sp|Q9LHS0|CAP10_ARATH ----> Putative clathrin assembly protein At5g35200


Intron 1 GTGAGCAGCT ... GCCAAAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A16.5410007
A29.27918
A318.6874417
A47.146505
A55.263602
A616.3951010
A707500
A84.084702
A94.211405
A104.089404



>TRINITY_DN119545_c3_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform
AGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGG
GCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGGGACCATTTTGACAAAACCTTCGGATAGCTAGCGTTTGTTTTGGGGATAATGTGGAGATTTACTGTCCTGGTAGGTGCGTTTAGGGCAGAAT
CGCGCAGAGGTCCGTAATCGATCAGTTTTGACTGCATTTAGAGCTGTCGGTGAAGTTGAACTAAATGATGGCAGGAATCGGGCTAAGGTAGGTCCTGTTTGGCTTTAAATCGGTCAATGGACGTGTTCAATATAGTCGGCAAGGATAGGGAACGTTTTGGCTGAAATCAGCTCAAATAAGATTAGACTAGTACAATGTCA
CAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTA
TTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACT
ATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAAT
CATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCT
TGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGA
AAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCT
CTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAAT
GACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTG
CCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTT
ACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAG
TTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAATTGCATGCAATATTTCAATTTTCAGAAATATGGCATTC
TGTCACTATATTGTTAAAACACTGTAAATTGAAAAGCACCAAACAAGCAGTCAGGAAAAACAGCTCTGTAAAAGAACCCAGCACCCTTCGAATTTTATAGCTAACAATAAACACACAATTTCCCTAGGCTTGACTAGCAAATCAATCACTGAATCTATGCCATCTTGTTATTAACTCAATTCCCTATCATTGCTTCTGAC
AGTAATAATCTTTGGCCCCATATTTTGCCTGGTAAATGTAGTTCATTACAAAATTTCC


>TRINITY_DN119545_c3_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TTTTACAGATCTTAAAAAGgtgagcagctaaagatcccgcatctttgtttttggctttgttagggtctgtaatctgcgtctctggtttggttgtttttcccggacaatttaggactgattcggccaaagcagGGACCATTTTGACAAAACCTTCGGATAGCTAGCGTTTGTTTTGGGGATAATGTGGAGATTTACTGTCC
TGGTAGGTGCGTTTAGGGCAGAATCGCGCAGAGGTCCGTAATCGATCAGTTTTGACTGCATTTAGAGCTGTCGGTGAAGTTGAACTAAATGATGGCAGGAATCGGGCTAAGGTAGGTCCTGTTTGGCTTTAAATCGGTCAATGGACGTGTTCAATATAGTCGGCAAGGATAGGGAACGTTTTGGCTGAAATCAGCTCAAA
TAAGGTGCGTTTTCCAGAAAATCTATAAATTTAGGGGCTATTTTGCAGAAAACTATTGAGATAGGGCTGATTTTGCGGAGAACTATTGAGATAGGGCTGTTTTTTCGTAAAATGAGCTATGATAAGGTGTATGTTAGAGAACATCTTTGAATTTAGAGGTTATTTTGCAGAAAATGATGAAGATAGGCAGATTTTTCGTA
AATCAGCTAAGAGAAGGTATATGTAAAACAATATATTTAAATTTAGGGGCTATTTTGCGGAAAACTATAAAGATTGGGCAGGTTTTGACTAGAATCAGCTCAGATAAAGTGTATGTTATAGAAAATCTTTAAATTTAGGAGCTATTTTGCAGAAAATTATGAATACAGGGCAGATTTTGCCTAAACTCATCTAAGAGAAG
GTGTATGTAACAGAAAATCTATACTTTAGGTGCTATTTTGCAGAAAACTATGGATAGAGGACAGGTTTTTCCGAAAGCCAGCATAAAATATGGTGCATGCTACAGATTTTTTTTTAATCCGGGGGCTGTGTTGCAGAAATCTAGTAAGGCTAGCTGAATAAGATCGGCGAGGTTACAGCGCATTTTGTCTAGACGGACTA
ACTTTTAGGGTCTTTCAGGGACAAAATTACAGAGAAAATAATATGCTTTTAAATAAATAGTCAATTATAGGGTTCGGTTTTCAGTGAATCAGCAAATTTGGATTCGCTTTGTAAAGTCAACAAATATAATTTTTTGCCAGGGACAGAGTACTCAGGTTTAGTGTTGATTTGGAGAGGTGCGGGG




Intron 2 GTGAGCAGCT ... GTCCTGGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A131.471046213
A232.698251.77
A334.97047.320
A431.476639.38
A531.5840245
A631.544929.39
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A931.251197022
A1031.099555.317



>TRINITY_DN119545_c3_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform
AGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGG
GCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGGTGCGTTTAGGGCAGAATCGCGCAGAGGTCCGTAATCGATCAGTTTTGACTGCATTTAGAGCTGTCGGTGAAGTTGAACTAAATGATGGCAG
GAATCGGGCTAAGGTAGGTCCTGTTTGGCTTTAAATCGGTCAATGGACGTGTTCAATATAGTCGGCAAGGATAGGGAACGTTTTGGCTGAAATCAGCTCAAATAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGA
ATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTA
TCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGAC
ATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCAC
CATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGT
ATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCA
CCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAA
TGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAAC
CAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCA
TACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGAT
GACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGT
GGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAATTGCATGCAATATTTCAATTTTCAGAAATATGGCATTCTGTCACTATATTGTTAAAACACTGTAAATTGAAAAGCACCAAACAAGCAGTCAGGAAAAACAGCTCTGTAAAAG
AACCCAGCACCCTTCGAATTTTATAGCTAACAATAAACACACAATTTCCCTAGGCTTGACTAGCAAATCAATCACTGAATCTATGCCATCTTGTTATTAACTCAATTCCCTATCATTGCTTCTGACAGTAATAATCTTTGGCCCCATATTTTGCCTGGTAAATGTAGTTCATTACAAAATTTCC


>TRINITY_DN119545_c3_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TTTTACAGATCTTAAAAAGgtgagcagctaaagatcccgcatctttgtttttggctttgttagggtctgtaatctgcgtctctggtttggttgtttttcccggacaatttaggactgattcggccaaagcagggaccattttgacaaaaccttcggatagctagcgtttgttttggggataatgtggagatttactgtcc
tggtag
GTGCGTTTAGGGCAGAATCGCGCAGAGGTCCGTAATCGATCAGTTTTGACTGCATTTAGAGCTGTCGGTGAAGTTGAACTAAATGATGGCAGGAATCGGGCTAAGGTAGGTCCTGTTTGGCTTTAAATCGGTCAATGGACGTGTTCAATATAGTCGGCAAGGATAGGGAACGTTTTGGCTGAAATCAGCTCAAA
TAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTAC
AAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACG
ATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAG
CCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGA
GTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGAT
CATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCT
TCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATT
AGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAAC
AGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTG
GATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTG
TATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAATTGCATGCAATATT
TCAATTTTCAGAAATATGGCATTCTGTCACTATATTGTTAAAACACTGTAAATTGAAAAGCACCAAACAAGCAGTCAGGAAAAACAGCTCTGTAAAAGAACCCAGCACCCTTCGAATTTTATAGCTAACAATAAACACACAATTTCCCTAGGCTTGACTAGCAAATCAATCACTGAATCTATGCCATCTTGTTATTAACT
CAATTCCCTATCATTGCTTCTGACAGTAATAATCTTTGGCCCCATATTTTGCCTGGTAAATGTAGTTCATTACAAAATTTCC




Intron 3 GTAATGTGCA ... TGTGTTTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A122.831424143
A2191132627
A320.21565326
A418.831253424
A523.6682913
A618.541454224
A718.032756952
A816.181452531
A918.432396246
A1017.18255.56838



>TRINITY_DN99699_c0_g1_i5 from sample A5 / Example spliced isoform
TGGAGATTTACTGTCCTGGTAGGTGCGTTTAGGGCAGAATCGCGCAGAGGTCCGTAATCGATCAGTTTTGACTGCATTTAGAGCTGTCGGTGAAGTTGAACTAAATGATGGCAGGAATCGGGCTAAGGTAGGTCCTGTTTGGCTTTAAATCGGTCAATGGACGTGTTCAATATAGTCGGCAAGGATAGGGAACGTTTTGG
CTGAAATCAGCTCAAATAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTG
CAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTA
TCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCG
CCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGG
CTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAG
AAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAA
TGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCAC
CAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTAT
GCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTT
GTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATT
GAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTG


>TRINITY_DN99699_c0_g1_i6 from sample A5 / Example unspliced isoform:
GGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGGGCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCG
GGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAG
GCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGgtaatgtgcaatccttgccttaattggtatttgggaaatggaatttagactagttg
acagtctagtaggcttggtctcttttctagttgttaatctgccagtaaagtggtcaaagtgaaactccgatgcctcagttgcactttgtacatgtgctggaggtctaaaaggcattagaggttgtatgtggttgcagttaccactcgagcagaacaattgattcaagtagtctttatgtgaattaggtgtttttatctgt
ccttcgctccaacgccttttcaaagtctggtataatatggaggatttcacattaatttacattatagttgaagtctgtgtggtattcaccatagaaatttatgatttgaatgtagtgtagatttcgatatataaggaagggcaaaggactgttattgtgatgctaatattctgctttttaaaagaaattttttattgtga
tactgaagttgtcaaagtcccaattgatttttgaatatactatagctttcaatttgcagtgaaaagtaaaactggagttacatttgtttttggattagtttggtccgattcttaataactttaattgattattggctgtgttttag
GTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCC
ACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGA
ACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAA
TGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCC
GTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACT
CGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCT
TATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATG
GGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTG
GACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATAT
TTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTG




Intron 4 GTAAGTGGAT ... TTTTGGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A122.34146421
A225.82135470
A319.33192460
A424.78121.4401
A517.4885180
A622.7218640
A721.42322.8880
A818.99128300
A920.85315830
A1024.673391110



>TRINITY_DN122818_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform
CAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGGGCTAAAAACAGACACCTA
TTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGAT
ATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAA
AGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCT
TGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGAC
AAGGTAGGAAATGTTATGGTTTAAATGTTTAATTAGCATTGCATCTTAATTATAATTGATCTATAGCTCTGATAATTGCAACTGTCTACCTACATTTCTATGAAATGC


>TRINITY_DN122818_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGGGCTAAAAACAGACACCTA
TTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGAT
ATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAAgtaagtggatgtcctcttttctgcactcaaagagtcgaacaccgtttcgttttactggagtatagctcaataggcatttttacatcaatgggcggttcgctgctagacattacactgtgattttgtatggatttttaaa
ctctgcaatttgatttccaagcaagatgtataggtctaatatctgatgatctttatcttttgggcag
TTATTTTTGCA




Intron 5 GTAGGAAATG ... CTACCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A82.83247.317
A96.24292319
A102.1128506



>TRINITY_DN112378_c3_g5_i1 from sample A3 / Example spliced isoform
AGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGG
GCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGGTGCGTTTAGGGCAGAATCGCGCAGAGGTCCGTAATCGATCAGTTTTGACTGCATTTAGAGCTGTCGGTGAAGTTGAACTAAATGATGGCAG
GAATCGGGCTAAGGTAGGTCCTGTTTGGCTTTAAATCGGTCAATGGACGTGTTCAATATAGTCGGCAAGGATAGGGAACGTTTTGGCTGAAATCAGCTCAAATAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGA
ATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTA
TCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGAC
ATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCAC
CATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGT
ATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTT
GATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGG
TGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAAC
AAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGA
TGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCC
AAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCC


>TRINITY_DN112378_c3_g5_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CCACCATCAACCTTGTTGACAAGgtaggaaatgttatggtttaaatgtttaattagcatcgcatcttaattataattgatctatagctctgataactgcaactgtctacctgcagTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGTGTGGTTGGAAATTTCCT
GTTCCAAAAGTGTTCTAATTGATGTCTTTAGTTTCAAACCATGTCAAAACAGTCCCATATACCTCTACTATTTTGTTCTCTAGGATGATTGTGATCCAACAATACTTTTTTTAAAAGCATTTGCTTCAGTGGCAATCCTTCTGAACATATTTGAAGTGTTTAATTTTATCATCATTGCCTTCTCTCGCTATATACACCTA
CCATTCCTATTCTTTTCCAGCATGTTTAATTTAAAGAAACAAATTTTCTAGCATCATTTCTGAAATGTGGAATGAATATCACTTTGTGTCACACGTGACAAATAAAATAACTTTATTGCATTTATTTGTTCCACTGGCATGGTAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTG
GATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGGTACAGATAATTTGTGAACTTTGTTATCATGTTCAGTGCAACTTTTTAGTGTAATGGCATGTAGCAGGTCATTAAAGATGTGCATGGTTCTGTGTGATACTTACTTTGGTTCTTGTGAATCAAATTACTGAATGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTA
TGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTG
ATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGT
GGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACA
AGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGAT
GTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCA
AATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCC




Intron 6 GTGTGGTTGG ... GGCATGGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A915.7226754.724.4
A1015.3525853.113.1



>TRINITY_DN122818_c0_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoform
ACTGAAGTTGTCAAAGTCCCAATTGATTTTTGAATATACTATAGCTTTCAATTTGCAGTGAAAAGTAAAACTGGAGTTACATTTGTTTTTGGATTAGTTTGGTCCGATTCTTAATAACTTTAATTGATTATTGGCTGTGTTTTAGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCA
CGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAA
CTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAAT
GCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCG
TCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTC
GAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTT
ATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGG
GGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGG
ACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATT
TCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAATTGCATGCG


>TRINITY_DN122818_c0_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTATAGGCGAGCTGGTAAACAGgtgtggttggaaatttcctgttccaaaagtgttctaattgatgtctttagtttcaaaccatgtcaaaacagtcccatatacctctactattttgttctctaggatgattgtgatccaacattactttttttaaaagcatttgcttcagtggcaatccttctgaacatatttgaagtgt
ttaattttatcatcattgccttctctcgctatatacacctaccattcctattcttttccagcatgtttaatttaaagaaacaaattttctaccatcatttctgaaatgtggaatgaatatcactttgtgtcacacgtgacaaataaaataactttattgcatttatttgttccactggcatggtag
GCTGAAAAATTATC
AGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGGTACAGATAATTTGTGAACTTTGTTATCATGTTCAGTGCAACTTTTTAGTGTAATGGCATGTAGCAGGTCATTAAAGATGTGCATGGTTCTGTGTGATACTTACTTTGGTTCTTGTGAATCAAATTACTGAAT
GAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGGTATGAACATCTATCCTAAGAGAGTATATAGTATTATAGTGTTTTGAGGACGCT




Intron 7 GTGCGTTTAG ... CTCAAATAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A230.161768270
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A1027.2527595111



>TRINITY_DN119545_c3_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform
AGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGG
GCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGT
GAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTAATGTGCAATCCTTGCCTTAA
TTGGTATTTGGGAAATGGAATTTAGACTAGTTGACAGTCTAGTAGGCTTGGTCTCTTTTCTAGTTGTTAATCTGCCAGTAAAGTGGTCAAAGTGAAACTCCGATGCCTCAGTTGCACTTTGTACATGTGCTGGAGGTCTAAAAGGCATTAGAGGTTGTATGTGGTTGCAGTTACCACTCGAGCAGAACAATTGATTCAAG
TAGTCTTTATGTGAATTAGGTGTTTTTATCTGTCCTTCGCTCCAACGCCTTTTCAAAGTCTGGTATAATATGGAGGATTTCACATTAATTTACATTATAGTTGAAGTCTGTGTGGTATTCACCATAGAAATTTATGATTTGAATGTAGTGTAGATTTCGATATATAAGGAAGGGCAAAGGACTGTTATTGTGATGCTAAT
ATTCTGCTTTTTAAGAGAATTTTTTTATTGTGATACTGAAGTTGTCAAAGTCCCA


>TRINITY_DN119545_c3_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGG
GCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGgtgcgtttagggcagaatcgcgcagaggtccgtaatcgatcagttttgactgcatttagagctgtcggtgaagttgaactaaatgatggcag
gaatcgggctaaggtaggtcctgtttggctttaaatcggtcaatggacgtgttcaatatagtcggcaaggatagggaacgttttggctgaaatcagctcaaataag
ATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGA
ATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTA
TCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGAC
ATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCAC
CATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGT
ATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCA
CCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAA
TGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAAC
CAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCA
TACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGAT
GACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGT
GGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAATTGCATGCAATATTTCAATTTTCAGAAATATGGCATTCTGTCACTATATTGTTAAAACACTGTAAATTGAAAAGCACCAAACAAGCAGTCAGGAAAAACAGCTCTGTAAAAG
AACCCAGCACCCTTCGAATTTTATAGCTAACAATAAACACACAATTTCCCTAGGCTTGACTAGCAAATCAATCACTGAATCTATGCCATCTTGTTATTAACTCAATTCCCTATCATTGCTTCTGACAGTAATAATCTTTGGCCCCATATTTTGCCTGGTAAATGTAGTTCATTACAAAATTTCC




Intron 8 GTGAGCAGCT ... CTCAAATAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.2420837.274
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A533.337214.436
A634.814817.679
A731.6525728.4119
A832.8213116.864
A930.2527942121
A1028.7627533.2111



>TRINITY_DN119545_c3_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform
AGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGG
GCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGT
GAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTAATGTGCAATCCTTGCCTTAA
TTGGTATTTGGGAAATGGAATTTAGACTAGTTGACAGTCTAGTAGGCTTGGTCTCTTTTCTAGTTGTTAATCTGCCAGTAAAGTGGTCAAAGTGAAACTCCGATGCCTCAGTTGCACTTTGTACATGTGCTGGAGGTCTAAAAGGCATTAGAGGTTGTATGTGGTTGCAGTTACCACTCGAGCAGAACAATTGATTCAAG
TAGTCTTTATGTGAATTAGGTGTTTTTATCTGTCCTTCGCTCCAACGCCTTTTCAAAGTCTGGTATAATATGGAGGATTTCACATTAATTTACATTATAGTTGAAGTCTGTGTGGTATTCACCATAGAAATTTATGATTTGAATGTAGTGTAGATTTCGATATATAAGGAAGGGCAAAGGACTGTTATTGTGATGCTAAT
ATTCTGCTTTTTAAGAGAATTTTTTTATTGTGATACTGAAGTTGTCAAAGTCCCA


>TRINITY_DN119545_c3_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TTTTACAGATCTTAAAAAGgtgagcagctaaagatcccgcatctttgtttttggctttgttagggtctgtaatctgcgtctctggtttggttgtttttcccggacaatttaggactgattcggccaaagcagggaccattttgacaaaaccttcggatagctagcgtttgttttggggataatgtggagatttactgtcc
tggtaggtgcgtttagggcagaatcgcgcagaggtccgtaatcgatcagttttgactgcatttagagctgtcggtgaagttgaactaaatgatggcaggaatcgggctaaggtaggtcctgtttggctttaaatcggtcaatggacgtgttcaatatagtcggcaaggatagggaacgttttggctgaaatcagctcaaa
taag
ATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTAC
AAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACG
ATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAG
CCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGA
GTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGAT
CATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCT
TCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATT
AGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAAC
AGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTG
GATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTG
TATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAATTGCATGCAATATT
TCAATTTTCAGAAATATGGCATTCTGTCACTATATTGTTAAAACACTGTAAATTGAAAAGCACCAAACAAGCAGTCAGGAAAAACAGCTCTGTAAAAGAACCCAGCACCCTTCGAATTTTATAGCTAACAATAAACACACAATTTCCCTAGGCTTGACTAGCAAATCAATCACTGAATCTATGCCATCTTGTTATTAACT
CAATTCCCTATCATTGCTTCTGACAGTAATAATCTTTGGCCCCATATTTTGCCTGGTAAATGTAGTTCATTACAAAATTTCC




Intron 9 GTTTGTGGCA ... AATGTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.28230782
A225132744
A318.971881344
A422.99134540
A525.7152118
A617.99319370
A718.454952112
A819.24361786
A917.01449492
A1017.1480199



>TRINITY_DN112378_c3_g5_i1 from sample A3 / Example spliced isoform
AGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGTCCATTTTTGG
GCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGGTGCGTTTAGGGCAGAATCGCGCAGAGGTCCGTAATCGATCAGTTTTGACTGCATTTAGAGCTGTCGGTGAAGTTGAACTAAATGATGGCAG
GAATCGGGCTAAGGTAGGTCCTGTTTGGCTTTAAATCGGTCAATGGACGTGTTCAATATAGTCGGCAAGGATAGGGAACGTTTTGGCTGAAATCAGCTCAAATAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGA
ATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTA
TCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGAC
ATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCAC
CATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGT
ATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTT
GATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGG
TGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAAC
AAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGA
TGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCC
AAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCC


>TRINITY_DN112378_c3_g5_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GCAATATCTTTATCGCCTAATGGTATGCCAAGTATTTACATCCTAGTCACTATTGTGAAATATATAGTAACTCTGTAATTTTGGAGGCTGGCTACTTGTATCATGTGCTTTTGAGTTATATGTCCTTTCAGTGTGATTTTGGATTGAAAGCACTACATACTGTTGTGTATGGTTGCTAATTTAATAATCTAATTATGTGC
AGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGgtttgtggcatcttcactcttttgtggttaaaatttatttgttgtcttgcataaagaaagtagtttcacttgctaaagttgatgccgtactttatgatgggtatacttatttgccttttgcacaatgttgcagGTTTCTAGAGAGAG
CATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGC
CACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTT
GTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAA
TTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTG
CTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTT
TAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATT
TATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCC




Intron 10 GTACAGATAA ... GAATGAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A913.2287.8448.3
A1014.43267.9349.7



>TRINITY_DN122818_c0_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoform
ACTGAAGTTGTCAAAGTCCCAATTGATTTTTGAATATACTATAGCTTTCAATTTGCAGTGAAAAGTAAAACTGGAGTTACATTTGTTTTTGGATTAGTTTGGTCCGATTCTTAATAACTTTAATTGATTATTGGCTGTGTTTTAGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCA
CGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAA
CTGGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAAT
GCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCG
TCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTC
GAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTT
ATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGG
GGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGG
ACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATT
TCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAATTGCATGCG


>TRINITY_DN122818_c0_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGTGTGGTTGGAAATTTCCTGTTCCAAAAGTGTTCTAATTGATGTCTTTAGTTTCAAACCATGTCAAAACAGTCCCATATACCTCTACTATTTTGTTCTCTAGGATGATTGTGATCCAACATTACTTTTTTTAAAAGCATTTGCTTCAGTGGCAATCCTTCTGAACATATTTGAAGTGT
TTAATTTTATCATCATTGCCTTCTCTCGCTATATACACCTACCATTCCTATTCTTTTCCAGCATGTTTAATTTAAAGAAACAAATTTTCTACCATCATTTCTGAAATGTGGAATGAATATCACTTTGTGTCACACGTGACAAATAAAATAACTTTATTGCATTTATTTGTTCCACTGGCATGGTAGGCTGAAAAATTATC
AGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGgtacagataatttgtgaactttgttatcatgttcagtgcaactttttagtgtaatggcatgtagcaggtcattaaagatgtgcatggttctgtgtgatacttactttggttcttgtgaatcaaattactgaat
gaacag
CCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGGTATGAACATCTATCCTAAGAGAGTATATAGTATTATAGTGTTTTGAGGACGCT




Intron 11 GTAATGTCAG ... TTGGTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A920.247473167
A1022.3232270115



>TRINITY_DN45811_c0_g2_i16 from sample A7 / Example spliced isoform
CTTGTGCCTAAGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGT
CCATTTTTGGGCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGGGACCATTTTGACAAAACCTTCGGATAGCTAGCGTTTGTTTTGGGGATAATGTGGAGATTTACTGTCCTGGTAGGTGCGTTT
AGGGCAGAATCGCGCAGAGGTCCGTAATCGATCAGTTTTGACTGCATTTAGAGCTGTCGGTGAAGTTGAACTAAATGATGGCAGGAATCGGGCTAAGGTAGGTCCTGTTTGGCTTTAAATCGGTCAATGGACGTGTTCAATATAGTCGGCAAGGATAGGGAACGTTTTGGCTGAAATCAGCTCAAATAAGATTAGACTAG
TACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAAAGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAG
ATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAACCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAAT
GCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTACTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTAGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGC
TATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAATTAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTT
GCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTGCAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCG
CCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGATCTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCC
AAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAGTAAACTGGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAGTGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGC
AACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATATCCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATAT
CCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTTGCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTA
GATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATTGTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCT
CGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAACTGC


>TRINITY_DN45811_c0_g2_i14 from sample A7 / Example unspliced isoform:
CTTGTGCCTAAGGAAATCGGCAGGCTGGCAGCCAGCAGCTGAAGGGCCAGCTCAATATTTCGCATTTATCGTACTGGACTTTGTCGTCATTATTACTATTATTTTCATTTATTGTTCGTAGAATTTCCATTGCCGTCAAAAACCCTCGTTTCGCAGCAAATAATTGGCAGCTCGGATCTCGTCCTGCACCTATTTTTCGT
CCATTTTTGGGCTAAAAACAGACACCTATTGTGTTCACAATCGGGTCTCCGACGGACTCGATCTGGAGATCTGCACCTGGGCTAACAGAGGCCTTCGCTTTTTACAGATCTTAAAAAGATTAGACTAGTACAATGTCACAACAGAGCCTGAGGAAGGCATTGGGTGCGCTGAAAGACACAACAACAGTCAGTCTCGCCAA
AGTGAACAGTGAATACAAGGATCTGGATATTGCTATCGTGAAGGCCACAAATCATGTGGAGCGGCCAGCAAAAGAAAAGCATATTCGAATTATTTTTGCAGCCACGTCGGCTACAAGGCCTCGGGCAGATGTAGCGTATTGCATCCATGCTCTTGCAAGACGTCTTGCCAAGACACACAACTGGGCGGTTGCGTTAAAAA
CCTTAATTGTTATCCATCGAGCTTTGAAAGAGGTTGACCCCACGTTTCGGGAGGAACTGATCAATTATAGCAGATCCAGGGGACACATTCTTAATTTATCTTACTTCAAGGACGATTCTAGTCCAAATGCTTGGGACTATTCAGCATGGGTTCGTTCATATGCATTGTTCCTCGAAGAACGATTGGAATGCTACCGTGTA
CTGAAATATGACATTGAAACAGAGCGCTTGAGAACTAGGGAACTAGATACTGTTGAACTACTAGAACAATTGCCTGCTTTGCAGCAATATCTTTATCGCCTAATGGCATGCCAGCCGGAAGGGGCAGCTATATCCAATCATGTGATACAGTATGCACTCACAGCGGTTTCTAGAGAGAGCATTAAACTTTACACTGCAAT
TAATGATGCCACCATCAACCTTGTTGACAAGTTCTTTGAAATGCAACGCCATGATGCTATTAAGGCACTTGATATCTATAGGCGAGCTGGTAAACAGGCTGAAAAATTATCAGAGTTCTACGAAGTTTGCAAAGGTCTTGACCTTGGACGTGGATTTAAATTTCCTACACTTGAACAGCCACCAGCATCATTCATTTCTG
CAATGGAAGAGTATGTTAAAGATGCCCCAAGATCATCATCCGTCCGTAGAGAGTTGAAAACTGAGTCTGTTCCAAAGGTTTTAGCTCTGGAGTACAAGAAAAAAGCAGAGCCCCAGGATGATGTACCGCCACCACCTCCAGAACCAGTTAAGGAAAGTGTTGCACCTGTACAATCTGTTGTGCCGACTGTGACAACTGAT
CTTTTGGGTTTTGATGATATTAGCCCTGATCCTTCCTCACTCGAAGAAAAGAATGCTCTGGCCCTTGCTATTGTCCCTACTACGGATAATTCTTCCAATGGAACCTCAAACAGTGTTCGAGATATTCCAAATGGAGCCACTGGTTGGGAACTAGCTCTTGTCACCACTTCAAGCTCTAATTCTAGTGTGCAAGCAGAAAG
TAAACTGgtaatgtcagctttctatatatatcaaccagagatatagtttatttgggtgtattctgcatttgattgtaagggttatcaattcattttggctttttattggttgcagGCTGGTGGCCTTGATAAGCTTACATTAGATAGCTTATATGAAGATGCAATGACAAGGCAGGTATCTAGTTACCATACAGGTCAAG
TGGCACCAAATCCCTTTGAGGCTTCTCCAATGATGCAACCAGGACATGACCCTTTTTATGCCTCACAAAAGGTTGCTCCACCATCTGCTGTACAGATGGCTTCTATGGCTCAGCAGCAACAAGTTTTCATGGCACAACAACAGATGATGGGGCAGCAAGTTCCTGCCAACCCTTTTGGCAATCCATATACAGCTGCATAT
CCTTATGCAGCAGGGACTCCTTATCAGGCTCAATATCCATACGGGAATGCAGGCTATATGTAGGTGTTGTCAATAAGATGATTCTTTTAGAAATAAAAGGCAAATCGTGAGGGTCCGAGATGTTACAAAAGTTGCCAGTTGGATTGTTGGACAGTTCGGTATTTTACTACCTCAACTTTGTTGTTTATGTCTTATATGTT
GCCTTTGTTAGTCCAGCTTAGCGTTATTCTATATTAGATGACGCTGAGGCATGAATGGAGTTGTCAAGAGTCACTAAGAGGTACATTTATTTTGTGACGCACTGAGCAGTTATTGCTGCCAAATTTGTTGTTCAAGGGGTGTATCATATTTCATGTAGCTACTAGTTTATTCAGATTCAATTTGTCTATGGGATGAGATT
GTCATTGAAAATTTTTGGGGCCTAAAGTAATTGTCTCGTGGACATTAATTGAATTGATTCTTGAATAATCATGGCAAGCCACTTTTAGCAGCTGATTGAATCCATGGGTAGTAATATATAAACTAAA