sp|Q9SYG9|CCX4_ARATH ----> Cation/calcium exchanger 4
Intron 1 GTACCCTTTT ... CTGTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.38 | 52 | 87 | 101 |
| A2 | 73.58 | 28 | 87 | 69 |
| A3 | 65 | 56 | 118 | 90 |
| A4 | 69.23 | 34 | 84 | 69 |
| A5 | 68.35 | 22 | 45 | 50 |
| A6 | 66.82 | 36 | 60 | 85 |
| A7 | 73.5 | 42 | 105 | 128 |
| A8 | 63.2 | 23 | 36 | 43 |
| A9 | 69.55 | 44 | 94 | 107 |
| A10 | 66.57 | 57 | 94 | 133 |
>TRINITY_DN111295_c0_g1_i7 from sample A5 / Example spliced isoformGTAATCCCAACCATAGACAGAAGCAAGAAGATTTCTCGCCCGACAGGCGTCAATGACCCTAAAATGGTTTTGTCATTTTACGGGGATTGTAGGAAAGCCATTCGACTTTGTCTCGAACGCGCAGAAAATTCCCCACCCAATCGGTGTCACTTGCGTCAGTGGATTCTGGCTACGGAATATGGCGGATGTTTGAATCCACG
CGGCTCAGTTGATGCGTGAATTCTAGCGTTTTTCTTTATTGGATTCCCCGGTTCAGTATCAATAAACCCATCTCTTGACAGGCAATAGACAGGAAAAATCGATAATCGCAGCGTTGAGGTTTTCTTGTACTCCCGGGCGAGAATATATGATTCAGAATCGTCTGAATTGGTGATTGCAAGTCGAATTCAGGATTGAAAGA
ACACATAGGATATGGAAGCCAGTGTGAATTTATCAAAGCCCACAAGCAGTGCACATCTGGGGGATTTTTTGAGTACATATCATTTTTCTACTGCACATGTGAGAAATGGCCCATTTTTGGTTATGTTATCCTTGCTCTCTGGCTCGTTGCTTTATTCTATATGTTGGGTAACACCGCGGCAGATTACTTTTGCTGTTCTT
TAGAGAAGTTATCAAAGCTCTTGAAGCTACCGCCGACAGTGGCTGGAGTGACTCTTCTCCCTCTTGGAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTC
ATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTGACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAA
GTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGAAGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACC
AGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATTATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACA
TTGGCACCAATTCTTTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAGGTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTG
GTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAATCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGGGAATTCAATA
>TRINITY_DN111295_c0_g1_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:GTAATCCCAACCATAGACAGAAGCAAGAAGATTTCTCGCCCGACAGGCGTCAATGACCCTAAAATGGTTTTGTCATTTTACGGGGATTGTAGGAAAGCCATTCGACTTTGTCTCGAACGCGCAGAAAATTCCCCACCCAATCGGTGTCACTTGCGTCAGTGGATTCTGGCTACGGAATATGGCGGATGTTTGAATCCACG
CGGCTCAGTTGATGCGTGAATTCTAGCGTTTTTCTTTATTGGATTCCCCGGTTCAGTATCAATAAACCCATCTCTTGACAGGCAATAGACAGGAAAAATCGATAATCGCAGCGTTGAGGTTTTCTTGTACTCCCGGGCGAGAATATATGATTCAGAATCGTCTGAATTGGTGATTGCAAGTCGAATTCAGgtaccctttt
gcttgtttcatccgtttcggctatgcccatgatcataatttcgcatccgtatccattttcctctctagaataaatttctgttatcctttacagaatttctgtgaggggttggcagctgataattgggggagcttagaaattccaaagtatttggccatcgaaggttgaattcctcatcacgcctctgaaaataagggaaa
tcgaatgacccaaattgtattaatcgaggtggggaaatataatttggtttcttgagcgaaaactatggcaaaacctggtttgggcaaactgggaaaacaatttcgcatactctataatctagggttcgctgttttgctgtttatctttctttctgacagaaaaaaccttgtgaaatcccctcttttcctcggcggggatt
cttcaaaatcctcttttagatgggctttgcagaggtttgaatccagcagtgacccaaaagcatcacacaaatggatattcaatagagataattcagtttcagatatagaccacaggttgtcgagaattcttattcaaagcccatcagaaccaaggcttaatttgttaggaaatttggctaaaagtccatcagataaacag
cgacattctattacagaaaactcatcagacacaggtcttgcagtgcccagtcatttggaaactcttcagtctgattctctgtgtgcagGATTGAAAGAACACATAGGATATGGAAGCCAGTGTGAATTTATCAAAGCCCACAAGCAGTGCACATCTGGGGGATTTTTTGAGTACATATCATTTTTCTACTGCACATGTGA
GAAATGGCCCATTTTTGGTTATGTTATCCTTGCTCTCTGGCTCGTTGCTTTATTCTATATGTTGGGTAACACCGCGGCAGATTACTTTTGCTGTTCTTTAGAGAAGTTATCAAAGCTCTTGAAGCTACCGCCGACAGTGGCTGGAGTGACTCTTCTCCCTCTTGGAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTG
CTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTGACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGA
AAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGAAGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGA
TATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATTATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGT
GTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTGGCACCAATTCTTTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAGGTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATA
TTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAATCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGG
GAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATGGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTAATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCTATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACACCCT
AGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGG
Intron 2 GTACCCTTTT ... TCCTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.88 | 44 | 87 | 99 |
| A2 | 69.31 | 34 | 89.4 | 64.4 |
| A3 | 65.19 | 54 | 118 | 84.3 |
| A4 | 60.34 | 47 | 84 | 59 |
| A5 | 58.07 | 31 | 45.6 | 40.3 |
| A6 | 62.84 | 34 | 60 | 55 |
| A7 | 69.35 | 38 | 105 | 67 |
| A8 | 67.35 | 16 | 36 | 30 |
| A9 | 68.99 | 40 | 94 | 84 |
| A10 | 60.6 | 55 | 94.6 | 74.6 |
>TRINITY_DN119917_c1_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformTAGTAATCCCAACCATAGACAGAAGCAAGAAGATTTCTCACCCGACAGGCGTCAATGACCCTAAAATGGTTTTGTCATTTTACGGGGATTGTAGGAAAGCCATTCGACTTTGTCTCGAACGCGCAGAAAATTCCCCACCCAATCGGTGTCACTTGCGTCAGTGGATTCTGGCTACGGAATATGGCGGATGTTTGAATCCA
CGCGGCTCAGTTGATGCGTGAATTCTAGCGTTTTTCTTTATTGGATTCCCCGGTTCAGTATCAATAAACCCATCTCTTGACAGGCAATAGACAGGAAAAATCGATAATCGCAGCGTTGAGGTTTTCTTGTACTCCCGGGCGAGAATATATGATTCAGAATCGTCTGAATTGGTGATTGCAAGTCGAATTCAGAATTTCTG
TGAGGGGTTGGCAGCTGATAATTGGGGGAGCTTAGAAATTCCAAAGTATTTGGCCATCGAAGGTTGAATTCCTCATCACGCCTCTGAAAATAAGGGAAATCGAATGACCCAAATTGTATTAATCGAGGTGGGGAAATATAATTTGGTTTCTTGAGCGAAAACTATGGCAAAACCTGGTTTGGGCAAACTGGGAAAACAAT
TTCGCATACTCTATAATCTAGGGTTCGCTGTTTTGCTGTTTATCTTTCTTTCTGACAGAAAAAACCTTGTGAAATCCCCTCTTTTCCTCGGCGGGGATTCTTCAAAATCCTCTTTTAGATGGGCTTTGCAGAGGTTTGAATCCAGCAGTGACCCAAAAGCATCACACAAATGGATATTCAATAGAGATAATTCAGTTTCA
GATATAGACCACAGGTTGTCGAGAATTCTTATTCAAAGCCCATCAGAACCAAGGCTTAATTTGTTAGGAAATTTGGCTAAAAGTCCATCAGATAAACAGCGACATTCTATTACAGAAAACTCATCAGACACAGGTCTTGCAGTGCCCAGTCATTTGGAAACTCTTCAGTCTGATTCTCTGTGTGCAGGATTGAAAGAACA
CATAGGATATGGAAGCCAGTGTGAATTCATCAAAGCCCACAAGCAGTGCACATCTGGGGGATTTTTTGAGTACATATCATTTTTCTACTGCACATGTGAGAAATGGCCCATTTTTGGTTATGTTATCCTTGCTCTCTGGCTCGTTGCTTTATTCTATATGTTGGGTAACACCGCGGCAGATTACTTTTGCTGTTCTTTAG
AGAAGTTATCAAAGCTCTTGAAGCTACCGCCGACAGTGGCTGGAGTGACTCTTCTCCCTCTTGGAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATT
GCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTGACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTT
AAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGAAGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGG
GACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATTATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTG
GCACCAATTCTTTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAGGTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTT
TTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAATCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGGGAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATGGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTA
ATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCTATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACACCCTAGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGGCGCTGGTGGTTTTGCCCATGAATGACATGCGCCCAGGCAAATTGTTAGGAATTGGCCTTTTAATTCTATAT
TCAACATTCCTTGTTCTCAGATTGAGCAGTGCTTTTGGGCTTCTCTCGATTTCAGGTGGGCTGTAGTGCTCAAAAAGGACAGCCAAATTCAGGCAAAACCTCCAAAAGTAAGACGGACAACAATGGGAATGCAAAAAGTTGGAAACAGTAACAGGGAAAATGATTGGTCTGCATTTAAGAATTGCACATGTTCGTCCATA
CGATGCGAGCTTTTGTTTTATACAAGGAGATATGTACATAAGGAATATACACTTTGCTGATTATCAACAAACGGAACTGCAAAAGAGCAGTATTGTTAATGTGCATAACCTTTTGGAAATTATACCTGTATTAAAGCCACAACCACAGAAAGAGACAGAACAATTGGAGAGATTGATTGGTCATGGCAAGTATCTGTGTT
CCGCACATACAACTCCAGTTTCTAATGGATGTATGGAGTCAGTAATATTCAAAGCATACACTTTAATTATCAGCACTCAATAGGACTGTGAATTGGTGGTATTATTATTTGCTTTAGATAGATAGATGGATAACAGTTGGTTTTTAAGTAAATGGTCTAAAACATTACCACAAGATCACACTTCTCTGTTATAACCCACA
GATTATTGGCAAAGATTGGCCAACAAAGTTTTGTTTAAACTTGCATAAATGAA
>TRINITY_DN119917_c1_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:TAGTAATCCCAACCATAGACAGAAGCAAGAAGATTTCTCACCCGACAGGCGTCAATGACCCTAAAATGGTTTTGTCATTTTACGGGGATTGTAGGAAAGCCATTCGACTTTGTCTCGAACGCGCAGAAAATTCCCCACCCAATCGGTGTCACTTGCGTCAGTGGATTCTGGCTACGGAATATGGCGGATGTTTGAATCCA
CGCGGCTCAGTTGATGCGTGAATTCTAGCGTTTTTCTTTATTGGATTCCCCGGTTCAGTATCAATAAACCCATCTCTTGACAGGCAATAGACAGGAAAAATCGATAATCGCAGCGTTGAGGTTTTCTTGTACTCCCGGGCGAGAATATATGATTCAGAATCGTCTGAATTGGTGATTGCAAGTCGAATTCAGgtaccctt
ttgcttgtttcatccgtttcggctatgcccatgatcataatttcgcatccgtatccattttcctctctagaataaatttctgttatcctttacagAATTTCTGTGAGGGGTTGGCAGCTGATAATTGGGGGAGCTTAGAAATTCCAAAGTATTTGGCCATCGAAGGTTGAATTCCTCATCACGCCTCTGAAAATAAGGGA
AATCGAATGACCCAAATTGTATTAATCGAGGTGGGGAAATATAATTTGGTTTCTTGAGCGAAAACTATGGCAAAACCTGGTTTGGGCAAACTGGGAAAACAATTTCGCATACTCTATAATCTAGGGTTCGCTGTTTTGCTGTTTATCTTTCTTTCTGACAGAAAAAACCTTGTGAAATCCCCTCTTTTCCTCGGCGGGGA
TTCTTCAAAATCCTCTTTTAGATGGGCTTTGCAGAGGTTTGAATCCAGCAGTGACCCAAAAGCATCACACAAATGGATATTCAATAGAGATAATTCAGTTTCAGATATAGACCACAGGTTGTCGAGAATTCTTATTCAAAGCCCATCAGAACCAAGGCTTAATTTGTTAGGAAATTTGGCTAAAAGTCCATCAGATAAAC
AGCGACATTCTATTACAGAAAACTCATCAGACACAGGTCTTGCAGTGCCCAGTCATTTGGAAACTCTTCAGTCTGATTCTCTGTGTGCAGGATTGAAAGAACACATAGGATATGGAAGCCAGTGTGAATTCATCAAAGCCCACAAGCAGTGCACATCTGGGGGATTTTTTGAGTACATATCATTTTTCTACTGCACATGT
GAGAAATGGCCCATTTTTGGTTATGTTATCCTTGCTCTCTGGCTCGTTGCTTTATTCTATATGTTGGGTAACACCGCGGCAGATTACTTTTGCTGTTCTTTAGAGAAGTTATCAAAGCTCTTGAAGCTACCGCCGACAGTGGCTGGAGTGACTCTTCTCCCTCTTGGAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGC
TGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTGACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTG
GAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGAAGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTG
GATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATTATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACT
GTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTGGCACCAATTCTTTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAGGTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTA
TATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAATCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGG
GGGAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATGGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTAATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCTATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACAC
CCTAGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGGCGCTGGTGGTTTTGCCCATGAATGACATGCGCCCAGGCAAATTGTTAGGAATTGGCCTTTTAATTCTATATTCAACATTCCTTGTTCTCAGATTGAGCAGTGCTTTTGGGCTTCTCTCGATTTCAGGTGGGCTGTAGTGCTCAAAAAGGACAGCCAAATTCAGGCAAA
ACCTCCAAAAGTAAGACGGACAACAATGGGAATGCAAAAAGTTGGAAACAGTAACAGGGAAAATGATTGGTCTGCATTTAAGAATTGCACATGTTCGTCCATACGATGCGAGCTTTTGTTTTATACAAGGAGATATGTACATAAGGAATATACACTTTGCTGATTATCAACAAACGGAACTGCAAAAGAGCAGTATTGTT
AATGTGCATAACCTTTTGGAAATTATACCTGTATTAAAGCCACAACCACAGAAAGAGACAGAACAATTGGAGAGATTGATTGGTCATGGCAAGTATCTGTGTTCCGCACATACAACTCCAGTTTCTAATGGATGTATGGAGTCAGTAATATTCAAAGCATACACTTTAATTATCAGCACTCAATGGGACAGTGAATTGGT
GGTATTATTATTTGCTTTAGATAGATAGATGGATAACAGTTGGTTTTTAAGTAAATGGTCTAAAACATTACCACAAGATCACACTTCTCTGTTATAACCCACAGATTATTGGCAAAGATTGGCCAACAAAGTTTTGTTTAAACTTGCATAAATGAA
Intron 3 GTTAGCTGGC ... GGTATTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 2 | 2 | 1 |
| A2 | 33.33 | 4 | 1 | 3 |
| A3 | 50 | 2 | 3 | 1 |
| A4 | 50 | 3 | 2 | 4 |
| A5 | 42.86 | 2 | 1 | 2 |
| A6 | 28 | 9 | 1 | 6 |
| A7 | 34.43 | 20 | 12 | 9 |
| A8 | 15.56 | 19 | 3 | 4 |
| A9 | 42.86 | 8 | 6 | 6 |
| A10 | 37.93 | 9 | 4 | 7 |
>TRINITY_DN48584_c1_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoformGAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTG
ACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGA
AGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATT
ATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTGGCACCAATTCTCTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAG
GTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAA
TCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGGGAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATTGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTAATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCT
ATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACACCCTAGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGGCGCTGGTGGTTTTGCCCATGAATGACATGCGCCCAGGCAAATTGTTAGGAATTGGCCTTTTAATTCTATATTCAACATTCCTTGTTCTCAGATTGAGCAGTGCTTTTGGGCTTCTCTCGATTTCAGGTTTCATG
TGGTTACAGGTACAGAGTTTTTCAGACTGCTCTAGACCATATTCCTAGATTGAAACTATGGAGTTTTTTCTCTTTGGATTTAACAAAGTCACCCACAGATAGATTGTCACCTTAACTCTCAAAAAAGAACTCCACTTTCAATAATGATTCAGTCTCAGAGGGATTAAGTCGTTAAGATGAACCCAGAAGCTTAGATTTGT
TAATTCCTAAAGAGGTGGGCTGTAGTGCTCAAAAAGGACAGCCACATTCAGGCAAAACCTCCAAAAGTAAGACGGACAACAATGGGAATGCAAAAAGTTGGAAACAGTAACAGGGAAAATGATTGGTCTGCATTTAAGAATTGCACATGTTCGTCCATACGATGCGAGCTTTTGTTTTATACAAGGAGATATGTACATAA
GGAATATACACTTTGCTGATTATCAACAAACGGAACTGCAAAAGAGCAGTATTGTTAATGTGCATAACCTTTTGGAAATTATACCTGTATTAAAGCCACAACCACAGAAAGAGACAGAACAATTGGAGAGATTGATTGGTCATGGCAAGTATCTGTGTTCCGCACATACAACTCCAGTTTCTAATGGATGTATGGAGTCA
GTAATATTCAAAGCATACACTTTAATTATCAGCACTCAATAGGACTGTGAATTGGTGGTATTATTATTTGCTTTAGATAGATAGATGGATAACAGTTGGTTTTTAAGTAAATGGTCCAAAACATTACCACAAGATCACACTTCTCTGTTATAACCCACAGATTATTGGCAAAGATTGGCCAACAAAGTTTTGTTTAAACT
TGCATAAATGAATACTTGCCTGGGTATGGTTTAAAATTTGACAGTGTAGAGTCACTGGAGTTGAGCCATGATTGCCTGATAAGGCAGTTGAGAATATAAAGGAGATATTGCTCTCCTCAATAGAGTGGCAAGGCAATACAGAGTTATAAGCTCCCCAATTGAATTTTTGTTGTGCCCTTGCAATTTAGAACTTTAGGAGT
CTACATGGTGTAAAAATTGGTTCCTTTTATTAGCTCAATGTGCATACTCTATTTCAGAAAATTTCAAAATTACCAAAGTATACAACTCCTTGTAGCGCTTAAATTTATTGTGGAAGACTATAGGGTAATTTGTGACTCAAAAGCTAATGATACAAGGCTCATGAAAGTTTCTGTTTAGATTCCGTCTTGAATGAGCTTGA
TACATTCATGATTTTGAGAAATATGTGACCTCCACAATCACATCCTTCCAACATGC
>TRINITY_DN48584_c1_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:GAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTG
ACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGA
AGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATT
ATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTGGCACCAATTCTCTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAG
GTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAA
TCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGGGAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATTGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTAATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCT
ATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACACCCTAGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGGCGCTGGTGGTTTTGCCCATGAATGACATGCGCCCAGGCAAATTGTTAGGAATTGGCCTTTTAATTCTATATTCAACATTCCTTGTTCTCAGATTGAGCAGTGCTTTTGGGCTTCTCTCGATTTCAGGTTTCATG
TGGTTACAGGTACAGAGTTTTTCAGACTGCTCTAGACCATATTCCTAGATTGAAACTATGGAGTTTTTTCTCTTTGGATTTAACAAAGTCACCCACAGATAGATTGTCACCTTAACTCTCAAAAAAGAACTCCACTTTCAATAATGATTCAGTCTCAGAGGGATTAAGTCGTTAAGATGAACCCAGAAGCTTAGATTTGT
TAATTCCTAAAGAGgttagctggctttaacaagtgcatgttttctttcatgcaaattgatttctctgggatgtattgagtggaggtatacagtatatacgtgagtataggtttactgatcattgctaatacggaacaatgtttggtattttagGTGGGCTGTAGTGCTCAAAAAGGACAGCCACATTCAGGCAAAACCTC
CAAAAGTAAGACGGACAACAATGGGAATGCAAAAAGTTGGAAACAGTAACAGGGAAAATGATTGGTCTGCATTTAAGAATTGCACATGTTCGTCCATACGATGCGAGCTTTTGTTTTATACAAGGAGATATGTACATAAGGAATATACACTTTGCTGATTATCAACAAACGGAACTGCAAAAGAGCAGTATTGTTAATGT
GCATAACCTTTTGGAAATTATACCTGTATTAAAGCCACAACCACAGAAAGAGACAGAACAATTGGAGAGATTGATTGGTCATGGCAAGTATCTGTGTTCCGCACATACAACTCCAGTTTCTAATGGATGTATGGAGTCAGTAATATTCAAAGCATACACTTTAATTATCAGCACTCAATAGGACTGTGAATTGGTGGTAT
TATTATTTGCTTTAGATAGATAGATGGATAACAGTTGGTTTTTAAGTAAATGGTCCAAAACATTACCACAAGATCACACTTCTCTGTTATAACCCACAGATTATTGGCAAAGATTGGCCAACAAAGTTTTGTTTAAACTTGCATAAATGAATACTTGCCTGGGTATGGTTTAAAATTTGACAGTGTAGAGTCACTGGAGT
TGAGCCATGATTGCCTGATAAGGCAGTTGAGAATATAAAGGAGATATTGCTCTCCTCAATAGAGTGGCAAGGCAATACAGAGTTATAAGCTCCCCAATTGAATTTTTGTTGTGCCCTTGCAATTTAGAACTTTAGGAGTCTACATGGTGTAAAAATTGGTTCCTTTTATTAGCTCAATGTGCATACTCTATTTCAGAAAA
TTTCAAAATTACCAAAGTATACAACTCCTTGTAGCGCTTAAATTTATTGTGGAAGACTATAGGGTAATTTGTGACTCAAAAGCTAATGATACAAGGCTCATGAAAGTTTCTGTTTAGATTCCGTCTTGAATGAGCTTGATACATTCATGATTTTGAGAAATATGTGACCTCCACAATCACATCCTTCCAACATGC
Intron 4 GTTTCATGTG ... GGTATTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.57 | 13 | 15 | 1 |
| A2 | 40 | 9 | 6 | 3 |
| A3 | 55 | 9 | 11 | 1 |
| A4 | 54.55 | 5 | 6 | 4 |
| A5 | 42.86 | 8 | 6 | 2 |
| A6 | 56.57 | 76 | 99 | 6 |
| A7 | 56.3 | 59 | 76 | 9 |
| A8 | 56.9 | 50 | 66 | 4 |
| A9 | 53.26 | 43 | 49 | 6 |
| A10 | 48.81 | 43 | 41 | 7 |
>TRINITY_DN48584_c1_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTG
ACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGA
AGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATT
ATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTGGCACCAATTCTCTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAG
GTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAA
TCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGGGAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATTGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTAATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCT
ATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACACCCTAGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGGCGCTGGTGGTTTTGCCCATGAATGACATGCGCCCAGGCAAATTGTTAGGAATTGGCCTTTTAATTCTATATTCAACATTCCTTGTTCTCAGATTGAGCAGTGCTTTTGGGCTTCTCTCGATTTCAGGTGGGCTG
TAGTGCTCAAAAAGGACAGCCACATTCAGGCAAAACCTCCAAAAGTAAGACGGACAACAATGGGAATGCAAAAAGTTGGAAACAGTAACAGGGAAAATGATTGGTCTGCATTTAAGAATTGCACATGTTCGTCCATACGATGCGAGCTTTTGTTTTATACAAGGAGATATGTACATAAGGAATATACACTTTGCTGATTA
TCAACAAACGGAACTGCAAAAGAGCAGTATTGTTAATGTGCATAACCTTTTGGAAATTATACCTGTATTAAAGCCACAACCACAGAAAGAGACAGAACAATTGGAGAGATTGATTGGTCATGGCAAGTATCTGTGTTCCGCACATACAACTCCAGTTTCTAATGGATGTATGGAGTCAGTAATATTCAAAGCATACACTT
TAATTATCAGCACTCAATAGGACTGTGAATTGGTGGTATTATTATTTGCTTTAGATAGATAGATGGATAACAGTTGGTTTTTAAGTAAATGGTCCAAAACATTACCACAAGATCACACTTCTCTGTTATAACCCACAGATTATTGGCAAAGATTGGCCAACAAAGTTTTGTTTAAACTTGCATAAATGAATACTTGCCTG
GGTATGGTTTAAAATTTGACAGTGTAGAGTCACTGGAGTTGAGCCATGATTGCCTGATAAGGCAGTTGAGAATATAAAGGAGATATTGCTCTCCTCAATAGAGTGGCAAGGCAATACAGAGTTATAAGCTCCCCAATTGAATTTTTGTTGTGCCCTTGCAATTTAGAACTTTAGGAGTCTACATGGTGTAAAAATTGGTT
CCTTTTATTAGCTCAATGTGCATACTCTATTTCAGAAAATTTCAAAATTACCAAAGTATACAACTCCTTGTAGCGCTTAAATTTATTGTGGAAGACTATAGGGTAATTTGTGACTCAAAAGCTAATGATACAAGGCTCATGAAAGTTTCTGTTTAGATTCCGTCTTGAATGAGCTTGATACATTCATGATTTTGAGAAAT
ATGTGACCTCCACAATCACATCCTTCCAACATGC
>TRINITY_DN48584_c1_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:GAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTG
ACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGA
AGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATT
ATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTGGCACCAATTCTCTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAG
GTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAA
TCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGGGAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATTGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTAATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCT
ATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACACCCTAGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGGCGCTGGTGGTTTTGCCCATGAATGACATGCGCCCAGGCAAATTGTTAGGAATTGGCCTTTTAATTCTATATTCAACATTCCTTGTTCTCAGATTGAGCAGTGCTTTTGGGCTTCTCTCGATTTCAGgtttcatg
tggttacaggtacagagtttttcagactgctctagaccatattcctagattgaaactatggagttttttctctttggatttaacaaagtcacccacagatagattgtcaccttaactctcaaaaaagaactccactttcaataatgattcagtctcagagggattaagtcgttaagatgaacccagaagcttagatttgt
taattcctaaagaggttagctggctttaacaagtgcatgttttctttcatgcaaattgatttctctgggatgtattgagtggaggtatacagtatatacgtgagtataggtttactgatcattgctaatacggaacaatgtttggtattttagGTGGGCTGTAGTGCTCAAAAAGGACAGCCACATTCAGGCAAAACCTC
CAAAAGTAAGACGGACAACAATGGGAATGCAAAAAGTTGGAAACAGTAACAGGGAAAATGATTGGTCTGCATTTAAGAATTGCACATGTTCGTCCATACGATGCGAGCTTTTGTTTTATACAAGGAGATATGTACATAAGGAATATACACTTTGCTGATTATCAACAAACGGAACTGCAAAAGAGCAGTATTGTTAATGT
GCATAACCTTTTGGAAATTATACCTGTATTAAAGCCACAACCACAGAAAGAGACAGAACAATTGGAGAGATTGATTGGTCATGGCAAGTATCTGTGTTCCGCACATACAACTCCAGTTTCTAATGGATGTATGGAGTCAGTAATATTCAAAGCATACACTTTAATTATCAGCACTCAATAGGACTGTGAATTGGTGGTAT
TATTATTTGCTTTAGATAGATAGATGGATAACAGTTGGTTTTTAAGTAAATGGTCCAAAACATTACCACAAGATCACACTTCTCTGTTATAACCCACAGATTATTGGCAAAGATTGGCCAACAAAGTTTTGTTTAAACTTGCATAAATGAATACTTGCCTGGGTATGGTTTAAAATTTGACAGTGTAGAGTCACTGGAGT
TGAGCCATGATTGCCTGATAAGGCAGTTGAGAATATAAAGGAGATATTGCTCTCCTCAATAGAGTGGCAAGGCAATACAGAGTTATAAGCTCCCCAATTGAATTTTTGTTGTGCCCTTGCAATTTAGAACTTTAGGAGTCTACATGGTGTAAAAATTGGTTCCTTTTATTAGCTCAATGTGCATACTCTATTTCAGAAAA
TTTCAAAATTACCAAAGTATACAACTCCTTGTAGCGCTTAAATTTATTGTGGAAGACTATAGGGTAATTTGTGACTCAAAAGCTAATGATACAAGGCTCATGAAAGTTTCTGTTTAGATTCCGTCTTGAATGAGCTTGATACATTCATGATTTTGAGAAATATGTGACCTCCACAATCACATCCTTCCAACATGC
Intron 5 GTACTGCTAT ... TGCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.55 | 395 | 111 | 81 |
| A2 | 17.38 | 309 | 71 | 59 |
| A3 | 19.78 | 367 | 108 | 73 |
| A4 | 18.93 | 302 | 87 | 54 |
| A5 | 16.48 | 190 | 46 | 29 |
| A6 | 18.7 | 2141 | 536 | 449 |
| A7 | 18.16 | 1553 | 375 | 314 |
| A8 | 17.63 | 1603 | 393 | 293 |
| A9 | 18.28 | 1793 | 462 | 340 |
| A10 | 17.55 | 1367 | 337 | 245 |
>TRINITY_DN121818_c1_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGAGAAATGTAAAGGACTGAAAAGGAAAAAGTGGCATGAATGACTATTAATTGCGGTCTCCCTTCGTTTCTTTTGTGTTGAGCATCTGGGTTTACTTGGCGGAAGAGCAACGTGCACTGTAACAGTTCTGCGTTATTGATCTGAGGTTTGGGCACCAAGCATTCTGGATACAGTTTTGTGAGCTCTGATAGCAGAGTTATA
AAGATGTTGGCAGCAGCTCGGAAGGATGAAAAGAAGGAGGAGGCCCTGAAAAACCATGTGGGCCATCCCATAACAGGCAGAGATTGTGCATTTACACTTCTCAACTCTCCTATTTCTCATACCCAGTATCCATATGTAACGGGTACATCAGTCTTGGGTATTAAGTATAAAGATGGAGTTTTGCTAGCATCAGACATGGG
AGGATCATATGGATCTACCTTACGTTACAAGAGTGTTCAGAGATTGAAGCCTATTGGTAAACATACTCTCTTGGGCGCTGGTGGAGAAATCAGTGATTTCCAGGAGATAATACGTTATCTTGATGAACTCATACTTTATGACAACATGTGGGATGATGGCAACTCCCTGGGTCCTAAAGAAGTGCACAACTATCTCAATC
GGTTGATGTACAACAGGCGAAATAAATTTAATCCTCTTTGGAACACACTTATTTTGGGTGGAGTCAAGAATGGTCAGAAATACCTGGGCACGGTCAATATGATAGGGGTGCATTATGAGGAGAGCCATGTCGCTACTGGATTTGGTAATCATCTTGCTAGGCCAATTTTCCGTGATGAATGGCATGAGGATATGACCTTT
GAAGAAGGTGTCAAGCTTCTTGAAAAGTGCATGCTTGTGCTTTTATATCGTGATCGCTCAGCTGTTAACAAACTACAGATAGCAAAGATCACAGAAGAAGGAGCCACATTTTCTGAACCATATGCTCTAAAAACACATTGGGAGCTTGAGGCATTCAAGAATCCAGCCACAGGAGCTGTGGGTTCGTGGTAATGAGAAAC
AGTGGTCATGCAGTTGTCTCAATTGCTGAGACTAGATGAAGATATCAGTATAATATGAATGCCCAGGCTGAGAATCGATTTCTTACTCATTTTTTAGTATCAGACAGGCTCCTCTATCATAATGTTCTTCAGATGTTAGCTTGGAGTTGGATGTTGAAGCAAATGAGTCAGCTGCATTCCAATTTATGTGTTGAATGACA
TCATAAAAATGATTGAGATTTCCTATGGTCAACTTTGTAATGCTTTTGATAATTTTATTTTATTTTTGAGTTAAACATGAAGTTTGAAATGCTAATTTTGATACCATTTTCAACCACATAAATCAGGGTTCCTGTTTACTCTGGAGGAATCTATTCACTAGTAGGCATATATATTGAAACATCTGCTTAGGTAGGTGCTG
TTTAGTTGTCAAATGATCTCATGAGATTTAATACGACATGCCTGCCTAGCTTAGGCTTTGGGGAATGCATTGATTGTAGAATCACGTCTAAAGATATAGATGTGTAAGAGACTCGTGTCACATTCCACACATTATGCACTGAATATTTGTTATCAGTAGTGATATCAACTATATTTGAAATTTTATGTTTTATGTTGTGT
CAGTGTGTTAGTGTAACTAAATTGTAGTTGTATTTTGAGACAAATCAGTATCAAGAAATTGTTAATGGCCAATTGTAATTTCAGTAACTATATGAGCATATTTTACAGCATAATCTTGATTGCCC
>TRINITY_DN121818_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGAAATGTAAAGGACTGAAAAGGAAAAAGTGGCATGAATGACTATTAATTGCGGTCTCCCTTCGTTTCTTTTGTGTTGAGCATCTGGGTTTACTTGGCGGAAGAGCAACGTGCACTGTAACAGTTCTGCGTTATTGATCTGAGGTTTGGGCACCAAGCATTCTGGATACAGTTTTGTGAGCTCTGATAGCAGAGTTATA
AAGATGTTGGCAGCAGCTCGGAAGGATGAAAAGAAGGAGGAGGCCCTGAAAAACCATGTGGGCCATCCCATAACAGGCAGAGATTGTGCATTTACACTTCTCAACTCTCCTATTTCTCATACCCAGTATCCATATGTAACGGGTACATCAGTCTTGGGTATTAAGTATAAAGATGGAGTTTTGCTAGCATCAGACATGGG
AGGATCATATGGATCTACCTTACGTTACAAGAGTGTTCAGAGATTGAAGCCTATTGGTAAACATACTCTCTTGGGCGCTGGTGGAGAAATCAGTGATTTCCAGGAGATAATACGTTATCTTGATGAACTCATACTTTATGACAACATGTGGGATGATGGCAACTCCCTGGGTCCTAAAGAAGTGCACAACTATCTCAATC
GGTTGATGTACAACAGGCGAAATAAATTTAATCCTCTTTGGAACACACTTATTTTGGGTGGAGTCAAGAATGGTCAGAAATACCTGGGCACGgtactgctatttattctttgatttcttcttactattgttaaatgtttcgttcatctgcattatcaatgcttttttattttcatttccattaatatttctacgcttttt
attgtaaatgctttccatgtatgctttgcagGTCAATATGATAGGGGTGCATTATGAGGAGAGCCATGTCGCTACTGGATTTGGTAATCATCTTGCTAGGCCAATTTTCCGTGATGAATGGCATGAGGATATGACCTTTGAAGAAGGTGTCAAGCTTCTTGAAAAGTGCATGCTTGTGCTTTTATATCGTGATCGCTCAG
CTGTTAACAAACTACAGATAGCAAAGATCACAGAAGAAGGAGCCACATTTTCTGAACCATATGCTCTAAAAACACATTGGGAGCTTGAGGCATTCAAGAATCCAGCCACAGGAGCTGTGGGTTCGTGGTAATGAGAAACAGTGGTCATGCAGTTGTCTCAATTGCTGAGACTAGATGAAGATATCAGTATAATATGAATG
CCCAGGCTGAGAATCGATTTCTTACTCATTTTTTAGTATCAGACAGGCTCCTCTATCATAATGTTCTTCAGATGTTAGCTTGGAGTTGGATGTTGAAGCAAATGAGTCAGCTGCATTCCAATTTATGTGTTGAATGACATCATAAAAATGATTGAGATTTCCTATGGTCAACTTTGTAATGCTTTTGATAATTTTATTTT
ATTTTTGAGTTAAACATGAAGTTTGAAATGCTAATTTTGATACCATTTTCAACCACATAAATCAGGGTTCCTGTTTACTCTGGAGGAATCTATTCACTAGTAGGCATATATATTGAAACATCTGCTTAGGTAGGTGCTGTTTAGTTGTCAAATGATCTCATGAGATTTAATACGACATGCCTGCCTAGCTTAGGCTTTGG
GGAATGCATTGATTGTAGAATCACGTCTAAAGATATAGATGTGTAAGAGACTCGTGTCACATTCCACACATTATGCACTGAATATTTGTTATCAGTAGTGATATCAACTATATTTGAAATTTTATGTTTTATGTTGTGTCAGTGTGTTAGTGTAACTAAATTGTAGTTGTATTTTGAGACAAATCAGTATCAAGAAATTG
TTAATGGCCAATTGTAATTTCAGTAACTATATGAGCATATTTTACAGCATAATCTTGATTGCCC
Intron 6 GTTTCATGTG ... TCCTAAAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.57 | 13 | 15 | 2 |
| A2 | 40 | 9 | 6 | 4 |
| A3 | 55 | 9 | 11 | 2 |
| A4 | 54.55 | 5 | 6 | 3 |
| A5 | 42.86 | 8 | 6 | 2 |
| A6 | 56.57 | 76 | 99 | 9 |
| A7 | 56.3 | 59 | 76 | 20 |
| A8 | 56.9 | 50 | 66 | 19 |
| A9 | 53.26 | 43 | 49 | 8 |
| A10 | 48.81 | 43 | 41 | 9 |
>TRINITY_DN48584_c1_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTG
ACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGA
AGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATT
ATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTGGCACCAATTCTCTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAG
GTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAA
TCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGGGAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATTGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTAATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCT
ATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACACCCTAGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGGCGCTGGTGGTTTTGCCCATGAATGACATGCGCCCAGGCAAATTGTTAGGAATTGGCCTTTTAATTCTATATTCAACATTCCTTGTTCTCAGATTGAGCAGTGCTTTTGGGCTTCTCTCGATTTCAGGTGGGCTG
TAGTGCTCAAAAAGGACAGCCACATTCAGGCAAAACCTCCAAAAGTAAGACGGACAACAATGGGAATGCAAAAAGTTGGAAACAGTAACAGGGAAAATGATTGGTCTGCATTTAAGAATTGCACATGTTCGTCCATACGATGCGAGCTTTTGTTTTATACAAGGAGATATGTACATAAGGAATATACACTTTGCTGATTA
TCAACAAACGGAACTGCAAAAGAGCAGTATTGTTAATGTGCATAACCTTTTGGAAATTATACCTGTATTAAAGCCACAACCACAGAAAGAGACAGAACAATTGGAGAGATTGATTGGTCATGGCAAGTATCTGTGTTCCGCACATACAACTCCAGTTTCTAATGGATGTATGGAGTCAGTAATATTCAAAGCATACACTT
TAATTATCAGCACTCAATAGGACTGTGAATTGGTGGTATTATTATTTGCTTTAGATAGATAGATGGATAACAGTTGGTTTTTAAGTAAATGGTCCAAAACATTACCACAAGATCACACTTCTCTGTTATAACCCACAGATTATTGGCAAAGATTGGCCAACAAAGTTTTGTTTAAACTTGCATAAATGAATACTTGCCTG
GGTATGGTTTAAAATTTGACAGTGTAGAGTCACTGGAGTTGAGCCATGATTGCCTGATAAGGCAGTTGAGAATATAAAGGAGATATTGCTCTCCTCAATAGAGTGGCAAGGCAATACAGAGTTATAAGCTCCCCAATTGAATTTTTGTTGTGCCCTTGCAATTTAGAACTTTAGGAGTCTACATGGTGTAAAAATTGGTT
CCTTTTATTAGCTCAATGTGCATACTCTATTTCAGAAAATTTCAAAATTACCAAAGTATACAACTCCTTGTAGCGCTTAAATTTATTGTGGAAGACTATAGGGTAATTTGTGACTCAAAAGCTAATGATACAAGGCTCATGAAAGTTTCTGTTTAGATTCCGTCTTGAATGAGCTTGATACATTCATGATTTTGAGAAAT
ATGTGACCTCCACAATCACATCCTTCCAACATGC
>TRINITY_DN48584_c1_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:GAAATGGAGCACCTGATGTGTTTGCAAGTATTGCTGCTTTTATGGGGGCTGATGCTGGTGAGGTGGGACTCAATAGTGTTTTAGGAGGTGCAGTTTTTATTACCTCTGTAGTGGCTGGATTGGTTGCTCTATTCATTGCGGATTCACGTGCACAGATTGATCGCCGATGCTTTATACGGGATGTCTGTTTCTTCCTATTG
ACTCTTGCTTCGCTTTGTCTGATTCTGTTCGTTGGAAAAGTTACTTTATGGGGAGCACTGGCATTTATTTCAATATACATTCTATATGCATTCACTCTCGCAGCAAATGAGTGTTTGAGGAAACAAACCCGGAAGTTAAAGTGGGATTCAATGACACCCATGCATTCTTTTCCTGGAAGTACTTTTCCTCTCGGTGCTGA
AGATGAAGATGATTCCATGTATAGTCCTCTGTTGGATATAGAGTCAACTACGGGGCTTGCTGCTGGTCATGGACGCTTGGAGACTTCATTGCCTCAATGGATGTGGGCGTCGAATGTGGCTATCTTCTCAAACCAGGGACTGGCAAAGACAGTAGAAGAGACTAGGCCTCTGTGGGGTTGGAGTGAGGACAGTGAAAATT
ATCAATCAAGGTGTTCTTTATGTGGCTTTCTACTGTGTCTTATGGAATGGCCATTGACAATACCAAGAAAACTCACCATCCCCATAGTGGAAGATGACCGATGGTCAAAAGGCATTGCAGTTGCATCTGTAACATTGGCACCAATTCTCTTGGCTCTGCTCTGGAATATGCAAGAAATCAAGCCTTTGGGTATTGGCAAG
GTTACATATGTTGTTGGAGGAATTTTGGGTGCTATATTTGGAGCCTTTGGATATTTTACAACCAAGACAGAGCACCCTCCACGGACATTCTTGTTTCCTTGGGTTGTCGGAGGTTTCATAATGAGTATAGTGTGGTTTTACATCATTGCAAATGAATTGGTGGCTCTGTTGGTTTCCTTTGGTGTAATTCGTGAGATAAA
TCCATCAATCTTGGGCTTGACAGTGTTGGCCTGGGGGAATTCAATAGGTGATTTGATGTCAAATGTTGCTTTAGCATCGAATGGAGGAGACGGGGTTCAGATTGCAATGTCAGGATGCTATGCAGGACCTATGTTTAATACGCTTTTTGGACTGGGGATTCCTTTGTTGCTAGGATCCTGGTCCAAGCGACCTTCTGCCT
ATATAGTTCCAAAAGATACCAGTCTGTTTTACACCCTAGGATTTCTTGTAACCGGGCTTCTGTGGGCGCTGGTGGTTTTGCCCATGAATGACATGCGCCCAGGCAAATTGTTAGGAATTGGCCTTTTAATTCTATATTCAACATTCCTTGTTCTCAGATTGAGCAGTGCTTTTGGGCTTCTCTCGATTTCAGgtttcatg
tggttacaggtacagagtttttcagactgctctagaccatattcctagattgaaactatggagttttttctctttggatttaacaaagtcacccacagatagattgtcaccttaactctcaaaaaagaactccactttcaataatgattcagtctcagagggattaagtcgttaagatgaacccagaagcttagatttgt
taattcctaaagagGTGGGCTGTAGTGCTCAAAAAGGACAGCCACATTCAGGCAAAACCTCCAAAAGTAAGACGGACAACAATGGGAATGCAAAAAGTTGGAAACAGTAACAGGGAAAATGATTGGTCTGCATTTAAGAATTGCACATGTTCGTCCATACGATGCGAGCTTTTGTTTTATACAAGGAGATATGTACATAA
GGAATATACACTTTGCTGATTATCAACAAACGGAACTGCAAAAGAGCAGTATTGTTAATGTGCATAACCTTTTGGAAATTATACCTGTATTAAAGCCACAACCACAGAAAGAGACAGAACAATTGGAGAGATTGATTGGTCATGGCAAGTATCTGTGTTCCGCACATACAACTCCAGTTTCTAATGGATGTATGGAGTCA
GTAATATTCAAAGCATACACTTTAATTATCAGCACTCAATAGGACTGTGAATTGGTGGTATTATTATTTGCTTTAGATAGATAGATGGATAACAGTTGGTTTTTAAGTAAATGGTCCAAAACATTACCACAAGATCACACTTCTCTGTTATAACCCACAGATTATTGGCAAAGATTGGCCAACAAAGTTTTGTTTAAACT
TGCATAAATGAATACTTGCCTGGGTATGGTTTAAAATTTGACAGTGTAGAGTCACTGGAGTTGAGCCATGATTGCCTGATAAGGCAGTTGAGAATATAAAGGAGATATTGCTCTCCTCAATAGAGTGGCAAGGCAATACAGAGTTATAAGCTCCCCAATTGAATTTTTGTTGTGCCCTTGCAATTTAGAACTTTAGGAGT
CTACATGGTGTAAAAATTGGTTCCTTTTATTAGCTCAATGTGCATACTCTATTTCAGAAAATTTCAAAATTACCAAAGTATACAACTCCTTGTAGCGCTTAAATTTATTGTGGAAGACTATAGGGTAATTTGTGACTCAAAAGCTAATGATACAAGGCTCATGAAAGTTTCTGTTTAGATTCCGTCTTGAATGAGCTTGA
TACATTCATGATTTTGAGAAATATGTGACCTCCACAATCACATCCTTCCAACATGC