAATTAAGTGGGGTGAGATTAGTCGATGAAGGATTAAGAGCAAGGTTCAAAGCTGCCTATTCAGATGTGGAAGTGCAGCCTGCTTCTCCTCCAAGGGCCGCCCCTGTCTCCGATGGAGAGGCAACTGCACAAGCAAAAAATCGATTTAGCGGAATTGAAGCCAAGGTTACACC
TGAACACATGCCTATGACAGGGTCAGAAAATTATGCGTTGGAGGAGAAGTTTGTAGCTAAAGATGCTGAAATGATAACTTGAAAATTCTATTTTAGTTGTTGAAGTCACCAACATATTATTCAAAGGTCTCTTGGCTGAAGGGGAAGGCAACTATATAACATTGGTGACTTTTCAGTGATCGAGAATCTGATTCTACAAT
GGAAAATGTGTAATTGATGGATATGGCAAAAGGTATGTAGCAAAGGAGAATTTCACACACAAGGTTTATAATTTGTGACACTCGAATAGTGTTGTCACAGCTTTTAGGTCCAACTCCCATTTTTTCAAAAGGCATTTCTTGCAAATGTAACTGTCTGAAAAGGAACTCTTTATATCAATAGAATCTACAGTAGCAGCTGA
ACAGGCTCAGAAATGTTGTTCTCGACATCAGTGAAATCTGTAGGTGCAAAATGCAAAAGGTGATGATAAAAATGTATTTTAGGAATTGTATGATTTAATCACTTTCTGAAATTTGTGCACTGAAAAATTGGTCAGATCTGTGTATGTAATATTGGTTTTCCTTTAGGCTTCTTTTTAACACCAAACACTAGATTTCTTCA
TTCTATCCTTATATTTGTAAGTCAAGCTTTTTCTCTCTTGAATTGGCATTTTTGTAATTTGAAGTGTGATTGAAATTCCAGTTCTCTGTTTACTTGATGTTTTCTCATTTTAAGCTCTAGTTTCATGAGTACCTAACGAAGGTTTCTCAGACATTTTTCTTTTTAATGGCAATAGTCTCGGTAAAGCTACCTGAGTTGAC
AAAAAGGCTTCTGTTGCAGAGGGTTAAATTTCTAGCTCATTCTTGATATTCCATTAGAGATAGATCTTAAGCCCCTATTGACTCCGTTGGAATTCTATTCATAGTTGCTCTCCCTTTAATGCCTTATTATTCAGTGTCAGGATTATATGTGTCTAGCATGTTAAATGCCATGATTGTCCTATGTGCTGAGAACCATGAGT
AACCATAGGGGATAATGGGAACATACTCTCACTAGTTACACGAGTTTTGCTATAAAGAAGAAAAGGGACGC

>TRINITY_DN41293_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGAGCAAAGGCTGCGGCCAAGTTGTCGGATAACCAGGTTATAATTATTGTGTCAGTACCTAGAAATATAGATTTCAGCAACGATCGACGTAATGTTCCAGAGCTGATACAGATTTTGGCATCTAGATTATGTGCTTGATTGTGAGCCATTCATTCATTTTATTGGTTAATTGCACTCGGGAGTTTCCTTTTTGCATCCAG
AATTCAAGAACATTAACGCCACCTACAAGAAAATTGGTTTGTTACATTTTTGCCCCAGCAGTGGTCAATGTCAAAGGTAGATATGCACATTGAAGGAAATGAGGAATTGATCTACCTGAAGGAGAAGAGGCAGAAGTTGGTGGAGCAAATTGAGGATAGGTGTATTGTCCAGGATGAGCTCATATATACGCTTGACAGGA
TTGTGCCTAATCTTGTTAGCTCTTTGGACCTTTCTCAAAGGGTAATTTCTGCATTCAACGGAGGAGATCAGAATAGAAGGGTACGGCCACAGAAGCGCCATCACGGGGGTTCTGATTCGCACACAAGAAATGCCTTGAGTGCCAAAGTTTTAGGCAGTGGTGTGGCTGCAACAGGTGGTGTCTTGAATTCTGAAGACAGA
AATGGTGTTTTGAGATTGGACTTTGCAAATGGTAGCGAAGAAGCAGATATCAGGTCTCGTTTGCTTCGGTTGGATGACAAGCACGAGTATGAGAACGGGGGTGATTCATTAAGAGAAGCAAGCAATGATGCCAGTGGATCTCATCCTAAGGCTCTTAGCACCGTCAAAGTTATGGTTGCTTCTGTTTTGCACGATCGCAC
GCCTTTTGTGCCCATTGATTCTGCTGCAATTCTTAGGAAGTTGGAAAATGGATACTGCCCACCCGCAGATAAGAATACCCTCGTTGAACTTGGGGGAGAAGTCGGGGCTATTGCAGCTGTAGAAATGGCCTTGAAAGCGCTTGCAGATGAAAATGCAGGTGTAGAGTTAGAAGATTTTGCGGTGAGTGGTAAATCTAGGA
TAATGGTACTTGGAATTGACCGAACACGACTGGCAAAGGTGCTTCCTGAAACAGCACAGCAACTAAATACTAAAAATACAGATAATTCAAATGCAATGGGTACTGTTCAAGTATTGGGAACTGCTGGAGGAATGGATTTAGGTAGATCCCCAGCTGGTATGAATTCTGGCATCCCGAGGCCAGATATGTGGGCTCTATCT
GGAGAGCCTCATCCACAAGGCGTTCATGGCATGCCAGTGGCAGGGCCTCCAATGTTTCCAGGAAGCAATCCTCCACAAATGATGGCCCCAAGAGGTGTCCATAGACCCATGGGTCTTATGGGAATGCCTGGACCTGGTGGTGTTCCTGGACAGCCGATGGGATTTAATGGTCATCCTGCTATGCAAAGGCCACCAATAGG
ACCATCTCCTGGTTTAGGTCCACCTCCTCTATCTTCCAAACCAAGGACAGAGGAAGATGACATCAAAGATATTGAAGCATTGCTTAAGAAAAAATCATTTAAGGAGTTGCAGAAGTCCAAGACAGGTGAAGAACTTTATGATCTAATTCACCGTCCTACTGCAAGAGAAACTGCTCTTGCTGCAAAGTTTAAAACAAAAG
GAGGTACACAGTTGAAAGAGTATTGTAAGGCTTTAACAAAAGAAGATTGCCGACGTCAAAGATGCTCCTATATTGCGTGTGAGAAGGTTCACTTCAGGCGAATAATTGCTCCACATACTGATATTAGCCTGGGTGATTGTTCTTTTTTGGACACTTGCCGACATATGAAGACATGCAAATATGTGCACTATGAGTTGGAT
CCAACTCCTGATGTGCCTATTCCAGGGATGGTTGGCCTTCCACCACCAAAACCGCTGCGTGCAGAATATTGCTCAGAAGTTGAGCTTGGGGAGCCACAATGGATCAATTGTGATATTCGTAATTTCAGAATGGATATTTTGGGTCAGTTTGGAGTTATTATGGCAGACCCACCTTGGGATATTCACATGGAGTTGCCATA
TGGAACAATGGCTGATGATGAGATGAGAAATTTGAATGTGCCAACTCTGCAAACTGATGGCCTTATTTTCCTCTGGGTTACTGGACGTGCAATGGAACTTGGACGAGAATGTCTGGAACTATGGGGTTATCGTCGCATTGAAGAGCTTATCTGGGTGAAGACTAATCAGCTTCAGCGAATTATTAGAACAGGGCGAACCG
GCCACTGGTTGAATCACAGTAAAGAACATTGTCTTGTTGGTATCAAGGGTGATCCGGAAGTGAACCGCAACATTGACACAGATGTTCTTGTTTCTGAAGTTCGGGAGACAAGCCGAAAACCAGATGAAgtaagttttaagatttgtttttaatgtaggttctagttaatattcaagtttaagatttatttttaatgtagg
ttctagttaatattaccaaattaatgttttactacaagattagatcaaaaattattgtttcatatatttgatggaccttgaaatgtgcaatttgttgagtcgtagtgaacctgactcgattaacttatgtctcaaacatagcaattttagtgctttacagtgggtttggtcaataggaaacactttatctaggatcgtca
agaataaatatttaagtacattgttatcatggcctagcgtcttaatagttgaaaacaacactggaattggttgtgttgatcataaatgtgttttttatgggcagATGTATCCGATGCTAGAAAGGATAAGTCCTCGTACCCGAAAACTTGAACTGTTTGCACGGATGCATAACACTCATGCAGGGTGGATGTCACTTGGT
AATCAATTAAGTGGGGTGAGATTAGTCGATGAAGGATTAAGAGCAAGGTTCAAAGCTGCCTATTCAGATGTGGAAGTGCAGCCTGCTTCTCCTCCAAGGGCCGCCCCTGTCTCCGATGGAGAGGCAACTGCACAAGCAAAAAATCGATTTAGCGGAATTGAAGCCAAGGTTACACCTGAACACATGCCTATGACAGGGTC
AGAAAATTATGCGTTGGAGGAGAAGTTTGTAGCTAAAGATGCTGAAATGATAACTTGAAAATTCTATTTTAGTTGTTGAAGTCACCAACATATTATTCAAAGGTCTCTTGGCTGAAGGGGAAGGCAACTATATAACATTGGTGACTTTTCAGTGATCGAGAATCTGATTCTACAATGGAAAATGTGTAATTGATGGATAT
GGCAAAAGGTATGTAGCAAAGGAGAATTTCACACACAAGGTTTATAATTTGTGACACTCGAATAGTGTTGTCACAGCTTTTAGGTCCAACTCCCATTTTTTCAAAAGGCATTTCTTGCAAATGTAACTGTCTGAAAAGGAACTCTTTATATCAATAGAATCTACAGTAGCAGCTGAACAGGCTCAGAAATGTTGTTCTCG
ACATCAGTGAAATCTGTAGGTGCAAAATGCAAAAGGTGATGATAAAAATGTATTTTAGGAATTGTATGATTTAATCACTTTCTGAAATTTGTGCACTGAAAAATTGGTCAGATCTGTGTATGTAATATTGGTTTTCCTTTAGGCTTCTTTTTAACACCAAACACTAGATTTCTTCATTCTATCCTTATATTTGTAAGTCA
AGCTTTTTCTCTCTTGAATTGGCATTTTTGTAATTTGAAGTGTGATTGAAATTCCAGTTCTCTGTTTACTTGATGTTTTCTCATTTTAAGCTCTAGTTTCATGAGTACCTAACGAAGGTTTCTCAGACATTTTTCTTTTTAATGGCAATAGTCTCGGTAAAGCTACCTGAGTTGACAAAAAGGCTTCTGTTGCAGAGGGT
TAAATTTCTAGCTCATTCTTGATATTCCATTAGAGATAGATCTTAAGCCCCTATTGACTCCGTTGGAATTCTATTCATAGTTGCTCTCCCTTTAATGCCTTATTATTCAGTGTCAGGATTATATGTGTCTAGCATGTTAAATGCCATGATTGTCCTATGTGCTGAGAACCATGAGTAACCATAGGGGATAATGGGAACAT
ACTCTCACTAGTTACACGAGTTTTGCTATAAAGAAGAAAAGGGACGC

Intron 3 GTTCGATTTT ... GTATGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.05	86	7	65
A2	46.88	68	6	60
A3	43.31	72	3	55
A4	43.8	77	1	60
A5	49.32	37	7	36
A6	46.43	15	3	13
A7	40	51	5	34
A8	47.37	10	0	9
A9	42.35	49	1	36
A10	42.34	64	3	47

>TRINITY_DN115760_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CTGAAGAACCACCCTTATTTACGAAAACAAATCCAGAATACGGTTATCTGAAGCTTCTAGGGTTTGATAGGGTCCCGAATTAGGGTTTCTCGACTCTAGGGTTTTAGATGCAGAGCCCAAAACAATATTAGGGCCACATATTGTGTATAATGCGAGTTTCTGCTGTGTGGGTTGGTCTGTGGTCTAGACGTTAGCGGTAC
ACAAGTGTGAGTTTACAACTAGTCCAGAAAATTGGTTTGTTACATTTTTGCCCCAGCAGTGGTCAATGTCAAAGGTAGATATGCACATTGAAGGAAATGAGGAATTGATCTACCTGAAGGAGAAGAGGCAGAAGTTGGTGGAGCAAATTGAGGATAGGTGTATTGTCCAGGATGAGCTCATATATACGCTTGACAGGATT
GTGCCTAATCTTGTTAGCTCTTTGGACCTTTCTCAAAGGGTAATTTCTGCATTCAACGGAGGAGATCAGAATAGAAGGGTACGGCCACAGAAGCGCCATCACGGGGGTTCTGATTCGCACACAAGAAATGCCTTGAGTGCCAAAGTTTTAGGCAGTGGTGTGGCTGCAACAGGTGGTGTCTTGAATTCTGAAGACAGAAA
TGGTGTTTTGAGATTGGACTTTGCAAATGGTAGCGAAGAAGCAGATATCAGGTCTCGTTTGCTTCGGTTGGATGACAAGCACGAGTATGAGAACGGGGGTGATTCATTAAGAGAAGCAAGCAATGATGCCAGTGGATCTCATCCTAAGGCTCTTAGCACCGTCAAAGTTATGGTTGCTTCTGTTTTGCACGATCGCACGC
CTTTTGTGCCCATTGATTCTGCTGCAATTCTTAGGAAGTTGGAAAATGGATACTGCCCACCCGCAGATAAGAATACCCTCGTTGAACTTGGGGGAGAAGTCGGGGCTATTGCAGCTGTAGAAATGGCCTTGAAAGCGCTTGCAGATGAAAATGCAGGTGTAGAGTTAGAAGATTTTGCGGTGAGTGGTAAATCTAGGATA
ATGGTACTTGGAATTGACCGAACACGACTGGCAAAGGTGCTTCCTGAAACAGCACAGCAACTAAATACTAAAAATACAGATAATTCAAATGCAATGGGTACTGTTCAAGTATTGGGAACTGCTGGAGGAATGGATTTAGGTAGATCCCCAGCTGGTATGAATTCTGGCATCCCGAGGCCAGATATGTGGGCTCTATCTGG
AGAGCCTCATCCACAAGGCGTTCATGGCATGCCAGTGGCAGGGCCTCCAATGTTTCCAGGAAGCAATCCTCCACAAATGATGGCCCCAAGAGGTGTCCATAGACCCATGGGTCTTATGGGAATGCCTGGACCTGGTGGTGTTCCTGGACAGCCGATGGGATTTAATGGTCATCCTGCTATGCAAAGGCCACCAATAGGAC
CATCTCCTGGTTTAGGTCCACCTCCTCTATCTTCCAAACCAAGGACAGAGGAAGATGACATCAAAGATATTGAAGCATTGCTTAAGAAAAAATCATTTAAGGAGTTGCAGAAGTCCAAGACAGGTGAAGAACTTTATGATCTAATTCACCGTCCTACTGCAAGAGAAACTGCTCTTGCTGCAAAGTTTAAAACAAAAGGA
GGTACACAGTTGAAAGAGTATTGTAAGGCTTTAACAAAAGAAGATTGCCGACGTCAAAGATGCTCCTATATTGCGTGTGAGAAGGTTCACTTCAGGCGAATAATTGCTCCACATACTGATATTAGCCTGGGTGATTGTTCTTTTTTGGACACTTGCCGACATATGAAGACATGCAAATATGTGCACTATGAGTTGGATCC
AACTCCTGATGTGCCTATTCCAGGGATGGTTGGCCTTCCACCACCAAAACCGCTGCGTGCAGAATATTGCTCAGAAGTTGAGCTTGGGGAGCCACAATGGATCAATTGTGATATTCGTAATTTCAGAATGGATATTTTGGGTCAGTTTGGAGTTATTATGGCAGACCCACCTTGGGATATTCACATGGAGTTGCCATATG
GAACAATGGCTGATGATGAGATGAGAAATTTGAATGTGCCAACTCTGCAAACTGATGGCCTTATTTTCCTCTGGGTTACTGGACGTGCAATGGAACTTGGACGAGAATGTCTGGAACTATGGGGTTATCGTCGCATTGAAGAGCTTATCTGGGTGAAGACTAATCAGCTTCAGCGAATTATTAGAACAGGGCGAACCGGC
CACTGGTTGAATCACAGTAAAGAACATTGTCTTGTTGGTATCAAGGGTGATCCGGAAGTGAACCGCAACATTGACACAGATGTTCTTGTTTCTGAAGTTCGGGAGACAAGCCGAAAACCAGATGAAATGTATCCGATGCTAGAAAGGATAAGTCCTCGTACCCGAAAACTTGAACTGTTTGCACGGATGCATAACACTCA
TGCAGGGTGGATGTCACTTGGTAATCAATTAAGTGGGGTGAGATTAGTCGATGAAGGATTAAGAGCAAGGTTCAAAGCTGCCTATTCAGATGTGGAAGTGCAGCCTGCTTCTCCTCCAAGGGCCGCCCCTGTCTCCGATGGAGAGGCAACTGCACAAGCAAAAAATCGATTTAGCGGAATTGAAGCCAAGGTTACACCTG
AACACATGCCTATGACAGGGTCAGAAAATTATGCGTTGGAGGAGAAGTTTGTAGCTAAAGATGCTGAAATGATAACTTGAAAATTCTATTTTAGTTGTTGAAGTCACCAACATATTATTCAAAGGTCTCTTGGCTGAAGGGGAAGGCAACTATATAACATTGGTGACTTTTCAGTGATCGAGAATCTGATTCTACAATGG
AAAATGTGTAATTGATGGATATGGCAAAAGGTATGTAGCAAAGGAGAATTTCACACACAAGGTTTATAATTTGTGACACTCGAATAGTGTTGTCACAGCTTTTAGGTCCAACTCCCATTTTTTCAAAAGGCATTTCTTGCAAATGTAACTGTCTGAAAAGGAACTCTTTATATCAATAGAATCTACAGTAGCAGCTGAAG
AGGCTCAGAAATGTTGTTCTTGACATCAGTGAAATCTGTAGGTGCAAAATGCAAAAGGTGATGATAAAAATGTATTTTAGGAATTGTATGATTTAATCACTTTCTGAAATTTGTGCACTGAAAAATTGGTCAGATCTGTGTATGTAATATTGGTTTTCCTTTAGGCTTCTTTTTAACACCAAACACTAGATTTCTTCATT
CTATCCTTATATTTGTAAGTCAAGCTTTTTCTCTCTTGA

>TRINITY_DN115760_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTGAAGAACCACCCTTATTTACGAAAACAAATCCAGAATACGGTTATCTGAAGCTTCTAGGGTTTGATAGGGTCCCGAATTAGGGTTTCTCGACTCTAGGGTTTTAGATGCAGAGCCCAAAACAATATTAGGGCCACATATTGTGTATAATGCGAGTTTCTGCTGTGTGGGTTGGTCTGTGGTCTAGACGTTAGCGGTAC
ACAAGTGTGAGTTTACAACTAGTCCAGgttcgattttcatcgctttcttgtatatgttcgacttgttaatccccaaggttgcacgtcccagtagttttgatatcgccctggcaaaaaaaatggtggaaatgggtgatttatgattttgtgttgttgttactagcaaacgtgtaggcatttttgccggaaatctgtcatgg
gggatgcattctgcatactgttgtggcaacataagttcaacttgtcagttttagtaataaattttagatgattaacctatagtatttgatattctacctttgtatgtacagAAAATTGGTTTGTTACATTTTTGCCCCAGCAGTGGTCAATGTCAAAGGTAGATATGCACATTGAAGGAAATGAGGAATTGATCTACCTG
AAGGAGAAGAGGCAGAAGTTGGTGGAGCAAATTGAGGATAGGTGTATTGTCCAGGATGAGCTCATATATACGCTTGACAGGATTGTGCCTAATCTTGTTAGCTCTTTGGACCTTTCTCAAAGGGTAATTTCTGCATTCAACGGAGGAGATCAGAATAGAAGGGTACGGCCACAGAAGCGCCATCACGGGGGTTCTGATTC
GCACACAAGAAATGCCTTGAGTGCCAAAGTTTTAGGCAGTGGTGTGGCTGCAACAGGTGGTGTCTTGAATTCTGAAGACAGAAATGGTGTTTTGAGATTGGACTTTGCAAATGGTAGCGAAGAAGCAGATATCAGGTCTCGTTTGCTTCGGTTGGATGACAAGCACGAGTATGAGAACGGGGGTGATTCATTAAGAGAAG
CAAGCAATGATGCCAGTGGATCTCATCCTAAGGCTCTTAGCACCGTCAAAGTTATGGTTGCTTCTGTTTTGCACGATCGCACGCCTTTTGTGCCCATTGATTCTGCTGCAATTCTTAGGAAGTTGGAAAATGGATACTGCCCACCCGCAGATAAGAATACCCTCGTTGAACTTGGGGGAGAAGTCGGGGCTATTGCAGCT
GTAGAAATGGCCTTGAAAGCGCTTGCAGATGAAAATGCAGGTGTAGAGTTAGAAGATTTTGCGGTGAGTGGTAAATCTAGGATAATGGTACTTGGAATTGACCGAACACGACTGGCAAAGGTGCTTCCTGAAACAGCACAGCAACTAAATACTAAAAATACAGATAATTCAAATGCAATGGGTACTGTTCAAGTATTGGG
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