sp|Q8RY24|SPSA3_ARATH ----> Probable sucrose-phosphate synthase 3
Intron 1 GTAAAATACT ... TTATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.45 | 58 | 12 | 3 |
| A2 | 13.18 | 56 | 14 | 3 |
| A3 | 13.58 | 70 | 14 | 8 |
| A4 | 16.55 | 58 | 16 | 7 |
| A5 | 3.37 | 43 | 3 | 0 |
| A6 | 3.03 | 16 | 0 | 1 |
| A7 | 10 | 27 | 6 | 0 |
| A8 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
| A9 | 0 | 12 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 12 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN108173_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoformCCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTTGTTGGTTTGA
AGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCAGCTTTGATGAGATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCTCCGTTGTATT
TCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTCGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACACGCCAGGGTTT
GTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTTAAAAAAATGG
CCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAAGGTGGTGGCG
ATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAACTGATGTTAC
CACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTCGTAGAACTTGCAAGAGCATTGT
CAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATATTAGCAAGGAG
TTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCACTGGTCATTC
CCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTCAGACTTGAAA
AGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCT
GAGGTGATGCGTTTTTTCACAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGGTGAGAAACCTTGCTTTTGAGCTTATCTAATTGACTTTGGTATTTATCTTGCCCTATTGTATCAA
TATCTTTTGCAGCATGCACCGCATAAATGTTCATATGTCACATGTCTACAAAATCGTAAACTAACTACGCATGAAATATTTGTTAATGCAGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAGCTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAG
TTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGTGCTTCAGTTTCTAGAGACGCTCTTCTACCTATCATAGATGGAATAATTTTTTGTATTATTAAATTATTGTTTGTTCGTTAACAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTC
TCATTGAGGTATAGAAATTCTCTAATCAACATTTTGTACCTGAGCATATGTTGTTTTAACCATAATTTATATATTGATTTAATTCTGTAGTCTATTCTGTGGCCCAATGTCGGTTCAGAAAAAAAAATTAGGCAATATTTTTTAACTTGAATGTTGTTTCTACAAATGCTGTGTGTAACTGGC
>TRINITY_DN108173_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTTGTTGGTTTGA
AGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCAGCTTTGATGAGATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCTCCGTTGTATT
TCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTCGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACACGCCAGGGTTT
GTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTTAAAAAAATGG
CCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAAGgtaaaatac
tcggctctttacatccaactgtaatactaatattcataaaaaccagccattattatgcataaggcatgcagagagccttgtgacagttaatttttttgcaaatttaaatattattgcatctttaatccgttttatcatcccgttgctgaacttatctttcatcacagtaaaatatctcttcggattgcacagagattgga
agggactagctactttgtgcattttttctgccattatttaaccttcatttgaagttccatgcatctaaccaaaaaatataccgtgccaaaagtgtactgatgatagtgccaaaagtgtactgattatcatcccgaagatactccatagcagcgaacggattgaacaacgatagggattggttgctcttgcatattttctg
cctttatttaaacttcatttaaagttccatgcatccgaactttaaaaggaattaaaaaaagcctgtgacaaaattgtactgataatcatgctaaagatactgcatcacagcgaaatatttctgcggattgaacaacgattgcaagggactggttgctctgtgtaattttctgtcatttttaaaccttcattgaaagttcc
atgtattcaatcataaagcaacaatgaaaatactagcgacataattgtattgataatcgtcttaaagatggtccaaagcaatgaagttttccttagtatgttaaatttttgaaatatttgtcattcacgttttcttccatggaaataatcattcattattttcagGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAA
CAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGGTACTGCCCTAAATACCCCGCTCCTTTGTAACCCTGGCTATGGGCTATGAGCTCTGGTTAAACGGAATCTCATCGAAATCGGAATCTATCATAGTAATCTGCTAGCTGTGCTATCACAGTAGGTT
Intron 2 GTGAGTTACC ... TCATTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.32 | 71 | 11 | 23 |
| A2 | 14.75 | 78 | 11 | 16 |
| A3 | 19.5 | 64 | 9 | 22 |
| A4 | 14.85 | 43 | 4 | 11 |
| A5 | 18.52 | 22 | 6 | 4 |
| A6 | 14.75 | 26 | 5 | 4 |
| A7 | 18.52 | 22 | 5 | 5 |
| A8 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A9 | 9.09 | 15 | 1 | 2 |
| A10 | 10.34 | 39 | 2 | 7 |
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoformATGGGTTAGAGGTTTGTGCAACTGTAAGGATGAGGATGCTGACCCCAACTCTGGTTGGAGCCATAAACTGGCCCACAAGGCCTTGGATTTGTGCCAGCTATAACATGATTATTCTTTCATTGTTTTATGCCATTGACTATAGATTGAAATGTTATTTTCCCTCTAGTCCTGTATTGTAGTGTGTAATAGACTGGAGGCTT
GATAGGGATTAACAATAATATTAATGATAGTCATGAATCTTATTTATAAAAATTAAAATACCTTTCATGAGATGGAATTACGCAGTTGTTAGTCATTATTAGTCAGCAAGTTATTTAAGAATTAAATTAGAAATCAAATGCAATATTTAAGAGGATTTATGTCTCTTCTGCTTGTTCATGCTCCTCTCTTGCCTGGTGCC
ACGTGTAAAATGCTTTTGAATTTTTTTCTACTTCATGAATATATTTTTAGTATACAATATGAGTTTGAAATAAAATCAGTCTATGTATTTGCTTCTTCCCAGGAGCAATTTAATGGAGCTTCTTCAAGATGATTCTTGCAACTCTCTTCTATTGGGTCAGTTTATAGTTTTTTGTTGCAATAAACAACAAATGAGTCCTT
TGGAGACACGTCTCATTAAATATGCTCCAAAGCTCCTTTAAAGCCTCTTCACAGGTTTAATTATATCTATTATCAACTTATGCATTATTTATCCCTTATCAGATGTACATGGCATAGCTAAAAATAGAATTTGTTCTAGCTCAACAGCTCTGGCACTTCTGATGTTTAATTTAATGCATCAATTATTGATTGCAGGAAAT
GTAGGAAATGTCTGTGCTTGAAAAAGAACCAGATATCTCTAACTTACTAAAATTACTAAACAAGCCGTGGCAGTGATCCTATACCAATTAGTTATCTTCAACTAAGTTCATATTGACAGTTTGTTAGTTCTACCAAAAAGAAATCAAGCTTTTCACTACATTAAGATGATATATGAAAATTGGTTGGTTTTATTTATTAA
AGCAGAAACCCTTGTTAATTCCTTCATTGCTCTCTTTGGAGGATTATTTTATATATTTTTCTTGTTCTATGCAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTAGAACTTGCAAGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGA
TTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATATTAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTG
TAGATGGGGCACTAGCTCACATTCTAAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCACTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTG
TTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTCAGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAA
AGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCTCAAACCGGC
ACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTAGACCTGATCCAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTG
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACCTGGCACGTCGACAGAAACAGGTACTGCCCTAAATACCCCGCTCCTTTGTAACCCTGGCTATGGGCTATGAGCTCTGGTTAAACGGAATCTCATCGAAATCGGAATCTATCATAGTAATCTGCTAGCTGTGCTATCACAGTAGGTTGTGTAGAACATGCCGAAATAGATTCCCGAATATTCCTAATCAACGGCCCCTT
TGTCGTGATTCTTTCAAGTGCCGTGGGGCCGAACTGGCCCATCGAACCCCACACACTGCGCTTTACCCCAAACATGCAGCCAGGTCTCCACCTGCGCACTCGTTAAACCGCGCTTTAACTGCTCGAGATTCAGTCAGATATGCTCACATGATAAGCTTCCCCGAGTCCAGACCACATTAAAAACAGGCGACTGAAATTAC
CTGATCTAATTGCTTTGCTTTCTTTGCGGAGAAATCAGATTAAAGAGACGTGGGGGTTTTGTTTTGGTTTCTGTTAGCTGACGGAGGCGGATTGTAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGG
GAGAAAAAACTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTA
GAACTTGCAAGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGA
TCAATATATTAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGA
TGGTTCTCACTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGT
TTTGATGTCAGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGgtgagttaccttttgtcaagcacacatgttagtttattcacagtcgtttttccaaatgggttggcaatggcatgaattccactgggagggtctatgcaggcagagcccttccaaat
ttgagtacatggaggatagaaatacatgcaaaaatgcttataatgaacataggatctatgcataataattttcactttttatcttggaaggaaatttagtcaaccaagttttttacttgccattctgaaattggtcatatgatatttccaagaaatacttctaagctgtttcatttccagGTTATACCTCCGGGAATGGA
CTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCTGAGGTAAACCATTCTTATCAGCCCAATATATCTCAGCTGACATTTACTGATTTCATAGCTAGCTTTGTTCCACCAGTATATCTCA
CCTTAACTTGCATTTTTATGTTTTGGCCACAG
Intron 3 GTGTGTGTTT ... TATTGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.85 | 61.5 | 4 | 19 |
| A2 | 38.03 | 37.8 | 4 | 23 |
| A3 | 38.23 | 40.5 | 3 | 25 |
| A4 | 21.48 | 29.3 | 3.3 | 8 |
| A5 | 32.02 | 25.5 | 3 | 12 |
| A6 | -1 | 2.3 | 0 | 0 |
| A7 | 26.7 | 19.5 | 0 | 7 |
| A8 | 31.25 | 2.5 | 0 | 1 |
| A9 | 25.89 | 17.3 | 0 | 6 |
| A10 | 23.93 | 17.3 | 0 | 5 |
>TRINITY_DN120743_c0_g1_i15 from sample A3 / Example spliced isoformCAACCGTCGGCCGCGGTGGGATTCTCAGGCACGGAACTGGAAGCAATGCTACCGGCGACTGCAAGTTCCCGGGAACGTCCAATTGCCCATTTTTTGTTCCCGGTGTCAAATTAATTTGCAATTATTGCGATGAATCTTTAAAATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACAT
GTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTTGTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAG
CGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCTCCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTC
TTTGTCCAGGCTCGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACACGCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGAC
GATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTTAAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCG
GCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAAGGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGG
AGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAACTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTT
GCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTCGTAGAACTTGCAAGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTT
CCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATATTAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCAC
ATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCACTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTC
AAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTCAGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGT
ACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCACAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCT
TTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAGCTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGC
ATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATGGTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGCTTTGAACAATGGAATAC
TGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAATGCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCGCCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTTGTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCTAATG
GATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTCCCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTGAGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAGCAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGAAAAA
GGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAACCTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAATGTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTTGTTATAGCTGTGGACCGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAGATAT
TGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGATTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCTTGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAGTGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGATAAA
AAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACATTGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATATTAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAGGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCGAGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGGTTCGGAA
AGTGGATGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAGGTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCTACGCAATTACACGTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTATTTATTTGTTCGATGGGGGTTGGACGTATCAAACATGCATGTTTTTGTGGGAGAAACTGGTGATACAGATTATGAAG
AAATGCTAGCGGGCTTACACAAAACCATTATTTTAAAGGGTGCAGTGGATCGTGGTTCTGAGAAACTACTACGAGGTAGTGGTAGTTATCAGAGGGAAGATATTGTCCCTTCTGAAAGTCCAAATATAGTTTCTCTAGAAGATGGTTACAATAGTGAAGCAATTCTGAATGAGATTCAGAAATTTGGATATAGATAGGAG
ACAATTGAGCTCTTGTATGAAGCACTTGTAATGCAATTATATTTTGTAAAATATAGTTAGGCGAGTACATTATTGTTTCATCTATCGTTATTTAGTTATATTTATTTCATCACTTA
>TRINITY_DN120743_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:TTGTTAATTCCTTCATTGCTCTCTTTGGAGGATTATTTTATATATTTTTCTTGTTCTATGCAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGgtgtgtgtttcgttatgctacaactggagagactctgttttcccttgtacaatatgctttgaaatttgctttt
tggaagagtttttatcctttcaaatataaaaatatttgtttcatttgtctgctaaggaaatacaattttgaatggtcaaatcagaattgcacttcaacagtcccactgattgcttcatatttcatattgttcagGTTAAATACGTCGTAGAACTTGCAAGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTA
CTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATATTAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGA
TGGGGCACTAGCTCACATTCTAAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCACTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGA
AACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTCAGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTG
AATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCACAAACCGGCACAA
ACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAGCTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACT
TATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAA
Intron 4 GTACTGCCCT ... ATTGTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.2 | 92 | 0 | 31 |
| A2 | 23.73 | 90 | 3 | 28 |
| A3 | 29.17 | 85 | 1 | 35 |
| A4 | 22.64 | 41 | 1 | 12 |
| A5 | 17.65 | 42 | 1 | 9 |
| A6 | 26.67 | 11 | 0 | 4 |
| A7 | 18.42 | 31 | 0 | 7 |
| A8 | 33.33 | 4 | 0 | 2 |
| A9 | 22.22 | 7 | 0 | 2 |
| A10 | 15.38 | 22 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTT
GTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCT
CCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTTGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACAC
GCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTT
AAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAA
GGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAA
CTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTAGAACTTGCA
AGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATAT
TAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCACTAGCTCACATTCTAAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCA
CTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTC
AGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACC
TATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCTCAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAG
CTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATG
GTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGCTTTGAACAATGGAATACTGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAATGCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCGCCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTT
GTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCTAATGGATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTCCCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTGAGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAG
CAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGAAAAAGGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAACCTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAATGTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTCGTTATAGCTGTGGAC
TGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAGATATTGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGATTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCTTGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAG
TGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGATAAAAAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACATTGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATATTAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAGGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCG
AGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGGTATGTGAGCGGAATCCTCTTTGAGGCAAATCATTGTTATTACTGATTAGTGTTAGCTAAGGTCAAAAACTTGAAAAGCTATGTTAGTGGTATTTTTTCCGAAGACCTTCTCAGCCGTGGTGAAAAGTTTTGGTTTCTAGCTTTGTGCTT
CTTTATATTTTTGGTTGTCTTTTAATCAAATATCTCTCTTTTCACCAAATTGGATTTGTGCTTTTAGGTTCGGAAAGTGGAAGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAGGTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCTACGCAATTACACGTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTATT
TATTTGTTCGATGGGGGTTGGACGTATCAAACATGCATGTTTTTGTGGGAGAAACTGGTGATACAGATTATGAAGAAATGCTAGCGGGCTTACACAAAACCATTATTTTAAAGGGTGCAGTGGATCGTGGTTCTGAGAAACTACTACGAGGTAGTGGTAGTTATCAGAGGGAAGATATTGTCCCTTCTGAAAGTCCAAAT
ATAGTTTCTCTAGAAGATGGTTACAATAGTGAAGCAATTCTGAATGAGATTCAGAAATTTGGATATAGATAGGAGACAATTGAGCTCTTGTATGAAGCACTTGTAATGCAATTATATTTTGTAAAATATAGTTAGGCGAATACATTATTGTTTCATCTATCGTTATTTAGTTATATTTATTTCATCACTTACAATGGAGA
AAGTTGTTTTCAAATCATAGAAAAATCACAC
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACCTGGCACGTCGACAGAAACAGgtactgccctaaataccccgctcctttgtaaccctggctatgggctatgagctctggttaaacggaatctcatcgaaatcggaatctatcatagtaatctgctagctgtgctatcacagtaggttgtgtagaacatgccgaaatagattcccgaatattcctaatcaacggcccctt
tgtcgtgattctttcaagtgccgtggggccgaactggcccatcgaaccccacacactgcgctttaccccaaacatgcagccaggtctccacctgcgcactcgttaaaccgcgctttaactgctcgagattcagtcagatatgctcacatgataagcttccccgagtccagaccacattaaaaacaggcgactgaaattac
ctgatctaattgctttgctttctttgcggagaaatcagattaaagagacgtgggggttttgttttggtttctgttagctgacggaggcggattgtaacagATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGG
GAGAAAAAACTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTA
GAACTTGCAAGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGA
TCAATATATTAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGA
TGGTTCTCACTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGT
TTTGATGTCAGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTGAGTTACCTTTTGTCAAGCACACATGTTAGTTTATTCACAGTCGTTTTTCCAAATGGGTTGGCAATGGCATGAATTCCACTGGGAGGGTCTATGCAGGCAGAGCCCTTCCAAAT
TTGAGTACATGGAGGATAGAAATACATGCAAAAATGCTTATAATGAACATAGGATCTATGCATAATAATTTTCACTTTTTATCTTGGAAGGAAATTTAGTCAACCAAGTTTTTTACTTGCCATTCTGAAATTGGTCATATGATATTTCCAAGAAATACTTCTAAGCTGTTTCATTTCCAGGTTATACCTCCGGGAATGGA
CTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCTGAGGTAAACCATTCTTATCAGCCCAATATATCTCAGCTGACATTTACTGATTTCATAGCTAGCTTTGTTCCACCAGTATATCTCA
CCTTAACTTGCATTTTTATGTTTTGGCCACAG
Intron 5 GTGCTTCAGT ... TCGTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.44 | 53.6 | 23.4 | 6.4 |
| A2 | 27.22 | 58.8 | 26 | 3 |
| A3 | 22.08 | 44.7 | 13.6 | 5.2 |
| A4 | 33.16 | 35.3 | 21.3 | 3.2 |
| A5 | 31.39 | 15.3 | 7.6 | 3.6 |
| A6 | 31.66 | 9.8 | 5.6 | 0.6 |
| A7 | 20.49 | 14.9 | 4.2 | 1.2 |
| A8 | 0 | 4.6 | 0 | 0.6 |
| A9 | 29.03 | 15.5 | 7.7 | 1.2 |
| A10 | 28.06 | 20 | 9.1 | 1.8 |
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTT
GTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCT
CCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTTGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACAC
GCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTT
AAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAA
GGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAA
CTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTAGAACTTGCA
AGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATAT
TAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCACTAGCTCACATTCTAAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCA
CTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTC
AGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACC
TATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCTCAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAG
CTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATG
GTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGCTTTGAACAATGGAATACTGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAATGCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCGCCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTT
GTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCTAATGGATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTCCCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTGAGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAG
CAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGAAAAAGGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAACCTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAATGTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTCGTTATAGCTGTGGAC
TGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAGATATTGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGATTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCTTGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAG
TGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGATAAAAAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACATTGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATATTAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAGGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCG
AGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGGTATGTGAGCGGAATCCTCTTTGAGGCAAATCATTGTTATTACTGATTAGTGTTAGCTAAGGTCAAAAACTTGAAAAGCTATGTTAGTGGTATTTTTTCCGAAGACCTTCTCAGCCGTGGTGAAAAGTTTTGGTTTCTAGCTTTGTGCTT
CTTTATATTTTTGGTTGTCTTTTAATCAAATATCTCTCTTTTCACCAAATTGGATTTGTGCTTTTAGGTTCGGAAAGTGGAAGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAGGTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCTACGCAATTACACGTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTATT
TATTTGTTCGATGGGGGTTGGACGTATCAAACATGCATGTTTTTGTGGGAGAAACTGGTGATACAGATTATGAAGAAATGCTAGCGGGCTTACACAAAACCATTATTTTAAAGGGTGCAGTGGATCGTGGTTCTGAGAAACTACTACGAGGTAGTGGTAGTTATCAGAGGGAAGATATTGTCCCTTCTGAAAGTCCAAAT
ATAGTTTCTCTAGAAGATGGTTACAATAGTGAAGCAATTCTGAATGAGATTCAGAAATTTGGATATAGATAGGAGACAATTGAGCTCTTGTATGAAGCACTTGTAATGCAATTATATTTTGTAAAATATAGTTAGGCGAATACATTATTGTTTCATCTATCGTTATTTAGTTATATTTATTTCATCACTTACAATGGAGA
AAGTTGTTTTCAAATCATAGAAAAATCACAC
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTT
GTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCT
CCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTTGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACAC
GCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTT
AAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAA
GGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAA
CTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTAGAACTTGCA
AGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATAT
TAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCA
CTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTC
AGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACC
TATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCTCAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAG
CTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTACCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGgtgcttcagtttctagagacgctcttctacctatcatagatggaataattttttgtattattaaattattgtttgttc
gttaacagGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGTATAGATATTCTCTAATCAACATTTTGTACCTGAGCATATGTTGTTTTAACCATAATTTATATATTGATTTAATTCTGTAGTCTATTCTGTGGCCCAATGTCGGTTCAGAAAAAAAAATTAGGCAATATTTTTTTAA
CTTGAATGTTGTTTCTACAAATGCTGTGTGTAACTGGCAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATGGTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGTACGGTATTTTTTATCTAACTAATTTCGACTATAATGAATATTTAGTGTCGTGAAAATAATATTTGTGCGATGGCAAATTTTTAGGGCATAGATTG
GACGGTGTGGTCCA
Intron 6 GTGGTGGCGA ... GTAACAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.27 | 34 | 56.2 | 75 |
| A2 | 69.46 | 28 | 54.6 | 74.4 |
| A3 | 82.24 | 16 | 70.6 | 77.6 |
| A4 | 82.92 | 12 | 57.2 | 59.8 |
| A5 | 80.23 | 11 | 41.8 | 48.4 |
| A6 | 100 | 0 | 15.6 | 15.6 |
| A7 | 86.37 | 4 | 26.8 | 24 |
| A8 | 100 | 0 | 4 | 3 |
| A9 | 91.5 | 1 | 11.2 | 11 |
| A10 | 71.13 | 6 | 11.4 | 19.4 |
>TRINITY_DN120743_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCCATCGGACATGGATAAAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAACTGATGTTACCACTCCCAGA
GAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTCGTAGAACTTGCAAGAGCATTGTCAATGATGCC
TGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATATTAGCAAGGAGTTATTGTGGC
CTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCACTGGTCATTCCCTTGGGAGA
AATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTCAGACTTGAAAAGATTTTGAG
AGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCTGAGGTGATGC
GTTTTTTCACAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAGCTGTTCTAACAACAGTTTTG
AAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAA
>TRINITY_DN120743_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:CAACCGTCGGCCGCGGTGGGATTCTCAGGCACGGAACTGGAAGCAATGCTACCGGCGACTGCAAGTTCCCGGGAACGTCCAATTGCCCATTTTTTGTTCCCGGTGTCAAATTAATTTGCAATTATTGCGATGAATCTTTAAAATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACAT
GTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTTGTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAG
CGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCTCCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTC
TTTGTCCAGGCTCGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACACGCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGAC
GATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTTAAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCG
GCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAAGgtggtggcgatgcggaactccctggaacgtaacaacagGCTCGAAAATATGTGCTGG
AGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGGTACTGCCCTAAATACCCCGCTCCTTTGTAACCCTGGCTATGGGCTATGAGCTCTGGTTAAACGGAATCTCATCGAAATCGGAATCTATCATAGTAATCTGCTAGCTGTGCTATCACAGTAGGTTGTGTAGAACATGCCGAAATAGATTCCCGAATATTCCTAATCA
ACGGCCCCTTTGTCGTGATTCTTTCAAGTGCCG
Intron 7 GTATAGATAT ... TAACTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.52 | 38 | 4 | 4 |
| A2 | 7.69 | 30 | 1 | 4 |
| A3 | 0 | 49 | 0 | 0 |
| A4 | 10.77 | 29 | 4 | 3 |
| A5 | 3.45 | 14 | 1 | 0 |
| A6 | 3.45 | 14 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 23 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 7 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 22 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 13 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTT
GTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCT
CCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTTGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACAC
GCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTT
AAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAA
GGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAA
CTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTAGAACTTGCA
AGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATAT
TAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCACTAGCTCACATTCTAAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCA
CTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTC
AGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACC
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CTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATG
GTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGCTTTGAACAATGGAATACTGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAATGCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCGCCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTT
GTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCTAATGGATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTCCCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTGAGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAG
CAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGAAAAAGGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAACCTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAATGTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTCGTTATAGCTGTGGAC
TGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAGATATTGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGATTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCTTGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAG
TGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGATAAAAAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACATTGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATATTAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAGGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCG
AGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGGTATGTGAGCGGAATCCTCTTTGAGGCAAATCATTGTTATTACTGATTAGTGTTAGCTAAGGTCAAAAACTTGAAAAGCTATGTTAGTGGTATTTTTTCCGAAGACCTTCTCAGCCGTGGTGAAAAGTTTTGGTTTCTAGCTTTGTGCTT
CTTTATATTTTTGGTTGTCTTTTAATCAAATATCTCTCTTTTCACCAAATTGGATTTGTGCTTTTAGGTTCGGAAAGTGGAAGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAGGTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCTACGCAATTACACGTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTATT
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ATAGTTTCTCTAGAAGATGGTTACAATAGTGAAGCAATTCTGAATGAGATTCAGAAATTTGGATATAGATAGGAGACAATTGAGCTCTTGTATGAAGCACTTGTAATGCAATTATATTTTGTAAAATATAGTTAGGCGAATACATTATTGTTTCATCTATCGTTATTTAGTTATATTTATTTCATCACTTACAATGGAGA
AAGTTGTTTTCAAATCATAGAAAAATCACAC
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTT
GTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCT
CCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTTGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACAC
GCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTT
AAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAA
GGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAA
CTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTAGAACTTGCA
AGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATAT
TAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCA
CTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTC
AGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACC
TATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCTCAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAG
CTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTACCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGTGCTTCAGTTTCTAGAGACGCTCTTCTACCTATCATAGATGGAATAATTTTTTGTATTATTAAATTATTGTTTGTTC
GTTAACAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGgtatagatattctctaatcaacattttgtacctgagcatatgttgttttaaccataatttatatattgatttaattctgtagtctattctgtggcccaatgtcggttcagaaaaaaaaattaggcaatatttttttaa
cttgaatgttgtttctacaaatgctgtgtgtaactggcagGCAGCTGCACATGGTTTACCGATGGTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGTACGGTATTTTTTATCTAACTAATTTCGACTATAATGAATATTTAGTGTCGTGAAAATAATATTTGTGCGATGGCAAATTTTTAGGGCATAGATTG
GACGGTGTGGTCCA
Intron 8 GTATGTGAGC ... GTGCTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.71 | 74 | 29 | 17 |
| A2 | 17.02 | 39 | 11 | 5 |
| A3 | 23.66 | 50 | 10 | 21 |
| A4 | 20.48 | 33 | 7 | 10 |
| A5 | 19.3 | 46 | 17 | 5 |
| A6 | 19.02 | 66 | 15 | 16 |
| A7 | 16.16 | 83 | 13 | 19 |
| A8 | 21.09 | 58 | 12 | 19 |
| A9 | 16.1 | 86 | 18 | 15 |
| A10 | 27.62 | 38 | 13 | 16 |
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTT
GTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCT
CCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTTGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACAC
GCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTT
AAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAA
GGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAA
CTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTAGAACTTGCA
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TAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCACTAGCTCACATTCTAAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCA
CTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTC
AGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACC
TATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCTCAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAG
CTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATG
GTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGCTTTGAACAATGGAATACTGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAATGCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCGCCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTT
GTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCTAATGGATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTCCCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTGAGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAG
CAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGAAAAAGGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAACCTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAATGTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTCGTTATAGCTGTGGAC
TGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAGATATTGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGATTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCTTGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAG
TGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGATAAAAAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACATTGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATATTAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAGGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCG
AGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGGTTCGGAAAGTGGAAGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAGGTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCTACGCAATTACACGTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTATTTATTTGTTCGATGGGGG
TTGGACGTATCAAACATGCATGTTTTTGTGGGAGAAACTGGTGATACAGATTATGAAGAAATGCTAGCGGGCTTACACAAAACCATTATTTTAAAGGGTGCAGTGGATCGTGGTTCTGAGAAACTACTACGAGGTAGTGGTAGTTATCAGAGGGAAGATATTGTCCCTTCTGAAAGTCCAAATATAGTTTCTCTAGAAGA
TGGTTACAATAGTGAAGCAATTCTGAATGAGATTCAGAAATTTGGATATAGATAGGAGACAATTGAGCTCTTGTATGAAGCACTTGTAATGCAATTATATTTTGTAAAATATAGTTAGGCGAATACATTATTGTTTCATCTATCGTTATTTAGTTATATTTATTTCATCACTTACAATGGAGAAAGTTGTTTTCAAATCA
TAGAAAAATCACAC
>TRINITY_DN130750_c2_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTT
GTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCGGCTTTGATGAAATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCT
CCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTTGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACAC
GCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTT
AAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAA
GGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAA
CTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTGTAGAACTTGCA
AGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATAT
TAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCACTAGCTCACATTCTAAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCA
CTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTC
AGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACC
TATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCTCAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAG
CTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATG
GTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGCTTTGAACAATGGAATACTGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAATGCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCGCCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTT
GTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCTAATGGATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTCCCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTGAGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAG
CAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGAAAAAGGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAACCTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAATGTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTCGTTATAGCTGTGGAC
TGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAGATATTGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGATTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCTTGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAG
TGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGATAAAAAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACATTGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATATTAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAGGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCG
AGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGgtatgtgagcggaatcctctttgaggcaaatcattgttattactgattagtgttagctaaggtcaaaaacttgaaaagctatgttagtggtattttttccgaagaccttctcagccgtggtgaaaagttttggtttctagctttgtgctt
ctttatatttttggttgtcttttaatcaaatatctctcttttcaccaaattggatttgtgcttttagGTTCGGAAAGTGGAAGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAGGTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCTACGCAATTACACGTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTATT
TATTTGTTCGATGGGGGTTGGACGTATCAAACATGCATGTTTTTGTGGGAGAAACTGGTGATACAGATTATGAAGAAATGCTAGCGGGCTTACACAAAACCATTATTTTAAAGGGTGCAGTGGATCGTGGTTCTGAGAAACTACTACGAGGTAGTGGTAGTTATCAGAGGGAAGATATTGTCCCTTCTGAAAGTCCAAAT
ATAGTTTCTCTAGAAGATGGTTACAATAGTGAAGCAATTCTGAATGAGATTCAGAAATTTGGATATAGATAGGAGACAATTGAGCTCTTGTATGAAGCACTTGTAATGCAATTATATTTTGTAAAATATAGTTAGGCGAATACATTATTGTTTCATCTATCGTTATTTAGTTATATTTATTTCATCACTTACAATGGAGA
AAGTTGTTTTCAAATCATAGAAAAATCACAC
Intron 9 GTACGGTATT ... CGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.64 | 24 | 7 | 4 |
| A2 | 24.32 | 42 | 13 | 14 |
| A3 | 18.58 | 46 | 9 | 12 |
| A4 | 33.33 | 25 | 12 | 13 |
| A5 | 22.22 | 14 | 4 | 4 |
| A6 | 19.3 | 23 | 3 | 8 |
| A7 | 16.13 | 26 | 3 | 7 |
| A8 | 9.09 | 5 | 0 | 1 |
| A9 | 13.16 | 33 | 3 | 7 |
| A10 | 20 | 16 | 2 | 6 |
>TRINITY_DN108173_c0_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoformCCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTTGTTGGTTTGA
AGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCAGCTTTGATGAGATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCTCCGTTGTATT
TCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTCGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACACGCCAGGGTTT
GTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTTAAAAAAATGG
CCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAAGGTGGTGGCG
ATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAACTGATGTTAC
CACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTCGTAGAACTTGCAAGAGCATTGT
CAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATATTAGCAAGGAG
TTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCACTGGTCATTC
CCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTCAGACTTGAAA
AGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCT
GAGGTGATGCGTTTTTTCACAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGGTGAGAAACCTTGCTTTTGAGCTTATCTAATTGACTTTGGTATTTATCTTGCCCTATTGTATCAA
TATCTTTTGCAGCATGCACCGCATAAATGTTCATATGTCACATGTCTACAAAATCGTAAACTAACTACGCATGAAATATTTGTTAATGCAGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAGCTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAG
TTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATGGTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGCTTTGAACAATGGA
ATACTGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAATGCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCGCCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTTGTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCT
AATGGATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTCCCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTGAGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAGCAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGA
AAAAGGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAACCTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAATGTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTTGTTATAGCTGTGGACCGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAG
ATATTGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGATTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCTTGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAGTGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGA
TAAAAAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACATTGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATATTAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAAGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCGAGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGGTTC
GGAAAGTGGATGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAGGTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCTACGCAATTACACGTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTAT
>TRINITY_DN108173_c0_g1_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTGAAGGCCTTTTTGTTGGTTTGA
AGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCAGCTTTGATGAGATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAGTCTTTAAGGCTCCGTTGTATT
TCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTCGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTTGTGCTCTACACGCCAGGGTTT
GTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTTTGGAGTGCTTTAATCCTTAAAAAAATGG
CCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGGACATGGATAAAGGTGGTGGCG
ATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGAGGGAGAAAAAACTGATGTTAC
CACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTCGTAGAACTTGCAAGAGCATTGT
CAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGAGATCAATATATTAGCAAGGAG
TTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCCGATGGTTCTCACTGGTCATTC
CCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATGGTTTTGATGTCAGACTTGAAA
AGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTTATACCTCCGGGAATGGACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCT
GAGGTGATGCGTTTTTTCACAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTACTCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAGCTGTTCTAAC
AACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATGGTAGCTACAA
AGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAgtacggtattttttatctaactaatttcgactataatgaatatttagtgtcgtgaaaataatatttgtgcgatggcaaatttttagggcatagattggacggtgtggtccaaccaatactatgagtttccaccctgtattgatggtattctggtgttaattttgactagta
aaattagtttcgaggaatatgttttgtttcaaatccaatgtttaaacatgtggcaaaaaacaaagctctaaaaaatcctgtttctgaaacgttttgcagGCTTTGAACAATGGAATACTGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAATGCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCG
CCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTTGTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCTAATGGATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTCCCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTG
AGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAGCAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGAAAAAGGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAACCTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAAT
GTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTTGTTATAGCTGTGGACCGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAGATATTGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGATTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCT
TGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAGTGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGATAAAAAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACATTGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATAT
TAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAAGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCGAGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGGTTCGGAAAGTGGAAGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAGGTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCTACGCAATTACAC
GTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTATTTATTTGTTCGATGGGGGTTGGACGTATCAAACATGCATGTTTTTGTGGGAGAAACTGGTGATACAGATTATGAAGAAATGCTAGCGGGCTTACACAAAACCATTATTTTAAAGGGTGCAGTGGATCGTGGTTCTGAGAAACTACTACGAGGTAGTGG
TAGTTATCAGAGGGAAGATATTGTCCCTTCTGAAAGTCCAAATATAGTTTCTCTAGAAGATGGTTACAATAGTGAAGCAATTCTGAATGAGATTCAGAAATTTGGATATAGATAGGAGACAATTGAGCTCTTGTATGAAGCACTTGTAATGCAATTATATTTTGTAAAATATAGTTAGGCGAATACATTATTGTTTCATC
TATCGTTATTTAGTTATATTTATTTCATCACTTACAATGGAGAAAGTTGTTTTCAAATCATAGAAAAATCACACAAGCATAAAAAGCAGTGTGTAAAGGCTTCAAGTGTTTATACTTAGAGAATATTTTAATTTA
Intron 10 GTGAGAAACC ... GTTAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.6 | 35 | 5.9 | 8 |
| A2 | 25 | 60 | 9.4 | 20 |
| A3 | 22.08 | 31.8 | 4.3 | 9 |
| A4 | 23.91 | 35 | 11.5 | 11 |
| A5 | 38.46 | 16 | 0.6 | 10 |
| A6 | 10 | 9 | 0.6 | 1 |
| A7 | 11.11 | 24 | 9.8 | 3 |
| A8 | 16.67 | 10 | 1.2 | 2 |
| A9 | 28.57 | 15 | 1.2 | 6 |
| A10 | 28 | 18 | 2.5 | 7 |
>TRINITY_DN120968_c0_g2_i13 from sample A2 / Example spliced isoformGAATCTTTAAAATTGAGGTGACCGTGGGCTGCCGTTTGTCACCTGCAGTTCATAGGGCTCAGGACACATGTGACAGCGGTGGGGGGCGAGTATATCAGATGACGATCGTAGTTGTGCGGGCTTCGCGGGAGAAAGCTATATAAACACCCCTGTAATACGCCTCAATGGTTTGTGGCCACGGTTGGCTTCCGAGTCTTCTG
AAGGCCTTTTTGTTGGTTTGAAGTTGGAAGTATTTCGCGTGTTTTGGGGGCCTTGAATTTAGTCCTGAGCGCCTTGGCTTTTCCCCTGGGTAGTTGATTGGAGTCTGTAGTGTCCTTGGAATTCTATAGTCGTTTAAGATACCAAGATTTCCAGCTTTGATGAGATTCTTCCACGTCTTTATAAATTCTGCAGTTTGAAG
TCTTTAAGGCTCCGTTGTATTTCTGTTTGGTTGCCTTATTTTGCATGTCTTTTCGTTTGATGAATTTTCTTTGTCCAGGCTCGAATCCTGAGGCTTCATTAACTTTTTCTCAGTTCACGTGGCAGCATCTGTGAGCTGCTTATCCGCGTGAATTCTGTTATTTTTAATTTCTGTTCCATTTCATTTTCCTTCATCTTTTT
GTGCTCTACACGCCAGGGTTTGTTAAAATTCTTAACCGCTGAGGACCAGCAGTGTTCGAATCTCTGGACGATTTCATGTGCCAAGCTTCTGGTTTGTTAAAATTCTTAAACGCTGAGGACGAGCAGTATTCGAATCTCTGAACCATTTCATGTGCTGAGCTTCTTTTTTGTAATATATTGCCTGTAATCTGTGTGGAGTG
CTTTAATCCTTAAAAAAATGGCCGGGAATGATTGGATAAATGGATATCTCGAGGCAATACTGGACGCCGGCGCCGGCGCCGGCTTTGCTGAAGCTGAGACTCGACCTGTTCTCACGGTTGGTGATAGCGGAAGTTTTAACCCGACAAAGTACTTTGTGGAGGAAGTCGTTACCGGTTTCGATGAATCCGATCTCCATCGG
ACATGGATAAAGGTGGTGGCGATGCGGAACTCCCTGGAACGTAACAACAGGCTCGAAAATATGTGCTGGAGGATTTGGCACCTGGCACGTCGACAGAAACAGATCGAGTGGGACGATGCGCAAAGGCTTGCCAAGAGGCGTATCGAGCTTGAGCAAGGGCGGAGAGATGCGACGGAGGACTTGTCGGAGGATTTGTCTGA
GGGAGAAAAAACTGATGTTACCACTCCCAGAGAAACGCCCAAGCGAATTACGCGAAACTTCTCCGATTTGCAGGTTTGGTCTGATGACAATAAGGGAAAATGCCTGTACATTGTGCTCATAAGCTTGCATGGTTTAGTAAGAGGAGAAAATATGGAATTGGGCAGAGATTCTGATACAGGCGGGCAGGTTAAATACGTTG
TAGAACTTGCAAGAGCATTGTCAATGATGCCTGGTGTATACCGTGTCGATTTACTGACACGCCAGATTTCCTCTCCAGATGTGGATTGGAGCTATGGAGAGCCAACAGAAATGTTGGCTTCAGGATCTTATGATGTTGATGGGCATGGTGGAGGAGAAAGCAGTGGTGCATATATCATAAGGATCCCTTGTGGTCCACGA
GATCAATATATTAGCAAGGAGTTATTGTGGCCTTACATTCCAGAATTTGTAGATGGGGCATTAGCTCACATTCTCAACATGTCCAAAGTACTTGGGGATCAAACGGGTAAAGGTGATCCAGTTTGGCCTTATGTTATTCATGGACACTATGCGGATGCAGGTGATGGTGCAGCACTCTTGTCAGGAGCTTTGAATGTTCC
GATGGTTCTCACTGGTCATTCCCTTGGGAGAAATAAACTTGAGCAGCTGTTGAAACAAGGCAGGCAGTCAAGAGAGGATATCAATGCAACTTACAAAATAATGCGTCGTATTGAAGCAGAAGAACTATCTTTGGATGCTGCAGAGCTTGTCATTACAAGTACAAAGCAGGAAATTGTGGAGCAATGGGGACTTTATGATG
GTTTTGATGTCAGACTTGAAAAGATTTTGAGAGCACGTGCAAAGCGAAAAGTGAATTGCCATGGTCGGTACATGCCACGAATGGTGGTGAGTTACCTTTTGTCAAGCACACATGTTAGTTTATTCACAGTCGTTTTTCCAAATGGGTTGGCAATGGCATGAATTCCACTGGGAGGGTCTATGCAGGCAGAGCCCTTCCAA
ATTTGAGTACATGGAGGATAGAAATACATGCAAAAATGCTTATAATGAACATAGGATCTATGCATAATAATTTTCACTTTTTATCTTGGAAGGAAATTTAGTCAACCAAGTTTTTTACTTGCCATTCTGAAATTGGTCATATGATATTTCCAAGAAATACTTCTAAGCTGTTTCATTTCCAGGTTATACCTCCGGGAATG
GACTTCAGTAATGTAGTCGTTACAGAGCCAGAGCCTGCAGAAGCTGATGGAGACCTTGCAGCTTTGATCAATGGTGATGGTAACCTATCTCCTAGAGCCTTGCCACCTATATGGTCTGAGGTGATGCGTTTTTTCTCAAACCGGCACAAACCCATGATCCTTGCTTTATCTCGACCTGATCCAAAAAAAAATCTCACTAC
TCTAGTCAAAGCGTTTGGAGAATGTCGACCATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGACACTAGTGATGGGAAATAGAGATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAGCTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAG
AAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGGCGTGTTTATTAATCCGGCTCTGGTGGAACCTTTTGGTCTCACTCTCATTGAGGCAGCTGCACATGGTTTACCGATGGTAGCTACAAAGAATGGAGGGCCAGTGGACATACACAGAGCTTTGAACAATGGAATACTGGTTGATCCCCATGATCAGAAGGGCATAGCTAAT
GCATTGCTAGACCTCGTAGCAGACAAAAACCGATGGAATGATTGCCGCCGTAATGGATTGAGAAACATTCACCTTTTTTCATGGCCTGAACATTGCAGAACATATTTGTCTCGTGTAGCTCTATGTAGGATGAGGCATCCTCAGTGGCAGACTGACACTCTAATGGATACTACTATGGAGGAGGAATCTATGGGTGATTC
CCTGAAGGACGTTCAGGACATGTCTCTTCGACTTTCTGTTGATGGTGAGAAATATTCCGTGAATGGCTCTCTGGATAATTCTGCCGACGTTGACAAACTTCTGGCAGCAAAGGGCGACCCAGAATTATATAACCAGGTAAAACGAGTTTTCGATAAACTGAAAAAGGCACCACGATCTTCTACTAATGAAGAAACTGAAC
CTAAGCCTGGTGTAAATGAGCCAAGGGCTCTGTCAAATAATGTGAATGTCTCAAACAAGTATCCTGCACTGAGAAAGAAGAGAAAGCTTTTTGTTATAGCTGTGGACCGCTATGATGACAATGGTAATGTATCTCCCCGCATGTTGGAGATCATTCAGGAGATATTGAAAGCTGTGCGTTCTGATGCAACAGCGGCAAGA
TTTGCCGGTCTTGTGCTGTCAACTGCATTGGCAGTTGATGAAATTCTTGGGATGTTGAATTCTGGCAATATACAGCTTCATGAATTTGATGCTTTAATTTGTAGCAGTGGGAGTGAACTTTACTATCCAGCAATTCCTGCTTATCCGGATGATGGATCTGATAAAAAATTATGCCCTGATCCAGATTATGATTCCCACAT
TGACTATCGTTGGGGTGGGGAAGGTTTGAGAAAAACAATGTCCATATTAACTGCCCCGGAAAGAGATGGCCCAGAAAGGCAGGAGCGTGTTATTTTTGAGGATGCCGAGCATAGTAATGCGCATTGCCTTGCATATGCTGTCAAGGATTCAACGAGGGTTCGGAAAGTGGAAGAATTTCGCCAAAGGTTAAGATTGCGAG
GTTTGAGATGTCACCTGATGTTTTGTCGAAACTCCACGCAATTACACGTGATTCCGCTTCTTGCTTCCCGCTCACAGGCTTTGAGGTAT
>TRINITY_DN120968_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:CATTAAAAGAGCTGGCAAATTTGgtgagaaaccttgcttttgagcttatctaattggctttggtatttatcttgccctattgtatcaatatcttttgcagcatgcaccgcataaatgttcatatgtcacatgtctacaaaatcgtaaactaactacgcatgaaatatttgttaatgcagACACTAGTGATGGGAAATAGA
GATGATATAGATGAAATGTCGGGAGGTAATGCAGCTGTTCTAACAACAGTTTTGAAGCTGATAGATAAGTATGACTTATATGGACAAGTTGCATACCCAAAGCATCACAGGCAATCGGATGTTCCAGAAATTTATCGTCTTGCTGCAAAAACAAAGGTGCTTCAGTTTCTAGAGACGC