sp|Q8GYH6|RTNLP_ARATH ----> Reticulon-like protein B16

Intron 1 GTAAGTTTGG ... CATCCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.2	29.9	7.7	12
A2	31.4	22	2.7	10
A3	35.63	25.4	0.7	14
A4	21.33	23	3	6
A5	24.14	6.5	1	2
A6	28.16	146	0.7	57
A7	36.09	111.7	4.7	63
A8	37.11	154.6	10.7	91
A9	33.79	151	12.3	77
A10	34.48	118.1	5.3	62

>TRINITY_DN42811_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CAATATTCAGTGCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAA
ATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGG
ACTATATCTGCTGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGAC
CTCATCACACTTGTTTATATCATTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTTTGTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGA
AGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACTGAAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAA
TTTATTTTAATTTTTTATAAATAAAATAATTTTCTTGTGTAATAAAATTTAGGGGTTAAATTTAGCCCGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTGGTC

>TRINITY_DN42811_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCTCATCACACTTGTTTATATCAgtaagtttggataatagatttcttcttaactttatgcaaacactttcttctctcaaatctaactgcttttcttggttgctgggctgctttgtctgtctttttcttgttttattggttaacctgttttgttttgcatacatcccacagTTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTT
TGTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACT
GAAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAATTTATTTTAATTTTTTATAAATAAAATAATTTTCTTGTGTAATAAAATTTAG
GGGTTAAATTTAGCCCGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTGGTC

Intron 2 GTAGTATATA ... AAACTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.5	9.2	5.7	9.9
A2	60.19	5.8	3.7	6.8
A3	48.58	5.3	5.7	4.4
A4	47.01	12.3	0.2	11
A5	59.97	2.9	0	4.3
A6	53.19	29.2	7.3	31.8
A7	57.13	25.4	7.9	32
A8	62.76	25.1	17	37.2
A9	54.85	28.6	9	32.1
A10	55.29	23.7	8.2	25.8

>TRINITY_DN122632_c2_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTG
GATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGC
TGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGATCACAAATACTTAGCAGCAGATAGCTTATAAGCTTGGGCAGATTTCAGCTAAGTGGTT

GTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCA

>TRINITY_DN122632_c2_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTG
GATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGC
TGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGATCACAAATACTTAGCAGCAGATAGCTTATAAGCTTGGGCAGATTTCAGCTAAgtagta
tatattcacagttcataattatttttattaaaactatatatatgtttgtgtttggttttaaattttaatttgaacccattatgtattttttttaagttaatattttttttaatttttttaaacttgtagGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCAG
TAAGTTTGGATAATAGATTTCTTCTTAACTTTATGCAAACACTTTCTTCTCTCAAATCTAACTGCTTTTCTTGGTTGCTGGGCTGCTTTGTCTGTCTTTTTCTTGTTTTATTGGTTAACCTGC

Intron 3 GTATATATTC ... AAACTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.04	10	5	9.7
A2	38.01	10	3.7	6.3
A3	35.04	8	5.7	4.3
A4	40	14	0	10
A5	78.57	1	0	4
A6	41.44	36	7.3	28.3
A7	47.83	29	7.7	29
A8	49.35	34	18.3	34.7
A9	43.26	36	10	29.3
A10	41.05	31	8.7	23.3

>TRINITY_DN39271_c5_g1_i14 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAAATGTCAATATTCAGTGCCCATTTAGGTAAAATATTTGCCATGGTCCGGGGATTCCGGAAGATTGTAATAACATAATTTGAGTAGGTTGAGCAATACAGACGTCCATATTATGTGATTGTGAAGGTCGTTTCTAACGGGTTTTTTGCAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCT
GAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTC
CACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGCTGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGA
CCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGATTTCTGCACATACAGACCACCTCCACCTCTCCCTGGTTTGGAATTGTCTGAAGAAATGGTAAACAGTACTGCTGCATCGGTTCGCCTTAGGATTAACCATACACTTGCAGCGGCAC
ATGATATTGCCCTCGGCAAAGATTTCAGCCTTTTTGCAAAGATCACAAATACTTAGCAGCAGATAGCTTATAAGCTTGGGCAGATTTCAGCTAAGTAGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCATTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTTTGT
ACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACTGAA
ACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAATTTATTTTAATTTTTTATAAATAAAATAATTTTCTTGTGTAATAAAATTTAGGGG
TTAAATTTAGCCCGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTGGTCAATTTCATTTTTTTCTAAATTAATTGGTTATGGTTAAATTTTTTTTATCTAAAAATGATCAAAATTGTCTCTAAAAACCATTACAAACTCTTTAGAAATTTAATTTAATTTCTTTTTATTTAGTAAGTTTCACCAAAAATTTCTACACTAAATT
AAAAATTTTAGGAACCGCCGAACTTGAATGCTTCGCCAAATGTTTCCTGAATGAAAAGAACCTAATAGAACTTGATCAAATCCAAAAAAGAAACGAATGTTTTTCACATCAAGTCATTTTATCATGCAAGCCAGGGCCGCCCATTTCTCTTCGTTTCGTACAATCATTGGTTTTATCCTCACCTGACCTTTGCATCCTGC
ACGCCTTTGAAGGCATGTCGCACCCCCTTGTTAAAAATAAACTTTAATTTGGAATTTTAATCCTTCCTGTAGGCCTTTCAGAATATGTCGCACCGCATTGTTCTTGAAAGTAAATTTTAACCTGATTTGGTTCACTTTTATAAAGTCGATCTTAAAAAAAATTACATCCCAACCAAAAATAAATTAAATTAGAAAAACTT
TTTTTTTTCATTTAAAAAAATATCCTTTCAAAAAATTTATGTGGATTATGCCAAAAAAAACCCACCAAACTATGGACAAACTTGACAGCAAGTATGGGTAGAGGCTCTCACCTGAAATTCTGGGATATCTACATGAGATCGGTTATACTAAGCTGTCTCAGATATAAACTAAAAAAGCCTGACAGAGGGCGATATGATGG
TTCTTATTGGTATTCTGGGTATTGGCGGGGTTTATCAAATTGAATGGACTACTATCTCTTCATATTAAAGACTGTTGGTATTAGGCTTACAAACTTTGAGGATTAACTTCTTTGGAGAGGTAATAAAAAAGATGGACAAGTTAATGCTAAAAATGATGAACTTCTTTGGAGAGGTAATAAAAAAGATGGACAAGTTAATG
CTAAAGATGCCTGTCTTTATATGGCATACAGTGATAATTATATTGTACCTGAATGATGGTATGAGAAGTTGTGGAAGTGGAAAATTCCCCCCAAAAAAACAAAATGTTTCTTTAGTTTGTTTTGGAAAATGTGATGCTTACTTGGGAGAACGTGTTAAAAAGAGGATGGCAAGGTCCCCATAAATGCTCCTTATGCAGAA
TGCAGAATTGATGCTGAAACTACTGATCACATTTTTATTCACTATTCTTTCTCACAAAACCTACGGTCTGCTATCCGCTCAAAACTTGACATTCCTATGTTATGGGGTGATGATACTTTGGACAAAAATCTTTATATCTGGTACACTTCTAAGAAGGATCATCGTTTGCTTCCAGCCATCATCTATTGGGTGATTTGGAA
CATTAGGAATGCTGTTGTCTTTGAGGACAAAACCCCTTCCATTACTGCAGGGATGATCAAAGCTATAAATGTGTATAAGGATATAAATCCTTGACAAGCTAAATCTTCAAAGAATAGATCTATTGATAAGCTTCCTGTTATGGATAAGGCATATGGATTTTTTGATGGGGCAGCAGTGGATGGATATTGTGCTGTGGGTG
CCTTTCTTGTGATCAACTGTTCTCACTATTTCAAATTAAAACTGAACTGTGGTAGTGGTACCAATACCAAGGTTGAATTACTTGTCTTATGGTGTTCGATCAAGTCTGCATGGATTCTTGGAATTGACACTTTCAATATTTTTGGGGATTCCTTATCTGTGGTAATCTGGGCAAAAAATTCTGCTACCTTACAGTCCATT
GTGCTGCTTTAGTGGTGCGAAAGAATAAAAGTTTTATTGAACAGGTTTCATAGCTGGGGATACATAATATTTACAAGGAACTTAATGCTACTGCAGATACACTTTCTAAGGAGGCTCTGAGGTAGGATGAAGGTCTTTTCTTGTGGGAAGAATATATTGATGATCACTTGGAACAAGATGGTCAATTATACTTCTTTGAT
TGATCTTTACTTATTATTTTTTTTGACATCTTTTTGATACTCTATTTTTGCCACTTTCAGAATTTTGGTTTCTTGCCACTAGATGATCATTGTATTGATCCTTTTGTATTTTTGGACTTGACTATAACTGTTCAATATCCATTGGATAATGTAAAATGCATGTACTTTTTTATTGAAAAGAATAACAAAAGTAGG

>TRINITY_DN39271_c5_g1_i19 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAAAGTGAGAAAGAATGCCTCCCTCATGCCTTTTTGATCAAACCCTAGGGTTTCCTAAATCTAGTGGTTGAGATTGATTTAGATCAATGGATGAAATTAAATGCTCCATTTATTTCTCATAAATAATTAATTTCACTCACCCCCTTAAATTTATCAAAAATTGACTTTAATGTTATAAAGTCTCATTAATGACTATTAAT
GTGAGAGTCACCCCTTTTCCCTCTTCTAAGTGACATTAGGCTATTGTCACTTGGAGAACACTTCCCTAGGTACAAAACTAACAAGGTTTGCATCTTGAGGCATTTATAGATTTGGAGTTAAATGGATCTATATTGGTATTCTGCAGATCACAAATACTTAGCAGCAGATAGCTTATAAGCTTGGGCAGATTTCAGCTAAG
TAgtatatattcacagttcataattatttttattaaaactatatatatgtttgtgtttggttttaaattttaatttgaacccattatgtattttttttaagttaatattttttttaatttttttaaacttgtagGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTAT
ATCATTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTTTGTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTT
ATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACTGAAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAATTTATTTTAATTTTTTAT
AAATAAAATAATTTTCTTGTGTAATAAAATTTAGGGGTTAAATTTAGCCCGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTGGTCAATTTCATTTTTTTCTAAATTAATTGGTTATGGTTAAATTTTTTTTATCTAAAAATGATCAAAATTGTCTCTAAAAACCATTACAAACTCTTTAGAAATTTAATTTAATTTCTTTTT
ATTTAGTAAGTTTCACCAAAAATTTCTACACTAAATTAAAAATTTTAGGAACCGCCGAACTTGAATGCTTCGCCAAATGTTTCCTGAATGAAAAGAACCTAATAGAACTTGATCAAATCCAAAAAAGAAACGAATGTTTTTCACATCAAGTCATTTTATCATGCAAGCCAGGGCCGCCCATTTCTCTTCGTTTCGTACAA
TCATTGGTTTTATCCTCACCTGACCTTTGCATCCTGCACGCCTTTGAAGGCATGTCGCACCCCCTTGTTAAAAATAAACTTTAATTTGGAATTTTAATCCTTCCTGTAGGCCTTTCAGAATATGTCGCACCGCATTGTTCTTGAAAGTAAATTTTAACCTGATTTGGTTCACTTTTATAAAGTCGATCTTAAAAAAAATT
ACATCCCAACCAAAAATAAATTAAATTAGAAAAACTTTTTTTTTTCATTTAAAAAAATATCCTTTCAAAAAATTTATGTGGATTATGCCAAAAAAAACCCACCAAACTATGGACAAACTTGACAGCAAGTATGGGTAGAGGCTCTCACCTGAAATTCTGGGATATCTACATGAGATCGGTTATACTAAGCTGTCTCAGAT
ATAAACTAAAAAAGCCTGACAGAGGGCGATATGATGGTTCTTATTGGTATTCTGGGTATTGGCGGGGTTTATCAAATTGAATGGACTACTATCTCTTCATATTAAAGACTGTTGGTATTAGGCTTACAAACTTTGAGGATTAACTTCTTTGGAGAGGTAATAAAAAAGATGGACAAGTTAATGCTAAAAATGATGAACTT
CTTTGGAGAGGTAATAAAAAAGATGGACAAGTTAATGCTAAAGATGCCTGTCTTTATATGGCATACAGTGATAATTATATTGTACCTGAATGATGGTATGAGAAGTTGTGGAAGTGGAAAATTCCCCCCAAAAAAACAAAATGTTTCTTTAGTTTGTTTTGGAAAATGTGATGCTTACTTGGGAGAACGTGTTAAAAAGA
GGATGGCAAGGTCCCCATAAATGCTCCTTATGCAGAATGCAGAATTGATGCTGAAACTACTGATCACATTTTTATTCACTATTCTTTCTCACAAAACCTACGGTCTGCTATCCGCTCAAAACTTGACATTCCTATGTTATGGGGTGATGATACTTTGGACAAAAATCTTTATATCTGGTACACTTCTAAGAAGGATCATC
GTTTGCTTCCAGCCATCATCTATTGGGTGATTTGGAACATTAGGAATGCTGTTGTCTTTGAGGACAAAACCCCTTCCATTACTGCAGGGATGATCAAAGCTATAAATGTGTATAAGGATATAAATCCTTGACAAGCTAAATCTTCAAAGAATAGATCTATTGATAAGCTTCCTGTTATGGATAAGGCATATGGATTTTTT
GATGGGGCAGCAGTGGATGGATATTGTGCTGTGGGTGCCTTTCTTGTGATCAACTGTTCTCACTATTTCAAATTAAAACTGAACTGTGGTAGTGGTACCAATACCAAGGTTGAATTACTTGTCTTATGGTGTTCGATCAAGTCTGCATGGATTCTTGGAATTGACACTTTCAATATTTTTGGGGATTCCTTATCTGTGGT
AATCTGGGCAAAAAATTCTGCTACCTTACAGTCCATTGTGCTGCTTTAGTGGTGCGAAAGAATAAAAGTTTTATTGAACAGGTTTCATAGCTGGGGATACATAATATTTACAAGGAACTTAATGCTACTGCAGATACACTTTCTAAGGAGGCTCTGAGGTAGGATGAAGGTCTTTTCTTGTGGGAAGAATATATTGATGA
TCACTTGGAACAAGATGGTCAATTATACTTCTTTGATTGATCTTTACTTATTATTTTTTTTGACATCTTTTTGATACTCTATTTTTGCCACTTTCAGAATTTTGGTTTCTTGCCACTAGATGATCATTGTATTGATCCTTTTGTATTTTTGGACTTGACTATAACTGTTCAATATCCATTGGATAATGTAAAATGCATGT
ACTTTTTTATTGAAAAGAATAACAAAAGTAGG

Intron 4 GTGAGAGGTT ... GCACATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.22	28	12	4
A2	25.81	23	6	10
A3	23.36	41	14	11
A4	24.44	17	5	6
A5	17.65	21	5	4
A6	21.43	88	36	12
A7	23.69	95	41	18
A8	20.17	95	37	11
A9	23.47	106	44	21
A10	20.58	110	35	22

>TRINITY_DN122632_c2_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTG
GATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGC
TGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGACCACCTCCACCTCTCCCTGGTTTGGAATTGTCTGAAGAAATGGTAAACAGTACTGCTG
CATCGGTTCGCCTTAGGATTAACCATACACTTGCAGCGGCACATGATATTGCCCTCGGCAAAGATTTCAGCCTTTTTGCAAAGGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCATTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTTTGTACAGCAATTATGAG
GATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACTGAAACAAGGGGATTGGT
GCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCT

>TRINITY_DN122632_c2_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTG
GATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGC
TGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGgtgagaggtttaagtttttatctgttttccctgtacttgtcactttgttctggtttatc
agtaatatatattcattcagtatagatttctgcacatacagACCACCTCCACCTCTCCCTGGTTTGGAATTGTCTGAAGAAATGGTAAACAGTACTGCTGCATCGGTTCGCCTTAGGATTAACCATACACTTGCAGCGGCACATGATATTGCCCTCGGCAAAGATTTCAGCCTTTTTGCAAAGGTAAAGCATTGTGATAG
TTTGTGAGAATACCATTAACTCTGGATCTATCATGCTCTGAGAGGGATCAAATCCCTCAAGGTGCAAAACCTTTATAGGGTTAAAGATTTAAGGAAAGGTTTGTAGATTTTTCTGGGTTTTACTACTTGCTGGTTTATGTTATCTTTTCAATGTTTTTCATCTTCAGCCGGTTATGCATAGGCTGAAAGCTACTTATGAA
AAATACATTAACACTTAA

Intron 5 GTAACATATG ... ATGGTACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.67	45	1	9
A2	25	21	2	7
A3	26.19	31	1	11
A4	9.52	38	1	4
A5	14.29	18	0	3
A6	21.2	145	2	39
A7	21.39	136	0	37
A8	21.74	108	0	30
A9	22.22	147	4	42
A10	25.27	136	0	46

>TRINITY_DN42811_c0_g1_i16 from sample A7 / Example spliced isoform

TATTTCTATAGCAATCTTCTAGAAAAAAATTGAATAACAAAATGTCAATATTCAGTGCCCATTTAGGTAAAATATTTGCCATGGTCCGGGGATTCCGGAAGATTGTAATAACATAATTTGAGTAGGTTGAGCAATACAGACGTCCATATTATGTGATTGTGAAGGTCGTTTCTAACGGGTTTTTTGCAGGTTCTTGGTAG
TTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCA
GCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGGTAAGTAGTTGTAATCTTATAGACTATATTTAATATACAAGATTCTTTCAAAATTGGAACT
GTCATGTTTACAGTTACTGTCACTCTGCCAGAATGTTTCCCTAAAATTATATGTCTTTTCACTCAATTTAGGATATGATTTACCTACCATTTATATTGATCAATGAGATTTTTCTCTTCTCTTGTCCTGGATAAATATGCCATCCTTTGTATTGGGAGTGATGGTTGTGCAAATATACTACATAGGATTTGATTCATAAT
TGCTGTTTCAAGATTGCCATCTGAATACCTACTTGACCAAACCTTACTTCCTGAAAATGAGCATTTGAAAGCTTCTTGCCACTTTTCATAGTTTTCAAATCTTTCTTAAAGTTTTCCTGATATTCGCGCCTTATCGCTAAATACTCCTCTGTGTACTTCATGACCTCTAAGGACCTCGTCTGATACATTAGGCATCTTGC
TGGCAATCAGCTAATAAGACTGGTGCGAACTATTGGTAATACTACTAATAGGACTCAGGCCGCTGCTTCTTACATTGTTAGAGATTACAAAATCTTCTGTTCTGATTGAAATTGGAGCCCAGGATTTCCCTGTGGTCCCCAATGACTTGAGTTCTAGTTGTTTTCCCTCTGATCCTAGTTCAGTGAATATCAATTTTTTG
GCTGAGAGGCTGAGGTATATGGTTGACTTAGACTAGAAACCCCTGTTTGTTCTTCCTGTTCTTTCTTATCACTTGCATTTTAGCTTTTTTTATACTGCTCTGTTTCACAGGGTACTCTTTCATCTTTTAGTTGTTCCTGGGAAATTCTCTGTGTTCTTGTTTAGAATGCTCAACCCCTTCCTCTTTAGATTCATTTTGAA
CATGGGTATCTTCTGATAATCACTGGATGGCTCCAAGTCTCCTGTAGTTTGTCTTCTCTCGGTAATAAAGTGTTTATTGTGTGGCTTCCAAGTGATCCCGCTGGGAAGCTTTGCGACCAATTGGCAAGTCCATCTGGATAGTTATTACATCAATTTGCTCCAGTTATCTAATTCAGGTTCTTGTTAGTTACTTATCTATT
TTAG

>TRINITY_DN42811_c0_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGgtaacatatgcattctgtgatacggttcacttctcagccagaagcatatgttgtcctctgttatttgcttgattttttgacagaaacatcctcctggtgaaatctattggagttcttatatctaagatgggttggatggcaatgggcatgaactgtagcaggtctgaagtgttttttg
gacataaagtcgtttatggtacaagGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCT
TCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGG

Intron 6 GTGAGAGGTT ... TTCAGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.27	29	12	4
A2	27.27	16	6	3
A3	26.92	38	14	5
A4	26.32	14	5	3
A5	21.74	18	5	0
A6	31.03	80	36	1
A7	33.06	83	41	3
A8	28.91	91	37	4
A9	31.88	94	44	6
A10	25.18	104	35	7

>TRINITY_DN122632_c2_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTG
GATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGC
TGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGATTTCTGCACATACAGACCACCTCCACCTCTCCCTGGTTTGGAATTGTCTGAAGAAATG
GTAAACAGTACTGCTGCATCGGTTCGCCTTAGGATTAACCATACACTTGCAGCGGCACATGATATTGCCCTCGGCAAAGATTTCAGCCTTTTTGCAAAGGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCATTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTTT
GTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACTG
AAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCT

>TRINITY_DN122632_c2_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTG
GATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGC
TGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGgtgagaggtttaagtttttatctgttttccctgtacttgtcactttgttctggtttatc
agtaatatatattcattcagtatagATTTCTGCACATACAGACCACCTCCACCTCTCCCTGGTTTGGAATTGTCTGAAGAAATGGTAAACAGTACTGCTGCATCGGTTCGCCTTAGGATTAACCATACACTTGCAGCGGCACATGATATTGCCCTCGGCAAAGATTTCAGCCTTTTTGCAAAGGTAAAGCATTGTGATAG
TTTGTGAGAATACCATTAACTCTGGATCTATCATGCTCTGAGAGGGATCAAATCCCTCAAGGTGCAAAACCTTTATAGGGTTAAAGATTTAAGGAAAGGTTTGTAGATTTTTCTGGGTTTTACTACTTGCTGGTTTATGTTATCTTTTCAATGTTTTTCATCTTCAGCCGGTTATGCATAGGCTGAAAGCTACTTATGAA
AAATACATTAACACTTAA

Intron 7 GTAACATATG ... TTACTGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.03	11.7	4	4.3
A2	33.33	6	3.3	2
A3	30.36	6	4	2
A4	26.7	12	8	4
A5	16.67	8	2.7	0
A6	24.23	19	8.7	0
A7	14.69	33	8.7	2
A8	15.09	28.7	8	1
A9	21.3	45.7	16.7	5
A10	12.82	40	8.3	1.3

>TRINITY_DN39271_c5_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAAATGTCAATATTCAGTGCCCATTTAGGTAAAATATTTGCCATGGTCCGGGGATTCCGGAAGATTGTAATAACATAATTTGAGTAGGTTGAGCAATACAGACGTCCATATTATGTGATTGTGAAGGTCGTTTCTAACGGGTTTTTTGCAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCT
GAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGATGGCAATGGGCATGAACTGTAGCAGGTCTGAAGTGTTTTTTGGACATAAAGTCGTTTATGGTACAAGGGCCTTTTATGTGTTGGATCAGTCTCTTGGACTAGGTTGATTTAGGTGTT
TTCTGAAGCGGATTTTCAGTACGTCTGAAACAGTTATTTGGAACATCTGCTGCTGTTGAATATAAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCG
GCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGGTAAGTAGTTGTAATCTTATAGACTATATTTAATATACAAGATTCTTTCAAAATTGGAACTGTCATGTTTACAGTTACTGTCACTCTGCCAGAATGTTTCCCTAAAATTATATG
TCTTTTCACTCAATTTAGGATATGATTTACCTACCATTTATATTGATCAATGAGATTTTTCTCTTCTCTTGTCCTGGATAAATATGCCATCCTTTGTATTGGGAGTGATGGTTGTGCAAATATACTACATAGGATTTGATTCATAATTGCTGTTTCAAGATTGCCATCTGAATACCTACTTGACCAAACCTTACTTCCTG
AAAATGAGC

>TRINITY_DN39271_c5_g1_i21 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGgtaacatatgcattctgtgatacggttcacttctcagccagaagcatatgttgtcctctgttatttgcttgattttttgacagaaacatcctcctggtgaaatctattggagttcttatatctaagatgggttgggtatttgattttaatgtgctttctcatttaaggttgagataag
catttgaattcaggagttctgaatgggtttaactttcagaccagttttttcgtataaggtccaaaattgggtatagaaatataatgggttgatttaagaaaagattaaggtctaaatttgggtgttagaaacaaaataggttgatttataaaaagcttttgtattttatcacaaggactgaagtgggcctttgccttgat
attttactgcaagATGGCAATGGGCATGAACTGTAGCAGGTCTGAAGTGTTTTTTGGACATAAAGTCGTTTATGGTACAAGGGCCTTTTATGTGTTGGATCAGTCTCTTGGACTAGGTTGATTTAGGTGTTTTCTGAAGCGGATTTTCAGTACGTCTGAAACAGTTATTTGGAACATCTGCTGCTGTTGAATATAAGGAA
ATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACT
TTTTGGAGGGGGAAAGGGTAAGTAGTTGTAATCTTATAGACTATATTTAATATACAAGATTCTTTCAAAATTGGAACTGTCATGTTTACAGTTACTGTCACTCTGCCAGAATGTTTCCCTAAAATTATATGTCTTTTCACTCAATTTAGGATATGATTTACCTACCATTTATATTGATCAATGAGATTTTTCTCTTCTCT
TGTCCTGGATAAATATGCCATCCTTTGTATTGGGAGTGATGGTTGTGCAAATATACTACATAGGATTTGATTCATAATTGCTGTTTCAAGATTGCCATCTGAATACCTACTTGACCAAACCTTACTTCCTGAAAATGAGC

Intron 8 GTCTGCATTG ... TTTGCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.27	9	12	11
A2	31.58	13	7	6
A3	57.69	11	15	15
A4	60	4	5	6
A5	47.73	5.5	16	5
A6	53.03	31	0	35
A7	47.25	33.5	0	30
A8	47.46	31	0	28
A9	50.67	37	0	38
A10	49.35	39	0	38

>TRINITY_DN122632_c2_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGATGGCAATGGGCATGAACTGTAGCAGGTCTGAAGTGTTTTTTGGACATAAAGTCGTTTAT
GGTACAAGTCTCTTGGACTAGGTTGATTTAGGTGTTTTCTGAAGCGGATTTTCAGTACGTCTGAAACAGTTATTTGGAACATCTGCTGCTGTTGAATATAAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGA
AGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGGTAAGTAGTTGTAATCTTATAGACTATATTTAATATACAAGATTCTTTCAAAATTGGAACTGTCATGTTTACAGTTAC
TGTCACTCTGCCAGAATGTTTCCCTAAAATTATATGTCTTTTCACTCAATTTAGGATATGATTTACCTACCATTTATATTGATCAATGAGATTTTTCTCTTCTCTTGTCCTGGATAAATATGCCATCCTTTGTATTGGGAGTGATGGTTGTGCAAATATACTACATAGGATTTGATTCATAATTGCTGTTTCAAGATTGC
CATCTGAATACCTACTTGACCAAACCTTACTTCCTGAAAATGAGCATTTGAAAGCTTCTTGCCACTTTTCATAGTTTTCAAATCTTTCTTAAAGTTTTCCTGATATTCGCGCCTTATCGCTAAATACTCCTCTGTGTACTTCATGACCTCTAAGGACA

>TRINITY_DN122632_c2_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGTCAATGTCTGGAAGTTGTTTCTGAATTCTGTTACAGAGACAGGGTTGGGCGTTTTATTTCACTTCTGGTTTCAATGATCAAGGTCTGAATTGGGTAACTGGAACTTCTTTTTGTGCTAAATTTTATGGGCCTTTTATGTGTTGGATCAGTCTCTTGGACTAGGTTGATTTAGGTGTTTTCTGAAGCGGATTTTCAGTA
CGTCTGAAACAGTTATTTGGAACATCTGCTGCTGTTGAATATAAGgtctgcattggttatttaaatctgccttcgtttctcatttttattcgatctctatgcattaggtttgtctctcagagtagtttttagtacgaggactctaagtaggtgcttgatttcattctggtttttagtccaggcctgaaattggcgtttca
tttctatgagttctgaagtgggtgttgtttttaaagttggctttacagatggcctgaattgggtacttgaaacatcgttctgtgttgtgttcattgcgctcatttgtcttggatccaagtcccagggggatttctagtacaagggttgaagtgggatttttatcataatttggctttctgttgaggttcaagtgaaactt
tgattcgacaaattcttatatggattttagttcaaattgaatgtgtaagaaatgggcatttggcgtctttgatttctgaagtgggttttttgttcatagtagttttttagcgcggaatctggatttttgtatcttaacaattttcggtgcttttgaatatgtgaaattggcatctggccttggttatttctgaaacgggt
ttcgttttcatagtggctgttttgtcgctcagaaattggatttatgtatcccaaacatttttcagcgcccaaattcattagtttttgtctgtgttggatccgtatcttacagtagttaaccatttctagtttgaaggctgaagtgggtattgatttcaaaaagttctagagtgaatttgtttaatgtcaaggttctagat
gggcattatatatcatttcctgaaatcctttttttgccacagGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACC
TCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGG

Intron 9 GTAAAATATT ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	3	0	3
A2	78.95	4	2	15
A3	64.29	10	0	18
A4	70	6	0	14
A5	61.9	8	0	13
A6	61.19	26	0	41
A7	64.07	21.3	9.3	38
A8	56.9	25	4	33
A9	60.19	41	2	62
A10	54.76	38	0	46

>TRINITY_DN42811_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CAATATTCAGTGCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAA
ATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGG
ACTATATCTGCTGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGAC
CTCATCACACTTGTTTATATCATTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTTTGTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGA
AGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACTGAAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAA
TTTATTTTAATTTTTTATAAATAAAATAATTTTCTTGTGTAATAAAATTTAGGGGTTAAATTTAGCCCGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTGGTC

>TRINITY_DN42811_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TATTTCTATAGCAATCTTCTAGAAAAAAATTGAATAACAAAATGTCAATATTCAGTGCCCATTTAGgtaaaatatttgccatggtccggggattccggaagattgtaataacataatttgagtaggttgagcaatacagacgtccatattatgtgattgtgaaggtcgtttctaacgggttttttgcagGTTCTTGGTAG
TTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCA
GCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGCTGGAATCGTCGTTGGATCAAC
TGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCATTGTCCTGGC
TGTCATCACAGTTCCTGCTTTGTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATG
CATCGGCATGCCATCAAACTGAAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAATTTATTTTAATTTTTTATAAATAAAATAATTT
TCTTGTGTAATAAAATTTAGGGGTTAAATTTAGCCCGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTGGTC

Intron 10 GCTAAGTAGT ... AAACTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.69	9.5	4.5	11
A2	58.3	7	4.5	9
A3	52.09	5	6	5
A4	52.47	14.5	0	16
A5	80.35	1.5	0	6
A6	57.31	36.5	7	49
A7	59.5	32	8	47
A8	60.72	32.5	23	50
A9	57.14	34.5	8	46
A10	59.39	26	8.5	38

>TRINITY_DN118988_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

CGGAAGATTGTAATAACATAATTTGAGTAGGTTGAGCAATACAGACGTCCATATTATGTGATTGTGAAGGTCGTTTCTAACGGGTTTTTTGCAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCC
TGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTT
CCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGAAGAAGTGGACTATATCTGCTGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGG
CAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGACCACCTCCACCTCTCCCTGGTTTGGAATTGTCTGAAGAAATGGTAAACAGTACTGCTGCATCGGTTCGCCTTAGGATTAACCATACACTTGCAGCGGCACATGATATTGCCCTCGGCAAAGATTTCAGCCTTTTTGCAAAGATCACAAATACTTAGCAGCAGATAGCTTATAAG
CTTGGGCAGATTTCAGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCATTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTTTGTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGA
AAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACTGAAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAA
GGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAAAAA

>TRINITY_DN118988_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCACCTCCACCTCTCCCTGGTTTGGAATTGTCTGAAGAAATGGTAAACAGTACTGCTGCATCGGTTCGCCTTAGGATTAACCATACACTTGCAGCGGCACATGATATTGCCCTCGGCAAAGATTTCAGCCTTTTTGCAAAGATCACAAATACTTAGCAGCAGATAGCTTATAAGCTTGGGCAGATTTCAgctaagtagta
tatattcacagttcataattatttttattaaaactatatatatgtttgtgtttggttttaaattttaatttgaacccattatgtattttttttaagttaatattttttttaatttttttaaacttgtagGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCAT
TGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGCTTTGTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTTATATG
AATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAACTGAAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAAAAA

Intron 11 GTAACATATG ... TGAATATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.05	45	1	12
A2	38.24	21	2	13
A3	26.19	31	1	11
A4	9.52	38	1	4
A5	21.74	18	0	5
A6	17.61	145	2	31
A7	20	136	0	34
A8	22.3	108	0	31
A9	20.11	147	4	37
A10	22.29	136	0	39

>TRINITY_DN39271_c5_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAAATGTCAATATTCAGTGCCCATTTAGGTTCTTGGTAGTTGTGAATATAATATGGTTAAATACCAAGTTGGACCTGAACGGGAACAGCCAATCTCATTTGGGTTTGATCAGGAGCACATAACAAAGTTTCCCCTGCTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGGAAATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTC
CACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACTTTTTGGAGGGGGAAAGGCTGCCGATGTGATCCTGTGGA
AGAAGTGGACTATATCTGCTGGAATCGTCGTTGGATCAACTGTTACGTGGGTGTTGTTTGAGTGGTCTGGATACAGACCATTGTCCCTCATTGCAGATGTGCTGTTACTTTTGATTGCAATATTGTTTATCTGGGCAAAAACTGCAGGTATCCTCAAAAGACCACCTCCACCTCTCCCTGGTTTGGAATTGTCTGAAGAA
ATGGTAAACAGTACTGCTGCATCGGTTCGCCTTAGGATTAACCATACACTTGCAGCGGCACATGATATTGCCCTCGGCAAAGATTTCAGCCTTTTTGCAAAGGTGGTTGTTTGCTTATGGCTCTTCTCAGTTGTCAGTAGTTGGTTTGACCTCATCACACTTGTTTATATCATTGTCCTGGCTGTCATCACAGTTCCTGC
TTTGTACAGCAATTATGAGGATCATGTAGATAGACATGCTTCAATTGTCGAGCAGGAATTCATAAAGCATTACAAGAAATTCGATGAAAGTGTTATTCGCAGGATTCTGGGCTTTCTTTCGAGGGAGAAAGAGCACTGATTCAAAGGAGAAGGAACATGTAGAAACTTATATGAATTTAATGCATCGGCATGCCATCAAA
CTGAAACAAGGGGATTGGTGCACATGAAATATGCTCTTCATCGATCCAGAGACAAATTAATTGTTCCTGTTTCAGGAACATCTTTAAGGTGGTGGAGCCTAAACTATTTTGTGATTCTTTTGAAATAATAATAGCTTTCAACTTCCTCAATTTATTTTAATTTTTTATAAATAAAATAATTTTCTTGTGTAATAAAATTT
AGGGGTTAAATTTAGCCCGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTAAAGATTGGTCAATTTCATTTTTTTCTAAATTAATTGGTTATGGTTAAATTTTTTTTATCTAAAAATGATCAAAATTGTCTCTAAAAACCATTACAAACTCTTTAGAAATTTAATTTAATTTCTTTTTATTTAGTAAGTTTCACCAAAAATTTCTACACT
AAATTAAAAATTTTAGGAACCGCCGAACTTGAATGCTTCGCCAAATGTTTCCTGAATGAAAAGAACCTAATAGAACTTGATCAAATCCAAAAAAGAAACGAATGTTTTTCACATCAAGTCATTTTATCATGCAAGCCAGGGCCGCCCATTTCTCTTCGTTTCGTACAATCATTGGTTTTATCCTCACCTGACCTTTGCAT
CCTGCACGCCTTTGAAGGCATGTCGCACCCCCTTGTTAAAAATAAACTTTAATTTGGAATTTTAATCCTTCCTGTAGGCCTTTCAGAATATGTCGCACCGCATTGTTCTTGAAAGTAAATTTTAACCTGATTTGGTTCACTTTTATAAAGTCGATCTTAAAAAAAATTACATCCCAACCAAAAATAAATTAAATTAGAAA
AACTTTTTTTTTTCATTTAAAAAAATATCCTTTCAAAAAATTTATGTGGATTATGCCAAAAAAAACCCACCAAACTATGGACAAACTTGACAGCAAGTATGGGTAGAGGCTCTCACCTGAAATTCTGGGATATCTACATGAGATCGGTTATACTAAGCTGTCTCAGATATAAACTAAAAAAGCCTGACAGAGGGCGATAT
GATGGTTCTTATTGGTATTCTGGGTATTGGCGGGGTTTATCAAATTGAATGGACTACTATCTCTTCATATTAAAGACTGTTGGTATTAGGCTTACAAACTTTGAGGATTAACTTCTTTGGAGAGGTAATAAAAAAGATGGACAAGTTAATGCTAAAAATGATGAACTTCTTTGGAGAGGTAATAAAAAAGATGGACAAGT
TAATGCTAAAGATGCCTGTCTTTATATGGCATACAGTGATAATTATATTGTACCTGAATGATGGTATGAGAAGTTGTGGAAGTGGAAAATTCCCCCCAAAAAAACAAAATGTTTCTTTAGTTTGTTTTGGAAAATGTGATGCTTACTTGGGAGAACGTGTTAAAAAGAGGATGGCAAGGTCCCCATAAATGCTCCTTATG
CAGAATGCAGAATTGATGCTGAAACTACTGATCACATTTTTATTCACTATTCTTTCTCACAAAACCTACGGTCTGCTATCCGCTCAAAACTTGACATTCCTATGTTATGGGGTGATGATACTTTGGACAAAAATCTTTATATCTGGTACACTTCTAAGAAGGATCATCGTTTGCTTCCAGCCATCATCTATTGGGTGATT
TGGAACATTAGGAATGCTGTTGTCTTTGAGGACAAAACCCCTTCCATTACTGCAGGGATGATCAAAGCTATAAATGTGTATAAGGATATAAATCCTTGACAAGCTAAATCTTCAAAGAATAGATCTATTGATAAGCTTCCTGTTATGGATAAGGCATATGGATTTTTTGATGGGGCAGCAGTGGATGGATATTGTGCTGT
GGGTGCCTTTCTTGTGATCAACTGTTCTCACTATTTCAAATTAAAACTGAACTGTGGTAGTGGTACCAATACCAAGGTTGAATTACTTGTCTTATGGTGTTCGATCAAGTCTGCATGGATTCTTGGAATTGACACTTTCAATATTTTTGGGGATTCCTTATCTGTGGTAATCTGGGCAAAAAATTCTGCTACCTTACAGT
CCATTGTGCTGCTTTAGTGGTGCGAAAGAATAAAAGTTTTATTGAACAGGTTTCATAGCTGGGGATACATAATATTTACAAGGAACTTAATGCTACTGCAGATACACTTTCTAAGGAGGCTCTGAGGTAGGATGAAGGTCTTTTCTTGTGGGAAGAATATATTGATGATCACTTGGAACAAGATGGTCAATTATACTTCT
TTGATTGATCTTTACTTATTATTTTTTTTGACATCTTTTTGATACTCTATTTTTGCCACTTTCAGAATTTTGGTTTCTTGCCACTAGATGATCATTGTATTGATCCTTTTGTATTTTTGGACTTGACTATAACTGTTCAATATCCATTGGATAATGTAAAATGCATGTACTTTTTTATTGAAAAGAATAACAAAAGTAGG

>TRINITY_DN39271_c5_g1_i21 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTGCAAAGTTTATGTGAAGAGgtaacatatgcattctgtgatacggttcacttctcagccagaagcatatgttgtcctctgttatttgcttgattttttgacagaaacatcctcctggtgaaatctattggagttcttatatctaagatgggttgggtatttgattttaatgtgctttctcatttaaggttgagataag
catttgaattcaggagttctgaatgggtttaactttcagaccagttttttcgtataaggtccaaaattgggtatagaaatataatgggttgatttaagaaaagattaaggtctaaatttgggtgttagaaacaaaataggttgatttataaaaagcttttgtattttatcacaaggactgaagtgggcctttgccttgat
attttactgcaagatggcaatgggcatgaactgtagcaggtctgaagtgttttttggacataaagtcgtttatggtacaagggccttttatgtgttggatcagtctcttggactaggttgatttaggtgttttctgaagcggattttcagtacgtctgaaacagttatttggaacatctgctgctgttgaatataagGAA
ATGGCAGACAATAAAGAACAGTCTTCAAAGATTGATTCCACTGTAAATACTGTGGTGGATAAGTCATCAGAACTGCCAGCTTCGATACATGTGGAAGATGCATCAGAGCATGTTCCACCTCACCTGCATCGGCATGGTGTAGAGAATGCTCCACCTCACCCGCATAGGCTCTTCCATCGGCAGAGGAGTCTGTATGAACT
TTTTGGAGGGGGAAAGGGTAAGTAGTTGTAATCTTATAGACTATATTTAATATACAAGATTCTTTCAAAATTGGAACTGTCATGTTTACAGTTACTGTCACTCTGCCAGAATGTTTCCCTAAAATTATATGTCTTTTCACTCAATTTAGGATATGATTTACCTACCATTTATATTGATCAATGAGATTTTTCTCTTCTCT
TGTCCTGGATAAATATGCCATCCTTTGTATTGGGAGTGATGGTTGTGCAAATATACTACATAGGATTTGATTCATAATTGCTGTTTCAAGATTGCCATCTGAATACCTACTTGACCAAACCTTACTTCCTGAAAATGAGC