sp|Q39083|DI191_ARATH ----> Protein DEHYDRATION-INDUCED 19

Intron 1 GTATCTGTCA ... TACTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.2	285	90	92
A2	22.77	229	67	68
A3	23.73	275	90.1	81
A4	24.36	177	67	47
A5	24.06	101	33	31
A6	23.15	1867	514.1	611
A7	21.62	1601.9	434.9	449
A8	24.14	2046.2	563.1	739
A9	24.18	1557.2	495.3	498
A10	22.16	1108	375	256

>TRINITY_DN126931_c1_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

ATCGCTGAAAACTCAAAAAATAATTTACAATAGAAAAATAATATACATATTGATGTGAATATCCTTCTCGTTCTTTGATTCCTTAAATTCAGAGGGATAAGTTTGCTTATCTTCCATCCTGTTGCCTATTCCTTGAACGAAGCGCTCCAGTGTTGAAGGCCCCGGGGTTTGAAAGCTGATTGGTAGCAGGGTTCTCGTGT
TTTTGTTTGTTTCCTTAAATTTAGAGGGACAAGTCGCTTATCTTCCATCCTGCTATCCATTCCTTGAACGAAGCGCTCCAGTGTCGAAGGCCCTGAGGTTTGAAAGCTGATTGGTAGCAGGGTCTCATATTATTATACTTACAGGCTTAATTTCTATGAACGACATGTATCGATATTAGGACGAGAGGGGTTTGATATTT
CAATTACCGAGGGTTCTAGAAGCCAGGGTTTGGTGTCGTGTTGAAGAAATTGTCAAGCACCAGACGCCATGGACGCCGAATTATGGGCCGCTCGTGTCACGGCAGCCAAGCGCCATCACGCCGTTCATCATCATCATCACCATACAGATCGGCAGTTTAACTTTGATGACTTGGAGGGTGATGATGACATACGGGCGGAT
TTCACTTGCCCATTTTGTTATGAGGATTTTGATATCGCATTGCTCTGCTGCCATCTCGAGGATGAACATTGCATCGAGACAAAGAATGCGTTATGTCCTGTTTGTGCAGTTAAAGTTGGGAAGGATATGGTTGGGCATATAACTCTTCAACATGGTCATTTGTTCAAAATGCAGCGAAGGAGGAGATTTCGTAAAGGTGG
GTTGCCACCTACTTCCACACTGTCTTTTCTGAGTAAGGAGTTTCGGGAGGGGCAGCTGCATCCTCTCCTGGGTGGTGTGTCCTCCCGTGGGGTTGCTACTAATAGTGCAGTGCCAGATCCTCTACTATCTTCGTTTGTGTATAATTTGACAATTTCTGAGAGCACCGAGGAACAAATAAAACCAAATGTATCATCAGAGG
AAAGCTTGACAAAAAACTCTCCTGATGTGCGAGTTATGGGCAGTGTTGAATCATTTCTAACTGCGGAAGAGAGGGAACAGAAGTTTGAAGAAGAGGCGAGGCGGTCAGAGTTTGTGCAGCAGTTGTTGCTGTCAACTATGCTAAGCGACAATTTATAAAGAAAAGGAAGGCTAAACTTGGCCTCCAATATATAAGCCCAT
GACTGGTTCGTACATTGGGCTGGTGCCGGTACAGGCTCAAAATGCAAGTGTCACCTGCTTTGGCTTGGTTTTTTTCGTTCATTGCAGAAAAGCTCTCAAAGATGCTGCATGTTTTAAAGTTACCCCTGAAGGCAGCAAGCATGAGATGCAGACCTATATACGGCTATTGCATGTATTTTTTTCTTAGTTAAGCTACTCAA
ATGTCAAGCTTTGATAAACTAAATAGAATTCAACTATCTTATTCCCATGGGCATAGAAATGACAAATTCTTATTTCCTATTTTTTATGACTTTAGATGCTCCTATATCAATTGATCAGATTTAAGGTTACAATAATTCAAGCTTCTCATATATTGTAGTTCCTATGGGCATAGAAATGACAAATTC

>TRINITY_DN126931_c1_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCGCTGAAAACTCAAAAAATAATTTACAATAGAAAAATAATATACATATTGATGTGAATATCCTTCTCGTTCTTTGATTCCTTAAATTCAGAGGGATAAGTTTGCTTATCTTCCATCCTGTTGCCTATTCCTTGAACGAAGCGCTCCAGTGTTGAAGGCCCCGGGGTTTGAAAGCTGATTGGTAGCAGGGTTCTCGTGT
TTTTGTTTGTTTCCTTAAATTTAGAGGGACAAGTCGCTTATCTTCCATCCTGCTATCCATTCCTTGAACGAAGCGCTCCAGTGTCGAAGGCCCTGAGGTTTGAAAGCTGATTGGTAGCAGGGTCTCATATTATTATACTTACAGGCTTAATTTCTATGAACGACATGTATCGATATTAGGACGAGAGGGGTTTGATATTT
CAATTACCGAGGGTTCTAGAAGCCAGGGTTTGGTGTCGTGTTGAAGAAATTGTCAAGCACCAGACGCCATGGACGCCGAATTATGGGCCGCTCGTGTCACGGCAGCCAAGCGCCATCACGCCGTTCATCATCATCATCACCATACAGATCGGCAGTTTAACTTTGATGACTTGGAGGGTGATGATGACATACGGGCGGAT
TTCACTTGCCCATTTTGTTATGAGGATTTTGATATCGCATTGCTCTGCTGCCATCTCGAGGATGAACATTGCATCGAGACAAAGAATGCGTTATGTCCTGTTTGTGCAGTTAAAGTTGGGAAGGATATGGTTGGGCATATAACTCTTCAACATGGTCATTTGTTCAAAATGCAGCGAAGGAGGAGATTTCGTAAAGGTGG
GTTGCCACCTACTTCCACACTGTCTTTTCTGAGTAAGGAGTTTCGGGAGGGGCAGCTGCATCCTCTCCTGGGTGGTGTGTCCTCCCGTGGGGTTGCTACTAATAGTGCAGTGCCAGATCCTCTACTATCTTCGTTTGTGTATAATTTGACAATTTCTGAGAGCACCGAGGAACAAATAAAACCAAATGTATCATCAGAGG
AAAGCTTGACAAAAAACTCTCCTGATGTGCGAGTTATGGGCAGTGTTGAATCATTTCTAACTGCGGAAGAGAGGGAACAGAAGTTTGAAGAAGAGGCGAGGCGGTCAGAGTTTGTGCAGCAGTTGTTGCTGTCAACTATGCTAAGCGACAATTTATAAAGAAAAGgtatctgtcaaaaagattcttctcatcgctgggcc
tctggatgtttatggcatccatgattccttctattctacataattatatttgtaagaatggaggtgacgagcctgttactttgcagGAAGGCTAAACTTGGCCTCCAATATATAAGCCCATGACTGGTTCGTACATTGGGCTGGTGCCGGTACAGGCTCAAAATGCAAGTGTCACCTGCTTTGGCTTGGTTTTTTTCGTT
CATTGCAGAAAAGCTCTCAAAGATGCTGCATGTTTTAAAGTTACCCCTGAAGGCAGCAAGCATGAGATGCAGACCTATATACGGCTATTGCATGTATTTTTTTCTTAGTTAAGCTACTCAAATGTCAAGCTTTGATAAACTAAATAGAATTCAACTATCTTATTCCCATGGGCATAGAAATGACAAATTCTTATTTCCTA
TTTTTTATGACTTTAGATGCTCCTATATCAATTGATCAGATTTAAGGTTACAATAATTCAAGCTTCTCATATATTGTAGTTCCTATGGGCATAGAAATGACAAATTC

Intron 2 ATATCCTCTA ... TACTAGATAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.11	376	64	47
A2	11.56	306	69.4	40
A3	15	323	67.4	57
A4	12.65	290	61.6	42
A5	14.91	165.6	33.1	29
A6	15.32	1166	171.3	211
A7	14.93	1219.3	183	214
A8	14.27	1033.3	174.7	172
A9	13.32	1079.6	202.9	166
A10	11.52	876	151	114

>TRINITY_DN117926_c1_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

TAAAAAAATATCGCTGAAAACTCAAAAAATAATTTACAATAGAAAAATAATATACATATTGATGTGAATATCCTTCTCGTTCTTTGATTCCTTAAATTCAGAGGGATAAGTTTGCTTATCTTCCATCCTGTTGCCTATTCCTTGAACGAAGCGCTCCAGTGTTGAAGGCCCCGGGGTTTGAAAGCTGTTTGGTAGCAGGG
TTCTCGTGTTTTTGTTTGTTTCCTTAAATTTAGAGGGACAAGTCGCTTATCTTCCATCCTGCTATCCATTCCTTGAACGAAGCGCTCCAGTGTCGAAGGCCCTGAGGTTTGAAAGCTGATTGGTAGCAGGGTCTCATATTATTATACTTACAGGCTTAATTTCTATGAACGACATGTATCGATATTAGGACGAGAGGGGT
TTGATATTTCAATTACCGAGGGTTCTAGAAGCCAGGGTTTGGTCTCGTGTTGAAGAAATTGTCAAGCACCAGACGCCATGGACGCCGAATTATGGGCCGCTCGTGTCACGGCAGCCAAGCGCCATCACGCCGTTCATCATCATCATCACCATACAGATCGGCAGTTTAACTTTGATGACTTGGAGGGTGATGATGACATA
CGGGCGGATTTCACTTGCCCATTTTGTTATGAGGATTTTGATATCGCATTGCTCTGCTGCCATCTCGAGGATGAACATTGCATCGAGACAAAGAATGCGTTATGTCCTGTTTGTGCAGTTAAAGTTGGGAAGGATATGGTTGGGCATATAACTCTTCAACATGGTCATTTGTTCAAAATGCAGCGAAGGAGGAGATTTCG
TAAAGGTGGGTTGCCACCTACTTCCACACTGTCTTTTCTGAGTAAGGAGTTTCGGGAGGGGCAGCTGCATCCTCTCCTGGGTGGTGTGTCCTCCCGTGGGGTTGCTACTAATAGTGCAGTGCCAGATCCTCTACTATCTTCGTTTGTGTATAATTTGACAATTTCTGAGAGCACCGAGGAACAAATAAAACCAAATGTAT
CATCAGAGGAAAGCTTGACAAAAAACTCTCCTGATGTGCGAGTTATGGGCAGGTACCATTAGGAGTGTGTTTTATTTTTTATTTTTAATGCTTATCTTCAATTGCTTAATGAATCTCAATGCTCATGTAGTTTTCTTTTTTTTTGTTCTTTTGATTTTTTCCCCATTGATATGTCTGCTTTATTTTGGACTTATAATAGC
TTTATGCTAAACATTAGAAAAGCAAAATAAGCCTCTGTTGTAATGAAATAACTGATCGCCT

>TRINITY_DN117926_c1_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGTGGAAGTCTTCCAGTTCCCACCTTAAACGAGATTATTTTTCTTGTTTTGCTAGCATACTTCACTTGTTTGAGAATTTTCCAGCAAGAAAATGCCTGTATGTCTGGTGTGTCTGTTTGAGATAGACAGAATCTGGCATTTGTGTTAAGTTCCATGTTGAAATTGTTCAAAAGGTGTTTCTTTCAAGTTGCAATGTGTGA
GATTCATAGAAAATTTACATCAATTTTGGTTTAAACAACTCAGTATGTTTAATTTGTTTAAGAGTCACTCCTAGTACGAGATGACAATGAATAGGTAGGTATCTGCTATTGAGATAGTCGAAGTCTAGGATCTACATTGAAGATTATTAAAGATCCATTGAGTTAAGTCAATCTTGAACTGTATAATTTGATATGTAATA
CACATTGGAAAACCATGCCTATCGCTGGATGAAATTTCCATTTGATTGTTTGGTCTTTTCAGTCTTCATATGATATGCGTTTGATTTCTTGCTGAGTCGCTGACTATTTGCAAGAAGTTATGGAATACCTGTTTCTGGCTAAACATTATTGTTTCCTCAAGCTTGTGGATGTATAGTTTAACTTTCTGTAAAGAGCAAAT
AATCTATGGTTTTGAGGAAGGGGAAATTTTTGCGGGTTATGAAGCTGGGCTGTTAGCTGATGTCTCATTTGTATTGCCTTTCTGATGATATCGTGTATTTCTTTGCAGTTATGTCCTGTTTGTGCAGTTAAAGTTGGGAAGGATATGGTTGGGCATATAACTCTTCAACATGGTCATTTGTTCAAAatatcctctagtgt
gattaggacatggcaagacatgcagtgaaatttaagtttgcagtggttgaacagaatagaacttacatttattttcaatatttcagattctactctcttgtatcagcacagttgtgttccaaacctccaacttccttggattttctgtctattaaaaatgtagatcgtaattgtcagtgcttgtccactttaatgttctt
tccattaaaattgtagttcttgaatgacatggatgcgaagggtgtcactttgtttcccttaattactagatacATGCAGCGAAGGAGGAGATTTCGTAAAGGTGGGTTGCCACCTACTTCCACACTGTCTTTTCTGAGTAAGGAGTTTCGGGAGGGGCAGCTGCATCCTCTCCTGGGTGGTGTGTCCTCCCGTGGGGTTG
CTACTAATAGTGCAGTGCCAGATCCTCTACTATCTTCGTTTGTGTATAATTTGACAATTTCTGAGAGCACCGAGGAACAAATAAAACCAAATGTATCATCAGAGGAAAGCTTGACAAAAAACTCTCCTGATGTGCGAGTTATGGGCAGTGTTGAATCATTTCTAACTGCGGAAGAGAGGGAACAGAAGTTTGAAGAAGAG
GCGAGGCGGTCAGAGTTTGTGCAGCAGTTGTTGCTGTCAACTATGCTAAGCGACAATTTATAAAGAAAAGGTATCTGTCAAAAAGATTCTTCTCATCGCTGGGCCTCTGGATGTTTATGGCATCCATGATTCCTTCTATTCTACATAATTATATTTGTAAGAATGGAGGTGACGAGCCTGTTACTTTGCAGGAAGGCTAA
ACTTGGCCTCCAATATATAAGCCCATGACTGGTTCGTACATTGGGCTGGTGCCGGTACAGGCTCAAAATGCAAGTGTCACCTGCTTTGGCTTGGTTTTTTTCGTTCATTGCAGAAAAGCTCTCAAAGATGCTGCATGTTTTAAAGTTACCCCTGAAGGCAGCAAGCATGAGATGCAGACCTATATACGGCTATTGCATGT
ATTTTTTTCTTAGTTAAGCTACTCAAATGTCAAGCTTTGATAAACTAAATAGAATTCAACTATCTTATTCCCATGGGCATAGAAATGACAAATTCTTATTTCCTATTTTTTATGACTTTAGATGCTCCTATATCAATTGATCAGATTTAAGGTTACAATAATTCAAGCTTCTCATATATTGTAGTTCCTATGGGCATAGA
AATGACAAATTCTTATTTCCTATTTTTTATGACTTTAGATGCTCCTATATCAATTGATCAGATTTAAGGTTACAATAATTCAAGCTTCTCATATATTGTAGTTCCTATGGGCATAGAAATGACAAATTC

Intron 3 GTTTGAAAGC ... AGGCCCTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.68	416	285	605
A2	53.68	425	361	624
A3	55.79	412	390	650
A4	56.25	383	368	617
A5	52.02	250	195	347
A6	54.44	1036	831	1645
A7	54.19	1297	1068	2000
A8	52.82	879	630	1338
A9	53.6	1188	985	1760
A10	55.32	1225	996	2037

>TRINITY_DN98148_c0_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

AGCGAGTAAAAAAATATCGCTGAATATCCTTCTCGTTCTTTGATTCCTTAAATTCAGAGGGATAAGTTTGCTTATCTTCCATCCTGTTGCCTATTCCTTGAACGAAGCGCTCCAGTGTTGAAGGCCCCGGGGTTTGAAAGCTGATTGGTAGCAGGGTCTCATATTATTATACTTACAGGCTTAATTTCTATGAACGACAT
GTATCGATATTAGGACGAGAGGGGTTTGATATTTCAATTACCGAGGGTTCTAGAAGCCAGGGTTTGGTGTCGTGTTGAAGAAATTGTCAAGCACCAGACGCCATGGACGCCGAATTATGGGCCGCTCGTGTCACGGCAGCCAAGCGCCATCACGCCGTTCATCATCATCATCACCATACAGATCGGCAGTTTAACTTTGA
TGACTTGGAGGGTGATGATGACATACGGGCGGATTTCACTTGCCCATTTTGTTATGAGGATTTTGATATCGCATTGCTCTGCTGCCATCTCGAGGATGAACATTGCATCGAGACAAAGAATGCGTTATGTCCTGTTTGTGCAGTTAAAGTTGGGAAGGATATGGTTGGGCATATAACTCTTCAACATGGTCATTTGTTCA
AAATGCAGCGAAGGAGGAGATTTCGTAAAGGTGGGTTGCCACCTACTTCCACACTGTCTTTTCTGAGTAAGGAGTTTCGGGAGGGGCAGCTGCATCCTCTCCTGGGTGGTGTGTCCTCCCGTGGGGTTGCTACTAATAGTGCAGTGCCAGATCCTCTACTATCTTCGTTTGTGTATAATTTGACAATTTCTGAGAGCACC
GAGGAACAAATAAAACCAAATGTATCATCAGAGGAAAGCTTGACAAAAAACTCTCCTGATGTGCGAGTTATGGGCAGTGTTGAATCATTTCTAACTGCGGAAGAGAGGGAACAGAAGTTTGAAGAAGAGGCGAGGCGGTCAGAGTTTGTGCAGCAGTTGTTGCTGTCAACTATGCTAAGCGACAATTTATAAAGAAAAGG
AAGGCTAAACTTGGCCTCCAATATATAAGCCCATGACTGGTTCGTACATTGGGCTGGTGCCGGTACAGGCTCAAAATGCAAGTGTCACCTGCTTTGGCTTGGTTTTTTTCGTTCATTGCAGAAAAGCTCTCAAAGATGCTGCATGTTTTAAAGTTACCCCTGAAGGCAGCAAGCATGAGATGCAGACCTATATACGGCTA
TTGCATGTATTTTTTTCTTAGTTAAGCTACTCAAATGTCAAGCTTTGATAAACTAAATAGAATTCAACTATCTTATTCCCATGGGCATAGAAATGACAAATTCTTATTTCCTATTTTTTATGACTTTAGATGCTCCTATATCAATTGATCAGATTTAAGGTTACAATAATTCAAGCTTCTCATATATTGTAGTTCCTATG
GGCATAGAAATGACAAATTCTTATTTCCTATTTTTTATGACTTTAGATGCTCCTATATCAATTGATCGGCTTTAAGGTAACTATAATTCAAGCTTCTCATATATTGTAGTTCCGTTTTTGGTTGATGAAAATTGTCTTTTTGTATCTGACTTTTTACGGCTTAGTCCAATTTGTATCTTCATAAAACAATAATAATGGGT
TTTTGCTGCATTCTACCAG

>TRINITY_DN98148_c0_g2_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TATACATATTGATGTGAATATCCTTCTCGTTCTTTGATTCCTTAAATTCAGAGGGATAAGTTTGCTTATCTTCCATCCTGTTGCCTATTCCTTGAACGAAGCGCTCCAGTGTTGAAGGCCCCGGGgtttgaaagctgtttggtagcagggttctcgtgtttttgtttgtttccttaaatttagagggacaagtcgcttat
cttccatcctgctatccattccttgaacgaagcgctccagtgtcgaaggccctgagGTTTGAAAGCTGATTGGTAGCAGGGTCTCATATTATTATACTTACAGGCTTAATTTCTATGAACGACATGTATCGATATTAGGACGAGAGGGGTTTGATATTTCAATTACCGAGGGTTCTAGAAGCCAGGGTTTGGTGTCGTGT
TGAAGAAATTGTCAAGCACCAGACGCCATGGACGCCGAATTATGGGCCGCTCGTGTCACGGCAGCCAAGCGCCATCACGCCGTTCATCATCATCATCACCATACAGATCGGCAGTTTAACTTTGATGACTTGGAGGGTGATGATGACATACGGGCGGATTTCACTTGCCCATTTTGTTATGAGGATTTTGATATCGCATT
GCTCTGCTGCCATCTCGAGGATGAACATTGCATCGAGACAAAGAATGCGTTATGTCCTGTTTGTGCAGTTAAAGTTGGGAAGGATATGGTTGGGCATATAACTCTTCAACATGGTCATTTGTTCAAAATGCAGCGAAGGAGGAGATTTCGTAAAGGTGGGTTGCCACCTACTTCCACACTGTCTTTTCTGAGTAAGGAGT
TTCGGGAGGGGCAGCTGCATCCTCTCCTGGGTGGTGTGTCCTCCCGTGGGGTTGCTACTAATAGTGCAGTGCCAGATCCTCTACTATCTTCGTTTGTGTATAATTTGACAATTTCTGAGAGCACCGAGGAACAAATAAAACCAAATGTATCATCAGAGGAAAGCTTGACAAAAAACTCTCCTGATGTGCGAGTTATGGGC
AGTGTTGAATCATTTCTAACTGCGGAAGAGAGGGAACAGAAGTTTGAAGAAGAGGCGAGGCGGTCAGAGTTTGTGCAGCAGTTGTTGCTGTCAACTATGCTAAGCGACAATTTATAAAGAAAAGGTATCTGTCAAAAAGATTCTTCTCATCGCTGGGCCTCTGGATGTTTATGGCATCCATGATTCCTTCTATTCTACAT
AATTATATTTGTAAGAATGGAGGTGACGAGCCTGTTACTTTGCAGGAAGGCTAAACTTGGCCTCCAATATATAAGCCCATGACTGGTTCGTACATTGGGCTGGTGCCGGTACAGGCTCAAAATGCAAGTGTCACCTGCTTTGGCTTGGTTTTTTTCGTTCATTGCAGAAAAGCTCTCAAAGATGCTGCATGTTTTAAAGT
TACCCCTGAAGGCAGCAAGCATGAGATGCAGACCTATATACGGCTATTGCATGTATTTTTTTCTTAGTTAAGCTACTCAAATGTCAAGCTTTGATAAACTAAATAGAATTCAACTATCTTATTCCCATGGGCATAGAAATGACAAATTCTTATTTCCTATTTTTTATGACTTTAGATGCTCCTATATCAATTGATCAGAT
TTAAGGTTACAATAATTCAAGCTTCTCATATATTGTAGTTCCTATGGGCATAGAAATGACAAATTCTTATTTCCTATTTTTTATGACTTTAGATGCTCCTATATCAATTGATCGGCTTTAAGGTAACTATAATTCAAGCTTCTCATATATTGTAGTTCCGTTTTTGGTTGATGAAAATTGTCTTTTTGTATCTGACTTTT
TACGGCTTAGTCCAATTTGTATCTTCATAAAACAATAATAATGGGTTTTTGCTGCATTCTACCAG