sp|Q9M9M4|CSLD3_ARATH ----> Cellulose synthase-like protein D3

Intron 1 GTGTGCATCT ... GACTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.37	36	134	37
A2	74.15	19	90	19
A3	77.17	21	114	28
A4	63.56	41	121	22
A5	87.95	5	55	18
A6	78.13	109	505	274
A7	82.45	71	437	230
A8	76.78	153	610	402
A9	80.51	88	461	266
A10	76.08	69	318	121

>TRINITY_DN123477_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TATAGATCGCAGGTTCGAATCCAGCAAAGGTGCGTTGGCTCCTTTTCGACGTTGAAAAGGAGATCATCGCGTGGGTCCACTGGGAAGCCGCGGATACGTTATATGTTGCGAAATCGGGTTTAAGCCGTTTTGACGTTGGCTGTAATGTTGTGTTTATTCCTGAAGTCTCTATAGAAGAATATGTGGTGGCAGTAAATGGC
GGGGTCGGCAGCTCACCAGTTCCAGAAAAAAACTGCTTAGCAATTCCAGACAAAAACAGCTGGGTCGGAGAAGGGGGCAGTTTCGATCTCCCTGTGAGATGCATTACTATCCCTGACGAGATTGTTGCATTTAATGTTATTTTGTAAGTACTGTTTTTTGTATGATTGTTTAAGTTAGTTAATTTGGTATCGAGTGGGCA
AGGGTTACGCCGAAATCCTGGTTGGCACGTCACATGCTTTTCCGTCTTTATCTCGGCCTTTCGCTTTCCGGATCTGTTTCGATTTGTCAATGGGAATCGAAGAAAGCGCGTCGCTTCTCCATGTTGGTATAAAGCTCATGACATTATATTTATGCTAGTGTGGGTTCTTTGTAAAATTTACAAAGGGTCTGTCGGACTGT
AGCACCCATGGGTCGATCTCTTGCAGACGCCCATTGAGTTCAAAATCTGTGATTCGGTTTTTGTTGGGACATTGGTTTGATCCGGGTTCTTGTTTTTATTGTCCTAAACTGATTTGGGTTTTGATGGGCTTACGTTGAGATGATTCGGGTTTTGAGGGATCTATGAGGAATCTGATAGTGTTCCTTGAGAGCCCAACTTG
TTTGAGTTTCTTGGCGTGAAGATTTGGACTGGCTCAGATCGGGTGCCTAGTCTGTGTTACCCACCAGGGTTGATTGGGAGGGTTTTATTATTGTGATCAGCTAAGAATCGACCGTTGCAGAGTTTAGATCAGTGTATTCAAATAGGCTGTTCGCGAGATATTCAACATTGATAAGGAAGGACAATATTTTGTATATTCTG
GATTTAGAGTTAGTGGGTTTTCAGTTGAAGAGATTCATTAGGCCCATTCTCAGCTGCTAAATTTGGGATTTTTTGGGGTTAGTGTCGGTTGTTGGACTGACCTGGAGAAACAAATTTACAGTCATGTCTAACTTGAATCCAAGCCTTTCGAGGAGCTCAACAAGATCATTCAAAAATGCAGCTGGAGCCGGTTCACAGAG
TGTCAAAGCCAGCGGTGCTCAAGTGGTGAAATTTGCGAGGCGAACTGCGAGTGGCCGATATGTGAGCCTCTCCAGAGATGATCTCGATATGTCTGGTGAATTCAGCGGTGAATACTCGAATTATACAGTTCATTTGCCTCCTACACCTGACAATCAACCTATGGGTGCTGTAGATCCTTCGATTGCAGCGAAGGCCGAGG
AGCAGTATGTTTCCAATTCACTTTTCACTGGTGGATTCAACAGTGTCACGAGGGCTCATCTTATGGACAAGGTGATCGACTCTGAAGCCACCCATCCTCAGATGGCTGGTGCCAGGGGATTATCTGCCTGTGCAGTGGAGGGTTGTGATGGTAAGGTTATGAGGGATGAGAGAGGAGAGGATATCCTTCCATGCGACTGT
AACTACAAGATTTGCAGAGATTGCTACTTCGATGCCCAGAAGGATGGAGGAGCTTGTCCAGGATGTAAAGAGCCTTATAAAGTTGGGGACTTAGAGCCAGAGGAAGAGCAAAATGAAGCTTTTCAGAATAGTCTGCCGCCTCTTCCTCCCCCTGCTGGGAACTCTAAACTTGAGAAAAGGATGTCATTGATGAAGTCAAG
CAAGTCCTTGCTCATGAGGAGCCAAACCGGGGACTTTGATCATAATCGGTGGCTTTTTGAGACGAAGGGGACTTATGGGTACGGCAACGCCTTTTGGCCTCAAGAAGAAGCTTATGCTAACAGTGGCACTGAAGGAATGGAAGGAAATATGTCAGATTTAGCTGATAAACCATGGAAGCCTCTGACGCGCAAGCTCAAAA
TTCCTGCTGGCATTCTCAGCCCCTACAGGCTGCTCATCTTCCTGAGAATGGGTGTTCTGGCATTATTTCTCACTTGGCGAATCAGGCACCCTAATACTGATGCAATTTGGTTATGGGGCATGTCTATTGTATGTGAAATATGGTTTGCTTTCTCATGGCTCTTGGATCAGTTGCCAAAATTGTGTCCCATTAATCGTTCT
ACTGATCTTAGTGTTCTCAAGGACAAGTTTGAGTTACCAAGCCCTGACAATCCATCAGCGAGATCAGACTTGCCTGGTATTGATGTCTTTGTCTCCACTGCTGATCCGGAGAAAGAACCACCACTAGTCACTGCAAACACAATCCTATCAATCCTTTCTGCTGATTACCCAGTGGAGAAGCTTGCCTGCTATGTGTCAGA
TGATGGAGGAGCTCTTCTCACATTTGAAGCCATGGCAGAAGCTGCAAGCTTTGCAGATATTTGGGTTCCTTTCTGTCGCAAGCATAACATTGAACCCCGCAATCCCGATTCTTATTTCAGCAATACGCGTGACCCTACTAAGAACAAATTGCGTCCAGACTTTGTTAAGGACCGAAGAAGGCTTAAGAGGGAATATGACG
AGTTTAAGGTGCGAATAAATGGACTTCCTGATTCAATTCGGCGCAGATCAGATGCTTACAATGCCCGAGAAGAAATGAAGGCTATGAAACTTGTCAGGGAAAATGGCACAGATCCAGCAGAAGCTATAAAGGTTTCAAAAGCCACATGGATGGCTGATGGCACTCATTGGCCTGGAACTTGGACAGTGCCGAGTCCAGAA
CATTCAAGAGGAGATCATGCTGGAATTATACAGGTGATGTTAAAACCTCCTAGCAGTGACCCTCTAATAGGCTGTGCAGATGCCAAAATCATTGACTTTACTGATGTGGATATCCGTTTACCTATGTTGGTATATGTATCTCGTGAAAAACGGCCAGGATATGATCACAACAAGAAAGCAGGTGCCATGAATGCTCTTGT
ACGGGCTTCAGCAATCATGTCCAATGGCCCATTTATCCTCAATCTTGACTGTGATCACTACATTTACAACTCACAGGCTATGAGGGAGGGAATGTGCTTTATGATGGATCGTGGAGGGGATCGTATCTGTTATGTTCAATTTCCTCAGAGATTCGAGGGAATAGATCCCAGTGATCGGTATGCAAATCACAATACGGTGT
TTTTTGACGTCAATATGAGGGCACTTGATGGGTTGCAGGGTCCTGTGTATGTGGGAACAGGATGTGTTTTCCGACGAATAGCTTTGTATGGCTTTGATCCTCCAAGAGCAAAGGAGCACACTGGTTGCTGTGGTAGGAAAAAGAAAAGAAGCAAAACTCGCATTGATATAGAGGCACGTGCCCTCAATTCAGGTGATGGT
GATGAGGAGGAGATGGAATCAGCTCTTATCCCTAAGAAGTTCGGGAACTCCACTCATCTGGCAGATTCCATTCCCGTTGCAGAATTTCAGGGTCGACCTTTGGCAGACCATTCTGGGGTGAAGAATGGACGACCTCCAGGTGCTCTAACGGCTCCTCGTGAGCCTCTTGATGCTTCCACTGTTGCAGAAGCTGTAAGTGT
GATTTCTTGCTGGTATGAGGACAAGACTGAGTGGGGAGAGAATGTCGGTTGGATTTACGGTTCTGTAACTGAAGATGTTGTCACTGGATATCGTATGCATATTAAGGGGTGGAGGTCTATTTACTGTGTAACCAAGAGGGATGCTTTCAGGGGCACAGCTCCCATTAACCTGACAGACAGATTGCATCAAGTTCTTCGGT
GGGCAACAGGTTCTGTGGAAATATTTTTCTCACGTAATAATGCACTTCTTGGAAGCTCACGTTTGAAATTCCTTCAGCGAGTAGCATATCTCAATGTCGGCATTTATCCTTTCACTTCCATATTCCTTATTGTGTACTGCTTTCTTCCAGCACTGTCTCTTTTCTCTGGGCAATTTATTGTGCAGACCCTCAATGTATCT
TTCTTGGTATATCTTCTTACTATTACAGTAACTCTTTCTCTCCTTGCAATTCTAGAGATTAAGTGGTCTGGTATTGAACTAGAAGAATGGTGGAGAAATGAACAATTCTGGTTGATAGGGGGTACTAGTGCTCACTTGGCAGCCGTCTTGCAAGGATTGTTGAAGGTTATTGCTGGAATAGAAATCTCTTTCACCCTGAC
TTCTAAGTCTGCAGGCGAGGATGTTGATGATATGTTTGCTGATCTTTACATAGTGAAATGGACTTCCCTTATGATTCCACCAATTACAATAATGATGGTTAACCTCATAGCTATAGCTGTTGGATTTGCAAGGACAATTTATAGTGAGATCCCTCAATGGAGCAAACTGATCGGTGGAGTTTTCTTCAGCTTCTGGGTGT
TGGCCCATCTTTATCCATTTGCTAAGGGCTTGATGGGCAGAAGAGGAAGGACACCTACTATTGTCTTTGTCTGGTCAGGTCTTCTTGCCATTACCATATCACTTCTATGGGTTGCTATAAATCCTCCATCAGGTAGTTCAGGAATCGGTGGGGGCTTTGAATTTCCATGAGAGCTTCATAATTGCATATGGCAGCAAAAT
GAGTAGCGGCAGAAGATCCATTAGTCTTGGGTGCAATATTTGCCTAATAGTTGGAGTTTTCTCTGGCATTGGCGGCTCCACACCTTCAGGTGGGAAATCACAGCTTTAGAGAAAGAATTGTGTGGACTCTTATTCTTCAGTCTAATGAATATGCTCCAATCTGTTTATTGTTTATGATTTAGTGCTATTGTCTTTGGATT
TCGAGACAAGGAGCATGATAAGCACTTGCAGTATTGCATCTGCAAATTGCTTTGCAACAGAACATTTGATCTCATTCATAGGCTCACTTTCATGGTCTATTTACTTTATCTTAAATATGATATCATTTTTAATACCCTTTACCCTACTGGGGAACAGTTGAGCATTTTGTCAATGAGGGTGAAGGTTGTGGCAAATGTAG
AACTAATTTGATCGACTTTCTAATTTACTAATTGAACCACTGGACTAGGCATGTGGGAAATTTCAACTTTACAGAATGAATTGTATAATTTCTTATTCTTCGGTATAATTAATGATAATGCTCCAATTTGATCCAGAAA

>TRINITY_DN123477_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATAGATCGCAGGTTCGAATCCAGCAAAGGTGCGTTGGCTCCTTTTCGACGTTGAAAAGGAGATCATCGCGTGGGTCCACTGGGAAGCCGCGGATACGTTATATGTTGCGAAATCGGGTTTAAGCCGTTTTGACGTTGGCTGTAATGTTGTGTTTATTCCTGAAGTCTCTATAGAAGAATATGTGGTGGCAGTAAATGGC
GGGGTCGGCAGCTCACCAGTTCCAGAAAAAAACTGCTTAGCAATTCCAGACAAAAACAGCTGGGTCGGAGAAGGGGGCAGTTTCGATCTCCCTGTGAGATGCATTACTATCCCTGACGAGATTGTTGCATTTAATGTTATTTTGTAAGTACTGTTTTTTGTATGATTGTTTAAGTTAGTTAATTTGGTATCGAGTGGGCA
AGGGTTACGCCGAAATCCTGGTTGGCACGTCACATGCTTTTCCGTCTTTATCTCGGCCTTTCGCTTTCCGGATCTGTTTCGATTTGTCAATGGGAATCGAAGAAAGCGCGTCGCTTCTCCATGTTGGTATAAAGCTCATGACATTATATTTATGCTAGTGTGGGTTCTTTGTAAAATTTACAAAGGGTCTGTCGGACTGT
AGCACCCATGGGTCGATCTCTTGCAGACGCCCATTGAGTTCAAAATCTGTGATTCGGTTTTTGTTGGGACATTGGTTTGATCCGGGTTCTTGTTTTTATTGTCCTAAACTGATTTGGGTTTTGATGGGCTTACGTTGAGATGATTCGGGTTTTGAGGGATCTATGAGGAATCTGATAGTGTTCCTTGAGAGCCCAACTTG
TTTGAGTTTCTTGGCGTGAAGATTTGGACTGGCTCAGATCGGGTGCCTAGTCTGTGTTACCCACCAGGGTTGATTGGGAGGGTTTTATTATTGTGATCAGCTAAGAATCGACCGTTGCAGAGTTTAGATCAGTGTATTCAAATAGGCTGTTCGCGAGATATTCAACATTGATAAGGAAGGACAATATTTTGTATATTCTG
GATTTAGAGTTAGTGGGTTTTCAGTTGAAGAGATTCATTAGGCCCATTCTCAGCTGCTAAATTTGGGATTTTTTGGGGTTAGTGTCGGTTGTTGGACTGACCTGGAGAAACAAATTTACAGTCATGTCTAACTTGAATCCAAGCCTTTCGAGGAGCTCAACAAGATCATTCAAAAATGCAGCTGGAGCCGGTTCACAGAG
TGTCAAAGCCAGCGGTGCTCAAGTGGTGAAATTTGCGAGGCGAACTGCGAGTGGCCGATATGTGAGCCTCTCCAGAGATGATCTCGATATGTCTGGTGAATTCAGCGGTGAATACTCGAATTATACAGTTCATTTGCCTCCTACACCTGACAATCAACCTATGGGTGCTGTAGATCCTTCGATTGCAGCGAAGGCCGAGG
AGCAGTATGTTTCCAATTCACTTTTCACTGGTGGATTCAACAGTGTCACGAGGGCTCATCTTATGGACAAGGTGATCGACTCTGAAGCCACCCATCCTCAGATGGCTGGTGCCAGGGGATTATCTGCCTGTGCAGTGGAGGGTTGTGATGGTAAGGTTATGAGGGATGAGAGAGGAGAGGATATCCTTCCATGCGACTGT
AACTACAAGATTTGCAGAGATTGCTACTTCGATGCCCAGAAGGATGGAGGAGCTTGTCCAGGATGTAAAGAGCCTTATAAAGTTGGGGACTTAGAGCCAGAGGAAGAGCAAAATGAAGCTTTTCAGAATAGTCTGCCGCCTCTTCCTCCCCCTGCTGGGAACTCTAAACTTGAGAAAAGGATGTCATTGATGAAGTCAAG
CAAGTCCTTGCTCATGAGGAGCCAAACCGGGGACTTTGATCATAATCGGTGGCTTTTTGAGACGAAGGGGACTTATGGGTACGGCAACGCCTTTTGGCCTCAAGAAGAAGCTTATGCTAACAGTGGCACTGAAGGAATGGAAGGAAATATGTCAGATTTAGCTGATAAACCATGGAAGCCTCTGACGCGCAAGCTCAAAA
TTCCTGCTGGCATTCTCAGCCCCTACAGGCTGCTCATCTTCCTGAGAATGGGTGTTCTGGCATTATTTCTCACTTGGCGAATCAGGCACCCTAATACTGATGCAATTTGGTTATGGGGCATGTCTATTGTATGTGAAATATGGTTTGCTTTCTCATGGCTCTTGGATCAGTTGCCAAAATTGTGTCCCATTAATCGTTCT
ACTGATCTTAGTGTTCTCAAGGACAAGTTTGAGTTACCAAGCCCTGACAATCCATCAGCGAGATCAGACTTGCCTGGTATTGATGTCTTTGTCTCCACTGCTGATCCGGAGAAAGAACCACCACTAGTCACTGCAAACACAATCCTATCAATCCTTTCTGCTGATTACCCAGTGGAGAAGCTTGCCTGCTATGTGTCAGA
TGATGGAGGAGCTCTTCTCACATTTGAAGCCATGGCAGAAGCTGCAAGCTTTGCAGATATTTGGGTTCCTTTCTGTCGCAAGCATAACATTGAACCCCGCAATCCCGATTCTTATTTCAGCAATACGCGTGACCCTACTAAGAACAAATTGCGTCCAGACTTTGTTAAGGACCGAAGAAGGCTTAAGAGGGAATATGACG
AGTTTAAGGTGCGAATAAATGGACTTCCTGATTCAATTCGGCGCAGATCAGATGCTTACAATGCCCGAGAAGAAATGAAGGCTATGAAACTTGTCAGGGAAAATGGCACAGATCCAGCAGAAGCTATAAAGGTTTCAAAAGCCACATGGATGGCTGATGGCACTCATTGGCCTGGAACTTGGACAGTGCCGAGTCCAGAA
CATTCAAGAGGAGATCATGCTGGAATTATACAGGTGATGTTAAAACCTCCTAGCAGTGACCCTCTAATAGGCTGTGCAGATGCCAAAATCATTGACTTTACTGATGTGGATATCCGTTTACCTATGTTGGTATATGTATCTCGTGAAAAACGGCCAGGATATGATCACAACAAGAAAGCAGGTGCCATGAATGCTCTTGT
ACGGGCTTCAGCAATCATGTCCAATGGCCCATTTATCCTCAATCTTGACTGTGATCACTACATTTACAACTCACAGGCTATGAGGGAGGGAATGTGCTTTATGATGGATCGTGGAGGGGATCGTATCTGTTATGTTCAATTTCCTCAGAGATTCGAGGGAATAGATCCCAGTGATCGGTATGCAAATCACAATACGGTGT
TTTTTGACGTCAATATGAGGGCACTTGATGGGTTGCAGGGTCCTGTGTATGTGGGAACAGGATGTGTTTTCCGACGAATAGCTTTGTATGGCTTTGATCCTCCAAGAGCAAAGGAGCACACTGGTTGCTGTGGTAGGAAAAAGAAAAGAAGCAAAACTCGCATTGATATAGAGGCACGTGCCCTCAATTCAGGTGATGGT
GATGAGGAGGAGATGGAATCAGCTCTTATCCCTAAGAAGTTCGGGAACTCCACTCATCTGGCAGATTCCATTCCCGTTGCAGAATTTCAGGGTCGACCTTTGGCAGACCATTCTGGGGTGAAGAATGGACGACCTCCAGGTGCTCTAACGGCTCCTCGTGAGCCTCTTGATGCTTCCACTGTTGCAGAAGCTGTAAGTGT
GATTTCTTGCTGGTATGAGGACAAGACTGAGTGGGGAGAGAATGTCGGTTGGATTTACGGTTCTGTAACTGAAGATGTTGTCACTGGATATCGTATGCATATTAAGGGGTGGAGGTCTATTTACTGTGTAACCAAGAGGGATGCTTTCAGGGGCACAGCTCCCATTAACCTGACAGACAGATTGCATCAAGTTCTTCGGT
GGGCAACAGGTTCTGTGGAAATATTTTTCTCACGTAATAATGCACTTCTTGGAAGCTCACGTTTGAAATTCCTTCAGCGAGTAGCATATCTCAATGTCGGCATTTATCCTTTCACTTCCATATTCCTTATTGTGTACTGCTTTCTTCCAGCACTGTCTCTTTTCTCTGGGCAATTTATTGTGCAGACCCTCAATGTATCT
TTCTTGGTATATCTTCTTACTATTACAGTAACTCTTTCTCTCCTTGCAATTCTAGAGATTAAGTGGTCTGGTATTGAACTAGAAGAATGGTGGAGAAATGAACAATTCTGGTTGATAGGGGGTACTAGTGCTCACTTGGCAGCCGTCTTGCAAGGATTGTTGAAGGTTATTGCTGGAATAGAAATCTCTTTCACCCTGAC
TTCTAAGTCTGCAGGCGAGGATGTTGATGATATGTTTGCTGATCTTTACATAGTGAAATGGACTTCCCTTATGATTCCACCAATTACAATAATGATGGTTAACCTCATAGCTATAGCTGTTGGATTTGCAAGGACAATTTATAGTGAGATCCCTCAATGGAGCAAACTGATCGGTGGAGTTTTCTTCAGCTTCTGGGTGT
TGGCCCATCTTTATCCATTTGCTAAGGGCTTGATGGGCAGAAGAGGAAGGACACCTACTATTGTCTTTGTCTGGTCAGGTCTTCTTGCCATTACCATATCACTTCTATGGGTTGCTATAAATCCTCCATCAGGTAGTTCAGGAATCGGTGGGGGCTTTGAATTTCCATGAGAGCTTCATAATTGCATATGGCAGCAAAAT
GAGTAGCGGCAGAAGATCCATTAGTCTTGGGTGCAATATTTGCCTAATAGTTGGAGTTTTCTCTGGCATTGGCGGCTCCACACCTTCAGgtgtgcatcttgaaatttgtgaattctttgtcagaaaatttcatagatattttctgctctttttcccgcgcagaggtactggacattgtaaccaactctgtgaagattgtt
ggctttcaaaagaccttcggtctacctgagttggtgagcgtttgctatataaattgcttctttgggcactatcattttgaatacaattcccttttacccaactgggggtacagttgaacattttgtcaatgagggttaaggttgtggcaattttggaccacattttatccgctttctaagttactgtttgaatccctgga
cttggcagGTGGGAAATCACAGCTTTAGAGAAAGAATTGTGTGGACTCTTATTCTTCAGTCTAATGAATATGCTCCAATCTGTTTATTGTTTATGATTTAGTGCTATTGTCTTTGGATTTCGAGACAAGGAGCATGATAAGCACTTGCAGTATTGCATCTGCAAATTGCTTTGCAACAGAACATTTGATCTCATTCATAG
GCTCACTTTCATGGTCTATTTACTTTATCTTAAATATGATATCATTTTTAATACCCTTTACCCTACTGGGGAACAGTTGAGCATTTTGTCAATGAGGGTGAAGGTTGTGGCAAATGTAGAACTAATTTGATCGACTTTCTAATTTACTAATTGAACCACTGGACTAGGCATGTGGGAAATTTCAACTTTACAGAATGAAT
TGTATAATTTCTTATTCTTCGGTATAATTAATGATAATGCTCCAATTTGATCCAGAAA

Intron 2 GTGAGCGTTT ... GACTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.07	23	76	37
A2	63.83	17	41	19
A3	72.73	15	52	28
A4	63.96	20	49	22
A5	70.37	12	39	18
A6	72.51	123	375	274
A7	73.9	86	257	230
A8	73.8	142	398	402
A9	74.68	89	259	266
A10	70.16	57	147	121

>TRINITY_DN41458_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GTCACGAGGGCTCATCTTATGGACAAGGTGATCGACTCTGAAGCCACCCATCCTCAGATGGCTGGTGCCAGGGGATTATCTGCCTGTGCAGTGGAGGGTTGTGATGGTAAGGTTATGAGGGATGAGAGAGGAGAGGATATCCTTCCATGCGACTGTAACTACAAGATTTGCAGAGATTGCTACTTCGATGCCCAGAAGGA
TGGAGGAGCTTGTCCAGGATGTAAGGAGCCTTATAAAGTTGGGGACTTAGAGCCAGAGGAAGAGCAAAATGAAGCTTTTCAGAATAGTCTGCCGCCTCTTCCTCCCCCTGCTGGGAACTCTAAACTTGAGAAAAGGATGTCATTGATGAAGTCAAGCAAATCCTTGCTCATGAGGAGCCAAACCGGGGACTTTGATCATA
ATCGGTGGCTTTTTGAGACGAAGGGGACTTATGGGTACGGCAACGCCTTTTGGCCTCAAGAAGAAGCTTATGCTAACAGTGGCACTGAAGGAATGGAAGGAAATATGTCAGATTTAGCTGATAAACCATGGAAGCCTCTGACGCGCAAGCTCAAAATTCCTGCTGGCATTCTCAGCCCCTACAGGCTGCTCATCTTCCTG
AGAATGGGTGTTCTGGCATTATTTCTCACTTGGCGAATCAGGCACCCTAATACTGATGCAATTTGGTTATGGGGCATGTCTATTGTATGTGAAATATGGTTTGCTTTCTCATGGCTCTTGGATCAGTTGCCAAAATTGTGTCCCATTAATCGTTCTACCGATCTTAGTGTTCTCAAGGACAAGTTTGAGTTACCAAGCCC
TGACAATCCATCAGCGAGATCAGACTTGCCTGGTATTGATGTCTTTGTCTCCACTGCTGATCCGGAGAAAGAACCACCACTAGTCACTGCAAACACAATCCTATCAATCCTTTCTGCTGATTACCCAGTGGAGAAGCTTGCCTGCTATGTGTCAGATGATGGAGGAGCTCTTCTCACATTTGAAGCCATGGCAGAAGCTG
CAAGCTTTGCAGATATTTGGGTTCCTTTCTGTCGCAAGCATAACATTGAACCCCGCAATCCCGATTCTTATTTCAGCAATACGCGTGACCCTACTAAGAACAAATTGCGTCCAGACTTTGTTAAGGACCGAAGAAGGCTTAAGAGGGAATATGACGAGTTTAAGGTGCGAATAAATGGACTTCCTGATTCAATTCGGCGC
AGATCAGATGCTTACAATGCCCGAGAAGAAATGAAGGCTATGAAACTTGTCAGGGAAAATGGCACAGATCCAGCAGAAGCTATAAAGGTTTCAAAAGCCACATGGATGGCTGATGGCACTCATTGGCCTGGAACTTGGACAGTGCCGAGTCCAGAACATTCAAGAGGAGATCATGCTGGAATTATACAGGTGATGTTAAA
ACCTCCTAGCAGTGACCCTCTAATAGGCTGTGCAGATGCCAAAATCATTGACTTTACTGATGTGGATATCCGTTTACCTATGTTGGTATATGTATCTCGTGAAAAACGGCCAGGATATGATCACAACAAGAAAGCAGGTGCCATGAATGCTCTTGTACGGGCTTCAGCAATCATGTCCAATGGCCCATTTATCCTCAATC
TTGACTGTGATCACTACATTTACAACTCACAGGCTATGAGGGAGGGAATGTGCTTTATGATGGATCGTGGAGGGGATCGTATCTGTTATGTTCAATTTCCTCAGAGATTCGAGGGAATAGATCCCAGTGATCGGTATGCAAATCACAATACGGTGTTTTTTGACGTCAATATGAGGGCACTTGATGGGTTGCAGGGTCCT
GTGTATGTGGGAACAGGATGTGTTTTCCGACGAATAGCTTTGTATGGCTTTGATCCTCCAAGAGCAAAGGAGCACACTGGTTGCTGTGGTAGGAAAAAGAAAAGAAGCAAAACTCGCATTGATATAGAGGCACGTGCCCTCAATTCAGGTGATGGTGATGAGGAGGAGATGGAATCAGCTCTTATCCCTAAGAAGTTCGG
GAACTCCACTCATCTGGCAGATTCCATTCCCGTTGCAGAATTTCAGGGTCGACCTTTGGCAGACCATTCTGGGGTGAAGAATGGACGACCTCCAGGTGCTCTAACGGCTCCTCGTGAGCCTCTTGATGCTTCCACTGTTGCAGAAGCTGTAAGTGTGATTTCTTGCTGGTATGAGGACAAGACTGAGTGGGGAGAGAATG
TCGGTTGGATTTACGGTTCTGTAACTGAAGATGTTGTCACTGGATATCGTATGCATATTAAGGGGTGGAGGTCTATTTACTGTGTAACCAAGAGGGATGCTTTCAGGGGCACAGCTCCCATTAACCTGACAGACAGATTGCATCAAGTTCTTCGGTGGGCAACAGGTTCTGTGGAAATATTTTTCTCACGTAATAATGCA
CTTCTTGGAAGCTCACGTTTGAAATTCCTTCAGCGAGTAGCATATCTCAATGTCGGCATTTATCCTTTCACTTCCATATTCCTTATTGTGTACTGCTTTCTTCCAGCACTGTCTCTTTTCTCTGGGCAATTTATTGTGCAGACCCTCAATGTATCTTTCTTGGTATATCTTCTTACTATTACAGTAACTCTTTCTCTCCT
TGCAATTCTAGAGATTAAGTGGTCTGGTATTGAACTAGAAGAATGGTGGAGAAATGAACAATTCTGGTTGATAGGGGGTACTAGTGCTCACTTGGCAGCCGTCTTGCAAGGATTGTTGAAGGTTATTGCTGGAATAGAAATCTCTTTCACCCTGACTTCTAAGTCTGCAGGCGAGGATGTTGATGATATGTTTGCTGATC
TTTACATAGTGAAATGGACTTCCCTTATGATTCCACCAATTACAATAATGATGGTTAACCTCATAGCTATAGCTGTTGGATTTGCAAGGACAATTTATAGTGAGATCCCTCAATGGAGCAAACTGATCGGTGGAGTTTTCTTCAGCTTCTGGGTGTTGGCCCATCTTTATCCATTTGCTAAGGGCTTGATGGGCAGAAGA
GGAAGGACACCTACTATTGTCTTTGTCTGGTCAGGTCTTCTTGCCATTACCATATCACTTCTATGGGTTGCTATAAATCCTCCATCAGGTAGTTCAGGAATCGGTGGGGGCTTTGAATTTCCATGAGAGCTTCATAATTGCATATGGCAGCAAAATGAGTAGCGGCAGAAGATCCATTAGTCTTGGGTGCAATATTTGCC
TAATAGTTGGAGTTTTCTCTGGCATTGGCGGCTCCACACCTTCAGGTGTGCATCTTGAAATTTGTGAATTCTTTGTCAGAAAATTTCATAGATATTTTCTGCTCTTTTTCCCGCGCAGAGGTACTGGACATTGTAACCAACTCTGTGAAGATTGTTGGCTTTCAAAAGACCTTCGGTCTACCTGAGTTGGTGGGAAATCA
CAGCTTTAGAGAAAGAATTGTGTGGACTCTTATTCTTCAGTCTAATGAATATGCTCCAATCTGTTTATTGTTTATGATTTAGTGCTATTGTCTTTGGATTTCGAGACAAGGAGCATGATAAGCACTTGCAGTATTGCATCTGCAAATTGCTTTGCAACAGAACATTTGATCTCATTCATAGGCTCACTTTCATGGTCTAT
TTACTTTATCTTAAATATGATATCATTTTTAATACCCTTTACCCTACTGGGGAACAGTTGAGCATTTTGTCAATGAGGGTGAAGGTTGTGGCAAATGTAGAACTAATTTGATCGACTTTCTAATTTACTAATTGAACCACTGGACTAGGCATGTGGGAAATTTCAACTTTACAGAATGAATTGTATAATTTCTTATTCTT
CGGTATAATTAATGGTTATGCTCCAATTTGATCCTGCTTTAGCGCGACCGTCTTTGGATTTCGAGGCACAGAGGCATGATAAGCACTTGCAGTATTGCATCTGCAAATTGCTTTGCAACAGAACATTTGATCTCATTCATAGGCTCACTTTCATGGTCTATTTACTTCATCTTAAACATGATATCATTTTTAATACCCTT
TACCCTACTGGGGAACAGTTGAGCATTTTGTCAATGAGGGTGAAGGTTGTGGCAAATGTAGAACTAATTTTATCGACTTTCCAATTTACTAATTGAACCACTGGACTAGGCATGTGGGAAATTTCAACTTTACAGAATGAATTGTATAATTTCTTATTCTTCGGTATAATTAATGATAATGCTCCAATTTGATCCTGCTT
TAGCGCGACCGTCTTTGGATTTCGAGAGGCATGATAAGCACTTGCAGTTTGCATCTTCAATTTGCTTTGGAACAAAGCTCAATTTCGTGCTCTATTTGCTTCATCTTCGACATGCC

>TRINITY_DN41458_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTCACGAGGGCTCATCTTATGGACAAGGTGATCGACTCTGAAGCCACCCATCCTCAGATGGCTGGTGCCAGGGGATTATCTGCCTGTGCAGTGGAGGGTTGTGATGGTAAGGTTATGAGGGATGAGAGAGGAGAGGATATCCTTCCATGCGACTGTAACTACAAGATTTGCAGAGATTGCTACTTCGATGCCCAGAAGGA
TGGAGGAGCTTGTCCAGGATGTAAGGAGCCTTATAAAGTTGGGGACTTAGAGCCAGAGGAAGAGCAAAATGAAGCTTTTCAGAATAGTCTGCCGCCTCTTCCTCCCCCTGCTGGGAACTCTAAACTTGAGAAAAGGATGTCATTGATGAAGTCAAGCAAATCCTTGCTCATGAGGAGCCAAACCGGGGACTTTGATCATA
ATCGGTGGCTTTTTGAGACGAAGGGGACTTATGGGTACGGCAACGCCTTTTGGCCTCAAGAAGAAGCTTATGCTAACAGTGGCACTGAAGGAATGGAAGGAAATATGTCAGATTTAGCTGATAAACCATGGAAGCCTCTGACGCGCAAGCTCAAAATTCCTGCTGGCATTCTCAGCCCCTACAGGCTGCTCATCTTCCTG
AGAATGGGTGTTCTGGCATTATTTCTCACTTGGCGAATCAGGCACCCTAATACTGATGCAATTTGGTTATGGGGCATGTCTATTGTATGTGAAATATGGTTTGCTTTCTCATGGCTCTTGGATCAGTTGCCAAAATTGTGTCCCATTAATCGTTCTACCGATCTTAGTGTTCTCAAGGACAAGTTTGAGTTACCAAGCCC
TGACAATCCATCAGCGAGATCAGACTTGCCTGGTATTGATGTCTTTGTCTCCACTGCTGATCCGGAGAAAGAACCACCACTAGTCACTGCAAACACAATCCTATCAATCCTTTCTGCTGATTACCCAGTGGAGAAGCTTGCCTGCTATGTGTCAGATGATGGAGGAGCTCTTCTCACATTTGAAGCCATGGCAGAAGCTG
CAAGCTTTGCAGATATTTGGGTTCCTTTCTGTCGCAAGCATAACATTGAACCCCGCAATCCCGATTCTTATTTCAGCAATACGCGTGACCCTACTAAGAACAAATTGCGTCCAGACTTTGTTAAGGACCGAAGAAGGCTTAAGAGGGAATATGACGAGTTTAAGGTGCGAATAAATGGACTTCCTGATTCAATTCGGCGC
AGATCAGATGCTTACAATGCCCGAGAAGAAATGAAGGCTATGAAACTTGTCAGGGAAAATGGCACAGATCCAGCAGAAGCTATAAAGGTTTCAAAAGCCACATGGATGGCTGATGGCACTCATTGGCCTGGAACTTGGACAGTGCCGAGTCCAGAACATTCAAGAGGAGATCATGCTGGAATTATACAGGTGATGTTAAA
ACCTCCTAGCAGTGACCCTCTAATAGGCTGTGCAGATGCCAAAATCATTGACTTTACTGATGTGGATATCCGTTTACCTATGTTGGTATATGTATCTCGTGAAAAACGGCCAGGATATGATCACAACAAGAAAGCAGGTGCCATGAATGCTCTTGTACGGGCTTCAGCAATCATGTCCAATGGCCCATTTATCCTCAATC
TTGACTGTGATCACTACATTTACAACTCACAGGCTATGAGGGAGGGAATGTGCTTTATGATGGATCGTGGAGGGGATCGTATCTGTTATGTTCAATTTCCTCAGAGATTCGAGGGAATAGATCCCAGTGATCGGTATGCAAATCACAATACGGTGTTTTTTGACGTCAATATGAGGGCACTTGATGGGTTGCAGGGTCCT
GTGTATGTGGGAACAGGATGTGTTTTCCGACGAATAGCTTTGTATGGCTTTGATCCTCCAAGAGCAAAGGAGCACACTGGTTGCTGTGGTAGGAAAAAGAAAAGAAGCAAAACTCGCATTGATATAGAGGCACGTGCCCTCAATTCAGGTGATGGTGATGAGGAGGAGATGGAATCAGCTCTTATCCCTAAGAAGTTCGG
GAACTCCACTCATCTGGCAGATTCCATTCCCGTTGCAGAATTTCAGGGTCGACCTTTGGCAGACCATTCTGGGGTGAAGAATGGACGACCTCCAGGTGCTCTAACGGCTCCTCGTGAGCCTCTTGATGCTTCCACTGTTGCAGAAGCTGTAAGTGTGATTTCTTGCTGGTATGAGGACAAGACTGAGTGGGGAGAGAATG
TCGGTTGGATTTACGGTTCTGTAACTGAAGATGTTGTCACTGGATATCGTATGCATATTAAGGGGTGGAGGTCTATTTACTGTGTAACCAAGAGGGATGCTTTCAGGGGCACAGCTCCCATTAACCTGACAGACAGATTGCATCAAGTTCTTCGGTGGGCAACAGGTTCTGTGGAAATATTTTTCTCACGTAATAATGCA
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