sp|Q570C0|TIR1_ARATH ----> Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1

Intron 1 GTGATGTCTT ... GCCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.53	78	22.5	24
A2	18.18	99	21	22
A3	20.34	94	27.5	24
A4	13.89	93	20.5	15
A5	22.22	42	9.5	12
A6	14.71	261	48.5	45
A7	20.39	203	34.5	52
A8	20.57	139	17	36
A9	22.58	168	27.5	49
A10	16.81	193	38	39

>TRINITY_DN41816_c0_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

ATACAGAGATACAGATAGATACCCTCTGGAGATTTTTGGGGGTAATCTGCGATCTCTTTTCGTTTGGGATTTTTTTGTTTGTTTTTAATTTTTGTGGGCTTTGATGCATTTGAAGGTACGTAGGACGTTTTAGTTTTTCCCTGTAGCTCCAAAATCGGCCATGGGGTCTGAAATCTAAGCGGTGTATGCGTGAGGTATAT
TTGTTATTATTAGGATTGCAATTATTATTATGGTGGTGAGAAGGATGAGCTCGTTCCCTGATGAAGTGCTGGAGCATGTATTGGCATTCCTGTCGTCGCACAGGGACAGGAACGCGGTTTCCCTGGTCTGCAAGTCGTGGTTTCGAATCGAGGCGGGCAGCAGGCAGCGGGTTTTCATCGGAAATTGCTACGCGGTGAGC
CCCCCTATACTCATCAGGAGGTTCCCGAGGATAAAGTCCGTTGCGCTAAAGGGGAAGCCCCATTTTGCGGACTTTAACATGGTGCCTACAGGTTGGGGCGCCGATGTCCACCCATGGCTGGCTGCCATGGCGGAGGCATACCCCTGGTTGGAAGAACTCAGGCTTAAGCGCATGGTGGTCACCGACGAGAGCCTTGAGCT
CCTCGCGCGTTCTTTTCCCAATTTCAAGGTTCTTGTGCTTACCAGTTGCGACGGCTTCAGCACGGACGGGCTCGCTACCATTGCCGCGCACTGCAGGCATATCACAGAGCTAGATTTGCAGGAGAATGACATTGATGATCGTGGTGGCCATTGGCTAAGTAGTTTTCCAGACTCGTGCACATCGCTTGTTTCCTTAAACT
TTGCATGTCTGAATGATGAGGTGAACTTTGAAGCACTCGAGAGATTAGTAGCAAGATGTACTTCCCTCAGGAGTTTGAAATTGAATCGTTTGGTGCCATTAGAGCTACTCCATCGGCTTTTGATTCGTGCCCCACATCTGGAGGATTTGGGTACAGGTGCATACCTGCAAGAGCCACGCACTGAACAATATTCTAAGCTT
AAGGGTGCCTTACAGAATTGCAAGGCACTTCGCAGCTTATCTGGTTTTTGGGAGGTTACACCTGGTTATCTTCCCTCGGTGGACACTGTCTGTGTGAATTTGACCTGTCTGAACTTGAGTTATGCAACAATTCAAAGTGCAGAACTTACTAAGCTCCTTGGTCATTGCCACAAACTGCAGCGCTTATGGGTATTGGATTA
TATTGAAGATAAAGGGCTTGAAGTGGTTGCCTCAACCTGCAAAGATTTGCAGGAACTGCGTGTTTTTCCATTAGACCCTTATGGTCAAGGAGCTGTGACAGAGGAAGGCCTTATGGCTATTTCAAGGGGCTGTCCTAAGCTCAACTCTGTACTATATTTTTGTTGTCAAATGACAAATGCAGCTTTGGTTACTGTTGCAA
GAAACAGCTCTCTTCTCACTCGTTTCCGCTTATGTATTATTGATCCCAAAAAACCAGATCATGTGACAAAGCAACCCCTAGATGAAGGGTTTGGAGCTATTGTTCAGTATTGTAAAAGTTTACGACGTTTATCTCTTTCTGGCTTGCTTACAGACAAGGTCTTTCAGTTGATTGGTAATTATGGTAAGTGTTTGGAGATG
CTTTCTGTTGCTTTTGCTGGTGATAGTGACTCTGGGATGGAACATGTATTATTAGGCTGCACAAATCTCCGTAAGCTTGAGATAAGGGATAGCCCATTTGGTGATTCGGCTCTTTTAGCAGGTTCGGAAAAGTATGAATCAATGCGATCCCTTTGGATGTCATCCTGTTCTGTTACCATGCATGGTTGCAAGAAATTGGC
TGCAAAGATGCCTAACTTGAATGTTGAAGTTTTCCATGACAGGGATCAGTTTGAAGATATAAGTTCCATGGATCAGCCCGTAGATAGACTCTATGTGTACCGGTCAGTTGCCGGACATCGTACTGATACACCACATTTCATATGCACTATGTAAGTGGTCATGTCATTTCTTATGTACCATGGATGAAGCCGGCATGTTA
TTGCTAAAACAGCAGAGTTCCAAGCAGGGATGGGATTTTCCTCGTGCACAATGGACGAGGCCAGGAAGTTCTTGTGATGACTGACACTTTCACCTTCCATCACAAAATTTGTATGCCTTGTACAGACAAATTTCAGCATTCAAATACTGTTTGGCATAAAGTTATTACTGTCACTCCAGCACTATGCGGCAGTATCCTCT
AATGTAGGACTGTTCGATTGATCTTTGGACTCCTTTAATTATGCTGCAAATTATTTAAATGCAGCAAATGAACAGCCTGGCAGACTTCTAGTCTGGAATTAGGCAGTAAATAGTTATTTAATTATATAGGCATACCGTGTGATTTCATTTCATTTTTTAGAGAACCCTTCTGGTTACCGTTTGTTTAAGACTGCCATGTT
CAAAAAATCTTATTTGATTGAAGAGAAGGTAACATTCTCTGCAATATTTGCTTCTTCTTGTGTGCTGACCATCTATAGCCACGCTCCTTAGACAAAGTCCGTTCTCTTGTTTGTTCTCATGTGCTGTGCATTGTTCATATCTTAGAGGTCGTTTATGCAATATTTGTTCATGTCAGAACTGTATGGCTTATTGATTACGT
GTGCTTAGCATGCTGTAGACTTCTCCGGTATCTGCAATTTTTTTCTCAGATAAAATTGTGAAGATGTATTTTCTTGGTCATAATTGATAATCACATGAGAATGGCTAGATATTGTGGAGCTCAAGGCTCCAGATTGAATAGTTTTCTGTCATTTCATCACGTG

>TRINITY_DN41816_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CACAAACTGCAGCGCTTATGGgtgatgtcttgacttttcaagatttgttgctgaaagattctttttaagttttttgtattttgaattaatgtagtgctgtttgtaatattgcaatatttttgttatgctataaacataaataggagtagtctagctagctaatactctctcatcacttgtcttcccccccacattttcag
tcatttgagttctgaaattatttgtaagatctttagaatgcatttcgaggttcagaacttgtatctcaagttccagctttatcttggctgcacggtagacttatgattgtcagcccttgcagGTATTGGATTATATTGAAGATAAAGGGCTTGAAGTGGTTGCCTCAACCTGCAAAGATTTGCAGGAACTGCGTGTTTTT
CCATTAGACCCTTATGGTCAAGGAGCTGTGACAGAGGAAGGCCTTATGGCTATTTCAAGGGGCTGTCCTAAGCTCAACTCTGTACTATATTTTTGTTGTCAAATGACAAATGCAGCTTTGGTTACTGTTGCAAGAAACAGCTCTCTTCTCACTCGTTTCCGCTTATGTATTATTGATCCCAAAAAACCAGATCATGTGAC
AAAGCAACCCCTAGATGAAGGGTTTGGAGCTATTGTTCAGTATTGTAAAAGTTTACGACGTTTATCTCTTTCTGGCTTGCTTACAGACAAGGTCTTTCAGTTGATTGGTAATTATGGTAAGTGTTTGGAGATGCTTTCTGTTGCTTTTGCTGGTGATAGTGACTCTGGGATGGAACATGTATTATTAGGCTGCACAAATC
TCCGTAAGCTTGAGATAAGGGATAGCCCATTTGGTGATTCGGCTCTTTTAGCAGGTTCGGAAAAGTATGAATCAATGCGATCCCTTTGGATGTCATCCTGTTCTGTTACCATGCATGGTTGCAAGAAATTGGCTGCAAAGATGCCTAACTTGAATGTTGAAGTTTTCCATGACAGGGATCAGTTTGAAGATATAAGTTCC
ATGGATCAGCCCGTAGATAGACTCTATGTGTACCGGTCAGTTGCCGGACATCGTACTGATACACCACATTTCATATGCACTATGTAAGTGGTCATGTCATTTCTTATGTACCATGGATGAAGCCGGCATGTTATTGCTAAAACAGCAGAGTTCCAAGCAGGGATGGGATTTTCCTCGTGCACAATGGACGAGGCCAGGAA
GTTCTTGTGATGACTGACACTTTCACCTTCCATCACAAAATTTGTATGCCTTGTACAGACAAATTTCAGCATTCAAATACTGTTTGGCATAAAGTTATTACTGTCACTCCAGCACTATGCGGCAGTATCCTCTAATGTAGGACTGTTCGATTGATCTTTGGACTCCTTTAATTATGCTGCAAATTATTTAAATGCAGCAA
ATGAACAGCCTGGCAGACTTCTAGTCTGGAATTAGGCAGTAAATAGTTATTTAATTATATAGGCATACCGTGTGATTTCATTTCATTTTTTAGAGAACCCTTCTGGTTACCGTTTGTTTAAGACTGCCATGTTCAAAAAATCTTATTTGATTGAAGAGAAGGTAACATTCTCTGCAATATTTGCTTCTTCTTGTGTGCTG
ACCATCTATAGCCACGCTCCTTAGACAAAGTCCGTTCTCTTGTTTGTTCTCATGTGCTGTGCATTGTTCATATCTTAGAGGTCGTTTATGCAATATTTGTTCATGTCAGAACTGTATGGCTTATTGATTACGTGTGCTTAGCATGCTGTAGACTTCTCCGGTATCTGCAATTTTTTTCTCAGATAAAATTGTGAAGATGT
ATTTTCTTGGTCATAATTGATAATCACATGAGAATGGCTAGATATTGTGGAGCTCAAGGCTCCAGATTGAATAGTTTTCTGTCATTTCATCACGTG