sp|Q6EP31|RAC5_ORYSJ ----> Rac-like GTP-binding protein 5

Intron 1 GTGGGTTATA ... GATCTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.45	8	7.2	13.4
A2	13.58	8	5.2	1.3
A3	67.6	1	0	2.1
A4	56.35	3	1.8	3.9
A5	1.23	8	0.4	0.1
A6	6.36	61	4.9	4.3
A7	5.36	29	0.9	1.8
A8	20	16	0.4	4
A9	14.47	34	0.4	5.9
A10	11.67	18	2.8	2.4

>TRINITY_DN113582_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TGAGCACCGACGCCAAGACGGTGGGTTGCCGAATTGAATGTGGAACTGGATGTGTACAAGATAAAACTGTAATGGATCAGGTTTTTGGGATCTCTGTAAGCTTTGGAAAACATGAGCACTTGCAGGTTTATCAAGTGCGTTACAGTGGGGGATGGAGCTGTGGGGAAGACATGCATGCTCATCTCCTATACAAGCAACAC
ATTCCCAACTGACTACGTACCCACGGTGTTTGATAACTTCAGTGCAAATGTGGTAGTTGAAGGTAACAATGTCAATCTTGGCCTGTGGGATACTGCAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTT
CCAAGAAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGGAGAAGAGCTGAAGAACCAGATTGGCGCTGCAGCATATATTGAATGCAGTTCTAAAACACAG
CAGAATGTCAAGGCAGTTTTTGATGCTGCAATTCATACAGTCCTTCAACTACCTAAGCCTGTGAAACCTCGAAAGAAAAGGAAAACTTGTTCCATTCTTTGAGGGGAAGATGGGGACTTCTTGAAAATATGTTACTTGGAATCTGACTTGAGATTTCCTGCTTACTTGTAATTTGATACATTATCCTAACACATACGCCA
ATGTCTACAAATGTATTCAGCTTCAGTGTTTGCATAAGACATACGCCAATGTCTGCAAATGCATTCAGCTTCAGTGTTTGCCATGTAAAACAAATAGCTGTATTTAGATATCTTGGATTTGGAAGTTTATATCATTTTTAATTACGCTTACTGGTGACTAACAAAATGTAATGCCAATTAGCTTAATTGCTTGTGTGAGA
CAATGGTCAATCAATTCACTATATTTTATGTCGGGGCCAGGTCAGTGTTGATGCTTTA

>TRINITY_DN113582_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTGCAAATGTGGTAGTTGAAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGgtggg
ttatattgctttatctatctagttaaatgcattaaggtgtccactttaggttctttcatttggactttcttttaggaagttggacaagttcttctcaggtaaaattgacatttgcattgatctgatagATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGTATGGC
TTTGTACCCTTCATTGCTTACCTACTTTCAGGTTCATTTTGATAGTGTTGCTAGCATATAGGCCATTGTACTTAACTTCACAC

Intron 2 GTAAGTCTAA ... TGCTAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.27	12	3	2.7
A2	43.42	15	9	13.7
A3	26.8	13	5	4.3
A4	20.61	15	6	1.7
A5	25.01	12.7	7	1.3
A6	7.53	67	10	0.7
A7	11.18	20.3	5	0
A8	10.98	5.7	1	0
A9	6.18	43.3	4	1.7
A10	17.07	18	6	1

>TRINITY_DN106902_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CCGACGCCAAGACGGTGGGTTGCCGAATTGAATGTGGAACTGGATGTGTACAAGATAAAACTGTAATGGATCAGGTTTTTGGGATCTCTGTAAGCTTTGGAAAACATGAGCACTTGCAGGTTTATCAAGTGCGTTACAGTGGGGGATGGAGCTGTGGGGAAGACATGCATGCTCATCTCCTATACAAGCAACACATTCCC
AACTGACTACGTACCCACGGTGTTTGATAACTTCAGTGCAAATGTGGTAGTTGAAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAG

>TRINITY_DN106902_c0_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCGACGCCAAGACGGTGGGTTGCCGAATTGAATGTGGAACTGGATGTGTACAAGATAAAACTGTAATGGATCAGGTTTTTGGGATCTCTGTAAGCTTTGGAAAACATGAGCACTTGCAGGTTTATCAAGTGCGTTACAGTGGGGGATGGAGCTGTGGGGAAGACATGCATGCTCATCTCCTATACAAGCAACACATTCCC
AACTgtaagtctaattattccaaggcctgtgttttcaaggatacattagtctaattattccaaggcctgtgttttcaaggatacattatgttggtgaactttattcattttttctgtggtgtcttctttttgggtgggtggccttgctaagcagGACTACGTACCCACGGTGTTTGATAACTTCAGTGCAAATGTGGTAG
TTGAAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAGGTCAATTTCATTAGTCTCAATTTACTCTGACCTTTCACTGTATGTAAATACTAGACAGTTTCAAGGTTGCATGCAATTTGCTGG
TGGAAATTTTACATTTTTGTCTCTCTGAGTGCACTTCTCAACTTATGTTCCTGGTGTACAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGGTGGGTTATATTGCTTTATCTATCTAGTTAAATGCATTAAGGTGTCCACTTTAGGTTCTTTCATTTGGACTTTCT
TTTAGGAAGTTGGACAAGTTCTTCTCAGGTAAAATTGACATTTGCATTGATCTGATAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGTATGGCTTTGTACCCTTCATTGCTTACCTACTTTCAGGTTCATTTTGATAGTGTTGCTAGCATATAGGCCATTGTA
CTTAACTTCACACTGGATAGTTATATACTCACTTGACTTATAGTTAGGTTGAGAACTGAGGGTCAAATGGACAAAATGATGTTGCAGAGTGATGTTTTGTCATTTGGTATTTAATAGTTTTGGGTTTATATAATGACATTATCCAAGCAACTGTATCTCAAACCCCTTTTTGTTGTTTGCAAATGCTCAGCATAAATGAT
GATAAATATTCTTGTAGAATAATTGATAGTGAGCCTTGTA

Intron 3 GTAACAATGT ... GATACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.54	3.7	14	18
A2	59.62	9.7	13	14
A3	72.45	5.3	13	15
A4	80.64	4.7	14	23
A5	85.12	2.3	14	12
A6	74.71	20	58	60
A7	79.48	6.3	24	25
A8	89.63	2.3	12	19
A9	75.89	9.7	27	33
A10	87.08	4	28	25

>TRINITY_DN113582_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTGCAAATGTGGTAGTTGAAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGGTGGG
TTATATTGCTTTATCTATCTAGTTAAATGCATTAAGGTGTCCACTTTAGGTTCTTTCATTTGGACTTTCTTTTAGGAAGTTGGACAAGTTCTTCTCAGGTAAAATTGACATTTGCATTGATCTGATAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGTATGGC
TTTGTACCCTTCATTGCTTACCTACTTTCAGGTTCATTTTGATAGTGTTGCTAGCATATAGGCCATTGTACTTAACTTCACAC

>TRINITY_DN113582_c0_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGAGCACCGACGCCAAGACGGTGGGTTGCCGAATTGAATGTGGAACTGGATGTGTACAAGATAAAACTGTAATGGATCAGGTTTTTGGGATCTCTGTAAGCTTTGGAAAACATGAGCACTTGCAGGTTTATCAAGTGCGTTACAGTGGGGGATGGAGCTGTGGGGAAGACATGCATGCTCATCTCCTATACAAGCAACAC
ATTCCCAACTGACTACGTACCCACGGTGTTTGATAACTTCAGTGCAAATGTGGTAGTTGAAGgtaacaatgtcaatcttggcctgtgggatactgcagGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTT
CCAAGAAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGGAGAAGAGCTGAAGAACCAGATTGGCGCTGCAGCATATATTGAATGCAGTTCTAAAACACAG
CAGAATGTCAAGGCAGTTTTTGATGCTGCAATTCATACAGTCCTTCAACTACCTAAGCCTGTGAAACCTCGAAAGAAAAGGAAAACTTGTTCCATTCTTTGAGGGGAAGATGGGGACTTCTTGAAAATATGTTACTTGGAATCTGACTTGAGATTTCCTGCTTACTTGTAATTTGATACATTATCCTAACACATACGCCA
ATGTCTACAAATGTATTCAGCTTCAGTGTTTGCATAAGACATACGCCAATGTCTGCAAATGCATTCAGCTTCAGTGTTTGCCATGTAAAACAAATAGCTGTATTTAGATATCTTGGATTTGGAAGTTTATATCATTTTTAATTACGCTTACTGGTGACTAACAAAATGTAATGCCAATTAGCTTAATTGCTTGTGTGAGA
CAATGGTCAATCAATTCACTATATTTTATGTCGGGGCCAGGTCAGTGTTGATGCTTTA

Intron 4 GTATGGCTTT ... CTTCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.75	9.5	10	2
A2	23.08	10	3	3
A3	33.75	6	2	4
A4	53.36	6	8	5
A5	25.39	6	1	3
A6	4.15	61.5	2	3
A7	2.39	20.5	1	0
A8	12.5	16	4	0
A9	8.33	40	4	3
A10	5.41	21.5	2	0

>TRINITY_DN38180_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

TCACGACTCACAGGTTTCCTTTGGCGTCCACGTAGAATCTTCACTATTCTCACGACCATGAGCACCGACGCCAAGACGGTGGGTTGCCGAATTGAATGTGGAACTGGATGTGTACAAGATAAAACTGTAATGGATCAGGTTTTTGGGATCTCTGTAAGCTTTGGAAAACATGAGCACTTGCAGGTTTATCAAGTGCGTTA
CAGTGGGGGATGGAGCTGTGGGGAAGACATGCATGCTCATCTCCTATACAAGCAACACATTCCCAACTGACTACGTACCCACGGTGTTTGATAACTTCAGTGCAAATGTGGTAGTTGAAGGTAACAATGTCAATCTTGGCCTGTGGGATACTGCAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGT
GCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGGAGA
AGAGCTGAAGAACCAGATTGGCGCTGCAGCATATATTGAATGCAGTTCTAAAACACAGCAGAATGTCAAGGCAGTTTTTGATGCTGCAATTCATACAGTCCTTCAACTACCTAAGCCTGTGAAACCTCGAAAGAAAAGGAAAACTTGTTCCATTCTTTGAGGGGAAGATGGGGACTTCTTGAAAATATGTTACTTGGAAT
CTGACTTGAGATTTCCTGCTTACTTGTAATTTGATACATTATCCTAACACATACGCCAATGTCTACAAATGTATTCAGCTTCAGTGTTTGCATAAGACATACGCCAATGTCTGCAAATGCATTCAGCTTCAGTGTTTGCCATGTAAAACAAATAGCTGTATTTAGATATCTTGGATTTGGAAGTTTATATCATTTTTAAT
TACGCTTACTGGTGACTAACAAAATGTAATGCCAATTAGCTTAATTGCTTGTGTGAGACAATGGTCAATCAATTCACTATATTTTATGTCGGGGCCAGGTCAGTGTTGATGCTTTAAGAATGATAACGGACTATTGCATCAATACAATTTTCAAGGCTAACCTGTTTCATATGGAACGTTGATAATTTTAACCAGTTCAA
TCCGGGCTTGTGACACCAATACTCTATGGTAGTTGTTAACTGGGCAGGGCAAGCTATCATTTATATCTCATACTTTGAGGGCAGTAGTGATTATCTAGACTCGGTTACTATTGGATACTTGTGTTTGTACGCCTACTATCAGCACCTATTGGTACTAAGGGATATCATTGTAATTGCGCTCACTGATCCTTGGCAACAAA
TTAATATTAACTTCGCAACAATTATATTATATGTACGAAGGGCTTCAATTTGATGCATTGATAGTATTTAGTTTCTTAGATTTCTACATGCCTTGAAAAGCAAAAGGCAACAAGCAACAGGATATTTTTTTTCAGTTGCTATTTTTTTCCTTTTAATATATGTTCTTTGGCCAGCAAAAATACTGGGGAGATTGCTCAAA
AGAAAGTGGAATTGCATCCGTGAGACGATGATGATGATTGGCAATGTGAGCAATTAAAGTCGTTTGCATGGATGTGGGATCCAGGGCAGCAGAGCAATTGGAGACTTCTTGTCCAGAGGATTTCAGGAGTTTTGAACTCCATAAATTCACTGAATTTGTTATTGTCGTGTCCATAAACAGAATAATTTTGTTATGTAAAA
ATAAAACCAG

>TRINITY_DN38180_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CGAACCCCACCATCCAGTTTAGGATTGTTTGTTCAACAATGCCCTTGTGGGAGTTGAACTAGTGACCAATGACCTAGACCTTTGGAATTTTAGTCCAAGGATAGAGTTATATGAGTCTTGAGCTTCACTAACATGAAATCAAAATATGGGCCTAAGTTGCCCTAGAATGGCCCAATAGGACATGTTTTGGTCTAAAACTT
TGCAAATAAGGAATTACATCTTTGGGCCAACTATGGATCAAACCCTCTGTTCCTGATTAGATTTTGTCATTGTAATGCAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAGGTCAATTTCA
TTAGTCTCAATTTACTCTGACCTTTCACTGTATGTAAATACTAGACAGTTTCAAGGTTGCATGCAATTTGCTGGTGGAAATTTTACATTTTTGTCTCTCTGAGTGCACTTCTCAACTTATGTTCCTGGTGTACAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGG
TGGGTTATATTGCTTTATCTATCTAGTTAAATGCATTAAGGTGTCCACTTTAGGTTCTTTCATTTGGACTTTCTTTTAGGAAGTTGGACAAGTTCTTCTCAGGTAAAATTGACATTTGCATTGATCTGATAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGgta
tggctttgtacccttcattgcttacctactttcaggttcattttgatagtgttgctagcatataggccattgtacttaacttcacactggatagttatatactcacttgacttatagttaggttgagaactgagggtcaaatggacaaaatgatgttgcagagtgatgttttgtcatttggtatttaatagttttgggtt
tatataatgacattatccaagcaactgtatctcaaacccctttttgttgtttgcaaatgctcagcataaatgatgataaatattcttgtagaataattgatagtgagccttgtagttttacttgactttgtaagcaatgctgctaactgtaattagcaggcaacttcctttcggatgcagatttttagaagtccactcac
tgcatccaacttttgtgatgcttcattcagGGAGAAGAGCTGAAGAACCAGATTGGCGCTGCAGCATATATTGAATGCAGTTCTAAAACACAGCAGGTATGTAGCTTGAATGTCCTGAATGGAAGAAATCCAGCATGGTGAACTGAATTTTGTTATCAATCTCTATTTTCTTAGTGTTGCCCTTGTTCTGCATTTTACTC
TTTCTTCCTCATTATGGAATTCACCACATACAAGCATTTCTAAATTCTCTAAGGATATTTCTCTCCCTTGTAAATTTTATTGCCTGTGTTCTGCAGAATGTCAAGGCAGTTTTTGATGCTGCAATTCATACAGTCCTTCAACTACCTAAGCCTGTGAAACCTCGAAAGAAAAGGAAAACTTGTTCCATTCTTTGAGGGGA
AGATGGGGACTTCTTGAAAATATGTTACTTGGAATCTGACTTGAGATTTCCTGCTTACTTGTAATTTGATACATTATCCTAACACATACGCCAATGTCTACAAATGTATTCAGCTTCAGTGTTTGCATAAGACATACGCCAATGTCTGCAAATGCATTCAGCTTCAGTGTTTGCCATGTAAAACAAATAGCTGTATTTAG
ATATCTTGGATTTGGAAGTTTATATCATTTTTAATTACGCTTACTGGTGACTAACAAAATGTAATGCCAATTAGCTTAATTGCTTGTGTGAGACAATGGTCAATCAATTCACTATATTTTATGTCGGGGCCAGGTCAGTGTTGATGCTTTAAGAATGATAACGGACTATTGCATCAATACAATTTTCAAGGCTAACCTGT
TTCATATGGAACGTTGATAATTTTAACCAGTTCAATCCGGGCTTGTGACACCAATACTCTATGGTAGTTGTTAACTGGGCAGGGCAAGCTATCATTTATATCTCATACTTTGAGGGCAGTAGTGATTATCTAGACTCGGTTACTATTGGATACTTGTGTTTGTACGCCTACTATCAGCACCTATTGGTACTAAGGGATAT
CATTGTAATTGCGCTCACTGATCCTTGGCAACAAATTAATATTAACTTCGCAACAATTATATTATATGTACGAAGGGCTTCAATTTGATGCATTGATAGTATTTAGTTTCTTAGATTTCTACATGCCTTGAAAAGCAAAAGGCAACAAGCAACAGGATATTTTTTTTCAGTTGCTATTTTTTTCCTTTTAATATATGTTC
TTTGGCCAGCAAAAATACTGGGGAGATTGCTCAAAAGAAAGTGGAATTGCATCCGTGAGACGATGATGATGATTGGCAATGTGAGCAATTAAAGTCGTTTGCATGGATGTGGGATCCAGGGCAGCAGAGCAATTGGAGACTTCTTGTCCAGAGGATTTCAGGAGTTTTGAACTCCATAAATTCACTGAATTTGTTATTGT
CGTGTCCATAAACAGAATAATTTTGTTATGTAAAAATAAAACCAG

Intron 5 GTATGTAGCT ... TGTTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.57	10	3	4
A2	26.09	17	10.3	6
A3	43.75	9	5.3	7
A4	11.76	15	6	2
A5	38.1	13	4.7	8
A6	12.89	101.3	13	15
A7	14.29	18	4.7	3
A8	17.86	23	2.7	5
A9	20	56	5.3	14
A10	18	41	3.3	9

>TRINITY_DN106902_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

ACCTTTGGAATTTTAGTCCAAGGATAGAGTTATATGAGTCTTGAGCTTCACTAACATGAAATCAAAATATGGGCCTAAGTTGCCCTAGAATGGCCCAATAGGACATGTTTTGGTCTAAAACTTTGCAAATAAGGAATTACATCTTTGGGCCAACTATGGATCAAACCCTCTGTTCCTGATTAGATTTTGTCATTGTAATG
CAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTT
TTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGGAGAAGAGCTGAAGAACCAGATTGGCGCTGCAGCATATATTGAATGCAGTTCTAAAACACAGCAGAATGTCAAGGCAGTTTTTGATGCTGCAATTCATACAGTCCTTCAACTACCTAAGCCTGTGAAACCTCGAAAGAAAAGGAAAACTTGTTCCAT
TCTTTGAGGGGAAGATGGGGACTTCTTGAAAATATGTTACTTGGAATCTGACTTGAGATTTCCTGCTTACTTGTAATTTGATACATTATCCTAACACATACGCCAATGTCTACAAATGTATTCAGCTTCAGTGTTTGCATAAGACATACGCCAATGTCTGCAAATGCATTCAGCTTCAGTGTTTGCCATGTAAAACAAAT
AGCTGTATTTAGATATCTTGGATTTGGAAGTTTATATCATTTTTAATTACGCTTACTGGTGACTAACAAAATGTAATGCCAATTAGCTTAATTGCTTGTGTGAGACAATGGTCAATCAATTCACTATATTTTATGTCGGGGCCAGGTCAGTGTTGATGCTTTAAGAATGATAACGGACTATTGCATCAATACAATTTTCA
AGGCTAACCTGTTTCATATGGAACGTTGATAATTTTAACCAGTTCAATCCGGGCTTGTGACACCAATACTCTATGGTAGTTGTTAACTGGGCAGGGCAAGCTATCATTTATATCTCATACTTTGAGGGCAGTAGTGATTATCTAGACTCGGCTACTATTGGATACTTGTGTTTGTACGCCTACTATCAGCACCTATTGGT
ACTAAGGGATATCATTGTAATTGCGCTCACTGATCCTTGGCAACAAATTAATATTAACTTCGCAACAATTATATTATATGTACGAAGGGCTTCAATTTGATGCATTGATAGTATTTAGTTTCTTAGATTTCTACATGCCTTGAAAAGCAAAAGGCAACAAGCAACAGGATATTTTTTTTCAGTTGCTATTTTTTTCCTTT
TAATATATGTTCTTTG

>TRINITY_DN106902_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCGACGCCAAGACGGTGGGTTGCCGAATTGAATGTGGAACTGGATGTGTACAAGATAAAACTGTAATGGATCAGGTTTTTGGGATCTCTGTAAGCTTTGGAAAACATGAGCACTTGCAGGTTTATCAAGTGCGTTACAGTGGGGGATGGAGCTGTGGGGAAGACATGCATGCTCATCTCCTATACAAGCAACACATTCCC
AACTGACTACGTACCCACGGTGTTTGATAACTTCAGTGCAAATGTGGTAGTTGAAGGTAACAATGTCAATCTTGGCCTGTGGGATACTGCAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGA
AGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGGAGAAGAGCTGAAGAACCAGATTGGCGCTGCAGCATATATTGAATGCAGTTCTAAAACACAGCAGgta
tgtagcttgaatgtcctgaatggaagaaatccagcatggtgaactgaattttgttatcaatctctattttcttagtgttgcccttgttctgcattttactctttcttcctcattatggaattcaccacatacaagcatttctaaattctctaaggatatttctctcccttgtaaattttattgcctgtgttctgcagAAT
GTCAAGGCAGTTTTTGATGCTGCAATTCATACAGTCCTTCAACTACCTAAGCCTGTGAAACCTCGAAAGAAAAGGAAAACTTGTTCCATTCTTTGAGGGGAAGATGGGGACTTCTTGAAAATATGTTACTTGGAATCTGACTTGAGATTTCCTGCTTACTTGTAATTTGATACATTATCCTAACACATACGCCAATGTCT
ACAAATGTATTCAGCTTCAGTGTTTGCATAAGACATACGCCAATGTCTGCAAATGCATTCAGCTTCAGTGTTTGCCATGTAAAACAAATAGCTGTATTTAGATATCTTGGATTTGGAAGTTTATATCATTTTTAATTACGCTTACTGGTGACTAACAAAATGTAATGCCAATTAGCTTAATTGCTTGTGTGAGACAATGG
TCAATCAATTCACTATATTTTATGTCGGGGCCAGGTCAGTGTTGATGCTTTAAGAATGATAACGGACTATTGCATCAATACAATTTTCAAGGCTAACCTGTTTCATATGGAACGTTGATAATTTTAACCAGTTCAATCCGGGCTTGTGACACCAATACTCTATGGTAGTTGTTAACTGGGCAGGGCAAGCTATCATTTAT
ATCTCATACTTTGAGGGCAGTAGTGATTATCTAGACTCGGCTACTATTGGATACTTGTGTTTGTACGCCTACTATCAGCACCTATTGGTACTAAGGGATATCATTGTAATTGCGCTCACTGATCCTTGGCAACAAATTAATATTAACTTCGCAACAATTATATTATATGTACGAAGGGCTTCAATTTGATGCATTGATAG
TATTTAGTTTCTTAGATTTCTACATGCCTTGAAAAGCAAAAGGCAACAAGCAACAGGATATTTTTTTTCAGTTGCTATTTTTTTCCTTTTAATATATGTTCTTTG

Intron 6 GTCAATTTCA ... TGGTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.33	10.5	6	11.2
A2	43.14	11.7	8.7	9.2
A3	38.4	5	5.3	1
A4	36.79	15.6	12.4	5.7
A5	1.44	7.2	0.1	0.2
A6	6.69	64.5	6.7	3
A7	10.47	27.8	4.9	1.6
A8	1.84	23.9	0.7	0.3
A9	10.49	36.9	8	1
A10	4.18	20.7	0.2	1.8

>TRINITY_DN113582_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GTGCAAATGTGGTAGTTGAAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAGTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCAAATTAGGTGGG
TTATATTGCTTTATCTATCTAGTTAAATGCATTAAGGTGTCCACTTTAGGTTCTTTCATTTGGACTTTCTTTTAGGAAGTTGGACAAGTTCTTCTCAGGTAAAATTGACATTTGCATTGATCTGATAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGCGCAGGTATGGC
TTTGTACCCTTCATTGCTTACCTACTTTCAGGTTCATTTTGATAGTGTTGCTAGCATATAGGCCATTGTACTTAACTTCACAC

>TRINITY_DN113582_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGACCAACGAACCCCACCATCCAGTTTAGGATTGTTTGTTCAACAATGCCCTTGTGGGAGTTGAACTAGTGACCAATGACCTAGACCTTTGGAATTTTAGTCCAAGGATAGAGTTATATGAGTCTTGAGCTTCACTAACATGAAATCAAAATATGGGCCTAAGTTGCCCTAGAATGGCCCAATAGGACATGTTTTGGTCT
AAAACTTTGCAAATAAGGAATTACATCTTTGGGCCAACTATGGATCAAACCCTCTGTTCCTGATTAGATTTTGTCATTGTAATGCAGGGCAAGAAGACTACAATAGGTTGAGACCACTGAGTTATAGGGGTGCAGACGTGTTCCTCTTGGCGTTTTCCTTGATCAGCAAAGCCAGTTATGAAAATGTTTCCAAGAAGgtc
aatttcattagtctcaatttactctgacctttcactgtatgtaaatactagacagtttcaaggttgcatgcaatttgctggtggaaattttacatttttgtctctctgagtgcacttctcaacttatgttcctggtgtacagTGGATTCCTGAACTCAAGCATTATGTGCCATCTGTGCCTATTGTTCTCGTGGGAACCA
AATTAGGTGGGTTATATTGCTTTATCTATCTAGTTAAATGCATTAAGGTGTCCACTTTAGGTTCTTTCATTTGGACTTTCTTTTAGGAAGTTGGACAAGTTCTTCTCAGGTAAAATTGACATTTGCATTGATCTGATAGATTTACGAGATGATAAGCAGTTTTTTAGTGATCATCCTGGTGCTGCCCCTATAACAACAGC
GCAGGTATGGCTTTGTACCCTTCATTGCTTACCTACTTTCAGGTTCATTTTGATAGTGTTGCTAGCATATAGGCCATTGTACTTAACTTCACAC