NA ----> NA

Intron 1 GTAAGAGCGC ... ATGTGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	24	0	6
A2	25	24	1	8
A3	24	19	0	6
A4	23.81	16	0	5
A5	15.79	16	0	3
A6	23.16	136	0	41
A7	21.32	155	1	42
A8	24.61	291	0	95
A9	18.32	165	0	37
A10	24.26	103	1	33

>TRINITY_DN40692_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

ATACAAATGCTAGATAACGCACATCTAATTCTCCACGGAGTAAATAAGAGTTCAAATACTAAGGTGGCGGTAAGGGAGGCAGCGCTAGCCAATTTAGCTCGTTGGGTCTGCGTTCTCTGTCCTTCAAAGTCAAATTCAGCAGTCATGGCAGGATTTTGTCAAATTGATTGAGTACAGGGTTTAAATTAGAGTGAAATCTC
TACTGTCTGTTATTTCATATCAGAATGTCGGCAAATTTAGAGGGTTTCCAGCCCGTATTTGGACAGGCAAAGGCAGAATTGGAGACAGCGGCGCCCCATGCTTTGTTGCCCATGATATTCTTCATTCACGCACTAAATGACGGCAGGCTACGGCTTCAAATCGCTGACTTCCATGCCAACACATGGCAAGCTGTCAAAAC
CCCGGATCAACTGGAGGAACTTAGGGATGAAGTTGGGATCGGTGGATCATGGCATGACTTTTTGAGCTATCTTGGAGCTGCATTTTCATCAGACAATGTTAGAGTTGTTCTTGGGGGGACTGCTAGTTCCATTGGTGGTTATGGTGTGCTCTGTTCCTTGTTTAAACTACTATATATGAAAGTGCCACCTCTGCTAAGAT
TATGGCTCAGAAGTCAAAGGGCATGCCTCGTATTTCGATATCTTTGGAAAAACTTGCAGACCCATTAGCTAGTGATGCAATGGGAAATATTTCTGTGGAGCTCTTCAAGGCTTTTAAACAAAAGTCTGATGCTTTAGTTGCAGAACAAGGACACATATCTCAGTTGATGGCCACTTTGGCTGCAGAAAAGGAGAAGGCAG
AAAAGCTTCAGAGACAACTCGATGCATACAGTTTTGCTAACAAGAAGAGAGGACGCAAGGTGGCTTCATCCCAATCTATTCCAATTTCAACGCTGGATACAAGCAATCTGCTTCCAAGTCAGGTAGATGCAAAGACAGTTCTTCAGACACAGCTTCCTTCTGTTCCAACAGAATCACAATCTCATGTTTTGGGTAAGTCG
GAAACTTCTATAAGTAGAGTTCGTGCAGCTCCAGCTTCCCGTAGGGCCAAGCAAAGGGGTGCCCATTTAGCAGATGATGAGGACTAGGCAACTAGAAATCAGTTATTGCTAGACTACGTGTGGCCCCTAGATCAGGCTACAGCCACCAGGTTATTTGTAATGGCTTCCATGATATCTCATATACTAGATTGCAATGAAAA
AAATCTGATGCATGTTATTTATGTATTTTATGTAAGGTATATAGTCTGAGGAAATTATTTAATATAATTTGTGAATTCATTTTTTTTATTTTGTTTTATATTGAAGTTCGAGTATTAAATATGGAGGCCACAATGTGTCAGTAACTTGTTTAATTGAGTTTGTTCTTTATGTCTGCAAATACAAAACAACTTTTCAGTGC
AAGCTGTTAAATGAAACTGCAAGCTTAAATCCTTGTAATATGTGCCTAGCTTCTCAATCTTGCATGGAATCACCTATATTTGATTTCATGATGTTGCTTTTAATTTGCACATTTTACCTAAAAGAGAGCAGTCTCGTAGAGTTTACCTGAAC

>TRINITY_DN40692_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGCAGCTCCAGCTTCCCGTAGgtaagagcgcttttaattttgttgcaattgcttcaattgggccctttttatacacttagttttgttacataacatgtgctgcatgtgtatagGGCCAAGCAAAGGGGTGCCCATTTAGCAGATGATGAGGACTAGGCAACTAGAAATCAGTTATTGCTAGACTACGTGTGGCCCCTAGA
TCAGGCTACAGCCACCAGGTTATTTGTAATGGCTTCCATGATATCTCATATACTAGATTGCAATGAAAAAAATCTGATGCATGTTATTTATGTATTTTATGTAAGGTATATAGTCTGAGGAAATTATTTAATATAATTTGTGAATTCATTTTTTTTATTTTGTTTTATATTGAAGTTCGAGTATTAAATATGGAGGCCAC
AATGTGTCAGTAACTTGTTTAATTGAGTTTGTTCTTTATGTCTGCAAATACAAAACAACTTTTCAGTGCAAGCTGTTAAATGAAACTGCAAGCTTAAATCCTTGTAATATGTGCCTAGCTTCTCAATCTTGCATGGAATCACCTATATTTGATTTCATGATGTTGCTTTTAATTTGCACATTTTACCTAAAAGAGAGCAG
TCTCGTAGAGTTTACCTGAAC