sp|Q9M8T9|MCC1_ARATH ----> Histone acetyltransferase MCC1

Intron 1 GTGGGTTACT ... TTGATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.88	16	43	3
A2	60	18	27	10
A3	77.97	13	46	1
A4	63.64	16	28	3
A5	55.56	12	15	2
A6	69.52	121	276	26
A7	63.3	109	188	36
A8	69.85	98	227	28
A9	67.84	82	173	33
A10	68.08	83	177	22

>TRINITY_DN96143_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTTTAGATTCGATGAAGATTTAAGATAAATGGCGATGATGTCTAAATTTATAAACAGAGAGGCTGTTTTTGACTGTGACAACCATTATACATATGCGGCGAAGAAATAGCAAGGAAAGACCATCATACGCAATCAGCGAAGAAAGAGCAAGGAAAATAGACCCATTATTCCTGATGAATATATCCCCTATTGTATCTAG
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GACTGGTCCTCGGCATTGGTAGTGGCAATCTATCTATCTAATATATCTTTATGGAAAGTTGCAGTGCAAGGGTGTGGAAATTGGGTTTTGAGAGTTGACTAAGCAAGCGTGTTGGTAATTGGGTCGTTGAGTTGATCTCTACACATATTTTGGGGTTGCTTCAATGTTCTTCGTTGATCTGGTGGGATAATCGGCTTGTG
AATTTGTTGGATGGATCGCCATGACACTGCATACCAGGGGCTTGGACAAGATCAGAATGAACACCAGTTTTTCCGTAGCTGTTTATATGAAAATATTGAAGGATGTAGCCTGCAAGGAAACACAATAATTAGATCGCCCTTACCTAGCGATTCAGAATCTTATATGGGGATAAGATCAATACCATCTATGGTAGCACCAG
GAGTGCGAAAGATCAATCATCTACCAACTATTGGTTATAGGCCTATACGGCCATCTGATTTGGAAGTTCTCAAGGAGATTCATAAAGCTTTATTTCCAATCAGGTATGAATCAGAGTTCTTTTTGAATGTGGTCAATGGTCGAGGAATTGTATCATGGGCAGCAGTTGACACTAGTAGGCCTGATGCTCATGGGGATGAG
CCTATCGGCTTTGTAACTGCACGTGTTGTAGTAGCAACAGAAAGTGAGACAGAAGATATGCTGGGCTATGATATATTGAAGACAGATCGAACACTTGTGTATATTCTAACTCTTGGTGTTATAAATCCATATAGAAATCTTGGAATAGCTTCGAGACTGGTCTGGGAGGTTATTGAATATGCGTCAAGCATCCCAAGTTG
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CTTATGTAAGGCGTCTTTTCCACTCTCTAACAACAAAGATATGGAAAAATGAAGAGAACAAAGCTACAAAATGGCCTAAGTGTAAAGAAGCTGCTTTTGCAATTACAGCAAAGTAATCATGCACATGCAGTTTGACACGAGTAATACCCAAAGTCCCAAACGAGCTAGCCTCTGATTAAAATCTGATTTGACATTAGGAA
TGCTGGAAGTCCTGGAAGGATTTGTATTTGTAATTAAATTGATATTTGGTGTAAGTATTTATTTTCTAGCTTCTGGGAAGAGGTTTTCCACAAAGTCATTGAATTATACTGTAACTCTTGATTTGTGACTTGTTCTTGTATCTTTGTGTTTTATCTCTAATACCAT

>TRINITY_DN96143_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTTTAGATTCGATGAAGATTTAAGATAAATGGCGATGATGTCTAAATTTATAAACAGAGAGGCTGTTTTTGACTGTGACAACCATTATACATATGCGGCGAAGAAATAGCAAGGAAAGACCATCATACGCAATCAGCGAAGAAAGAGCAAGGAAAATAGACCCATTATTCCTGATGAATATATCCCCTATTGTATCTAG
ATGTTCTTGTATGTAAATGGGATAATTTTTAATTGAATAGAGGAATAGATACAAGATTCTGTTAGGATGGTCTGAGATAGAGGGAATGGAAGAAAGCAGAGGTCATACCTTCTATTAATTGCAAGAAAACTTAGTTGGGTTCGTGCAAGTGCAGGGAATTATGTAATACAGGCATAGGTTTATTTCTGAATGATTTCGGC
GACTGGTCCTCGGCATTGGTAGTGGCAATCTATCTATCTAATATATCTTTATGGAAAGTTGCAGTGCAAGGGTGTGGAAATTGGGTTTTGAGAGTTGACTAAGCAAGCGTGTTGGTAATTGGGTCGTTGAGTTGATCTCTACACATATTTTGGGGTTGCTTCAATGTTCTTCGTTGATCTGGTGGGATAATCGGCTTGTG
AATTTGTTGGATGGATCGCCATGACACTGCATACCAGGGGCTTGGACAAGATCAGAATGAACACCAGTTTTTCCGTAGCTGTTTATATGAAAATATTGAAGGATGTAGCCTGCAAGGAAACACAATAATTAGATCGCCCTTACCTAGCGATTCAGAATCTTATATGGGGATAAGATCAATACCATCTATGGTAGCACCAG
GAGTGCGAAAGATCAATCATCTACCAACTATTGGTTATAGGCCTATACGGCCATCTGATTTGGAAGTTCTCAAGGAGATTCATAAAGCTTTATTTCCAATCAGGTATGAATCAGAGTTCTTTTTGAATGTGGTCAATGGTCGAGGAATTGTATCATGGGCAGCAGTTGACACTAGTAGGCCTGATGCTCATGGGGATGAG
CCTATCGGCTTTGTAACTGCACGTGTTGTAGTAGCAACAGAAAGTGAGACAGAAGATATGCTGGGCTATGATATATTGAAGACAGATCGAACACTTGTGTATATTCTAACTCTTGGTGTTATAAATCCATATAGAAATCTTGGAATAGCTTCGAGACTGGTCTGGGAGGTTATTGAATATGCGTCAAGCATCCCAAGTTG
TAGGGCAGTTTACTTGCATGTCATCTCCTACAATGAGTCTGCTATTCTTTTCTACAAGAAGAATTCCTTTCAATGCTTGCGGAAGCTGCAAAATTTTTATTACATTAATGGATACCATTATGATGCCTATTTGTATGTCTACTATGTAAATGGTGGGCGTGCTCCCTGTTCAGCTCTTGATTTTTTGGCAGCAGTTGGTA
CTTATGTAAGGCGTCTTTTCCACTCTCTAACAACAAAGATATGGAAAAATGAAGAGAACAAAGCTACAAAATGGCCTAAGTGTAAAGAAGCTGgtgggttactaggctcaagtcgccggcttcatgtttctgatggtaatggatgtcaatgtgtctaatctatgtaataaatgatcaactttaaaagttgtatgcattct
tgtttcctttaattaaaaatgtgataagtgtaagcataagctaatcttaccatatatatgtgatttagtttagcatgttttagccacttgcagcaagtaaatgcaagtgttcatgattggaaacttgaagcttatgtaaataattttatttttctctactacatcccaaaagaagcttatagaactagatgcaatcattt
atgtgtttggctcaggaatcagttctatagttaagttgcttcttggtataattattttgtttggtgcatctactaagcgctcttccgagcatttcttcaattacatttgaacttgcttatggaaaatgtaatgattactactaatacactctgcttttatcctttttgattgtagCTTTTGCAATTACAGCAAAGTAATC
ATGCACATGCAGTTTGACACGAGTAATACCCAAAGTCCCAAACGAGCTAGCCTCTGATTAAAATCTGATTTGACATTAGGAATGCTGGAAGTCCTGGAAGGATTTGTATTTGTAATTAAATTGATATTTGGTGTAAGTATTTATTTTCTAGCTTCTGGGAAGAGGTTTTCCACAAAGTCATTGAATTATACTGTAACTCT
TGATTTGTGACTTGTTCTTGTATCTTTGTGTTTTATCTCTAATACCAT

Intron 2 GTAATGGATG ... TTGATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.16	21	36	3
A2	50	25	25	10
A3	52.4	28.2	31	1
A4	45.95	20	17	3
A5	54.55	5	6	2
A6	56.07	186.5	238	26
A7	50.87	141	146	36
A8	56.48	163.3	212	28
A9	50.14	145.2	146	33
A10	58.61	113	160	22

>TRINITY_DN96143_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

TTTTTAGATTCGATGAAGATTTAAGATAAATGGCGATGATGTCTAAATTTATAAACAGAGAGGCTGTTTTTGACTGTGACAACCATTATACATATGCGGCGAAGAAATAGCAAGGAAAGACCATCATACGCAATCAGCGAAGAAAGAGCAAGGAAAATAGACCCATTATTCCTGATGAATATATCCCCTATTGTATCTAG
ATGTTCTTGTATGTAAATGGGATAATTTTTAATTGAATAGAGGAATAGATACAAGATTCTGTTAGGATGGTCTGAGATAGAGGGAATGGAAGAAAGCAGAGGTCATACCTTCTATTAATTGCAAGAAAACTTAGTTGGGTTCGTGCAAGTGCAGGGAATTATGTAATACAGGCATAGGTTTATTTCTGAATGATTTCGGC
GACTGGTCCTCGGCATTGGTAGTGGCAATCTATCTATCTAATATATCTTTATGGAAAGTTGCAGTGCAAGGGTGTGGAAATTGGGTTTTGAGAGTTGACTAAGCAAGCGTGTTGGTAATTGGGTCGTTGAGTTGATCTCTACACATATTTTGGGGTTGCTTCAATGTTCTTCGTTGATCTGGTGGGATAATCGGCTTGTG
AATTTGTTGGATGGATCGCCATGACACTGCATACCAGGGGCTTGGACAAGATCAGAATGAACACCAGTTTTTCCGTAGCTGTTTATATGAAAATATTGAAGGATGTAGCCTGCAAGGAAACACAATAATTAGATCGCCCTTACCTAGCGATTCAGAATCTTATATGGGGATAAGATCAATACCATCTATGGTAGCACCAG
GAGTGCGAAAGATCAATCATCTACCAACTATTGGTTATAGGCCTATACGGCCATCTGATTTGGAAGTTCTCAAGGAGATTCATAAAGCTTTATTTCCAATCAGGTATGAATCAGAGTTCTTTTTGAATGTGGTCAATGGTCGAGGAATTGTATCATGGGCAGCAGTTGACACTAGTAGGCCTGATGCTCATGGGGATGAG
CCTATCGGCTTTGTAACTGCACGTGTTGTAGTAGCAACAGAAAGTGAGACAGAAGATATGCTGGGCTATGATATATTGAAGACAGATCGAACACTTGTGTATATTCTAACTCTTGGTGTTATAAATCCATATAGAAATCTTGGAATAGCTTCGAGACTGGTCTGGGAGGTTATTGAATATGCGTCAAGCATCCCAAGTTG
TAGGGCAGTTTACTTGCATGTCATCTCCTACAATGAGTCTGCTATTCTTTTCTACAAGAAGAATTCCTTTCAATGCTTGCGGAAGCTGCAAAATTTTTATTACATTAATGGATACCATTATGATGCCTATTTGTATGTCTACTATGTAAATGGTGGGCGTGCTCCCTGTTCAGCTCTTGATTTTTTGGCAGCAGTTGGTA
CTTATGTAAGGCGTCTTTTCCACTCTCTAACAACAAAGATATGGAAAAATGAAGAGAACAAAGCTACAAAATGGCCTAAGTGTAAAGAAGCTGGTGGGTTACTAGGCTCAAGTCGCCGGCTTCATGTTTCTGATGCTTTTGCAATTACAGCAAAGTAATCATGCACATGCAGTTTGACACGAGTAATACCCAAAGTCCCA
AACGAGCTAGCCTCTGATTAAAATCTGATTTGACATTAGGAATGCTGGAAGTCCTGGAAGGATTTGTATTTGTAATTAAATTGATATTTGGTGTAAGTATTTATTTTCTAGCTTCTGGGAAGAGGTTTTCCACAAAGTCATTGAATTATACTGTAACTCTTGATTTGTGACTTGTTCTTGTATCTTTGTGTTTTATCTCT
AATACCAT

>TRINITY_DN96143_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TTTTTAGATTCGATGAAGATTTAAGATAAATGGCGATGATGTCTAAATTTATAAACAGAGAGGCTGTTTTTGACTGTGACAACCATTATACATATGCGGCGAAGAAATAGCAAGGAAAGACCATCATACGCAATCAGCGAAGAAAGAGCAAGGAAAATAGACCCATTATTCCTGATGAATATATCCCCTATTGTATCTAG
ATGTTCTTGTATGTAAATGGGATAATTTTTAATTGAATAGAGGAATAGATACAAGATTCTGTTAGGATGGTCTGAGATAGAGGGAATGGAAGAAAGCAGAGGTCATACCTTCTATTAATTGCAAGAAAACTTAGTTGGGTTCGTGCAAGTGCAGGGAATTATGTAATACAGGCATAGGTTTATTTCTGAATGATTTCGGC
GACTGGTCCTCGGCATTGGTAGTGGCAATCTATCTATCTAATATATCTTTATGGAAAGTTGCAGTGCAAGGGTGTGGAAATTGGGTTTTGAGAGTTGACTAAGCAAGCGTGTTGGTAATTGGGTCGTTGAGTTGATCTCTACACATATTTTGGGGTTGCTTCAATGTTCTTCGTTGATCTGGTGGGATAATCGGCTTGTG
AATTTGTTGGATGGATCGCCATGACACTGCATACCAGGGGCTTGGACAAGATCAGAATGAACACCAGTTTTTCCGTAGCTGTTTATATGAAAATATTGAAGGATGTAGCCTGCAAGGAAACACAATAATTAGATCGCCCTTACCTAGCGATTCAGAATCTTATATGGGGATAAGATCAATACCATCTATGGTAGCACCAG
GAGTGCGAAAGATCAATCATCTACCAACTATTGGTTATAGGCCTATACGGCCATCTGATTTGGAAGTTCTCAAGGAGATTCATAAAGCTTTATTTCCAATCAGGTATGAATCAGAGTTCTTTTTGAATGTGGTCAATGGTCGAGGAATTGTATCATGGGCAGCAGTTGACACTAGTAGGCCTGATGCTCATGGGGATGAG
CCTATCGGCTTTGTAACTGCACGTGTTGTAGTAGCAACAGAAAGTGAGACAGAAGATATGCTGGGCTATGATATATTGAAGACAGATCGAACACTTGTGTATATTCTAACTCTTGGTGTTATAAATCCATATAGAAATCTTGGAATAGCTTCGAGACTGGTCTGGGAGGTTATTGAATATGCGTCAAGCATCCCAAGTTG
TAGGGCAGTTTACTTGCATGTCATCTCCTACAATGAGTCTGCTATTCTTTTCTACAAGAAGAATTCCTTTCAATGCTTGCGGAAGCTGCAAAATTTTTATTACATTAATGGATACCATTATGATGCCTATTTGTATGTCTACTATGTAAATGGTGGGCGTGCTCCCTGTTCAGCTCTTGATTTTTTGGCAGCAGTTGGTA
CTTATGTAAGGCGTCTTTTCCACTCTCTAACAACAAAGATATGGAAAAATGAAGAGAACAAAGCTACAAAATGGCCTAAGTGTAAAGAAGCTGGTGGGTTACTAGGCTCAAGTCGCCGGCTTCATGTTTCTGATGgtaatggatgtcaatgtgtctaatctatgtaataaatgatcaactttaaaagttgtatgcattct
tgtttcctttaattaaaaatgtgataagtgtaagcataagctaatcttaccatatatatgtgatttagtttagcatgttttagccacttgcagcaagtaaatgcaagtgttcatgattggaaacttgaagcttatgtaaataattttatttttctctactacatcccaaaagaagcttatagaactagatgcaatcattt
atgtgtttggctcaggaatcagttctatagttaagttgcttcttggtataattattttgtttggtgcatctactaagcgctcttccgagcatttcttcaattacatttgaacttgcttatggaaaatgtaatgattactactaatacactctgcttttatcctttttgattgtagCTTTTGCAATTACAGCAAAGTAATC
ATGCACATGCAGTTTGACACGAGTAATACCCAAAGTCCCAAACGAGCTAGCCTCTGATTAAAATCTGATTTGACATTAGGAATGCTGGAAGTCCTGGAAGGATTTGTATTTGTAATTAAATTGATATTTGGTGTAAGTATTTATTTTCTAGCTTCTGGGAAGAGGTTTTCCACAAAGTCATTGAATTATACTGTAACTCT
TGATTTGTGACTTGTTCTTGTATCTTTGTGTTTTATCTCTAATACCAT