NA ----> NA

Intron 1 GTGACCGTTA ... TCAATAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.48	17	35	52
A2	78.2	19.7	41	70
A3	68.99	37.3	27	83
A4	77.36	19.7	34	67
A5	71.1	24	34	59
A6	81.13	105.7	64	449
A7	76.62	67.7	64	221
A8	81.01	36	35	152
A9	78.86	90	71	334.7
A10	79.19	49.3	56	186

>TRINITY_DN111927_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CGATCCAACTTTGAACTTCACATTTTGTTTTATAGGGCGGCCGTTTTGGTTTATTGTCAAGATGTGACCACAAAGAATATATATATATATATCCAATGTATATACATCAGTAGGACCAAAAGACGAAAGTCTGTTTTCCATCATAGCATCCACTTTCATCCGATAAGGTGAACGGAAATTTCCCGCTGAGGCCACGCTTG
TACTGTGTGTCAAGCCGAGGAGAATAATAGCCGTTGGATCACACTTTCAAACGTTATTATAATGAAGTGGCACTCCATTAGTGGATGACCGTTACGTTACCATCGTAATAATGGAAGAAGAGATTTGGTGATCAACACAGCCTCAGAGATGGATTTTTCCTGTGATCATATAAAATCTGAACTTATCCTTTTGTTTCTGC
TTATCGCCGGAACTGGTCTGGTACAAGCTATTCAGCCTTCAGGTAATTTTTTTCACGCATATATAGGGTTGAGCTGCATCTGAGAATAATTAATCTATCTTGATTTATCATTTCGGGTACTATATTTAATGTATTCTGAGGTTTGTATTTGGCTTTGTTTGATCCTCTGTATGTGTTCACGGAATTCTTGCTGATGCGTT
GAGTTGTTAATTATCTGTTTCAGGGATGTTATCGTCTGATATTCAACCTGTTCATGGTGTGAAAGGGAGATGCGAGTTGAAAGACATAGTGACATCTTTTGCAGAGATTGATGGCAATGTCTGCAGCAGTAGCATCAACAAAGCTGAGAATTTATATCACTATCTGATTATTGTGCAAAACCGGTGTAAATATTGTAATG
CTAATGGTGTAGGCGTTAAGGTTTCTGGCTACTTTCTTGGAAATGAGATTGTGAATTTGACAAGGTCTTTTGCACCAGGGGGAGACCAATATGTTCTCAAGTATACTAATTCCGAACAAGTTGGTGGTGTCAGCCCTTCTAGTTCAGCCTTTTATGAGTGCAGGGACTTATGATCTCTTCTGCTTCTCATCATATTTATG
CTTAGATGATGTCCAAGAATAAAGAGGGTTTATATATAGAATAGAGTACATAGGACATGGTTTTAGTTTTCTGCCTTAGTTTGACTGGTTTACTGTTCTCAGTTTCTTCCTATAGTTTTTAGAGCTCATGTTTTGAATTAAAATTCTTGAAGGCTCACAACTACAAAGAGAAATGCACCCTGGCGTTTTAATCCTGCTTT
GTAATGTGAACTTTTGGCATTTTAATCCTGCTTTGTAATGTGAACTTTTGGCAT

>TRINITY_DN111927_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGATCCAACTTTGAACTTCACATTTTGTTTTATAGGGCGGCCGTTTTGGTTTATTGTCAAGATGTGACCACAAAGAATATATATATATATATCCAATGTATATACATCAGTAGGACCAAAAGACGAAAGTCTGTTTTCCATCATAGCATCCACTTTCATCCGATAAGGTGAACGGAAATTTCCCGCTGAGGCCACGCTTG
TACTGTGTGTCAAGCCGAGGAGAATAATAGCCGTTGGATCACACTTTCAAACGTTATTATAATGAAGTGGCACTCCATTAGTGGATGACCGTTACGTTACCATCGTAATAATGGAAGgtgaccgttaccatcgtaataatagaaagaacgattaaatattagagatatgcgtgtagagtatatcgtttgatgaactgttt
ccatacttatctgtttacttcctaacaattaactatatatattagctaaaacaggaagatatggtcaagcttagcagtttacaggtttgcttataaaaataagacaaatatgacaattttatgtacgaatcaatttgatagctgaatgttttttttcactctatctcaataaaagAAGAGATTTGGTGATCAACACAGCC
TCAGAGATGGATTTTTCCTGTGATCATATAAAATCTGAACTTATCCTTTTGTTTCTGCTTATCGCCGGAACTGGTCTGGTACAAGCTATTCAGCCTTCAGGTAATTTTTTTCACGCATATATAGGGTTGAGCTGCATCTGAGAATAATTAATCTATCTTGATTTATCATTTCGGGTACTATATTTAATGTATTCTGAGGT
TTGTATTTGGCTTTGTTTGATCCTCTGTATGTGTTCACGGAATTCTTGCTGATGCGTTGAGTTGTTAATTATCTGTTTCAGGGATGTTATCGTCTGATATTCAACCTGTTCATGGTGTGAAAGGGAGATGCGAGTTGAAAGACATAGTGACATCTTTTGCAGAGATTGATGGCAATGTCTGCAGCAGTAGCATCAACAAA
GCTGAGAATTTATATCACTATCTGATTATTGTGCAAAACCGGTGTAAATATTGTAATGCTAATGGTGTAGGCGTTAAGGTTTCTGGCTACTTTCTTGGAAATGAGATTGTGAATTTGACAAGGTCTTTTGCACCAGGGGGAGACCAATATGTTCTCAAGTATACTAATTCCGAACAAGTTGGTGGTGTCAGCCCTTCTAG
TTCAGCCTTTTATGAGTGCAGGGACTTATGATCTCTTCTGCTTCTCATCATATTTATGCTTAGATGATGTCCAAGAATAAAGAGGGTTTATATATAGAATAGAGTACATAGGACATGGTTTTAGTTTTCTGCCTTAGTTTGACTGGTTTACTGTTCTCAGTTTCTTCCTATAGTTTTTAGAGCTCATGTTTTGAATTAAA
ATTCTTGAAGGCTCACAACTACAAAGAGAAATGCACCCTGGCGTTTTAATCCTGCTTTGTAATGTGAACTTTTGGCATTTTAATCCTGCTTTGTAATGTGAACTTTTGGCAT

Intron 2 GTAATTTTTT ... TCTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.02	61	53	51
A2	25.9	113	23	56
A3	24.19	94	23	37
A4	26.96	84	20	42
A5	25.53	70	10	38
A6	20.7	655	93	249
A7	27.22	234	45	130
A8	24.58	267	50	124
A9	20.04	407	65	139
A10	30.58	126	31	80

>TRINITY_DN111927_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CGATCCAACTTTGAACTTCACATTTTGTTTTATAGGGCGGCCGTTTTGGTTTATTGTCAAGATGTGACCACAAAGAATATATATATATATATCCAATGTATATACATCAGTAGGACCAAAAGACGAAAGTCTGTTTTCCATCATAGCATCCACTTTCATCCGATAAGGTGAACGGAAATTTCCCGCTGAGGCCACGCTTG
TACTGTGTGTCAAGCCGAGGAGAATAATAGCCGTTGGATCACACTTTCAAACGTTATTATAATGAAGTGGCACTCCATTAGTGGATGACCGTTACGTTACCATCGTAATAATGGAAGGTGACCGTTACCATCGTAATAATAGAAAGAACGATTAAATATTAGAGATATGCGTGTAGAGTATATCGTTTGATGAACTGTTT
CCATACTTATCTGTTTACTTCCTAACAATTAACTATATATATTAGCTAAAACAGGAAGATATGGTCAAGCTTAGCAGTTTACAGGTTTGCTTATAAAAATAAGACAAATATGACAATTTTATGTACGAATCAATTTGATAGCTGAATGTTTTTTTTCACTCTATCTCAATAAAAGAAGAGATTTGGTGATCAACACAGCC
TCAGAGATGGATTTTTCCTGTGATCATATAAAATCTGAACTTATCCTTTTGTTTCTGCTTATCGCCGGAACTGGTCTGGTACAAGCTATTCAGCCTTCAGGGATGTTATCGTCTGATATTCAACCTGTTCATGGTGTGAAAGGGAGATGCGAGTTGAAAGACATAGTGACATCTTTTGCAGAGATTGATGGCAATGTCTG
CAGCAGTAGCATCAACAAAGCTGAGAATTTATATCACTATCTGATTATTGTGCAAAACCGGTGTAAATATTGTAATGCTAATGGTGTAGGCGTTAAGGTTTCTGGCTACTTTCTTGGAAATGAGATTGTGAATTTGACAAGGTCTTTTGCACCAGGGGGAGACCAATATGTTCTCAAGTATACTAATTCCGAACAAGTTG
GTGGTGTCAGCCCTTCTAGTTCAGCCTTTTATGAGTGCAGGGACTTATGATCTCTTCTGCTTCTCATCATATTTATGCTTAGATGATGTCCAAGAATAAAGAGGGTTTATATATAGAATAGAGTACATAGGACATGGTTTTAGTTTTCTGCCTTAGTTTGACTGGTTTACTGTTCTCAGTTTCTTCCTATAGTTTTTAGA
GCTCATGTTTTGAATTAAAATTCTTGAAGGCTCACAACTACAAAGAGAAATGCACCCTGGCGTTTTAATCCTGCTTTGTAATGTGAACTTTTGGCATTTTAATCCTGCTTTGTAATGTGAACTTTTGGCAT

>TRINITY_DN111927_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGATCCAACTTTGAACTTCACATTTTGTTTTATAGGGCGGCCGTTTTGGTTTATTGTCAAGATGTGACCACAAAGAATATATATATATATATCCAATGTATATACATCAGTAGGACCAAAAGACGAAAGTCTGTTTTCCATCATAGCATCCACTTTCATCCGATAAGGTGAACGGAAATTTCCCGCTGAGGCCACGCTTG
TACTGTGTGTCAAGCCGAGGAGAATAATAGCCGTTGGATCACACTTTCAAACGTTATTATAATGAAGTGGCACTCCATTAGTGGATGACCGTTACGTTACCATCGTAATAATGGAAGAAGAGATTTGGTGATCAACACAGCCTCAGAGATGGATTTTTCCTGTGATCATATAAAATCTGAACTTATCCTTTTGTTTCTGC
TTATCGCCGGAACTGGTCTGGTACAAGCTATTCAGCCTTCAGgtaatttttttcacgcatatatagggttgagctgcatctgagaataattaatctatcttgatttatcatttcgggtactatatttaatgtattctgaggtttgtatttggctttgtttgatcctctgtatgtgttcacggaattcttgctgatgcgtt
gagttgttaattatctgtttcagGGATGTTATCGTCTGATATTCAACCTGTTCATGGTGTGAAAGGGAGATGCGAGTTGAAAGACATAGTGACATCTTTTGCAGAGATTGATGGCAATGTCTGCAGCAGTAGCATCAACAAAGCTGAGAATTTATATCACTATCTGATTATTGTGCAAAACCGGTGTAAATATTGTAATG
CTAATGGTGTAGGCGTTAAGGTTTCTGGCTACTTTCTTGGAAATGAGATTGTGAATTTGACAAGGTCTTTTGCACCAGGGGGAGACCAATATGTTCTCAAGTATACTAATTCCGAACAAGTTGGTGGTGTCAGCCCTTCTAGTTCAGCCTTTTATGAGTGCAGGGACTTATGATCTCTTCTGCTTCTCATCATATTTATG
CTTAGATGATGTCCAAGAATAAAGAGGGTTTATATATAGAATAGAGTACATAGGACATGGTTTTAGTTTTCTGCCTTAGTTTGACTGGTTTACTGTTCTCAGTTTCTTCCTATAGTTTTTAGAGCTCATGTTTTGAATTAAAATTCTTGAAGGCTCACAACTACAAAGAGAAATGCACCCTGGCGTTTTAATCCTGCTTT
GTAATGTGAACTTTTGGCATTTTAATCCTGCTTTGTAATGTGAACTTTTGGCAT