sp|Q9XI31|GLYI4_ARATH ----> Glyoxylase I 4

Intron 1 GTAGGTCTTT ... TTCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.31	45	57	59
A2	60.33	24	41	32
A3	55.56	38	33	62
A4	58.33	25	41	29
A5	66.67	10	15	25
A6	31.71	56	22	30
A7	27.93	80	35	27
A8	22.78	100	38	21
A9	31.95	82	42	35
A10	30.21	67	38	20

>TRINITY_DN46629_c2_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTAATTGATCTTCCCATGCAAATCAATATTATATATATTTAAAACCACAACGGTCTCATGATTACTATTTTAAGCATACGGCGTAGCGATAGCGAGAAGGTTATGTCATTTCGGTCTAGAATCCTCCTGCCCCGGCTTTGATAACTTTCAACGTTCTATGCTCGTCTTTCATTTAATCCCTCAACCACTGGTAAAAACA
AATAGGGCGAGAAAAAAAAACGCTGCCTTATTCCTCTCTCAGGTGTAAAGCACAGCAAAACAAACAGAACTCGGGTGCTCCTATTCGTCTTTCGTCTTTCAGGGAAGCAGAGCCTAAAATAAGAACGGCAAAAGAAACAAAACTCGGTTGCCTTATTCCTCTTTGCATATATTATTTGTGTGCATGTTGCTCTGAGCTAT
AGCTCTTATTCTGCCATTTTTTTTAAGGATTCCATTTATTGTTAGAGATTGTGAAATGCAGACCGCTGCCTCTAACTTCCCTAAATCACATTTCTTTCTTTTGCAGATCTGTTAAGGAATCCATTGATTTCTACTAGAGTGTCCTAGGATTTGTTATTGTTAAGAGGCCCAGATCTTTTGGTTTAGATGGAGCTTGGTTT
GTAAATTTCTTTCCATTTCTGCTTTTTAAGAGCACATTTTAACCTGGGTTTGTTATGTACCTAGAGATATCAAATTCTCATAGCTTTGATGATTATGCAGACCGTTCAATTATGGAGTTGGCATACATTTGCTACGAAGTCAGAATCCAGAGGATTTACCGCAAAAATCTGAGATTAATCCAAAGGATAATCACGTATCC
TTCCAGGCATAAAAATTGGGAAGCAGATTCTAAAATAAGAACATCAAAGTAAACATAACTCTGGTGGTAGAGACTGCCGCCGTTGGATGGCAACTGATGAAGAACCTCTTTCCATTTTAAATTATTTTAATTCCTCAAAAGTAAAAGAAAAAGTCTATTAAGAGTGAATCAAGAGAGACAAACGGAGATGGTGAAGAGAT
GCAAGGCAAGTGAGTGATCTGAAAACAAAAATGGGAATGGAGCAGTGGACTCGCTGGGACAAGAGAGATTACTGTTGAGGGGAGGCGCGGCTGGATTTCGAGAGCGTTTTTTTCTTTTCTTTATCTTCTGCCAACGAACAGAGCAGAGAAAATAGAAAACTACACAGAGAGCAGAGCTGAGGTGGTTAGTCGTAATTGGG
TATGGAATTTTATTGTTCTCGGGTTTGAGAAAAATATGACAATTCTGCCATAATTTTTAACCATCCTAGTAACCTATTTGCTGCCATTGCTACTGTGGAGTATATGTGTGAAACTTTTCCATCTGTACCATATTGAGAGCCTTTATAATGGTCTCCAC

>TRINITY_DN46629_c2_g2_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TAAATTTTATGAAAAATCAGCCCTCGCCACAGAACTGCCTTATTCCTCTCTCAGGTGTAAAGCACAGCAAAACAAACAGAACTCGGGTGCTCCTATTCGTCTTTCAGGGAAGCAGAGCCTAAAATAAGAACGGCAAAAGTAACAGAACTCGGGTGCCTTATTCCTCTTTGCATATATTCGTTTCTTGATAATTTGTGTTA
TCCTGCTCTGAGCTATAGCTCTTATTCTGCCATTTTTTTTAAGGATTCCATTTATTGTTAGAGATTGTGAAATGCAGACCGCTGCCTCTAACTTCCCTAAATCACATTTCTTTCTTTTGCAGATCTGTTAAGGAATCCATTGATTTCTACTAGAGTGTCCTAGGATTTGTTATTGTTAAGAGGCCCAGATCTTTTGGTTT
AGATGGAGCTTGGTTTGTAAATTTCTTTCCATTTCTGCTTTTTAAGAGCACATTTTAACCTGGGTTTGTTATGTACCTAGAGATATCAAATTCTCATAGCTTTGATGATTATGCAGACCGTTCAATTATGGAGTTGGCATACATTTGCTACGAAGTCAGAATCCAGAGGATTTACCGCAAAAATCTGAGATTAATCCAAA
GGATAATCACGTATCCTTCCAGGCATAAAAATTGGGAAGCAGATTCTAAAATAAGAACATCAAAGTAAACATAACTCTGGTGGTAGAGACTGCCGCCGTTGGATGGCAACTGATGAAGAACCTCTTTCCATTTTAAATTATTTTAATTCCTCAAAAGTAAAAGAAAAAGTCTATTAAGAGTGAATCAAGAGAGACAAACG
GAGATGGTGAAGAGATGCAAGGCAAGTGAGTGATCTGAAAACAAAAATGGGAATGGAGCAGTGGACTCGCTGGGACAAGAGAGATTACTGTTGAGGGGAGGCGCGGCTGGATTTCGAGAGCGTTTTTTTCTTTTCTTTATCTTCTGCCAACGAACAGAGCAGAGAAAATAGAAAACTACACAGAGAGCAGAGCTGAGgta
ggtctttttgattatttttttctgctctttatttatttgtttgctttgctgaggtacaggaagggttttaggtttgattattctgtgcagGTGGTTAGTCGTAATTGGGTATGGAATTTTATTGTTCTCGGGTTTGAGAAAAATATGACAATTCTGCCATAATTTTTAACCATCCTAGTAACCTATTTGCTGCCATTGCT
ACTGTGGAGTATATGTGTGAAACTTTTCCATCTGTACCATATTGAGAGCCTTTATAATGGTCTCCAC

Intron 2 GTAGGTCTTT ... TTCTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.73	37	44	53
A2	55.56	24	31	29
A3	51.32	37	23	55
A4	53.57	26	34	26
A5	66.67	7	9	19
A6	26.92	57	17	25
A7	20.42	76	21	18
A8	17.13	104	31	12
A9	24.07	82	22	30
A10	25.29	65	25	19

>TRINITY_DN46629_c2_g2_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTTTGGTTTAGATGGAGCTTGACTGTTCAATTATGGAGTTGGCATACATTTGCTACGAAGTCAGAATCCAGAGGATTTACCGCAAAAATCTGAGATTAATCCAAAGGATAATCACGTATCCTTCCAGGCATAAAAATTGGGAAGCAGATTCTAAAATAAGAACATCAAAGGAAACATAACTCTGGTGGTAGAGACCGC
CGCAGTTGGATGGCAACTGATGAAGAACCTCTTTCCATTTTAAATTATTTTAATTCCTCAAAAGTAAAAGAAAAAGTCTATTAAGAGTGAATCGAGAGAGACAAACGGAAGAGTGAATCGAGAGAGACAAAAGGAGATGGTGAAGAGATGCAAGGGAAGTGAGTGATCTGAAAACGAAAATGGGAATGGAGCAGTGGACT
CGCTGGGACAAGAGAGATTACCTTTGAGGGGAGGGGCAGCTGGATTTCGAGAGCGTTTTTTTTTTCTTTATCTTCTGCCAACGAACAGAGCAGAGAAAATAAAAAACCACACAGAGAACAGAGCTGATGTGGTTAGTCGTAATTGGGTATGGAATTTTATTGTTCTCGGGTTTGAGAAAAATATGACAATTCTGCCATAA
TTTTTAACTATCCCAGTAACCTATTTGCTGCTGTTGCTACTGTGGAGTATATGTGTGAAACTTTTCCATCTGTACCATATTGAGAGCCTTTATAATGGTCTCCAC

>TRINITY_DN46629_c2_g2_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TAAATTTTATGAAAAATCAGCCCTCGCCACAGAACTGCCTTATTCCTCTCTCAGGTGTAAAGCACAGCAAAACAAACAGAACTCGGGTGCTCCTATTCGTCTTTCAGGGAAGCAGAGCCTAAAATAAGAACGGCAAAAGAAACATAACAGAACTCGGGGAACTCTGCCTTATTCCTCTTTGCATATATTAGACCGTTCAA
TTATGGAGTTGGCATACATTTGCTACGAAGTCAGAATCCAGAGGATTTACCGCAAAAATCTGAGATTAATCCAAAGGATAATCACGTATCCTTCCAGGCATAAAAATTGGGAAGCAGATTCTAAAATAAGAACATCAAAGGAAACATAACTCTGGTGGTAGAGACCGCCGCAGTTGGATGGCAACTGATGAAGAACCTCT
TTCCATTTTAAATTATTTTAATTCCTCAAAAGTAAAAGAAAAAGTCTATTAAGAGTGAATCGAGAGAGACAAACGGAAGAGTGAATCGAGAGAGACAAAAGGAGATGGTGAAGAGATGCAAGGGAAGTGAGTGATCTGAAAACGAAAATGGGAATGGAGCAGTGGACTCGCTGGGACAAGAGAGATTACCTTTGAGGGGA
GGGGCAGCTGGATTTCGAGAGCGTTTTTTTTTTCTTTATCTTCTGCCAACGAACAGAGCAGAGAAAATAAAAAACCACACAGAGAACAGAGCTGATgtaggtctttttgattttttttttttttctgctctttatttatttgtttgctttgctgaggtacaggaagggttttaggtttgattattctatgcagGTGGTTA
GTCGTAATTGGGTATGGAATTTTATTGTTCTCGGGTTTGAGAAAAATATGACAATTCTGCCATAATTTTTAACTATCCCAGTAACCTATTTGCTGCTGTTGCTACTGTGGAGTATATGTGTGAAACTTTTCCATCTGTACCATATTGAGAGCCTTTATAATGGTCTCCAC