sp|Q9C9E1|SAU78_ARATH ----> Auxin-responsive protein SAUR78

Intron 1 ATTCTATAGT ... AGATGGGCAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	6.3	26
A2	100	0	9.7	8
A3	100	0	4	9
A4	77.78	2	8.3	7
A5	100	0	6.7	8
A6	98.11	2	45.3	104
A7	97.35	3	26.7	110
A8	100	0	18	84
A9	97.78	1	11.7	44
A10	100	0	19.7	65

>TRINITY_DN97350_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

CAAATGGGTCCAGTGGAATTGGGTCCATGATGGCTAAATGGAGATTGGGTTCTATAAAGGCACATTCTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTCGGCTAAATGGAATTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGGTCTCCAGATGGGCACATTCTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTTCTAGATGAGTCTAGATGAGATC
TCTTTTACCCTATTATGTTTCATTCAATTTTATGCAGAGGCTTCCTGATGGCCAGAATATGATTAGTATCTTCTTAAGTATCATATATTGGTGTAGGATAATGTCAAGAATTTGCAGTACAGATCCCTCTGTTTCCAGGCAGAATCCATGGTTTTATTAATTGAGGTGACAAAAGGGCCTGATTGCTCAAATGGGTCCAG
TGGAATTGGGTCCATGATGGCTAAATGGAGATTGGGTTCTATAAAGGCACATTCTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTCCTAGATGAGATCTCTTTTACCCTCCCATGATGGCTAAATGGAATTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGGTCTCCAGATGGGCACATTCTATAGTCAGTTGGGTTCACAGCGGGTCCTAGG
AGGGCCCTGATCTTAAAGCTTAAGTACTGGTGCAATCAGAATGGAGCTCAGGAAGGATGGATGGATCCCATGGGACCCGGATCATTGGGTTCCAAAATGGTTTTTATGGCCACCCAAAGTTTTGGCTCCCAAAAGGGTTTCATGGCCTCCCAGAGTCATTTAGTCTATAAATCAGAGTAGTGTGCTGTATTTTAATTGGG
TACATTGTCATTAGGGAAATGTAGCTTGACATATTATGTTCTTGATTCTTTCAAATGAGATATAAGCTTGTCTCTCCCAGTTTAGGAGGATAACATGAGGAGAATTATACTCCTGTTTTGATTAATTCCTTCCTGTTCTTATTACCAGTTTGTATAAACAAGAACCCATTTACAGAGTTACAATCCATGTTATCATTTGT
TCATCTGGTAATTATTCAATCTGCAGGATCAGTTGTTCTTTCTTCTGTCCTCATGTTGAAATTTATGTTGACAGATTACTGAGTGAATTCTAAGGTTGAC

>TRINITY_DN97350_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CAAATGGGTCCAGTGGAATTGGGTCCATGATGGCTAAATGGAGATTGGGTTCTATAAAGGCACATTCTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTCGGCTAAATGGAATTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGGTCTCCAGATGGGCACATTCTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTTCTAGATGAGTCTAGATGAGATC
TCTTTTACCCTATTATGTTTCATTCAATTTTATGCAGAGGCTTCCTGATGGCCAGAATATGATTAGTATCTTCTTAAGTATCATATATTGGTGTAGGATAATGTCAAGAATTTGCAGTACAGATCCCTCTGTTTCCAGGCAGAATCCATGGTTTTATTAATTGAGGTGACAAAAGGGCCTGATTGCTCAAATGGGTCCAG
TGGAATTGGGTCCATGATGGCTAAATGGAGATTGGGTTCTATAAAGGCACattctatagtcagttggattcacagctgggtcctagatgagatctcttttaccctcccatgatggctaaatggaatttgggttctatgaaggcttctggtctccagatgggcacATTCTATAGTCAGTTGGGTTCACAGCGGGTCCTAGG
AGGGCCCTGATCTTAAAGCTTAAGTACTGGTGCAATCAGAATGGAGCTCAGGAAGGATGGATGGATCCCATGGGACCCGGATCATTGGGTTCCAAAATGGTTTTTATGGCCACCCAAAGTTTTGGCTCCCAAAAGGGTTTCATGGCCTCCCAGAGTCATTTAGTCTATAAATCAGAGTAGTGTGCTGTATTTTAATTGGG
TACATTGTCATTAGGGAAATGTAGCTTGACATATTATGTTCTTGATTCTTTCAAATGAGATATAAGCTTGTCTCTCCCAGTTTAGGAGGATAACATGAGGAGAATTATACTCCTGTTTTGATTAATTCCTTCCTGTTCTTATTACCAGTTTGTATAAACAAGAACCCATTTACAGAGTTACAATCCATGTTATCATTTGT
TCATCTGGTAATTATTCAATCTGCAGGATCAGTTGTTCTTTCTTCTGTCCTCATGTTGAAATTTATGTTGACAGATTACTGAGTGAATTCTAAGGTTGAC

Intron 2 GTAAACAACG ... TTTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	18	26	19
A2	75.76	4	18	7
A3	66.34	17	46	21
A4	77.46	8	33	22
A5	50	5	9	1
A6	63.33	22	54	22
A7	68.6	19	53	30
A8	69.81	8	28	9
A9	72.5	11	41	17
A10	62.42	31	66	37

>TRINITY_DN113221_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

ACAGGTGCATTTTTTAAGCAGAATCTATCTCTCTTGGAACTTCACATACCTAACCTAAGACTTTCCAATCTCCAGCTGCATATTTTAAGCAGAAGTTTGCTGGAATTACCGCCTTAACTTTGCAACGTTCACTTCACCGTGAGGTCAGATAAGCAGAACCTAAAGACGGAATGGTCAACTGTCTATGCAGTCTGTGATTC
AATTTTCTTGTTTTCCGATGTACCCATGAGCCCTTTTTGAGTTTCCTGGTTTCTTGGCCAACTGTATATGCATTCGGTGATGCAATTTTCTTGTTTTCCCGATGTACCCATGAGCCCTTGTTGAGTTTCGTGCTTGCCCAAGAAAACATAAATTTTCTTCCAGCCTGAATTCCAGGTGGGTGGTTGCTAATAGCCCACCA
TACCTTGGCAAAAATCGCCATTGAAGAGTCGATTTACTTTGCCCGTCTGAGTTCTGCCCTAGTTCCATCAGTTGAAGTTCTGTTTGAGACCGGCAGCGATCACAATGCAGAAATCCCACCTGCTGAAAATGCTGAAAAATTTGAGAAAGCGGTCGATGGGGTACGAGGAGATTGTCCTCTCTCCTTCTTCCTCAGCGAAG
AAGCGCAACAGAAGAAAAAATGCAGTGACCGTTGTGGTGGGAAAAGAGAAAAATATGTTCACGGTAGAGCCTCAGATTCTGGACTCTGGATTGTTTCAGCCTCTCATGGAGAAGGCCACTGTTGGTAGGATTGCATGGGAAGCTAATGGCAGGAAAAATCCTTCATGGATGGATTGCATTTTCTTGGACTGTGATGCTAT
CCTCTTTGAGCATATGCTTTGGCTGTGGCTTCTTTGCTGTACAAAGCCCTCTGTTTCCAGAAGGAATCCATGGTTTTATTAATTATTGTGACAAAAGGGCCTGATTCCTCAAATGGATCCAGTGGAATTGGGCCCATGATGGCTAAATGGAGTTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGTTCTCCAGATGGGCACATTATATAG
TCAGTTGGACTCACGGCTGGGTTCTAGATGAGATCTCTTTTACCCTATTATGTTTCATTCAATTTTATCCAGTGGCTTCCTGATTGCCAGAATATGATTCGTATCTTCTTAGGTATCATAGATTGGTGTAGGATAATGGCAACATTTGCTGTACAGAGCCCTTTGTTTCCAGAAGGAATCCATAATTTAAGTAATTGAGG
TGACAGAAGGGCCTGATTCCTCAAATGGGTCCAGTGGAATTGGGCCCATGATGGCTAAATGGAATTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGGTCTCCAGATGGGCACATTCTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTTCTAGATGAGTTCTCTTTTACCCTATTATGTTTCATTCAATTTTATGCAGAGGCTTCCTGATGGCC
AGAATATGATTAGTATCTTCTTAAGTATCATATATTGGTGTAGGATAATGTCAAGAATTTGCAGTACAGATCCCTCTGTTTCCAGAAAGAATCCATGGTTTTATTAATTGAGGTGACAAAAGGGCCTGATTGCTCAAATGGGTCCAGTGGAATTGGGTCCATGATGGCTAAATGGAGATTGGGTTCTATAAAGGCACATT
CTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTCCTAGATGAGATCTCTTTTACCCTATTATGTTTCATTCAATTTTATGCAGAGGCTTCCTGATGGCCAGAATATGATTAGTATCTTCTTAAGTATCATATATTGGTGTAGGATAATGTCAAGAATTTGCAGTACAGATCCCTCTGTTTCCAGGCAGAATCCATGGTTTTATTA
ATTGAGGTGACAAAAGGGCCTGATTCCTCAAATGGGTCCAGTGGAATTGGGCCCATGATGGCTAAATGGAATTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGGTCTCCAGATGGGCACATTCTATAGTCAGTTGGGTTCACAGCGGGTCCTAGGAGGGCCCTGATCTTAAAGCTTAAGTACTGGTGCAATCAGAATGGAGCTCAGGAA
GGATGGATGGATCCCATGGGACCCGGATCATTGGGTTCCAAAATGGTTTTTATGGCCACCCAAAGTTTTGGCTCCCAAAAGGGTTTCATGGCCTCCCAGAGTCATTTAGTCTATAAATCAGAGTAGTGTGCTGTATTTTAATTGGGTACATTGTCATTAGGGAAATGTAGCTTGACATATTATGTTCTTGATTCTTTCAA
ATGAGATATAAGCTTGTCTCTCCCAGTTTAGGAGGATAACATGAGGAGAATTATACTCCTGTTTTGATTAATTCCTTCCTGTTCTTATTACCAGTTTGTATAAACAAGAACCCATTTACAGAGTTACAATCCATGTTATCATTTGTTCATCTGGTAATTATTCAATCTGCAGGATCAGTTGTTCTTTCTTCTGTCCTCAT
GTTGAAATTTATGTTGACA

>TRINITY_DN113221_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACAGGTGCATTTTTTAAGCAGAATCTATCTCTCTTGGAACTTCACATACCTAACCTAAGACTTTCCAATCTCCAGCTGCATATTTTAAGCAGAAGTTTGCTGGAATTACCGCCTTAACTTTGCAACGTTCACTTCACCGTGAGGTCAGATAAGCAGAACCTAAAGACGGAATGGTCAACTGTCTATGCAGTCTGTGATTC
AATTTTCTTGTTTTCCGATGTACCCATGAGCCCTTTTTGAGTTTCCTGGTTTCTTGGCCAACTGTATATGCATTCGGTGATGCAATTTTCTTGTTTTCCCGATGTACCCATGAGCCCTTGTTGAGTTTCGTGCTTGCCCAAGAAAACATAAATTTTCTTCCAGCCTGAATTCCAGGTGGGTGGTTGCTAATAGCCCACCA
TACCTTGGCAAAAATCGCCATTGAAGAGTCGATTTACTTTGCCCGTCTGAGTTCTGCCCTAGTTCCATCAGTTGAAGTTCTGTTTGAGACCGGCAGCGATCACAATGCAGAAATCCCACCTGCTGAAAATGCTGAAAAATTTGAGAAAGCGGTCGATGGGGTACGAGGAGATTGTCCTCTCTCCTTCTTCCTCAGCGAAG
AAGCGCAACAGAAGAAAAAATGCAGTGACCGTTGTGGTGGGAAAAGAGAAAAATATGTTCACGGTAGAGCCTCAGATTCTGGACTCTGGATTGTTTCAGCCTCTCATGGAGAAGGCCACTGTTGGTAGGATTGCATGGGAAGCTAATGGCAGGAAAAATCCTTCATGGATGGATTGCATTTTCTTGGACTGTGATGCTAT
CCTCTTTGAGCATATGCTTTGGCTGgtaaacaacgacgacccatctcttcgttatctcaatctggatatgctcatggagttctatgcccaataaggcttcagcatgcatctcctgattacgttcactttcagatctctcacatatatgagaaatgtagcgttttttattctttttaatatcagaaataactttgctggaa
tgcaatttagtgttattatgaaaaaaaaatcatagatgggatctcttttaccctattatgtttcattcaattttatgcagTGGCTTCTTTGCTGTACAAAGCCCTCTGTTTCCAGAAGGAATCCATGGTTTTATTAATTATTGTGACAAAAGGGCCTGATTCCTCAAATGGATCCAGTGGAATTGGGCCCATGATGGCTA
AATGGAGTTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGTTCTCCAGATGGGCACATTATATAGTCAGTTGGACTCACGGCTGGGTTCTAGATGAGATCTCTTTTACCCTATTATGTTTCATTCAATTTTATCCAGTGGCTTCCTGATTGCCAGAATATGATTCGTATCTTCTTAGGTATCATAGATTGGTGTAGGATAATGGCAACAT
TTGCTGTACAGAGCCCTTTGTTTCCAGAAGGAATCCATAATTTAAGTAATTGAGGTGACAGAAGGGCCTGATTCCTCAAATGGGTCCAGTGGAATTGGGCCCATGATGGCTAAATGGAATTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGGTCTCCAGATGGGCACATTCTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTTCTAGATGAGT
TCTCTTTTACCCTATTATGTTTCATTCAATTTTATGCAGAGGCTTCCTGATGGCCAGAATATGATTAGTATCTTCTTAAGTATCATATATTGGTGTAGGATAATGTCAAGAATTTGCAGTACAGATCCCTCTGTTTCCAGAAAGAATCCATGGTTTTATTAATTGAGGTGACAAAAGGGCCTGATTGCTCAAATGGGTCC
AGTGGAATTGGGTCCATGATGGCTAAATGGAGATTGGGTTCTATAAAGGCACATTCTATAGTCAGTTGGATTCACAGCTGGGTCCTAGATGAGATCTCTTTTACCCTATTATGTTTCATTCAATTTTATGCAGAGGCTTCCTGATGGCCAGAATATGATTAGTATCTTCTTAAGTATCATATATTGGTGTAGGATAATGT
CAAGAATTTGCAGTACAGATCCCTCTGTTTCCAGGCAGAATCCATGGTTTTATTAATTGAGGTGACAAAAGGGCCTGATTCCTCAAATGGGTCCAGTGGAATTGGGCCCATGATGGCTAAATGGAATTTGGGTTCTATGAAGGCTTCTGGTCTCCAGATGGGCACATTCTATAGTCAGTTGGGTTCACAGCGGGTCCTAG
GAGGGCCCTGATCTTAAAGCTTAAGTACTGGTGCAATCAGAATGGAGCTCAGGAAGGATGGATGGATCCCATGGGACCCGGATCATTGGGTTCCAAAATGGTTTTTATGGCCACCCAAAGTTTTGGCTCCCAAAAGGGTTTCATGGCCTCCCAGAGTCATTTAGTCTATAAATCAGAGTAGTGTGCTGTATTTTAATTGG
GTACATTGTCATTAGGGAAATGTAGCTTGACATATTATGTTCTTGATTCTTTCAAATGAGATATAAGCTTGTCTCTCCCAGTTTAGGAGGATAACATGAGGAGAATTATACTCCTGTTTTGATTAATTCCTTCCTGTTCTTATTACCAGTTTGTATAAACAAGAACCCATTTACAGAGTTACAATCCATGTTATCATTTG
TTCATCTGGTAATTATTCAATCTGCAGGATCAGTTGTTCTTTCTTCTGTCCTCATGTTGAAATTTATGTTGACA