sp|Q8VXY4|TIPRL_ARATH ----> TIP41-like protein

Intron 1 GTAACCCATT ... ATCTTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.77	32	16	17
A2	18.41	22	6	4
A3	29.07	20	9.5	7
A4	45.21	13	7.5	14
A5	18.43	12	2.5	3
A6	27.77	14	11	0
A7	77.97	2	10.5	4
A8	42.66	15	11	12
A9	24.7	12	4	4
A10	48.36	7	9	5

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGA
TTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGCTGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTT
TTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTGTTTTTCACCATGAAATCAATAGCTGTTTGATTTTGTTGCTGAGCTCGTTCTCCATGAAATCTTTGATAAACCCTACGTGACATTCATGCTTTTGCAGGTGTAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGgtaacccatttatatattttccttcaatgccttgttattatcgattagtccgctac
ttatcccttcatttctgaatggtgaacctacgattaatacttgttaggtggagaaatgaatggggcatttattagttattgtttagtcatagttattcgctattatttctttttgcttgctactagggttttggattcaaggtttataaatttaataacggaatcctgtacatatgtgtgtattgatttagacacacagg
ccatccaattatccttagtgtactctttgtaggtgcatatgtttgtgcatatccatccagtgttcgagtgaaatttatatggctaaatcctaactgtcaaacgaggccaatttgatttataattagcatgtcatgtatatctacaatgtcctttcaatttgcatgctcggaggtatggtgttcgacaacgatggtgaggt
tatctatttttttaatctttgtttttcatatatatttaatttgatttgctggatgaattacgtaaatttatcatttaactgaaaaattctttgtattctaaaataaaatttcattttaatatatttatagtttatacataaaaataataactcattacatgttcgattatctttttagCCAATGAAGAATGGTGAATTCT
GTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGCTGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTT
TCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

Intron 2 GTAACCCATT ... ACACTCTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.84	7	16	1
A2	50	3	5	1
A3	57.14	3	7	1
A4	100	0	7	1
A5	100	0	2	0
A6	41.67	7	8	2
A7	65.52	5	13	6
A8	51.22	10	15	6
A9	54.29	8	9	10
A10	51.11	11	8	15

>TRINITY_DN44630_c2_g2_i9 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTGTTTGCTTGTTTATGTGTGCCGTATTTTTGTGTTGGTGGTTTGTGACAAGTTATGTATTCTATTTTCTGTGGTATTTGTGAGTATTGAGAGACGAGGGGACACCGAACACATTTAACTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGTTGCGGATGGCCCTGTGATCACCTGCTTAGACTCCGATC
ATGTCTGGACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTAATCTGAATCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTTAGGAAGGTTTGCTTCGTCTCCTGGCTGGCTTGAACCGATGTATTTCTCAGGAAAACCGTTAACCCAATTGAAGATTCAACTTCAGCGATGTTTAAGGTAATGTTTCAGTGCTTCTATTTGACAATATAC
GACCTTATAATGCTTCGTTCTATAGAACCGTCACGTTTGTATTGCTAATAGAGATATAGATCAGTGAATTTTATTTACATATGTGTGTATTGATTTAGACACACAGGCCATCCATTTCTTCTTAGTGTACTCTTTGTAGGTGCATATGTTTGTGCATATGTTTTTCACTGGAAGTCTAAAATCCATCCAGTGTTGGAATG
AAATTTAGATGGCTAAATCCCAACTGTCAAACAAGGTCAATTTTATTTATAATTAGCATGTCATGGATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATG

>TRINITY_DN44630_c2_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTGTTTGCTTGTTTATGTGTGCCGTATTTTTGTGTTGGTGGTTTGTGACAAGTTATGTATTCTATTTTCTGTGGTATTTGTGAGTATTGAGAGACGAGGGGACACCGAACACATTTAACTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGTTGCGGATGGCCCTGTGATCACCTGCTTAGACTCCGATC
ATGTCTGGACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTAATCTGAATCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTTAGgtaacccattaatctcttttccttcaatgccttgttattatagtttagtctgctacttatcccttaatttctgaatggtgaacctacgattaatacttattaggtggataaatgaatggggcattta
ttcgttattgcttactttgctattatttattttttcttgctgctagggtttttgcatcaaggtttatacatttaataacgaaatcttgtgtaaacactctaagGAAGGTTTGCTTCGTCTCCTGGCTGGCTTGAACCGATGTATTTCTCAGGAAAACCGTTAACCCAATTGAAGATTCAACTTCAGCGATGTTTAAGGTA
ATGTTTCAGTGCTTCTATTTGACAATATACGACCTTATAATGCTTCGTTCTATAGAACCGTCACGTTTGTATTGCTAATAGAGATATAGATCAGTGAATTTTATTTACATATGTGTGTATTGATTTAGACACACAGGCCATCCATTTCTTCTTAGTGTACTCTTTGTAGGTGCATATGTTTGTGCATATGTTTTTCACTG
GAAGTCTAAAATCCATCCAGTGTTGGAATGAAATTTAGATGGCTAAATCCCAACTGTCAAACAAGGTCAATTTTATTTATAATTAGCATGTCATGGATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATG

Intron 3 GTGCATATGT ... ATTGTCGGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.36	32	22	27
A2	33.33	22	14	8
A3	36.51	20	10	13
A4	57.38	13	14	21
A5	31.43	12	8	3
A6	17.65	14	6	0
A7	78.95	2	10	5
A8	44.44	15	15	9
A9	36.84	12	8	6
A10	36.36	7	4	4

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGA
TTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGCTGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTT
TTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGgtgcatatgtttgtgcatatccatccagtgttcgagtgaaatttatatggctaaatcctaactgtcaaacgaggccaatttgatttataattag
catgtcatgtatatctacgatgtcctttcaatttgcattgtcggagCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGC
TGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATA
ATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

Intron 4 GTAATGGCAC ... GCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.73	36.5	23	7
A2	48.48	20.5	19	0
A3	41.76	26.5	19	4
A4	45.74	31	26	3
A5	50	8	8	0
A6	43.53	10.5	8	3
A7	35.82	20	11	5
A8	32.22	29.5	14	0
A9	34.84	15	8	1
A10	29.86	15.5	6	4

>TRINITY_DN106375_c1_g4_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGAATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAG
ACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGGTGCATATGTTTGTGCATATCCATCCAGTGTTCGAGTGAAATTTATATGGCTAAATCCTAACTGTCAAACGAGGCCAATTTGATTTATAATTAGCATGTCATGTATATCTACGATGTC
CTTTCAATTTGCATTGTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATGGTGAGGTTATCTATTTTTTTAATCTTTGTTTTTCATATATATTTAATTTGATTTGCTGGATGAATTACGTAAATTTATCATTTAACTGAAAAATTCTTTGTATTCTAAAATAAAATTTCATTTTAATATATTTATAGTTTATACATAAAAATAATAA
CTCATTACATGTTCGATTATCTTTTTAGCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGCTGTCTTTGCCATCAATTT
TTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATG

>TRINITY_DN106375_c1_g4_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGAATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAG
ACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGgtaatggcactgctaaacattcgtttaaattttgggatcagaaattacgtccatgaaattttgtataagtttgctctctaaatatcttgccaaatatttcttccgtagattatatatatctaaaaaaggacagagagctttctttttctggttttactcaaa
actattaacaatttttttcctagtcgactctataacattttttcatgtcttgaaattgtgattagaatcgtagcgagtatatcagaccagaatataggaatagaaaaatactaacaatttttattgtcttggaattgcctattcttttccttgaaattgttatttgaagctgcagagggtatgtaatatgctatgcaggt
acaggtatttagcagcgacaatatttatgttatgtttggaattaaattcttgcagatgacataaaatataaaataaaggatctgtttgaaaacattacagaattggctactaactgcatatctaataatagtcatagtaagatttgagaactggcctaaatcgtaacacaaagataaatataattttatagtctaatttt
attttatgttaaattcaaatcacgaggaatcatatttgggttcacttgttaccattgaagtacaactccaattgcataaaccattttccaattattgcatgtaaccatatttcattattcttcctgtttaatttattttccctaagacctttgggatggaggctaattgaggtatttgaataagatacatcaacgagaag
ctgcctctacacatttttttctttgtccctctctgtttttcaccatgaaatcaatagctgtttgattttgttgctgagctcgttctccatgaaatctttgataaaccctacgtgacattcatgcttttgcagGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGGTAACCCATTTATATATTTTCCTT
CAATGCCTTGTTATTATCGATTAGTCCGCTACTTATCCCTTCATTTCTGAATGGTGAACCTACGATTAATACTTGTTAGGTGGAGAAATGAATGGGGCATTTATTAGTTATTGTTTAGTCATAGTTATTCGCTATTATTTCTTTTTGCTTGCTACTAGGGTTTTGGATTCAAGGTTTATAAATTTAATAACGGAATCCTG
TACATATGTGTGT

Intron 5 GTAACCCATT ... TTGCTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.73	6	16	0
A2	71.43	2	5	0
A3	63.64	4	7	1
A4	77.78	2	7	1
A5	100	0	2	0
A6	72.73	3	8	0
A7	61.9	8	13	1
A8	60	10	15	2
A9	34.62	17	9	9
A10	22.86	27	8	10

>TRINITY_DN44630_c2_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

TGTGTTTGCTTGTTTATGTGTGCCGTATTTTTGTGTTGGTGGTTTGTGACAAGTTATGTATTCTATTTTCTGTGGTATTTGTGAGTATTGAGAGACGAGGGGACACCGAACACATTTAACTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGTTGCGGATGGCCCTGTGATCACCTGCTTAGACTCCGATC
ATGTCTGGACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTAATCTGAATCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTTAGGGTTTTTGCATCAAGGTTTATACATTTAATAACGAAATCTTGTGTAAACACTCTAAGGAAGGTTTGCTTCGTCTCCTGGCTGGCTTGAACCGATGTATTTCTCAGGAAAACCGTTAACCCAATTGAA
GATTCAACTTCAGCGATGTTTAAGGTAATGTTTCAGTGCTTCTATTTGACAATATACGACCTTATAATGCTTCGTTCTATAGAACCGTCACGTTTGTATTGCTAATAGAGATATAGATCAGTGAATTTTATTTACATATGTGTGTATTGATTTAGACACACAGGCCATCCATTTCTTCTTAGTGTACTCTTTGTAGGTGC
ATATGTTTGTGCATATGTTTTTCACTGGAAGTCTAAAATCCATCCAGTGTTGGAATGAAATTTAGATGGCTAAATCCCAACTGTCAAACAAGGTCAATTTTATTTATAATTAGCATGTCATGGATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATG

>TRINITY_DN44630_c2_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTGTTTGCTTGTTTATGTGTGCCGTATTTTTGTGTTGGTGGTTTGTGACAAGTTATGTATTCTATTTTCTGTGGTATTTGTGAGTATTGAGAGACGAGGGGACACCGAACACATTTAACTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGTTGCGGATGGCCCTGTGATCACCTGCTTAGACTCCGATC
ATGTCTGGACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTAATCTGAATCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTTAGgtaacccattaatctcttttccttcaatgccttgttattatagtttagtctgctacttatcccttaatttctgaatggtgaacctacgattaatacttattaggtggataaatgaatggggcattta
ttcgttattgcttactttgctattatttattttttcttgctgctagGGTTTTTGCATCAAGGTTTATACATTTAATAACGAAATCTTGTGTAAACACTCTAAGGAAGGTTTGCTTCGTCTCCTGGCTGGCTTGAACCGATGTATTTCTCAGGAAAACCGTTAACCCAATTGAAGATTCAACTTCAGCGATGTTTAAGGTA
ATGTTTCAGTGCTTCTATTTGACAATATACGACCTTATAATGCTTCGTTCTATAGAACCGTCACGTTTGTATTGCTAATAGAGATATAGATCAGTGAATTTTATTTACATATGTGTGTATTGATTTAGACACACAGGCCATCCATTTCTTCTTAGTGTACTCTTTGTAGGTGCATATGTTTGTGCATATGTTTTTCACTG
GAAGTCTAAAATCCATCCAGTGTTGGAATGAAATTTAGATGGCTAAATCCCAACTGTCAAACAAGGTCAATTTTATTTATAATTAGCATGTCATGGATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATG

Intron 6 GTATGGTGTT ... ATCTTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.93	27	16	17
A2	33.33	8	4	4
A3	29.73	13	4	7
A4	34.38	21	8	14
A5	40	3	1	3
A6	100	0	1	0
A7	50	5	6	4
A8	53.85	9	9	12
A9	36.84	6	3	4
A10	50	4	3	5

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGGTGCATATGTTTGTGCATATCCATCCAGTGTTCGAGTGAAATTTATATGGCTAAATCCTAACTGTCAAACGAGGCCAATTTGATTTATAATTAG
CATGTCATGTATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGC
TGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATA
ATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGGTAACCCATTTATATATTTTCCTTCAATGCCTTGTTATTATCGATTAGTCCGCTACTTATCCCTTCATTTCTGAATGGTGAACCTACGATTAAT
ACTTGTTAGGTGGAGAAATGAATGGGGCATTTATTAGTTATTGTTTAGTCATAGTTATTCGCTATTATTTCTTTTTGCTTGCTACTAGGGTTTTGGATTCAAGGTTTATAAATTTAATAACGGAATCCTGTACATATGTGTGTATTGATTTAGACACACAGGCCATCCAATTATCCTTAGTGTACTCTTTGTAGGTGCAT
ATGTTTGTGCATATCCATCCAGTGTTCGAGTGAAATTTATATGGCTAAATCCTAACTGTCAAACGAGGCCAATTTGATTTATAATTAGCATGTCATGTATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGgtatggtgttcgacaacgatggtgaggttatctatttttttaatctttgtttttcatatatattta
atttgatttgctggatgaattacgtaaatttatcatttaactgaaaaattctttgtattctaaaataaaatttcattttaatatatttatagtttatacataaaaataataactcattacatgttcgattatctttttagCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAA
AGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGCTGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTT
ATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

Intron 7 GTGCATATGT ... ATCTTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.86	32	22	17
A2	29.03	22	14	4
A3	29.82	20	10	7
A4	51.85	13	14	14
A5	31.43	12	8	3
A6	17.65	14	6	0
A7	77.78	2	10	4
A8	47.37	15	15	12
A9	33.33	12	8	4
A10	39.13	7	4	5

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGA
TTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGCTGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTT
TTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGgtgcatatgtttgtgcatatccatccagtgttcgagtgaaatttatatggctaaatcctaactgtcaaacgaggccaatttgatttataattag
catgtcatgtatatctacgatgtcctttcaatttgcattgtcggaggtatggtgttcgacaacgatggtgaggttatctatttttttaatctttgtttttcatatatatttaatttgatttgctggatgaattacgtaaatttatcatttaactgaaaaattctttgtattctaaaataaaatttcattttaatatattt
atagtttatacataaaaataataactcattacatgttcgattatctttttagCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTG
ATTAGCTGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCAT
ATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

Intron 8 GTGAGGTTAT ... ATCTTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.66	20	14	17
A2	35.84	6	2.7	4
A3	29.94	11.7	3	7
A4	43.48	13	6	14
A5	40	3	1	3
A6	100	0	1	0
A7	60.84	2.3	3	4
A8	66.18	4.3	4.7	12
A9	36.84	6	3	4
A10	57.14	3	3	5

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGGTAACCCATTTATATATTTTCCTTCAATGCCTTGTTATTATCGATTAGTCCGCTACTTATCCCTTCATTTCTGAATGGTGAACCTACGATTAAT
ACTTGTTAGGTGGAGAAATGAATGGGGCATTTATTAGTTATTGTTTAGTCATAGTTATTCGCTATTATTTCTTTTTGCTTGCTACTAGGGTTTTGGATTCAAGGTTTATAAATTTAATAACGGAATCCTGTACATATGTGTGTATTGATTTAGACACACAGGCCATCCAATTATCCTTAGTGTACTCTTTGTAGGTGCAT
ATGTTTGTGCATATCCATCCAGTGTTCGAGTGAAATTTATATGGCTAAATCCTAACTGTCAAACGAGGCCAATTTGATTTATAATTAGCATGTCATGTATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATGCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTT
TATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCGTTAAATTTCTGTTTCATTTTAATTAGCTGTCGTGGTCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCA
GTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGGTAACCCATTTATATATTTTCCTTCAATGCCTTGTTATTATCGATTAGTCCGCTACTTATCCCTTCATTTCTGAATGGTGAACCTACGATTAAT
ACTTGTTAGGTGGAGAAATGAATGGGGCATTTATTAGTTATTGTTTAGTCATAGTTATTCGCTATTATTTCTTTTTGCTTGCTACTAGGGTTTTGGATTCAAGGTTTATAAATTTAATAACGGAATCCTGTACATATGTGTGTATTGATTTAGACACACAGGCCATCCAATTATCCTTAGTGTACTCTTTGTAGGTGCAT
ATGTTTGTGCATATCCATCCAGTGTTCGAGTGAAATTTATATGGCTAAATCCTAACTGTCAAACGAGGCCAATTTGATTTATAATTAGCATGTCATGTATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATGgtgaggttatctatttttttaatctttgtttttcatatatattta
atttgatttgctggatgaattacgtaaatttatcatttaactgaaaaattctttgtattctaaaataaaatttcattttaatatatttatagtttatacataaaaataataactcattacatgttcgattatctttttagCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAA
AGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCCTTAAATTTCTGTTTCATTTTGATTAGCTGTCTTTGCCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTT
ATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

Intron 9 GTAACCCATT ... CTCTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.82	22	18	6
A2	34.24	14	6.7	8
A3	38.92	10	10.3	2.7
A4	29.91	14	8	4
A5	35.78	8	3	6
A6	56.67	6	12	4
A7	52.61	10	11.3	11
A8	54.19	15	13	23
A9	35.78	8	4.7	4.3
A10	58.73	4	10.7	2

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTGTGTTTTTGTTTCTGATGTGTCTGCTCGTTTGTGTGTGCCGTATTTTTGAGTTGGGGTTTGTGATAAGTTATGTATTCTATTTTATGTGGTATTTGTGAGTACTGAGAGATGAGGGGACACCGAACATATTGACGGAGAACACATTTAATTCGTTGTATTATGGAGCTCTGCACAAGTAATGCCACTGAGGACGCGA
ATGGCCCCGTCATAACCTGCTTAGACTACGATCCTGTCTGAACTTAGGGTCAAATTTACGAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGGTGCATATGTTTGTGCATATCCATCCAGTGTTCGAGTGAAATTTATATGGCTAAATCCTAACTGTCAAACGAGGCCAATTTGATTTATAATTAG
CATGTCATGTATATCTACGATGTCCTTTCAATTTGCATTGTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATGCCAATGAAGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCGTTAAAT
TTCTGTTTCATTTTAATTAGCTGTCGTGGTCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTAATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAA
TGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT

>TRINITY_DN113892_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTGTTTTTCACCATGAAATCAATAGCTGTTTGATTTTGTTGCTGAGCTCGTTCTCCATGAAATCTTTGATAAACCCTACGTGACATTCATGCTTTTGCAGGTGGAGTGATTTGAAGCCGTGGCTATTGAAGTTGCTTCACTCAGgtaacccatttatatattttccttcaatgccttgttattatcgattagtccgctac
ttatcccttcatttctgaatggtgaacctacgattaatacttgttaggtggagaaatgaatggggcatttattagttattgtttagtcatagttattcgctattatttctttttgcttgctactagggttttggattcaaggtttataaatttaataacggaatcctgtacatatgtgtgtattgatttagacacacagg
ccatccaattatccttagtgtactctttgtagGTGCATATGTTTGTGCATATCCATCCAGTGTTCGAGTGAAATTTATATGGCTAAATCCTAACTGTCAAACGAGGCCAATTTGATTTATAATTAGCATGTCATGTATATCTACAATGTCCTTTCAATTTGCATGCTCGGAGGTATGGTGTTCGACAACGATGCCAATGA
AGAATGGTGAATTCTGTAGATAGAGTTAGCCACATGTTTATCCATACCAGCAAAGCTAGAGGAAGTTCATGTCCATTTTCTACAAGATTTAAAGGTAATTTATCAATATCTTTTGCCCCGTTAAATTTCTGTTTCATTTTAATTAGCTGTCGTGGTCATCAATTTTTATTTATCTTAAATGTTATGATGATTTCTGATTA
ATATTATTTGTATTTTCCCATTTCTTTTTATGTTTTCAGTTTATTTAATATTTATTTGATATATGTATTTGTCTTTCTTTTAATTTTTTCCAATTTAGTTACATTAAAAAAAACTTGTTTAAAAAATGGATCAAGCTTCATATTATAATAATTTATGGTTCATCTTAATTGTATTTTATCATTTATT