sp|Q9LFU5|TRM1_ARATH ----> tRNA (guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase 1

Intron 1 GTTTGTTACA ... TTACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.9	40.8	5	7
A2	23.71	25.8	4	8
A3	7.89	47.5	0	4
A4	13.33	21	0	3
A5	14.19	18.5	0	3
A6	17.66	34.5	1	7
A7	17.88	51	1	11
A8	18.77	30.8	0	7
A9	16.64	50.3	3	10
A10	31.95	40.8	0	19

>TRINITY_DN118821_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

GAACGGGTGTGTCAATCTAATTAAGTTTTATCGGAATAAATGGTGTTATCTGGCCGCCAATTGACAGACTCGATGTGGAAAATAGGGTTTAAGAGAATCTACGGCTCAGGATTAGGGTTTTAGTGATGTTTGCATGTCGTCGGAGGACTAGGCTTGGTGTTGCGCAGATCTTGTTTAGAATAGATTCCACTTACTGCCTG
CTATCGAAAACTTTCAGCAAAATAACAATCTGCGCTGCTGGTATCACAACCTCGACCCAGAATTCGATTTTGTGGAGATTTGTCTCATTTGTCAGTGAGAAGAAGTTAAAGTTGCATACGTTAACAGAAGAAGGAATGGCAGAGGGAAAGAGTAAGCAGCAGCTACCCACAGATCCCACTCAGTATAAGGTCCTCAAGGA
AGGCGAAGCCGATATTCTTGTTCACGGCAATGATGTCTTTTACAACAAAACCCAGGTTGTAAACAGAGACTTGTCAATTGCAGTACTAAGAACTTTTGTGGATAAACGCACGGAAGAGCATGATGCAATGTGGGCGAAAAAGAAGAACCGAAAAACAGGAATAAGCAGTGGCCAGCCCCAGCCTCAGACTGAACTAGCAG
ATGGCGATTCTTATCCTGAACCAGAGACGTCTAAATTGGCTGTTGACGGTGAGATGAATGTACCGGATTCTACGTTAGATACGGTCCAAACAGGAAAAGGCAATGGAGAAGAAGTGGTCTTAGATCAAGGAGCTCAAGGTGAACTCGCAGAGACAGTAGGTGCAGTTTCAGATGAAGTACACAAACCGGAAGTACGGAGA
ATACGTGAAGAACTAGAGCCACTTCGAGTTCTTGAGGCATTGGCTGCTTCGGGATTAAGAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGGTTGAAGCTCAACTTGC
TGATGCTCGAGTCTATATGCTTACACATGAGAAAGAATTTGATGTGGTAAGTTCAGACTTCCTTATACAGCAGACTTCCCGCTCGTTCTGGATGGTTCACGTGTCACTCTGTAACCCATGTCTGCGACTCTACCCTTGGATATCAATTCAAATATGCTTGTCATGCTAGTAAACCTGTAGAAGTTGATAGGGTGCATAAA
CTATAGCTTAGACACATACACATAAATATGGAGAGAATAATAAATATCTCAATTTATGAATGCTGGAGCAAATACTTCATCAGGATTCAGGAATCTGAGATTGGCTAC

>TRINITY_DN118821_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATATATATCATCTTTATGACCCTTGTTTCTCTTTTCACATTTCCTTTTGTAGGCATTGGCTGCTTCGGGATTAAGAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGgtttgttacacttgctatatctagttgccacaaaaatatctagatgctctcttctgttca
attattgttctatcaaatctatcttgtgaactattattgttctatgtttggatgcttgaactgtttgaatgtccaaatttaaattatcacgtttttcttacatgcagTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGGTTGAAGCTCAACTTGCTGATGCTCGAGTCTATA
TGCTTACACATGAGAAAGAATTTGATGTGGT

Intron 2 GTAAGATCAT ... AATATATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	68	7.9	17
A2	13.04	60	4.3	9
A3	32.43	50	3.4	24
A4	25.58	64	4.1	22
A5	32.43	25	1.3	12
A6	11.76	75	4.3	10
A7	21.43	99	7.6	27
A8	15.28	61	5.6	11
A9	12.61	97	3.9	14
A10	22.11	74	3.6	21

>TRINITY_DN97780_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

GTGTTATCTGGCCGCCAATTGACAGACTCGATGTGGAAAATAGGGTTTAAGAGAATCTACGGCTCAGGATTAGGGTTTTAGTGATGTTTGCATGTCGTCGGAGGACTAGGCTTGGTGTTGCGCAGATCTTGTTTAGAATAGATTCCACTTACTGCCTGCTATCGAAAACTTTCAGCAAAATAACAATCTGCGCTGCTGGT
ATCACAACCTCGACCCAGAATTCGATTTTGTGGAGATTTGTCTCATTTGTCAGTGAGAAGAAGTTAAAGTTGCATACGTTAACAGAAGAAGGAATGGCAGAGGGAAAGAGTAAGCAGCAGCTACCCACAGATCCCACTCAGTATAAGGTCCTCAAGGAAGGCGAAGCCGATATTCTTGTTCACGGCAATGATGTCTTTTA
CAACAAAACCCAGGTTGTAAACAGAGACTTGTCAATTGCAGTACTAAGAACTTTTGTGGATAAACGCACGGAAGAGCATGATGCAATGTGGGCGAAAAAGAAGAACCGAAAAACAGGAATAAGCAGTGGCCAGCCCCAGCCTCAGACTGAACTAGCAGATGGCGATTCTTATCCTGAACCAGAGACGTCTAAATTGGCTG
TTGACGGTGAGATGAATGTACCGGATTCTACGTTAGATACGGTCCAAACAGGAAAAGGCAATGGAGAAGAAGTGGTCTTAGATCAAGGAGCTCAAGGTGAACTCGCAGAGACAGTAGGTGCAGTTTCAGATGAAGTACACAAACCGGAAGTACGGAGAATACGTGAAGAACTAGAGCCACTTCGAGTTCTTGAGGCATTG
GCTGCTTCGGGATTAAGAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGGTTGAAGCTCAACTTGCTGATGCTCGAGTCTATATGCTTACACATGAGAAAGAATTTGA
TGTGGTTGACCTTGATCCTTATGGGACACCTTCTATGTTTCTGGACTCAGCAGTTCAGTCAGTTGCGGATGGAGGGATGTTAATGTGCACAGCAACTGATATGGCAGTGCTTTGTGGGAATAATGGAGAGGTTTGCTATTCAAAATATGGTTCATATCCTAGTCGGGCAAAGTATTGTCACGAGATGGCTTTAAGGATTC
TTCTTGCTTGTATTGAGAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACTTCTGCAAATGCAGTGAAAAACACACCTCTGAAATTGTCTTATGTGTACCAATGTGTTGGATGCGATTCATTCCATTTGCAGCCTTTAGCACGA
ACTGTCAACAAGAATAACAGTGTACGACATGCACCTGGTTATGGTCCAGTTGTACCTCAAGAATGCAGTGATTGTGGCAAGAAATTTAATATGGTTGGGCCCATATGGTCTGCCCCGATTCATGATCCTGACTGGGTTTCGTCCATATTATCAAATGTTGTTGCCCTCAAATCTCGCTATCCCGCATATGACAAAATATA
TGCTGTCTTGACGTCAATATCTGAGGAGTTACAGGATGTACCACTTTACGTAAGTCTCCACAGTTTATGTGCCACGTTAAAGTGTACTTCTCCATCAGCAGTCATGTTTCGATCAGCAATTATAAATGCAGGATACAGTATTTCAGGAACTCATGCAAATCCACTTGGCCTGAAGACAGATGCCCCAATGCACATTATCT
GGGATATTATGCGCTGCTGGATTAACACCCATCCAGTGAAGGGTCAACCCCCTGATCAATCAGGAAGCGTCATCCTTGGCAAAGAACCTAATTTGAAGGCTAATTTCACACGGGCACAATCTGCTCTTAGCAAAGCACAGAGTAAAAAGGTTGCTCGTTTTCTTCCTAATCCTGAAAATTATTGGGGACCAAAGCCCAGG
GCTGGTCGCCGAATTACAAAAAAGCATACTTCTCTGATGGGCCCTGAATTTATCAATAGTATAACTCACGAAGCGGAGAATGGGTTGCCTGAAGCAAAGCGGCAAAAGTTGGAGGAACATTTTGATCAACAGCAATCTTGAAAAGGCCTATAAGTTAGATGCAACTGTGTTTTGGCAGAATTTGAAATGCCATTAAACAG
GTTGCCAATGAGTAGTCTCAGCAGTTTTATGCTGTTTTTGCGTAATTATATAATTCATTTTCTTGACAGTTCACTGTTACGTAGACAATGAGTAATTTTTTATGAATGTTTAATTATATATTTTCCATCTAAATTGGGAACAGTGACTGGTCTTTCAAAGTGTGGTATGTTGCAGTGAAGCAATGTGTTTTTCCTTTTAT
GCCAGAACATTCCTATCAGGGTAGCAGAGTTCGTCTACCCTGTAAATGTGGGATGCAAATCGGGAATTGATATATATCTCCTGTATCTGGTTTGGGTTCTGGGATATATGGGGGGTGGACTCAGTGTTCTGGAAACACATATTCCATATCCTTGAGAACCCTGATAATTTTTGGGGGATGCCCCCCATTTAAAATGTAAA
TAATTCTTACCAAGTCAATTCAAACCAATTACTTCATGGCATTTTCCATTGATTTCTCATGAAATTTCAGTGTACATTTCTGATTTCATCCTTCAGGGTAGCATTTTGTAGTGTTTTCGGGGCAGAGAAAATACTTTATAATTTTGAAGGACTAGTTATGTG

>TRINITY_DN97780_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGAGAGGTTTGCTATTCAAAgtaagatcattttaatttcttcatgttgctgtgttatagagtttatattttataaggtcgtttgaaaatattttattgaataaagttcataacttttcttagattgcaaactgatacagttctaatatatcagATATGGTTCATATCCTAGTCGGGCAAAGTATTGTCACGAGATGGCTT
TAAGGATTCTTCTTGCTTGTATTGAGAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACGTGAGTATACTCTCTTTCAAACGAGATTCCCATCCTTCTGTAGATTAATTCAAAGCATGATTTATATAGTAATGCAGTACACTAG
TGTCTATTTACTGCATATATTTCCACCTCATTGAACTTTCTTTAGTGATCAGATTGAAT

Intron 3 GTACCTAATA ... TCACCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.09	30	8	3
A2	7.41	25	6.5	2
A3	23.81	16	2.5	5
A4	0	8	1.5	0
A5	30.43	16	4	7
A6	17.74	51	5.5	11
A7	14.55	47	8	8
A8	14.29	84	12	14
A9	14.71	58	6.5	10
A10	12.9	54	10	8

>TRINITY_DN38996_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TTAGACTTGACCTGGACCGAAAAAACAATTACTTCCATCAATATATTTTATCACCTTGAACCGTAAGTTGACCGCATTTGACGGAATTTTAATAAATGAAGAAACAAAAACAAATCTCTTTAACAAATTTGATTCCCTGCAAGAACGGGTGTGTCAATCTAATTAAGTTTTATCGGAATAAATGGTGTTATCTGGCCGCC
AATTGACAGACTCGATGTGGAAAATAGGGTTTAAGAGAATCTACGGCTCAGGATTAGGGTTTTAGTGATGTTTGCATGTCGTCGGAGGACTAGGCTTGGTGTTGCGCAGATCTTGTTTAGAATAGATTCCACTTACTGCCTGCTATCGAAAACTTTCAGCAAAATAACAATCTGCGCTGCTGGTATCACAACCTCGACCC
AGAATTCGATTTTGTGGAGATTTGTCTCATTTGTCAGTGAGAAGAAGTTAAAGTTGCATACGTTAACAGAAGAAGGAATGGCAGAGGGAAAGAGTAAGCAGCAGCTACCCACAGATCCCACTCAGTATAAGGTCCTCAAGGAAGGCGAAGCCGATATTCTTGTTCACGGCAATGATGTCTTTTACAACAAAACCCAGGTT
GTAAACAGAGACTTGTCAATTGCAGTACTAAGAACTTTTGTGGATAAACGCACGGAAGAGCATGATGCAATGTGGGCGAAAAAGAAGAACCGAAAAACAGGAATAAGCAGTGGCCAGCCCCAGCCTCAGACTGAACTAGCAGATGGCGATTCTTATCCTGAACCAGAGACGTCTAAATTGGCTGTTGACGGTGAGATGAA
TGTACCGGATTCTACGTTAGATACGGTCCAAACAGGAAAAGGCAATGGAGAAGAAGTGGTCTTAGATCAAGGAGCTCAAGGTGAACTCGCAGAGACAGTAGGTGCAGTTTCAGATGAAGTACACAAACCGGAAGTACGGAGAATACGTGAAGAACTAGAGCCACTTCGAGTTCTTGAGGCATTGGCTGCTTCGGGATTAA
GAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGGTTGAAGCTCAACTTGCTGATGCTCGAGTCTATATGCTTACACATGAGAAAGAATTTGATGTGGTTGACCTTGAT
CCTTATGGGACACCTTCTATGTTTCTGGACTCAGCAGTTCAGTCAGTTGCGGATGGAGGGATGTTAATGTGCACAGCAACTGATATGGCAGTGCTTTGTGGGAATAATGGAGAGGTTTGCTATTCAAAATATGGTTCATATCCTAGTCGGGCAAAGTATTGTCACGAGATGGCTTTAAGGATTCTTCTTGCTTGTATTGA
GAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACTTCTGCAAATGCAGTGAAAAACACACCTCTGAAATTGTCTTATGTGTACCAATGTGTTGGATGCGATTCATTCCATTTGCAGCCTTTAGCACGAACTGTCAACAAGAATA
ACAGTGTACGACATGCACCTGGTTATGGTCCAGTTGTACCTCAAGAATGCAGTGATTGTGGCAAGAAATTTAATATGGTTGGGCCCATATGGTCTGCCCCGATTCATGATCCTGACTGGGTTTCGTCCATATTATCAAATGTTGTTGCCCTCAAATCTCGCTATCCCGCATATGACAAAATATATGCTGTCTTGACGTCA
ATATCTGAGGAGTTACAGGATGTACCACTTTACGTAAGTCTCCACAGTTTATGTGCCACGTTAAAGTGTACTTCTCCATCAGCAGTCATGTTTCGATCAGCAATTATAAATGCAGGATACAGTATTTCAGGAACTCATGCAAATCCACTTGGCCTGAAGACAGATGCCCCAATGCACATTATCTGGGATATTATGCGCTG
CTGGATTAACACCCATCCAGTGAAGGGTCAACCCCCTGATCAATCAGGAAGCGTCATCCTTGGCAAAGAACCTAATTTGAAGGCTAATTTCACACGGGCACAATCTGCTCTTAGCAAAGCACAGAGTAAAAAGGTTGCTCGTTTTCTTCCTAATCCTGAAAATTATTGGGGACCAAAGCCCAGGGCTGGTCGCCGAATTA
CAAAAAAGCATACTTCTCTGATGGGCCCTGAATTTATCAATAGTATAACTCACGAAGCGGAGAATGGGTTGCCTGAAGCAAAGCGGCAAAAGTTGGAGGAACATTTTGATCAACAGCAATCTTGAAAAGGCCTATAAGTTAGATGCAACTGTGTTTTGGCAGAATTTGAAATGCCATTAAACAGGTTGCCAATGAGTAGT
CTCAGCAGTTTTATGCTGTTTTTGCGTAATTATATAATTCATTTTCTTGACAGTTCACTGTTACGTAGACAATGAGTAATTTTTTATGAATGTTTAATTATATATTTTCCATCTAAATTGGGAACAGTGACTGGTCTTTCAAAGTGTGGTATGTTGCAGTGAAGCAATGTGTTTTTCCTTTTATGCCAGAACATTCCTAT
CAGGGTAGCAGAGTTCGTCTACCCTGTAAATGTGGGATGCAAATCGGGAATTGATATATATCTCCTGTATCTGGTTTGGGTTCTGGGATATATGGGGGGTGGACTCAGTGTTCTGGAAACACATATTCCATATCCTTGAGAACCCTGATAATTTTTGGGGGATGCCCCCCATTTAAAATGTAAATAATTCTTACCAAGTC
AATTCAAACCAATTACTTCATGGCATTTTCCATTGATTTCTCATGAAATTTCAGTGTACATTTCTGATTTCATCCTTCAGGGTAGCATTTTGTAGTGTTTTCGGGGCAGAGAAAATACTTTATAATTTTGAAGGACTAGTTATGTGAGGCCATTGTGGCGTAGGGCCATCTAATGTTAGGTAATCACAGACCTGGTCTCC
GTTTGCAAAGTTGTAAGGTTGGTACAAAAATCCCACATGCATTTATTTTTGACTCAATGTTCTGTGCATGCAATTGACATTCACACATTTGATTTGATATCCAAAGTGGAAGTTGTTCAAGCTAGCTAAGATATGGTTGGCTTCAACCAATATGGGAGACTGTTGCAGTGTGCGTATCATGGAGATCGGCTTTATAATGA
ATTGTATTTGATGTCAGTGGAGGGTTTTCTTTGATTTGGGACGGCATTAAATTTGTTGTTAATT

>TRINITY_DN38996_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TCTGGGATATTATGCGCTGCTGGgtacctaataatatattgatttttcctgatttgttttatattttggcattagattgggttcttaacagtgtactgctggttgcatttgaatattttgaataaacacgcttttgttctaaaaagcattttcatagtaatttactaatattgtccacatataatttactaatattttgt
ttcaccttcagATTAACACCCATCCAGTGAAGGGTCAACCCCCTGATCAATCAGGAAGCGTCATCCTTGGCAAAGAACCTAATTTGAAGGCTAATTTCACACGGGCACAATCTGCTCTTAGCAAAGCACAGAGTAAAAAGGTTGCTCGTTTTCTTCCTAATCCTGAAAATTATTGGGGACCAAAGCCCAGGGCTGGTCGC
CGAATTACAAAAAAGCATACTTCTCTGATGGGCCCTGAATTTATCAATAGTATAACTCACGAAGCGGAGAATGGGTTGCCTGAAGCAAAGCGGCAAAAGTTGGAGGAACATTTTGATCAACAGCAATCTTGAAAAGGCCTATAAGTTAGATGCAACTGTGTTTTGGCAGAATTTGAAATGCCATTAAACAGGTTGCCAAT
GAGTAGTCTCAGCAGTTTTATGCTGTTTTTGCGTAATTATATAATTCATTTTCTTGACAGTTCACTGTTACGTAGACAATGAGTAATTTTTTATGAATGTTTAATTATATATTTTCCATCTAAATTGGGAACAGTGACTGGTCTTTCAAAGTGTGGTATGTTGCAGTGAAGCAATGTGTTTTTCCTTTTATGCCAGAACA
TTCCTATCAGGGTAGCAGAGTTCGTCTACCCTGTAAATGTGGGATGCAAATCGGGAATTGATATATATCTCCTGTATCTGGTTTGGGTTCTGGGATATATGGGGGGTGGACTCAGTGTTCTGGAAACACATATTCCATATCCTTGAGAACCCTGATAATTTTTGGGGGATGCCCCCCATTTAAAATGTAAATAATTCTTA
CCAAGTCAATTCAAACCAATTACTTCATGGCATTTTCCATTGATTTCTCATGAAATTTCAGTGTACATTTCTGATTTCATCCTTCAGGGTAGCATTTTGTAGTGTTTTCGGGGCAGAGAAAATACTTTATAATTTTGAAGGACTAGTTATGTGAGGCCATTGTGGCGTAGGGCCATCTAATGTTAGGTAATCACAGACCT
GGTCTCCGTTTGCAAAGTTGTAAGGTTGGTACAAAAATCCCACATGCATTTATTTTTGACTCAATGTTCTGTGCATGCAATTGACATTCACACATTTGATTTGATATCCAAAGTGGAAGTTGTTCAAGCTAGCTAAGATATGGTTGGCTTCAACCAATATGGGAGACTGTTGCAGTGTGCGTATCATGGAGATCGGCTTT
ATAATGAATTGTATTTGATGTCAGTGGAGGGTTTTCTTTGATTTGGGACGGCATTAAATTTGTTGTTAATT

Intron 4 GTATTCTCAA ... TATGCTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.72	26	6.1	7.9
A2	14.18	29.8	7.4	5.2
A3	11.3	30.8	6	4.2
A4	25	30	5.1	11
A5	17.09	15.3	3.5	3.5
A6	11.07	31.5	4.5	4.2
A7	13.75	68.6	7.5	11.8
A8	10.36	28.5	3.3	3.5
A9	18.22	56	4.5	13.8
A10	7.07	52.8	2.5	4.2

>TRINITY_DN118821_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

ATATATATCATCTTTATGACCCTTGTTTCTCTTTTCACATTTCCTTTTGTAGGCATTGGCTGCTTCGGGATTAAGAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGG
TTGAAGCTCAACTTGCTGATGCTCGAGTCTATATGCTTACACATGAGAAAGAATTTGATGTGGTTGACCTTGATCCTTATGGGACACCTTCTATGTTTCTGGACTCAGCAGTTCAGTCAGTTGCGGATGGAGGGATGTTAATGTGCACAGCAACTGATATGGCAGTGCTTTGTGGGAATAATGGAGAGGTTTGCTATTCA
AAATATGGTTCATATCCTAGTCGGGCAAAGTATTGTCACGAGATGGCTTTAAGGATTCTTCTTGCTTGTATTGAGAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACTTCTGCAAATGCAGTGAAAAACACACCTCTGAAATT
GTCTTATGTGTACCAATGTGTTGGATGCGATTCATTCCATTTGCAGCCTTTAGCACGAACTGTCAACAAGAATAACAGTGTACGACATGCACCTGGTTATGGTCCAGTTGTACCTCAAGAATGCAGTGATTGTGGCAAGAAATTTAATATGGTTGGGCCCATATGGTCTGCCCCGATTCATGATCCTGACTGGGTTTCGT
CCATATTATCAAATGTTGTTGCCCTCAAATCTCGCTATCCCGCATATGACAAAATATATGCTGTCTTGACGTCAATATCTGAGGAGTTACAGGATGTACCACTTTACGTAAGTCTCCACAGTTTATGTGCCACGTTAAAGTGTACTTCTCCATCAGCAGTCATGTTTCGATCAGCAATTATAAATGCAGGATACAGTATT
TCAGGAACTCATGCAAATCCACTTGGCCTGAAGACAGATGCCCCAATGCACATTATCTGGGATATTATGCGCTGCTGGGTACCTAATAATATATTGATTTTTCC

>TRINITY_DN118821_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGCTGATTGTTATTCTTTTCAGGTTGACCTTGATCCTTATGGGACACCTTCTATGTTTCTGGACTCAGCAGTTCAGTCAGTTGCGGATGGAGGGATGTTAATGTGCACAGCAACTGATATGGCAGTGCTTTGTGGGAATAATGGAGAGGTTTGCTATTCAAAATATGGTTCATATCCTAGTCGGGCAAAGTATTGTCAC
GAGATGGCTTTAAGGATTCTTCTTGCTTGTATTGAGAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACTAGTTCTGCAAATGCAGTGAAAAACACACCTCTGAAATTGTCTTATGTGTACCAATGTGTTGGATGCGATTCATT
CCATTTGCAGCCTTTAGCACGAACTGTCAACAAGgtattctcaactttccgtcttaaaggatggtgataacaccgtgcttgtaaaatatatgcaattttagtcatgcactttatctgcttcaaatttttagctgatatttgcaatccgtggcctgggtatgctgaagAATAACAGTGTACGACATGC

Intron 5 GTAAGGATAT ... CCTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.14	19	14	4
A2	21.95	16	5	4
A3	36.36	28	29	3
A4	35.9	25	21	7
A5	21.74	9	3	2
A6	20.29	55	14	14
A7	23.53	39	19	5
A8	28.17	51	25	15
A9	22.03	46	18	8
A10	26.32	35	13	12

>TRINITY_DN38996_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TTAGACTTGACCTGGACCGAAAAAACAATTACTTCCATCAATATATTTTATCACCTTGAACCGTAAGTTGACCGCATTTGACGGAATTTTAATAAATGAAGAAACAAAAACAAATCTCTTTAACAAATTTGATTCCCTGCAAGAACGGGTGTGTCAATCTAATTAAGTTTTATCGGAATAAATGGTGTTATCTGGCCGCC
AATTGACAGACTCGATGTGGAAAATAGGGTTTAAGAGAATCTACGGCTCAGGATTAGGGTTTTAGTGATGTTTGCATGTCGTCGGAGGACTAGGCTTGGTGTTGCGCAGATCTTGTTTAGAATAGATTCCACTTACTGCCTGCTATCGAAAACTTTCAGCAAAATAACAATCTGCGCTGCTGGTATCACAACCTCGACCC
AGAATTCGATTTTGTGGAGATTTGTCTCATTTGTCAGTGAGAAGAAGTTAAAGTTGCATACGTTAACAGAAGAAGGAATGGCAGAGGGAAAGAGTAAGCAGCAGCTACCCACAGATCCCACTCAGTATAAGGTCCTCAAGGAAGGCGAAGCCGATATTCTTGTTCACGGCAATGATGTCTTTTACAACAAAACCCAGGTT
GTAAACAGAGACTTGTCAATTGCAGTACTAAGAACTTTTGTGGATAAACGCACGGAAGAGCATGATGCAATGTGGGCGAAAAAGAAGAACCGAAAAACAGGAATAAGCAGTGGCCAGCCCCAGCCTCAGACTGAACTAGCAGATGGCGATTCTTATCCTGAACCAGAGACGTCTAAATTGGCTGTTGACGGTGAGATGAA
TGTACCGGATTCTACGTTAGATACGGTCCAAACAGGAAAAGGCAATGGAGAAGAAGTGGTCTTAGATCAAGGAGCTCAAGGTGAACTCGCAGAGACAGTAGGTGCAGTTTCAGATGAAGTACACAAACCGGAAGTACGGAGAATACGTGAAGAACTAGAGCCACTTCGAGTTCTTGAGGCATTGGCTGCTTCGGGATTAA
GAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGGTTGAAGCTCAACTTGCTGATGCTCGAGTCTATATGCTTACACATGAGAAAGAATTTGATGTGGTTGACCTTGAT
CCTTATGGGACACCTTCTATGTTTCTGGACTCAGCAGTTCAGTCAGTTGCGGATGGAGGGATGTTAATGTGCACAGCAACTGATATGGCAGTGCTTTGTGGGAATAATGGAGAGGTTTGCTATTCAAAATATGGTTCATATCCTAGTCGGGCAAAGTATTGTCACGAGATGGCTTTAAGGATTCTTCTTGCTTGTATTGA
GAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACTTCTGCAAATGCAGTGAAAAACACACCTCTGAAATTGTCTTATGTGTACCAATGTGTTGGATGCGATTCATTCCATTTGCAGCCTTTAGCACGAACTGTCAACAAGAATA
ACAGTGTACGACATGCACCTGGTTATGGTCCAGTTGTACCTCAAGAATGCAGTGATTGTGGCAAGAAATTTAATATGGTTGGGCCCATATGGTCTGCCCCGATTCATGATCCTGACTGGGTTTCGTCCATATTATCAAATGTTGTTGCCCTCAAATCTCGCTATCCCGCATATGACAAAATATATGCTGTCTTGACGTCA
ATATCTGAGGAGTTACAGGATGTACCACTTTACGTAAGTCTCCACAGTTTATGTGCCACGTTAAAGTGTACTTCTCCATCAGCAGTCATGTTTCGATCAGCAATTATAAATGCAGGATACAGTATTTCAGGAACTCATGCAAATCCACTTGGCCTGAAGACAGATGCCCCAATGCACATTATCTGGGATATTATGCGCTG
CTGGATTAACACCCATCCAGTGAAGGGTCAACCCCCTGATCAATCAGGAAGCGTCATCCTTGGCAAAGAACCTAATTTGAAGGCTAATTTCACACGGGCACAATCTGCTCTTAGCAAAGCACAGAGTAAAAAGGTTGCTCGTTTTCTTCCTAATCCTGAAAATTATTGGGGACCAAAGCCCAGGGCTGGTCGCCGAATTA
CAAAAAAGCATACTTCTCTGATGGGCCCTGAATTTATCAATAGTATAACTCACGAAGCGGAGAATGGGTTGCCTGAAGCAAAGCGGCAAAAGTTGGAGGAACATTTTGATCAACAGCAATCTTGAAAAGGCCTATAAGTTAGATGCAACTGTGTTTTGGCAGAATTTGAAATGCCATTAAACAGGTTGCCAATGAGTAGT
CTCAGCAGTTTTATGCTGTTTTTGCGTAATTATATAATTCATTTTCTTGACAGTTCACTGTTACGTAGACAATGAGTAATTTTTTATGAATGTTTAATTATATATTTTCCATCTAAATTGGGAACAGTGACTGGTCTTTCAAAGTGTGGTATGTTGCAGTGAAGCAATGTGTTTTTCCTTTTATGCCAGAACATTCCTAT
CAGGGTAGCAGAGTTCGTCTACCCTGTAAATGTGGGATGCAAATCGGGAATTGATATATATCTCCTGTATCTGGTTTGGGTTCTGGGATATATGGGGGGTGGACTCAGTGTTCTGGAAACACATATTCCATATCCTTGAGAACCCTGATAATTTTTGGGGGATGCCCCCCATTTAAAATGTAAATAATTCTTACCAAGTC
AATTCAAACCAATTACTTCATGGCATTTTCCATTGATTTCTCATGAAATTTCAGTGTACATTTCTGATTTCATCCTTCAGGGTAGCATTTTGTAGTGTTTTCGGGGCAGAGAAAATACTTTATAATTTTGAAGGACTAGTTATGTGAGGCCATTGTGGCGTAGGGCCATCTAATGTTAGGTAATCACAGACCTGGTCTCC
GTTTGCAAAGTTGTAAGGTTGGTACAAAAATCCCACATGCATTTATTTTTGACTCAATGTTCTGTGCATGCAATTGACATTCACACATTTGATTTGATATCCAAAGTGGAAGTTGTTCAAGCTAGCTAAGATATGGTTGGCTTCAACCAATATGGGAGACTGTTGCAGTGTGCGTATCATGGAGATCGGCTTTATAATGA
ATTGTATTTGATGTCAGTGGAGGGTTTTCTTTGATTTGGGACGGCATTAAATTTGTTGTTAATT

>TRINITY_DN38996_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTAGACTTGACCTGGACCGAAAAAACAATTACTTCCATCAATATATTTTATCACCTTGAACCGTAAGTTGACCGCATTTGACGGAATTTTAATAAATGAAGAAACAAAAACAAATCTCTTTAACAAATTTGATTCCCTGCAAGAACGGGTGTGTCAATCTAATTAAGTTTTATCGGAATAAATGGTGTTATCTGGCCGCC
AATTGACAGACTCGATGTGGAAAATAGGGTTTAAGAGAATCTACGGCTCAGGATTAGGGTTTTAGTGATGTTTGCATGTCGTCGGAGGACTAGGCTTGGTGTTGCGCAGATCTTGTTTAGAATAGATTCCACTTACTGCCTGCTATCGAAAACTTTCAGCAAAATAACAATCTGCGCTGCTGGTATCACAACCTCGACCC
AGAATTCGATTTTGTGGAGATTTGTCTCATTTGTCAGTGAGAAGAAGTTAAAGTTGCATACGTTAACAGAAGAAGGAATGGCAGAGGGAAAGAGTAAGCAGCAGCTACCCACAGATCCCACTCAGTATAAGGTCCTCAAGGAAGGCGAAGCCGATATTCTTGTTCACGGCAATGATGTCTTTTACAACAAAACCCAGGTT
GTAAACAGAGACTTGTCAATTGCAGTACTAAGAACTTTTGTGGATAAACGCACGGAAGAGCATGATGCAATGTGGGCGAAAAAGAAGAACCGAAAAACAGGAATAAGCAGTGGCCAGCCCCAGCCTCAGACTGAACTAGCAGATGGCGATTCTTATCCTGAACCAGAGACGTCTAAATTGGCTGTTGACGGTGAGATGAA
TGTACCGGATTCTACGTTAGATACGGTCCAAACAGGAAAAGGCAATGGAGAAGAAGTGGTCTTAGATCAAGGAGCTCAAGGTGAACTCGCAGAGACAGTAGGTGCAGTTTCAGATGAAGTACACAAACCGGAAGTACGGAGAATACGTGAAGAACTAGAGCCACTTCGAGTTCTTGAGGCATTGGCTGCTTCGGGATTAA
GAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGGTTGAAGCTCAACTTGCTGATGCTCGAGTCTATATGCTTACACATGAGAAAGAATTTGATGTGGTTGACCTTGAT
CCTTATGGGACACCTTCTATGTTTCTGGACTCAGCAGTTCAGTCAGTTGCGGATGGAGGGATGTTAATGTGCACAGCAACTGATATGGCAGTGCTTTGTGGGAATAATGGAGAGGTTTGCTATTCAAAATATGGTTCATATCCTAGTCGGGCAAAGTATTGTCACGAGATGGCTTTAAGGATTCTTCTTGCTTGTATTGA
GAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACTTCTGCAAATGCAGTGAAAAACACACCTCTGAAATTGTCTTATGTGTACCAATGTGTTGGATGCGATTCATTCCATTTGCAGCCTTTAGCACGAACTGTCAACAAGAATA
ACAGTGTACGACATGCACCTGGTTATGGTCCAGTTGTACCTCAAGAATGCAGTGATTGTGGCAAGAAATTTAATATGGTTGGGCCCATATGGTCTGCCCCGATTCATGATCCTGACTGGGTTTCGTCCATATTATCAAATGTTGTTGCCCTCAAATCTCGCTATCCCGCATATGACAAAATATATGCTGTCTTGACGTCA
ATATCTGAGgtaaggatatttttcagtcagcaatggagcttaacatgcaaagttaatatatttgctagtgccagacatatccttgtcaatggtataatacatacaactcacaatgatgtgataaatgtcggcaagtaatttggagtagcattttatggacatagcatgatagcattccccttgtttgcattttatgtgga
aggttcatttcttaagtctatgtgattatgtcacacaaagtatccatgtctacctggatagcatttggtgccttctattagccatttcttgtcaagattatattaggtatgatttatcagtatgagcattatttaacctttaccctttttcagGAGTTACAGGATGTACCACTTTACGTAAGTCTCCACAGTTTATGTGC
CACGTTAAAGTGTACTTCTCCATCAGCAGTCATGTTTCGATCAGCAATTATAAATGCAGGATACAGTATTTCAGGAACTCATGCAAATCCACTTGGCCTGAAGACAGATGCCCCAATGCACATTATCTGGGATATTATGCGCTGCTGGATTAACACCCATCCAGTGAAGGGTCAACCCCCTGATCAATCAGGAAGCGTCA
TCCTTGGCAAAGAACCTAATTTGAAGGCTAATTTCACACGGGCACAATCTGCTCTTAGCAAAGCACAGAGTAAAAAGGTTGCTCGTTTTCTTCCTAATCCTGAAAATTATTGGGGACCAAAGCCCAGGGCTGGTCGCCGAATTACAAAAAAGCATACTTCTCTGATGGGCCCTGAATTTATCAATAGTATAACTCACGAA
GCGGAGAATGGGTTGCCTGAAGCAAAGCGGCAAAAGTTGGAGGAACATTTTGATCAACAGCAATCTTGAAAAGGCCTATAAGTTAGATGCAACTGTGTTTTGGCAGAATTTGAAATGCCATTAAACAGGTTGCCAATGAGTAGTCTCAGCAGTTTTATGCTGTTTTTGCGTAATTATATAATTCATTTTCTTGACAGTTC
ACTGTTACGTAGACAATGAGTAATTTTTTATGAATGTTTAATTATATATTTTCCATCTAAATTGGGAACAGTGACTGGTCTTTCAAAGTGTGGTATGTTGCAGTGAAGCAATGTGTTTTTCCTTTTATGCCAGAACATTCCTATCAGGGTAGCAGAGTTCGTCTACCCTGTAAATGTGGGATGCAAATCGGGAATTGATA
TATATCTCCTGTATCTGGTTTGGGTTCTGGGATATATGGGGGGTGGACTCAGTGTTCTGGAAACACATATTCCATATCCTTGAGAACCCTGATAATTTTTGGGGGATGCCCCCCATTTAAAATGTAAATAATTCTTACCAAGTCAATTCAAACCAATTACTTCATGGCATTTTCCATTGATTTCTCATGAAATTTCAGTG
TACATTTCTGATTTCATCCTTCAGGGTAGCATTTTGTAGTGTTTTCGGGGCAGAGAAAATACTTTATAATTTTGAAGGACTAGTTATGTGAGGCCATTGTGGCGTAGGGCCATCTAATGTTAGGTAATCACAGACCTGGTCTCCGTTTGCAAAGTTGTAAGGTTGGTACAAAAATCCCACATGCATTTATTTTTGACTCA
ATGTTCTGTGCATGCAATTGACATTCACACATTTGATTTGATATCCAAAGTGGAAGTTGTTCAAGCTAGCTAAGATATGGTTGGCTTCAACCAATATGGGAGACTGTTGCAGTGTGCGTATCATGGAGATCGGCTTTATAATGAATTGTATTTGATGTCAGTGGAGGGTTTTCTTTGATTTGGGACGGCATTAAATTTGT
TGTTAATT

Intron 6 GTGAGTATAC ... TGTTTTGTAG

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>TRINITY_DN118821_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

ATATATATCATCTTTATGACCCTTGTTTCTCTTTTCACATTTCCTTTTGTAGGCATTGGCTGCTTCGGGATTAAGAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGG
TTGAAGCTCAACTTGCTGATGCTCGAGTCTATATGCTTACACATGAGAAAGAATTTGATGTGGTTGACCTTGATCCTTATGGGACACCTTCTATGTTTCTGGACTCAGCAGTTCAGTCAGTTGCGGATGGAGGGATGTTAATGTGCACAGCAACTGATATGGCAGTGCTTTGTGGGAATAATGGAGAGGTTTGCTATTCA
AAATATGGTTCATATCCTAGTCGGGCAAAGTATTGTCACGAGATGGCTTTAAGGATTCTTCTTGCTTGTATTGAGAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACTTCTGCAAATGCAGTGAAAAACACACCTCTGAAATT
GTCTTATGTGTACCAATGTGTTGGATGCGATTCATTCCATTTGCAGCCTTTAGCACGAACTGTCAACAAGAATAACAGTGTACGACATGCACCTGGTTATGGTCCAGTTGTACCTCAAGAATGCAGTGATTGTGGCAAGAAATTTAATATGGTTGGGCCCATATGGTCTGCCCCGATTCATGATCCTGACTGGGTTTCGT
CCATATTATCAAATGTTGTTGCCCTCAAATCTCGCTATCCCGCATATGACAAAATATATGCTGTCTTGACGTCAATATCTGAGGAGTTACAGGATGTACCACTTTACGTAAGTCTCCACAGTTTATGTGCCACGTTAAAGTGTACTTCTCCATCAGCAGTCATGTTTCGATCAGCAATTATAAATGCAGGATACAGTATT
TCAGGAACTCATGCAAATCCACTTGGCCTGAAGACAGATGCCCCAATGCACATTATCTGGGATATTATGCGCTGCTGGGTACCTAATAATATATTGATTTTTCC

>TRINITY_DN118821_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAACGGGTGTGTCAATCTAATTAAGTTTTATCGGAATAAATGGTGTTATCTGGCCGCCAATTGACAGACTCGATGTGGAAAATAGGGTTTAAGAGAATCTACGGCTCAGGATTAGGGTTTTAGTGATGTTTGCATGTCGTCGGAGGACTAGGCTTGGTGTTGCGCAGATCTTGTTTAGAATAGATTCCACTTACTGCCTG
CTATCGAAAACTTTCAGCAAAATAACAATCTGCGCTGCTGGTATCACAACCTCGACCCAGAATTCGATTTTGTGGAGATTTGTCTCATTTGTCAGTGAGAAGAAGTTAAAGTTGCATACGTTAACAGAAGAAGGAATGGCAGAGGGAAAGAGTAAGCAGCAGCTACCCACAGATCCCACTCAGTATAAGGTCCTCAAGGA
AGGCGAAGCCGATATTCTTGTTCACGGCAATGATGTCTTTTACAACAAAACCCAGGTTGTAAACAGAGACTTGTCAATTGCAGTACTAAGAACTTTTGTGGATAAACGCACGGAAGAGCATGATGCAATGTGGGCGAAAAAGAAGAACCGAAAAACAGGAATAAGCAGTGGCCAGCCCCAGCCTCAGACTGAACTAGCAG
ATGGCGATTCTTATCCTGAACCAGAGACGTCTAAATTGGCTGTTGACGGTGAGATGAATGTACCGGATTCTACGTTAGATACGGTCCAAACAGGAAAAGGCAATGGAGAAGAAGTGGTCTTAGATCAAGGAGCTCAAGGTGAACTCGCAGAGACAGTAGGTGCAGTTTCAGATGAAGTACACAAACCGGAAGTACGGAGA
ATACGTGAAGAACTAGAGCCACTTCGAGTTCTTGAGGCATTGGCTGCTTCGGGATTAAGAGCACTACGTTACGCACGTGAAGTAGAAGGTGTTGGTTCAGTTGTAGCTCTTGACAATGATAAAGTGGCTGTGGAGGCATGTAGGCGAAATATTAAATTAAATGGCTCTGTTGTCTCTTCAAAGGTTGAAGCTCAACTTGC
TGATGCTCGAGTCTATATGCTTACACATGAGAAAGAATTTGATGTGGTTGACCTTGATCCTTATGGGACACCTTCTATGTTTCTGGACTCAGCAGTTCAGTCAGTTGCGGATGGAGGGATGTTAATGTGCACAGCAACTGATATGGCAGTGCTTTGTGGGAATAATGGAGAGGTTTGCTATTCAAAATATGGTTCATATC
CTAGTCGGGCAAAGTATTGTCACGAGATGGCTTTAAGGATTCTTCTTGCTTGTATTGAGAGTCATGCCAACCGTTATAAACGTTACATTGTCCCAGTTCTGTCCGTTTCAGTGGATTTTTATATTCGTGTTTTTGTACGGATATTCACgtgagtatactctctttcaaacgagattcccatccttctgtagattaattca
aagcatgatttatatagtaatgcagtacactagtgtctatttactgcatatatttccacctcattgaactttctttagtgatcagattgaatgctatgatgggtacagaacttgatcttgaatcattgattgtgtcttcctttgatagccataaaaatataaccttctctttgagtgttttgtagTTCTGCAAATGCAGT
GAAAAACACACCTCTGAAATTGTCTTATGTGTACCAATGTGTTGGATGCGATTCATTCCATTTGCAGCCTTTAGCACGAACTGTCAACAAGAATAACAGTGTACGACATGCACCTGGTTATGGTCCAGTTGTACCTCAAGAATGCAGTGATTGTGGCAAGAAATTTAATATGGTTGGGCCCATATGGTCTGCCCCGATTC
ATGATCCTGACTGGGTTTCGTCCATATTATCAAATGTTGTTGCCCTCAAATCTCGCTATCCCGCATATGACAAAATATATGCTGTCTTGACGTCAATATCTGAGGTAAGGATATTTTTCAGTCAGCAATGGAGCTTAACATGCAAAGTTAATATATTTGCTAGTGCCAGACATATCCTTGTCAATGGTATAATACATACA