sp|P94063|HAL3B_ARATH ----> Probable phosphopantothenoylcysteine decarboxylase

Intron 1 GTAAATTTAT ... TTTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.42	9	8	10.3
A2	50	3	6.3	3
A3	52.94	8	3.7	9
A4	73.33	4	4.7	11
A5	50	2	2.7	2
A6	47.44	41	2.7	37
A7	48.05	40	11.3	37
A8	51.61	30	13.7	32
A9	46.85	59	10	52
A10	48.68	39	11.3	37

>TRINITY_DN42607_c0_g3_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCGATACCCATCCATTTTGAATCCCCAACCATCTTCGACATTTGAAATTATTTGCCTTTGTTGAATACACATTTGAATACAACGTTTGTTCAGAGACTATATAAACAGATAAATTCAAGAAGGTAAGCCATTTCAAACTCCAGCGGAGTACAAGGCGGGGCACAGAGAGGACAACGCCAACATTCGAAAGCCCAGGCAG
AGAGGCCATCTAGAGAGGGGCACACCACTTGGAGGAAACTCCATTTTTGCTCTCTCCAGAGTTATTTCAACAGGGAGTGAAGGAGGGCACACTTGGAACTTTGGCACTCAAAATCTCAAGAAGAAACTCCATCAAACTCTTCATTTGATCTCTGCGGGGATAGTCTTCACAAATGCAACATTTAGTAACAACCGCCAATT
AAGTTTTGATAATGACACTTATAAATATAAATGCACTGGTTCAAAATCCCATTGAGGCCACGAACTCAGAAACAGGAGGACCTGCAAATGATAACAGAGTGCTGCGTAAGCCACGTATCGTTCTTGCAGCTAGTGGTAGTGTGGCAGCAATAAAATTTGGAATTCTTGCCGACTGTCTGTGTGAGTGGGCAGAAGTGAAA
GCAGTTGCAACAAAATCTGCTTTGCCATTCATTGACCGAAGATCTTTACCAGGAGATGTTAAATTATATACTGATGATGATGAATGGTCTAGTTGGAGAAAGATCGGAGACAACGTTCTGCATATACAACTGAGGCAATGGGCAGATGCGATGGTAATTGCTCCTCTGTCAGCGAATACACTAGCCAAGATTGTAGGCGG
TCTATGTGATAATCTTCTGACTTGTATAGTGCGTGCATGGGACTTTAACAAACCTCTTTATGTTGCTCCTGCTATGAATACATGCATGTGGAATAGCACTTTTACTCAGCGACATTTGCATGCACTCAATGAATTGAGCATCATACCTATCCCACCCGTAACTAAGAAATTGGCATGTGGGGATTATGGAGATGGTGCAA
TGGCAGAGCCTGCCTTGATTGACTCAACTCTCAGGTTTTCCCACAATCTGTCTCACAGTGTTCCCTCTAATCCTTCATGATTGCATAATTCTCTTTTGTATTGCACATGCATGACATTGGTCGAAAACTGCATGTTGCTATTCTGTTGCAAAGATTTTGACAGGGCTTCTAAATGGTATTTAGAAAAACCAGGTATGCGG
GTGATCCAATCTGCATCTTTAAAGGTGTTGGTTTAACATGTCCTTTCATGATTAATATCTAATTGTTCAGGTACCTTTTTTTTTAATATCTTCTCATATGCTCTTAACCTTATTAATTAATGTTTTCATGTCTTATGTTGAGGCACCTAGTTGAACTTTGTGTTCTATTCTTAATCCCAATTGTAAAGAGGGGATATGAA
ACCTCATGATCTCTCAACCATTATTGTTAGTGGTATTGGCTTTATAGTTGCCTTTATTGAAGGCATTTCAAATTTGAGATTCTAATTGATAGTGCTTTTTTACAATGTGTTTGATATTTACTGCTACTTGGAGAATTTCACCATTGATCTTTCGTGTGCTTTTGATCACACAATGAAATTGTAAGAGCGCTAGTATTCTC
TGAATGAGACGACACAATGAACTATTAAACAAACAATAGATGTTTATCATATTTGTATACGACATTTACTATTGAATATTTAGCTTTGAAATTATGGTCTTTGGTGCTCATGAAAGCATGTTTACAGTACTAGGAAAAAATGTAAAACTGGTCGTTGCAAGCTTTTCCTATAGGTCCAATTGGATGTGAGTGCATCTAAA
AATCAC

>TRINITY_DN42607_c0_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCGATACCCATCCATTTTGAATCCCCAACCATCTTCGACATTTGAAATTATTTGCCTTTGTTGAATACACATTTGAATACAACGTTTGTTCAGAGACTATATAAACAGATAAATTCAAGAAGGTAAGCCATTTCAAACTCCAGCGGAGTACAAGGCGGGGCACAGAGAGGACAACGCCAACATTCGAAAGCCCAGGCAG
AGAGGCCATCTAGAGAGGGGCACACCACTTGGAGGAAACTCCATTTTTGCTCTCTCCAGAGTTATTTCAACAGGGAgtaaatttatcttagtgttatttcctccctcatcatttgtctcttgtttttagtcgtttatttctgcacttgttacaatttttgatttttatctctttgtggcagGTGAAGGAGGGCACACTTG
GAACTTTGGCACTCAAAATCTCAAGAAGAAACTCCATCAAACTCTTCATTTGATCTCTGCGGGGATAGTCTTCACAAATGCAACATTTAGTAACAACCGCCAATTAAGTTTTGATAATGACACTTATAAATATAAATGCACTGGTTCAAAATCCCATTGAGGCCACGAACTCAGAAACAGGAGGACCTGCAAATGATAAC
AGAGTGCTGCGTAAGCCACGTATCGTTCTTGCAGCTAGTGGTAGTGTGGCAGCAATAAAATTTGGAATTCTTGCCGACTGTCTGTGTGAGTGGGCAGAAGTGAAAGCAGTTGCAACAAAATCTGCTTTGCCATTCATTGACCGAAGATCTTTACCAGGAGATGTTAAATTATATACTGATGATGATGAATGGTCTAGTTG
GAGAAAGATCGGAGACAACGTTCTGCATATACAACTGAGGCAATGGGCAGATGCGATGGTAATTGCTCCTCTGTCAGCGAATACACTAGCCAAGATTGTAGGCGGTCTATGTGATAATCTTCTGACTTGTATAGTGCGTGCATGGGACTTTAACAAACCTCTTTATGTTGCTCCTGCTATGAATACATGCATGTGGAATA
GCACTTTTACTCAGCGACATTTGCATGCACTCAATGAATTGAGCATCATACCTATCCCACCCGTAACTAAGAAATTGGCATGTGGGGATTATGGAGATGGTGCAATGGCAGAGCCTGCCTTGATTGACTCAACTCTCAGGTTTTCCCACAATCTGTCTCACAGTGTTCCCTCTAATCCTTCATGATTGCATAATTCTCTT
TTGTATTGCACATGCATGACATTGGTCGAAAACTGCATGTTGCTATTCTGTTGCAAAGATTTTGACAGGGCTTCTAAATGGTATTTAGAAAAACCAGGTATGCGGGTGATCCAATCTGCATCTTTAAAGGTGTTGGTTTAACATGTCCTTTCATGATTAATATCTAATTGTTCAGGTACCTTTTTTTTTAATATCTTCTC
ATATGCTCTTAACCTTATTAATTAATGTTTTCATGTCTTATGTTGAGGCACCTAGTTGAACTTTGTGTTCTATTCTTAATCCCAATTGTAAAGAGGGGATATGAAACCTCATGATCTCTCAACCATTATTGTTAGTGGTATTGGCTTTATAGTTGCCTTTATTGAAGGCATTTCAAATTTGAGATTCTAATTGATAGTGC
TTTTTTACAATGTGTTTGATATTTACTGCTACTTGGAGAATTTCACCATTGATCTTTCGTGTGCTTTTGATCACACAATGAAATTGTAAGAGCGCTAGTATTCTCTGAATGAGACGACACAATGAACTATTAAACAAACAATAGATGTTTATCATATTTGTATACGACATTTACTATTGAATATTTAGCTTTGAAATTAT
GGTCTTTGGTGCTCATGAAAGCATGTTTACAGTACTAGGAAAAAATGTAAAACTGGTCGTTGCAAGCTTTTCCTATAGGTCCAATTGGATGTGAGTGCATCTAAAAATCAC

Intron 2 GCAGAGAGGC ... TTTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.14	16	9.8	10
A2	26.32	7	2	3
A3	28.57	15	3	9
A4	39.34	8.5	0	11
A5	33.33	4	2	2
A6	29.97	59	13.5	37
A7	27.78	78	23	37
A8	35.1	49	21	32
A9	30.02	95	29.5	52
A10	29.52	71	22.5	37

>TRINITY_DN42607_c0_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCGATACCCATCCATTTTGAATCCCCAACCATCTTCGACATTTGAAATTATTTGCCTTTGTTGAATACACATTTGAATACAACGTTTGTTCAGAGACTATATAAACAGATAAATTCAAGAAGGTAAGCCATTTCAAACTCCAGCGGAGTACAAGGCGGGGCACAGAGAGGACAACGCCAACATTCGAAAGCCCAGGTGA
AGGAGGGCACACTTGGAACTTTGGCACTCAAAATCTCAAGAAGAAACTCCATCAAACTCTTCATTTGATCTCTGCGGGGATAGTCTTCACAAATGCAACATTTAGTAACAACCGCCAATTAAGTTTTGATAATGACACTTATAAATATAAATGCACTGGTTCAAAATCCCATTGAGGCCACGAACTCAGAAACAGGAGGA
CCTGCAAATGATAACAGAGTGCTGCGTAAGCCACGTATCGTTCTTGCAGCTAGTGGTAGTGTGGCAGCAATAAAATTTGGAATTCTTGCCGACTGTCTGTGTGAGTGGGCAGAAGTGAAAGCAGTTGCAACAAAATCTGCTTTGCCATTCATTGACCGAAGATCTTTACCAGGAGATGTTAAATTATATACTGATGATGA
TGAATGGTCTAGTTGGAGAAAGATCGGAGACAACGTTCTGCATATACAACTGAGGCAATGGGCAGATGCGATGGTAATTGCTCCTCTGTCAGCGAATACACTAGCCAAGATTGTAGGCGGTCTATGTGATAATCTTCTGACTTGTATAGTGCGTGCATGGGACTTTAACAAACCTCTTTATGTTGCTCCTGCTATGAATA
CATGCATGTGGAATAGCACTTTTACTCAGCGACATTTGCATGCACTCAATGAATTGAGCATCATACCTATCCCACCCGTAACTAAGAAATTGGCATGTGGGGATTATGGAGATGGTGCAATGGCAGAGCCTGCCTTGATTGACTCAACTCTCAGGTTTTCCCACAATCTGTCTCACAGTGTTCCCTCTAATCCTTCATGA
TTGCATAATTCTCTTTTGTATTGCACATGCATGACATTGGTCGAAAACTGCATGTTGCTATTCTGTTGCAAAGATTTTGACAGGGCTTCTAAATGGTATTTAGAAAAACCAGGTATGCGGGTGATCCAATCTGCATCTTTAAAGGTGTTGGTTTAACATGTCCTTTCATGATTAATATCTAATTGTTCAGGTACCTTTTT
TTTTAATATCTTCTCATATGCTCTTAACCTTATTAATTAATGTTTTCATGTCTTATGTTGAGGCACCTAGTTGAACTTTGTGTTCTATTCTTAATCCCAATTGTAAAGAGGGGATATGAAACCTCATGATCTCTCAACCATTATTGTTAGTGGTATTGGCTTTATAGTTGCCTTTATTGAAGGCATTTCAAATTTGAGAT
TCTAATTGATAGTGCTTTTTTACAATGTGTTTGATATTTACTGCTACTTGGAGAATTTCACCATTGATCTTTCGTGTGCTTTTGATCACACAATGAAATTGTAAGAGCGCTAGTATTCTCTGAATGAGACGACACAATGAACTATTAAACAAACAATAGATGTTTATCATATTTGTATACGACATTTACTATTGAATATT
TAGCTTTGAAATTATGGTCTTTGGTGCTCATGAAAGCATGTTTACAGTACTAGGAAAAAATGTAAAACTGGTCGTTGCAAGCTTTTCCTATAGGTCCAATTGGATGTGAGTGCATCTAAAAATCAC

>TRINITY_DN42607_c0_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCGATACCCATCCATTTTGAATCCCCAACCATCTTCGACATTTGAAATTATTTGCCTTTGTTGAATACACATTTGAATACAACGTTTGTTCAGAGACTATATAAACAGATAAATTCAAGAAGGTAAGCCATTTCAAACTCCAGCGGAGTACAAGGCGGGGCACAGAGAGGACAACGCCAACATTCGAAAGCCCAGgcag
agaggccatctagagaggggcacaccacttggaggaaactccatttttgctctctccagagttatttcaacagggagtaaatttatcttagtgttatttcctccctcatcatttgtctcttgtttttagtcgtttatttctgcacttgttacaatttttgatttttatctctttgtggcagGTGAAGGAGGGCACACTTG
GAACTTTGGCACTCAAAATCTCAAGAAGAAACTCCATCAAACTCTTCATTTGATCTCTGCGGGGATAGTCTTCACAAATGCAACATTTAGTAACAACCGCCAATTAAGTTTTGATAATGACACTTATAAATATAAATGCACTGGTTCAAAATCCCATTGAGGCCACGAACTCAGAAACAGGAGGACCTGCAAATGATAAC
AGAGTGCTGCGTAAGCCACGTATCGTTCTTGCAGCTAGTGGTAGTGTGGCAGCAATAAAATTTGGAATTCTTGCCGACTGTCTGTGTGAGTGGGCAGAAGTGAAAGCAGTTGCAACAAAATCTGCTTTGCCATTCATTGACCGAAGATCTTTACCAGGAGATGTTAAATTATATACTGATGATGATGAATGGTCTAGTTG
GAGAAAGATCGGAGACAACGTTCTGCATATACAACTGAGGCAATGGGCAGATGCGATGGTAATTGCTCCTCTGTCAGCGAATACACTAGCCAAGATTGTAGGCGGTCTATGTGATAATCTTCTGACTTGTATAGTGCGTGCATGGGACTTTAACAAACCTCTTTATGTTGCTCCTGCTATGAATACATGCATGTGGAATA
GCACTTTTACTCAGCGACATTTGCATGCACTCAATGAATTGAGCATCATACCTATCCCACCCGTAACTAAGAAATTGGCATGTGGGGATTATGGAGATGGTGCAATGGCAGAGCCTGCCTTGATTGACTCAACTCTCAGGTTTTCCCACAATCTGTCTCACAGTGTTCCCTCTAATCCTTCATGATTGCATAATTCTCTT
TTGTATTGCACATGCATGACATTGGTCGAAAACTGCATGTTGCTATTCTGTTGCAAAGATTTTGACAGGGCTTCTAAATGGTATTTAGAAAAACCAGGTATGCGGGTGATCCAATCTGCATCTTTAAAGGTGTTGGTTTAACATGTCCTTTCATGATTAATATCTAATTGTTCAGGTACCTTTTTTTTTAATATCTTCTC
ATATGCTCTTAACCTTATTAATTAATGTTTTCATGTCTTATGTTGAGGCACCTAGTTGAACTTTGTGTTCTATTCTTAATCCCAATTGTAAAGAGGGGATATGAAACCTCATGATCTCTCAACCATTATTGTTAGTGGTATTGGCTTTATAGTTGCCTTTATTGAAGGCATTTCAAATTTGAGATTCTAATTGATAGTGC
TTTTTTACAATGTGTTTGATATTTACTGCTACTTGGAGAATTTCACCATTGATCTTTCGTGTGCTTTTGATCACACAATGAAATTGTAAGAGCGCTAGTATTCTCTGAATGAGACGACACAATGAACTATTAAACAAACAATAGATGTTTATCATATTTGTATACGACATTTACTATTGAATATTTAGCTTTGAAATTAT
GGTCTTTGGTGCTCATGAAAGCATGTTTACAGTACTAGGAAAAAATGTAAAACTGGTCGTTGCAAGCTTTTCCTATAGGTCCAATTGGATGTGAGTGCATCTAAAAATCAC