NA ----> NA
Intron 1 GTACATAACG ... CATCTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.83 | 25 | 36 | 20 |
| A2 | 52.94 | 4 | 2 | 7 |
| A3 | 51.02 | 12 | 17 | 8 |
| A4 | 47.62 | 11 | 14 | 6 |
| A5 | 47.37 | 5 | 7 | 2 |
| A6 | 34.09 | 29 | 12 | 18 |
| A7 | 43.4 | 30 | 28 | 18 |
| A8 | 54.61 | 32 | 24 | 53 |
| A9 | 44.52 | 43 | 18 | 51 |
| A10 | 53.54 | 23 | 25 | 28 |
>TRINITY_DN104734_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformCTTGTACTATCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTGATGGCCCCTGTAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATT
TGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAG
AGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCT
GAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTGTCATAAT
CTAACGTGTAAATGCCTTCATGAGTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGG
>TRINITY_DN104734_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTTGTACTATCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTGATGGCCCCTGTAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATT
TGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAG
AGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGgtacataacgtgtgagagtcggtttttttgtgtatttttatcacttgaggtttct
gttgatgtttaagggccacccaattgatacgccctattatctattaaacaaccttaataaaatggccatcactattcaaaaaaccctaggtgatattgatagaagtctttttcacttcagtttggttaaaatcatggttcaacatagattgtctgaattgagtgatagttaggaagccttcctggctcgtaaccagtttg
gggaaaatgaattatggcctaaatataaacccactagcaagatgaaacgaagggattctattcagggagacctcggtgatgaaatatcatctcatagcatgtcaaaatttcaaagtgttgatcctggaacatcaaccgatttgcactctcaatctcatgatcctaaaattgattcctcatctccattgggaaagggtaaa
ggattggtagacgagattccaaaaacccctaagtctgttatcaagaaaattaagacagggtatggtggagatacaagtaagccaccaattggtttggctgctcgtagaataaccaggagtttggtcggttcccttcctcgcaagacagacctgcaaaatataaaaccacaagttattgaccttagtgaatcagatgaaga
gccattgaacaatcatgaaagtgtagaggctgttgatcaagtgaaccctcgatacaattataattcaacctctagacttccacacgagatcgaaatgctaataatagatatggtgcagagcaatcaaagcaagaagtctaccaatctgagacttaccatcatagtcatgaatttcctgaaaatattaaagcctctacatc
aactcctcatgaaatacaagctgatagggtcaagtggttagaaatagaggtaaaagagttggatttgattaatggttatttaaaggacgaaaaaaattaacctaaaagtgaatgttgctcaactcgttgaagaaagggacaacatgaagactaagaagactcaatacaaatatcagagagatctaatgattcgtaagggc
gagataaaatggtttacgcagaacaagtccaataaggtgaagattaacaaactcagggataaaattaaagaagcaagaaggatcgttgttgtccaggtgtcaattgacgccactcacaggggttagagttggtttcaatcatcctacaatttttccattttggggatacttttgtgtgttatcataattttgattgtcat
tttcaggaatctgatatctaaagctatgactcaggtaatagcctcattttatattccttatcattttaattcattcattatcataagagtacctacagaatcataggcactatgatttgtgttttttattgattaattttgtagctgctaaatttacttcctgaaattggttacattcaaacgattcctaactttgatta
ataatgatgacatgcatcttttagTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAAC
ACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTGTCATAATCTAACGTGTAAATGCCTTCATGAGTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGG
Intron 2 GTGATGGTCT ... TCCCCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.89 | 17.5 | 7.3 | 29 |
| A2 | 56.67 | 13 | 12 | 22 |
| A3 | 52.78 | 10 | 5 | 17 |
| A4 | 48.15 | 7 | 2 | 11 |
| A5 | 55.56 | 4 | 2 | 8 |
| A6 | 48.57 | 9 | 4 | 13 |
| A7 | 62.85 | 19.5 | 22.5 | 43.5 |
| A8 | 78.28 | 6 | 14.3 | 29 |
| A9 | 53.78 | 20 | 13.5 | 33 |
| A10 | 62.33 | 16 | 18 | 35 |
>TRINITY_DN46404_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGTTGTATCCATTTCAAATTCTGGTAAGAGATTCAATATTGTTTATATTATGTAATAATGGTGCATGCATTCATTTTTAACCTATATTTACACGCTTCTTGCACCCCTGTGTTGTCTAAGTATTATATTTAAAACTATTATGTTAAACCTCTCAACCTTATACCCTAGCGTTTTCAAACTTGCCATTTGCTAACATTATGA
CATACATCTGTAAAATCCATAATCTACAATGATGATTCATGAATCAATTATTTACATATTTTCAGGGCTCCCAAAAATATAATAGACCCGATCCTAACCAAACACGATCTGTAATTATTTCTTCGAAATGCTTGTACTCTCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGG
AAGACAAAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAA
TATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGTTTTGATGGCATTAA
TGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACTATTATTGAAGATGTTTTTCATAGCTAGCATCATATTGTTTGATGGGGTAAGTGGAACGAGCCTTATCTAGTTATCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAA
TTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTTTCATCATCTAACATGTAAATGCCTTCATGGGTCAGTCTATTTTAGGGAATTTGGCTGTACTAGGTTTGATGATTTGACCTATGCGTTCAAGTCTGTTAGTTGTAATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAGTAGCACAAAGG
AAGTCATAAGGAGTTTCATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAGACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTATTTTTGTGAAGTTATTTTCATTATTATAAAACTCCTTCTGTTCTCTTTATGCTG
>TRINITY_DN46404_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTTGTATCCATTTCAAATTCTGGTAAGAGATTCAATATTGTTTATATTATGTAATAATGGTGCATGCATTCATTTTTAACCTATATTTACACGCTTCTTGCACCCCTGTGTTGTCTAAGTATTATATTTAAAACTATTATGTTAAACCTCTCAACCTTATACCCTAGCGTTTTCAAACTTGCCATTTGCTAACATTATGA
CATACATCTGTAAAATCCATAATCTACAATGATGATTCATGAATCAATTATTTACATATTTTCAGGGCTCCCAAAAATATAATAGACCCGATCCTAACCAAACACGATCTGTAATTATTTCTTCGAAATGCTTGTACTCTCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGG
AAGACAAAGgtgatggtctatttttgctattactctgctatagttatttaatcccgtgctccatgtgtaaaccctcggtcaagttgatgtcccctgtagTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAAT
GGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACA
AGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGGTACATAACGTGTGAGAGTCGGTTTTTTTGTGTATTTTTATCACTTGAGGTTTCTGTTGATGTTTAAGGGCCACCCAATTGATACGCCCTATTATCTATTAAACAACCTTAATAAAATGGCCATC
ACTATTCAAAAAACCCTAGGTGATATTGATAGAAGTCTTTTTCACTTCAGTTTGGTTAAAATCATGGTTCAACATAGATTGTCTGAATTGAGTGATAGTTAGGAAGCCTTCCTGGCTCGTAACCAGTTTGGGGAAAATGAATTATGGCCTAAATATAAACCCACTAGCAAGATGAAACGAAGGGATTCTATTCAGGGAGA
CCTCGGTGATGAAATATCATCTCATAGCATGTCAAAATTTCAAAGTGTTGATCCTGGAACATCAACCGATTTGCACTCTCAATCTCATGATCCTAAAATTGATTCCTCATCTCCATTGGGAAAGGGTAAAGGATTGGTAGACGAGATTCCAAAAACCCCTAAGTCTGTTATCAAGAAAATTAAGACAGGGTATGGTGGAG
ATACAAGTAAGCCACCAATTGGTTTGGCTGCTCGTAGAATAACCAGGAGTTTGGTCGGTTCCCTTCCTCGCAAGACAGACCTGCAAAATATAAAACCACAAGTTATTGACCTTAGTGAATCAGATGAAGAGCCATTGAACAATCATGAAAGTGTAGAGGCTGTTGATCAAGTGAACCCTCGATACAATTATAATTCAACC
TCTAGACTTCCACACGAGATCGAAATGCTAATAATAGATATGGTGCAGAGCAATCAAAGCAAGAAGTCTACCAATCTGAGACTTACCATCATAGTCATGAATTTCCTGAAAATATTAAAGCCTCTACATCAACTCCTCATGAAATACAAGCTGATAGGGTCAAGTGGTTAGAAATAGAGGTAAAAGAGTTGGATTTGATT
AATGGTTATTTAAAGGACGAAAAAAATTAACCTAAAAGTGAATGTTGCTCAACTCGTTGAAGAAAGGGACAACATGAAGACTAAGAAGACTCAATACAAATATCAGAGAGATCTAATGATTCGTAAGGGCGAGATAAAATGGTTTACGCAGAACAAGTCCAATAAGGTGAAGATTAACAAACTCAGGGATAAAATTAAAG
AAGCAAGAAGGATCGTTGTTGTCCAGGTGTCAATTGACGCCACTCACAGGGGTTAGAGTTGGTTTCAATCATCCTACAATTTTTCCATTTTGGGGATACTTTTGTGTGTTATCATAATTTTGATTGTCATTTTCAGGAATCTGATATCTAAAGCTATGACTCAGTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCA
AATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGA
CAACTGCAAGT
Intron 3 GTACATAACG ... CATCTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.92 | 25 | 36 | 10 |
| A2 | 46.67 | 4 | 2 | 5 |
| A3 | 45.45 | 12 | 17 | 3 |
| A4 | 38.89 | 11 | 14 | 0 |
| A5 | 44.44 | 5 | 7 | 1 |
| A6 | 24.68 | 29 | 12 | 7 |
| A7 | 38.78 | 30 | 28 | 10 |
| A8 | 41.28 | 32 | 24 | 21 |
| A9 | 31.75 | 43 | 18 | 22 |
| A10 | 47.73 | 23 | 25 | 17 |
>TRINITY_DN46956_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformGAGCTTTGGTAGTAAGTTGTATCCACTTCAAATTCTGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTGATGGCCCCTGTAGTCCTTTA
TGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGG
TTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCG
CTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGAT
GATGACAACTGCAAGTGTCATAATCTAACGTGTAAATGCCTTCATGAGTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGGTTTGATGATTTGACCTATGCGTTCAAGTCTGTTAGTTGTAATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAGTAGCACAAAGGAAGTCATAAGGAGTTT
CATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAGACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTGA
>TRINITY_DN46956_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:GAGCTTTGGTAGTAAGTTGTATCCACTTCAAATTCTGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTGATGGCCCCTGTAGTCCTTTA
TGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGG
TTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGgtacataacgtgtgagagtcggtttttttgt
gtatttttatcacttgaggtttctgttgatgtttaagggccacccaattgatacgccctattatctattaaacaaccttaataaaatggccatcactattcaaaaaaccctaggtgatattgatagaagtctttttcacttcagtttggttaaaatcatggttcaacatagattgtctgaattgagtgatagttaggaag
ccttcctggctcgtaaccagtttggggaaaatgaattatggcctaaatataaacccactagcaagatgaaacgaagggattctattcagggagacctcggtgatgaaatatcatctcatagcatgtcaaaatttcaaagtgttgatcctggaacatcaaccgatttgcactctcaatctcatgatcctaaaattgattcc
tcatctccattgggaaagggtaaaggattggtagacgagattccaaaaacccctaagtctgttatcaagaaaattaagacagggtatggtggagatacaagtaagccaccaattggtttggctgctcgtagaataaccaggagtttggtcggttcccttcctcgcaagacagacctgcaaaatataaaaccacaagttat
tgaccttagtgaatcagatgaagagccattgaacaatcatgaaagtgtagaggctgttgatcaagtgaaccctcgatacaattataattcaacctctagacttccacacgagatcgaaatgctaataatagatatggtgcagagcaatcaaagcaagaagtctaccaatctgagacttaccatcatagtcatgaatttcc
tgaaaatattaaagcctctacatcaactcctcatgaaatacaagctgatagggtcaagtggttagaaatagaggtaaaagagttggatttgattaatggttatttaaaggacgaaaaaaattaacctaaaagtgaatgttgctcaactcgttgaagaaagggacaacatgaagactaagaagactcaatacaaatatcag
agagatctaatgattcgtaagggcgagataaaatggtttacgcagaacaagtccaataaggtgaagattaacaaactcagggctaaacttaaagaagcaagaaggatcgttattatccaggtgtcgattgacgccactcacaggggttagagttggtttcaatcatcctacaattttgccattttgaggatacttttgtg
tgttatcataattttgattgtcattttcaggaatctgatatctaaagctatgactcaggtaatagcctcattttatattccttatcattttaattcattcattatcataagagtacctacagaatcatagattctgtaggcactctgatttatgttttttattgattaattttgtagctgctaaatttacttcctgaaat
tggtttacattcaaacgattcctaactttgattaataatgatgacatgcatcttttagTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGG
Intron 4 GTACATAACG ... ATCAGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.69 | 22 | 36 | 13 |
| A2 | 50 | 8 | 2 | 14 |
| A3 | 52 | 12 | 17 | 9 |
| A4 | 51.61 | 15 | 14 | 18 |
| A5 | 54.55 | 5 | 7 | 5 |
| A6 | 43.59 | 22 | 12 | 22 |
| A7 | 46.05 | 41 | 28 | 42 |
| A8 | 52.43 | 44 | 24 | 73 |
| A9 | 58.97 | 24 | 18 | 51 |
| A10 | 51.11 | 33 | 25 | 44 |
>TRINITY_DN46956_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoformGAGCTTTGGTAGTAAGTTGTATCCACTTCAAATTCTGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTGATGGCCCCTGTAGTCCTTTA
TGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGG
TTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATG
AAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTGTCATAATCTAACGTGTAAATGCCTTCATGA
GTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGGTTTGATGATTTGACCTATGCGTTCAAGTCTGTTAGTTGTAATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAGTAGCACAAAGGAAGTCATAAGGAGTTTCATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAG
ACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTGA
>TRINITY_DN46956_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:GAGCTTTGGTAGTAAGTTGTATCCACTTCAAATTCTGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTGATGGCCCCTGTAGTCCTTTA
TGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGG
TTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGgtacataacgtgtgagagtcggtttttttgt
gtatttttatcacttgaggtttctgttgatgtttaagggccacccaattgatacgccctattatctattaaacaaccttaataaaatggccatcactattcaaaaaaccctaggtgatattgatagaagtctttttcacttcagtttggttaaaatcatggttcaacatagattgtctgaattgagtgatagttaggaag
ccttcctggctcgtaaccagtttggggaaaatgaattatggcctaaatataaacccactagcaagatgaaacgaagggattctattcagggagacctcggtgatgaaatatcatctcatagcatgtcaaaatttcaaagtgttgatcctggaacatcaaccgatttgcactctcaatctcatgatcctaaaattgattcc
tcatctccattgggaaagggtaaaggattggtagacgagattccaaaaacccctaagtctgttatcaagaaaattaagacagggtatggtggagatacaagtaagccaccaattggtttggctgctcgtagaataaccaggagtttggtcggttcccttcctcgcaagacagacctgcaaaatataaaaccacaagttat
tgaccttagtgaatcagatgaagagccattgaacaatcatgaaagtgtagaggctgttgatcaagtgaaccctcgatacaattataattcaacctctagacttccacacgagatcgaaatgctaataatagatatggtgcagagcaatcaaagcaagaagtctaccaatctgagacttaccatcatagtcatgaatttcc
tgaaaatattaaagcctctacatcaactcctcatgaaatacaagctgatagggtcaagtggttagaaatagaggtaaaagagttggatttgattaatggttatttaaaggacgaaaaaaattaacctaaaagtgaatgttgctcaactcgttgaagaaagggacaacatgaagactaagaagactcaatacaaatatcag
agagatctaatgattcgtaagggcgagataaaatggtttacgcagaacaagtccaataaggtgaagattaacaaactcagggataaaattaaagaagcaagaaggatcgttgttgtccaggtgtcaattgacgccactcacaggggttagagttggtttcaatcatcctacaatttttccattttggggatacttttgtg
tgttatcataattttgattgtcattttcaggaatctgatatctaaagctatgactcaggtaatagcctcattttatattccttatcattttaattcattcattatcataagagtacctacagaatcataggcactatgatttgtgttttttattgattaattttgtagctgctaaatttacttcctgaaattggttacat
tcaaacgattcctaactttgattaataatgatgacatgcatcttttagttttgatggcattaatgaagtggtacgctcgcttcaaatcagttcagGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGC
CTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTGTCATAATCTAACGTGTAAATGCCTTCATGAGTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGGTTTGATGATTTGACCTATGCGTTCAAGTCTGTTAGTTGTA
ATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAGTAGCACAAAGGAAGTCATAAGGAGTTTCATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAGACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTGA
Intron 5 GTAATAGCCT ... CATCTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 76.44 | 8.4 | 33 | 20 |
| A2 | 66.67 | 4 | 9 | 7 |
| A3 | 66.33 | 5.1 | 12 | 8 |
| A4 | 47.69 | 7.3 | 7 | 6 |
| A5 | 63.39 | 4.9 | 13 | 2 |
| A6 | 58.34 | 16.4 | 28 | 18 |
| A7 | 60.76 | 26 | 57 | 18 |
| A8 | 71.27 | 23.9 | 65 | 53 |
| A9 | 58.61 | 29.7 | 33 | 51 |
| A10 | 61.94 | 20.6 | 38 | 28 |
>TRINITY_DN114587_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCCCGATCCTAACCAAACACGATCTGTAATTATTTCTTCGAAATGCTTGTACTATCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTG
ATGGCCCCTGTAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTT
TGAATATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGGTACATAACGT
GTGAGAGTCGGTTTTTTTGTGTATTTTTATCACTTGAGGTTTCTGTTGATGTTTAAGGGCCACCCAATTGATACGCCCTATTATCTATTAAACAACCTTAATAAAATGGCCATCACTATTCAAAAAACCCTAGGTGATATTGATAGAAGTCTTTTTCACTTCAGTTTGGTTAAAATCATGGTTCAACATAGATTGTCTGA
ATTGAGTGATAGTTAGGAAGCCTTCCTGGCTCGTAACCAGTTTGGGGAAAATGAATTATGGCCTAAATATAAACCCACTAGCAAGATGAAACGAAGGGATTCTATTCAGGGAGACCTCGGTGATGAAATATCATCTCATAGCATGTCAAAATTTCAAAGTGTTGATCCTGGAACATCAACCGATTTGCACTCTCAATCTC
ATGATCCTAAAATTGATTCCTCATCTCCATTGGGAAAGGGTAAAGGATTGGTAGACGAGATTCCAAAAACCCCTAAGTCTGTTATCAAGAAAATTAAGACAGGGTATGGTGGAGATACAAGTAAGCCACCAATTGGTTTGGCTGCTCGTAGAATAACCAGGAGTTTGGTCGGTTCCCTTCCTCGCAAGACAGACCTGCAA
AATATAAAACCACAAGTTATTGACCTTAGTGAATCAGATGAAGAGCCATTGAACAATCATGAAAGTGTAGAGGCTGTTGATCAAGTGAACCCTCGATACAATTATAATTCAACCTCTAGACTTCCACACGAGATCGAAATGCTAATAATAGATATGGTGCAGAGCAATCAAAGCAAGAAGTCTACCAATCTGAGACTTAC
CATCATAGTCATGAATTTCCTGAAAATATTAAAGCCTCTACATCAACTCCTCATGAAATACAAGCTGATAGGGTCAAGTGGTTAGAAATAGAGGTAAAAGAGTTGGATTTGATTAATGGTTATTTAAAGGACGAAAAAAATTAACCTAAAAGTGAATGTTGCTCAACTCGTTGAAGAAAGGGACAACATGAAGACTAAGA
AGACTCAATACAAATATCAGAGAGATCTAATGATTCGTAAGGGCGAGATAAAATGGTTTACGCAGAACAAGTCCAATAAGGTGAAGATTAACAAACTCAGGGATAAAATTAAAGAAGCAAGAAGGATCGTTGTTGTCCAGGTGTCAATTGACGCCACTCACAGGGGTTAGAGTTGGTTTCAATCATCCTACAATTTTTCC
ATTTTGGGGATACTTTTGTGTGTTATCATAATTTTGATTGTCATTTTCAGGAATCTGATATCTAAAGCTATGACTCAGTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATC
ATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTGTCATAATCTAACGTGTAAATGCCTTCATGAGTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGGTTTGATGATT
TGACCTATGCGTTCAAGTCTGTTAGTTGTAATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAGTAGCACAAAGGAAGTCATAAGGAGTTTCATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAGACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTATTTTTGTG
AAGTTATTTTCATTATTATAAAACTCCTTCTGTTCTCTTTATGCTTATACATACTGTTGATATAATCCTTTTGTGATTTATGTTCATACAATTTTATTAACTCTTTGGGTGCCTGTTATCTAGA
>TRINITY_DN114587_c1_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCCGATCCTAACCAAACACGATCTGTAATTATTTCTTCGAAATGCTTGTACTATCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTG
ATGGCCCCTGTAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTT
TGAATATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGGTACATAACGT
GTGAGAGTCGGTTTTTTTGTGTATTTTTATCACTTGAGGTTTCTGTTGATGTTTAAGGGCCACCCAATTGATACGCCCTATTATCTATTAAACAACCTTAATAAAATGGCCATCACTATTCAAAAAACCCTAGGTGATATTGATAGAAGTCTTTTTCACTTCAGTTTGGTTAAAATCATGGTTCAACATAGATTGTCTGA
ATTGAGTGATAGTTAGGAAGCCTTCCTGGCTCGTAACCAGTTTGGGGAAAATGAATTATGGCCTAAATATAAACCCACTAGCAAGATGAAACGAAGGGATTCTATTCAGGGAGACCTCGGTGATGAAATATCATCTCATAGCATGTCAAAATTTCAAAGTGTTGATCCTGGAACATCAACCGATTTGCACTCTCAATCTC
ATGATCCTAAAATTGATTCCTCATCTCCATTGGGAAAGGGTAAAGGATTGGTAGACGAGATTCCAAAAACCCCTAAGTCTGTTATCAAGAAAATTAAGACAGGGTATGGTGGAGATACAAGTAAGCCACCAATTGGTTTGGCTGCTCGTAGAATAACCAGGAGTTTGGTCGGTTCCCTTCCTCGCAAGACAGACCTGCAA
AATATAAAACCACAAGTTATTGACCTTAGTGAATCAGATGAAGAGCCATTGAACAATCATGAAAGTGTAGAGGCTGTTGATCAAGTGAACCCTCGATACAATTATAATTCAACCTCTAGACTTCCACACGAGATCGAAATGCTAATAATAGATATGGTGCAGAGCAATCAAAGCAAGAAGTCTACCAATCTGAGACTTAC
CATCATAGTCATGAATTTCCTGAAAATATTAAAGCCTCTACATCAACTCCTCATGAAATACAAGCTGATAGGGTCAAGTGGTTAGAAATAGAGGTAAAAGAGTTGGATTTGATTAATGGTTATTTAAAGGACGAAAAAAATTAACCTAAAAGTGAATGTTGCTCAACTCGTTGAAGAAAGGGACAACATGAAGACTAAGA
AGACTCAATACAAATATCAGAGAGATCTAATGATTCGTAAGGGCGAGATAAAATGGTTTACGCAGAACAAGTCCAATAAGGTGAAGATTAACAAACTCAGGGATAAAATTAAAGAAGCAAGAAGGATCGTTGTTGTCCAGGTGTCAATTGACGCCACTCACAGGGGTTAGAGTTGGTTTCAATCATCCTACAATTTTTCC
ATTTTGGGGATACTTTTGTGTGTTATCATAATTTTGATTGTCATTTTCAGGAATCTGATATCTAAAGCTATGACTCAGgtaatagcctcattttatattccttatcattttaattcattcattatcataagagtacctacagaatcataggcactatgatttgtgttttttattgattaattttgtagctgctaaattta
cttcctgaaattggttacattcaaacgattcctaactttgattaataatgatgacatgcatcttttagTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCG
ATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTGTCATAATCTAACGTGTAAATGCCTTCATGAGTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGGTTTGATGATTTGACCTATGC
GTTCAAGTCTGTTAGTTGTAATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAGTAGCACAAAGGAAGTCATAAGGAGTTTCATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAGACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTATTTTTGTGAAGTTATTTT
CATTATTATAAAACTCCTTCTGTTCTCTTTATGCTTATACATACTGTTGATATAATCCTTTTGTGATTTATGTTCATACAATTTTATTAACTCTTTGGGTGCCTGTTATCTAGA
Intron 6 GTACATAACG ... TCATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.03 | 22 | 36 | 39 |
| A2 | 57.89 | 4 | 2 | 9 |
| A3 | 63.64 | 8 | 17 | 11 |
| A4 | 57.58 | 7 | 14 | 5 |
| A5 | 71.43 | 4 | 7 | 13 |
| A6 | 47.62 | 22 | 12 | 28 |
| A7 | 67.16 | 22 | 28 | 62 |
| A8 | 70 | 18 | 24 | 60 |
| A9 | 55.56 | 20 | 18 | 32 |
| A10 | 68.7 | 18 | 25 | 54 |
>TRINITY_DN40354_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoformATTATTTACATATTTTCAGGGCTCCCAAAAATATAATAGACCCGATCCTAACCAAACACGATCTGTAATTATTTCTTCGAAATGCTTGTACTATCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTA
TTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAATTTGATGGCCCCTGTAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATG
GAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCC
TGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGGAATCTGATATCTAAAGCTATGACTCAGTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGT
CGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTGTCATAATCTAACGTGTAAATGCCTTCATGAGTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGGTTTGATGATTTGACCTATGCGTTCAAGTCTG
TTAGTTGTAATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAGTAGCACAAAGGAAGTCATAAGGAGTTTCATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAGACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTATTTTTGTGAAGTTATTTTCATTATTATAA
AACTCCTTCTGTTCTCTTTATG
>TRINITY_DN40354_c0_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:AGGTTTTGTAGGTTCTACATTTTATGTTCTGTTTCAATGAGCTTTGGTAGTAAGTTGTATCCACTTCAAATTCTGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGGAAGACAAAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCA
TTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACA
AAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGgtacataacgtgtgagagtcggtttttttgtgtatttttatcacttgaggtttctgttgatgtttaagggccacccaattgat
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acccactagcaagatgaaacgaagggattctattcagggagacctcggtgatgaaatatcatctcatagcatgtcaaaatttcaaagtgttgatcctggaacatcaaccgatttgcactctcaatctcatgatcctaaaattgattcctcatctccattgggaaagggtaaaggattggtagacgagattccaaaaaccc
ctaagtctgttatcaagaaaattaagacagggtatggtggagatacaagtaagccaccaattggtttggctgctcgtagaataaccaggagtttggtcggttcccttcctcgcaagacagacctgcaaaaaataaaaccacaagttattgaccttagtgaatcagatgaagagccattgaacaatcatgaaagtgtagag
gctgttgatcaagtgaaccctcgatacaattataattcaacctctagacttccacacgagatcgaaatgctaataatagatatggtgcagagcaatcaaagcaagaagtctaccaatctgagacttaccatcatagtcatgaatttcctgaaaatattaaagcctctacatcaactcctcatgaaatacaagctgatagg
gtcaagtggttagaaatagaggtaaaagagttggatttgattaatggttatttaaaggacgaaaaaaattaacctaaaagtgaatgttgctcaactcgttgaagaaagggacaacatgaagactaagaagactcaatacaaatatcagagagatctaatgattcgtaagggcgagataaaatggtttacgcagaacaagt
ccaataaggtgaagattaacaaactcagggataaaattaaagaagcaagaaggatcgttgttgtccaggtgtcaattgacgccactcacaggggttagagttggtttcaatcatcctacaatttttccattttggggatacttttgtgtgttatcataattttgattgtcattttcagGAATCTGATATCTAAAGCTATG
ACTCAGGTAATAGCCTCATTTTATATTCCTTATCATTTTAATTCATTCATTATCATAAGAGTACCTACAGAATCATAGGCACTATGATTTGTGTTTTTTATTGATTAATTTTGTAGCTGCTAAATTTACTTCCTGAAATTGGTTACATTCAAACGATTCCTAACTTTGATTAATAATGATGACATGCATCTTTTAGTTTT
GATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTA
ATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTGTCATAATCTAACGTGTAAATGCCTTCATGAGTCAGTATATTTTAGGCAATTTGGTTGTACTAGGTTTGATGATTTGACCTATGCGTTCAAGTCTGTTAGTTGTAATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAG
TAGCACAAAGGAAGTCATAAGGAGTTTCATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAGACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTATTTTTGTGAAGTTATTTTCATTATTATAAAACTCCTTCTGTTCTCTTTATG
Intron 7 GTACATAACG ... TATGACTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.65 | 22 | 36 | 11 |
| A2 | 42.86 | 4 | 2 | 4 |
| A3 | 48.94 | 12 | 17 | 6 |
| A4 | 50 | 10 | 14 | 6 |
| A5 | 63.64 | 4 | 7 | 7 |
| A6 | 32.56 | 29 | 12 | 16 |
| A7 | 51.22 | 30 | 28 | 35 |
| A8 | 46.3 | 29 | 24 | 26 |
| A9 | 37.7 | 38 | 18 | 28 |
| A10 | 55.06 | 20 | 25 | 24 |
>TRINITY_DN46404_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGTTGTATCCATTTCAAATTCTGGTAAGAGATTCAATATTGTTTATATTATGTAATAATGGTGCATGCATTCATTTTTAACCTATATTTACACGCTTCTTGCACCCCTGTGTTGTCTAAGTATTATATTTAAAACTATTATGTTAAACCTCTCAACCTTATACCCTAGCGTTTTCAAACTTGCCATTTGCTAACATTATGA
CATACATCTGTAAAATCCATAATCTACAATGATGATTCATGAATCAATTATTTACATATTTTCAGGGCTCCCAAAAATATAATAGACCCGATCCTAACCAAACACGATCTGTAATTATTTCTTCGAAATGCTTGTACTCTCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGG
AAGACAAAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAATGGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAA
TATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACAAGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGTTTTGATGGCATTAA
TGAAGTGGTACGCTCGCTTCAAATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACTATTATTGAAGATGTTTTTCATAGCTAGCATCATATTGTTTGATGGGGTAAGTGGAACGAGCCTTATCTAGTTATCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAA
TTACTTGTATTTAGATGATGACAACTGCAAGTTTCATCATCTAACATGTAAATGCCTTCATGGGTCAGTCTATTTTAGGGAATTTGGCTGTACTAGGTTTGATGATTTGACCTATGCGTTCAAGTCTGTTAGTTGTAATCCTGTGCTATAAAGGCAAGTTCATTTTAGTCTTGAAGAGAGTTTGGAGAGTAGCACAAAGG
AAGTCATAAGGAGTTTCATGTAGCCTCTTTTCATGATCCAACTGTTTCGAACTGATTTCAAAGACAAATTGATTATGTGACAGCTTCGCTATGTCGGTATTTTTGTGAAGTTATTTTCATTATTATAAAACTCCTTCTGTTCTCTTTATGCTG
>TRINITY_DN46404_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTTGTATCCATTTCAAATTCTGGTAAGAGATTCAATATTGTTTATATTATGTAATAATGGTGCATGCATTCATTTTTAACCTATATTTACACGCTTCTTGCACCCCTGTGTTGTCTAAGTATTATATTTAAAACTATTATGTTAAACCTCTCAACCTTATACCCTAGCGTTTTCAAACTTGCCATTTGCTAACATTATGA
CATACATCTGTAAAATCCATAATCTACAATGATGATTCATGAATCAATTATTTACATATTTTCAGGGCTCCCAAAAATATAATAGACCCGATCCTAACCAAACACGATCTGTAATTATTTCTTCGAAATGCTTGTACTCTCAGGTATCCGGGTTAATCGGTTTTCATACCTCCCGTTGGGACTTCTGGAAATAGACTTGG
AAGACAAAGGTGATGGTCTATTTTTGCTATTACTCTGCTATAGTTATTTAATCCCGTGCTCCATGTGTAAACCCTCGGTCAAGTTGATGTCCCCTGTAGTCCTTTATGAGATGCGTGGAGCCGAATAATTTGATGCCTATGACGAATATGTAGAGTCATTCCAGAAAATTGGGTGGATTCCTTTCTTAAGGAAGTTTAAT
GGGTTCAATGTGGAGGTCACAAGGGCATTCACCCTGTCATTTAATGGAGAAAACGCCCGAATCTGGGATCTCGATCTCCGTCTCTTTGAATATTTCATAGCTCAGGTTACACAACTCCCACAAGAGGGAGAGAAGTGGTTTAAGGGTGGCTGCCTACAAAACGACTCATGTAAACAATTTCTCAAGAAGCCAAGTCAACA
AGTTGACAGCAAAGGGGGCATTCCTACTCAGCTATTCAAGAAACCCTGGTGATTCATTGTTCAACTCATTCAAAGgtacataacgtgtgagagtcggtttttttgtgtatttttatcacttgaggtttctgttgatgtttaagggccacccaattgatacgccctattatctattaaacaaccttaataaaatggccatc
actattcaaaaaaccctaggtgatattgatagaagtctttttcacttcagtttggttaaaatcatggttcaacatagattgtctgaattgagtgatagttaggaagccttcctggctcgtaaccagtttggggaaaatgaattatggcctaaatataaacccactagcaagatgaaacgaagggattctattcagggaga
cctcggtgatgaaatatcatctcatagcatgtcaaaatttcaaagtgttgatcctggaacatcaaccgatttgcactctcaatctcatgatcctaaaattgattcctcatctccattgggaaagggtaaaggattggtagacgagattccaaaaacccctaagtctgttatcaagaaaattaagacagggtatggtggag
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tctagacttccacacgagatcgaaatgctaataatagatatggtgcagagcaatcaaagcaagaagtctaccaatctgagacttaccatcatagtcatgaatttcctgaaaatattaaagcctctacatcaactcctcatgaaatacaagctgatagggtcaagtggttagaaatagaggtaaaagagttggatttgatt
aatggttatttaaaggacgaaaaaaattaacctaaaagtgaatgttgctcaactcgttgaagaaagggacaacatgaagactaagaagactcaatacaaatatcagagagatctaatgattcgtaagggcgagataaaatggtttacgcagaacaagtccaataaggtgaagattaacaaactcagggataaaattaaag
aagcaagaaggatcgttgttgtccaggtgtcaattgacgccactcacaggggttagagttggtttcaatcatcctacaatttttccattttggggatacttttgtgtgttatcataattttgattgtcattttcaggaatctgatatctaaagctatgactcagTTTTGATGGCATTAATGAAGTGGTACGCTCGCTTCA
AATCAGTTCAGGCAGTTCTGAGGATAATGTTTCCAATTTATGAAGACCCAAAACCACTATTGAAGATGTTTTTCGTAGCTGGCATCATACTGTTCGATGGAGTAAGTCGAACGAGCCTTATCTAGTTTTCTGAACCAAACACTCTCCTACCCAAAGCTATGTGGCGTAATCTGGTTAAATTACTTGTATTTAGATGATGA
CAACTGCAAGT