NA ----> NA
Intron 1 GTAAACCTAA ... GATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 26 | 6 | 7 |
| A2 | 21.35 | 35 | 17 | 2 |
| A3 | 20 | 42 | 7 | 14 |
| A4 | 25.84 | 33 | 9 | 14 |
| A5 | 17.75 | 22 | 4.5 | 5 |
| A6 | 19.71 | 55 | 14 | 13 |
| A7 | 14.45 | 108 | 15.5 | 21 |
| A8 | 19.37 | 38.5 | 7.5 | 11 |
| A9 | 21.43 | 88 | 29 | 19 |
| A10 | 13.38 | 89 | 14.5 | 13 |
>TRINITY_DN44753_c0_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoformAGGAGGGCCACACCATGTGTATATTCCGTAGATCCCATATGGCTGTTAGGTGCTTCAACGGCCTCACTAAACATTCAAAGGCCGTCTATATCTCATCATCAACTGTTGGGATTGGCTGATTTTGCTGCTCCTTCAGTATTTCATTTCAGCAGCTTTTGGAGGTGTATTTTTTCGATTTACAGAAGCAGGGATGCTTGCAG
TTTTATATCCTTCGACTTGGTCTACATTTGAACATTCATCACACTGTCCCTATGGTTTGGTAGATGTAACATCATCTCGAACGGATTTTATAGCATTGAATTTACATGTGCCTCATAGAAGAAGAAGGGCCAAGTTCTGTAGAAGTCTGCAGGGAAAAGTAATAAGGCAACTAAAAACTAAGAACAGAAATTATCAATCA
ATCCACTGCAATGTTGGCAGTGCACAGAACGAATTAAGTTCTTGTCAGGGAGCCTTCCAAGAAGAGAAGCAGAAGAAATGGGAAGAGTGCCGAGAACCCTTGTCAATTCTAAATTTCAGTGTTGAAGAGGTGGATGCGATTCTGGGCAAATCTTTTGGCTGGGTTAATTCTCCTTATTGGGGGGAGGAGATAAAACAAAC
TGTGCCTGACAACAGTCTGGTATCTGCATCCTTGACCTATTTAAGAAGCCTTGGCCTCTCTGATGATGATCTCCACAAATTGTTGAAAAAATTCCCGGAAGTACTTGGATGCAGTCTTGAGAATGATGTAAAGAATAATGTGGCCACTCTAGAGAGGGAATGGGGCATCAAAGGGAACTCACTGCGGAGTCTCCTCCTTC
GCAATCCTAAGGTACTAGGCTACAATGTGGATTGTAAAGGGGACTGCATGGCTCAGTGTACACGCTGCTGGGTTCGTTTCTAGTCTGCATTTATTTTACATTGAAGGGCATTTGGTTCGTCTCTGATTAGAATAGCTTCGCGAACAATCCAACAATATGCAGTATGATATATATGTTAGTCTCAGCAGTTTGTTATAGGT
ACTTCATCAGTGACCAGCTTACTGGAGTACATTGCTAGATTACAGTTCCAATGTTCCATAGTCTGCTATGAAGCTGCCTCCAGATCGATCCAGTGAACTGGCAATTTAGAAATGCAGCCTTTTCTGTGGAGTTAACTTCAACATGCAACTTTTTATGGAAGTTGCCCCAAGAAATAGAGTCAGTTAGAAAAGACGTTCAA
GGCAAAACTTTCAATTGGGTGCAACTAGTAATACGAGATAGCAAGCTGTGATAGTAAAAGATAAATGCTTATCAGTTAATGGTTGAAATCAACTTGATCTGGATTTCATTATAAAGAAGATTCGAATAAGTTGCACATGTTGGCATTAAACAGTAACTGTTCTGCCTATCAAATAAATTGAAATTTGAGTTGAGGAATTT
CCGTCTCTTTGAATAGTATGTAGTGACTAGCTGTATATAATTTTACTGGACAATGAAATGAGGAGGTGCAATTGTTGAATAATTGTCCACTGTAGATGGCCTTTGATCTTAACTTTGAATACAATGGTCTAACATTGGGCATCTCTTTCTGAATAAGAGTAAAGTAGTAATGTGGAACAAAATCCCACCATAAGGGTATT
CCACTGTTGAGTAATAGCTTGTAAGAAGCAGACTGTGGATTCTGGAGTTGGCTCAGGGGGACCATACCCACTGAATGAAAGTTGCTGGTTTTCAGATTTATGGGTAAAAAATGGCATGGCTGTTTTTAGCTCACTTGAAGTTAAAATTCATCATATGTGCTTTTCATTCAGCCCCTAAAGAAATCCTAAGTCAAACATGC
TTTGGTTTTGAGAAAAAT
>TRINITY_DN44753_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:AGGAGGGCCACACCATGTGTATATTCCGTAGATCCCATATGGCTGTTAGGTGCTTCAACGGCCTCACTAAACATTCAAAGGCCGTCTATATCTCATCATCAACTGTTGGGATTGGCTGATTTTGCTGCTCCTTCAGTATTTCATTTCAGCAGCTTTTGGAGGTGTATTTTTTCGATTTACAGAAGCAGGGATGCTTGCAG
TTTTATATCCTTCGACTTGGTCTACATTTGAACATTCATCACACTGTCCCTATGGTTTGgtaaacctaatgcaatctcctattagttactggattgtgggtttggggatgtaaatttatagcctctagacatagacatatttttataacttcagtttgaagatgcaagctaacttgtcaattgccacaagatgctaagtc
ctgatgcttgtctggatctttcagGTAGATGTAACATCATCTCGAACGGATTTTATAGCATTGAATTTACATGTGCCTCATAGAAGAAGAAGGGCCAAGTTCTGTAGAAGTCTGCAGGGAAAAGTAATAAGGCAACTAAAAACTAAGAACAGAAATTATCAATCAATCCACTGCAATGTTGGCAGTGCACAGAACGAATT
AAGTTCTTGTCAGGGAGCCTTCCAAGAAGAGAAGCAGAAGAAATGGGAAGAGTGCCGAGAACCCTTGTCAATTCTAAATTTCAGTGTTGAAGAGGTGGATGCGATTCTGGGCAAATCTTTTGGCTGGGTTAATTCTCCTTATTGGGGGGAGGAGATAAAACAAACTGTGCCTGACAACAGTCTGGTATCTGCATCCTTGA
CCTATTTAAGAAGCCTTGGCCTCTCTGATGATGATCTCCACAAATTGTTGAAAAAATTCCCGGAAGTACTTGGATGCAGTCTTGAGAATGATGTAAAGAATAATGTGGCCACTCTAGAGAGGGAATGGGGCATCAAAGGGAACTCACTGCGGAGTCTCCTCCTTCGCAATCCTAAGGTACTAGGCTACAATGTGGATTGT
AAAGGGGACTGCATGGCTCAGTGTACACGCTGCTGGGTTCGTTTCTAGTCTGCATTTATTTTACATTGAAGGGCATTTGGTTCGTCTCTGATTAGAATAGCTTCGCGAACAATCCAACAATATGCAGTATGATATATATGTTAGTCTCAGCAGTTTGTTATAGGTACTTCATCAGTGACCAGCTTACTGGAGTACATTGC
TAGATTACAGTTCCAATGTTCCATAGTCTGCTATGAAGCTGCCTCCAGATCGATCCAGTGAACTGGCAATTTAGAAATGCAGCCTTTTCTGTGGAGTTAACTTCAACATGCAACTTTTTATGGAAGTTGCCCCAAGAAATAGAGTCAGTTAGAAAAGACGTTCAAGGCAAAACTTTCAATTGGGTGCAACTAGTAATACG
AGATAGCAAGCTGTGATAGTAAAAGATAAATGCTTATCAGTTAATGGTTGAAATCAACTTGATCTGGATTTCATTATAAAGAAGATTCGAATAAGTTGCACATGTTGGCATTAAACAGTAACTGTTCTGCCTATCAAATAAATTGAAATTTGAGTTGAGGAATTTCCGTCTCTTTGAATAGTATGTAGTGACTAGCTGTA
TATAATTTTACTGGACAATGAAATGAGGAGGTGCAATTGTTGAATAATTGTCCACTGTAGATGGCCTTTGATCTTAACTTTGAATACAATGGTCTAACATTGGGCATCTCTTTCTGAATAAGAGTAAAGTAGTAATGTGGAACAAAATCCCACCATAAGGGTATTCCACTGTTGAGTAATAGCTTGTAAGAAGCAGACTG
TGGATTCTGGAGTTGGCTCAGGGGGACCATACCCACTGAATGAAAGTTGCTGGTTTTCAGATTTATGGGTAAAAAATGGCATGGCTGTTTTTAGCTCACTTGAAGTTAAAATTCATCATATGTGCTTTTCATTCAGCCCCTAAAGAAATCCTAAGTCAAACATGCTTTGGTTTTGAGAAAAAT
Intron 2 GTATATTATT ... CGTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.44 | 5 | 5 | 4 |
| A2 | 0 | 1 | 2 | 0 |
| A3 | 57.78 | 8 | 1 | 11 |
| A4 | 50 | 5 | 2 | 5 |
| A5 | 46.15 | 7 | 0 | 6 |
| A6 | 54.17 | 11 | 3 | 13 |
| A7 | 42.86 | 20 | 7.5 | 15 |
| A8 | 62.5 | 3 | 0 | 5 |
| A9 | 50 | 21 | 0 | 21 |
| A10 | 55.56 | 8 | 1 | 10 |
>TRINITY_DN43580_c0_g3_i3 from sample A6 / Example spliced isoformGCGGGTATGTTTTATGTGTATATATCCCTCAAATAATTTCTGGGTCATAAATTGTTGAGAACTATTTGTGGGCTTTTCCAAAAGTGAAGGAATGGTGCAATTAAACTGTATTTGAATTTTATGCCCAACCGTCAATGTGCATGTTGGAGAGATTTGCCCAGTCAATATTTCATTTCAGCAGCTTTTGGAGGTGTATTTTT
TCGATTTACAGAAGCAGGGATGCTTGCAGTTTTATATCCTTCGACTTGGTCTACATTTGAACATTCATCACACTCTCCCTATGGTTTGGTAGATGTAACATCATCTCGAACGGATTTTATAGCATTGAATTTACATGTGCCTGATAGAAGAAGAAGGGCCAAGTTCTGTAGAAGTCTGCAGGGAAAAGTAATAAGGCAAC
TAAAAACTAAGAACAGAAATTATCAATCAATCCACTGCAATGTTGGCAGTGCACAGAACGAATTAAGTTCTTGTCAGGGAGCCTTCCAAGAAGAGAAGCAGAAGAAATGGGAAGAGTGCCGAGAACCCTTGTCAATTCTAAATTTCAGTGTTGAAGAGGTGGATGCGATTCTGGGCAAATCTTTTGGCTGGGTTAATTCT
CCTTATTGGGGGGAGGAGATAAAACAAACTGTGCCTGACAACAGTCTGGTATCTGCATCCTTGACCTATTTAAGAAGCCTTGGCCTCTCTGATGATGATCTCCACAAATTGTTGAAAAAATTCCCGGAAGTACTTGGATGCAGTCTTGAGAATGATGTAAAGAATAATGTGGCCACTCTAGAGAGGGAATGGGGCATCAA
AGGGAACTCACTGCGGAGCCTCCTCCTTCGCAATCCTAAGGTACTAGGCTACAATGTGGATTGTAAAGGGGACTGCATGGCTCAGTGTACACGCTGCTGGGTTCGTTTCTAGTCTGCATTTATTTTACATTGAAGGGCATTTGGTTCGTCTCTGATTAGAATAGCTTCGCGAACAATCCAACAATATGCAGTATGATATA
TATGTTAGTCTCAGCAGTTTGTTATAGGTACTTCATCAGTGACCAGCTTACTGGAGTACATTGCTAGATTACAGTTCCAATGTTCCATAGTCTGCTATGAAGCTGCCTCCAGATCGATCCAGTGAACTGGCAATTTAGAAATGCAGCCTTTTCTGTGGAGTTAACTTCAACATGCAACTTTTTATAGAAGTTGCCCCAAG
AAATAGGGTCAGTTAGAAAAGACGTTCAAGGCAACAATTTCAATTGGGTGCAACTAATAATACGAGATAGCAAGCTGTGACAGTAAAAGATAAATGCTTATCAGTTAATGGTTGCAATCAACTTGATCTGGATTTCATTATAAAGAAGATTCGAATAAGTTGCACATGTTGGCATTAAACAGTAACTGTTCTGCCTATCA
AATAAATTGAAATTTGAGTTGAGGAATTTCCGTCTCTTTGAATAGTATGTAGTGACTAGCTGTATATAATTTTACTGGACAATGAAATGAGGAGGTGCAATTGTTGAATAATTGTCCACTGTAGATGGCCTTTGATCTTAACTTTGAATACAATGGTCTAACATTGGGCATCTCTTTCTGAATAAGAGTAAAGTAGTAAT
GTGGAACAAAATCCCACCATAAGGGTATTCCACTGTTGAGTAATAGCTTGTAAGAAGCAGACTGTGGATTCTGGAGTTGGCTCAGGGGGACCATACCCACTGAATGAAAGTTGCTGGTTTTCAGATTTATGGGTAAAAAATGGCATGGCTGTTTTTAGCTCACTTGAAGTTAAAATTCATCATATGTGCTTTTCATTCAG
CCCCTAAAGAAATCCTAAGTCAAACATGCTTTGGTTTTGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>TRINITY_DN43580_c0_g3_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCGGGTATGTTTTATGTGTATATATCCCTCAAATAATTTCTGGGTCATAAATTGTTGAGAACTATTTGTGGGCTTTTCCAAAAGTGAAGGAATGGTGCAATTAAACTGTATTTGAATTTTATGCCCAACCGTCAATGTGCATGTTGGAGAGATTTGCCCAGTCAAgtatattattgtcacactaggttttccttaaaatt
tccccaaatttgagcttgtgctattgtgttcttattaacagactgtatctggttcgttgtgcagTATTTCATTTCAGCAGCTTTTGGAGGTGTATTTTTTCGATTTACAGAAGCAGGGATGCTTGCAGTTTTATATCCTTCGACTTGGTCTACATTTGAACATTCATCACACTCTCCCTATGGTTTGGTAGATGTAACAT
CATCTCGAACGGATTTTATAGCATTGAATTTACATGTGCCTGATAGAAGAAGAAGGGCCAAGTTCTGTAGAAGTCTGCAGGGAAAAGTAATAAGGCAACTAAAAACTAAGAACAGAAATTATCAATCAATCCACTGCAATGTTGGCAGTGCACAGAACGAATTAAGTTCTTGTCAGGGAGCCTTCCAAGAAGAGAAGCAG
AAGAAATGGGAAGAGTGCCGAGAACCCTTGTCAATTCTAAATTTCAGTGTTGAAGAGGTGGATGCGATTCTGGGCAAATCTTTTGGCTGGGTTAATTCTCCTTATTGGGGGGAGGAGATAAAACAAACTGTGCCTGACAACAGTCTGGTATCTGCATCCTTGACCTATTTAAGAAGCCTTGGCCTCTCTGATGATGATCT
CCACAAATTGTTGAAAAAATTCCCGGAAGTACTTGGATGCAGTCTTGAGAATGATGTAAAGAATAATGTGGCCACTCTAGAGAGGGAATGGGGCATCAAAGGGAACTCACTGCGGAGCCTCCTCCTTCGCAATCCTAAGGTACTAGGCTACAATGTGGATTGTAAAGGGGACTGCATGGCTCAGTGTACACGCTGCTGGG
TTCGTTTCTAGTCTGCATTTATTTTACATTGAAGGGCATTTGGTTCGTCTCTGATTAGAATAGCTTCGCGAACAATCCAACAATATGCAGTATGATATATATGTTAGTCTCAGCAGTTTGTTATAGGTACTTCATCAGTGACCAGCTTACTGGAGTACATTGCTAGATTACAGTTCCAATGTTCCATAGTCTGCTATGAA
GCTGCCTCCAGATCGATCCAGTGAACTGGCAATTTAGAAATGCAGCCTTTTCTGTGGAGTTAACTTCAACATGCAACTTTTTATAGAAGTTGCCCCAAGAAATAGGGTCAGTTAGAAAAGACGTTCAAGGCAACAATTTCAATTGGGTGCAACTAATAATACGAGATAGCAAGCTGTGACAGTAAAAGATAAATGCTTAT
CAGTTAATGGTTGCAATCAACTTGATCTGGATTTCATTATAAAGAAGATTCGAATAAGTTGCACATGTTGGCATTAAACAGTAACTGTTCTGCCTATCAAATAAATTGAAATTTGAGTTGAGGAATTTCCGTCTCTTTGAATAGTATGTAGTGACTAGCTGTATATAATTTTACTGGACAATGAAATGAGGAGGTGCAAT
TGTTGAATAATTGTCCACTGTAGATGGCCTTTGATCTTAACTTTGAATACAATGGTCTAACATTGGGCATCTCTTTCTGAATAAGAGTAAAGTAGTAATGTGGAACAAAATCCCACCATAAGGGTATTCCACTGTTGAGTAATAGCTTGTAAGAAGCAGACTGTGGATTCTGGAGTTGGCTCAGGGGGACCATACCCACT
GAATGAAAGTTGCTGGTTTTCAGATTTATGGGTAAAAAATGGCATGGCTGTTTTTAGCTCACTTGAAGTTAAAATTCATCATATGTGCTTTTCATTCAGCCCCTAAAGAAATCCTAAGTCAAACATGCTTTGGTTTTGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA