sp|P31583|RHN1_NICPL ----> Ras-related protein RHN1
Intron 1 GTTTTTAAGA ... TAATACTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.86 | 20.2 | 9 | 27.8 |
| A2 | 55.74 | 8.8 | 0 | 11 |
| A3 | 46.39 | 20.8 | 9 | 17.9 |
| A4 | 54.53 | 17.4 | 10 | 19.9 |
| A5 | 42.13 | 5.8 | 3 | 4.2 |
| A6 | 49.95 | 164.5 | 53 | 163.1 |
| A7 | 48.27 | 128.8 | 54 | 118.5 |
| A8 | 52.65 | 186.4 | 51 | 201.1 |
| A9 | 51.07 | 168.9 | 56 | 172.5 |
| A10 | 49.62 | 83.3 | 44 | 80.7 |
>TRINITY_DN125657_c2_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformCGTAACAAGCCACCATCGTGAACCATCCACCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAA
TGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCT
TTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATT
CTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATC
CAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACT
GGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGTCAGTGCAGATTTGATGTGGATATTTTTCTGCACAAGCTACTAGAAACGTTTCTTATTGTCAGCTGCTGAAAAGCCATGATTGAGGTGGCAGATGGCTTTGCATAT
TCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTA
CATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGTTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTAAAGTATTGGGTCCTTGTTTTCCTGGGCAATCATTTTTTGG
>TRINITY_DN125657_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGTAACAAGCCACCATCGTGAACCATCCACCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAA
TGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCT
TTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATT
CTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATC
CAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACT
GGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGTCAGTGCAGATTTGATGTGGATATTTTTCTGCACAAGCTACTAGAAACGTTTCTTATTGTCAGCTGCTGAAAAGCCATGATTGAGgtttttaagatactacctgta
atacattattatatttttgcaccaaattgtttatatttgtcacattaatgttacaaattacctactcctggtctgatcaagttgttttgtgaatggtgtaatactaagGTGGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGAC
Intron 2 GTAACTACTT ... TTGCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.95 | 69 | 22.7 | 8 |
| A2 | 20.36 | 36 | 9.3 | 2 |
| A3 | 14.25 | 60 | 10 | 4 |
| A4 | 26.32 | 28 | 10 | 5 |
| A5 | 26.41 | 21 | 7.7 | 7 |
| A6 | 9.05 | 223 | 23.3 | 0 |
| A7 | 13.5 | 234.3 | 39.7 | 0 |
| A8 | 14.16 | 232 | 41.3 | 3 |
| A9 | 11.54 | 290 | 40.3 | 0 |
| A10 | 13.73 | 195 | 33.3 | 0 |
>TRINITY_DN125657_c2_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformCGTAACAAGCCACCATCGTGAACCATCCACCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAA
TGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCT
TTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATT
CTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATC
CAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACT
GGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGTCAGTGCAGATTTGATGTGGATATTTTTCTGCACAAGCTACTAGAAACGTTTCTTATTGTCAGCTGCTGAAAAGCCATGATTGAGGTGGCAGATGGCTTTGCATAT
TCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTA
CATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGTTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTAAAGTATTGGGTCCTTGTTTTCCTGGGCAATCATTTTTTGG
>TRINITY_DN125657_c2_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGTAACAAGCCACCATCGTGAACCATCCACCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAA
TGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCT
TTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATT
CTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGgtaact
acttttgttctccacattttctcaatcaattcacttttacattgtgaatcgtgacagttgggcagaatttatatgagaatacaagtgctggtagtggtgaaatgtttgtctgtcaaaatttatatgagtctagctttggatctagagtctagacttgtttcttggtttgtacactacagtcagttaattggtggagttgt
ggtaaagcatggattatgtccttaattggtgagatcttctgccaagcagtccaatattgcagatgcctacactttgattttcgggaatgcttaagttctagacaattgattcagccttgtagttagtgagtctattgacaaaatgcctaatccattagatccagtctctgtggcaaacacgactttgtagccacaacaca
ggtgctaatatgcaaacgtattatacctatttctcaagaaatgcgtcctgtatcactttaaaaaggcaacattactttggttttatatttgcaataaggtagacaagtaatttatttcaacttataactatctctcccccagttttagctgatgatcttgcatgcagGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAA
ATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGTATTGGCTGTGAAATTTTCTCTTACTGTATCTATGAATTAGATGATAATCAGCTATTTCAGTTTGTTAGACAAGCAAAGATACACAAGAGAGATAAAATTGGAACACAAGAGAGATAAAATTGGAAATATATTATTCATTAATGGAGGATTCAATGAT
TCATTGATACAATACAAGTACATACTTTTAATTCTGATGTAGGCAGTTGGTCTATCTAATCATCCCTAACTACCAATACTAAAAACTAACATTAACCTAATTGGTCACTTAACAGATGTGACTGTTATTATTAGCCACTTTATTTTATTATATTTGGATTCCTAATCTATATTATTGAGCCGCAGGTGTTACTTATCTTA
ACAACCCC
Intron 3 GTAAGCGTTT ... ACACATTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.46 | 62 | 0 | 5 |
| A2 | 29.55 | 31 | 1 | 13 |
| A3 | 25.71 | 52 | 2 | 18 |
| A4 | 12.5 | 56 | 1 | 8 |
| A5 | 16.67 | 25 | 2 | 5 |
| A6 | 22.95 | 141 | 0 | 42 |
| A7 | 21.35 | 151 | 0 | 41 |
| A8 | 23.77 | 93 | 0 | 29 |
| A9 | 19.6 | 201 | 2 | 49 |
| A10 | 24.1 | 148 | 1 | 47 |
>TRINITY_DN47634_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformAGGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACA
TATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCTTTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAAT
TATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGG
ACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGG
AAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTG
CTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGTGGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATCTGATTTGGGTCAG
CTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTACAGTATTGGGTTC
TTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTGGGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGCATTCTGACAAGTCTGCAAGAACAATATAATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTTATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCTTCACGTTAAGAAAGGTT
ATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGATTGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCATTTGATGCGGCACTTGATAATGCATTTATTTCACATACTTCACTATATCTGCAAATATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTTAATGAACACGACAAAGT
CCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACA
>TRINITY_DN47634_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:AATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGgtaagcgttttttttaaaaattgtttctctgaggaacgcatcgggttagatgccaggggttatttctatttttccttcgagaaacacattgagGTGCTCCTTGGTGA
TATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAG
CAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAG
ACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGTGGCAGATGGCTTTGCATA
TTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACATGTAAACTGACTTTAATTATAATTGAAGTGGGGG
Intron 4 GTAAGTTTGT ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.53 | 77.7 | 22 | 18 |
| A2 | 9.5 | 67.3 | 6 | 8 |
| A3 | 6.92 | 81.7 | 3 | 9 |
| A4 | 20.37 | 49 | 13 | 12 |
| A5 | 20.88 | 30.3 | 6 | 10 |
| A6 | 8.81 | 490.7 | 35 | 59 |
| A7 | 9.41 | 450.3 | 31 | 62 |
| A8 | 9.67 | 422.7 | 27 | 63 |
| A9 | 9.62 | 511 | 42 | 66 |
| A10 | 10.39 | 317 | 41 | 32 |
>TRINITY_DN41171_c0_g1_i10 from sample A9 / Example spliced isoformGTTTAGTAGGTTGTCTTTATTATCTCTGAATCATTCCTTTTTCTTTTCCCTCAAGGAAGGTCTCGCGGGGAAACCCAACATGCTTCTCCACATTCATGGATGGCATTCCTAGTAAACCCGTCGGCATAGAATAGTCCACCTCACTGAGGGGGATTTGAACTAGGCACCTGTTGTCATGGAACTAACCAAATGCATAACAA
CATTGGCGACAATCACTTCAGCTAACCCCTTGGGCTTAACCAAAAGCATTCCTTGTGCAAACAGCCTAAGATGTTTACTTGTGTTAGATAATTAATGTAATTTTTTTTGTTGTTTGGAAAATGCATCTTATATTTCATTGTGGAACAAAAGAGAATATAATATATATCAAGAATCATACTTCATTGAGACAAGCTACGAT
TATACAGACTACCCCTTCCTACACATGCAAGGAGAGCCAACTTATCTTCCTTGGCCCCAATCTGAAGAGTCTTCACATCTTTTCTGGAAGTGCTAATTCTGGCTGACATCTGTGCTTACTACTTCTGCCAATTCTGATCTAAAAGTTTCAGTCTCACCCAACTGAAACTGGGTAGCATACCCATTAAAAGTTGCATGTCA
ATGCTTTTTCCATAAAACGAGATGCCTACCAATCTGATTGTGTTTCAGATACTTCTTCCAAACTGTCTGAGACTCTGACCATCTATCTGTCCTCAAACATGGCCTCTTTCCAATAAATTGGAGTGACCAAGATAAGATAAAGATAATTTTCATGTCTAACAAATGACCATAAAAGTTCAATGGGACAAATACAATGTGAG
AGTGCAAAAGCAACTCCTAGGTAATGCTGAAAGCAAAAGAAAAATAAAAGTTGCAGCATAGATATGTATCTAAGGTGATCACTATGTCTAACCAACACCAAAAGATGTAACAGTATCATAGGTGCAGTGAGACAAAATGAGAGTCCTAGACTGGAAAACTGGACATATTGATGCTGATCAAGAGAGTGAGAGATCGGAGG
AAGATGCCAATGATGTCAAGATATCCTGGGCCTGAATGGCAAATTTAGCAGGCAATGCATTCTCAAAAGACACTGGCAACCTTGCAGCCCCAGATCATATGTTTAACCATCTCTACTTTAGGTCTGAGTAGCCATTAGTTAGGTCTGAGTAGTGAAGCATATCTTTAACGGCTAAGCTGTTTATTAGCACCGACCATCCA
AGTACCCTAGTCTTAAAGGAGGAATGGAATTCAAGATATTTTGACACCACATAAGCCATCTGATTTAATTATTGTGATTGGCCTATTTTGTGTTAAGTTGATCAAGGGTTTCCTTGGGACAATCCAGTGTATCATTCTTCAATTATTTATATACAAATTTTCCTTTATGTAAATAATTAATTACATTATCTGAGCTAGAA
GGTAAGGTTATACCTTACCTGAGAGTTATGGCAAGGGATATCTAAAGACTAGAGTATCTGAAATTTTATGTTGGGCTTATCGTAGTGTGAATTTTTATGTACTTGTGTTTTTGCATATGTTTAATGTTAGAATATGTTGAATTTGTTGAATCGAGGCCATATTTTTCTTGCAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAAT
GGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGT
GGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACATGTAAACTGACTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTT
TTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTACAGTATTGGGTTCTTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTG
GGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGCATTCTGACAAGTCTGCAAGAACAATATAATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTTATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCTTCACGTTAAGAAAGGTTATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGAT
TGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCATTTGATGCGGCACTTGATAATGCATTTATTTCACATACTTCACTATATCTGCAAATATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTTAATGAACACGACAAAGTCCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACAAGTACCTCTAATATTT
AAATATTAA
>TRINITY_DN41171_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GTTTAGTAGGTTGTCTTTATTATCTCTGAATCATTCCTTTTTCTTTTCCCTCAAGGAAGGTCTCGCGGGGAAACCCAACATGCTTCTCCACATTCATGGATGGCATTCCTAGTAAACCCGTCGGCATAGAATAGTCCACCTCACTGAGGGGGATTTGAACTAGGCACCTGTTGTCATGGAACTAACCAAATGCATAACAA
CATTGGCGACAATCACTTCAGCTAACCCCTTGGGCTTAACCAAAAGCATTCCTTGTGCAAACAGCCTAAGATGTTTACTTGTGTTAGATAATTAATGTAATTTTTTTTGTTGTTTGGAAAATGCATCTTATATTTCATTGTGGAACAAAAGAGAATATAATATATATCAAGAATCATACTTCATTGAGACAAGCTACGAT
TATACAGACTACCCCTTCCTACACATGCAAGGAGAGCCAACTTATCTTCCTTGGCCCCAATCTGAAGAGTCTTCACATCTTTTCTGGAAGTGCTAATTCTGGCTGACATCTGTGCTTACTACTTCTGCCAATTCTGATCTAAAAGTTTCAGTCTCACCCAACTGAAACTGGGTAGCATACCCATTAAAAGTTGCATGTCA
ATGCTTTTTCCATAAAACGAGATGCCTACCAATCTGATTGTGTTTCAGATACTTCTTCCAAACTGTCTGAGACTCTGACCATCTATCTGTCCTCAAACATGGCCTCTTTCCAATAAATTGGAGTGACCAAGATAAGATAAAGATAATTTTCATGTCTAACAAATGACCATAAAAGTTCAATGGGACAAATACAATGTGAG
AGTGCAAAAGCAACTCCTAGGTAATGCTGAAAGCAAAAGAAAAATAAAAGTTGCAGCATAGATATGTATCTAAGGTGATCACTATGTCTAACCAACACCAAAAGATGTAACAGTATCATAGGTGCAGTGAGACAAAATGAGAGTCCTAGACTGGAAAACTGGACATATTGATGCTGATCAAGAGAGTGAGAGATCGGAGG
AAGATGCCAATGATGTCAAGATATCCTGGGCCTGAATGGCAAATTTAGCAGGCAATGCATTCTCAAAAGACACTGGCAACCTTGCAGCCCCAGATCATATGTTTAACCATCTCTACTTTAGGTCTGAGTAGCCATTAGTTAGGTCTGAGTAGTGAAGCATATCTTTAACGGCTAAGCTGTTTATTAGCACCGACCATCCA
AGTACCCTAGTCTTAAAGGAGGAATGGAATTCAAGATATTTTGACACCACATAAGCCATCTGATTTAATTATTGTGATTGGCCTATTTTGTGTTAAGTTGATCAAGGGTTTCCTTGGGACAATCCAGTGTATCATTCTTCAATTATTTATATACAAATTTTCCTTTATGTAAATAATTAATTACATTATCTGAGCTAGAA
GGTAAGGTTATACCTTACCTGAGAGTTATGGCAAGGGATATCTAAAGACTAGAGTATCTGAAATTTTATGTTGGGCTTATCGTAGTGTGAATTTTTATGTACTTGTGTTTTTGCATATGTTTAATGTTAGAATATGTTGAATTTGTTGAATCGAGGCCATATTTTTCTTGCAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAAT
GGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGgtaagtttgtccttgtatactggagctttgtgttgattctgttgaacaactacctctctttctctcttccataacatactttatatttccttactcatttagcagtccagttcaatctgacaataatgttaga
accacaaactagggaaattataattattttttggtaatagtagttaagtaggatggagttctagaggaactcaatgagttttctaaagtgtgttggattctcattaagtacaaatttgcaagaggagaacagcagagttgcaaagtattatgcatacatgtacatgatcaactacaacaatctaagacagtttattatac
caatagagagaacaagtttacgaggatgacatattgtaacatatatgatactttgctaacatttaggttttgttgttgtagtagtttgaattgttttgcatatatgttttcattggttcattaataacaatcacactagtattggagcctaggctacctgccaacctcgtacaggaagcaaaattgctctcttggaataa
aaatgaggtctagaaatagcacaaatatcatgaaggatgaattgagagacatgaataaactactatttttgcaacaaatttagtaggataacaatcttgaaagggttgtcacgaccatgatgttaagggtgaccaggaagtggcaaagaataaaaccaaggaagatggtggaacaaagccagtcaaaggagctttatgca
agctaggttaaagttgcaaatgtcatgttgtagatggcatttataagttatataagtttgttttggaaatatgagatgttttcctttttagtatgtcaaaaacttgttttgattccttgcagagctctttcatcttcttctcctaaccaaacatttttatggtttgcttatctcatcttttgcagCAAAGAGGGTACTGA
AAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGTGGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTT
TATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCAT
CTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTACAGTATTGGGTTCTTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTGGGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGCATTCTGACAAGTCTGCAAGAACAATATAATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTT
ATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCTTCACGTTAAGAAAGGTTATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGATTGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCATTTGATGCGGCACTTGATAATGCATTTATTTCACATACTTCACTATATCTGCAAAT
ATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTTAATGAACACGACAAAGTCCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACAAGTACCTCTAATATTTAAATATTAA
Intron 5 GTAAGTTCAA ... TTCTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 82.59 | 14.7 | 6 | 69 |
| A2 | 82.72 | 12.7 | 11 | 60 |
| A3 | 89.81 | 11.7 | 5 | 102 |
| A4 | 90.75 | 7 | 5 | 68 |
| A5 | 95.19 | 1.2 | 2 | 23 |
| A6 | 84.1 | 31.8 | 16 | 167 |
| A7 | 86.1 | 29.7 | 14 | 182 |
| A8 | 86.35 | 21 | 10 | 132 |
| A9 | 87.22 | 39.5 | 20 | 266 |
| A10 | 84.88 | 31.8 | 15 | 178 |
>TRINITY_DN110622_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoformGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATCTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTAAT
TCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCA
GACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGG
TGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGG
>TRINITY_DN110622_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATCTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTgta
agttcaatcgattagattttcgatcattcgagtgatttctctacgccatcaacatccgagaagcctggtgtctgtatgcgccacagatagatagttctcttatcagatttttgtccgtctgattctttacagAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGG
CGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGAT
ACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGTATTG
GCTGTGAAATTTTCTCTTACTGTATCTATGAATTAGATGATAATCAGCTATTTAAGTTTGTTAGACAAGCAAAGATACACAAGAGAGATAAAATTGGAACACAAGAGAGATAAAATTGGAAATATATTATTCATTAATGGAGGATTCAATGATTCATTGATACAATACAAGTACATACTTTTAATTCTGATCTAGGCAGT
GGGTCTATCTAATCATCCCTAACTACCAATACTAAAAACTAACATTAACCTAATTGGTCACTTAACAGATGTGACTGTTATTATTAGCCACTTTATTTTATTATATTTGGATTCCTAATCTATATTATTGAGCCGCAGGTGTTACTTATCTTAACAACCCCCTCAACATAAAAT
Intron 6 GTCAGTGCAG ... GAGGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.89 | 61 | 28 | 24 |
| A2 | 26.98 | 46 | 22 | 12 |
| A3 | 34.69 | 64 | 41 | 27 |
| A4 | 27.87 | 44 | 11 | 23 |
| A5 | 33.33 | 22 | 17 | 5 |
| A6 | 28.61 | 499 | 157 | 243 |
| A7 | 31.88 | 374 | 168 | 182 |
| A8 | 29.84 | 558.5 | 195 | 280 |
| A9 | 29.84 | 482 | 184 | 226 |
| A10 | 29.92 | 294 | 143 | 108 |
>TRINITY_DN41171_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformCCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATCTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAA
AAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCTTTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATT
CCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGA
CTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAAT
AAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGA
AAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACA
CATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGC
ACTACAGTATTGGGTTCTTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTGGGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGCATTCTGACAAGTCTGCAAGAACAATATAATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTTATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCT
TCACGTTAAGAAAGGTTATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGATTGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCATTTGATGCGGCACTTGATAATGCATTTATTTCACATACTTCACTATATCTGCAAATATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTT
AATGAACACGACAAAGTCCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACAAGTACCTCTAATATTTAAATATTAA
>TRINITY_DN41171_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:CCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATCTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAA
AAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCTTTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATT
CCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGA
CTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAAT
AAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGA
AAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGgtcagtgcagatttgatgtggatatttttctgcacaagctactagaaacgtttcttattgtcagctgctgaaaagccatgattgaggtggcagATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTG
GTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACATGTAAACTGACTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAAT
GTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTACAGTATTGGGTTCTTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTGGGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGCATTCTGACAAGTCTGCAAGAA
CAATATAATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTTATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCTTCACGTTAAGAAAGGTTATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGATTGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCATTTGATGCGGCACTTGATAATG
CATTTATTTCACATACTTCACTATATCTGCAAATATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTTAATGAACACGACAAAGTCCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACAAGTACCTCTAATATTTAAATATTAA
Intron 7 GTCAGTGCAG ... TAATACTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.33 | 57 | 26 | 26.7 |
| A2 | 32.35 | 46 | 22 | 10.3 |
| A3 | 38.36 | 65.9 | 41 | 17.1 |
| A4 | 22.85 | 43.9 | 13 | 18.9 |
| A5 | 45.24 | 21.8 | 18 | 4 |
| A6 | 26.8 | 454 | 166.2 | 154.2 |
| A7 | 33.55 | 348.6 | 176 | 112.1 |
| A8 | 28.6 | 511.7 | 205 | 190.1 |
| A9 | 27.69 | 465.3 | 178.2 | 163.2 |
| A10 | 32.96 | 284.8 | 140 | 76.7 |
>TRINITY_DN125657_c2_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformTATCTGAGCGAGAAGGTAAGGTTATACTTTACCTGAGAGTTATGGCAAGGGATATCTAAAGACTAGAGTATCTGAAATTTTATGTTGGTCTTATCGTAGTGTGAATTTTTATGTACTTGTGTTTTTACATATGTTTAATGTTAGAATATGTTGAATTTGTTGAATCGAGGCCATATTTTTCTTGCAGGAAGCTCAAGCAT
ATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACA
ATACAGTTTCAGGTGGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACATGTAAACTGACTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGA
AGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGTTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTAAAGTATTGGGTCCTTGTTTTCCTGGGCAATCATTTTTTGG
>TRINITY_DN125657_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGTAACAAGCCACCATCGTGAACCATCCACCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAA
TGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCT
TTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATT
CTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATC
CAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACT
GGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGgtcagtgcagatttgatgtggatatttttctgcacaagctactagaaacgtttcttattgtcagctgctgaaaagccatgattgaggtttttaagatactacctgta
atacattattatatttttgcaccaaattgtttatatttgtcacattaatgttacaaattacctactcctggtctgatcaagttgttttgtgaatggtgtaatactaagGTGGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGAC
Intron 8 GTAAGTTTGT ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.03 | 81 | 42 | 18 |
| A2 | 19.1 | 72 | 26 | 8 |
| A3 | 16.98 | 88 | 27 | 9 |
| A4 | 25 | 51 | 22 | 12 |
| A5 | 25.3 | 31 | 11 | 10 |
| A6 | 16.85 | 523 | 153 | 59 |
| A7 | 16.78 | 476 | 130 | 62 |
| A8 | 16.71 | 446 | 116 | 63 |
| A9 | 17.82 | 542 | 169 | 66 |
| A10 | 19.33 | 336 | 129 | 32 |
>TRINITY_DN47634_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformAGGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACA
TATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCTTTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAAT
TATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGG
ACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGG
AAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTG
CTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGTCAGTGCAGATTTGATGTGGATATTTTTCTGCACAAGCTACTAGAAACGTTTCTTATTGTCAGCTGCTGAAAAGCCATGATTGAGGTTTTTAAGATACTACCTGTAATACATTATTATATTTTTGCACCAAATTGTTTATATTTGTCACATTAATGTTA
CAAATTACCTACTCCTGGTCTGATCAAGTTGTTTTGTGAATGGTGTAATACTAAGGTGGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACA
TCTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCAC
TACAGTATTGGGTTCTTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTGGGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGCATTCTGACAAGTCTGCAAGAACAATATAATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTTATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCTTC
ACGTTAAGAAAGGTTATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGATTGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCATTTGATGCGGCACTTGATAATGCATTTATTTCACATACTTCACTATATCTGCAAATATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTTAA
TGAACACGACAAAGTCCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACA
>TRINITY_DN47634_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:AGGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACA
TATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCTTTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAAT
TATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGG
ACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGG
AAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGgtaagtttgtccttgtatactggagctttgtgttgattctgttgaacaactacctctctttctctcttccataacatactttatatttcct
tactcatttagcagtccagttcaatctgacaataatattagaaccacaaactagggaaattataattattttttggtaatagtagttaagtaggatggagttctagaggaactcaatgagttttctaaagtgtgttggattctcattaagtacaaatttgcaagaggagaacagcagagttgcaaagtattatgcataca
tgtacatgatcaactacaaaaatctaagacagtttattataccaatagagagaacaagtttacgaggatgacatattgtaatatatatgatactttgctaacatttaggttttgttgttgtagtagtttgaattgttttgcatatatgttttcattggttcattaataacaatcacactagtattggagcctaggctacc
tgccaacctcgtataggaagcaaaattgctctcttggaataaaaatgaggtctagaaatagcacaaatatcatgaaggatgaattgagagacatgaataaactactatttttgcaacaaatttagtaggagaacaatcttgaaagggttgtcatgaccatgatgttaagggtgaccaggaagtggcaaagaataaaacca
aggaagatggtggaacaaagccagtcaaaggagctttatgcaagctaggttaaagttgcaaatgtcatgttgtagatggcatttataagttatataagtttgttttggaaatatgagatgttttcctttttagtatgtcaaaaacttgttttgattccttgcagagctttcatcttcttctcctaactaaacatttttat
ggtttgcttatctcatcttttgcagCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGGTCAGTGCAGATTTGATGTGGATATTTTTCTGCACAAGCTACTA
GAAACGTTTCTTATTGTCAGCTGCTGAAAAGCCATGATTGAGGTTTTTAAGATACTACCTGTAATACATTATTATATTTTTGCACCAAATTGTTTATATTTGTCACATTAATGTTACAAATTACCTACTCCTGGTCTGATCAAGTTGTTTTGTGAATGGTGTAATACTAAGGTGGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATG
GTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATCTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTG
AACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTACAGTATTGGGTTCTTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTGGGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGC
ATTCTGACAAGTCTGCAAGAACAATATAATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTTATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCTTCACGTTAAGAAAGGTTATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGATTGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCAT
TTGATGCGGCACTTGATAATGCATTTATTTCACATACTTCACTATATCTGCAAATATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTTAATGAACACGACAAAGTCCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACA
Intron 9 GTCAGTGCAG ... CATGATTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.94 | 57 | 28 | 20.8 |
| A2 | 32.35 | 46 | 22 | 9.4 |
| A3 | 38.34 | 65.9 | 41 | 21.4 |
| A4 | 20.02 | 43.9 | 11 | 18.3 |
| A5 | 43.74 | 21.9 | 17 | 6.1 |
| A6 | 25.65 | 455.1 | 157 | 171.9 |
| A7 | 32.49 | 349.1 | 168 | 134.7 |
| A8 | 27.55 | 512.6 | 195 | 195.7 |
| A9 | 28.3 | 466.1 | 184 | 176.6 |
| A10 | 33.42 | 284.9 | 143 | 86.8 |
>TRINITY_DN125657_c2_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformTATCTGAGCGAGAAGGTAAGGTTATACTTTACCTGAGAGTTATGGCAAGGGATATCTAAAGACTAGAGTATCTGAAATTTTATGTTGGTCTTATCGTAGTGTGAATTTTTATGTACTTGTGTTTTTACATATGTTTAATGTTAGAATATGTTGAATTTGTTGAATCGAGGCCATATTTTTCTTGCAGGAAGCTCAAGCAT
ATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACA
ATACAGTTTCAGGTGGCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACATGTAAACTGACTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGA
AGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGTTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTAAAGTATTGGGTCCTTGTTTTCCTGGGCAATCATTTTTTGG
>TRINITY_DN125657_c2_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGTAACAAGCCACCATCGTGAACCATCCACCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATGTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAA
TGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAAAAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCT
TTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATT
CTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATC
CAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACT
GGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGgtcagtgcagatttgatgtggatatttttctgcacaagctactagaaacgtttcttattgtcagctgctgaaaagccatgattgagGTGGCAGATGGCTTTGCATAT
TCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTA
CATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGTTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTAAAGTATTGGGTCCTTGTTTTCCTGGGCAATCATTTTTTGG
Intron 10 GTCAGTGCAG ... AAGGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.7 | 61 | 26 | 36 |
| A2 | 27.56 | 46 | 22 | 13 |
| A3 | 34.02 | 64 | 41 | 25 |
| A4 | 28.46 | 44 | 13 | 22 |
| A5 | 34.33 | 22 | 18 | 5 |
| A6 | 29.02 | 499 | 166 | 242 |
| A7 | 31.18 | 374 | 176 | 163 |
| A8 | 30.1 | 558.5 | 205 | 276 |
| A9 | 29.17 | 482 | 178 | 219 |
| A10 | 29.07 | 294 | 140 | 101 |
>TRINITY_DN41171_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformCCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATCTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAA
AAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTGTAAGTTCAATCGATTAGATTTTCGATCATTCGAGTGATTTCTCTACGCCATCAACATCCGAGAAGCCTGGTGTCTGTATGCGCCACAGATAGATAGTTCTCTTATCAGATTTTTGTCCGTCTGATTCTTTACAGAATTCAGCGATCTGCAATCGATT
CCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATTTTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGA
CTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAAAGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAAT
AAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCAAAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGA
AAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAAAGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACGTGTAAACTGATTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACA
CATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGATAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGC
ACTACAGTATTGGGTTCTTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTGGGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGCATTCTGACAAGTCTGCAAGAACAATATAATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTTATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCT
TCACGTTAAGAAAGGTTATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGATTGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCATTTGATGCGGCACTTGATAATGCATTTATTTCACATACTTCACTATATCTGCAAATATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTT
AATGAACACGACAAAGTCCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACAAGTACCTCTAATATTTAAATATTAA
>TRINITY_DN41171_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:CCACAGCCCATTGACTTCTTTATTATGGAGACGGCCAAAAACAAGGCTCAAATCCTTCACACTTGTGTGAAAAGAGAGCGCAATCTAAGGTGCGAATATTTTTGGAACAATTGTCTTAGGTTCGAACCTCGAAACTCCCTCGGCCGGTGTTCTTAGACGGCACGCCACGAATGGCAGACACGAGTCGGTAAATAGAAGAA
AAGAATATCCAATCTCCTCATACATATTTTTGGGTTCACCGTAATTCAGCGATCTGCAATCGATTCCGGCGAAGGATATTTCTGTGAATTATTTCAGCAAATGTAATGGGCGCCAACAATATGTCCGCTAAGCTGGTGCTCCTTGGTGATATGGGAGCTGGAAAATCTAGTATGGTTTTGCGGTTTGTCAGAGGCCAATT
TTTCGATTATCAGGAATCAACCATAGGAGCGGCATTCTTCTCTCAGACTTTAGCTTTGAATGAGACTACAATAAAGTTTGAGATATGGGACACTGCAGGGCAGGAAAGATACCATAGCTTGGCTCCCATGTATTACCGCGGTGCGGCAGCAGCTATAGTTGTCTATGATGTCACAAGTTTGGATTCATTTAATCGTGCAA
AGAAATGGGTGCAGGAACTTCAAAGACAGGGCAATCCAAACTTGGTGATGACACTTGCTGGAAATAAGGCTGATTTGACAGCAAAACGGAAGGTGGAACAAGAGGAAGCTCAAGCATATGCTACAGAAAATGGGTTGTTCTTTATTGAGACATCAGCCAAGACAGCGCAAAATGTAAATGAGCTTTTCTATGACATTGCA
AAGAGGGTACTGAAAGCTCGGCCAGAGAAGTCTACTGGTTTGCTTCTAGGGAATAGATCTGAAGAAAGAGGAAGATTTAGTTCATGTTGCTTAAATTAATGTTGTGATTCGTGAACAATACAGTTTCAGgtcagtgcagatttgatgtggatatttttctgcacaagctactagaaacgtttcttattgtcagctgctga
aaagccatgattgaggtttttaagatactacctgtaatacattattatatttttgcaccaaattgtttatatttgtcacattaatgttacaaattacctactcctggtctgatcaagttgttttgtgaatggtgtaatactaaggtggcagATGGCTTTGCATATTCAACATGGTGCTCGCAAAAGAAATCTTGGTTCAA
AGATGTAAATATTTGTAAATTTCTTCTTTATGGACATGTAAACTGACTTTAATTATAATTGAAGTGGGGGAGCAATCAGATGTAACACATTTGATTTGGGTCAGCTGTTCTTAGTTGGTAGTTAAATATGGAAGTGGTTATTTGTTTTTGCTGAATTTGATGCTACATGTTTGAACAGCTCGAAACACATTAATGTGTGA
TAATCTTTTCCCTTACATCGCTTTGCATCTTCAAATAATTTAAACACCTTTTTCCAATCTCAGTTTTAAGGCTAGAAAATTGTAAGCACTACAGTATTGGGTTCTTGTTTTCCCGGGCAATCATTTTTTGGGGGTTTGTTTAATTGGGTAATGCAAACTTAACCAAGTGATGCATTCTGACAAGTCTGCAAGAACAATAT
AATTCTGTTGGCAATGGGAACCCCAGTTATGTGATAATCCCATTGGCAAATGATGACTATTCTTAGTGCTTCCAATCTCCCTTACCTTCACGTTAAGAAAGGTTATTGGCAAAACACAACAAAGTATGGCAGAGGACTCGATGGATTGAAGAACCCATGAAATGAAGCACCATTTGATGCGGCACTTGATAATGCATTTA
TTTCACATACTTCACTATATCTGCAAATATTCTACAATCCTTTTTATGTATGATCATAATTTTTTGATATTTGTTTCCTCACATTTTAATGAACACGACAAAGTCCTTGCCCTTTTTAATAAATATGACAAGTACCTCTAATATTTAAATATTAA