sp|Q9ZT42|RHF2A_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase RHF2A

Intron 1 GTGAATTGCT ... TTTTTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.11	17	7.8	5.5
A2	19.07	23	5.9	5.5
A3	9.82	70.5	10	8
A4	16.43	27	3.9	5.5
A5	13.67	28	6.9	4.5
A6	3.49	40	6.3	1.5
A7	8.23	66	12	6.5
A8	6.95	31	3.9	2.5
A9	6.14	50	6.9	3.5
A10	6.87	44	11	3.5

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGGTGATAGTACAATTCTTTTTTTTT
TTTCAAAATCTGTTCCTGTTTTTGTTGTTTTCTTTGAGAAATTTTGGGGTTATTGTAAATTCTGTATTGTGGGCTATAGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTGTAAGTTTGTTTGTTTGTTTTAGCTTTTGCTTTCCCTGTCAAATTTTGCCTTTTGGTG
GGTGGTTCGAACCTGCTTCAATACCTCTTTTTTTGCATTGCAGAGCATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAG
TTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGA
CTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGC
AATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGG
AAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTC
AAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTC
TGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACA
GTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCC
ATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCA
ACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGA
AATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATG
ATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCC

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGGTGATAGTACAATTCTTTTTTTTT
TTTCAAAATCTGTTCCTGTTTTTGTTGTTTTCTTTGAGAAATTTTGGGGTTATTGTAAATTCTGTATTGTGGGCTATAGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTGTAAGTTTGTTTGTTTGTTTTAGCTTTTGCTTTCCCTGTCAAATTTTGCCTTTTGGTG
GGTGGTTCGAACCTGCTTCAATACCTCTTTTTTTGCATTGCAGAGCATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAG
TTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTAGTATTTTTGTTTTCCTATTCATGCGGTTTATGACTGATTGATTCCATTGTTTACAGTTGATTTTGGGTTTCAGATGTGTCT
GATGGGTTCTTAGCCATTGGATTTGGTTCAATCAAGGGCGGAGATAGGTATTTTGGTTGGTGAATTTTGTTCCTACCTGCATGGGTTTTGGTTACCATAACTGACTTTAGATCTGGTGGGTTGTTTCAGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGgtgaattgcttcatgatatttgtt
tcggtcattgagaccatctatatgtaaattgctgttgatgtgacgacaattccaggaggtctgcatggtttaatatatgctaaaagtttggcctttttttatcagGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGA
GGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGT
CAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGC
AAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAA
GAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAA
GGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAA
ATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCC
TTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAA
TTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTC
ACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATC
TCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCC

Intron 2 GTAAGTTTGT ... TGCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.81	6.6	36	22
A2	61.15	13.2	20	19
A3	76.55	9.3	26	31
A4	74.24	7.9	24	20
A5	75.94	5.1	15	15
A6	87.98	2.6	18	19
A7	65.09	17.5	26	35
A8	71.77	4.7	9	13
A9	75.94	5.9	10	25
A10	58.32	12.8	10	22

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTC
GTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTAGCATACTTTGATTAGTGGGC

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGGTGATAGTACAATTCTTTTTTTTT
TTTCAAAATCTGTTCCTGTTTTTGTTGTTTTCTTTGAGAAATTTTGGGGTTATTGTAAATTCTGTATTGTGGGCTATAGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTgtaagtttgtttgtttgttttagcttttgctttccctgtcaaattttgccttttggtg
ggtggttcgaacctgcttcaatacctctttttttgcattgcagAGCATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAG
TTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTAGTATTTTTGTTTTCCTATTCATGCGGTTTATGACTGATTGATTCCATTGTTTACAGTTGATTTTGGGTTTCAGATGTGTCT
GATGGGTTCTTAGCCATTGGATTTGGTTCAATCAAGGGCGGAGATAGGTATTTTGGTTGGTGAATTTTGTTCCTACCTGCATGGGTTTTGGTTACCATAACTGACTTTAGATCTGGTGGGTTGTTTCAGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTGAATTGCTTCATGATATTTGTT
TCGGTCATTGAGACCATCTATATGTAAATTGCTGTTGATGTGACGACAATTCCAGGAGGTCTGCATGGTTTAATATATGCTAAAAGTTTGGCCTTTTTTTATCAGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGA
GGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGT
CAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGC
AAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAA
GAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAA
GGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAA
ATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCC
TTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAA
TTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTC
ACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATC
TCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCC

Intron 3 GTGTTGAAAA ... ATTTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.25	21	34	20
A2	58.88	22	43	20
A3	58.78	27	48	29
A4	60.49	16	24	25
A5	63.64	6	12	9
A6	51.92	25	31	23
A7	64.44	16	21	37
A8	68	4	5	12
A9	67.31	17	38	32
A10	54.69	29	34	36

>TRINITY_DN39659_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

TTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCA
GAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAGTTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTC
ACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGA
AATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCA
ACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCG
AGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGT
TCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTT
CAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGC
AATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAAC
GAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTG
CACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTAAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCAT
TAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCA
TCCCTGCTTGAGAAAATTTGTGGCTTGGATTAGTGCAGAGTTTTAAGTGTGTGTTCAGTAAATGAATTCGGAAATTCCCTGTTAGTCAGAATTTGGCTTATGAAAGCAACAATTTAGAGTATTTGCATGAG

>TRINITY_DN39659_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGgtgttgaaaaatttgttgaactgggtt
ccaattttatttatttacaagtcaagtgggaacaggttaatgtgatcgaaagagcttgaagccaccattgcctttttgtggtcatgcatgtagattgtcctgatttccattgcataaatccttctcctctgttggtttgtccatcttctattggtatatctggtgatagtacaattcttttttttttttcaaaatctgtt
cctgtttttgttgttttctttgagaaattttggggttattgtaaattctgtattgtgggctataggatgagatgctggctgaattgctttagagattcgtttattttgtatggtgctttgaccaaactgtaagtttgtttgtttgttttagcttttgctttccctgtcaaattttgccttttggtgggtggttcgaacct
gcttcaatacctctttttttgcattgcagagcatactttgattagtgggtatagaaggattgaccttgattttgtcagGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAGTTACAGAGACCCAC
TTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAA
GGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGC
ATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACAT
CAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAA
TGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATA
TGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCT
GGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTT
AACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTG
GCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATA
ATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTAAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTT
GCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCCCTGCTTGAGAAAATTTGTGGCTTGGATTAGTGCAGAGTTTTAAGTGTGTGTTCAGTAAATGAATTCGGAAATTCCCTGTTAGTCAGAATTTG
GCTTATGAAAGCAACAATTTAGAGTATTTGCATGAG

Intron 4 GTAGTATTTT ... GTTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.68	35	24	5
A2	39.13	42	27	0
A3	27.97	85	33	1
A4	37.1	39	23	0
A5	39.44	43	28	3
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A7	32.35	92	44	3
A8	17.95	32	7	0
A9	27	73	27	0
A10	31.78	73	34	1

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGGTGATAGTACAATTCTTTTTTTTT
TTTCAAAATCTGTTCCTGTTTTTGTTGTTTTCTTTGAGAAATTTTGGGGTTATTGTAAATTCTGTATTGTGGGCTATAGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTGTAAGTTTGTTTGTTTGTTTTAGCTTTTGCTTTCCCTGTCAAATTTTGCCTTTTGGTG
GGTGGTTCGAACCTGCTTCAATACCTCTTTTTTTGCATTGCAGAGCATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAG
TTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGA
CTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGC
AATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGG
AAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTC
AAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTC
TGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACA
GTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCC
ATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCA
ACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGA
AATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATG
ATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCC

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGGTGATAGTACAATTCTTTTTTTTT
TTTCAAAATCTGTTCCTGTTTTTGTTGTTTTCTTTGAGAAATTTTGGGGTTATTGTAAATTCTGTATTGTGGGCTATAGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTGTAAGTTTGTTTGTTTGTTTTAGCTTTTGCTTTCCCTGTCAAATTTTGCCTTTTGGTG
GGTGGTTCGAACCTGCTTCAATACCTCTTTTTTTGCATTGCAGAGCATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAG
TTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGgtagtatttttgttttcctattcatgcggtttatgactgattgattccattgtttacagttgattttgggtttcagatgtgtct
gatgggttcttagccattggatttggttcaatcaagggcggagataggtattttggttggtgaattttgttcctacctgcatgggttttggttaccataactgactttagatctggtgggttgtttcagGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTGAATTGCTTCATGATATTTGTT
TCGGTCATTGAGACCATCTATATGTAAATTGCTGTTGATGTGACGACAATTCCAGGAGGTCTGCATGGTTTAATATATGCTAAAAGTTTGGCCTTTTTTTATCAGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGA
GGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGT
CAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGC
AAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAA
GAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAA
GGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAA
ATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCC
TTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAA
TTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTC
ACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATC
TCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCC

Intron 5 GTAAGTTTGT ... ATTTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.68	9	36	20
A2	74.07	7	20	20
A3	79.71	7	26	29
A4	69.01	11	24	25
A5	92.31	1	15	9
A6	63.08	12	18	23
A7	69.23	14	26	37
A8	77.78	3	9	12
A9	84	4	10	32
A10	65.71	12	10	36

>TRINITY_DN40431_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CTCATTAGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGA
AAAATTTGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAG
AGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAGTTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGAC
CCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGA
GAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTG
GTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGA
GCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTAC
AAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTG
AAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGG
AAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGT
CCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAA
AATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTAT
TCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCA
TCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCCCTGCTTGAGAAAATTTGTGGCTTGGATTAGTGCAGAGTTTTAAGTGTGTGTTCAGTAAATGAATTCGGAAATTCCCTGTTAGTCAGAATTTGGCTTATGAAAGCAACAATTTAGAGTATTTGCATGAGCA

>TRINITY_DN40431_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTCATTAGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGA
AAAATTTGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGGTGATAGTACAATTCTTT
TTTTTTTTTCAAAATCTGTTCCTGTTTTTGTTGTTTTCTTTGAGAAATTTTGGGGTTATTGTAAATTCTGTATTGTGGGCTATAGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTgtaagtttgtttgtttgttttagcttttgctttccctgtcaaattttgcctt
ttggtgggtggttcgaacctgcttcaatacctctttttttgcattgcagagcatactttgattagtgggtatagaaggattgaccttgattttgtcagGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACA
GCAAAGTTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTAGTATTTTTGTTTTCCTATTCATGCGGTTTATGACTGATTGATTCCATTGTTTACAGTTGATTTTGGGTTTCAGAT
GTGTCTGATGGGTTCTTAGCCATTGGATTTGGTTCAATCAAGGGCGGAGATAGGTATTTTGGTTGGTGAATTTTGTTCCTACCTGCATGGGTTTTGGTTACCATAACTGACTTTAGATCTGGTGGGTTGTTTCAGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTGAATTGCTTCATGATA
TTTGTTTCGGTCATTGAGACCATCTATATGTAAATTGCTGTTGATGTGACGACAATTCCAGGAGGTCTGCATGGTTTAATATATGCTAAAAGTTTGGCCTTTTTTTATCAGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGC
AAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCT
TCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTC
AAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGA
GTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCT
GTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTG
AGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAAT
TAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAG
GAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTG
CTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCT
TCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCCCTGCTTGAGAAAATTTGTGGCTTGGATTAGTGCAGAGTTTTAAGTGTGTGTTCAGTAAATGAATTCGGAAATTCCCTGTTAGTCAGAATTTGGCTTATGAAAGCAACAATTTAGAGTATTTGCATGAGCA

Intron 6 GTTTGTATTC ... GAATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.43	22	7	5
A2	25.58	16	7	4
A3	16	21	8	0
A4	25.01	22.5	14	1
A5	18.18	9	3	1
A6	15.52	24.5	6	3
A7	18.52	22	8	2
A8	15.79	16	4	2
A9	22.68	29	10	7
A10	21.74	18	8	2

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGGTGATAGTACAATTCTTTTTTTTT
TTTCAAAATCTGTTCCTGTTTTTGTTGTTTTCTTTGAGAAATTTTGGGGTTATTGTAAATTCTGTATTGTGGGCTATAGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTGTAAGTTTGTTTGTTTGTTTTAGCTTTTGCTTTCCCTGTCAAATTTTGCCTTTTGGTG
GGTGGTTCGAACCTGCTTCAATACCTCTTTTTTTGCATTGCAGAGCATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAG
TTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTAGTATTTTTGTTTTCCTATTCATGCGGTTTATGACTGATTGATTCCATTGTTTACAGTTGATTTTGGGTTTCAGATGTGTCT
GATGGGTTCTTAGCCATTGGATTTGGTTCAATCAAGGGCGGAGATAGGTATTTTGGTTGGTGAATTTTGTTCCTACCTGCATGGGTTTTGGTTACCATAACTGACTTTAGATCTGGTGGGTTGTTTCAGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTGAATTGCTTCATGATATTTGTT
TCGGTCATTGAGACCATCTATATGTAAATTGCTGTTGATGTGACGACAATTCCAGGAGGTCTGCATGGTTTAATATATGCTAAAAGTTTGGCCTTTTTTTATCAGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGA
GGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGT
CAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGC
AAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAA
GAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAA
GGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAA
ATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCC
TTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAA
TTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTC
ACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATC
TCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCC

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAATTGCTTCATGATATTTGTTTCGGTCATTGAGACCATCTATATGTAAATTGCTGTTGATGTGACGACAATTCCAGGAGGTCTGCATGGTTTAATATATGCTAAAAGTTTGGCCTTTTTTTATCAGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTG
CTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATgtttgtattcctttcctctatctcagactgtgagggatacatcggatttcaaataaagattattctatgttgttctgataacgtgggaattttctttaagg
gctaaccgttgcaatgggaatttgcagGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCC
CATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAAC
CCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTT
GGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTG
TGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATC
AGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCA
ACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTG
TTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTG
GTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGA
TGACAATTCCATCC

Intron 7 GTGTTGAAAA ... ATTTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.35	21	34	16
A2	58.49	22	43	19
A3	56.45	27	48	22
A4	58.97	16	24	22
A5	61.29	6	12	7
A6	48.45	25	31	16
A7	61.9	16	21	31
A8	61.9	4	5	8
A9	62.64	17	38	19
A10	53.6	29	34	33

>TRINITY_DN39659_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

TTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCA
GAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAGTTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTC
ACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGA
AATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCA
ACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCG
AGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGT
TCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTT
CAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGC
AATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAAC
GAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTG
CACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTAAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCAT
TAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCA
TCCCTGCTTGAGAAAATTTGTGGCTTGGATTAGTGCAGAGTTTTAAGTGTGTGTTCAGTAAATGAATTCGGAAATTCCCTGTTAGTCAGAATTTGGCTTATGAAAGCAACAATTTAGAGTATTTGCATGAG

>TRINITY_DN39659_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

TTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGgtgttgaaaaatttgttgaactgggtt
ccaattttatttatttacaagtcaagtgggaacaggttaatgtgatcgaaagagcttgaagccaccattgcctttttgtggtcatgcatgtagattgtcctgatttccattgcataaatccttctcctctgttggtttgtccatcttctattggtatatctggtgatagtacaattcttttttttttttcaaaatctgtt
cctgtttttgttgttttctttgagaaattttggggttattgtaaattctgtattgtgggctataggatgagatgctggctgaattgctttagagattcgtttattttgtatggtgctttgaccaaactagcatactttgattagtgggtatagaaggattgaccttgattttgtcagGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTT
GGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAGTTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCAC
GGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTG
ATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCA
CCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTAC
ACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAG
AAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACA
AGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGT
GTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTA
TAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAAC
TCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTAAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATG
TCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAAT
TCCATCCCTGCTTGAGAAAATTTGTGGCTTGGATTAGTGCAGAGTTTTAAGTGTGTGTTCAGTAAATGAATTCGGAAATTCCCTGTTAGTCAGAATTTGGCTTATGAAAGCAACAATTTAGAGTATTTGCATGAG

Intron 8 GTATATCTGG ... TGGGCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.43	6.5	21	27.5
A2	63.7	13	25	19.7
A3	65.97	11	25	18
A4	68.69	13	36	21
A5	52.23	17	23	14.2
A6	79.43	3.3	17	8.2
A7	80.11	5	15	25.8
A8	75.95	2	8	4.7
A9	82.78	2	15	4.3
A10	57.43	9.8	16	10.3

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTC
GTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTAGCATACTTTGATTAGTGGGC

>TRINITY_DN115990_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAACTTAAGCACATTGGAAAATCCACAGCAATGAGAAGGTAAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATT
TGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGTGGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGgtatatctggtgatagtacaattcttttttttt
tttcaaaatctgttcctgtttttgttgttttctttgagaaattttggggttattgtaaattctgtattgtgggctatagGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTGTAAGTTTGTTTGTTTGTTTTAGCTTTTGCTTTCCCTGTCAAATTTTGCCTTTTGGTG
GGTGGTTCGAACCTGCTTCAATACCTCTTTTTTTGCATTGCAGAGCATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAG
TTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTAGTATTTTTGTTTTCCTATTCATGCGGTTTATGACTGATTGATTCCATTGTTTACAGTTGATTTTGGGTTTCAGATGTGTCT
GATGGGTTCTTAGCCATTGGATTTGGTTCAATCAAGGGCGGAGATAGGTATTTTGGTTGGTGAATTTTGTTCCTACCTGCATGGGTTTTGGTTACCATAACTGACTTTAGATCTGGTGGGTTGTTTCAGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTGAATTGCTTCATGATATTTGTT
TCGGTCATTGAGACCATCTATATGTAAATTGCTGTTGATGTGACGACAATTCCAGGAGGTCTGCATGGTTTAATATATGCTAAAAGTTTGGCCTTTTTTTATCAGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGA
GGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGT
CAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGC
AAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAA
GAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAA
GGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAA
ATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCC
TTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAA
TTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTC
ACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATC
TCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCC

Intron 9 GTGATAGTAC ... TGGGCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	6	20	24
A2	65.25	11	22	19.3
A3	65.34	11	26	16
A4	67.86	13	35	20
A5	50.19	16	19	13.3
A6	85.25	2	16	7.3
A7	76.88	6	17	23.7
A8	73.81	2	7	4.3
A9	75.52	3	15	3.7
A10	60.56	8	15	9.7

>TRINITY_DN106917_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

AAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATTTGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGT
GGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTAG
CATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAGTTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAAGGAG
GTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCA
GTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCA
TAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGA
TGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGG

>TRINITY_DN106917_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAACGAATGGTGGGGAAGACTTGGTCAGGAAAGTGGAAAAATCAGTTGCAAAAAATCATGGAAGTGCAAATTCAAGGGAGGTGCAATGGGTAGACCGACTTTTGGTGGATTGCATGAATATAGCACTCAATGATATCTATATTTAGGTGTTGAAAAATTTGTTGAACTGGGTTCCAATTTTATTTATTTACAAGTCAAGT
GGGAACAGGTTAATGTGATCGAAAGAGCTTGAAGCCACCATTGCCTTTTTGTGGTCATGCATGTAGATTGTCCTGATTTCCATTGCATAAATCCTTCTCCTCTGTTGGTTTGTCCATCTTCTATTGGTATATCTGgtgatagtacaattcttttttttttttcaaaatctgttcctgtttttgttgttttctttgagaaa
ttttggggttattgtaaattctgtattgtgggctatagGATGAGATGCTGGCTGAATTGCTTTAGAGATTCGTTTATTTTGTATGGTGCTTTGACCAAACTGTAAGTTTGTTTGTTTGTTTTAGCTTTTGCTTTCCCTGTCAAATTTTGCCTTTTGGTGGGTGGTTCGAACCTGCTTCAATACCTCTTTTTTTGCATTGC
AGAGCATACTTTGATTAGTGGGTATAGAAGGATTGACCTTGATTTTGTCAGGGATCCGTTTGGGCAATAGGTTTGGCAGAGGCCTTTGCAGAATTTGGCTGTATTTTGGGTCTGTTGTTGTGTGGATTTTAGTATTGGGGATGGAGGAGAACAGCAAAGTTACAGAGACCCACTTGACATCGGCCGCAGCTTTTGTGGAA
GGAGGTGTGCAGGACCCCTGTGATGATGCTTGCAGCATCTGTCTTGAGTCCTTCACTGAAGATGATCCCGCCACGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTGAATTGCTTCATGATATTTGTTTCGGTCATTGAGACCATCTATATGTAAATTGCTGTTGATGTGACGACAATTCCA
GGAGGTCTGCATGGTTTAATATATGCTAAAAGTTTGGCCTTTTTTTATCAGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGGTATGTGTCGAAATTTGTTCTATTTCTTTCTGGTGGTAATGGTAAAATTTGCCGCATCATTCCCAAACCCCCTCTTTTCAGTGTAT
CAGACAAAGGTCTGTTCTATTCCACTCCATGGCGGGCC

Intron 10 GTATTTTGGT ... GTTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.64	4	2	7
A2	50	1	0	1
A3	50	15	0	15
A4	33.33	4	0	2
A5	66.67	1	1	2
A6	50	9	0	9
A7	52.94	8	1	9
A8	50	6	0	6
A9	50	3	0	3
A10	50	6	0	6

>TRINITY_DN37390_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TGGGTTCTTAGCCATTGGATTTGGTTCAATCAAGGGCGGAGATAGGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTATGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATT
AAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTGGCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCAC
AATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGACTGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACT
GGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTTCTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGA
GAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGATATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTT
TTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATATTGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGC
TAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGTTCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGC
GAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATTCTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATG
CTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGAAAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGC
TTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTATACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAA
ATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCCCTGCTTGAGAAAATTTGTGGCTTGGATTAGTGCAGAGTTTTAAGTGTGTGTTCAGTAAATGAATTCGGAAATTCCCTGTTAGTCAGAATTTGGCTTATGAAAGCAACAATTTAGAGTATTTGCATGAGA

>TRINITY_DN37390_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGGGTTCTTAGCCATTGGATTTGGTTCAATCAAGGGCGGAGATAGgtattttggttggtgaattttgttcctacctgcatgggttttggttaccataactgactttagatctggtgggttgtttcagGTCACTAGCTGTAAACATGAGTATCATTTGCAGTGCATACTTGAATGGTCCCAAAGAAGCAAAGAATGTCCTA
TGTGCTTGCGACTCCTCATCTTGAAGGATCCTGCAAGTCAAGAGCTGCTTGCAGCAGTGGAGCAAGAGAGGAGCTTTAGATTAAGCCGGTCACCGAACTCTCCAATGTTTGCTCGAAATTCTGTTGATGAAATTGAATTCCACCATGTTCCGGCCTATACTGATGACTCTGATTTTGAGGAACGAATTATGCAGCATTTG
GCAGCTGCTGCAATGGGCAGAGCGCATCATTTCAGCAGAAGAGAAAATTTAAGGCATAGATCTTCTGGTCAAGGTCATCCACAATATCTTGTGTTTTCTACTCATCCCAATGCACCTCCCATTTCACCCAACAATATCGAAGCTCAAGATGGAAATATTCCAACATTTACTTCACTTGATTCCACGACACCTCCTATGAC
TGTTACAAGGGAAGAACATCCACATCAGGGGCCTTTGCCATCCCCACCAGGACAGATGAATTCAAGAGCAAATAGGAACACTGGTATTGCGGCTCGAGGTTTTGACAACAGGAGTGAACCCTTTACACCGAGGAACAATGCAGGGCAACAGTCTCCTGAAAATCAACAGAGATCAAGGCCTTCGGATTTTCAGTCCTTTT
CTGAGTCATTCAAATCTCGATTTAATGCTGTTTCTACAAGGTACAAGGAATCAATATCAAGGAGTACAAGAGGTATTAAGGAGAAGTTGTTTGCACGTAACAATGCAGTAACTGAACTTGGCAGAGAAGTTCAACGAGAGGTTAGTGCTGGTGTTGCCCGTATGATGGAGCGTCTTGATCCTACGGGTAAAAACAATGAT
ATGACTGCCTCTGCTTCTGATAATATGGAAGGAAGTTCAGCAGGAATGCCAGTTAGACATGCTGTTGAAGGGCGCCAAGTTTTTCCATGTTCAGACAACCACAGTGGATCAAGTTCGTGTGGCACAAGTTCAGGTTTAAGCCCACAGTCTCTTAGAGATAAATCAGATGGCTGCATAATTGAAGCCTCTATAAAGGATAT
TGAAGATAACAGTGGTGGTGAAGCTGGTGTGCACCCTACAACTACCGTTTCGTCCTCTGCCTGAGGGAAATAACATTCAAGCTAATGAAAATGCAGTTTTTAAAAAAAAATCTTAAATCAGAAGGTGTGCAATTATGTACACTTCATCTCAACGAGGGAAGTTAATCTGATAGCTGCAGCTTAGAATTCATCATTGTAGT
TCCACTCATCCATGCATTGTAGTTTAACTCATCCATGTAGGTGGCATGTCCTATGCCCAGAATTAGTCCTTCAGGTGTAAGCGAACCCTTCATTTGCTTTTGTTTACCTTGGTTAGTCAACCTGTATAACGAAGTTGACTGAATGCAGAAACAGGTGGTTTCTGTGGAGTGATTATTATTGGAAACTGTTTTTCCCAATT
CTGTCATTGCAACACAGCTCTAGTGGCAATGTTGAAGTGGTGTAAGAAAATCACAGTGACAAGGAAAAATTGGGAAAACATGCTGGCGGTGTCTGTTATGGTGGAAACTTCTATCACTGTTAAAACTCTGCACGTGTATAGTTGCCAGGATTGCCTTCGTATGTTTCTTGGGGGCAATTTTGTCTTTACAGAAAATAAGA
AAATTCATGGAAATTTGCTAGTATAATTTAAAACTCCACATTGATTGTGGTGTCAAGTAGTTGCTATTCACTGTTGTCTTGCTTTCAGTATTCTTGTTGCTATAGAGGAGAGTGTCTTGGTAGATGTCATTAGATCATTTTCACACTTTTGGTGATATCTTGCTTGGGATTACATAGTAGTTAAAATTTCTTGTTTCTAT
ACTGAATGATGATGATTCCATCCTTGCTCAAGACAAATTGTGAGGTTTGAGTTTCCAGATCCTTCCATCTCTGCTTGAGAAAATTTTGTGGCCTGGCTTAGAGTTTCCAGACTGAATGATGACAATTCCATCCCTGCTTGAGAAAATTTGTGGCTTGGATTAGTGCAGAGTTTTAAGTGTGTGTTCAGTAAATGAATTCG
GAAATTCCCTGTTAGTCAGAATTTGGCTTATGAAAGCAACAATTTAGAGTATTTGCATGAGA