sp|Q38732|DAG_ANTMA ----> DAG protein, chloroplastic


Intron 1 GTCAGAAGTG ... GGTGTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A124.631011650
A219.231052624
A317.971051828
A425.2734419
A514.293037
A620.4644111219
A720.5149467188
A819.6355980193
A919.5954893174
A1020.6245881157



>TRINITY_DN98352_c1_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
CCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAG
CAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAA
GGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTGTCATGGATCCTCCCAACGAGGGTAAGGCCACCAAACAGGAAATGATCGACTGCTATATTCAAACCCTCGCCAAGGTCTTGGGAAGCGAGGAAGCAGCAAAAAAGTCTATCTACAATGTGTCTTGCGAACGATACTTTGGCTTTGGATGCCAAATAGATGAGGAAACCTCCAA
TAAACTTGTCGGGCTTCCTGGAGTGGTCTTTGTTCTACCAGATTCGTATGTTGATGCAGAATATAAGGATTATGGAGGGGAACTATTAGTTGATGGGAAGATAGTTGAGAGATCTCCAGAAAGACAGCGACGTGTCACTCCTGCTCCTCAGCGGAACAATGATAGACCCAGATACAATGACAGAACAAGATACGTCAGGC
GAAGGGAAAATCAGAATCAAGGTCGTTGATCAGCATTCTCTCCTGAAATTAGAGAAAATAGAGAATTGAGAGTGGCTGTGGACTAGAACAGTTGTAATACCCCGATTGTGATATAATGCTACTTCAAAGTGATCATCATTAGAACATTCTATATCGGTTGCTCATAATGTGGGTGAAGTCTTGTTTTCTTGAAAAACATG
TTATCAGAGTCGTATGTAAAACTAGCATCTAGAATGCTCTGTTACATGGACTGCATTTAATGGATAGCTTATGAATGCCTTAACTTGTAAAGAAGACATATTAACGGAAAGGCTATGTGTTTGGATTCTCTGAGAATAAGTCCGGAGTATTATTGTTTCCATCTAGATTGGCGGACTATTTCACGCTTTTAGTATATTTA
CTCAGGTTGGTCTCTGCTTGGTTTTACAAGGGTGCTATTTTCTTTTGAAATAGAAATTGGAAACTATTTTGGTTTCTAAATTTTTCCCTCG


>TRINITY_DN98352_c1_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAG
CAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAA
GGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTGTCATGGATCCTCCCAACGAGGGTAAGGCCACCAAACAGGAAATGATCGACTGCTATATTCAAACCCTCGCCAAGGTCTTGGGAAGCGAGGAAGCAGCAAAAAAGTCTATCTACAATGTGTCTTGCGAACGATACTTTGGCTTTGGATGCCAAATAGATGAGGAAACCTCCAA
TAAACTTGTCGGGCTTCCTGGAGTGGTCTTTGTTCTACCAGATTCGTATGTTGATGCAGAATATAAGGATTATGGAGgtcagaagtggaagttagctcagtggtttgtctctttttttttctcaatttagatttggctgtttaaaaatattttttgaatggtgtttcagGGGAACTATTAGTTGATGGGAAGATAGTTGA
GAGATCTCCAGAAAGACAGCGACGTGTCACTCCTGCTCCTCAGCGGAACAATGATAGACCCAGATACAATGACAGAACAAGATACGTCAGGCGAAGGGAAAATCAGAATCAAGGTCGTTGATCAGCATTCTCTCCTGAAATTAGAGAAAATAGAGAATTGAGAGTGGCTGTGGACTAGAACAGTTGTAATACCCCGATTG
TGATATAATGCTACTTCAAAGTGATCATCATTAGAACATTCTATATCGGTTGCTCATAATGTGGGTGAAGTCTTGTTTTCTTGAAAAACATGTTATCAGAGTCGTATGTAAAACTAGCATCTAGAATGCTCTGTTACATGGACTGCATTTAATGGATAGCTTATGAATGCCTTAACTTGTAAAGAAGACATATTAACGGA
AAGGCTATGTGTTTGGATTCTCTGAGAATAAGTCCGGAGTATTATTGTTTCCATCTAGATTGGCGGACTATTTCACGCTTTTAGTATATTTACTCAGGTTGGTCTCTGCTTGGTTTTACAAGGGTGCTATTTTCTTTTGAAATAGAAATTGGAAACTATTTTGGTTTCTAAATTTTTCCCTCG




Intron 2 GTAAAATTTT ... TATTTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A141.29209150144
A248.55160164138
A342.86164117129
A446.67148128131
A546.42867475
A645.3411707991142
A743.981066714960
A843.8512198411063
A947839643845
A1045.71630456605



>TRINITY_DN100752_c0_g3_i1 from sample A5 / Example spliced isoform
CTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGG
CTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAG
CACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGGTAAGGAAGAATCCTGGTTCTTTAAATTTTGCCTTAGGATTCAGGGTTTATAGTTGTTTTCATAAGTCGGTTTTTATTTTAGCTCATGCGATAAGGTTTTAGTGT
CTTACAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATA
CCAGATACTCGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAGAGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTA
TAGCAGACCTCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCC
AAAATTATAACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAAGATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCA
GTCTATCAGCAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAGGCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGA
AGGGAGGAACTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATTATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGG
GAGGATCATTCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATGGAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGTAAGATTTGCTC
GTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTGATTATTCAATT
AATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGTTGTAATCCCCA
GGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCGAATTGCATGGT
CTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCACACTGGTATTTTGGCGTTGCTAGTCCTTGAACA
CAAGAACAGTTTAACAAGCTTTATTTGGAATGGAATAACTCCAAAACGTTGAATACCCTTGGGTCTCCCATTTCCATGTACAATTGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTATCTGACTTTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAATTGCTTTGCTAGT
ACTTTCTGGATATTACCCAGGTTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTTTCTGGCATTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAACTGCTTTGCTAGTACTTTCCAGGGTCTCCCATTTCCATGTACAAA


>TRINITY_DN100752_c0_g3_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:
CTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGG
CTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAG
CACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGGTAAGGAAGAATCCTGGTTCTTTAAATTTTGCCTTAGGATTCAGGGTTTATAGTTGTTTTCATAAGTCGGTTTTTATTTTAGCTCATGCGATAAGGTTTTAGTGT
CTTACAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATA
CCAGATACTCGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAGAGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTA
TAGCAGACCTCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCC
AAAATTATAACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAAGATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCA
GTCTATCAGCAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAGGCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGA
AGGGAGGAACTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATTATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGG
GAGGATCATTCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATGGAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGgtaaaattttgagtctaaatagagtgaggggattccttacttgtaacgtgtagctcaagctgacttggtgatt
atttttcaggttgaagattgtcaggtatgcctgggtgtatggaattatgagtcgatgagaaggaaataggtaaaattttgagtctaaatagagtgaggggattccttacttgtaacgtgtagctcaagctgacttggtgattatttttcag
GTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTT
CGTTTGACCTTGTAAGATTTGCTCGTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAA
TTAATAGATAGTGATTATTCAATTAATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTT
GTGAAAATATTGTTGTAATCCCCAGGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGT
ATACAAAATACCGAATTGCATGGTCTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCACACTGGTAT
TTTGGCGTTGCTAGTCCTTGAACACAAGAACAGTTTAACAAGCTTTATTTGGAATGGAATAACTCCAAAACGTTGAATACCCTTGGGTCTCCCATTTCCATGTACAATTGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTATCTGACTTTCCGAGTTCTT
TCTTTCTAGAATTGCTTTGCTAGTACTTTCTGGATATTACCCAGGTTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTTTCTGGCATTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAACTGCTTTGCTAGTACTTTCCAGGGTCTCCCATTTCCATGTACAAA




Intron 3 GTAAGTGTTG ... CTGTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A13.49387140
A23.4225490
A312.93256380
A42.5131180
A55.99157100
A60.6248330
A72.3764180
A80.837030
A91.85583111
A101.4262390



>TRINITY_DN112893_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
ATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCT
AACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGC
GAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCT
CAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACTCGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAG
AGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACCTCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATT
ACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATAACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAA
GATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAGCAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAG
GCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAACTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATT
ATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCATTCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATG
GAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGGTAAAATTTTGAGTCTAAATAGAGTGAGGGGATTCCTTACTTGTAACGTGTAGCTCAAGCTGACTTGGTGATTATTTTTCAGGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGT
AAGATTTGCTCGTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTG
ATTATTCAATTAATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGT
TGTAATCCCCAGGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCG
AATTGCATGGTCTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCACACTGGTAATTTGGCGTTGCT
AGTCCTTGAACACAAGAACAGTTTAACAAGCTTTATTTGGAATGGAATAACTCCAAAACGTTGAATACCCTTGGGTCTCCCATTTCCATGTACAATTGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTATCTGACTTTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAAT
TGCTTTGCTAGTACTTTCTGGATATTACCCAGGTTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTTTCTGGCATTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAACTGCTTTGCTAGTACTTTCCAGGGTCTCCCATTTCCATGTACAAATGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGC
ATGG


>TRINITY_DN112893_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCT
AACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGC
GAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGGTAAGGAAGAATCCTGGTTCTTTAAATTTTGCCTTAGGATTCAGGGTTTATAGTTGTTTTCATA
AGTCGGTTTTTATTTTAGCTCATGCGATAAGGTTTTAGTGTCTTACAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGTATGCTAAGCCATTTTAATCATTATTTAAGCTTATAATTATTTTGACTGGTTT
AGTCCGTGTTCTGGACCCGTGAACAAAAATGTTGGCAATTTTTGATATTTGTTTTTGCGAACTGTCTGTATTCTTATGCATCATCTGATTGATCGATATTCGAGTGTTTTGTAGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGgtaagtgttgtgatcttttt
ctgatgaatttgtttaggcagggtagacaaaatgggcaaaacattattgatctggaattcttcagtgtgccagatgtgtggaatttaataattgacatatttcacgaccagtgttttagggcattttccgactggatatatatggttaagtttgcctcgatggtctttgagagtgagttaactgcttgatacgtcttcct
tatatttaaaggatgaagatttttctggggcattctgggacaggaatatgcctcaaagttcatttgagagttacctggtctatatgtcctcttcttttatagtcaaaattgaaagtcaatttttataaagtttttaattagagatttaatcaagtatactaagtttctaagatacatattgaggatgtatataaatccta
gaatttgtgcagtgatactcaaatattagtgtttctgtttgcag
GGGATAAGTACATCAATGGGG




Intron 4 GTATGCTAAG ... TGTTTTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A14.41358249
A23.45280173
A34.583331220
A43.19319183
A55.06150115
A61.33481112
A70.6470345
A8129842
A91.53611181
A101.37611134



>TRINITY_DN112893_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
ATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCT
AACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGC
GAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCT
CAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACTCGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAG
AGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACCTCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATT
ACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATAACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAA
GATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAGCAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAG
GCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAACTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATT
ATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCATTCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATG
GAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGGTAAAATTTTGAGTCTAAATAGAGTGAGGGGATTCCTTACTTGTAACGTGTAGCTCAAGCTGACTTGGTGATTATTTTTCAGGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGT
AAGATTTGCTCGTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTG
ATTATTCAATTAATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGT
TGTAATCCCCAGGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCG
AATTGCATGGTCTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCACACTGGTAATTTGGCGTTGCT
AGTCCTTGAACACAAGAACAGTTTAACAAGCTTTATTTGGAATGGAATAACTCCAAAACGTTGAATACCCTTGGGTCTCCCATTTCCATGTACAATTGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTATCTGACTTTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAAT
TGCTTTGCTAGTACTTTCTGGATATTACCCAGGTTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTTTCTGGCATTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAACTGCTTTGCTAGTACTTTCCAGGGTCTCCCATTTCCATGTACAAATGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGC
ATGG


>TRINITY_DN112893_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCT
AACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGC
GAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGGTAAGGAAGAATCCTGGTTCTTTAAATTTTGCCTTAGGATTCAGGGTTTATAGTTGTTTTCATA
AGTCGGTTTTTATTTTAGCTCATGCGATAAGGTTTTAGTGTCTTACAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGgtatgctaagccattttaatcattatttaagcttataattattttgactggttt
agtccgtgttctggacccgtgaacaaaaatgttggcaatttttgatatttgtttttgcgaactgtctgtattcttatgcatcatctgattgatcgatattcgagtgttttgtag
GCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGTAAGTGTTGTGATCTTTTT
CTGATGAATTTGTTTAGGCAGGGTAGACAAAATGGGCAAAACATTATTGATCTGGAATTCTTCAGTGTGCCAGATGTGTGGAATTTAATAATTGACATATTTCACGACCAGTGTTTTAGGGCATTTTCCGACTGGATATATATGGTTAAGTTTGCCTCGATGGTCTTTGAGAGTGAGTTAACTGCTTGATACGTCTTCCT
TATATTTAAAGGATGAAGATTTTTCTGGGGCATTCTGGGACAGGAATATGCCTCAAAGTTCATTTGAGAGTTACCTGGTCTATATGTCCTCTTCTTTTATAGTCAAAATTGAAAGTCAATTTTTATAAAGTTTTTAATTAGAGATTTAATCAAGTATACTAAGTTTCTAAGATACATATTGAGGATGTATATAAATCCTA
GAATTTGTGCAGTGATACTCAAATATTAGTGTTTCTGTTTGCAGGGGATAAGTACATCAATGGGG




Intron 5 GTGAGTTAAC ... CTGTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A14.48741
A217.8160130
A322.2277223
A413.435892
A523.4449150
A61.513120
A71.6324144
A84.8811761
A94.7314171
A106.76193142



>TRINITY_DN43781_c0_g8_i3 from sample A7 / Example spliced isoform
ACCAACCAAAAAAAACTCAAATATATAAAATTTAACATTATATATTTTCAACCTTAACTTTAAACCTAACATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAA
ACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAA
TGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGT
GGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGTAAGTGTTGTGATCTTTTTCTGATGAATT
TGTTTAGGCAGGGTAGACAAAATGGGCAAAACATTATTGATCTGGAATTCTTCAGTGTGCCAGATGTGTGGAATTTAATAATTGACATATTTCACGACCAGTGTTTTAGGGCATTTTCCGACTGGATATATATGGTTAAGTTTGCCTCGATGGTCTTTGAGAGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACT
CGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAGAGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACC
TCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATA
ACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAAGATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAG
CAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAGGCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAA
CTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATTATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCAT
TCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATGGAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGTAAGATTTGCTCGTCGTGAGT
CTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTGATTATTCAATTAATAGATAG
TAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGTTGTAATCCCCAGGTCACATA
ATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCGAATTGCATGGTCTGTTCAGT
GTGCAAATTCATGAACAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGT


>TRINITY_DN43781_c0_g8_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:
ACCAACCAAAAAAAACTCAAATATATAAAATTTAACATTATATATTTTCAACCTTAACTTTAAACCTAACATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAA
ACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAA
TGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGT
GGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGTAAGTGTTGTGATCTTTTTCTGATGAATT
TGTTTAGGCAGGGTAGACAAAATGGGCAAAACATTATTGATCTGGAATTCTTCAGTGTGCCAGATGTGTGGAATTTAATAATTGACATATTTCACGACCAGTGTTTTAGGGCATTTTCCGACTGGATATATATGGTTAAGTTTGCCTCGATGGTCTTTGAGAgtgagttaactgcttgatacgtcttccttatatttaaa
ggatgaagatttttctggggcattctgggacaggaatatgcctcaaagttcatttgagagttacctggtctatatgtcctcttcttttatagtcaaaattgaaagtcaatttttataaagtttttaattagagatttaatcaagtatactaagtttctaagatacatattgaggatgtatataaatcctagaatttgtgc
agtgatactcaaatattagtgaggatgtatataaatcctagaatttgtgcagtgatactcaaatattagtgtttctgtttgcag
GGGATAAGTACATCAATGGGGCA




Intron 6 GTAAAATTTT ... TATTTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A141.04209149142.1
A248.14160162135
A342.05164113125
A445.59148124124
A546.58867476
A644.911707801127
A743.661066701951
A843.4712198251050
A946.48839629828
A1045.55630451603



>TRINITY_DN112893_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform
ATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCT
AACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGC
GAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCT
CAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACTCGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAG
AGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACCTCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATT
ACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATAACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAA
GATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAGCAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAG
GCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAACTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATT
ATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCATTCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATG
GAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGTAAGATTTGCTCGTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTA
TGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTGATTATTCAATTAATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATT
TAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGTTGTAATCCCCAGGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATT
CAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCGAATTGCATGGTCTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACG
GGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCACACTGGTAATTTGGCGTTGCTAGTCCTTGAACACAAGAACAGTTTAACAAGCTTTATTTGGAATGGAATAACTCCAAAACGTTGAATACCCTTGGGTCTCCCA
TTTCCATGTACAATTGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTATCTGACTTTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAATTGCTTTGCTAGTACTTTCTGGATATTACCCAGGTTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTTTCTGGCATTCCGAGTTCTTTCT
TTCTAGAACTGCTTTGCTAGTACTTTCCAGGGTCTCCCATTTCCATGTACAAATGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGG


>TRINITY_DN112893_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCT
AACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGC
GAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCT
CAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACTCGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAG
AGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACCTCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATT
ACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATAACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAA
GATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAGCAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAG
GCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAACTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATT
ATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCATTCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATG
GAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGgtaaaattttgagtctaaatagagtgaggggattccttacttgtaacgtgtagctcaagctgacttggtgattatttttcagGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGT
AAGATTTGCTCGTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTG
ATTATTCAATTAATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGT
TGTAATCCCCAGGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCG
AATTGCATGGTCTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCACACTGGTAATTTGGCGTTGCT
AGTCCTTGAACACAAGAACAGTTTAACAAGCTTTATTTGGAATGGAATAACTCCAAAACGTTGAATACCCTTGGGTCTCCCATTTCCATGTACAATTGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTATCTGACTTTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAAT
TGCTTTGCTAGTACTTTCTGGATATTACCCAGGTTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTTTCTGGCATTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAACTGCTTTGCTAGTACTTTCCAGGGTCTCCCATTTCCATGTACAAATGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGC
ATGG




Intron 7 GTAAGGAAGA ... TGTCTTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.2301.77641.9
A212.9210.43128.1
A315.27317.75724.3
A421.09253.767.629.3
A521.93148.841.823.7
A614.53390.46635.6
A717.35569.911945.5
A818.73218.25016.9
A914.54426.87245.2
A1014.24515.78549



>TRINITY_DN112893_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
ATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCT
AACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGC
GAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCT
CAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACTCGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAG
AGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACCTCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATT
ACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATAACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAA
GATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAGCAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAG
GCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAACTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATT
ATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCATTCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATG
GAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGGTAAAATTTTGAGTCTAAATAGAGTGAGGGGATTCCTTACTTGTAACGTGTAGCTCAAGCTGACTTGGTGATTATTTTTCAGGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGT
AAGATTTGCTCGTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTG
ATTATTCAATTAATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGT
TGTAATCCCCAGGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCG
AATTGCATGGTCTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCACACTGGTAATTTGGCGTTGCT
AGTCCTTGAACACAAGAACAGTTTAACAAGCTTTATTTGGAATGGAATAACTCCAAAACGTTGAATACCCTTGGGTCTCCCATTTCCATGTACAATTGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTATCTGACTTTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAAT
TGCTTTGCTAGTACTTTCTGGATATTACCCAGGTTTTTAGTGTTGTTTTAGCATGGCTTTTCTGGCATTCCGAGTTCTTTCTTTCTAGAACTGCTTTGCTAGTACTTTCCAGGGTCTCCCATTTCCATGTACAAATGACAAACATATTCAGCTCCAGTTTTTCTGCTCGATATTACCCAGATTTTTAGTGTTGTTTTAGC
ATGG


>TRINITY_DN112893_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCT
AACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGC
GAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGgtaaggaagaatcctggttctttaaattttgccttaggattcagggtttatagttgttttcata
agtcggtttttattttagctcatgcgataaggttttagtgtcttacag
TGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGTATGCTAAGCCATTTTAATCATTATTTAAGCTTATAATTATTTTGACTGGTTT
AGTCCGTGTTCTGGACCCGTGAACAAAAATGTTGGCAATTTTTGATATTTGTTTTTGCGAACTGTCTGTATTCTTATGCATCATCTGATTGATCGATATTCGAGTGTTTTGTAGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGTAAGTGTTGTGATCTTTTT
CTGATGAATTTGTTTAGGCAGGGTAGACAAAATGGGCAAAACATTATTGATCTGGAATTCTTCAGTGTGCCAGATGTGTGGAATTTAATAATTGACATATTTCACGACCAGTGTTTTAGGGCATTTTCCGACTGGATATATATGGTTAAGTTTGCCTCGATGGTCTTTGAGAGTGAGTTAACTGCTTGATACGTCTTCCT
TATATTTAAAGGATGAAGATTTTTCTGGGGCATTCTGGGACAGGAATATGCCTCAAAGTTCATTTGAGAGTTACCTGGTCTATATGTCCTCTTCTTTTATAGTCAAAATTGAAAGTCAATTTTTATAAAGTTTTTAATTAGAGATTTAATCAAGTATACTAAGTTTCTAAGATACATATTGAGGATGTATATAAATCCTA
GAATTTGTGCAGTGATACTCAAATATTAGTGTTTCTGTTTGCAGGGGATAAGTACATCAATGGGG




Intron 8 GTAAGTGTTG ... CTGTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A117.833877395
A218.982545564
A325.042569378
A419.123118265
A522.851574845
A620.56483111139
A721.12764143266
A820.9437072124
A921.43583152166
A1020.64623125199



>TRINITY_DN108505_c0_g2_i4 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCT
TCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTAT
TACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTT
GGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACTCGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAGAGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGT
GGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACCTCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAA
CAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATAACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAAGATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAG
GGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAGCAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCAAAGTGATTATAACAGGCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGG
CCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAACTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATTATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTA
TAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCATTCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATGGAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAA
ATAGGTAAAATTTTGAGTCTAAATAGAGTGAGGGGATTCCTTACTTGTAACGTGTAGCTCAAGCTGACTTGGTGATTATTTTTCAGGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGTAAGATTTGCTCGTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCT
TTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTGATTATTCAATTAATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTT
ACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGTTGTAATCCCCAGGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTA
TTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCGAATTGCATGGTCTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAACTATTCATCT
CCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCA


>TRINITY_DN108505_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAAACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCT
TCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAATGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTAT
TACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGTGGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTT
GGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGgtaagtgttgtgatctttttctgatgaatttgtttaggcagggtagacaaaatgggcaaaacattattgatctggaattcttcagtgtgccagatgtgtggaatttaataattgacatatttcacgaccagtgttttagggcattttccgac
tggatatatatggttaagtttgcctcgatggtctttgagagtgagttaactgcttgatacgtcttccttatatttaaaggatgaagatttttctggggcattctgggacaggaatatgcctcaaagttcatttgagagttacctggtctatatgtcctcttcttttatagtcaaaattgaaagtcaatttttataaagtt
tttaattagagatttaatcaagtatactaagtttctaagatacatattgaggatgtatataaatcctagaatttgtgcagtgatactcaaatattagtgaggatgtatataaatcctagaatttgtgcagtgatactcaaatattagtgtttctgtttgcag
GGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACT
CGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAGAGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACC
TCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATA
ACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAAGATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAG
CAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCAAAGTGATTATAACAGGCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAA
CTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATTATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCAT
TCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATGGAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGGTAAAATTTTGAGTCTAAATAGAGTGAGGGGATTCCTTACTTGTAACGTGTAGCTCAAGCTGACTTGGTGATTATTTTTCAG
GTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGTAAGATTTGCTCGTCGTGAGTCTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGAC
TTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTGATTATTCAATTAATAGATAGTAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAG
GTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGTTGTAATCCCCAGGTCACATAATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGG
AGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCGAATTGCATGGTCTGTTCAGTGTGCAAATTCATGAACAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAA
CGAGTGCTATATATCACCTGCATTTCCCGGGAGTGGCCCA




Intron 9 GTAAGTGTTG ... AGTGTGCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A156.59567319
A257.89405520.7
A362.42569336.3
A455.78658214
A560.76314816.7
A653.11981118
A755.2111614321
A852.94647211
A953.1513415213.3
A1054.3510512510.3



>TRINITY_DN43781_c0_g8_i1 from sample A7 / Example spliced isoform
ACCAACCAAAAAAAACTCAAATATATAAAATTTAACATTATATATTTTCAACCTTAACTTTAAACCTAACATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAA
ACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAA
TGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGT
GGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGATGTGTGGAATTTAATAATTGACATATTTC
ACGACCAGTGTTTTAGGGCATTTTCCGACTGGATATATATGGTTAAGTTTGCCTCGATGGTCTTTGAGAG


>TRINITY_DN43781_c0_g8_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:
ACCAACCAAAAAAAACTCAAATATATAAAATTTAACATTATATATTTTCAACCTTAACTTTAAACCTAACATCAGCCTCGCCTTCCAAAAAAAAACCCTAGTTCTAGAAGTCTCGAATAAGCATTATATATCGCAACAGGGCAAAATCCCTCTTACGTGTATATAGTCTCTCAAGGCCTTCTTAAACCTTTGTTGCTTAA
ACCCTAGCTCTGAATTTGTGGATCAAGTCTCAGCAATGGCGACCCTGGCAGTTCGTCTTCGTCGCGGGCTAACCCTGGCGAGGGCTTTTTCAACAGCAACGCTATACAGGGCTCAGCCTTCTTCTTCCGGCTTGATACCAACAGCGTGCTCCGTCCAAGGTCACGTAAGTGGTTTCACCTTGCCGTCCCCAGTGTTGCAA
TGTCTGACAGGACATCGCGGGGTTTCAAACTGGGGACCAGTCTGCTCTCCGATGGACTCGGACAACAAGCGAGGGGACACTACCATTCTTTTCGAAGGCTGCGACTACGAGCACTGGCTTATTACCATGGAGTTTCCTGATCCCCAACCCACCCGCGAGGAAAAGATCGATACGTTTATAAAAACCCTAGCGAAGGTGGT
GGGAAGTGAAGAGGAAGCAAAAAAAAAGATATATGCTCTGTCTACGACGACCTATACTGGGTTTCAAGCTCAGATATCAGAGGAGCTTTCAGAAAAAATGAAGGGCCTGCCCGGCGTTGTTTGGGTGTTGCCCGATTCGTATATTGACCCTGTAAATAAGGAGTATGGAGgtaagtgttgtgatctttttctgatgaatt
tgtttaggcagggtagacaaaatgggcaaaacattattgatctggaattcttcagtgtgccag
ATGTGTGGAATTTAATAATTGACATATTTCACGACCAGTGTTTTAGGGCATTTTCCGACTGGATATATATGGTTAAGTTTGCCTCGATGGTCTTTGAGAGGGATAAGTACATCAATGGGGTAATCATACCAGATACT
CGAGTATATAATAACAGGCCTAGTGGAAGGTACAATGACAGGCCTCGGAACCGCATGCGTAGAGATTCCATGCCTGTTGAACGAAGAGACACGATGCCCATGGATGGGAGGGGTGGTATGCAGGGAGATAGGAGAGATTTCAGGCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAACGCCAGGCGGTCAACAAGATTATAGCAGACC
TCCTCAACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAAATGATGGACAAGATTACAACAGACCTCCCCCTCAAGGTCCGTTCCCAACTGATGGACAAGATTACAACAGGTCGCTTCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTTCAGTGCCAGGTGGCCCTCAAGATTATAACAGACCTCCCCAAAATTATA
ACATGTCTTCTCCACAAGGTTACAACAGGCCTCCACAAGATTACAACAGACCTCCTCCACAAGATTATAACAGAGTGCCGCCTCCACCTATTGAAGGAAGGGGTCCAATGCCAGGGTATCAACAAGAGTATCAACAGGATTATAACAGAGCTCCTCCAGCTCCGCCTATGGAAGGAAGGGGCACAATGCCAGTCTATCAG
CAGGGTTATAACAGACCTCCACCTATGGACGGAAGAGGCCCAATGCCAAGTGATTATAACAGGCCACCTCCACCTATGGAAGGAAGAGGTCCAATGCAAGGTGATTACAACAGGCCTCCTCCACCCTCGTCTATGGAAGGAAGAGCCCCAATGGGAGGTGATTACAATAGGTCTCCACCTCCTCCTATGGAAGGGAGGAA
CTATCAACAAGATTACTATAGGCCCCCTCCACCTTCCCCTGTGAGGGGAGAGAGGCAAGATTATAGGCCCCCTATGGATGGAAGAGGTCCAATCCCTGGTGATCGACAAGATTATAGGTCGACCATGGATGGAAGAGGCCCTGTGCAGGGAGGACAGGGTGATTATATGCCTCCTAGAGAATCAATGCAGGGAGGATCAT
TCCCAACCCAAGGCAGGGGCTCTGTCCAAGGAGAACAAAAAGAAGCTTTCCCATGGCCAATGGAAGGAGCTCAGTGACCGAACGTGTATGGAATTATGAGTCGATGAGAAGGAAATAGGTTGAAGATTGTCAGGTATGCCTGGGTGAATGGAATTTATGATGGATTTCGTTTGACCTTGTAAGATTTGCTCGTCGTGAGT
CTGTCTGGTTTCAAACTCCATCAGTTTTTCCTTTGCAAATTTTGAGAAAGGCGGTCGACTTATGAGGTGTAGCTGGATGGCTTTTGATTTTACTTTGATGCAAAAATCTCCACAGGACTTGTATGGAGAAATTAGTACTTCTACTTTTAGCATAGACGCCGATCCAATTAATAGATAGTGATTATTCAATTAATAGATAG
TAAAGAAGCACATGACTTAATATGATGGATTTACCGCTTTATGGATTTTAACTATTTGTATTTAGCATCAGAAGTGTAGATATTGAATTGAGATATACAATGTAAATGAGGAATGAAGGTTTTTATTAATAATATCACAGCACCTTCAATATTTCCGGATTGACTTTGTGAAAATATTGTTGTAATCCCCAGGTCACATA
ATCTAAATTTTAATAATATGAACTACAGACTATTTGGGAGTGTATGAAAGAAGAGACCAATTCAGGCAGCATTAAACAAAAGATGTAATGGCAATATCTTTACAATATATCACTTGGGAGTCTTGGCCTCGTAATTTTTGATTGCATGTGTTCAGGCTATTTCTGGTATACAAAATACCGAATTGCATGGTCTGTTCAGT
GTGCAAATTCATGAACAAAAAACTATTCATCTCCAACGTTTAAATTTTAGATATGTAAACGGGGCAGTAAATTTTTGCCACATACCTGCAATTACTTGAGGCTTGCATTTTTTTGTAACGAGT