sp|Q8GWG2|TPPH_ARATH ----> Probable trehalose-phosphate phosphatase H


Intron 1 GTGTGAGCCT ... AGATGTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A159.166.87.312.8
A243.769.34.99.6
A361.3713.413.725.2
A433.710.746.6
A5517.85.810.4
A646.3214.511.910.8
A758.1217.118.824.8
A858.445.35.78.8
A951.179.912.18.1
A1070.196.610.812.8



>TRINITY_DN107466_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTGAATGAAATTGTTGAATTCAACTCACGATACAACTGGTTGTTAGCCATCGCTCTTTCCCGTTCTCGTTTGTCTGTTTTGTTTAGTTTTGTTTTCCCTCTCAGACAGTCGCCATTGTTGTTGTTACCCAGAGCTCCCAGCCTGCTTGGCTCCCGCGACAGAGAGACATACGGTCGTTTTTGTATCTAATTCTTCGTTG
AATTGACTATCCGCTCTGAACAATCGACGTCTCTCCAAAATCTCAAATAATTCTTCGTGTAATCGCTCCATATTGCCCTCTGCATGACACAATCTCTCTGGAGTCCAAGACTTGATGGGTTGCATTGACAACAGCAAAGTTCAGAAGACATTGAAGAAGTGGTTTTTCATAGATAAAAGGGTTGGGTGAATACCTGTGCT
TCTGAATTCACTGGGTGAAGATTGTAAATTTAGTCCAGGATAAGTGCGCAGCTTACAAGTTTTGCAAAGGGGAAACTTTGCAGTGTCTTAAGATAAATCCTTTTTGTAGTCGTTTTTGGTGGTATGGCATACGGATTAGAGCAGAATGCTGTTCTAACTGATCCTCCCGCTTTAGTCCCGAATTCGCTCCTGCTTACATA
TTCATCATCATCACCATATTCTCCAGGTTCAACATCTGGTATCTCAGTACCTACGGCTCAACAAAAGGTGCTTTCCAGATCGATCAGTGCTGTTCTTACTGATCCTCCAGCGCTAGTCCCAGATTCACCTTTGCTTTCATATTCATCATTATCACCGTATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTC
AAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTT
CTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCA
GAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATT
TTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGAAAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTA
CCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAGGTGAGTTATGTATTGACATGCAGGGAGGAAGTAGTCGGAAGCCTGCTTCATTCTGTTCTTGTAATTTAATCTGTTGATACCAA
GCCTTTGTTTCATTTTTGCTGTATCTACTGTTTAGTTAAATAATTTTATTGATATCTATATCCCTGTAGGTATGTACACGTCATCATTGCCAGATCCAAATTCTTAGGTTTCTGACCTTTCAGAGTTTGTGGCTTGTGTAATTTGTCTTTGTATAGATCCATTTCAAGCCTCTGTCGAGATTTCCTGTGGCATTTCTAGG
CCTGATTATGCTGGAATTAATTCCAATGAAACCCATTTGAATACTTACCTTTTATGCCTTTGTTTTGGAGCAGAGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGG


>TRINITY_DN107466_c0_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTGAATGAAATTGTTGAATTCAACTCACGATACAACTGGTTGTTAGCCATCGCTCTTTCCCGTTCTCGTTTGTCTGTTTTGTTTAGTTTTGTTTTCCCTCTCAGACAGTCGCCATTGTTGTTGTTACCCAGAGCTCCCAGCCTGCTTGGCTCCCGCGACAGAGAGACATACGGTCGTTTTTGTATCTAATTCTTCGTTG
AATTGACTATCCGCTCTGAACAATCGACGTCTCTCCAAAATCTCAAATAATTCTTCGTGTAATCGCTCCATATTGCCCTCTGCATGACACAATCTCTCTGgtgtgagcctacagcaaagctttagctgacaacctaagtccttgtggttcatttgagtcctattttagcacaccttagagatgttcagGAGTCCAAGACT
TGATGGGTTGCATTGACAACAGCAAAGTTCAGAAGACATTGAAGAAGTGGTTTTTCATAGATAAAAGGGTTGGGTGAATACCTGTGCTTCTGAATTCACTGGGTGAAGATTGTAAATTTAGTCCAGGATAAGTGCGCAGCTTACAAGTTTTGCAAAGGGGAAACTTTGCAGTGTCTTAAGATAAATCCTTTTTGTAGTCG
TTTTTGGTGGTATGGCATACGGATTAGAGCAGAATGCTGTTCTAACTGATCCTCCCGCTTTAGTCCCGAATTCGCTCCTGCTTACATATTCATCATCATCACCATATTCTCCAGGTTCAACATCTGGTATCTCAGTACCTACGGCTCAACAAAAGGTGCTTTCCAGATCGATCAGTGCTGTTCTTACTGATCCTCCAGCG
CTAGTCCCAGATTCACCTTTGCTTTCATATTCATCATTATCACCGTATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTC
AACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAA
AGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGAT
GGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAG
AAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGAAAGTAAGTGCAGCATGAAATGGAGATTCTGAAATGGTTGTCTGAAGCCTTACTTATGTTCAGTAGGGATTTTGTCACTGGTCTTTCTGACAATGTTAATTTATTACATCGGGTTGGGGGGTTTTGTTGCTTTTAACCATCAAGGATGGAGCAA
AAGTTAGAGAATGAATGCCACG




Intron 2 GTATGTACAC ... AAATTCTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A169462
A24.444320
A314.554782
A43.775120
A503100
A64.1416272
A71.989920
A809300
A96.417353
A100.9610310



>TRINITY_DN117453_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform
CTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTTCTTCCAA
ACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCACTCTCTCA
CCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTTCAAAGGG
TTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGAAAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAGAGTTGGG
GAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATGGGACAAAGGAAAGGCCCTTGAATATTTATTAGTGTCACTTGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGATCGTACAGATGAA
GATGCATTTAAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTATGTAAAAAATGATTTGGGAAGAGAACATAACGTAATTTTGTCTGTCTATAAATTATGCTGTTTTGTCTACTGAATGCCAGTCTAGCAATGCA
TATGGACGTTTTCTACAATTAATATTTTTTAACAAAATTTTGGGTGGATATCTTCTCTCTTCCAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTG
ATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGT
AAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATATTTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCA


>TRINITY_DN117453_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CATAGTAGAATGAACTTGCCAGTAATGTGGGAGTTTAAACAGATGCATTCAACAGTATCGAGGTTCATTTGCACCCCTGTTTTCCTTTTGAGATCTTGTGTATTAGAACTCTTGTCAGCATTGTTGTTGGCTAGTATTGATTGGATTGCACCTTTTGTGAGAACTTTTTTTTTATCAGTCAAGCGATTAGGGAACTGTGA
AGCTACAGTTTCATTTTAGTATCCCTTCTGTGCAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAGgtatgtacacgtcatcattgccagatccaaattcttagAGTTGGGGAGCACTTGCAGAC




Intron 3 GTGAGTTATG ... TTTGGAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A18.4890.321.38.7
A219.3142.619.310.2
A35.2846.718.32.6
A46.9950.38.73.8
A511.6729.34.74.2
A66.19156.33610.7
A717.199419.320.3
A812.7287.124.713.6
A915.3168.922.313.1
A107.9898.719.39.1



>TRINITY_DN107466_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTGAATGAAATTGTTGAATTCAACTCACGATACAACTGGTTGTTAGCCATCGCTCTTTCCCGTTCTCGTTTGTCTGTTTTGTTTAGTTTTGTTTTCCCTCTCAGACAGTCGCCATTGTTGTTGTTACCCAGAGCTCCCAGCCTGCTTGGCTCCCGCGACAGAGAGACATACGGTCGTTTTTGTATCTAATTCTTCGTTG
AATTGACTATCCGCTCTGAACAATCGACGTCTCTCCAAAATCTCAAATAATTCTTCGTGTAATCGCTCCATATTGCCCTCTGCATGACACAATCTCTCTGGTGTGAGCCTACAGCAAAGCTTTAGCTGACAACCTAAGTCCTTGTGGTTCATTTGAGTCCTATTTTAGCACACCTTAGAGATGTTCAGGAGTCCAAGACT
TGATGGGTTGCATTGACAACAGCAAAGTTCAGAAGACATTGAAGAAGTGGTTTTTCATAGATAAAAGGGTTGGGTGAATACCTGTGCTTCTGAATTCACTGGGTGAAGATTGTAAATTTAGTCCAGGATAAGTGCGCAGCTTACAAGTTTTGCAAAGGGGAAACTTTGCAGTGTCTTAAGATAAATCCTTTTTGTAGTCG
TTTTTGGTGGTATGGCATACGGATTAGAGCAGAATGCTGTTCTAACTGATCCTCCCGCTTTAGTCCCGAATTCGCTCCTGCTTACATATTCATCATCATCACCATATTCTCCAGGTTCAACATCTGGTATCTCAGTACCTACGGCTCAACAAAAGGTGCTTTCCAGATCGATCAGTGCTGTTCTTACTGATCCTCCAGCG
CTAGTCCCAGATTCACCTTTGCTTTCATATTCATCATTATCACCGTATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTC
AACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAA
AGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGAT
GGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAG
AAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGAAAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAG
AGAAG
AGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATGGGACAAAGGAAAGGCCCTTGAATATTTATTAGTGTCACTTGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGAT
CGTACAGATGAAGATGCATTTAAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCG
GGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGG
CATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATG


>TRINITY_DN107466_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
ATTGAATGAAATTGTTGAATTCAACTCACGATACAACTGGTTGTTAGCCATCGCTCTTTCCCGTTCTCGTTTGTCTGTTTTGTTTAGTTTTGTTTTCCCTCTCAGACAGTCGCCATTGTTGTTGTTACCCAGAGCTCCCAGCCTGCTTGGCTCCCGCGACAGAGAGACATACGGTCGTTTTTGTATCTAATTCTTCGTTG
AATTGACTATCCGCTCTGAACAATCGACGTCTCTCCAAAATCTCAAATAATTCTTCGTGTAATCGCTCCATATTGCCCTCTGCATGACACAATCTCTCTGGAGTCCAAGACTTGATGGGTTGCATTGACAACAGCAAAGTTCAGAAGACATTGAAGAAGTGGTTTTTCATAGATAAAAGGGTTGGGTGAATACCTGTGCT
TCTGAATTCACTGGGTGAAGATTGTAAATTTAGTCCAGGATAAGTGCGCAGCTTACAAGTTTTGCAAAGGGGAAACTTTGCAGTGTCTTAAGATAAATCCTTTTTGTAGTCGTTTTTGGTGGTATGGCATACGGATTAGAGCAGAATGCTGTTCTAACTGATCCTCCCGCTTTAGTCCCGAATTCGCTCCTGCTTACATA
TTCATCATCATCACCATATTCTCCAGGTTCAACATCTGGTATCTCAGTACCTACGGCTCAACAAAAGGTGCTTTCCAGATCGATCAGTGCTGTTCTTACTGATCCTCCAGCGCTAGTCCCAGATTCACCTTTGCTTTCATATTCATCATTATCACCGTATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTC
AAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTT
CTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCA
GAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATT
TTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGAAAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTA
CCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAGgtgagttatgtattgacatgcagggaggaagtagtcggaagcctgcttcattctgttcttgtaatttaatctgttgataccaa
gcctttgtttcatttttgctgtatctactgtttagttaaataattttattgatatctatatccctgtaggtatgtacacgtcatcattgccagatccaaattcttaggtttctgacctttcagagtttgtggcttgtgtaatttgtctttgtatagatccatttcaagcctctgtcgagatttcctgtggcatttctagg
cctgattatgctggaattaattccaatgaaacccatttgaatacttaccttttatgcctttgttttggagcag
AGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGG




Intron 4 GTGAGTTTTC ... ATGATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A111.495684
A27.274342
A37.99454.34
A483844
A511.991.70
A69.18113.214.30
A714.847414.36
A813.947713.75
A98.837071
A109.74607.71



>TRINITY_DN38574_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform
GCAGATCTGGCAGATTAAGTAAAAAGCGCCTGTGTCATTTTTAGGGCCGTGTAAGGCATTTTTGTAAATTGAAAAGCACAAATAAATCAATTGGGCTTCCGAAATCTTCCTTTGGTCGATGTGGGTCGTGGATTTCAATTGTACTTCTTGGGAAAAAGGAAGGGAGGCGGTGGATTTAGCCAATATTGGTGTGAGCCTAC
AGCAAAGCTTTAGCTGACAACCTAAGTCCTTGTGGTTCATTTGAGTCCTATTTTAGCACACCTTAGAGATGTTCAGGAGTCCAAGACTTGATGGGTTGCATTGACAACAGCAAAGTTCAGAAGACATTGAAGAAGTGGTTTTTCATAGATAAAAGGGTTGGGTGAATACCTGTGCTTCTGAATTCACTGGGTGAAGATTG
TAAATTTAGTCCAGGATAAGTGCGCAGCTTACAAGTTTTGCAAAGGGGAAACTTTGCAGTGTCTTAAGATAAATCCTTTTTGTAGTCGTTTTTGGTGGTATGGCATACGGATTAGAGCAGAATGCTGTTCTAACTGATCCTCCCGCTTTAGTCCCGAATTCGCTCCTGCTTACATATTCATCATCATCACCATATTCTCC
AGGTTCAACATCTGGTATCTCAGTACCTACGGCTCAACAAAAGGTGCTTTCCAGATCGATCAGTGCTGTTCTTACTGATCCTCCAGCGCTAGTCCCAGATTCACCTTTGCTTTCATATTCATCATTATCACCGTATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAA
TCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTC
CCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGAC
TGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAA
GGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGAAAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTTTTTGCA
TTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAGAGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATG
GGACAAAGGAAAGGCCCTTGAATATTTATTAGTGTCACTTGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGATCGTACAGATGAAGATGCATTTAAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCAT
CTGAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAAT
ACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTA
GAGCAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATATTTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCAAAACATCAATGCGTTTATTATCATGTTTCACTGTACAATAAAGCTGAATTTTATACCTAA


>TRINITY_DN38574_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:
AGGTGAGCCTCTCAGATATTGCTATGTTTTAGTTTTCATCAAATCACCATTAGTGACTTATTAAGAACTGTCATAGGGTTTGAAGACTTACTGAGGAGATTGCTTTATGTAGGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATGGGACAAAGGAAAGGCCCTTGAATATTTATTAGTGTCACTTGgtgagttttcctttttca
gcaactactgataccttacaatcatttgcattcaatttacgtttttagttgttggtcttgcccggtttcttgtggcattgcattagacaggtcaaaagaaatgtggactgttgtttctgcttgtcattcttagccacctatgaataggatgattaagtaactacatagttgtttatgtcaggttttttcttaaatagaaa
cctaaagccatccatttcttctctaacatcagtgaatgattgcag
GATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGATCGTACAGATGAAGATGCATTTAAGGTTGGCAATCTGTGCCCTGGAATTATAAGCTCAAAACCCATGTTCTGATCTTGTCATGTGTCATGCTATATTTTAAGGTTGCAT
CTTGATCATTTTCAAGGGGGTTCATGCATGCAGTTATCACTGTCCTGAAGAGTCTTTTTGATATATTAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCG
GGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCT
GTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATAT
TTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCAAAACATCAATGCGTTTATTATCATGTTTCACTGTACAATAAAGCTGAATTTTATACCTAA




Intron 5 GTGAGCCTCT ... CTTTATGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A11.546402
A204000
A33.73912
A405500
A501700
A6013600
A74.868854
A84.947744
A93.618024
A100.687301



>TRINITY_DN42880_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform
ATGAAATTGTTGAATTCAACTCACGATACAACTGGTTGTTAGCCATCGCTCTTTCCCGTTCTCGTTTGTCTGTTTTGTTTAGTTTTGTTTTCCCTCTCAGACAGTCGCCATTGTTGTTGTTACCCAGAGCTCCCAGCCTGCTTGGCTCCCGCGACAGAGAGACATACGGTCGTTTTTGTATCTAATTCTTCGTTGAATTG
ACTATCCGCTCTGAACAATCGACGTCTCTCCAAAATCTCAAATAATTCTTCGTGTAATCGCTCCATATTGCCCTCTGCATGACACAATCTCTCTGGTGTGAGCCTACAGCAAAGCTTTAGCTGACAACCTAAGTCCTTGTGGTTCATTTGAGTCCTATTTTAGCACACCTTAGAGATGTTCAGGAGTCCAAGACTTGATG
GGTTGCATTGACAACAGCAAAGTTCAGAAGACATTGAAGAAGTGGTTTTTCATAGATAAAAGGGTTGGGTGAATACCTGTGCTTCTGAATTCACTGGGTGAAGATTGTAAATTTAGTCCAGGATAAGTGCGCAGCTTACAAGTTTTGCAAAGGGGAAACTTTGCAGTGTCTTAAGATAAATCCTTTTTGTAGTCGTTTTT
GGTGGTATGGCATACGGATTAGAGCAGAATGCTGTTCTAACTGATCCTCCCGCTTTAGTCCCGAATTCGCTCCTGCTTACATATTCATCATCATCACCATATTCTCCAGGTTCAACATCTGGTATCTCAGTACCTACGGCTCAACAAAAGGTGCTTTCCAGATCGATCAGTGCTGTTCTTACTGATCCTCCAGCGCTAGT
CCCAGATTCACCTTTGCTTTCATATTCATCATTATCACCGTATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTCAACAT
CTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTT
CTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCAC
TCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTT
CAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGAAAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAG
AGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATGGGACAAAGGAAAGGCCCTTGAATATTTATTAGTGTCACTTGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGATCGTAC
AGATGAAGATGCATTTAAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATT
TGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGA
TAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATATTTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCAAA
ACATCAATGCGTTTATTATCATGTTTCACTGTACAATAAAGCTGAATTTTATAC


>TRINITY_DN42880_c0_g1_i19 from sample A9 / Example unspliced isoform:
CTAGTATTGATTGGATTGCACCTTTTGTGAGAACTTTTTTTTATCAGTCAAGCGATTAGGGAACTGTGAAGCTACAGTTTCATTTTAGTATCCCTTCTGTGCAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAA
GAGAAGGTGAGTTATGTATTGACATGCAGGGAGGAAGTAGTCGGAAGCCTGCTTCATTCTGTTCTTGTAATTTAATCTGTTGATACCAAGCCTTTGTTTCATTTTTGCTGTATCTACTGTTTAGTTAAATAATTTTATTGATATCTATATCCCTGTAGGTATGTACACGTCATCATTGCCAGATCCAAATTCTTAGGTTT
CTGACCTTTCAGAGTTTGTGGCTTGTGTAATTTGTCTTTGTATAGATCCATTTCAAGCCTCTGTCGAGATTTCCTGTGGCATTTCTAGGCCTGATTATGCTGGAATTAATTCCAATGAAACCCATTTGAATACTTACCTTTTATGCCTTTGTTTTGGAGCAGAGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAAT
TAAAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGgtgagcctctcagatattgctatgttttagttttcatcaaatcaccattagtgacttattaagaactgtcatagggtttgaagacttactgaggagattgctttatgtagGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATGGGACAAAGGAAAGGCCCTTGA
ATATTTATTAGTGTCACTTGGTGAGTTTTCCTTTTTCAGCAACTACTGATACCTTACAATCATTTGCATTCAATTTACGTTTTTAGTTGTTGGTCTTGCCCGGTTTCTTGTGGCATTGCATTAGACAGGTCAAAAGAAATGTGGACTGTTGTTTCTGCTTGTCATTCTTAGCCACCTATGAATAGGATGATTAAGTAACT
ACATAGTTGTTTATGTCAGGTTTTTTCTTAAATAGAAACCTAAAGCCATCCATTTCTTCTCT




Intron 6 GTATGTAAAA ... TCTCTTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A916.321591031
A1018.18813.218



>TRINITY_DN107466_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform
ATTGAATGAAATTGTTGAATTCAACTCACGATACAACTGGTTGTTAGCCATCGCTCTTTCCCGTTCTCGTTTGTCTGTTTTGTTTAGTTTTGTTTTCCCTCTCAGACAGTCGCCATTGTTGTTGTTACCCAGAGCTCCCAGCCTGCTTGGCTCCCGCGACAGAGAGACATACGGTCGTTTTTGTATCTAATTCTTCGTTG
AATTGACTATCCGCTCTGAACAATCGACGTCTCTCCAAAATCTCAAATAATTCTTCGTGTAATCGCTCCATATTGCCCTCTGCATGACACAATCTCTCTGGTGTGAGCCTACAGCAAAGCTTTAGCTGACAACCTAAGTCCTTGTGGTTCATTTGAGTCCTATTTTAGCACACCTTAGAGATGTTCAGGAGTCCAAGACT
TGATGGGTTGCATTGACAACAGCAAAGTTCAGAAGACATTGAAGAAGTGGTTTTTCATAGATAAAAGGGTTGGGTGAATACCTGTGCTTCTGAATTCACTGGGTGAAGATTGTAAATTTAGTCCAGGATAAGTGCGCAGCTTACAAGTTTTGCAAAGGGGAAACTTTGCAGTGTCTTAAGATAAATCCTTTTTGTAGTCG
TTTTTGGTGGTATGGCATACGGATTAGAGCAGAATGCTGTTCTAACTGATCCTCCCGCTTTAGTCCCGAATTCGCTCCTGCTTACATATTCATCATCATCACCATATTCTCCAGGTTCAACATCTGGTATCTCAGTACCTACGGCTCAACAAAAGGTGCTTTCCAGATCGATCAGTGCTGTTCTTACTGATCCTCCAGCG
CTAGTCCCAGATTCACCTTTGCTTTCATATTCATCATTATCACCGTATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTC
AACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAA
AGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGAT
GGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAG
AAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGAAAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAG
AGAAGAGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATGGGACAAAGGAAAGGCCCTTGAATATTTATTAGTGTCACTTGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGAT
CGTACAGATGAAGATGCATTTAAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCG
GGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGG
CATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATG


>TRINITY_DN107466_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
TCTTGATCATTTTCAAGGGGGTTCATGCATGCAGTTATCACTGTCCTGAAGAGTCTTTTTGATATATTAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGgtatgtaaaaaatgatttgggaagagaacataacgta
attttgtctgtctataaattatgctgttttgtctactgaatgccagtctagcaatgcatatggacgttttctacaattaatattttttaacaaaattttgggtggatatcttctctcttccag
GTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGG
CATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTA
CATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATG




Intron 7 GTCTTAGAGG ... ATGATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1045.7845381



>TRINITY_DN40584_c0_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform
CATATATTTCATTTCTGGTGGTTATGCATGTCTTATCACTTGGCACATTTAAATGCTGCAGCCCTAGCTGTGGAACTGAAGTCCACCCATAACGACTTCTTATTTGTGGAGTAGCTTCTAATGTGGTTCATGTTTCTTTACCAGGAGTCCAAGACTTATGGGTTGCATTGACAACAGCAAAGTTCAGAAGACATTGAAGA
AGTGGTTTTTCATAGATAAAAGGGTTGGGTGAATACCTGTGCTTCTGAATTCACTGGGTGAAGATTGTAAATTTAGTCCAGGATAAGTGCGCAGCTTACAAGTTTTGCAAAGGGGAAACTTTGCAGTGTCTTAAGATAAATCCTTTTTGTAGTCGTTTTTGGTGGTATGGCATACGGATTAGAGCAGAATGCTGTTCTAA
CTGATCCTCCCGCTTTAGTCCCGAATTCGCTCCTGCTTACATATTCATCATCATCACCATATTCTCCAGGTTCAACATCTGGTATCTCAGTACCTACGGCTCAACAAAAGGTGCTTTCCAGATCGATCAGTGCTGTTCTTACTGATCCTCCAGCGCTAGTCCCAGATTCACCTTTGCTTTCATATTCATCATTATCACCG
TATTCTCCAAGTTCAATATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTC
AAACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCC
TTATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATG
ACGAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAA
GAAAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAGAGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTA
AAGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGATCGTACAGATGAAGATGCATTTAAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTG
AGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACG
CCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAG
CAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATATTTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCAAAACATCAATGCGTTTATTATCATGTTTCACTGTACAATAAAGCTGAATTTTATACCTATTTTAAATTTTTTGACATGGAAAGCAAAATGCTAGCTAACGGTGATTTTTAAG
GTAAAATTTGAAAGCAAAATGCTAGCTAACGGTGATTTTTAAGGTAAAATTTGAAAGCAAAATGCTAGCTAACGG


>TRINITY_DN40584_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TATTGATTGGATTGCACCTTTTGTGAGAACTTTTTTTTTATCAGTCAAGCGATTAGGGAACTGTGAAGCTACAGTTTCATTTTAGTATCCCTTCTGTGCAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAG
AAGGTGAGTTATGTATTGACATGCAGGGAGGAAGTAGTCGGAAGCCTGCTTCATTCTGTTCTTGTAATTTAATCTGTTGATACCAAGCCTTTGTTTCATTTTTGCTGTATCTACTGTTTAGTTAAATAATTTTATTGATATCTATATCCCTGTAGGTATGTACACGTCATCATTGCCAGATCCAAATTCTTAGGTTTCTG
ACCTTTCAGAGTTTGTGGCTTGTGTAATTTGTCTTTGTATAGATCCATTTCAAGCCTCTGTCGAGATTTCCTGTGGCATTTCTAGGCCTGATTATGCTGGAATTAATTCCAATGAAACCCATTTGAATACTTACCTTTTATGCCTTTGTTTTGGAGCAGAGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAA
AGAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGgtcttagaggttcgtcctataattaaatgggacaaaggaaaggcccttgaatatttattagtgtcacttggtgagttttcctttttcagcaactactgataccttacaatcatttgcattcaatttacgtttttagttgttggtcttgcccggtttcttgtgg
cattgcattagacaggtcaaaagaaatgtggactgttgtttctgcttgtcattcttagccacctatgaataggatgattaagtaactacatagttgtttatgtcaggttttttcttaaatagaaacctaaagccatccatttcttctctaacatcagtgaatgattgcag
GATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTC
TGTATATAGGAGATGATCGTACAGATGAAGATGCATTTAAGGTTGGCAATCTGTGCCCTGGAATTATAAGCTCAAAACCCATGTTCTGATCTTGTCATGTGTCATGCTATATTTTAAGGTTGCATCTTGATCATTTTCAAGGGGGTTCATGCATGCAGTTATCACTGTCCTGAAGAGTCTTTTTGATATATTAGGTACTG
CGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTATGTAAAAAATGATTTGGGAAGAGAACATAACGTAATTTTGTCTGTCTATAAATTATGCTGTTTTGTCTACTGAATGCCAGTCTAGCAATGCATATGGACGTTTTCTACAA
TTAATATTTTTTAACAAAATTTTGGGTGGATATCTTCTCTCTTCCAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAGGGT
GGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTTAAG
AAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATATTTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCAAAACATCAATGCGTTTATTATCATGTTTCACTGTACAATAAAGCTGAATTTTATACCTATTTTAAAT
TTTTTGACATGGAAAGCAAAATGCTAGCTAACGGTGATTTTTAAGGTAAAATTTGAAAGCAAAATGCTAGCTAACGGTGATTTTTAAGGTAAAATTTGAAAGCAAAATGCTAGCTAACGG




Intron 8 GTTGGCAATC ... GATATATTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1015.2152.2510.7



>TRINITY_DN113134_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
TTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAA
ACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTT
ATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGAC
GAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGA
AAGGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAGAGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAA
GAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATGGGACAAAGGAAAGGCCCTTGAATATTTATTAGTGTCACTTGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGATCGTACAGATGAAGATGCATTTAAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGG
GTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCA
TAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAG
ATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATATTTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCAAAAC


>TRINITY_DN113134_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTTTCTGCTTGTCATTCTTAGCCACCTATGAATAGGATGATTAAGTAACTACATAGTTGTTTATGTCAGGTTTTTTCTTAAATAGAAACCTAAAGCCATCCATTTCTTCTCTAACATCAGTGAATGATTGCAGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGATCGTACAGATGAAGATGCATT
TAAG
gttggcaatctgtgccctggaattataagctcaaaacccatgttctgatcttgtcatgtgtcatgctatattttaaggttgcatcttgatcattttcaagggggttcatgcatgcagttatcactgtcctgaagagtctttttgatatattagGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGGGTATGGGATTCTTGTCTCCA
CTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCATAGTGATGCCAGTAATGAAG
GGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAGATAGTAAAGTCATAAATGTT
AAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATATTTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCAAAAC




Intron 9 GTAAGTGCAG ... TGTCTCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.5173257.9
A233.8543225.4
A335.5349275
A431.4324114.3
A533.331260.5
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A725933110.8
A817.9564148.7
A928.4373296.3
A1039.5581534.8



>TRINITY_DN113134_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
TTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAA
ACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTT
ATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGAC
GAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGA
AA
GGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTTTTTGCATTGCTGGTCGAGAAGACAAAGAGAATCAGTGGAGCATTGGTTGAAAATCACAAATTTTGTGTTTCTGTGCATTATCGCCGTGTCGAAGAGAAGAGTTGGGGAGCACTTGCAGACCAAGTAACAAGTATAATTAAA
GAGTATCCTCAATTGCGACTGACACAAGGAAGGAAGGTCTTAGAGGTTCGTCCTATAATTAAATGGGACAAAGGAAAGGCCCTTGAATATTTATTAGTGTCACTTGGATTAGCAAATCGCAATGATGTACTGCCTCTGTATATAGGAGATGATCGTACAGATGAAGATGCATTTAAGGTACTGCGGGACAGAGGTCAAGG
GTATGGGATTCTTGTCTCCACTGTCCCCAAAGAAACAAATGCAACATATTCACTTAAAAAACCATCTGAGGTTATGAAATTTTTGGAACGCCTCGTGAAGTGGAAGCGGGATACTTCAGAGGGTCCGTTGTCTAAAGTGTAAATGGGCATTCGGGATTTGGCATATGGTGATGCTCAGGTTTTGGAATGTACAATGTGCA
TAGTGATGCCAGTAATGAAGGGTGGTTTTAAATCCTTTTAACTGATCACCATATCTATATGTAATACGCCATCATTTTGTATTTCAAAAAAAAGTTTTTGATAAATCTGTGCCTAATTGTCTTTGTAATTGAGCAATGCTCCAATTACATGGGCATGATAAAGTTATGGTGATTTTTATTTCACCAGTTTGTATTCTGAG
ATAGTAAAGTCATAAATGTTAAGAAAAGGGGAAAATGAAAAAAAGATTGGCATCCCCATTTGCTAGAGCAAGGGTTATGCTTATTTTTGTCTCGGAATTGTTCAATATTTTGGAAAGTAATCTCACAAGATTGCTTTAACAATTAACATTCTTCCAAAAC


>TRINITY_DN113134_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAACTCAGTACCTACAGCTCAAAGAAAGATGCTTTCGAGATCAATCAGTGCTGTTCTTACTGATCATCCTATACCAGCCCCAAATTCACCCTTGCTATCATATTCGTCATTATCACCATATTCTCCAAGTTCAACATCTGGTAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAATAGTACTTTCAA
ACACGATCTCTGATGTTCTTACTGATCCTTCCACAGTTGTTCTTACGGATCCTCCCACGTCCGTCCCAGCTTCATCCTTGCTTTCATTCTCATTACCATCACGATATTCTCCAAGTTCAACATCTGATAGCTCAGTACCTAGAGCTCAAAGAAAGGTTCTTCCAAACATAATTGATGTTGAGAATCATGTTAATGGCCTT
ATCCATGCAATGAGAGCCTCATCTCCTACTCATGCCAGTCAGAAAAAAGCCTATCATGCCTGGACTGAGAAGCATCCTTCAGCACTGACCATGTTTGAGAAGGTGATGGATGCATCAAAAGGCAAGCAAATTGTAGTGTTTTTGGATTACGATGGCACTCTCTCACCTATTGTAGATGATCCTGATCGGGCTTACATGAC
GAAAAGGATGCGTGCGACAGTTAGAGACGTGGCAAGATATTTTCCTACTGCTATCATTACTGGAAGGGGCGCAGCTAAGGTGTATGAGTTTGTAAGGTTAGCTGAACTGTATTATGCTGGTAGCCATGGTATGGACATCATGGGACCAGCCAGAAGTTCAAAGGGTTCTAAGGCAAACTGTACCGGGACAACAGACAAGA
AA
gtaagtgcagcatgaaatggagattctgaaatggttgtctgaagccttacttatgttcagtagggattttgtcactggtctttctgacaatgttaatttattacatcgggttggggggttttgttgcttttaaccatcaaggatggagcaaaagttagagaatgaatgccacacagtgttggtgtgctcaactcattg
attgtcttttgtgttgctggtgcatttgtacattatttaattgtattaatttctttttaaccacaatttccacaaaattagatataatctagttcagtacattaatgtacatcttaccaaggagtgtaaaaggtagatcttttacagatgcttttgctgatttgttattcactttcaagtttcgactgttatttttgtct
ctcag
GGTGGTGTTGTTCTCTACCAGCCTGCCAGCGAGTTCTTACCAATGATAGACAAGGTATAAAGAAATTTTATTATATGTTGCTTTATATTCATTAGAGAAAAGCAACATGGAAAGGACACTTGAAAATGCCCAATTTTATTCTCATCGTCATACTCTGTGTTAACGTTCTTCCTTTTTCCATGGGAAGGTATTTTA
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