sp|Q9STE8|TC753_ARATH ----> Protein TOC75-3, chloroplastic

Intron 1 GTATTTTTTG ... ACAACTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.46	793	145	140.7
A2	18.55	685	156	96.1
A3	17.5	792	168	123.7
A4	15.46	607	111	83.1
A5	12.77	239	35	40.3
A6	15.17	984	176	147.4
A7	18.3	1978	443	259.7
A8	17.87	1530	333	231.6
A9	15.5	1619	297	222.1
A10	16.42	1578	310	246.9

>TRINITY_DN105515_c1_g3_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

CCTTCTTGGACAGTAAAATTAGAGGCTTCTTTATGTATAAAAAATCTATTCTCTTCCGTCGCATGGCATTTCAAATAATTTCTTTTCATTTGAGAAAGGCATAGGGTTAGAAGTGATATGAGGTACTCATTGCGGAGAAGCCACAAAAGCATGTTGGGCAAGCATTCGTAGTGCAAGTTTCTTCACTTGCACTAAATCAT
TTCGACATCGAATCTGACTGCAAACCCCAAGACACAGAGATGTCCTCTGCTTCATTGCAATGCAGCATACAGCTGTCAAATACAGGCCTGCCTCCTGCTATTCTTTTCAATCAGCCAAGGTGCAACAGGACTGTGTCTACGAGAGCCACTATTCGAGCGGTTTCTTCATCCAGTCATAATTCTGTTGATTCTGGCCATGG
AAATGATGGGTTTGAATCTATCAGATGGGACAGTAAAAATTCCAGACATATTGGAGCATCTTTAGGTGTGGGCATTGCTGCAAGTATTGTTTTTCAACTAGCAAGTCCTCCTGGAGGTGGGAATGCAGGAGGGTGGATGGGTGGCTGGGGAGGCGGTGGTGACGGTGGCGGCAATTTTTGGTCAAGAATCGGCGCAGCAT
TAGCTGATGCCAAGAAAGAGGATGAGTCAGAGGCTTTTGATTCACATGGTTTGCCAGCAGGCCTTGCTGTTCAACTCAACAGGTTGAGTGCTTACAAAAAATACAAGCTATCAGGTGTTGTGCTTTTCGATGGCAGAACACAGAAGTCTGTAGGCTCCAATGATCCTTTTTACGAGTTGCTTACTTTGAAACCTGGTGCA
GTATACACAAAAGCACATTTGCAGGCAGAGATGGATAATCTTACCAGCTCTGGTATGTTCGAAAAAGTGGATATGGAGGCAATCACCCAGCCAGATGGAACTATCAAGTTGAAGTTCTCATTTCTTGAGAGTCAGTGGCAATCTTCAGATTCGTTTCGTTGTATTAATGTGGGTCTGCTTGTTCAGCCTAAACCCAGGGA
GGTGGACTTTAATAGTATGTCTGATTCACAGAAGGAAAGGTTTATTCGAGAGCAAGAGCAGGAGTACAGGCGCCGTATTCGAGACTCTAGGTCCTGCATTCTTCCAAAGAGCGTGGAGAGGGAGATTCAGCGGTGGTTAAGTGTTGAAGGAAGAGTAACTGCAAGATTGCTTCAAAGAATCAGAGATCGAGTTCAAAAGT
GGTATCATGATCAAGGATATGCATGTGCCCAAGTTGTGAATTTTGGTAATCTGAATTCGAGGGAGATAGTATGTGAAGTGGTTGAAGGTGATATCACAAAAGTGGATGTTCAGTTTCAAGATAAAATGGGGAACACTTGTGAAGGGAATACCCGAGACATTATAATCAGAAGAGAACTCCCCAGACAGTTACGACGAGGC
CACATTTTCAATATAGAAGCAGGTAAACAAGCTCTCAGAAATGTGAACTCCCTTGCATTGTTTTCCAACATAGAGGTCAATCCTCGACCTGATGAAAGGAGTGAAGGAGGAATAATTGTGGAGGTAAAGCTTAAAGAACTTGAACAGAAGACGGCTGAAGTAAATACTGAATGGAGCATTGTCCCTGGAAGTGGAGGGCG
GCCTAGTCTGGCTTCAATTCAGCCTGGTGGAAGTGTTACTTTTGAGCATCGGAATTTGAAGGGGTTAAATAGGTCTATTCTCGGTGCTGTGACATCAAACAACCTTTTCAATCCTCAGGATGACTTGGGTTTCAAAATGGAATATGTTCACCCTTATGTGGATGGTGTTCGGGATTCTAGGAATCGTACTTTCCGTGCAA
GCTGTTTTAACAGTCGGAAATTGAGCCCTGTATTTACTGGTGGGCCAGGGCTTGAAGAGGTTCCTGCAGTGTGGGTTGATCGAGCGGGCTTCAAAGCAAATGTCACAGAGAATCTTACCCGGCAAAGTAAATTCACATATGGAATGGTCATGGAAGAAATCACAACACGTGATGAAACCAGTACTGTATGCACCAATGGA
GCACGAGCTTTGCCAAGTGGGGCACTGAGTATGGATGGACCTCCTACAACATTGAGTGGTACTGGTATTGATCATATGGCTTTTCTGCAAACAAACATTACACGGGACAACACAAAATTTATTAATGGAACTCCTATTGGTGACAGGGATGTTTTTCAGCTGGACCAAGGTTCAGGGATTGGTAGCAAGTTCCCCATTTT
CAATCGGCACCAATTGACTATGACTCGCTTCATTCAACTAAAACCTGTAGAAGAAGGTCCAGAGAAGCCACCACCTCCAGTGCTTGTTCTCCATGGCCGTTATGGAGGGTGTGTCGGGGACCTTCCCAGCTATGATGCTTTTACACTAGGTGGCCCCTACTCTGTTAGAGGATATAGCATGGGCGAACTGGGGGCATGCA
GAAACATTCTGGAGCTTGCAGGAGAGATACGGTTGCCTGTAAAAAATACCCATACATATGCATTTGTTGAATATGGAACAGACTTGGGTAGTTCAAAAGATGTGAAAGGAAATCCAACAGAGTTCTTTCGCCGAGTTGGTCATGGTGCTTCTTATGGTCTTGGTGTCAAATTAGGTTTAATGAGAGCAGAGTATGCAGTA
GACCATAATGCAGGAACTGGTTCAGTATTGGTTCGGTTTGGGGAAAGATTCTAAGAGTTAGCATGCATCTTTGGCATTGAGATCATGGCGTTTATGGAATCTCTGCAGCAGGGCATAGACTGCTCTCTCAATTTCCACTTTTTGATCAGATATTGCATCTGGACATAGATCATGGCCATTTCATTCCTTACGAGGAACAA
AACTTGGTCAGAGTTTCCTTATATTGTCTTTCTTTTCTCCTTTGCAGAGGTATTGCGTGAGTCAAACGTTGATAATCTCTTTCACTTCCATATTAGTAGTAGTCAGAAATCTATTTCGTAATGTTCTGAGGTCTGAATGGAAATTTTCCACGTGAATATTTCCAGACTCGAGCTGATTGACTTGATGTCTTCCGAGGATC
CAGTGATAGAGGTATTTGCTTGAAGGAAAAAGCCTAGAATCTTGTGCAGTTAGATAGATAGTTTGCACCTTGTTGAGTTTTTATCCTTTTGGAATAGTTAACTCCAAATATTCATGATTGATGACTAATAAAGGTCTTCTGTAGTTTGATACATTTACTACAACGCCATGCAAATAATATGATAAAACATCTAATTAAAA
AACGCCAGTGTGCTTGGGTCACAAATTTGAGGCTGACGGTTCACTTCGAACCTCCCATTGACATGTAGTTTTGTTGGGTCCAATTTGGCTAACTTGTGCCTAAATAAGAATTGCAACTTTCATTGTAATTTTATTGATTCAATTCGAAGCTTGATTTTCGATCTGTTTTTGGCATGACATGATGTCTTCCATAGTCCCGA
ACCCATTATTGCCCATAGTTATGTTTTATATCGGAGGACATAAATGGATGTCTTGTTTTGATCACGAGAGATATTTTCTTTTCTTGTGAGCAGGAGACATACAGAAGGTTGTCACCATCATCACCTTGCATCTCTTCACGG

>TRINITY_DN105515_c1_g3_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCTTCTTGGACAGTAAAATTAGAGGCTTCTTTATGTATAAAAAATCTATTCTCTTCCGTCGCATGGCATTTCAAATAATTTCTTTTCATTTGAGAAAGGCATAGGGTTAGAAGTGATATGAGGTACTCATTGCGGAGAAGCCACAAAAGCATGTTGGGCAAGCATTCGTAGTGCAAGTTTCTTCACTTGCACTAAATCAT
TTCGACATCGAATCTGACTGCAAACCCCAAGACACAGAGATGTCCTCTGCTTCATTGCAATGCAGCATACAGCTGTCAAATACAGGCCTGCCTCCTGCTATTCTTTTCAATCAGCCAAGGTGCAACAGGACTGTGTCTACGAGAGCCACTATTCGAGCGGTTTCTTCATCCAGTCATAATTCTGTTGATTCTGGCCATGG
AAATGATGGGTTTGAATCTATCAGATGGGACAGTAAAAATTCCAGACATATTGGAGCATCTTTAGGTGTGGGCATTGCTGCAAGTATTGTTTTTCAACTAGCAAGTCCTCCTGGAGGTGGGAATGCAGGAGGGTGGATGGGTGGCTGGGGAGGCGGTGGTGACGGTGGCGGCAATTTTTGGTCAAGAATCGGCGCAGCAT
TAGCTGATGCCAAGAAAGAGGATGAGTCAGAGGCTTTTGATTCACATGGTTTGCCAGCAGGCCTTGCTGTTCAACTCAACAGGTTGAGTGCTTACAAAAAATACAAGCTATCAGGTGTTGTGCTTTTCGATGGCAGAACACAGAAGTCTGTAGGCTCCAATGATCCTTTTTACGAGTTGCTTACTTTGAAACCTGGTGCA
GTATACACAAAAGCACATTTGCAGGCAGAGATGGATAATCTTACCAGCTCTGGTATGTTCGAAAAAGTGGATATGGAGGCAATCACCCAGCCAGATGGAACTATCAAGTTGAAGTTCTCATTTCTTGAGAGTCAGTGGCAATCTTCAGATTCGTTTCGTTGTATTAATGTGGGTCTGCTTGTTCAGCCTAAACCCAGGGA
GGTGGACTTTAATAGTATGTCTGATTCACAGAAGGAAAGGTTTATTCGAGAGCAAGAGCAGGAGTACAGGCGCCGTATTCGAGACTCTAGGTCCTGCATTCTTCCAAAGAGCGTGGAGAGGGAGATTCAGCGGTGGTTAAGTGTTGAAGGAAGAGTAACTGCAAGATTGCTTCAAAGAATCAGAGATCGAGTTCAAAAGT
GGTATCATGATCAAGGATATGCATGTGCCCAAGTTGTGAATTTTGGTAATCTGAATTCGAGGGAGATAGTATGTGAAGTGGTTGAAGGTGATATCACAAAAGTGGATGTTCAGTTTCAAGATAAAATGGGGAACACTTGTGAAGGGAATACCCGAGACATTATAATCAGAAGAGAACTCCCCAGACAGTTACGACGAGGC
CACATTTTCAATATAGAAGCAGGTAAACAAGCTCTCAGAAATGTGAACTCCCTTGCATTGTTTTCCAACATAGAGGTCAATCCTCGACCTGATGAAAGGAGTGAAGGAGGAATAATTGTGGAGGTAAAGCTTAAAGAACTTGAACAGAAGACGGCTGAAGTAAATACTGAATGGAGCATTGTCCCTGGAAGTGGAGGGCG
GCCTAGTCTGGCTTCAATTCAGCCTGGTGGAAGTGTTACTTTTGAGCATCGGAATTTGAAGGGGTTAAATAGGTCTATTCTCGGTGCTGTGACATCAAACAACCTTTTCAATCCTCAGGATGACTTGGGTTTCAAAATGGAATATGTTCACCCTTATGTGGATGGTGTTCGGGATTCTAGGAATCGTACTTTCCGTGCAA
GCTGTTTTAACAGTCGGAAATTGAGCCCTGTATTTACTGGTGGGCCAGGGCTTGAAGAGGTTCCTGCAGTGTGGGTTGATCGAGCGGGCTTCAAAGCAAATGTCACAGAGAATCTTACCCGGCAAAGTAAATTCACATATGGAATGGTCATGGAAGAAATCACAACACGTGATGAAACCAGTACTGTATGCACCAATGGA
GCACGAGCTTTGCCAAGTGGGGCACTGAGTATGGATGGACCTCCTACAACATTGAGTGGTACTGGTATTGATCATATGGCTTTTCTGCAAACAAACATTACACGGGACAACACAAAATTTATTAATGGAACTCCTATTGGTGACAGGGATGTTTTTCAGgtattttttgtatatcatcttcttcattgagttagcagcac
gaggatacttataccattaattactagtctctattatcattttgtgtttctttctcaaattttactgccagtggctttttgctgtagtttgtaagccatgctaaacaaccattttacacaactgtagCTGGACCAAGGTTCAGGGATTGGTAGCAAGTTCCCCATTTTCAATCGGCACCAATTGACTATGACTCGCTTCA
TTCAACTAAAACCTGTAGAAGAAGGTCCAGAGAAGCCACCACCTCCAGTGCTTGTTCTCCATGGCCGTTATGGAGGGTGTGTCGGGGACCTTCCCAGCTATGATGCTTTTACACTAGGTGGCCCCTACTCTGTTAGAGGATATAGCATGGGCGAACTGGGGGCATGCAGAAACATTCTGGAGCTTGCAGGAGAGATACGG
TTGCCTGTAAAAAATACCCATACATATGCATTTGTTGAATATGGAACAGACTTGGGTAGTTCAAAAGATGTGAAAGGAAATCCAACAGAGTTCTTTCGCCGAGTTGGTCATGGTGCTTCTTATGGTCTTGGTGTCAAATTAGGTTTAATGAGAGCAGAGTATGCAGTAGACCATAATGCAGGAACTGGTTCAGTATTGGT
TCGGTTTGGGGAAAGATTCTAAGAGTTAGCATGCATCTTTGGCATTGAGATCATGGCGTTTATGGAATCTCTGCAGCAGGGCATAGACTGCTCTCTCAATTTCCACTTTTTGATCAGATATTGCATCTGGACATAGATCATGGCCATTTCATTCCTTACGAGGAACAAAACTTGGTCAGAGTTTCCTTATATTGTCTTTC
TTTTCTCCTTTGCAGAGGTATTGCGTGAGTCAAACGTTGATAATCTCTTTCACTTCCATATTAGTAGTAGTCAGAAATCTATTTCGTAATGTTCTGAGGTCTGAATGGAAATTTTCCACGTGAATATTTCCAGACTCGAGCTGATTGACTTGATGTCTTCCGAGGATCCAGTGATAGAGGTATTTGCTTGAAGGAAAAAG
CCTAGAATCTTGTGCAGTTAGATAGATAGTTTGCACCTTGTTGAGTTTTTATCCTTTTGGAATAGTTAACTCCAAATATTCATGATTGATGACTAATAAAGGTCTTCTGTAGTTTGATACATTTACTACAACGCCATGCAAATAATATGATAAAACATCTAATTAAAAAACGCCAGTGTGCTTGGGTCACAAATTTGAGG
CTGACGGTTCACTTCGAACCTCCCATTGACATGTAGTTTTGTTGGGTCCAATTTGGCTAACTTGTGCCTAAATAAGAATTGCAACTTTCATTGTAATTTTATTGATTCAATTCGAAGCTTGATTTTCGATCTGTTTTTGGCATGACATGATGTCTTCCATAGTCCCGAACCCATTATTGCCCATAGTTATGTTTTATATC
GGAGGACATAAATGGATGTCTTGTTTTGATCACGAGAGATATTTTCTTTTCTTGTGAGCAGGAGACATACAGAAGGTTGTCACCATCATCACCTTGCATCTCTTCACGG

Intron 2 GTTTGTTTAC ... TTTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.63	656.8	70	58.8
A2	9.19	533.4	54	45.4
A3	9.76	601.2	65	59.6
A4	11.3	510.8	65	53.4
A5	13.04	240.2	36	28.4
A6	10.2	493.2	56	45.6
A7	7.55	1139.2	93	93.8
A8	6.57	754.8	53	58
A9	8.67	990.2	94	82.2
A10	8.34	1121.4	102	100.6

>TRINITY_DN116330_c0_g2_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

ACACCATGTTTCAGATGAAATGCTGTTGTAGGAAGGCTTTACAAATTGAGTTTAGTTCCATTCACAAATGAATCAAACTACACAATCAAGAAACAACGTGAGTTAGATGAGGTGATTTGTTTTAGTTGCCTTTTCTTGTATTTTGAATTTAAAAACTAAAATGTTATTAGACTATCCATCTGATTAGTGTAAGGCTTCAT
CACATTATTCCTAGTCAAGTAGTTTCTATTTTCTTTTTGGTGGTTCTTAACAATTTGTTTGTTTGATGAACTTCTGCTCTCCTGAAATTGGGTTAGACACAGAGATGTCCTCTGCTTCATTGCAATGCAGCATACAGCTGTCAAATACAGGCCTGCCTCCTGCTATTCTTTTCAATCAGCCAAGGTGCAACAGGACTGTG
TCTACGAGAGCCACTATTCGAGCGGTTTCTTCATCCAGTCATAATTCTGTTGATTCTGGCCATGGAAATGATGGGTTTGAACCTATCAGATGGGACAGTAAAAATTCCAGACATATTGGAGCATCTTTAGGTGTGGGCATTGCTGCAAGTATTGTTTTTCAACTAGCAAGTCCTCCTGGAGGTGGGAATGCAGGAGGGTG
GATGGGTGGCTGGGGAGGCGGTGGTGACGGTGGCGGCAATTTTTGGTCAAGAATCGGCGCAGCATTAGCTGATGCCAAGAAAGAGGATGAGTCAGAGGCTTTCGATTCACATGGTTTGCCAGCAGGCCTTGCTGTTCAACTCAACAGGTTGAGTGCTTACAAAAAATACAAGCTATCAGGTGTTGTGCTTTTCGATGGCA
GAACACAGAAGTCTGTAGGCTCCAATGATCCTTTTTACGAGTTGCTTACTTTGAAACCTGGTGCAGTATACACAAAAGCACATTTGCAGGCAGAGATGGATAATCTTACCAGCTCTGGTATGTTCGAAAAAGTGGATATGGAGGCAATCACCCAGCCAGATGGAACTATCAAGTTGAAGTTCTCATTTCTTGAGAGTCAG
TGGCAATCTTCAGATTCGTTTCGTTGTATTAATGTGGGTCTGCTTGTTCAGCCTAAACCCAGGGAGGTGGACTTTAATAGTATGTCTGATTCACAGAAGGAAAGGTTTATTCGAGAGCAAGAGCAGGAGTACAGGCGCCGTATTCGAGACTCTAGGTCCTGCATTCTTCCAAAGAGCGTGGAGAGGGAGATTCAGCGGTG
GTTAAGTGTTGAAGGAAGAGTAACTGCAAGACTGCTTCAAAGAATCAGAGATCGAGTTCAAAAGTGGTATCATGATCAAGGATATGCATGTGCCCAAGTTGTGAATTTTGGTAATCTGAATTCGAGGGAGATAGTATGTGAAGTGGTTGAAGGTGATATCACAAAAGTGGATGTTCAGTTTCAAGATAAAATGGGGAACA
CTTGTGAAGGGAATACCCGAGACATTATAATCAGAAGAGAACTCCCCAGACAGTTACGACGAGGCCACATTTTCAATATAGAAGCAGGTAAACAAGCTCTCAGAAATGTGAACTCCCTTGCATTGTTTTCCAACATAGAGGTCAATCCTCGACCTGATGAAAGGAGTGAAGGAGGAATAATTGTGGAGGTAAAGCTTAAA
GAACTTGAACAGAAGACGGCTGAAGTAAATACTGAATGGAGCATTGTCCCTGGAAGTGGAGGGCGGCCTAGTCTGGCTTCAATTCAGCCTGGTGGAAGTGTTACTTTTGAGCATCGGAATTTGAAGGGGTTAAATAGGTCTATTCTCGGTGCTGTGACATCAAACAACCTTTTCAATCCTCAGGATGACTTGGGTTTCAA
AATGGAATATGTTCACCCTTATGTGGATGGTGTTCGGGATTCTAGGAATCGTACTTTCCGTGCAAGCTGTTTTAACAGTCGGAAATTGAGCCCTGTATTTACTGGTGGGCCAGGGCTTGAAGAGGTTCCTGCAGTGTGGGTTGATCGAGCGGGCTTCAAAGCAAATGTCACAGAGAATCTTACCCGGCAAAGTAAATTCA
CATATGGAATGGTCATGGAAGAAATCACAACACGTGATGAAACCAGTACTGTATGCACCAATGGAGCACGAGCTTTGCCAAGTGGGGCACTGAGTATGGATGGACCTCCTACAACATTGAGTGGTACTGGTATTGATCATATGGCTTTTCTGCAAACAAACATTACACGGGACAACACAAAATTTATTAATGGAACTCCT
ATTGGTGACAGGGATGTTTTTCAGTTTGTAAGCCATGCTAAACAACCATTTTACACAACTGTAGCTGGACCAAGGTTCAGGGATTGGTAGCAAGTTCCCCATTTTCAATCGGCACCAATTGACTATGACTCGCTTCATTCAACTAAAACCTGTAGAAGAAGGTCCAGAGAAGCCACCACCTCCAGTGCTTGTTCTCCATG
GCCGTTATGGAGGGTGTGTTGGGGACCTTCCCAGCTATGATGCTTTTACACTAGGTGGCCCCTACTCTGTTAGAGGATATAGCATGGGCGAACTGGGGGCATGCAGAAACATTCTGGAGCTTGCAGGAGAGATACGGTTGCCTGTAAAAAATACCCATACATATGCATTTGTTGAATATGGAACAGACTTGGGTAGTTCA
AAAGATGTGAAAGGAAATCCAACAGAGTTCTTTCGCCGAGTTGGTCATGGTGCTTCTTATGGTCTTGGTGTCAAATTAGGTTTAATGAGAGCAGAGTATGCAGTAGACCATAATGCAGGAACTGGTTCAGTATTGGTGCGATTCGGGGAAAGATTCTAAGAGTTAGCATGCATCTTTGGCATTGAGATCATGGCGTTTAT
GGAATCTCTGCAGCAGGGGCATAGACTGCTCTCTCAATTTTCACTTTTTGATCAGATATTGCATCTGGACATAGATCATGGCCATTTCATTCCTTACGAGGAACAAAACTTGGTCAGAGTTTCCTTATATTGTCTTTCTTTTCTCCTTTGCAGAGGTATTGCGTGAGTCAAACGTTGATAATCTCTTTCACTTCCATATT
AGTAGTAGTCAGAAATCTATTTCGTAATGTTCTGAGGTCTGAATGGAAATTTTCCACGTGAATATTTCCAGACTCGAGCTGATTGACTTGATGTCTTCCGAGGATCCAGTGATAGAGGTATTTGCTTGAAGGAAAAAGCCTAGAATCTTGTGCAGTTAGATAGATAGTTTGCACCTTGTTGAGTTTTTATCCTTTTGGAA
TAGTTAACTCCAAATATTCATGATTGATGACTAATAAAGGTCTTCTGTAGTTTGATACATTTACTACAACGCCATGCAAATAATATGATAAAACATCTAATTAAAAAACGCCAGTGTGCTTGGGTCACAAATTTGAGGCTGACGGTTCACTTCGAACCACCCATTGACATGTAGTTTTGTTGGGTCCAATTTGGCTAACT
TGTGCCTAAATAAGAATTGCAACTTTCATTGTAATTTTATTGATTCAATTCGAAGCTTGATTTTCGATCTGTTTTTGGCATGACATGATGTCTTCCATAGTCCCGAACCCATTATTGCCCATAGTTATGTTTTATATCGGTGGACATAAATGGATGTCTTGTTTTGACCACGAGAGATATTTTCTTTTCTTGTGAGCAGG
AGACATACAGAAGGTTGTCACCATCATCACCTTGCATCTCTTCACAATGTTGATTTTCTGGTTTAACCTATGAAGTTCCAGGTTTTGAACATAAGATATGTTTGTTGGGTGAATATGATTATGTCTTATGAACCTTTGATCATTCAG

>TRINITY_DN116330_c0_g2_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGCATTTCAAATAATTTCTTTTCATTTGAGAAAGGCATAGGGTTAGAAGTGATATGAGGTACTCATTGCGGAGAAGCCACAAAAGCATGTTGGGCAAGCATTCGTAGTGCAAGTTTCTTCACTTGCACTAAATCATTTCGACATCGAATCTGACTGCAAACCCCAAGACACAGAGATGTCCTCTGCTTCATTGCAATGCA
GCATACAGCTGTCAAATACAGGCCTGCCTCCTGCTATTCTTTTCAATCAGCCAAGGTGCAACAGGACTGTGTCTACGAGAGCCACTATTCGAGCGGTTTCTTCATCCAGTCATAATTCTGTTGATTCTGGCCATGGAAATGATGGGTTTGAACCTATCAGATGGGACAGTAAAAATTCCAGACATATTGGAGCATCTTTA
GGTGTGGGCATTGCTGCAAGTATTGTTTTTCAACTAGCAAGTCCTCCTGGAGGTGGGAATGCAGGAGGGTGGATGGGTGGCTGGGGAGGCGGTGGTGACGGTGGCGGCAATTTTTGGTCAAGAATCGGCGCAGCATTAGCTGATGCCAAGAAAGAGGATGAGTCAGAGGCTTTCGATTCACATGGTTTGCCAGCAGGCCT
TGCTGTTCAACTCAACAGGTTGAGTGCTTACAAAAAATACAAGCTATCAGGTGTTGTGCTTTTCGATGGCAGAACACAGAAGTCTGTAGGCTCCAATGATCCTTTTTACGAGTTGCTTACTTTGAAACCTGGTGCAGTATACACAAAAGCACATTTGCAGGCAGAGATGGATAATCTTACCAGCTCTGGTATGTTCGAAA
AAGTGGATATGGAGGCAATCACCCAGCCAGATGGAACTATCAAGTTGAAGTTCTCATTTCTTGAGAGTCAGTGGCAATCTTCAGATTCGTTTCGTTGTATTAATGTGGGTCTGCTTGTTCAGCCTAAACCCAGGGAGGTGGACTTTAATAGTATGTCTGATTCACAGAAGGAAAGGTTTATTCGAGAGCAAGAGCAGGAG
TACAGGCGCCGTATTCGAGACTCTAGGTCCTGCATTCTTCCAAAGAGCGTGGAGAGGGAGATTCAGCGGTGGTTAAGTGTTGAAGGAAGAGTAACTGCAAGACTGCTTCAAAGAATCAGAGATCGAGTTCAAAAGTGGTATCATGATCAAGGATATGCATGTGCCCAAGTTGTGAATTTTGGTAATCTGAATTCGAGGGA
GATAGTATGTGAAGTGGTTGAAGGTGATATCACAAAAGTGGATGTTCAGTTTCAAGATAAAATGGGGAACACTTGTGAAGGGAATACCCGAGACATTATAATCAGAAGAGAACTCCCCAGACAGTTACGACGAGGCCACATTTTCAATATAGAAGCAGGTAAACAAGCTCTCAGAAATGTGAACTCCCTTGCATTGTTTT
CCAACATAGAGGTCAATCCTCGACCTGATGAAAGGAGTGAAGGAGGAATAATTGTGGAGGTAAAGCTTAAAGAACTTGAACAGAAGACGGCTGAAGTAAATACTGAATGGAGCATTGTCCCTGGAAGTGGAGGGCGGCCTAGTCTGgtttgtttacaatatcgtttctgtatccttttatttatccttgcccacacccgc
atattaagtcatgaaagtaaagtgccatgtttgttagtttaaggtgtgaaagtgaaatcctatgtttgttagttttgcatcttcttcctgaatctgagactttgaatggttactggaatacatttatacatggcgaatgtaactacattaaaaaattcttatcggagtttttgttgatgagtaaactcacttttagctat
aaagcctgcttgataggatttcatatgtactattcataattctgtcaatgaatgtttttataacaaacaaaccctgtatatttttttcagGCTTCAATTCAGCCTGGTGGAAGTGTTACTTTTGAGCATCGGAATTTGAAGGGGTTAAATAGGTCTATTCTCGGTGCTGTGACATCAAACAACCTTTTCAATCCTCAGGT
AGCTATTTTTTTTATGTTTATTAGCTTCTGTTCCCTTATACCAAATGCATGTGGAAAATTGTACAGTTTGAATAAAAGAACCAGGATCAGAGTCCAGTGTTGCAAATATCTCCGAG

Intron 3 GTATTTTTTG ... TTTGCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.33	168	145	15
A2	50.16	155	156	4
A3	48.28	180	168	14
A4	48.47	118	111	6
A5	46.05	41	35	4
A6	47.44	195	176	4
A7	48.36	473	443	14
A8	48.61	352	333	9
A9	46.7	339	297	18
A10	45.93	365	310	24

>TRINITY_DN105515_c1_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CCTTCTTGGACAGTAAAATTAGAGGCTTCTTTATGTATAAAAAATCTATTCTCTTCCGTCGCATGGCATTTCAAATAATTTCTTTTCATTTGAGAAAGGCATAGGGTTAGAAGTGATATGAGGTACTCATTGCGGAGAAGCCACAAAAGCATGTTGGGCAAGCATTCGTAGTGCAAGTTTCTTCACTTGCACTAAATCAT
TTCGACATCGAATCTGACTGCAAACCCCAAGACACAGAGATGTCCTCTGCTTCATTGCAATGCAGCATACAGCTGTCAAATACAGGCCTGCCTCCTGCTATTCTTTTCAATCAGCCAAGGTGCAACAGGACTGTGTCTACGAGAGCCACTATTCGAGCGGTTTCTTCATCCAGTCATAATTCTGTTGATTCTGGCCATGG
AAATGATGGGTTTGAATCTATCAGATGGGACAGTAAAAATTCCAGACATATTGGAGCATCTTTAGGTGTGGGCATTGCTGCAAGTATTGTTTTTCAACTAGCAAGTCCTCCTGGAGGTGGGAATGCAGGAGGGTGGATGGGTGGCTGGGGAGGCGGTGGTGACGGTGGCGGCAATTTTTGGTCAAGAATCGGCGCAGCAT
TAGCTGATGCCAAGAAAGAGGATGAGTCAGAGGCTTTTGATTCACATGGTTTGCCAGCAGGCCTTGCTGTTCAACTCAACAGGTTGAGTGCTTACAAAAAATACAAGCTATCAGGTGTTGTGCTTTTCGATGGCAGAACACAGAAGTCTGTAGGCTCCAATGATCCTTTTTACGAGTTGCTTACTTTGAAACCTGGTGCA
GTATACACAAAAGCACATTTGCAGGCAGAGATGGATAATCTTACCAGCTCTGGTATGTTCGAAAAAGTGGATATGGAGGCAATCACCCAGCCAGATGGAACTATCAAGTTGAAGTTCTCATTTCTTGAGAGTCAGTGGCAATCTTCAGATTCGTTTCGTTGTATTAATGTGGGTCTGCTTGTTCAGCCTAAACCCAGGGA
GGTGGACTTTAATAGTATGTCTGATTCACAGAAGGAAAGGTTTATTCGAGAGCAAGAGCAGGAGTACAGGCGCCGTATTCGAGACTCTAGGTCCTGCATTCTTCCAAAGAGCGTGGAGAGGGAGATTCAGCGGTGGTTAAGTGTTGAAGGAAGAGTAACTGCAAGATTGCTTCAAAGAATCAGAGATCGAGTTCAAAAGT
GGTATCATGATCAAGGATATGCATGTGCCCAAGTTGTGAATTTTGGTAATCTGAATTCGAGGGAGATAGTATGTGAAGTGGTTGAAGGTGATATCACAAAAGTGGATGTTCAGTTTCAAGATAAAATGGGGAACACTTGTGAAGGGAATACCCGAGACATTATAATCAGAAGAGAACTCCCCAGACAGTTACGACGAGGC
CACATTTTCAATATAGAAGCAGGTAAACAAGCTCTCAGAAATGTGAACTCCCTTGCATTGTTTTCCAACATAGAGGTCAATCCTCGACCTGATGAAAGGAGTGAAGGAGGAATAATTGTGGAGGTAAAGCTTAAAGAACTTGAACAGAAGACGGCTGAAGTAAATACTGAATGGAGCATTGTCCCTGGAAGTGGAGGGCG
GCCTAGTCTGGCTTCAATTCAGCCTGGTGGAAGTGTTACTTTTGAGCATCGGAATTTGAAGGGGTTAAATAGGTCTATTCTCGGTGCTGTGACATCAAACAACCTTTTCAATCCTCAGGATGACTTGGGTTTCAAAATGGAATATGTTCACCCTTATGTGGATGGTGTTCGGGATTCTAGGAATCGTACTTTCCGTGCAA
GCTGTTTTAACAGTCGGAAATTGAGCCCTGTATTTACTGGTGGGCCAGGGCTTGAAGAGGTTCCTGCAGTGTGGGTTGATCGAGCGGGCTTCAAAGCAAATGTCACAGAGAATCTTACCCGGCAAAGTAAATTCACATATGGAATGGTCATGGAAGAAATCACAACACGTGATGAAACCAGTACTGTATGCACCAATGGA
GCACGAGCTTTGCCAAGTGGGGCACTGAGTATGGATGGACCTCCTACAACATTGAGTGGTACTGGTATTGATCATATGGCTTTTCTGCAAACAAACATTACACGGGACAACACAAAATTTATTAATGGAACTCCTATTGGTGACAGGGATGTTTTTCAGTTTGTAAGCCATGCTAAACAACCATTTTACACAACTGTAGC
TGGACCAAGGTTCAGGGATTGGTAGCAAGTTCCCCATTTTCAATCGGCACCAATTGACTATGACTCGCTTCATTCAACTAAAACCTGTAGAAGAAGGTCCAGAGAAGCCACCACCTCCAGTGCTTGTTCTCCATGGCCGTTATGGAGGGTGTGTCGGGGACCTTCCCAGCTATGATGCTTTTACACTAGGTGGCCCCTAC
TCTGTTAGAGGATATAGCATGGGCGAACTGGGGGCATGCAGAAACATTCTGGAGCTTGCAGGAGAGATACGGTTGCCTGTAAAAAATACCCATACATATGCATTTGTTGAATATGGAACAGACTTGGGTAGTTCAAAAGATGTGAAAGGAAATCCAACAGAGTTCTTTCGCCGAGTTGGTCATGGTGCTTCTTATGGTCT
TGGTGTCAAATTAGGTTTAATGAGAGCAGAGTATGCAGTAGACCATAATGCAGGAACTGGTTCAGTATTGGTTCGGTTTGGGGAAAGATTCTAAGAGTTAGCATGCATCTTTGGCATTGAGATCATGGCGTTTATGGAATCTCTGCAGCAGGGCATAGACTGCTCTCTCAATTTCCACTTTTTGATCAGATATTGCATCT
GGACATAGATCATGGCCATTTCATTCCTTACGAGGAACAAAACTTGGTCAGAGTTTCCTTATATTGTCTTTCTTTTCTCCTTTGCAGAGGTATTGCGTGAGTCAAACGTTGATAATCTCTTTCACTTCCATATTAGTAGTAGTCAGAAATCTATTTCGTAATGTTCTGAGGTCTGAATGGAAATTTTCCACGTGAATATT
TCCAGACTCGAGCTGATTGACTTGATGTCTTCCGAGGATCCAGTGATAGAGGTATTTGCTTGAAGGAAAAAGCCTAGAATCTTGTGCAGTTAGATAGATAGTTTGCACCTTGTTGAGTTTTTATCCTTTTGGAATAGTTAACTCCAAATATTCATGATTGATGACTAATAAAGGTCTTCTGTAGTTTGATACATTTACTA
CAACGCCATGCAAATAATATGATAAAACATCTAATTAAAAAACGCCAGTGTGCTTGGGTCACAAATTTGAGGCTGACGGTTCACTTCGAACCTCCCATTGACATGTAGTTTTGTTGGGTCCAATTTGGCTAACTTGTGCCTAAATAAGAATTGCAACTTTCATTGTAATTTTATTGATTCAATTCGAAGCTTGATTTTCG
ATCTGTTTTTGGCATGACATGATGTCTTCCATAGTCCCGAACCCATTATTGCCCATAGTTATGTTTTATATCGGAGGACATAAATGGATGTCTTGTTTTGATCACGAGAGATATTTTCTTTTCTTGTGAGCAGGAGACATACAGAAGGTTGTCACCATCATCACCTTGCATCTCTTCACGG

>TRINITY_DN105515_c1_g3_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CCTTCTTGGACAGTAAAATTAGAGGCTTCTTTATGTATAAAAAATCTATTCTCTTCCGTCGCATGGCATTTCAAATAATTTCTTTTCATTTGAGAAAGGCATAGGGTTAGAAGTGATATGAGGTACTCATTGCGGAGAAGCCACAAAAGCATGTTGGGCAAGCATTCGTAGTGCAAGTTTCTTCACTTGCACTAAATCAT
TTCGACATCGAATCTGACTGCAAACCCCAAGACACAGAGATGTCCTCTGCTTCATTGCAATGCAGCATACAGCTGTCAAATACAGGCCTGCCTCCTGCTATTCTTTTCAATCAGCCAAGGTGCAACAGGACTGTGTCTACGAGAGCCACTATTCGAGCGGTTTCTTCATCCAGTCATAATTCTGTTGATTCTGGCCATGG
AAATGATGGGTTTGAATCTATCAGATGGGACAGTAAAAATTCCAGACATATTGGAGCATCTTTAGGTGTGGGCATTGCTGCAAGTATTGTTTTTCAACTAGCAAGTCCTCCTGGAGGTGGGAATGCAGGAGGGTGGATGGGTGGCTGGGGAGGCGGTGGTGACGGTGGCGGCAATTTTTGGTCAAGAATCGGCGCAGCAT
TAGCTGATGCCAAGAAAGAGGATGAGTCAGAGGCTTTTGATTCACATGGTTTGCCAGCAGGCCTTGCTGTTCAACTCAACAGGTTGAGTGCTTACAAAAAATACAAGCTATCAGGTGTTGTGCTTTTCGATGGCAGAACACAGAAGTCTGTAGGCTCCAATGATCCTTTTTACGAGTTGCTTACTTTGAAACCTGGTGCA
GTATACACAAAAGCACATTTGCAGGCAGAGATGGATAATCTTACCAGCTCTGGTATGTTCGAAAAAGTGGATATGGAGGCAATCACCCAGCCAGATGGAACTATCAAGTTGAAGTTCTCATTTCTTGAGAGTCAGTGGCAATCTTCAGATTCGTTTCGTTGTATTAATGTGGGTCTGCTTGTTCAGCCTAAACCCAGGGA
GGTGGACTTTAATAGTATGTCTGATTCACAGAAGGAAAGGTTTATTCGAGAGCAAGAGCAGGAGTACAGGCGCCGTATTCGAGACTCTAGGTCCTGCATTCTTCCAAAGAGCGTGGAGAGGGAGATTCAGCGGTGGTTAAGTGTTGAAGGAAGAGTAACTGCAAGATTGCTTCAAAGAATCAGAGATCGAGTTCAAAAGT
GGTATCATGATCAAGGATATGCATGTGCCCAAGTTGTGAATTTTGGTAATCTGAATTCGAGGGAGATAGTATGTGAAGTGGTTGAAGGTGATATCACAAAAGTGGATGTTCAGTTTCAAGATAAAATGGGGAACACTTGTGAAGGGAATACCCGAGACATTATAATCAGAAGAGAACTCCCCAGACAGTTACGACGAGGC
CACATTTTCAATATAGAAGCAGGTAAACAAGCTCTCAGAAATGTGAACTCCCTTGCATTGTTTTCCAACATAGAGGTCAATCCTCGACCTGATGAAAGGAGTGAAGGAGGAATAATTGTGGAGGTAAAGCTTAAAGAACTTGAACAGAAGACGGCTGAAGTAAATACTGAATGGAGCATTGTCCCTGGAAGTGGAGGGCG
GCCTAGTCTGGCTTCAATTCAGCCTGGTGGAAGTGTTACTTTTGAGCATCGGAATTTGAAGGGGTTAAATAGGTCTATTCTCGGTGCTGTGACATCAAACAACCTTTTCAATCCTCAGGATGACTTGGGTTTCAAAATGGAATATGTTCACCCTTATGTGGATGGTGTTCGGGATTCTAGGAATCGTACTTTCCGTGCAA
GCTGTTTTAACAGTCGGAAATTGAGCCCTGTATTTACTGGTGGGCCAGGGCTTGAAGAGGTTCCTGCAGTGTGGGTTGATCGAGCGGGCTTCAAAGCAAATGTCACAGAGAATCTTACCCGGCAAAGTAAATTCACATATGGAATGGTCATGGAAGAAATCACAACACGTGATGAAACCAGTACTGTATGCACCAATGGA
GCACGAGCTTTGCCAAGTGGGGCACTGAGTATGGATGGACCTCCTACAACATTGAGTGGTACTGGTATTGATCATATGGCTTTTCTGCAAACAAACATTACACGGGACAACACAAAATTTATTAATGGAACTCCTATTGGTGACAGGGATGTTTTTCAGgtattttttgtatatcatcttcttcattgagttagcagcac
gaggatacttataccattaattactagtctctattatcattttgtgtttctttctcaaattttactgccagtggctttttgctgtagTTTGTAAGCCATGCTAAACAACCATTTTACACAACTGTAGCTGGACCAAGGTTCAGGGATTGGTAGCAAGTTCCCCATTTTCAATCGGCACCAATTGACTATGACTCGCTTCA
TTCAACTAAAACCTGTAGAAGAAGGTCCAGAGAAGCCACCACCTCCAGTGCTTGTTCTCCATGGCCGTTATGGAGGGTGTGTCGGGGACCTTCCCAGCTATGATGCTTTTACACTAGGTGGCCCCTACTCTGTTAGAGGATATAGCATGGGCGAACTGGGGGCATGCAGAAACATTCTGGAGCTTGCAGGAGAGATACGG
TTGCCTGTAAAAAATACCCATACATATGCATTTGTTGAATATGGAACAGACTTGGGTAGTTCAAAAGATGTGAAAGGAAATCCAACAGAGTTCTTTCGCCGAGTTGGTCATGGTGCTTCTTATGGTCTTGGTGTCAAATTAGGTTTAATGAGAGCAGAGTATGCAGTAGACCATAATGCAGGAACTGGTTCAGTATTGGT
TCGGTTTGGGGAAAGATTCTAAGAGTTAGCATGCATCTTTGGCATTGAGATCATGGCGTTTATGGAATCTCTGCAGCAGGGCATAGACTGCTCTCTCAATTTCCACTTTTTGATCAGATATTGCATCTGGACATAGATCATGGCCATTTCATTCCTTACGAGGAACAAAACTTGGTCAGAGTTTCCTTATATTGTCTTTC
TTTTCTCCTTTGCAGAGGTATTGCGTGAGTCAAACGTTGATAATCTCTTTCACTTCCATATTAGTAGTAGTCAGAAATCTATTTCGTAATGTTCTGAGGTCTGAATGGAAATTTTCCACGTGAATATTTCCAGACTCGAGCTGATTGACTTGATGTCTTCCGAGGATCCAGTGATAGAGGTATTTGCTTGAAGGAAAAAG
CCTAGAATCTTGTGCAGTTAGATAGATAGTTTGCACCTTGTTGAGTTTTTATCCTTTTGGAATAGTTAACTCCAAATATTCATGATTGATGACTAATAAAGGTCTTCTGTAGTTTGATACATTTACTACAACGCCATGCAAATAATATGATAAAACATCTAATTAAAAAACGCCAGTGTGCTTGGGTCACAAATTTGAGG
CTGACGGTTCACTTCGAACCTCCCATTGACATGTAGTTTTGTTGGGTCCAATTTGGCTAACTTGTGCCTAAATAAGAATTGCAACTTTCATTGTAATTTTATTGATTCAATTCGAAGCTTGATTTTCGATCTGTTTTTGGCATGACATGATGTCTTCCATAGTCCCGAACCCATTATTGCCCATAGTTATGTTTTATATC
GGAGGACATAAATGGATGTCTTGTTTTGATCACGAGAGATATTTTCTTTTCTTGTGAGCAGGAGACATACAGAAGGTTGTCACCATCATCACCTTGCATCTCTTCACGG

Intron 4 GTAGCTAGAT ... GATATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A4	27.84	350	24.5	135
A5	26	185	14	65
A6	23.84	901	76	282
A7	23.06	1558	107	467
A8	24.51	1759	117	571
A9	22.39	1369	103	395
A10	22.92	1120	80	333

>TRINITY_DN45013_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

TTAGAGGCTTCTTTATGTATAAAAAATCTATTCTCTTCCGTCGCATGGCATTTCAAATAATTTCTTTTCATTTGAGAAAGGCATAGGGTTAGAAGTGATATGAGGTACTCATTGCGGAGAAGCCACAAAAGCATGTTGGGCAAGCATTCGTAGTGCAAGTTTCTTCACTTGCACTAAATCATTTCGACATCGAATCTGAC
TGCAAACCCCAAGACACAGAGATGTCCTCTGCTTCATTGCAATGCAGCATACAGCTGTCAAATACAGGCCTGCCTCCTGCTATTCTTTTCAATCAGCCAAGGTGCAACAGGACTGTGTCTACGAGAGCCACTATTCGAGCGGTTTCTTCATCCAGTCATAATTCTGTTGATTCTGGCCATGGAAATGATGGGTTTGAATC
TATCAGATGGGACAGTAAAAATTCCAGACATATTGGAGCATCTTTAGGTGTGGGCATTGCTGCAAGTATTGTTTTTCAACTAGCAAGTCCTCCTGGAGGTGGGAATGCAGGAGGGTGGATGGGTGGCTGGGGAGGCGGTGGTGACGGTGGCGGCAATTTTTGGTCAAGAATCGGCGCAGCATTAGCTGATGCCAAGAAAG
AGGATGAGTCAGAGGCTTTCGATTCACATGGTTTGCCAGCAGGCCTTGCTGTTCAACTCAACAGGTTGAGTGCTTACAAAAAATACAAGCTATCAGGTGTTGTGCTTTTCGATGGCAGAACACAGAAGTCTGTAGGCTCCAATGATCCTTTTTACGAGTTGCTTACTTTGAAACCTGGTGCAGTATACACAAAAGCACAT
TTGCAGGCAGAGATGGATAATCTTACCAGCTCTGGTATGTTCGAAAAAGTGGATATGGAGGCAATCACCCAGCCAGATGGAACTATCAAGTTGAAGTTCTCATTTCTTGAGAGTCAGTGGCAATCTTCAGATTCGTTTCGTTGTATTAATGTGGGTCTGCTTGTTCAGCCTAAACCCAGGGAGGTGGACTTTAATAGTAT
GTCTGATTCACAGAAGGAAAGGTTTATTCGAGAGCAAGAGCAGGAGTACAGGCGCCGTATTCGAGACTCTAGGTCCTGCATTCTTCCAAAGAGCGTGGAGAGGGAGATTCAGCGGTGGTTAAGTGTTGAAGGAAGAGTAACTGCAAGACTGCTTCAAAGAATCAGAGATCGAGTTCAAAAGTGGTATCATGATCAAGGAT
ATGCATGTGCCCAAGTTGTGAATTTTGGTAATCTGAATTCGAGGGAGATAGTATGTGAAGTGGTTGAAGGTGATATCACAAAAGTGGATGTTCAGTTTCAAGATAAAATGGGGAACACTTGTGAAGGGAATACCCGAGACATTATAATCAGAAGAGAACTCCCCAGACAGTTACGACGAGGCCACATTTTCAATATAGAA
GCAGGTAAACAAGCTCTCAGAAATGTGAACTCCCTTGCATTGTTTTCCAACATAGAGGTCAATCCTCGACCTGATGAAAGGAGTGAAGGAGGAATAATTGTGGAGGTGAAGCTTAAAGAACTTGAACAGAAGACGGCTGAAGTAAATACTGAATGGAGCATTGTCCCTGGAAGTGGAGGGCGGCCTAGTCTGGCTTCAAT
TCAGCCTGGTGGAAGTGTTACTTTTGAGCATCGGAATTTGAAGGGGTTAAATAGGTCTATTCTCGGTGCTGTGACATCAAACAACCTTTTCAATCCTCAGGATGACTTGGGTTTCAAAATGGAATATGTTCACCCTTATGTGGATGGTGTTCGGGATTCTAGGAATCGTACTTTCCGTGCAAGCTGTTTTAACAGTCGGA
AATTGAGCCCTGTATTTACTGGTGGGCCAGGGCTTGAAGAGGTTCCTGCAGTGTGGGTTGATCGAGCGGGCTTCAAAGCAAATGTCACAGAGAATCTTACCCGGCAAAGTAAATTCACATATGGAATGGTCATGGAAGAAATCACAACACGTGATGAAACCAGTACTGTATGCACCAATGGAGCACGAGCTTTGCCAAGT
GGGGCACTGAGTATGGATGGACCTCCTACAACATTGAGTGGTACTGGTATTGATCATATGGCTTTTCTGCAAACAAACATTACACGGGACAACACAAAATTTATTAATGGAACTCCTATTGGTGACAGGGATGTTTTTCAGCTGGACCAAGGTTCAGGGATTGGTAGCAAGTTCCCCATTTTCAATCGGCACCAATTGAC
TATGACTCGCTTCATTCAACTAAAACCTGTAGAAGAAGGTCCAGAGAAGCCACCACCTCCAGTGCTTGTTCTCCATGGCCGTTATGGAGGGTGTGTCGGGGACCTTCCCAGCTATGATGCTTTTACACTAGGTGGCCCCTACTCTGTTAGAGGATATAGCATGGGCGAACTGGGGGCATGCAGAAACATTCTGGAGCTTG
CAGGAGAGATACGGTTGCCTGTAAAAAATACCCATACATATGCATTTGTTGAATATGGAACAGACTTGGGTAGTTCAAAAGATGTGAAAGGAAATCCAACAGAGTTCTTTCGCCGAGTTGGTCATGGTGCTTCTTATGGTCTTGGTGTCAAATTAGGTTTAATGAGAGCAGAGTATGCAGTAGACCATAATGCAGGAACT
GGTTCAGTATTGGTTCGGTTTGGGGAAAGATTCTAAGAGTTAGCATGCATCTTTGGCATTGAGATCATGGCGTTTATGGAATCTCTGCAGCAGGGCATAGACTGCTCTCTCAATTTCCACTTTTTGATCAGATATTGCATCTGGACATAGATCATGGCCATTTCATTCCTTACGAGGAACAAAACTTGGTCAGAGTTTCC
TTATATTGTCTTTCTTTTCTCCTTTGCAGAGGTATTGCGTGATTCAAAGTTGATAATCTCTTTCACCTCCATATTAGTGGTAGTCAGAAATCTATTTCGTAATGTTCTGAGGTCTGAATGGAAATTTTCCACGTGAATATTTCCAGACTCGAGCTGATTGACTTGATGTCTTCCGAGGATCCAGTGATAGAGGTATTTGC
TTCAAGGAAAAAACCTAGAATCTTGTGCAGTTAGATAGATAGTTTGCACCTTGTTGAGTTTTTATCCTTTTGGAATAGTTAACTCCAAATATTCATGATTGATGACTAATAAAGGTCTTCTGTAGTTTGATACATTTACTACAACGCCATGCAAATAATATGATAAAACATCTCTAATTAAAAAACGCCAGTGTGCTTGG
GTCACAAATTTGAGGCTGACGGTTCACTTCGAACCACCCATTGACATGTAGTTTTGTTGGGTCCAATTTGGCTAACTTGTGCCTAAATAAGAATTGCAACTTTCATTGTAATTTTATTGATTCAATTCGAAGCTTGATTTTCGATCTGTTTTTGGCATGACATGATGTCTTCCATAGTCCCGAACCCATTATTGCCCATA
GTTATGTTTTATATCGGTGGACATAAATGGATGTCTTGTTTTGACCACGAGAGATATTTTCTTTTCTTGTGAGCAGGAGACATACAGAAGGTTGTCACCATCATCACCTTGCATCTCTTCACAATGTTGATTTTCTGGTTTAACCTATGAAGTTCCAGGTTTTGAACATAAGATATGTTTGTTGGGTGAATATGATTATG
TCTTATGAACCTTTGATCATTCAGAGATCCCTTGCAGGATGAACCTGCGAAACTCTTAGAATTTAGTACATGAATGTAAACTTCATAATATAAGAGCCAATGGAATTGTCTGTCCCCATACGAGTTTATGATAATCAGATCGTAAATGTTCTCTTTGCATGACACTGGGTGGTGCTAAAATCAATCCAATGATTCATATC
ATAGCTTTAGATTCAAAGTTGGATAGAATTCCAA

>TRINITY_DN45013_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGCATGCAGAAACATTCTGGAGgtagctagattttaatttggatttatcttgttttaattgtcaaataaaacagacttcagaaaataaagttccattaaggaagcctcttaccctttttgcttgatatttcagCTTGCAGGAGAGATACGGTTGCCTGTAAAAAATACCCATACATATGCATTTGTTGAATATGGAACA
GACTTGGGTAGTTCAAAAGATGTGAAAGGAAATCCAACAGAGTTCTTTCGCCGAGTTGGTCATGGTGCTTCTTATGGTCTTGGTGTCAAATTAGGTTTAATGAGAGCAGAGTATGCAGTAGACCATAATGCAGGAACTGGTTCAGTATTGGTTCGGTTTGGGGAAAGATTCTAAGAGTTAGCATGCATCTTTGGCATTGA
GATCATGGCGTTTATGGAATCTCTGCAGCAGGGCATAGACTGCTCTCTCAATTTCCACTTTTTGATCAGATATTGCATCTGGACATAGATCATGGCCATTTCATTCCTTACGAGGAACAAAACTTGGTCAGAGTTTCCTTATATTGTCTTTCTTTTCTCCTTTGCAGAGGTATTGCGTGATTCAAAGTTGATAATCTCTT
TCACCTCCATATTAGTGGTAGTCAGAAATCTATTTCGTAATGTTCTGAGGTCTGAATGGAAATTTTCCACGTGAATATTTCCAGACTCGAGCTGATTGACTTGATGTCTTCCGAGGATCCAGTGATAGAGGTATTTGCTTCAAGGAAAAAACCTAGAATCTTGTGCAGTTAGATAGATAGTTTGCACCTTGTTGAGTTTT
TATCCTTTTGGAATAGTTAACTCCAAATATTCATGATTGATGACTAATAAAGGTCTTCTGTAGTTTGATACATTTACTACAACGCCATGCAAATAATATGATAAAACATCTCTAATTAAAAAACGCCAGTGTGCTTGGGTCACAAATTTGAGGCTGACGGTTCACTTCGAACCACCCATTGACATGTAGTTTTGTTGGGT
CCAATTTGGCTAACTTGTGCCTAAATAAGAATTGCAACTTTCATTGTAATTTTATTGATTCAATTCGAAGCTTGATTTTCGATCTGTTTTTGGCATGACATGATGTCTTCCATAGTCCCGAACCCATTATTGCCCATAGTTATGTTTTATATCGGTGGACATAAATGGATGTCTTGTTTTGACCACGAGAGATATTTTCT
TTTCTTGTGAGCAGGAGACATACAGAAGGTTGTCACCATCATCACCTTGCATCTCTTCACAATGTTGATTTTCTGGTTTAACCTATGAAGTTCCAGGTTTTGAACATAAGATATGTTTGTTGGGTGAATATGATTATGTCTTATGAACCTTTGATCATTCAGAGATCCCTTGCAGGATGAACCTGCGAAACTCTTAGAAT
TTAGTACATGAATGTAAACTTCATAATATAAGAGCCAATGGAATTGTCTGTCCCCATACGAGTTTATGATAATCAGATCGTAAATGTTCTCTTTGCATGACACTGGGTGGTGCTAAAATCAATCCAATGATTCATATCATAGCTTTAGATTCAAAGTTGGATAGAATTCCAA