NA ----> NA

Intron 1 GTTAGCAAAT ... CTTAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.34	78	32.5	9
A2	24.24	75	27.5	24
A3	7.58	61	16.7	5
A4	12.5	35	10.8	5
A5	26.32	28	4.2	10
A6	9.95	371	89.7	41
A7	10.52	434	112	51
A8	11.74	481	127.5	64
A9	9.47	459	91	48
A10	11.65	402	68.3	53

>TRINITY_DN100568_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTTCATTCCTTCATCCCAAACGAAAGATTTATTTGGTTGCATGATAATTTCACCGATGTTTTCAGGGGTTTTGGTTTAATGAAAGGTTGCTTACTCCATGGATCGTAAATACCTCTGAAATCATTTGAGAGGTTTGCAGTGCCGTGGAGGAGGCCTCTATCCTAAACCCACCGAGACTATGGGTCGAATTCATTTGAAT
TCAAACAGATTCCTTGCCTTCTCCAAGGCTCAGAGGTGCCCAGTTCGATTCGTGTCGTACTCTTCGTTCACTGAACAAAAAGTTCTCGAGAAAGAGGAACCGAATACCAAGAAAAAGAAAACTCTTGTGGACCGGATTTCTGCAGTTATCGACAGACTTCATGACAAAAAACTCGGGGCGGATATCCGCGGCAGACCAAA
TGCAATCAGATCAGAAACTGATTTGATAAACATTGTAGAACGCCGTATATGGCAGTCAATGGAGGAGGGGCAATTCGAAAACTTGCCTGGCAAAGGAAGACCTTTAGATTTGGATTCTAATCCACACGCAGACCCTGCTGAGGACAGCCTATACAGGATACTGTCTAGAAATGGATTTGCTCCTGAGTGGGTTGAGCTCA
ACAAGGATATTCGTCTTCAAATCACAGATTGGCGTAAAGCCCTTAGGAAAGTCTGGGCTAGAAGGTCAACAGATGGTGGCATAAAGTGGGAAGAAGAGTCAACAAAGCTGCAAGAACATCTTCATGACATTAACAAGAAGTAAATTTTATGAAGGGTGCTGAGTTTTGCCCAGATCCTTGAGATTACTGTAACAGAGCTA
CCACATGCAACTACTTCTTCCAATTAATTTATGTGACAGGTTTTTCGGTACAACCTCATAGCTCCTTTTGGGCGTCAAATGTTTGGTTTCAAATGGGAGAAAGAGCTGCAGTGGATAGAGCATCCAGATTCCTAGGAGTTGAAGTAATTGAAGCATTTGGATCCATAGGAGTCATAGTTGTTAGAGCATTCAAATTTACA
GCTTTTATAGATAATTGACTGTGTATCTCCACTCTTTTAAGAACTCAAACAAATAGTAGTGAGTTTGAAATTTTATTTTCCAGGTTAGATGAGATACTAATGGTGTTAACTTGTTAAGTAGATTTGATTAGTACATGCTGTAAATAATTGTGTGATCTCAAACCCCGATCATCATGGCAGAACGAAATGGCCACTAAATC
ATAGTTGGAGTTTCTTAGATAAGGGGGATGTCTTAATTTCAAATTCTCTTTGATATGGGTAAGTGGGTTCTAATGTGTATAAATTGAAACTGCATTTGTGGTAGAGGCAATTTCTCAAGTCACATCTTGATGTGCTTTCCAAAAACATAGACAATAAAATTCCATTCATGCTTCGTATTGTGGTTTCAGAATTCCAAATC
TGGTCATTGCTACTATGCTGGAGTATGT

>TRINITY_DN100568_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCATGACATTAACAAGAAGgttagcaaattgtgatatttcttgtactagtaaatagtgatgtactatcctggcctttgtgaaaatatttcattttccttataagaatgacagatgattaaactaggagtacttcttttcatcattgatttgatcctacaactgcctgtggtttttgagagcaatatttttttctgtttg
cttatcttaaaacagTAAATTTTATGAAGGGTGCTGAGTTTTGCCCAGATCCTTGAGATTACTGTAACAGAGCTACCACATGCAACTACTTCTTCCAATTAATTTATGTGACAGGTTTTTCGGTACAACCTCATAGCTCCTTTTGGGCGTCAAATGTTTGGTTTCAAATGGGAGAAAGAGCTGCAGTGGATAGAGCATCC
AGATTCCTAGGAGTTGAAGTAATTGAAGCATTTGGATCCATAGGAGTCATAGTTGTTAGAGCATTCAAATTTACAGCTTTTATAGATAATTGACTGTGTATCTCCACTCTTTTAAGAACTCAAACAAATAGTAGTGAGTTTGAAATTTTATTTTCCAGGTTAGATGAGATACTAATGGTGTTAACTTGTTAAGTAGATTT
GATTAGTACATGCTGTAAATAATTGTGTGATCTCAAACCCCGATCATCATGGCAGAACGAAATGGCCACTAAATCATAGTTGGAGTTTCTTAGATAAGGGGGATGTCTTAATTTCAAATTCTCTTTGATATGGGTAAGTGGGTTCTAATGTGTATAAATTGAAACTGCATTTGTGGTAGAGGCAATTTCTCAAGTCACAT
CTTGATGTGCTTTCCAAAAACATAGACAATAAAATTCCATTCATGCTTCGTATTGTGGTTTCAGAATTCCAAATCTGGTCATTGCTACTATGCTGGAGTATGT

Intron 2 GTTAGCAAAT ... TATGTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	95	32.5	57
A2	41.01	105	27.5	73
A3	35.94	82	16.7	46
A4	38.71	57	10.8	36
A5	38.81	41	4.2	26
A6	39.78	542	89.7	358
A7	38.49	617	112	386.2
A8	41.29	785	127.5	552
A9	38.85	551	91	350
A10	38.26	457	68.3	283.2

>TRINITY_DN100568_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTTCATTCCTTCATCCCAAACGAAAGATTTATTTGGTTGCATGATAATTTCACCGATGTTTTCAGGGGTTTTGGTTTAATGAAAGGTTGCTTACTCCATGGATCGTAAATACCTCTGAAATCATTTGAGAGGTTTGCAGTGCCGTGGAGGAGGCCTCTATCCTAAACCCACCGAGACTATGGGTCGAATTCATTTGAAT
TCAAACAGATTCCTTGCCTTCTCCAAGGCTCAGAGGTGCCCAGTTCGATTCGTGTCGTACTCTTCGTTCACTGAACAAAAAGTTCTCGAGAAAGAGGAACCGAATACCAAGAAAAAGAAAACTCTTGTGGACCGGATTTCTGCAGTTATCGACAGACTTCATGACAAAAAACTCGGGGCGGATATCCGCGGCAGACCAAA
TGCAATCAGATCAGAAACTGATTTGATAAACATTGTAGAACGCCGTATATGGCAGTCAATGGAGGAGGGGCAATTCGAAAACTTGCCTGGCAAAGGAAGACCTTTAGATTTGGATTCTAATCCACACGCAGACCCTGCTGAGGACAGCCTATACAGGATACTGTCTAGAAATGGATTTGCTCCTGAGTGGGTTGAGCTCA
ACAAGGATATTCGTCTTCAAATCACAGATTGGCGTAAAGCCCTTAGGAAAGTCTGGGCTAGAAGGTCAACAGATGGTGGCATAAAGTGGGAAGAAGAGTCAACAAAGCTGCAAGAACATCTTCATGACATTAACAAGAAGGTTTTTCGGTACAACCTCATAGCTCCTTTTGGGCGTCAAATGTTTGGTTTCAAATGGGAG
AAAGAGCTGCAGTGGATAGAGCATCCAGATTCCTAGGAGTTGAAGTAATTGAAGCATTTGGATCCATAGGAGTCATAGTTGTTAGAGCATTCAAATTTACAGCTTTTATAGATAATTGACTGTGTATCTCCACTCTTTTAAGAACTCAAACAAATAGTAGTGAGTTTGAAATTTTATTTTCCAGGTTAGATGAGATACTA
ATGGTGTTAACTTGTTAAGTAGATTTGATTAGTACATGCTGTAAATAATTGTGTGATCTCAAACCCCGATCATCATGGCAGAACGAAATGGCCACTAAATCATAGTTGGAGTTTCTTAGATAAGGGGGATGTCTTAATTTCAAATTCTCTTTGATATGGGTAAGTGGGTTCTAATGTGTATAAATTGAAACTGCATTTGT
GGTAGAGGCAATTTCTCAAGTCACATCTTGATGTGCTTTCCAAAAACATAGACAATAAAATTCCATTCATGCTTCGTATTGTGGTTTCAGAATTCCAAATCTGGTCATTGCTACTATGCTGGAGTATGT

>TRINITY_DN100568_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCATGACATTAACAAGAAGgttagcaaattgtgatatttcttgtactagtaaatagtgatgtactatcctggcctttgtgaaaatatttcattttccttataagaatgacagatgattaaactaggagtacttcttttcatcattgatttgatcctacaactgcctgtggtttttgagagcaatatttttttctgtttg
cttatcttaaaacagtaaattttatgaagggtgctgagttttgcccagatccttgagattactgtaacagagctaccacatgcaactacttcttccaattaatttatgtgacagGTTTTTCGGTACAACCTCATAGCTCCTTTTGGGCGTCAAATGTTTGGTTTCAAATGGGAGAAAGAGCTGCAGTGGATAGAGCATCC
AGATTCCTAGGAGTTGAAGTAATTGAAGCATTTGGATCCATAGGAGTCATAGTTGTTAGAGCATTCAAATTTACAGCTTTTATAGATAATTGACTGTGTATCTCCACTCTTTTAAGAACTCAAACAAATAGTAGTGAGTTTGAAATTTTATTTTCCAGGTTAGATGAGATACTAATGGTGTTAACTTGTTAAGTAGATTT
GATTAGTACATGCTGTAAATAATTGTGTGATCTCAAACCCCGATCATCATGGCAGAACGAAATGGCCACTAAATCATAGTTGGAGTTTCTTAGATAAGGGGGATGTCTTAATTTCAAATTCTCTTTGATATGGGTAAGTGGGTTCTAATGTGTATAAATTGAAACTGCATTTGTGGTAGAGGCAATTTCTCAAGTCACAT
CTTGATGTGCTTTCCAAAAACATAGACAATAAAATTCCATTCATGCTTCGTATTGTGGTTTCAGAATTCCAAATCTGGTCATTGCTACTATGCTGGAGTATGT

Intron 3 GTTAGCAAAT ... TTTTATGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.98	84	38	15
A2	26.27	80	33	24
A3	17.95	64	20	8
A4	20	36	13	5
A5	21.13	28	5	10
A6	18.26	403	107	73
A7	18.39	466	132	78
A8	19.88	542	151	118
A9	15.64	491	108	74
A10	15.41	420	81	72

>TRINITY_DN41501_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGCGGGAATGAACTTTGCACTTTCATTCCTTCATCCCAAACGAAAGATTTATTTGGTTGCATGATAATTTCACCGATGTTTTCAGGGGTTTTGGTTTAATGAAAGGTTGCTTACTCCATGGATCGTAAATACCTCTGAAATCATTTGAGAGGTTTGCAGTGCCGTGGAGGAGGCCTCTATCCTAAACCCACCGAGACTA
TGGGTCGAATTCATTTGAATTCAAACAGATTCCTTGCCTTCTCCAAGGCTCAGAGGTGCCCAGTTCGATTCGTGTCGTACTCTTCGTTCACTGAACAAAAAGTTCTCGAGAAAGAGGAACCGAATACCAAGAAAAAGAAAACTCTTGTGGACCGGATTTCTGCAGTTATCGACAGACTTCATGACAAAAAACTCGGGGCG
GATATCCGCGGCAGACCAAATGCAATCAGATCAGAAACTGATTTGATAAACATTGTAGAACGCCGTATATGGCAGTCAATGGAGGAGGGGCAATTCGAAAACTTGCCTGGCAAAGGAAGACCTTTAGATTTGGATTCTAATCCACACGCAGACCCTGCTGAGGACAGCCTATACAGGATACTGTCTAGAAATGGATTTGC
TCCTGAGTGGGTTGAGCTCAACAAGGATATTCGTCTTCAAATCACAGATTGGCGTAAAGCCCTTAGGAAAGTCTGGGCTAGAAGGTCAACAGATGGTGGCATAAAGTGGGAAGAAGAGTCAACAAAGCTGCAAGAACATCTTCATGACATTAACAAGAAGGGTGCTGAGTTTTGCCCAGATCCTTGAGATTACTGTAACA
GAGCTACCACATGCAACTACTTCTTCCAATTAATTTATGTGACAGGTTTTTCGGTACAACCTCATAGCTCCTTTTGGGCGTCAAATGTTTGGTTTCAAATGGGAGAAAGAGCTGCAGTGGATAGAGCATCCAGATTCCTAGGAGTTGAAGTAATTGAAGCATTTGGATCCATAGGAGTCATAGTTGTTAGAGCATTCAAA
TTTACAGCTTTTATAGATAATTGACTGTGTATCTCCACTCTTTTAAGAACTCAAACAAATAGTAGTGAGTTTGAAATTTTATTTTCCAGGTTAGATGAGATACTAATGGTGTTAACTTGTTAAGTAGATTTGATTAGTACATGCTGTAAATAATTGTGTGATCTCAAACCCCGATCATCATGGCAGAACGAAATGGCCAC
TAAATCATAGTTGGAGTTTCTTAGATAAGGGGGATGTCTTAATTTCAAATTCTCTTTGATATGGGTAAGTGGGTTCTAATGTGTATAAATTGAAACTGCATTTGTGGTAGAGGCAATTTCTCAAGTCACATCTTGATGTGCTTTCCAAAAACATAGACAATAAAATTCCATTCATGCTTCGTATTGTGGTTTCAGAATTC
CAAATCTGGTCATTGCTACTATGCTGGAGTATGTGATTGTGCTATGTGAGCAGATTGTCATTTATTCCTTTGTTTGTGGACAGAGCATCCTGTCTACTTTTGAAAGTTGAGTTTGCACTGCTGGGGATTTTGGTACATGTTTAGGAGGGGTTGGTGAAGCAGGGCAATCAATTTTACTCATTTGCACATGTTATAACATT
GGAACAATTTGCTGTGATTGGTATCTTTTCAGTCTAATGGCCGCAACAATGGTTGGCCATAAGATGTTAGCAACTTAGCATCATAACCACATTCTAGCGAAAGACTTGAATGTGTATATGATTTGTAGATTAGTTGCTTATTTACAGAGAATGTTGAAACATAATTGATAATAGCAAAATATTACAAAAACCTTACTGTG
GTAGAAATAGACAAAATCAAATTTCCAAAGGTTGGTTGGTGCAAATCGAA

>TRINITY_DN41501_c0_g2_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGCGGGAATGAACTTTGCACTTTCATTCCTTCATCCCAAACGAAAGATTTATTTGGTTGCATGATAATTTCACCGATGTTTTCAGGGGTTTTGGTTTAATGAAAGGTTGCTTACTCCATGGATCGTAAATACCTCTGAAATCATTTGAGAGGTTTGCAGTGCCGTGGAGGAGGCCTCTATCCTAAACCCACCGAGACTA
TGGGTCGAATTCATTTGAATTCAAACAGATTCCTTGCCTTCTCCAAGGCTCAGAGGTGCCCAGTTCGATTCGTGTCGTACTCTTCGTTCACTGAACAAAAAGTTCTCGAGAAAGAGGAACCGAATACCAAGAAAAAGAAAACTCTTGTGGACCGGATTTCTGCAGTTATCGACAGACTTCATGACAAAAAACTCGGGGCG
GATATCCGCGGCAGACCAAATGCAATCAGATCAGAAACTGATTTGATAAACATTGTAGAACGCCGTATATGGCAGTCAATGGAGGAGGGGCAATTCGAAAACTTGCCTGGCAAAGGAAGACCTTTAGATTTGGATTCTAATCCACACGCAGACCCTGCTGAGGACAGCCTATACAGGATACTGTCTAGAAATGGATTTGC
TCCTGAGTGGGTTGAGCTCAACAAGGATATTCGTCTTCAAATCACAGATTGGCGTAAAGCCCTTAGGAAAGTCTGGGCTAGAAGGTCAACAGATGGTGGCATAAAGTGGGAAGAAGAGTCAACAAAGCTGCAAGAACATCTTCATGACATTAACAAGAAGgttagcaaattgtgatatttcttgtactagtaaatagtga
tgtactatcctggcctttgtgaaaatatttcattttccttataagaatgacagatgattaaactaggagtacttcttttcatcattgatttgatcctacaactgcctgtggtttttgagagcaatatttttttctgtttgcttatcttaaaacagtaaattttatgaagGGTGCTGAGTTTTGCCCAGATCCTTGAGATT
ACTGTAACAGAGCTACCACATGCAACTACTTCTTCCAATTAATTTATGTGACAGGTTTTTCGGTACAACCTCATAGCTCCTTTTGGGCGTCAAATGTTTGGTTTCAAATGGGAGAAAGAGCTGCAGTGGATAGAGCATCCAGATTCCTAGGAGTTGAAGTAATTGAAGCATTTGGATCCATAGGAGTCATAGTTGTTAGA
GCATTCAAATTTACAGCTTTTATAGATAATTGACTGTGTATCTCCACTCTTTTAAGAACTCAAACAAATAGTAGTGAGTTTGAAATTTTATTTTCCAGGTTAGATGAGATACTAATGGTGTTAACTTGTTAAGTAGATTTGATTAGTACATGCTGTAAATAATTGTGTGATCTCAAACCCCGATCATCATGGCAGAACGA
AATGGCCACTAAATCATAGTTGGAGTTTCTTAGATAAGGGGGATGTCTTAATTTCAAATTCTCTTTGATATGGGTAAGTGGGTTCTAATGTGTATAAATTGAAACTGCATTTGTGGTAGAGGCAATTTCTCAAGTCACATCTTGATGTGCTTTCCAAAAACATAGACAATAAAATTCCATTCATGCTTCGTATTGTGGTT
TCAGAATTCCAAATCTGGTCATTGCTACTATGCTGGAGTATGTGATTGTGCTATGTGAGCAGATTGTCATTTATTCCTTTGTTTGTGGACAGAGCATCCTGTCTACTTTTGAAAGTTGAGTTTGCACTGCTGGGGATTTTGGTACATGTTTAGGAGGGGTTGGTGAAGCAGGGCAATCAATTTTACTCATTTGCACATGT
TATAACATTGGAACAATTTGCTGTGATTGGTATCTTTTCAGTCTAATGGCCGCAACAATGGTTGGCCATAAGATGTTAGCAACTTAGCATCATAACCACATTCTAGCGAAAGACTTGAATGTGTATATGATTTGTAGATTAGTTGCTTATTTACAGAGAATGTTGAAACATAATTGATAATAGCAAAATATTACAAAAAC
CTTACTGTGGTAGAAATAGACAAAATCAAATTTCCAAAGGTTGGTTGGTGCAAATCGAA