NA ----> NA
Intron 1 GTTGATATCA ... TTTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.15 | 14 | 13 | 7 |
| A2 | 53.85 | 6 | 7 | 5 |
| A3 | 38.46 | 8 | 5 | 2 |
| A4 | 52.94 | 8 | 9 | 2 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 47.62 | 22 | 20 | 6 |
| A7 | 51.3 | 75 | 79 | 24 |
| A8 | 45.16 | 85 | 70 | 31 |
| A9 | 47.37 | 60 | 54 | 15 |
| A10 | 47.25 | 48 | 43 | 7 |
>TRINITY_DN47678_c2_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformCAAGAGTAGATTCAGATAAACCGGGAACACAACTGAATGCAGAAGCATATCTAAAATAAGTTCCTATGCCAGTTTCTGGTCATCGTTTGCTGGGGCCGATTTCTTTTTTTCTTCTCGGAGACCTCTCTCCATTCCTGTTTGGTTTTTGGTAACGTGTTACAGGTTCTGACAACTCACCTTCGTCCAGATCAGCAGCGCTT
CTCTCTTCCCCGTCAGGGAGGGTATGTTGGATGTACTGCCCCAAATTGCAAATGAGAGAGAGAGAGAGAGTTATCATTAGGTGCATACTTAATTTTAAAATGGGATTTATCTGCATGTTTGGCAAGCTCTTCCATGCAGATAAAGAATAAGGAAAATTGGCTTTTAAGGGGAGAGGGAGGACTTCATGGGGGGTTGTTCT
CCACCTCTAGGCTTAGGTTTTATTTAGAGGGTCATGTTTTAAATATTTTTAAGACAGATAATAGCACGAGGTAAATTATGCACAGCAAAGTGTAATGATATATATTTCCAAGTTTGTTATTAGATAAATATGCCCTGTTTCCTGTTTGACACTTTTAACACATCACTAAGAACTTAAGAAGTAAGAAGTAAATCCACAAT
CTTTCTTCATGTTGTAAGTAGTTGCAATGAGCATCATCTTACGGTAATTGAAGCAATGTTCAATCCTTCAGGTGCTGTTTGAGTTTTTCTTGCATATTTTGCAGCCATATTATTTGGTTGATGGGGGGTGATTATCTGGAAGTGCATTCATATCTTATATGTTCAATCAGGTGCATTAATAACTCAACTATAATCTCTGA
ATTCTTTACCCCTTCAAAATCTAGCTTCTTGAAAGCCTCTAGATCTGAGACCCCATATTAGATCAATTTAATGTTTCCATGGGCTTGAACACTAATTATTAAGAAATTTGTTTGGTTGGTGATATAGTATCAAATGCCTTATTAGCGAGCAGTCATGGTGAGTGTTAGATCAGGTCATTAACAACAATGAGTTCTTCTTT
GACATTGAACTCAACTACAATCTCTGAATTCTTTATCCCTTAAAAGTCTAGCTTCTTGAAAGCCTTTAGGTATTAGACCCCGCGTATTAGATCTATTAAGCAAATTTAAACATTGAACATTGAAATTTATTTGGTTTGTGATATATCAAATGTCTTATGAGCAGCCAATCATGGTGGGGGTGATCATCTGGAAGTGCATT
CATATCTTTTATGTCATTGACATTTGAACTCATCTATAATCGCTTTATTCCTTACCCCTTAAAAATCTAGCTTCTTTGAAAGCCTCTAGATGATTGATCAAGTTAATATTTTCAGAAGCAAATTTGAACATCAATAAATTCTTTTCAATGATATTTCTTGTTAATGTTTAAATCTTATTTGTTGTAAAGTTTATGAATAA
CTTGGGAATTGACAGTTGTATCTAAATAATTGCGTTGTTCGTGCATACAGTCCTGTGATTCTATTTGTAATTAGCGCACTTTTTTAGTTTAACTTTTAAGTCTTAGCAGTATGACAGATCTGCAATGATAAAAGTCGACTTTAATGGAGGATTACATAGCTCAAAAAGAAATTGAAGCCACAATTAGTCTATTTTTCCAT
TCTATTTATGGCATTCACTGATGATTTTGAACAATTGAGGGTGTTTAGAACACTGATGAGAACAGATGGTGGAGTTGGATGAGAAACATTGACAAAAATTGTCAGGTCTGTAAAGATCTTGATCTCTATTGTGTGTTTTTACTGTTCATGAAATTGTTACTCTGGATAATCTAATTTCTAGGTGAATTTCTATGTATTGA
TCTTCTTATAATTCTTTAGTGGCTATAAATTTGTAGACGCTTGAATCAGTAATGATCAGATTGGTTAAGGGACTGTAGCCAATAAAAGCAAAATAATAGAAACAAAATGTGAATCATACCGAGAGAAAACAAAGGGCAATAGAGGAATTAGAAATACATTCTTTTTACAGAGAGTAAGAAACACATTCTTTTTACAGCCA
ATACCTGTGAGTTTCCATCCTCTTACCTGTGCCACGAATATAAGCAAAAGAACAGAAACAAATGTGTAAAGGAATAAGAAATATATTCTTTTGATTTCCATCTCAGATATAACATGCATAATTATTTTATCTATTTCTGATTTTGGGTTTTTTCTTATTTGAAGGCCGATTGAATATCTAAGTTCCTCTTTTTTGTGAAT
AGAAACAAAATGTAGTCTGATGGTTTATCTTGTATACAAATATCGGCTGGAAAGCCCTTTTACAAAGTGAGACCATCCAGATGTGGTTGTGGACTAACACCATGTAAGCAGGCATGCGCACACAAAAAGTTGAAGCAACCCTCAGCCAGGAGCGTACCATTGTATTGATGTTATGATTTATTGCATGATTTGACGCAGGA
GCATACCGATAAATGAGAAATTGGGGACAGGTGGGAGTCGGAACCAACAGCAATTTAGCATATTAGCATGGTTAGATCAGGAGGTCCGGCCGTAGGGCCGGCTATGAGCCCTACTAATACAAATGAAGATCTATTCAGTGTTCTTATTGTGATAATCAGCCCTAGGTGTAAATGGGGGGGTCTTCACAGTTTGATCCATG
GATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGTGTTCTACTTGTCATAGTCATTCCTTGGTGTAGAACATGTAGTGGGGTCTTCACAGTTTGACCCATGGATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGTGTTCTACTTGTCATAGTCATTCCTTGGTGTAGAACATGTAGTGGGGTCTTCACAGTTTGACCCATGAATTTCTCAGGCTTTGTTTT
CAGGCATTATGTTCAATTGTGTACCATGGACATGCCTCCTTGGGAAAACTAAGAATTCATGGAATATATGGCAAGCAAATTCAAATCAAATTGCATACAGCACTAACCATTGTAGTAATGGTGTTTTATGCTGCTTCTGCATATGGTGAACTGATTTTCCAAAAAAAGATTTGTCAATTCC
>TRINITY_DN47678_c2_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CATGACTGAATAACTTCGTTTCGGACCAGATTGAGCAGCAGTCCCTGCTTTTTATAAGCATTAAATCCAAACACTCTCATGACTGAATAACTTCGTTTCGGACCAGATTGAGCAGCAGTCCCTGCTTTTTATAAGCATTAAATCCAAACACTCTGAAACAAAATGTAGTCTGATGGTTTATCTTGTATACAAATATCGGC
TGGAAAGCCCTTTTACAAAGTGAGACCATCCAGATGTGGTTGTGGACTCACACCATGCAAGCAGGCATGCGCACACAAAAAGTTGAAGCAACCCTCAGCCAGgttgatatcactgacgacacctgatcagtttttacttttatattttggtatcagtggattggtattataatttattgaataatttgatgcagGAGCGT
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Intron 2 GTTGATATCA ... TTTGACGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.85 | 41.2 | 13 | 10 |
| A2 | 25.7 | 18.8 | 7 | 6 |
| A3 | 18.68 | 26.2 | 5 | 7 |
| A4 | 28.47 | 24 | 9 | 10 |
| A5 | 27.27 | 4 | 0 | 3 |
| A6 | 31.93 | 53.6 | 20 | 30 |
| A7 | 27.6 | 199.8 | 79 | 73 |
| A8 | 25.6 | 250 | 70.6 | 101 |
| A9 | 23.69 | 204.8 | 54 | 73 |
| A10 | 24.96 | 150.6 | 43 | 57 |
>TRINITY_DN47678_c2_g2_i3 from sample A7 / Example spliced isoformCAAGAGTAGATTCAGATAAACCGGGAACACAACTGAATGCAGAAGCATATCTAAAATAAGTTCCTATGCCAGTTTCTGGTCATCGTTTGCTGGGGCCGATTTCTTTTTTTCTTCTCGGAGACCTCTCTCCATTCCTGTTTGGTTTTTGGTAACGTGTTACAGGTTCTGACAACTCACCTTCGTCCAGATCAGCAGCGCTT
CTCTCTTCCCCGTCAGGGAGGGTATGTTGGATGTACTGCCCCAAATTGCAAATGAGAGAGAGAGAGAGAGTTATCATTAGGTGCATACTTAATTTTAAAATGGGATTTATCTGCATGTTTGGCAAGCTCTTCCATGCAGATAAAGAATAAGGAAAATTGGCTTTTAAGGGGAGAGGGAGGACTTCATGGGGGGTTGTTCT
CCACCTCTAGGCTTAGGTTTTATTTAGAGGGTCATGTTTTAAATATTTTTAAGACAGATAATAGCACGAGGTAAATTATGCACAGCAAAGTGTAATGATATATATTTCCAAGTTTGTTATTAGATAAATATGCCCTGTTTCCTGTTTGACACTTTTAACACATCACTAAGAACTTAAGAAGTAAGAAGTAAATCCACAAT
CTTTCTTCATGTTGTAAGTAGTTGCAATGAGCATCATCTTACGGTAATTGAAGCAATGTTCAATCCTTCAGGTGCTGTTTGAGTTTTTCTTGCATATTTTGCAGCCATATTATTTGGTTGATGGGGGGTGATTATCTGGAAGTGCATTCATATCTTATATGTTCAATCAGGTGCATTAATAACTCAACTATAATCTCTGA
ATTCTTTACCCCTTCAAAATCTAGCTTCTTGAAAGCCTCTAGATCTGAGACCCCATATTAGATCAATTTAATGTTTCCATGGGCTTGAACACTAATTATTAAGAAATTTGTTTGGTTGGTGATATAGTATCAAATGCCTTATTAGCGAGCAGTCATGGTGAGTGTTAGATCAGGTCATTAACAACAATGAGTTCTTCTTT
GACATTGAACTCAACTACAATCTCTGAATTCTTTATCCCTTAAAAGTCTAGCTTCTTGAAAGCCTTTAGGTATTAGACCCCGCGTATTAGATCTATTAAGCAAATTTAAACATTGAACATTGAAATTTATTTGGTTTGTGATATATCAAATGTCTTATGAGCAGCCAATCATGGTGGGGGTGATCATCTGGAAGTGCATT
CATATCTTTTATGTCATTGACATTTGAACTCATCTATAATCGCTTTATTCCTTACCCCTTAAAAATCTAGCTTCTTTGAAAGCCTCTAGATGATTGATCAAGTTAATATTTTCAGAAGCAAATTTGAACATCAATAAATTCTTTTCAATGATATTTCTTGTTAATGTTTAAATCTTATTTGTTGTAAAGTTTATGAATAA
CTTGGGAATTGACAGTTGTATCTAAATAATTGCGTTGTTCGTGCATACAGTCCTGTGATTCTATTTGTAATTAGCGCACTTTTTTAGTTTAACTTTTAAGTCTTAGCAGTATGACAGATCTGCAATGATAAAAGTCGACTTTAATGGAGGATTACATAGCTCAAAAAGAAATTGAAGCCACAATTAGTCTATTTTTCCAT
TCTATTTATGGCATTCACTGATGATTTTGAACAATTGAGGGTGTTTAGAACACTGATGAGAACAGATGGTGGAGTTGGATGAGAAACATTGACAAAAATTGTCAGGTCTGTAAAGATCTTGATCTCTATTGTGTATTTTTACTGTACATGAAATTGTTACTCTGGATAATCTAATTTCTAGGTGAATTTCTATGTATTGA
TCTTCTTATAATTCTTTAGTGGCTATAAATTTGTAGACGCTTGAATCAGTAATGATCAGATTGGTTAAGGGACTACAGCCAATAAAAGCAAAATAATAGAAACAAAATGTGAATCATACCTAGAGAAAACAAAGGGCAATAGAGAAGAAATACAATCTTTTTACAGAGAGTAAGAAACACATTCTTTTTACAGCCAATAC
CTGTGAGTTTCCATCCTCTTACCTGTGCCACGAATATAAGCAAAAGAACAGAAACAAATGTGTAAAGGAATAAGAAATATATTCTTTTGATTTCCATCTCAGATATAACATGCATAATTATTTTATCTATTTCTGATTTTGGGTTTTTTCTTATTTGAAGGCCGATTGAATATCTAAGTTCCTCTTTTTTGTGAATAGAA
ACAAAATGTAGTCTGATGGTTTATCTTGTATACAAATATCGGCTGGAAAGCCCTTTTACAAAGTGAGACCATCCAGATGTGGTTGTGGACTAACACCATGTAAGCAGGCATGCGCACACAAAAAGTTGAAGCAACCCTCAGCCAGGAGCATACCGATAAATGAGAAATTGGGGACAGGTGGGAGTCGGAACCAACAGCAA
TTTAGCATATTAGCATGGTTAGATCAGGAGGTCCGGCCGTAGGGCCGGCTATGAGCCCTACTAATACAAATGAAGATCTATTCAGTGTTCTTATTGTCATGATCAGCCCTAGGTGTAAATGGGGGGTCTTCACAGTTTGATCCATGGATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGTGTTCTACTTGTCATAGTCATTCCTTGGTGT
AGAACATGTAGTGGGGTCTTCACAGTTTGACCCATGGATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGTGTTCTACTTGTCATAGTCATTCCTTGGTGTAGAACATGTAGTGGGGTCTTCACAGTTTGACCCATGAATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGGCATTATGTTCAATTGTGTACCATGGACATGCCTCCTTGGGAAAACTAAGA
ATTCATGGAATATATGGCAAGCAAATTCAAATCAAATTGCATACAGCACTAACCATTGTAGTAATGGTGTTTTATGCTGCTTCTGCATATGGTGAACTGATTTTCCAAAAAAAGATTTGTCAATTCC
>TRINITY_DN47678_c2_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CATGACTGAATAACTTCGTTTCGGACCAGATTGAGCAGCAGTCCCTGCTTTTTATAAGCATTAAATCCAAACACTCTCATGACTGAATAACTTCGTTTCGGACCAGATTGAGCAGCAGTCCCTGCTTTTTATAAGCATTAAATCCAAACACTCTGAAACAAAATGTAGTCTGATGGTTTATCTTGTATACAAATATCGGC
TGGAAAGCCCTTTTACAAAGTGAGACCATCCAGATGTGGTTGTGGACTCACACCATGCAAGCAGGCATGCGCACACAAAAAGTTGAAGCAACCCTCAGCCAGgttgatatcactgacgacacctgatcagtttttacttttatattttggtatcagtggattggtattataatttattgaataatttgatgcaggagcgt
accattgtattgatgttatgatttattgcatgatttgacgcagGAGCATACCGATAAATGAGAAATTGGGGACAGGTGGGAGTCGGAACCAACAGCAATTTAGCATATTAGCATGGTTAGATCAGGAGGTCCGGCCGTAGGGCCGGCTATGAGCCCTACTAATACAAATGAAGATCTATTCAGTGTTCTTATTGT