sp|Q9AST6|VSP55_ARATH ----> Vacuolar protein sorting-associated protein 55 homolog

Intron 1 GTAAGTGCAA ... ATTCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.85	47	125	140.5
A2	60.2	69	104	105
A3	74.8	49	144	147
A4	76.3	29	82	104.8
A5	66.72	35	61	79.5
A6	69.3	412	902	959.2
A7	67.66	295	612	623.3
A8	67.08	195	355	440.5
A9	66.98	334	651	705.5
A10	71.16	236	569	596.1

>TRINITY_DN107077_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTTAGTTACTTCCGAATACTCCATTCTCTTCACGAGTCCGTAAGCCACGGATCGAGTTTCATAAATCCTGCCTAAATTTAGCTGGCCCTGATTTGTCACCAAAGTCGAATTAGCCTCATTGTAGAAGGGCAGGTGGGCGTGTCTAGTTTAACTTCATGGGAGGGCATCATCTTTCCCACATAAGAAGGACAGGAGGAGG
AATAACTTAATGGCAATAACGATTCCAGTGCTTGCTGTTCTAGCGATTATGTGTTCAGCTGGGATCGTTTTGCAATTCCTGGCTTGTGCTTTATACAAGAACTGGTGGCCAATGCTAACAGCCATTATGTATGTAATGCTGCCAATGCCATTATTATTTTTTGGACCTGGGGATTCTTCAGTTATTAGTTCTACAGATGG
TGGAGGATGGGTGGATGCAGCAAAATTCTTGACTGGAGCTTCTGTAATTGGGAGCATTGCAATACCATCTATCCTAAAGCATGCTGATGTTATTGGGCTGGGAGCCCTATTTTTGGTGTTTGCATCCCTTTTTGTGTTTGGTTGTACAGCATTTTGTTATTTTCGCATGGCTGTTGATGATGAAGATAGCTATTTCTGAT
GTATTGTATTTTGTTATGGGACTGAGGTGGAGTTTTGTCAAATTGTTAATGCCCTGAAGGAAAGGAACAGCAGCATTGTACTACTGCTCAACATTTATTTGTAATTCATCTACAATGTTTTTCAGGTGGCTCATTGTTTTTATGCAAGGATTGCATGGAAGTGAATATTTCTACAGTTGATTTAGGAGATTGAGGTGTGT
AATAGAAGGCCATTGAGGTTCTATTAATCATTCTCCATTCACTTTTGAAGCAAATAGATATCTGCGAGTGTATTTTGCCAGCCAACTCAATTTCAAGAACAGTATTTTGATGTTAGAGGCCTGACCTTTTATGTTATCCACGG

>TRINITY_DN107077_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTTAGTTACTTCCGAATACTCCATTCTCTTCACGAGTCCGTAAGCCACGGATCGAGTTTCATAAATCCTGCCTAAATTTAGCTGGCCCTGATTTGTCACCAAAGTCGAATTAGCCTCATTGTAGAAGGGCAGGTGGGCGTGTCTAGTTTAACTTCATGGGAGGGCATCATCTTTCCCACATAAGAAGGACAGGAGGAGG
AATAACTTAATGGCAATAACGATTCCAGTgtaagtgcaaaggcattggttccacattgaaattcttatatgctgtggcggacttatatggctgatttgccagcatatgtgcatgcatgcttgcattcatgcagGCTTGCTGTTCTAGCGATTATGTGTTCAGCTGGGATCGTTTTGCAATTCCTGGCTTGTGCTTTATAC
AAGAACTGGTGGCCAATGCTAACAGCCATTATGTATGTAATGCTGCCAATGCCATTATTATTTTTTGGACCTGGGGATTCTTCAGTTATTAGTTCTACAGATGGTGGAGGATGGGTGGATGCAGCAAAATTCTTGACTGGAGCTTCTGTAATTGGGAGCATTGCAATACCATCTATCCTAAAGCATGCTGATGTTATTGG
GCTGGGAGCCCTATTTTTGGTGTTTGCATCCCTTTTTGTGTTTGGTTGTACAGCATTTTGTTATTTTCGCATGGCTGTTGATGATGAAGATAGCTATTTCTGATGTATTGTATTTTGTTATGGGACTGAGGTGGAGTTTTGTCAAATTGTTAATGCCCTGAAGGAAAGGAACAGCAGCATTGTACTACTGCTCAACATTT
ATTTGTAATTCATCTACAATGTTTTTCAGGTGGCTCATTGTTTTTATGCAAGGATTGCATGGAAGTGAATATTTCTACAGTTGATTTAGGAGATTGAGGTGTGTAATAGAAGGCCATTGAGGTTCTATTAATCATTCTCCATTCACTTTTGAAGCAAATAGATATCTGCGAGTGTATTTTGCCAGCCAACTCAATTTCAA
GAACAGTATTTTGATGTTAGAGGCCTGACCTTTTATGTTATCCACGG

Intron 2 GTACTATTGT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.17	76.8	8.4	2
A2	6	87	6.8	0
A3	10.5	78.4	10.8	1
A4	5.23	68.8	4.4	0
A5	7.79	46.8	5.2	2
A6	6.82	713	60.6	27
A7	6.56	436.2	36.2	7
A8	8.49	350.2	36.6	8
A9	6.68	535.2	44.4	12
A10	6.31	430.2	34.6	3

>TRINITY_DN40242_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CCATTCTCTTCACGAGTCCGTAAGCCACGGATCGAGTTTCATAAATCCTGCCTAAATTTAGCTGGCCCTGATTTGTCACCAAAGTCGAATTAGCCTCATTGTAGAAGGGCAGGTGGGCGTGTCTAGTTTAACTTCATGGGAGGGCATCATCTTTCCCACATAAGAAGGACAGGAGGAGGAATAACTTAATGGCAATAACG
ATTCCAGTGTAAGTGCAAAGGCATTGGTTCCACATTGAAATTCTTATATGCTGTGGCGGACTTATATGGCTGATTTGCCAGCATATGTGCATGCATGCTTGCATTCATGCAGGCTTGCTGTTCTAGCGATTATGTGTTCAGCTGGGATCGTTTTGCAATTCCTGGCTTGTGCTTTATACAAGAACTGGTGGCCAATGCTA
ACAGCCATTATGTATGTAATGCTGCCAATGCCATTATTATTTTTTGGACCTGGGGATTCTTCAGTTATTAGTTCTACAGATGGTGGAGGATGGGTGGATGCAGCAAAATTCTTGACTGGAGCTTCTGTAATTGGGAGCATTGCAATACCATCTATCCTAAAGCATGCTGATGTTATTGGGCTGGGAGCCCTATTTTTGGT
GTTTGCATCCCTTTTTGTGTTTGGTTGTACAGCATTTTGTTATTTTCGCATGGCTGTTGATGATGAAGATAGCTATTTCTGATGTATTGTATTTTGTTATGGGACTGAGGTGGAGTTTTGTCAAATTGTTAATGCCCTGAAGGAAAGGAACAGCAGCATTGTACTACTGCTCAACATTTATTTGTAATTCATCTACAATG
TTTTTCAGGTGGCTCATTGTTTTTATGCAAGGATTGCATGGAAGTGAATATTTCTACAGTTGATTTAGGAGATTGAGGTGTGTAATAGAAGGCCATTGAGGTTCTATTAATCATTCTCCATTCACTTTTGAAGCAAATAGATATCTGCGAGTGTATTTTGCCAGCCAACTCAATTTCAAGAACAGTATTTTGATGTTAGA
GGCCTGACCTTTTATGTTATCCACGGGCCTTAACTTTTTGTGGTTTGAATAAAGAAATC

>TRINITY_DN40242_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGTTTTCAAGGAAGAATTATTTGTCTAGTTCATCAGAGATCCCATTTGGCTAATACAGATCAAAGACTTCAATTCATGGATTCCATTAGAGTGTCTGATTATGCTTGCTGTTCTAGCGATTATGTGTTCAGCTGGGATCGTTTTGCAATTCCTGGCTTGTGCTTTATACAAGAACTGGTGGCCAATGCTAACAGgtact
attgtttgtgtttgtttgagatcaaagcttcttttcctactggcatcatggaacatacaattcaggatatgaactgcacttgtagtgtgaaattaaagttggaagctggatttttttgcagCCATTATGTATGTAATGCTGCCAATGCCATTATTATTTTTTGGACCTGGGGATTCTTCAGTTATTAGTTCTACAGATGG
TGGAGGGTAGGTTTCCTTTGTACAATACCATCCACTCTCTTCAGCAATTTTGCAAATTCTGAAGTAGTGTGCAACTGATATTATCTGTGTAATTACAGATGGGTGGATGCAGCAAAATTCTTGACTGGAGCTTCTGTAATTGGGAGCATTGCAATACCATCTATCCTAAAGCATGCTGATGTTATTGGGCTGGGAGCCCT
ATTTTTGGTGTTTGCATCCCTTTTTGTGTTTGGTTGTACAGCATTTTGTTATTTTCGCATGGCTGTTGATGATGAAGATAGCTATTTCTGATGTATTGTATTTTGTTATGGGACTGAGGTGGAGTTTTGTCAAATTGTTAATGCCCTGAAGGAAAGGAACAGCAGCATTGTACTACTGCTCAACATTTATTTGTAATTCA
TCTACAATGTTTTTCAGGTGGCTCATTGTTTTTATGCAAGGATTGCATGGAAGTGAATATTTCTACAGTTGATTTAGGAGATTGAGGTGTGTAATAGAAGGCCATTGAGGTTCTATTAATCATTCTCCATTCACTTTTGAAGCAAATAGATATCTGCGAGTGTATTTTGCCAGCCAACTCAATTTCAAGAACAGTATTTT
GATGTTAGAGGCCTGACCTTTTATGTTATCCACGGGCCTTAACTTTTTGTGGTTTGAATAAAGAAATC

Intron 3 GCTTGTGCTT ... GAGATCAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	60	0
A2	100	0	32	0
A3	97.92	1	47	3
A4	100	0	43	0
A5	96.77	1	30	1
A6	98.44	5	316	10
A7	98.58	3	209	6
A8	97.14	5	170	11
A9	100	0	216	3
A10	98.93	2	185	2

>TRINITY_DN35857_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGATCGTTTTGCAATTCCTGCTTCTTTTCCTACTGGCATCATGGAACATACAATTCAGGATATGAACTGCACTTGTAGTGTGAAATTAAAGTTGGAAGCTGGATTTTTTTGCAGCCATTATGTATGTAATGCTGCCAATGCCATTATTATTTTTTGGACCTGGGGATTCTTCAGTTATTAGTTCTACAGATGGTGGAGG
GTAGGTTTCCTTTGTACAATACCATCCACTCTCTTCAGCAATTTTGCAAATTCTGAAGTAGTGTGCAACTGATATTATCTGTGTAATTACAGATGGGTGGATGCAGCAAAATTCTTGACTGGAGCTTCTGTAATTGGGAGCATTGCAATACCATCTATCCTAAAGCATGCTGATGTTATTGGGCTGGGAGCCCTATTTTT
GGTGTTTGCATCCCTTTTTGTGTTTGGTTGTACAGCATTTTGTTATTTTCGCATGGCTGTTGATGATGAAGATAGCTATTTCTGATGTATTGTATTTTGTTATGGGACTGAGGTGGAGTTTTGTCAAATTGTTAATGCCCTGAAGGAAAGGAACAGCAGCATTGTACTACTGCTCAACATTTATTTGTAATTCATCTACA
ATGTTTTTCAGGTGGCTCATTGTTTTTATGCAAGGATTGCATGGAAGTGAATATTTCTACAGTTGATTTAGGAGATTGAGGTGTGTAATAGAAGGCCATTGAGGTTCTATTAATCATTCTCCATTCACTTTTGAAGCAAATAGATATCTGCGAGTGTATTTTGCCAGCCAACTCAATTTCAAGAACAGTATTTTGATGTT
AGAGGCCTGACCTTTTATGTTATCCACGGGCCTTAACTTTTTGTGGTTTGAATAAAGAAATCTTTTGTTTGATTTTAGCATTTATTCTGTTACTTATGTT

>TRINITY_DN35857_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAATTATCCCTTTAAAAATAAAAATGGAAAGAAAAAAGCACAAATTTATTTTTGAATTTGGGGTGAGACTTTAGTTACTTCCGAATACTCCATTCTCTTCACGAGTCCGTAAGCCACGGATCGAGTTTCATAAATCCTGCCTAAATTTAGCTGGCCCTGATTTGTCACCAAAGTCGAATTAGCCTCATTGTAGAAGGGCA
GGTGGGCGTGTCTAGTTTAACTTCATGGGAGGGCATCATCTTTCCCACATAAGAAGGACAGGAGGAGGAATAACTTAATGGCAATAACGATTCCAGTGTAAGTGCAAAGGCATTGGTTCCACATTGAAATTCTTATATGCTGTGGCGGACTTATATGGCTGATTTGCCAGCATATGTGCATGCATGCTTGCATTCATGCA
GGCTTGCTGTTCTAGCGATTATGTGTTCAGCTGGGATCGTTTTGCAATTCCTGgcttgtgctttatacaagaactggtggccaatgctaacaggtactattgtttgtgtttgtttgagatcaaagCTTCTTTTCCTACTGGCATCATGGAACATACAATTCAGGATATGAACTGCACTTGTAGTGTGAAATTAAAGTTGG
AAGCTGGATTTTTTTGCAGCCATTATGTATGTAATGCTGCCAATGCCATTATTATTTTTTGGACCTGGGGATTCTTCAGTTATTAGTTCTACAGATGGTGGAGGGTAGGTTTCCTTTGTACAATACCATCCACTCTCTTCAGCAATTTTGCAAATTCTGAAGTAGTGTGCAACTGATATTATCTGTGTAATTACAGATGG
GTGGATGCAGCAAAATTCTTGACTGGAGCTTCTGTAATTGGGAGCATTGCAATACCATCTATCCTAAAGCATGCTGATGTTATTGGGCTGGGAGCCCTATTTTTGGTGTTTGCATCCCTTTTTGTGTTTGGTTGTACAGCATTTTGTTATTTTCGCATGGCTGTTGATGATGAAGATAGCTATTTCTGATGTATTGTATT
TTGTTATGGGACTGAGGTGGAGTTTTGTCAAATTGTTAATGCCCTGAAGGAAAGGAACAGCAGCATTGTACTACTGCTCAACATTTATTTGTAATTCATCTACAATGTTTTTCAGGTGGCTCATTGTTTTTATGCAAGGATTGCATGGAAGTGAATATTTCTACAGTTGATTTAGGAGATTGAGGTGTGTAATAGAAGGC
CATTGAGGTTCTATTAATCATTCTCCATTCACTTTTGAAGCAAATAGATATCTGCGAGTGTATTTTGCCAGCCAACTCAATTTCAAGAACAGTATTTTGATGTTAGAGGCCTGACCTTTTATGTTATCCACGGGCCTTAACTTTTTGTGGTTTGAATAAAGAAATCTTTTGTTTGATTTTAGCATTTATTCTGTTACTTA
TGTT

Intron 4 GTAGGTTTCC ... GTAATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.34	114.6	4.3	30.3
A2	28.03	132	3.3	54.6
A3	27	124	3.6	48.5
A4	19.58	100	4.1	25.1
A5	29.95	60.7	1.5	27.7
A6	26.09	1132.9	48.3	421.1
A7	26.09	629.2	25.6	232.9
A8	27.12	559	20.9	219.6
A9	24.81	684.6	37.4	236.4
A10	23.78	591.8	19	193.3

>TRINITY_DN35005_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

AGTGCATGTGGGCCAGATTGTGTCCGGAATTATCCCTTTAAAAATAAAAATGGAAAGAAAAAAGCACAAATTTATTTTTGAATTTGGGGTGAGACTTTAGTTACTTCCGAATACTCCATTCTCTTCACGAGTCCGTAAGCCACGGATCGAGTTTCATAAATCCTGCCTAAATTTAGCTGGCCCTGATTTGTCACCAAAGT
CGAATTAGCCTCATTGTAGAAGGGCAGGTGGGCGTGTCTAGTTTAACTTCATGGGAGGGCATCATCTTTCCCACATAAGAAGGACAGGAGGAGGAATAACTTAATGGCAATAACGATTCCAGTGCTTGCTGTTCTAGCGATTATGTGTTCAGCTGGGATCGTTTTGCAATTCCTGGCTTGTGCTTTATACAAGAACTGGT
GGCCAATGCTAACAGCCATTATGTATGTAATGCTGCCAATGCCATTATTATTTTTTGGACCTGGGGATTCTTCAGTTATTAGTTCTACAGATGGTGGAGGATGGGTGGATGCAGCAAAATTCTTGACTGGAGCTTCTGTAATTGGGAGCATTGCAATACCATCTATCCTAAAGCATGCTGATGTTATTGGGCTGGGAGCC
CTATTTTTGGTGTTTGCATCCCTTTTTGTGTTTGGTTGTACAGCATTTTGTTATTTTCGCATGGCTGTTGATGATGAAGATAGCTATTTCTGATGTATTGTATTTTGTTATGGGACTGAGGTGGAGTTTTGTCAAATTGTTAATGCCCTGAAGGAAAGGAACAGCAGCATTGTACTACTGCTCAACATTTATTTGTAATT
CATCTACAATGTTTTTCAGGTGGCTCATTGTTTTTATGCAAGGATTGCATGGAAGTGAATATTTCTACAGTTGATTTAGGAGATTGAGGTGTGTAATAGAAGGCCATTGAGGTTCTATTAATCATTCTCCATTCACTTTTGAAGCAAATAGATATCTGCGAGTGTATTTTGCCAGCCAACTCAATTTCAAGAACAGTATT
TTGATGTTAGAGGCCTGACCTTTTATGTTATCCACGGGCCTTAACTTTTTGTGGTT

>TRINITY_DN35005_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TAAGTGCAAAGGCATTGGTTCCACATTGAAATTCTTATATGCTGTGGCGGACTTATATGGCTGATTTGCCAGCATATGTGCATGCATGCTTGCATTCATGCAGGCTTGCTGTTCTAGCGATTATGTGTTCAGCTGGGATCGTTTTGCAATTCCTGGCTTGTGCTTTATACAAGAACTGGTGGCCAATGCTAACAGCCATT
ATGTATGTAATGCTGCCAATGCCATTATTATTTTTTGGACCTGGGGATTCTTCAGTTATTAGTTCTACAGATGGTGGAGGgtaggtttcctttgtacaataccatccactctcttcagcaattttgcaaattctgaagtagtgtgcaactgatattatctgtgtaattacagATGGGTGGATGCAGCC