sp|Q9LJU7|PPA18_ARATH ----> Purple acid phosphatase 18

Intron 1 GTGAGATTTC ... TTTGCACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.18	57	1	11
A2	9.88	73	0	8
A3	11.96	81	0	11
A4	18.45	84	0	19
A5	15.22	39	0	7
A6	9.55	180	0	19
A7	11.16	199	0	25
A8	14.77	127	0	22
A9	10.71	175	0	21
A10	6.13	199	0	13

>TRINITY_DN113852_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGACGATTGCTTAGAGCATATTCGATACTCGTGTGAATCACTTTCATGGTGGGCGCTGAGGCCTTTAACCAACCATTCACTGACGCCATTAAGCAATCACCATCCACCTACAGAATTAAACATCCACCATTAACACTTCGCTGTCGCCATACGCCCGAAACGGTGGGTTCCTGTTTACCAAACAGGATGATATAATAAC
TGAACAATTTGGTGGTATTTTCTTTGGTCTTCATTAATTCTGTGTGCCAGGAGGGGCATTTCATAGAAACTTTGGAGATGAAGATGGTAAGGGTCCAGGAGACAGCAAGAATATTATTAATGGGGAGGGTATGGATATTGATAATGTTGGTTGGCTCATGTGCATCAGCATATGCATACACCAGGCCTCCTCGTCGAGAT
ACCTTGTCCATCCCTTTCCACAGAAAGCATGGCTCCGATCCAGAGCAGGTACATATTTCATTGGCAGGAGAGAACCAGATGCGGGTATCATGGATTACTGATGGTGCTAATGTACCTTCAATAGTTGAGTATGGAACTTCTCCAGGGGTGTATACTTCATCATCATGGGGAAATAGCGATTCGTATTCATACATGCTTTA
TGGCTCTGGCGAGATTCACCATGTTGTAATTGGACCACTGGAAGCTAATAAAACGTACTTTTATCGATGTGGAGGCTATGGACCAGAGTATAGTTTCAAGACTCCGCCTGCACAATTTCCAATTGTTTTTGCAATTGTTGGTGACATGGGTCAAACAGGCTGGACATCATCAACTTTAGAACACATTCAACAATGTAGCT
ACGACGTTCACATTTTGCCAGGTGATCTGTCCTATGCTGACTACCAGCAGCATCTGTGGGACTCATTTGGACAGCTAGTGGAGCCTTTGGCAAGCACAAGGCCATGGATGGTCACAGAAGGAAATCATGAGAAAGAGCTGATCCCCTTCTTTATGCCTCCATTTAGAGCATACAATGCACGATGGCTTATGCCATTCAAA
GAAAGTGGTTCAAATTCAAACCTCTATTATTCGTTTGAGGTTGCAGGGGTACATATTGTTATGCTTGGTTCCTATACTGACTATGGAGAAGATTCGGATCAATATCGATGGCTACAGACCGACCTTTCAAGGGTAAATAGGAGAACAACACCTTGGCTTATTGTGGTGTTCCATGCACCTTGGTATAATAGTAATTCAGC
TCATCGAGGTGAGGGGGATGATATGATGGCAGCCATGGAGCCACTTCTTTATGCTGCAAAAGTTGACATTGTATTCGCAGGCCATGTGCATGCTTATGAACGCTCTACTCGTGTCTATATGAGAAACGTTCATCCATGTGGAGCTGTACACATTACTATAGGAGATGGAGGAAACCATGAAGGTCTTGCCTCAAGGTTTA
TTGACCCACAACCTCAATGGTCGGTATTTCGTGAAGCGAGCTTTGGACATGGTGAACTTAGAGTTGCCAATGCAACACATGCGCATTGGAGCTGGCATCGTAATGATGACGACGAGCCAGTTAAATCAGATGAAGTTTGGATAAATAGTCTTAGCCAATCAAGAGAATGTATAGGAGGTCGCGACTACAGTGGAAGGAAA
ATACTAATAGCACCCTGAGTATATGCTTGTAAGGAATAAGTGATCTATCTATAAATGCTGAGGCAAAATACCCGTTAGTGTGAGCCCATGTACGACAATGAATTGATGGTTCAGCATTTAGTTGTATTGAATATTATTCAGTAGGCATTGAAAGGAAAACTTGTAAGATTACTTTGCCATGTCTAGGATGTATAATTTAG
AGTATCTGAGCTACAAACCTCCTGGCTGTTTCTGCTTGAGGGTCCTACAGTTTGGGATGGAGAAACCTTTGTGCGTCAGACGGAATTGAGAGAATCTTTCATTATGTAAATAATAAATAGATGTTTTATTTAAGTTTTTACTTTGTTCGTAATATAAATCACAGGGTCTTACATTTGATGGTGGGATTAAAAACTCTGCT
CCTAAATGAGATTGTTCTTGATCAGTTAATTGATAAATCTTTCAGGGTTTATAGTGCTACAGGTCATCAGAATGTACTAGCGATCAACAGGTAATATTATTAAAGCCTT

>TRINITY_DN113852_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTGTTTTTGCAATTGTTGgtgagatttctgttccttgccttgcccacaggcaaacattcttgaagtttcagagcaagaaagtgacaagaaatacttctttcccttacattttcagcagtttcttccttttgtcagagtgttcattttttcttcctatttgttttctgtattctttttcatatttgccagttcctgtcgt
aggtgtgccctcacgcttcttagaaattgcagtcaatgtttccaagtacatttcaaaagtgtttttttgtaaatttaatacattgacgaaacttttgtgtcaccatcatttgtaaaaatcatgctctttactgaattcactaactctatttgcaccagGTGACATGGGTCAAACAGGCTGGACATCATCAACTTTAGAAC
ACATTCAACAATGTAGCTACGACGTTCACATTTTGCCAGGTGATCTGTCCTATGCTGACTACCAGCAGCATCTGTGGGACTCATTTGGACAGCTAGTGGAGCCTTTGGCAAGCACAAGGCCATGGATGGTCACAGAAGGAAATCATGAGAAAGAGCTGATCCCCTTCTTTATGCCTCCATTTAGAGCATACAATGCACGA
TGGCTTATGCCATTCAAAGAAAGTGGTTCAAATTCAAACCTCTATTATTCGTTTGAGGTTGCAGGGGTACATATTGTTATGCTTGGTTCCTATACTGACTATGGAGAAGATTCGGATCAATATCGATGGCTACAGACCGACCTTTCAAGGGTAAATAGGAGAACAACACCTTGGCTTATTGTGGTGTTCCATGCACCTTG
GTATAATAGTAATTCAGCTCATCGAGGTGAGGGGGATGATATGATGGCAGCCATGGAGCCACTTCTTTATGCTGCAAAAGTTGACATTGTATTCGCAGGCCATGTGCATGCTTATGAACGCTCTACTCGTGTCTATATGAGAAACGTTCATCCATGTGGAGCTGTACACATTACTATAGGAGATGGAGGAAACCATGAAG
GTCTTGCCTCAAGGTTTATTGACCCACAACCTCAATGGTCGGTATTTCGTGAAGCGAGCTTTGGACATGGTGAACTTAGAGTTGCCAATGCAACACATGCGCATTGGAGCTGGCATCGTAATGATGACGACGAGCCAGTTAAATCAGATGAAGTTTGGATAAATAGTCTTAGCCAATCAAGAGAATGTATAGGAGGTCGC
GACTACAGTGGAAGGAAAATACTAATAGCACCCTGAGTATATGCTTGTAAGGAATAAGTGATCTATCTATAAATGCTGAGGCAAAATACCCGTTAGTGTGAGCCCATGTACGACAATGAATTGATGGTTCAGCATTTAGTTGTATTGAATATTATTCAGTAGGCATTGAAAGGAAAACTTGTAAGATTACTTTGCCATGT
CTAGGATGTATAATTTAGAGTATCTGAGCTACAAACCTCCTGGCTGTTTCTGCTTGAGGGTCCTACAGTTTGGGATGGAGAAACCTTTGTGCGTCAGACGGAATTGAGAGAATCTTTCATTATGTAAATAATAAATAGATGTTTTATTTAAGTTTTTACTTTGTTCGTAATATAAATCACAGGGTCTTACATTTGATGGT
GGGATTAAAAACTCTGCTCCTAAATGAGATTGTTCTTGATCAGTTAATTGATAAATCTTTCAGGGTTTATAGTGCTACAGGTCATCAGAATGTACTAGCGATCAACAGGTAATATTATTAAAGCCTT

Intron 2 GTCTTAAATT ... TGAATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.04	49	0	8
A2	17.2	77	1	16
A3	21.43	44	0	12
A4	21.05	45	0	12
A5	20.83	19	0	5
A6	23	221	0	66
A7	25.95	194	0	68
A8	21.59	178	0	49
A9	24.51	194	0	63
A10	20.19	170	0	43

>TRINITY_DN107757_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CAAAATGAGTAGATAAGGAAAGATAGCATAGCATTTTAATATTTGAGGACGATTGCTTAGAGCATATTCGATACTCGTGTGAATCACTTTCATGGTGGGCGCTGAGGCCTTTAACCAACCATTCACTGACGCCATTAAGCAATCACCATCCACCTACAGAATTAAACATCCACCATTAACACTTCGCTGTCGCCATATGC
CCGAAACGGTGGGTTCCTGTTTACCAAACAGGATGATATAATAACTGAACAATTTGGTGGTATTTTCTTTGGTCTTCATTAATTCTGTGTGCCAGGAGGGGCATTTCATAGAAACTTTGGAGATGAAGATGGTAAGGGTCCAGGAGACAGCAAGAATATTATTAATGGGGAGGGTATGGATATTGATAATGTTGGTTGGC
TCATGTGCATCAGCATATGCATACACCAGGCCTCCTCGTCGAGATACCTTGTCCATCCCTTTCCACAGAAAGCATGGCTCCGATCCAGAGCAGGTACATATTTCATTGGCAGGAGAGAACCAGATGCGGGTATCATGGATTACTGATGGTGCTAATGTACCTTCAATAGTTGAGTATGGAACTTCTCCAGGGGTGTATAC
TTCATCATCATGGGGAAATAGCGATTCGTATTCATACATGCTTTATGGCTCTGGCGAGATTCACCATGTTGTAATTGGACCACTGGAAGCTAATAAAACGTACTTTTATCGATGTGGAGGCTATGGACCAGAGTATAGTTTCAAGACTCCGCCTGCACAATTTCCAATTGTTTTTGCAATTGTTGGTGACATGGGTCAAA
CAGGCTGGACATCATCAACTTTAGAACACATTCAACAATGTAGCTACGACGTTCACATTTTGCCAGGTGATCTGTCCTATGCTGACTACCAGCAGCATCTGTGGGACTCATTTGGACAGCTAGTGGAGCCTTTGGCAAGCACAAGGCCATGGATGGTCACAGAAGGAAATCATGAGAAAGAGCTGATCCCCTTCTTTATG
CCTCCATTTAGAGCATACAATGCACGATGGCTTATGCCATTCAAAGAAAGTGGTTCAAATTCAAACCTCTATTATTCGTTTGAGGTTGCAGGGGTACATATTGTTATGCTTGGTTCCTATACTGACTATGGAGAAGATTCGGATCAATATCGATGGCTACAGACCGACCTTTCAAGGGTAAATAGGAGAACAACACCTTG
GCTTATTGTGGTGTTCCATGCACCTTGGTATAATAGTAATTCAGCTCATCGAGGTGAGGGGGATGATATGATGGCAGCCATGGAGCCACTTCTTTATGCTGCAAAAGTTGACATTGTATTCGCAGGCCATGTGCATGCTTATGAACGCTCTACTCGTGTCTATATGAGAAACGTTCATCCATGTGGAGCTGTACACATTA
CTATAGGAGATGGAGGAAACCATGAAGGTCTTGCCTCAAGGTTTATTGACCCACAACCTCAATGGTCGGTATTTCGTGAAGCGAGCTTTGGACATGGTGAACTTAGAGTTGCCAATGCAACACATGCGCATTGGAGCTGGCATCGTAATGATGACGACGAGCCAGTTAAATCAGATGAAGTTTGGATAAATAGTCTTAGC
CAATCAAGAGAATGTATAGGAGGTCGCGACTACAGTGGAAGGAAAATACTAATAGCACCCTGAGTATATGCTTGTAAGGAATAAGTGATCTATCTATAAATGCTGAGGCAAAATACCCGTTAGTGTGAGCCCATGTACGACAATGAATTGATGGTTCAGCATTTAGTTGTATTGAATATTATTCAGTAGGCATTGAAAGG
AAAACTTGTAAGATTACTTTGCCATGTCTAGGATGTATAATTTAGAGTATCTGAGCTACAAACCTCCTGGCTGTTTCTGCTTGAGGGTCCTACAGTTTGGGATGGAGAAACCTTTGTGCATCAGACGGAATTGAGAGAATCTTTCATTATGTAAATAATAAATAGATGTTTTATTTAAGTTTTTACTTTGTTCGTAATAT
AAATCACAGGGTCTTACATTTGAAAAAAA

>TRINITY_DN107757_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATCAATATCGATGGCTACAGgtcttaaatttaagtcccgtgtgaaatttacttaggttgtgtataatatatgtatccaattaagaagttactgattaaagtgtatttattgatgaatatctgaagctttgaaatttgtgaattttagACCGACCTTTCAAGGGTAAATAGGAGAACAACACCTTGGCTTATTGTGGTGT
TCCATGCACCTTGGTATAATAGTAATTCAGCTCATCGAGGTGAGGGGGATGATATGATGGCAGCCATGGAGCCACTTCTTTATGCTGCAAAAGTTGACATTGTATTCGCAGGCCATGTGCATGCTTATGAACGCTCTACTCGTGTCTATATGAGAAACGTTCATCCATGTGGAGCTGTACACATTACTATAGGAGATGGA
GGAAACCATGAAGGTCTTGCCTCAAGGTTTATTGACCCACAACCTCAATGGTCGGTATTTCGTGAAGCGAGCTTTGGACATGGTGAACTTAGAGTTGCCAATGCAACACATGCGCATTGGAGCTGGCATCGTAATGATGACGACGAGCCAGTTAAATCAGATGAAGTTTGGATAAATAGTCTTAGCCAATCAAGAGAATG
TATAGGAGGTCGCGACTACAGTGGAAGGAAAATACTAATAGCACCCTGAGTATATGCTTGTAAGGAATAAGTGATCTATCTATAAATGCTGAGGCAAAATACCCGTTAGTGTGAGCCCATGTACGACAATGAATTGATGGTTCAGCATTTAGTTGTATTGAATATTATTCAGTAGGCATTGAAAGGAAAACTTGTAAGAT
TACTTTGCCATGTCTAGGATGTATAATTTAGAGTATCTGAGCTACAAACCTCCTGGCTGTTTCTGCTTGAGGGTCCTACAGTTTGGGATGGAGAAACCTTTGTGCATCAGACGGAATTGAGAGAATCTTTCATTATGTAAATAATAAATAGATGTTTTATTTAAGTTTTTACTTTGTTCGTAATATAAATCACAGGGTCT
TACATTTGAAAAAAA

Intron 3 GTAAGTGCAT ... ACTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.92	91	9	18
A2	20.24	67	4	30
A3	19.64	57	15.9	12
A4	12.23	61	3	14
A5	15.29	36	9	4
A6	12.8	436	41	87
A7	11.54	364	44	51
A8	10.88	348	32	53
A9	14.36	322	47	61
A10	13.29	274	39	45

>TRINITY_DN106454_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTGCTTAGAGCATATTCGATACTCGTGTGAATCACTTTCATGGTGGGCGCTGAGGCCTTTAACCAACCATTCACTGACGCCATTAAGCAATCACCATCCACCTACAGAATTAAACATCCACCATTAACACTTCGCTGTCGCCATACGCCCGAAACGGTGGGTTCCTGTTTACCAAACAGGATGATATAATAACTGAACA
ATTTGGTGGTATTTTCTTTGGTCTTCATTAATTCTGTGTGCCAGGAGGGGCATTTCATAGAAACTTTGGAGATGAAGATGGTAAGGGTTCAGGAGACAGCAAGAATATTATTAATGGGGAGGGTATGGATATTGATAATGTTGGTTGGCTCATGTGCATCAGCATATGCATACACCAGGCCTCCTCGTCGAGATACCTTG
TCCATCCCTTTCCACAGAAAGCATGGCTCCGATCCAGAGCAGGTACATATTTCATTGGCAGGAGAGAACCAGATGCGGGTATCATGGATTACTGATGGTGCTAATGTACCTTCAATAGTTGAGTATGGAACTTCTCCAGGGGTGTATACTTCATCATCATGGGGAAATAGCGATTCGTATTCATACATGCTTTATGGCTC
TGGCGAGATTCACCATGTTGTAATTGGACCACTGGAAGCTAATAAAACGTACTTTTATCGATGTGGAGGCTATGGACCAGAGTATAGTTTCAAGACTCCGCCTGCACAATTTCCAATTGTTTTTGCAATTGTTGGTGACATGGGTCAAACAGGCTGGACATCATCAACTTTAGAACACATTCAACAATGTAGCTACGACG
TTCACATTTTGCCAGGTGATCTGTCCTATGCTGACTACCAGCAGCATCTGTGGGACTCATTTGGACAGCTAGTGGAGCCTTTGGCAAGCACAAGGCCATGGATGGTCACAGAAGGAAATCATGAGAAAGAGCTGATCCCCTTCTTTATGCCTCCATTTAGAGCATACAATGCACGATGGCTTATGCCATTCAAAGAAAGT
GGTTCAAATTCAAACCTCTATTATTCGTTTGAGGTTGCAGGGGTACATATTGTTATGCTTGGTTCCTATACTGACTATGGAGAAGATTCGGATCAATATCGATGGCTACAGACCGACCTTTCAAGGGTAAATAGGAGAACAACACCTTGGCTTATTGTGGTGTTCCATGCACCTTGGTATAATAGTAATTCAGCTCATCG
AGGTGAGGGGGATGATATGATGGCAGCCATGGAGCCACTTCTTTATGCTGCAAAAGTTGACATTGTATTCGCAGGCCATGTGCATGCTTATGAACGCTCTACTCGTGTCTATATGAGAAACGTTCATCCATGTGGAGCTGTACACATTACTATAGGAGATGGAGGAAACCATGAAGGTCTTGCCTCAAGGTTTATTGACC
CACAACCTCAATGGTCGGTATTTCGTGAAGCGAGCTTTGGACATGGTGAACTTAGAGTTGCCAATGCAACACATGCGCATTGGAGCTGGCATCGTAATGATGACGACGAGCCAGTTAAATCAGATGAAGTTTGGATAAATAGTCTTAGCCAATCAAGAGAATGTATAGGAGGTCGCGACTACAGTGGAAGGAAAATACTA
ATAGCACCCTGAGTATATGCTTGTAAGGAATAAGTGATCTATCTATAAATGCTGAGGCAAAATACCCGTTAGTGTGAGCCCATGTACGACAATGAATTGATGGTTCAGCATTTAGTTGTATTGAATATTATTCAGTAGGCATTGAAAGGAAAACTTGTAAGATTACTTTGCCATGTCTAGGATGTATAATTTAGAGTATC
TGAGCTACAAACCTCCTGGCTGTTTCTGCTTGAGGGTCCTACAGTTTGGGATGGAGAAACCTTTGTGCGTCAGACGGAATTGAGAGAATCTTTCATTATGTAAATAATAAATAGATGTTTTATTTAAGTTTTTACTTTGTTCGTAATATAAATCACAGGGC

>TRINITY_DN106454_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTGCTTAGAGCATATTCGATACTCGTGTGAATCACTTTCATGGTGGGCGCTGAGGCCTTTAACCAACCATTCACTGACGCCATTAAGCAATCACCATCCACCTACAGAATTAAACATCCACCATTAACACTTCGCTGTCGCCATACGCCCGAAACGGTGGGTTCCTGTTTACCAAACAGGATGATATAATAACTGAACA
ATTTGGTGGTATTTTCTTTGGTCTTCATTAATTCTGTGTGCCAGGAGGGGCATTTCATAGAAACTTTGGAGATGAAGATGGTAAGGGTTCAGGAGACAGCAAGAATATTATTAATGGGGAGGGTATGGATATTGATAATGTTGGTTGGCTCATGTGCATCAGCATATGCATACACCAGGCCTCCTCGTCGAGATACCTTG
TCCATCCCTTTCCACAGAAAGCATGGCTCCGATCCAGAGCAGGTACATATTTCATTGGCAGGAGAGAACCAGATGCGGGTATCATGGATTACTGATGGTGCTAATGTACCTTCAATAGTTGAGTATGGAACTTCTCCAGGGGTGTATACTTCATCATCATGGGGAAATAGCGATTCGTATTCATACATGCTTTATGGCTC
TGGCGAGATTCACCATGTTGTAATTGGACCACTGGAAGCTAATAAAACGTACTTTTATCGATGTGGAGGCTATGGACCAGAGTATAGTTTCAAGACTCCGCCTGCACAATTTCCAATTGTTTTTGCAATTGTTGGTGACATGGGTCAAACAGGCTGGACATCATCAACTTTAGAACACATTCAACAATGTAGCTACGACG
TTCACATTTTGCCAGGTGATCTGTCCTATGCTGACTACCAGCAGCATCTGTGGGACTCATTTGGACAGCTAGTGGAGCCTTTGGCAAGCACAAGGCCATGGATGGTCACAGAAGGAAATCATGAGAAAGAGCTGATCCCCTTCTTTATGCCTCCATTTAGAGCATACAATGCACGATGGCTTATGCCATTCAAAGAAAGT
GGTTCAAATTCAAACCTCTATTATTCGTTTGAGGTTGCAGGGGTACATATTGTTATGCTTGGTTCCTATACTGACTATGGAGAAGATTCGGATCAATATCGATGGCTACAGACCGACCTTTCAAGGGTAAATAGGAGAACAACACCTTGGCTTATTGTGGTGTTCCATGCACCTTGGTATAATAGTAATTCAGCTCATCG
AGGTGAGGGGGATGATATGATGGCAGCCATGGAGCCACTTCTTTATGCTGCAAAAGTTGACATTGTATTCGCAGGCCATGTGCATGCTTATGAACGCTCTgtaagtgcatcaggccatgtactgtgctgtacttcgatattacagacttgttttttgccagtgattgctgattgattggtggaactgtttcagACTCGTG
TCTATATGAGAAACGTTCATCCATGTGGAGCTGTACACATTACTATAGGAGATGGAGGAAACCATGAAGGTCTTGCCTCAAGGTTTATTGACCCACAACCTCAATGGTCGGTATTTCGTGAAGCGAGCTTTGGACATGGTGAACTTAGAGTTGCCAATGCAACACATGCGCATTGGAGCTGGCATCGTAATGATGACGAC
GAGCCAGTTAAATCAGATGAAGTTTGGATAAATAGTCTTAGCCAATCAAGAGAATGTATAGGAGGTCGCGACTACAGTGGAAGGAAAATACTAATAGCACCCTGAGTATATGCTTGTAAGGAATAAGTGATCTATCTATAAATGCTGAGGCAAAATACCCGTTAGTGTGAGCCCATGTACGACAATGAATTGATGGTTCA
GCATTTAGTTGTATTGAATATTATTCAGTAGGCATTGAAAGGAAAACTTGTAAGATTACTTTGCCATGTCTAGGATGTATAATTTAGAGTATCTGAGCTACAAACCTCCTGGCTGTTTCTGCTTGAGGGTCCTACAGTTTGGGATGGAGAAACCTTTGTGCGTCAGACGGAATTGAGAGAATCTTTCATTATGTAAATAA
TAAATAGATGTTTTATTTAAGTTTTTACTTTGTTCGTAATATAAATCACAGGGC