sp|F4K5K4|TBL5_ARATH ----> Protein trichome birefringence-like 5

Intron 1 GTGAGTGCTA ... TTAAATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.1	22.8	13	15
A2	20.48	33	7	10
A3	45.21	20	20	13
A4	21.05	15	4	4
A5	21.95	16	9	0
A6	11.11	24	4	2
A7	11.76	75	10	10
A8	12.33	32	6	3
A9	11.54	45	3	8.8
A10	10.47	77	13	5

>TRINITY_DN118173_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAAACTTACCAAATCCTCTCCGTTTTCAACCAACTACTTCGAATCCACTTTGGCTTGATGTTTCTGGATCGTTTTCGAAGAAGGTTCGTACCACGGTACCAGCTCTATGTATATCATCGGGATTCGGGAAGCAATTGAAACAGGTCACAATGGCAATCTGTTAACCGCGGCCGATGATGGAGATTCAATGCAACAGGCT
TCTTGGAAATACTGAGAGGCAAGCGAGTCATGCTAGTGGGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCTTTGTATTCTTCGCGAAGGTCTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGGACTATAATTGCACTGTCGAATTC
AGTCGTTCCCATTTCTTAGTTAGGGAAGGTATAAAGGTTAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTGATCGAATAGATAAAATGTCTTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTGGGGACATGGAAAGACATCAAAGGGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGT
GCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTG
GGAGCTATCCAGTTAAAATGCAAATTGTGGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTT
CCAGATGCATGGAATGAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCGTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATAGTGTGGTGTAGTTGTCG
GTCATGCTTGCTTCTCAAGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAGTACGTGTTATTTTTTTACGAGACAGATTGCTATTCATGCAGCTTTCAGTGGTATGTTTGCTATATTGTCATAAGTCAGAGTTTGACGTTTTCATTGGCAATGTCTCAAAAGAGATTACATGTTATATTTCCACGAGACAAATTGCTA
TTCAGCTCATTGACTATTCCATGCAGCTGTCAATGGTTACAACATTATCTTCATTTGGGGCTTGTAGTACACGAATACAATTGAAAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGTTTTGACATTTATATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAG
GGATTTGAAATAATTGGAAGAGCTCGTAAGCTTCATCTGTCAATCTTTGTCATATCGGTAAGCAGATCCGATAAGCTTAGATTGCTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGATCTGATCAGATTATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTATTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGT
ATGCCGTCTAGCTTATTGTAGTGCACAGCAAATAGTTTTCCTTTCATAGATGTTGTCCTCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTGACACGTGACTAGGATGCTTAAACAGGTTGTGACTTGAACTATGTTTGATTTTTTACATTATATGCCATCAAAGTTGC

>TRINITY_DN118173_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTGGTGGTCACATTTTGGAACGGGATTAAATTATGACAGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGTGCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGg
tgagtgctagattcgagtctttctctgttttttccattacgttcgttaaatttggtccctaaataaatgaataaacatcataaaaacatggtaagatggctatcttaaatacagGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTGGGAGCTATCCAGTTA
AAATGCAAATTGTGGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTTCCAGATGCATGGAAT
GAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCGTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATAGTGTGGTGTAGTTGTCGGTCATGCTTGCTTCT
CAAGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAGTACGTGTTATTTTTTTACGAGACAGATTGCTATTCATGCAGCTTTCAGTG

Intron 2 GTAATGTTGG ... CTAAGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.03	22	9	9
A2	38.46	12	6	9
A3	28.57	10	6	2
A4	5.88	8	1	0
A5	28.21	14	7	4
A6	25	12	4	4
A7	24	38	11	13
A8	27.27	16	9	3
A9	26.32	21	8	7
A10	28.85	37	15	15

>TRINITY_DN109196_c0_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoform

TTCGAATCCACTTTGGCTTGATGTTTCTGGATCGTTTTCGAAGAAGGTTCGTACCACGGTACCAGCTCTATGTATATCATCGGGATTCGGGAAGCAATTGAAACAGGTCACAATGGCAATCTGTTAACCGCGGCCGATGATGGAGATTCAATGCAACAGGCTTCTTGGAAATACTGAGAGGCAAGCGAGTCATGCTAGTG
GGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCTTTGTATTCTTCGCGAAGGTCTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGGACTATAACTGCACTGTCGAATTCAGTCGTTCCCATTTCTTAGTTAGGGAAGGTATAAAGGT
TAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTGATCGAATAGATAAAATGTCTTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTGGGGACATGGAAAGACATCAAAGGGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGTGCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGG
CAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTGGGAGCTATCCAGTTAAAATGCAAATTGTAGAGGATGTA
ATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTTCCAGATGCATGGAATGAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGT
CATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCTTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGAAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATAGTGTGGTGTAGTTGTCGGTCATGCTTGCTTCTCAAGTGAACATC
ACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAGTACGTGTTATTTTTTTACGAGACAGATTGCTATTCATGCAGCTTTCAGTGGTATGTTTGCTATATTATCATAAGTCCGAGTTTGACGTTTTCATTGGCAATGTCTCAAAAGAGATTACATGTTATATTTCCACGAGACAAATTGCTATTCAGCTCATTGACTATTCCATGCAGC
TGTCAATGGTTACAACATTATCTTCATTTGGGGCTTGTAGTACACGAATACAATTGAAAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGTTTTGACATTTATATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAGGGATTTGAAATAATTGGAAGAGCTCGT
AAGCTTCATCTGTCAATCTTTGTCATATCGGTAAGCAGGTCCGATAAGCTCAGATTGCTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGATCTGATCAGATTATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTACTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGTATGCCGTCTAGCTTATTGTAGTGCACA
GCAAATAGTTTTCCTTTCATAGATGTTGTCCTCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTGACACGTGACTAGGATGCTTAAACAGGTTGTGACTTGAACTATGTTTGATTTTTTACATTATATGCCATCAAAGTTGCTAACAGTAACCTAGTTGTCTCTTTATCTCGTCTTTAGTGTCTTAATCTTGTTTCTTCAGTCAATCC
AGAAATTTTATGTAAAATAAG

>TRINITY_DN109196_c0_g1_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCGAATCCACTTTGGCTTGATGTTTCTGGATCGTTTTCGAAGAAGGTTCGTACCACGGTACCAGCTCTATGTATATCATCGGGATTCGGGAAGCAATTGAAACAGGTCACAATGGCAATCTGTTAACCGCGGCCGATGATGGAGATTCAATGCAACAGGCTTCTTGGAAATACTGAGAGGCAAGCGAGTCATGCTAGTG
GGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCTTTGTATTCTTCGCGAAGGTCTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGgtaatgttggatctctgcctccctccttgcctgaactgtatcttctgttatgagcatttttt
tctaacttaagcattcttgactaagtgtagGACTATAACTGCACTGTCGAATTCAGTCGTTCCCATTTCTTAGTTAGGGAAGGTATAAAGGTTAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTGATCGAATAGATAAAATGTCTTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTG
GGGACATGGAAAGACATCAAAGGGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGTGCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACT
CTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTGGGAGCTATCCAGTTAAAATGCAAATTGTAGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGAT
CAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTTCCAGATGCATGGAATGAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCTTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAA
ATGAAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATAGTGTGGTGTAGTTGTCGGTCATGCTTGCTTCTCAAGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAGTACGTGTTATTTTTTTACGAGACAGATTGCTATTCATGCAGCTTTCAGTGGTATGTTTGCTATATTATCATAAGTCCGAGTT
TGACGTTTTCATTGGCAATGTCTCAAAAGAGATTACATGTTATATTTCCACGAGACAAATTGCTATTCAGCTCATTGACTATTCCATGCAGCTGTCAATGGTTACAACATTATCTTCATTTGGGGCTTGTAGTACACGAATACAATTGAAAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGTTTTGACATTTAT
ATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAGGGATTTGAAATAATTGGAAGAGCTCGTAAGCTTCATCTGTCAATCTTTGTCATATCGGTAAGCAGGTCCGATAAGCTCAGATTGCTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGATCTGATCAGATT
ATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTACTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGTATGCCGTCTAGCTTATTGTAGTGCACAGCAAATAGTTTTCCTTTCATAGATGTTGTCCTCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTGACACGTGACTAGGATGCTTAAACAGGTTGTGACTTGAACTATGTTTGATTT
TTTACATTATATGCCATCAAAGTTGCTAACAGTAACCTAGTTGTCTCTTTATCTCGTCTTTAGTGTCTTAATCTTGTTTCTTCAGTCAATCCAGAAATTTTATGTAAAATAAG

Intron 3 GTATGTTTGC ... TTCCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55	9	9	13
A2	48.48	17	14	18
A3	64.71	6	12	10
A4	66.67	5	13	7
A5	72.41	4	11	10
A6	64.21	17	23	38
A7	57.89	24	33	33
A8	68.99	20	38	51
A9	63.76	27	48	47
A10	53.52	33	33	43

>TRINITY_DN118173_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAAACTTACCAAATCCTCTCCGTTTTCAACCAACTACTTCGAATCCACTTTGGCTTGATGTTTCTGGATCGTTTTCGAAGAAGGTTCGTACCACGGTACCAGCTCTATGTATATCATCGGGATTCGGGAAGCAATTGAAACAGGTCACAATGGCAATCTGTTAACCGCGGCCGATGATGGAGATTCAATGCAACAGGCT
TCTTGGAAATACTGAGAGGCAAGCGAGTCATGCTAGTGGGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCTTTGTATTCTTCGCGAAGGTCTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGGACTATAATTGCACTGTCGAATTC
AGTCGTTCCCATTTCTTAGTTAGGGAAGGTATAAAGGTTAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTGATCGAATAGATAAAATGTCTTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTGGGGACATGGAAAGACATCAAAGGGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGT
GCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTG
GGAGCTATCCAGTTAAAATGCAAATTGTGGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTT
CCAGATGCATGGAATGAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCGTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATAGTGTGGTGTAGTTGTCG
GTCATGCTTGCTTCTCAAGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAGTACGTGTTATTTTTTTACGAGACAGATTGCTATTCATGCAGCTTTCAGTGCTGTCAATGGTTACAACATTATCTTCATTTGGGGCTTGTAGTACACGAATACAATTGAAAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGT
TTTGACATTTATATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAGGGATTTGAAATAATTGGAAGAGCTCGTAAGCTTCATCTGTCAATCTTTGTCATATCGGTAAGCAGATCCGATAAGCTTAGATTGCTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGA
TCTGATCAGATTATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTATTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGTATGCCGTCTAGCTTATTGTAGTGCACAGCAAATAGTTTTCCTTTCATAGATGTTGTCCTCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTGACACGTGACTAGGATGCTTAAACAGGTTGTGACTTGAAC
TATGTTTGATTTTTTACATTATATGCCATCAAAGTTGC

>TRINITY_DN118173_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGAAACTTACCAAATCCTCTCCGTTTTCAACCAACTACTTCGAATCCACTTTGGCTTGATGTTTCTGGATCGTTTTCGAAGAAGGTTCGTACCACGGTACCAGCTCTATGTATATCATCGGGATTCGGGAAGCAATTGAAACAGGTCACAATGGCAATCTGTTAACCGCGGCCGATGATGGAGATTCAATGCAACAGGCT
TCTTGGAAATACTGAGAGGCAAGCGAGTCATGCTAGTGGGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCTTTGTATTCTTCGCGAAGGTCTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGGACTATAATTGCACTGTCGAATTC
AGTCGTTCCCATTTCTTAGTTAGGGAAGGTATAAAGGTTAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTGATCGAATAGATAAAATGTCTTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTGGGGACATGGAAAGACATCAAAGGGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGT
GCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTG
GGAGCTATCCAGTTAAAATGCAAATTGTGGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTT
CCAGATGCATGGAATGAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCGTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATAGTGTGGTGTAGTTGTCG
GTCATGCTTGCTTCTCAAGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAGTACGTGTTATTTTTTTACGAGACAGATTGCTATTCATGCAGCTTTCAGTGgtatgtttgctatattgtcataagtcagagtttgacgttttcattggcaatgtctcaaaagagattacatgttatatttccacgagacaaattgcta
ttcagctcattgactattccatgcagCTGTCAATGGTTACAACATTATCTTCATTTGGGGCTTGTAGTACACGAATACAATTGAAAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGTTTTGACATTTATATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAG
GGATTTGAAATAATTGGAAGAGCTCGTAAGCTTCATCTGTCAATCTTTGTCATATCGGTAAGCAGATCCGATAAGCTTAGATTGCTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGATCTGATCAGATTATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTATTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGT
ATGCCGTCTAGCTTATTGTAGTGCACAGCAAATAGTTTTCCTTTCATAGATGTTGTCCTCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTGACACGTGACTAGGATGCTTAAACAGGTTGTGACTTGAACTATGTTTGATTTTTTACATTATATGCCATCAAAGTTGC

Intron 4 GTACGTGTTA ... TTCCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.34	9.1	26	13
A2	58.38	13.6	20	18
A3	61.81	9	19.1	10
A4	60	6	11	7
A5	56.25	7	8	10
A6	73.13	9	11	38
A7	61.94	23	41	33.9
A8	66.23	21.4	33	51
A9	72.81	17.3	44.7	47.9
A10	59.75	26.7	36	43

>TRINITY_DN45587_c0_g2_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CTGCAAATACCATAAACTTCCGCCAATTTAACAGACCGGTTACCTCATAAAATATTTAAATCCACGACCACTCTAATGCTGTTATCGAGCTCCGCCTGCCATGGAACCCACGCTGCTTCCGCTCAATGTCGAGATGACTGCATTTCACGCATTTTTCTCGGTTCATGGGCAGGAATTTTCCTTCAATATACTTAATGTGC
CCCCATCCTCTGAACCAGGAAATAATTCTTTAAAAAATGTGAAGTTGGAAGGAGACCGGGAGCTAAGAAGCCTGCTCGCAGGCTTGGAGCCCTTAGTTCAACAGAGGTTAAATCAAAGCACAGATGTTGCAAGATTCACCTTGGAAATGAAAGACATCTTGGAGCACGTTGTTGGTGTCAAATCTCAAGTCTCTTTGCCA
TCAACAGATTTTTATCGAAGAATATATTCTGAGATAGAAGCTGTGGGATGGGAACATCTTATTTGCTTGGGTGATGATCTAACATCAGTTCGCTTCCGTATCTTTGATCGAGCAGGAAGAGAACACAATGTGGAGATAACCCTACCTTCAACATATCCTGAAGTTGAACCTGCAGTCTCTTCGGAGCTGCCAATTGCATT
TGAGTTACAATGGTCGAAAGAGGTTACTTTGAAAGATGTTCTAAATCAGTTCTATGAGACTACTGACAAATTTCAAGACTTTTGGCATGTTATGGAGGATATTGACATGAATGTATGGGTCATGGAACCTGTACACCCATCTCGTGCGAGCTCATTTCGTCGCATAGCTCTAGGTGGGCATTGTTCTTTGACATTGACCG
TTAATGCTTTTTCACCAAGATCTGTGCCAGAATGTCGCTTCTTTGGATCTGACATGGTCATAGCTCCCCTAAGGAAAAGATGGAATAGTAACATTAGAAGATGGAAAGTTGACAGACTGCTGCGGGAAAATCTAGAGGATATTATGGAAACAACATTCCCTTCTCCTCAAGATAGCATTCAGGAAGACATCAGTGCAGAC
TGTGGAATTTGTTATGCATTTCGGCTTCCAAATGTTGATGGCCTTGGAGCTGAGACAGGAAGTGTACCTGACCGAGCTTGTGACAATCCTAGCTGTGGGAGACCTTTCCACAGTGCATGCCTGATCGAATGGCTGCGATCCATCACAACAACACGACAGTCATTTGATGTCCTTTTTGGCAATTGTCCTTATTGCTCTCA
TCCTATTGCAGTCAAAACTACTGCTCAATGATTTTAAAATATGGTAAAGTTTGTGCTTGTTTCTTGTAACCTCATCCGGAGTCTGCATTTGGAGGATAACAAAGAAGATTCAATGCAACAGGCTTCTTGGAAATACTGAGAGGCAAGCGAGTCATGCTAGTGGGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCT
TTGTATTCTTCGCGAAGGTCTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGGACTATAATTGCACTGTCGAATTCAGTCGTTCCCATTTCTTAGTTAGGGAAGGTATAAAGGTTAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTG
ATCGAATAGATAAAATGTCTTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTGGGGACATGGAAAGACATCAAAGGGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGTGCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTG
AATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTGGGAGCTATCCAGTTAAAATGCAAATTGTGGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGT
TACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTTCCAGATGCATGGAATGAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTG
AGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCTTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATGGTGTGGTGTAGTTGTTGGTCATGCTTGCTTCTCAAGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGACTGTCAATGGTTACAACATTATCT
TCATTTGGGGCTTGTAGTACACGAATACAATTGAAAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGTTTTGACATTTATATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAGGGATTTGAAATAATTGGAAGAGCTCGTAAGCTTCATCTGTCAATCTTTGT
CATATCGGTAAGCAGATCCGATAAGCTTAGATTGCTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGATCTGATCAGATTATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTATTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGTATGCCGTCTAGCTTATTGTAGTGCACAGCAAATAGTTTTCCTTTCATAGA
TGTTGTCCTCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTGACACGTGACTAGGATGCTTAAACAGGTTGTGACTTGAACTATGTTTGATTTTTTACATTATATGCCATCAAAGTTGCTAACAGTAACCTAGTTGTCTCTTTATCTCGTCTTTAGTGTCTTAATCTTGTTTCTTCAGTCAATCCAGAAATTTTATGTAAAATAAGCA
GTGGGAACACTTTCATATACAGAAGAAAGCCTGTAGGACACACAACCTTTGAG

>TRINITY_DN45587_c0_g2_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTGCAAATACCATAAACTTCCGCCAATTTAACAGACCGGTTACCTCATAAAATATTTAAATCCACGACCACTCTAATGCTGTTATCGAGCTCCGCCTGCCATGGAACCCACGCTGCTTCCGCTCAATGTCGAGATGACTGCATTTCACGCATTTTTCTCGGTTCATGGGCAGGAATTTTCCTTCAATATACTTAATGTGC
CCCCATCCTCTGAACCAGGAAATAATTCTTTAAAAAATGTGAAGTTGGAAGGAGACCGGGAGCTAAGAAGCCTGCTCGCAGGCTTGGAGCCCTTAGTTCAACAGAGGTTAAATCAAAGCACAGATGTTGCAAGATTCACCTTGGAAATGAAAGACATCTTGGAGCACGTTGTTGGTGTCAAATCTCAAGTCTCTTTGCCA
TCAACAGATTTTTATCGAAGAATATATTCTGAGATAGAAGCTGTGGGATGGGAACATCTTATTTGCTTGGGTGATGATCTAACATCAGTTCGCTTCCGTATCTTTGATCGAGCAGGAAGAGAACACAATGTGGAGATAACCCTACCTTCAACATATCCTGAAGTTGAACCTGCAGTCTCTTCGGAGCTGCCAATTGCATT
TGAGTTACAATGGTCGAAAGAGGTTACTTTGAAAGATGTTCTAAATCAGTTCTATGAGACTTTTGGCATGTTATGGAGGATATTGACATGAATGTATGGGTCATGGAACCTGTACACCCATCTCGTGCGAGCTCATTTCGTCGCATAGCTCTAGGTGGGCATTGTTCTTTGACATTGACCGTTAATGCTTTTTCACCAAG
ATCTGTGCCAGAATGTCGCTTCTTTGGATCTGACATGGTCATAGCTCCCCTAAGGAAAAGATGGAATAGTAACATTAGAAGATGGAAAGTTGACAGACTGCTGCGGGAAAATCTAGAGGATATTATGGAAACAACATTCCCTTCTCCTCAAGATAGCATTCAGGAAGACATCAGTGCAGACTGTGGAATTTGTTATGCAT
TTCGGCTTCCAAATGTTGATGGCCTTGGAGCTGAGACAGGAAGTGTACCTGACCGAGCTTGTGACAATCCTAGCTGTGGGAGACCTTTCCACAGTGCATGCCTGATCGAATGGCTGCGATCCATCACAACAACACGACAGTCATTTGATGTCCTTTTTGGCAATTGTCCTTATTGCTCTCATCCTATTGCAGTCAAAACT
ACTGCTCAATGATTTTAAAATATGGTAAAGTTTGTGCTTGTTTCTTGTAACCTCATCCGGAGTCTGCATTTGGAGGATAACAAAGAAGATTCAATGCAACAGGCTTCTTGGAAATACTGAGAGGCAAGCGAGTCATGCTAGTGGGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCTTTGTATTCTTCGCGAAGGT
CTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGGACTATAATTGCACTGTCGAATTCAGTCGTTCCCATTTCTTAGTTAGGGAAGGTATAAAGGTTAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTGATCGAATAGATAAAATGTC
TTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTGGGGACATGGAAAGACATCAAAGGGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGTGCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTG
TTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTGGGAGCTATCCAGTTAAAATGCAAATTGTGGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTC
CGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTTCCAGATGCATGGAATGAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGA
GCAGGTTCTTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGAAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATGGTGTGGTGTAGTTGTTGGTCATGCTTGCTTCTCAAGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAgtacgtgttatttttttacgagacagattgct
attcatgcagctttcagtggtatgtttgctatattatcataagtccgagtttgacgttttcattggcaatgtctcaaaagagattacatgttatatttccacgagacaaattgctattcagctcattgactattccatgcagCTGTCAATGGTTACAACATTGTCTTCATTTGGGGCTTGTAGTACACGAATACAATTGA
AAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGTTTTGACATTTATATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAGGGATTTGAAATAATTGGAAGAGCTCGTAAGCTTCATCTGTCAATCTTTGTCATATCGGTAAGCAGGTCCGATAAGCTCAGATTG
CTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGATCTGATCAGATTATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTATTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGTATGCCGTCTAGCTTATTGTAGTGCACAGCAAATAGTTTTCCTTTCATAGATGTTGTCCTCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTG
ACACGTGACTAGGATGCTTAAACAGGTTGTGACTTGAACTATGTTTGATTTTTTACATTATATGCCATCAAAGTTGCTAACAGTAACCTAGTTGTCTCTTTATCTCGTCTTTAGTGTCTTAATCTTGTTTCTTCAGTCAATCCAGAAATTTTATGTAAAATAAGCAGTGGGAACACTTTCATATACAGAAGAAAGCCTGT
AGGACACACAACCTTTGAG

Intron 5 GTGAGGCACT ... ATTATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A7	20.52	35.4	3.1	9
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A9	16.21	26.1	1.6	5
A10	26.18	36.9	2	13

>TRINITY_DN100559_c0_g1_i4 from sample A5 / Example spliced isoform

TAAAAAATGTTGGTCTTTTGTTTTTCCCATTTTTTATATCCACGAGTCGCCTGCTTCCGCAAGCACGAGTATGGTAACTATGTCTCAGACAGTTGTAGCATATGTTTACGCTCACTCTGTCTTCTATGACAGCATTATTTTAATTCACCGTCCATTGATGTTCCAGATTCAATGCAACAGGCTTCTTGGAAATACTGAGA
GGCAAGCGAGTCATGCTAGTGGGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCTTTGTATTCTTCGCGAAGGTCTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGGACTATAATTGCACTGTCGAATTCAGTCGTTCCCATTTCTT
AGTTAGGGAAGGTATAAAGGTTAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTGATCGAATAGATAAAATGTCTTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTGGGGACATGGAAAGACATCAAAGGGGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGTGCATGAATACTTAGATG
TACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAATGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTGGGAGCTATCCAGTTAAA
ATGCAAATTGTGGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCCTGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTTCCAGATGCATGGAATGA
GTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGCAGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCGTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATAGTGTGGTGTAGTTGTCGGTCATGCTTGCTTCTCA
AGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAGTACGTGTTATTTTTTTACGAGACAGATTGCTATTCATGCAGCTTTCAGTGGTATGTTTGCTATATTGTCATAAGTCAGAGTTTGACGTTTTCATTGGCAATGTCTCAAAAGAGATTACATGTTATATTTCCACGAGACAAATTGCTATTCAGCTCATTGACTAT
TCCATGCAGCTGTCAATGGTTACAACATTATCTTCATTTGGGGCTTGTAGTACACGAATACAATTGAAAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGTTTTGACATTTATATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAGGGATTTGAAATAATTGG
AAGAGCTCGTAAGCTTCATCTGTCAATCTTTGTCATATCGGTAAGCAGATCCGATAAGCTTAGATTGCTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGATCTGATCAGATTATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTATTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGTATGCCGTCTAGCTTATT
GTAGTGCACAGCAAATAGTTTTCCTTTCATATATGTTGTCCTCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTG

>TRINITY_DN100559_c0_g1_i8 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TAAAAAATGTTGGTCTTTTGTTTTTCCCATTTTTTATATCCACGAGTCGCCTGCTTCCGCAAGCACGAGTATGGTAACTATGTCTCAGACAGTTGTAGCATATGTTTACGCTCACTCTGTCTTCTATGACAGCATTATTTTAATTCACCGTCCATTGATGTTCCAGATTCAATGCAACAGGCTTCTTGGAAATACTGAGA
GGCAAGCGAGTCATGCTAGTGGGGGATTCGATGAATAGGAACCAGTTTGAGTCCATGCTTTGTATTCTTCGCGAAGGTCTGTCTAATAAGAGCAGAATGTTTGAGACTCATGGCTATCGCATCACGAAAGGCAGAGGATACTATATTTTCAAATTTATGGACTATAATTGCACTGTCGAATTCAGTCGTTCCCATTTCTT
AGTTAGGGAAGGTATAAAGGTTAGATCTACTGGGAAGAGGAGGCTTACATTGATGATTGATCGAATAGATAAAATGTCTTCAAGGTGGAAGAGAGCAGACATTCTGATTTTCAACACAGGGCATTGGTGGGGACATGGAAAGACATCAAAGGGgtgaggcactttaaccaatattgctctgcaacgttattttcgttgca
aagaaatcttcatttattaaaacctggattatatatatggatcttatgtcaaacttttaattcaaggtttcatttggtggtcacattttggaacgggattaaattatgacagGAAAGACTACTACCAAGAAGGAGATGAAGTGCATGAATACTTAGATGTACTTACAGCTTTCAGGCGGGCAATGATGACATGGGGGAAA
TGGATTGATGAAAATCTGAATCCTGAAAAAACCCGTGTTTTCTACCGTGGCTACTCAGCTGCCCATTTTCGGGGAGGCCAATGGAACTCTGGTGGCCAATGCAGCGGGGAGACCCAACCCATCCTAAATGAAACCTTCCTTGGGAGCTATCCAGTTAAAATGCAAATTGTGGAGGATGTAATCCAGCAAATGCATACTCC
TGTTACTATTTTGAATGTTACAAGATTGACAGATTTCCGTAAGGATGGGCACCCTTCTATTTACGGCAAGCATTTTACAGAATCAGATCAAAAGAAAACACGGAGATATCAGGATTGCAGCCACTGGTGTCTTCCAGGGGTTCCAGATGCATGGAATGAGTTAATCTTTGCTTCCTTGGTCATGGAAAAGAAGTTTTAGC
AGAAATAATGCAATGCTGAGTAATACATGCATTTAGAGCAGGTTCGTAGATGTTGGTTCCCCAAGTAAGGATCAAGCAGAGAGAGAAAATGCTGGGTGCTACATTTTTGTTTGCAACTGAAGATAGTGTGGTGTAGTTGTCGGTCATGCTTGCTTCTCAAGTGAACATCACAGGACAGCAATGCTTAAAAGAGAGTACGT
GTTATTTTTTTACGAGACAGATTGCTATTCATGCAGCTTTCAGTGGTATGTTTGCTATATTGTCATAAGTCAGAGTTTGACGTTTTCATTGGCAATGTCTCAAAAGAGATTACATGTTATATTTCCACGAGACAAATTGCTATTCAGCTCATTGACTATTCCATGCAGCTGTCAATGGTTACAACATTATCTTCATTTGG
GGCTTGTAGTACACGAATACAATTGAAAGCTCAAGAATTCTACACCTGTCAGCTTCAAGACAAGTTTTGACATTTATATTTCAAAGCGGGACCTGTAGAGCACAAAGTGGGACAGTTTCAAGGATTGAGATGAAAGGAACAGGGATTTGAAATAATTGGAAGAGCTCGTAAGCTTCATCTGTCAATCTTTGTCATATCGG
TAAGCAGATCCGATAAGCTTAGATTGCTATTATTGTTCCACATTCAGTATTGACAGATGTGCAGATCTGATCAGATTATATTGCTATTATGGTTCCACATTCAGTATTGACAGGTATCATATTCACCTGTACTGAAACTGGTATGCCGTCTAGCTTATTGTAGTGCACAGCAAATAGTTTTCCTTTCATATATGTTGTCC
TCATCGTCTTAGTATAGACATAGCTG