NA ----> NA
Intron 1 GTTGGCTATA ... ATTTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.87 | 106 | 2 | 37 |
| A2 | 23.6 | 68 | 0 | 21 |
| A3 | 22.14 | 109 | 0 | 31 |
| A4 | 20.62 | 77 | 0 | 20 |
| A5 | 33.33 | 46 | 0 | 23 |
| A6 | 25.56 | 134 | 0 | 46 |
| A7 | 21.72 | 173 | 0 | 48 |
| A8 | 25.6 | 93 | 0 | 32 |
| A9 | 21.28 | 148 | 0 | 40 |
| A10 | 14.57 | 170 | 1 | 29 |
>TRINITY_DN112042_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGAAATGAAATGGGAGGCAAATGAATCCGAAATTAAATGACGACACGCGGGGATTTAGTCTGCAAAATGTCCCGGAACGGAAGGGTTTGGTCACATGTAAAAGACTAAATATTCTTCTGGCAAAGAACGGAGGGAGAGCTGTTTGGCAGAAGGACTGATGCAGTTCAGAGTTCAGACTGTACTGTACGTCTGTTCATTCCA
ATAGAGGCTCAGGTTTAGGCTGAGTAAGAAGCCTAAAGTTGTATTTTGGTAACAGTGTCTGCTTGTCTTCAGAGAACGGCCTCGCCGTGGTTTTCATGAATCAGCTTTTGAAATTAGCAGAGATTTTATGTTTACCTAACCCCGGCTCGGTTATGTAATCCGGCGAGAGGTATCGAATTTTAGGTTTTGCGGAATGAGAA
TGGCGGCGCAAAGCAGCAGTAATAATCCGGCGGCCGTGCCGGTGAGCGAAGTGTATTGGAGCCTGGTGGAGAAGGCCGACAAGAAATTCGCCCGCGTTAGGGATTTGCCGGCCTACGGCCGGAGCAGGTACGACTCTTATTTCCACAAGGTCTTCAAGGTTTACACGAAATTGTGGAAATTTCAGCAGGAGAACAGGCAG
AAATTAGTGGAGGCGGGGCTCAAGCGCTGGGAGATCGGCGAAATTGCGTCCCGGATCGCTCAGCTTTATTACAGTCAGTACCAGAGAACGAGCGAGGCGAGTTATCTGTCTGAGTCTTATATCTTCTACGAGGCAATCTTGAGCCGCGAGTATTTCAAGGATAGCGGTCAGGATCTAGGCTTGGCTAACAAGCAGCTCCG
CTGTTATGCCCGCTTCATTCTCGTCTGCCTCATGCTTAATCGCAGGGAGATGGTCCAGCATCTTCTTAATCAGTTTCGGATGCTCGTCGATGAATACCGCCGGACTTTTCAGGAGACTGATGCTAAAGAATGGAAGCGGATAGTGCAAGAAATTATTCGTTTTGTGAAAGCAGATACTGCATTTCAGAACAGCAGGCCTT
TACGTTATAGTGTGCGGCTTGATCCCCATCCAAATTCACATCCTTCTGTTGCTAGCTTGGAAGGCAGGCAGGCTTTAACATTACGAGATGCATTATTGACAAGCTATCATCGTAATGAGATAAAGTTTGCTGAGGTTACTCTTGATACCTTCAGAATGCTCCAGTGTTTAGAATGGGAGCCAAGTGGGATATTCTACCAG
CCGCGAACATCAGAGTCAGGAATGAATGGATCATTCACTGGACAAAGTGGTTCAAGCCGCATGAACCCTATGGATGATATAACTGATCCAACTTTACCCCCAAATCCACGCAAAGCTATCCTATATCGGCCCACTGCTATGCATTTTCTAGCGGTATTAGCCACCATTTGTGAAGAGCTACCAGCTGATAGTGTCGTGCT
GTTGTATCTCTCAGCATCAGGGATGGCAAGTCGAGGTCCTCTTTCACTTTCTACACCTTCTGGCACTTATGGAGAGGCAGAATCTCATACAGATCGGCATGTTATAGATACAGCATCAGATGCAAACTCCATTTCTCCAATGAGCTCACCGCATGATAGCCCCACAATTCATAGAACTGCTGTTCATGAGAGGGGGCACT
TAATCAACAATGGTGGGGGTGGGCTATTGCTGAGTTCTCGAGGAAATAGAGGTATTCACAGATATGCAATTCTTAGTTCGGGCTTTGTATTCCACAGTTGAGATTATTGCTGGTTTTCTGTCAAAATTGTATCAGTAGCCTATTTCAGCTTGTTATTAGAAATATTTTTGTTTCAAGTTTTCCTTTTTATTACATACTCA
GCTTAAAAATAAGTTCTAATGCCAGCCAGGATCTATAAGTGGGTATGGCATGTGAAAAGTAATGTGTTCACTGTTGACTGAGATTAAACTGTCTAAACTTTAAATCAATGAAATTTTTTACTTCAAAAGTGTGAAGTTCTTCCCCATTTTCAGAGATTTGGATTCTAGAAGCTGGCACAGGAAGATTCTCAAAAGTCTGC
ATCATTCTGGATCTTTGATCTTGAATGGGTTATTATTGCATTTCCTTCTCTTCCAAGTTTTTCCAGGTAGCATTATTTGCCAAGTGATGCTTAGAATACAGTGCAGCTTGTCACAGAGATAGGCATCAGCTTACTAGCCTTGACAGGTAGATTGGGCCTTATGTGGATTCAAATTTTTGACCATTATCCCTCTAAAACTG
CAACAAAATCTTAATCAGGGTTTATCAGCTTCAAAATTTATATTGACCTGGTTTATCTTAATGTCACCTTCCATCCTTTACTTTCTATGGGGTATAAGGTGTTGATGTTTGTAGCATTGGACATGTACTTCCACATGGTTTTGTGTCTAACAGGTGGAAGTTGTCACTAGTACCTCTCAGACATAGGAAATTCACTTTAA
TTAGGTGAAATGTTTTTAGATTAATTTGAGAGATTAATTTAAGT
>TRINITY_DN112042_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTGTTGTATCTCTCAGCATCAGgttggctatatgttgtcactatcattttttgtttggctctcctacagagttgcacatggtcttgtttgtcatgtcaatgaaaaatttatgcagGGATGGCAAGTCGAGGTCCTCTTTCACTTTCTACACCTTCTGGCACTTATGGAGAGGCAGAATCTCATACAGATCGGCATGTTAT
AGATACAGCATCAGATGCAAACTCCATTTCTCCAATGAGCTCACCGCATGATAGCCCCACAATTCATAGAACTGCTGTTCATGAGAGGGGGCACTTAATCAACAATGGTGGGGGTGGGCTATTGCTGAGTTCTCGAGGAAATAGAGGTTTGAACACTGTTTACCCAGGCGATATCATTCCCTTCACAAGAAAGCCTCTCT
TCATTATTATTGAGAGTGACAACAGTAATATGTTCAAGGTCATCAGCGGTGCAGAGCGAGGGGAGCCAGCTGTATTATTCCTTTCCCCGATGGTGCAACCTCCCTGTGTAAGCACACCTACAGATTCTTCTCGTTATCAAAATAATGGGAGTCTTTTTACATTTTTCCTTACAGCTCCCTTACTGGCTTTCTGCCGACTG
GTTGGTCTGTCAGCAACGAATTTAGGGATGGGTGTATACGACCGAGCAGACAAATTGCTTTCCTCTTTCTTTTCAGAATGGGGAGAGGCGCTCACAATGTCTAACTCACTTGACTTGGTGTGGGCACGCCTTCTCTCTGATCCTTTCTTAAAGCGCCTGATTCTCAGGTTCATTTTCTGTCGGGCATGCTTTTCTCTGTA
TTCCCCATCTTCCAAAAAGAAGGAATGTATACCAGATTGTCTACCTCAACTTCCAGAGGAGTTCATGCCAGTTTCATCAACTGTAGAAGCTTGCATATCTCAACTCGCAAGCAGCCTTAAAGTAGGAAAGCATTTTAGATTTTCTGCAAGCATGTCCATTTCAGAAGACAGTGGAGCTGAAAGCCAGCAGGATGCTGATT
TTGCTTCCAGTGAATATAGCAGAAACAAAACTTCGGATGTGAATACTGGGGAGATTGAAGAACAGCAGTTTGTGGAAGAAAATGGCCACTAGGCATACTATTGAATAGATAATTGATGAATTAAAAGTGCTCGGAGTTGTATGTTTCCAGGAATACTGGGGGATTTTAGCTCATTCATAGAATCACAACACTGCAAGGAT
GGATTGCAGGCATTGTTGACTGGATGAATCTTGAAAGAGATTATCAGGGTTTTATACAGCCATTATTTGTTACCATACTTGAAACTGCCTACTGTGCAAACCTATTTTGGAAAATCTATTATCATTTGACCGCTGCTGAGACTGTCTGGTGATTGATTCTCTGAAAATGAAGCTTAAATGACTTGGTTGGATTCATGGGT
GTATCAGGACATGGAAAGCAGTTTGGGTACAAACTAAGTTGATGGTGTTAGATTCAAAGCACAGAACAGATATCAAGGATTTGGGTTTGGTCCGACTTTTACAACTTCATGATCACAAGTTACAACGTTGAACATATTTCCTTTTCCTGTTCATCATGGTCTAAGTTCTAACAGGCTTTAATAGAAGATCGTTTAGTGAT
CTTGAACATTGTTAAACTATTTCTTATTTGTTCACAGGATTAAGCGTTCATACAGGCTGAGGGCTTATCAGCCAAGATGTTGGATGGTTACAAAATCACATCTTTTCTAAGCTTTGTTTGAGGGGAGAGTGTAGCGTTCTTCTCAACTGTCAGTCTGAACTGTTGAGAATGTGTTATGTTGGTGCCATTATTTGGAAGTC
ATAAAATTTTCAGCACTCGCAAACAGCTGCAATTGTAGTTTACTAGATATAATGTGAAGTGCATTTTTTGGTCTTTTATTTTATTTCTGAAGTTTAAAAAACTAGACAGAAAGGCTTTCTTAACTGATCGCCTATACTGAATTTTACAGTGCGTAAGGACAGCAGAGATGATCATAAGAGATTCACCCTTAAAAATCCCC
TTGTGATGGGTTGGATCGGACATGATTTGTGGAAGTGTTTGGTAGAATGCTATATCAAATTGCTTGGAGTATCAGATGGACAATGGCTTCTTTACAGGTTAACATTCCATGGTGTTATGCCATTTGCCATG
Intron 2 GTTTTAAGCT ... ATATATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.95 | 108 | 15 | 26 |
| A2 | 22.43 | 102 | 22 | 37 |
| A3 | 20.87 | 127 | 28 | 39 |
| A4 | 16.1 | 99 | 23 | 15 |
| A5 | 17.65 | 49 | 10 | 11 |
| A6 | 19.84 | 200 | 34 | 65 |
| A7 | 19.81 | 257 | 59 | 68 |
| A8 | 18.94 | 184 | 32 | 54 |
| A9 | 20.31 | 257 | 66 | 65 |
| A10 | 18.99 | 241 | 65 | 48 |
>TRINITY_DN31638_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoformGATGAAATGAAATGGGAGGCAAATGAATCCGAAATTAAATGACGACACGCGGGGATTTAGTCTGCAAAATGTCCCGGAACGGAAGGGTTTGGTCACATGTAAAAGACTAAATATTCTTCTGGCAAAGAACGGAGGGAGAGCTGTTTGGCAGAAGGACTGATGCAGTTCAGAGTTCAGACTGTACTGTACGTCTGTTCATT
CCAATAGAGGCTCAGGTTTAGGCTGAGTAAGAAGCCTAAAGTTGTATTTTGGTAACAGTGTCTGCTTGTCTTCAGAGAACGGCCTCGCCGTGGTTTTCATGAATCAGCTTTTGAAATTAGCAGAGATTTTATGTTTACCTAACCCCGGCTCGGTTATGTAATCCGGCGAGAGGTATCGAATTTTAGGTTTTGCGGAATGA
GAATGGCGGCGCAAAGCAGCAGTAATAATCCGGCGGCCGTGCCGGTGAGCGAAGTGTATTGGAGCCTGGTGGAGAAGGCCGACAAGAAATTCGCCCGCGTTAGGGATTTGCCGGCCTACGGCCGGAGCAGGTACGACTCTTATTTCCACAAGGTCTTCAAGGTTTACACGAAATTGTGGAAATTTCAGCAGGAGAACAGG
CAGAAATTAGTGGAGGCGGGGCTCAAGCGCTGGGAGATCGGCGAAATTGCGTCCCGGATCGCTCAGCTTTATTACAGTCAGTACCAGAGAACGAGCGAGGCGAGTTATCTGTCTGAGTCTTATATCTTCTACGAGGCAATCTTGAGCCGCGAGTATTTCAAGGATAGCGGTCAGGATCTAGGCTTGGCTAACAAGCAGCT
CCGCTGTTATGCCCGCTTCATTCTCGTCTGCCTCATGCTTAATCGCAGGGAGATGGTCCAGCATCTTCTTAATCAGTTTCGGATGCTCGTCGATGAATACCGCCGGACTTTTCAGGAGACTGATGCTAAAGAATGGAAGCGGATAGTGCAAGAAATTATTCGTTTTGTGAAAGCAGATACTGCATTTCAGAACAGCAGGC
CTTTACGTTATAGTGTGCGGCTTGATCCCCATCCAAATTCACATCCTTCTGTTGCTAGCTTGGAAGGCAGGCAGGCTTTAACATTACGAGATGCATTATTGACAAGCTATCATCGTAATGAGATAAAGTTTGCTGAGGTTACTCTTGATACCTTCAGAATGCTCCAGTGTTTAGAATGGGAGCCAAGTGGGATATTCTAC
CAGCCGCGAACATCAGAGTCAGGAATGAATGGATCATTCACTGGACAAAGTGGTTCAAGCCGCATGAACCCTATGGATGATATAACTGATCCAACTTTACCCCCAAATCCACGCAAAGCTATCCTATATCGGCCCACTGCTATGCATTTTCTAGCGGTATTAGCCACCATTTGTGAAGAGCTACCAGCTGATAGTGTCGT
GCTGTTGTATCTCTCAGCATCAGGGATGGCAAGTCGAGGTCCTCTTTCACTTTCTACACCTTCTGGCACTTATGGAGAGGCAGAATCTCATACAGATCGGCATGTTATAGATACAGCATCAGATGCAAACTCCATTTCTCCAATGAGCTCACCGCATGATAGCCCCACAATTCATAGAACTGCTGTTCATGAGAGGGGGC
ACTTAATCAACAATGGTGGGGGTGGGCTATTGCTGAGTTCTCGAGGAAATAGAGGTTTGAACACTGTTTACCCAGGCGATATCATTCCCTTCACAAGAAAGCCTCTCTTCATTATTATTGAGAGTGACAACAGTAATATGTTCAAGGTCATCAGCGGTGCAGAGCGAGGGGAGCCAGCTGTATTATTCCTTTCCCCGATG
GTGCAACCTCCCTGTGTAAGCACACCTACAGATTCTTCTCGTTATCAAAATAATGGGAGTCTTTTTACATTTTTCCTTACAGCTCCCTTACTGGCTTTCTGCCGACTGGTTGGTCTGTCAGCAACGAATTTAGGGATGGGTGTATACGACCGAGCAGACAAATTGCTTTCCTCTTTCTTTTCAGAATGGGGAGAGGCGCT
CACAATGTCTAACTCACTTGACTTGGTGTGGGCACGCCTTCTCTCTGATCCTTTCTTAAAGCGCCTGATTCTCAGGTTCATTTTCTGTCGGGCATGCTTTTCTCTGTATTCCCCATCTTCCAAAAAGAAGGAATGTATACCAGATTGTCTACCTCAACTTCCAGAGGAGTTCATGCCAGTTTCATCAACTGTAGAAGCTT
GCATATCTCAACTCGCAAGCAGCCTTAAAGTAGGAAAGCATTTTAGATTTTCTGCAAGCATGTCCATTTCAGAAGACAGTGGAGCTGAAAGCCAGCAGGATGCTGATTTTGCTTCCAGTGAATATAGCAGAAACAAAACTTCGGATGTGAATACTGGGGAGATTGAAGAACAGCAGTTTGTGGAAGAAAATGGCCACTAG
GCATACTATTGAATAGATAATTGATGAATTAAAAGTGCTCGGAGTTGTATGTTTCCAGGAATACTGGGGGATTTTAGCTCATTCATAGAATCACAACACTGCAAGGATGGATTGCAGGCATTGTTGACTGGATGAATCTTGAAAGAGATTATCAGGGTTTTATACAGCCATTATTTGTTACCATACTTGAAACTGCCTAC
TGTGCAAACCTATTTTGGAAAATCTATTATCATTTGACCGCTGCTGAGACTGTCTGGTGATTGATTCTCTGAAAATGAAGCTTAAATGACTTGGTTGGATTCATGGGTGTATCAGTACATGGAAAGCAGTTTGGGTACAAACTAAGTTGATGGTGTTAGATTCAAAGCACAGAACAGATATCAAGGATTTGGGTTTGGTC
CGACTTTTACAACTTCATGATCACAAGTTACAACGTTGAACATATTTCCTTTTCCTGTTCATCATGGTCTAAGTTCTAACAGGCTTTAATAGAAGATCGTTTAGTGATCTTGAACATTGTTAAACTATTTCTTATTTGTTCACAGGATTAAGCGTTCATACAGGCTGAGGGCTTATCAGCCAAGATGTTGGATGGTTACA
AAATCACATCTTTTCTAAGCTTTGTTTGAGGGGAGAGTGTAGCGTTCTTCTCAACTGTCAGTCTGAACTGTTGAGAATGTGTTATGTTGGTGCCATTATTTGGAAGTCATAAAATTTTCAGCACTCGCAAACAGCTGCAATTGTAGTTTACTAGATATAATGTGAAGTGCATTTTTTGGTCTTTTATTTTATTTCTGAAG
TTTAAAAAACTAGACAGAAAGGCTTTCTTAACTGATCGCCTATACTGAATTTTACAGTGCGTAAGGACAGCAGAGATGATCATAAGAGATTCACCCTTAAAAATCCCCTTGTGATGGGTTGGATCGGACATGATTTGTGGAAGTGTTTGGTAGAATGCTATATCAAATTGCTTGGAGTATCAGATGGACAATGGCTTCTT
TACAGGTTAACATTCCATGGTTTTATGCCATTTTCCATGGCGAGAATATGCTTATGCAGTCTATAGGAAGTCCATCGTTACCTTTACTTTCAGTGTCACAACCCTTGACTAGACCTGCATTTCCATAATAAAGAAGTAATGAACTCTACTGATGGATAGGATTAATAAAATATTTAATTAAATGTTTTTATGGATAATTA
ATGTTATTTAGGAGGCAGACTTTGTATTTAGACATTATTAAACCTAATTATCAAGTGCACCGATGGTGTTTACGTATGTAACATGCGTTTTTCTTTGCG
>TRINITY_DN31638_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:GATGAAATGAAATGGGAGGCAAATGAATCCGAAATTAAATGACGACACGCGGGGATTTAGTCTGCAAAATGTCCCGGAACGGAAGGGTTTGGTCACATGTAAAAGACTAAATATTCTTCTGGCAAAGAACGGAGGGAGAGCTGTTTGGCAGAAGGACTGATGCAGTTCAGAGTTCAGACTGTACTGTACGTCTGTTCATT
CCAATAGAGGCTCAGGTTTAGGCTGAGTAAGAAGCCTAAAGTTGTATTTTGGTAACAGTGTCTGCTTGTCTTCAGAGAACGGCCTCGCCGTGGTTTTCATGAATCAGCTTTTGAAATTAGCAGAGATTTTATGTTTACCTAACCCCGGCTCGGTTATGTAATCCGGCGAGAGGTATCGAATTTTAGGTTTTGCGGAATGA
GAATGGCGGCGCAAAGCAGCAGTAATAATCCGGCGGCCGTGCCGGTGAGCGAAGTGTATTGGAGCCTGGTGGAGAAGGCCGACAAGAAATTCGCCCGCGTTAGGGATTTGCCGGCCTACGGCCGGAGCAGGTACGACTCTTATTTCCACAAGGTCTTCAAGGTTTACACGAAATTGTGGAAATTTCAGCAGGAGAACAGG
CAGAAATTAGTGGAGGCGGGGCTCAAGCGCTGGGAGATCGGCGAAATTGCGTCCCGGATCGCTCAGCTTTATTACAGTCAGTACCAGAGAACGAGCGAGGCGAGTTATCTGTCTGAGTCTTATATCTTCTACGAGGCAATCTTGAGCCGCGAGTATTTCAAGGATAGCGGTCAGGATCTAGGCTTGGCTAACAAGCAGCT
CCGCTGTTATGCCCGCTTCATTCTCGTCTGCCTCATGCTTAATCGCAGGGAGATGGTCCAGCATCTTCTTAATCAGTTTCGGATGCTCGTCGATGAATACCGCCGGACTTTTCAGGAGACTGATGCTAAAGAATGGAAGCGGATAGTGCAAGAAATTATTCGTTTTGTGAAAGCAGATACTGCATTTCAGAACAGCAGGC
CTTTACGTTATAGTGTGCGGCTTGATCCCCATCCAAATTCACATCCTTCTGTTGCTAGCTTGGAAGGCAGGCAGGCTTTAACATTACGAGATGCATTATTGACAAGCTATCATCGTAATGAGATAAAGTTTGCTGAGGTTACTCTTGATACCTTCAGAATGCTCCAGTGTTTAGAATGGGAGCCAAGTGGGATATTCTAC
CAGCCGCGAACATCAGAGTCAGGAATGAATGGATCATTCACTGGACAAAGTGGTTCAAGCCGCATGAACCCTATGGATGATATAACTGATCCAACTTTACCCCCAAATCCACGCAAAGCTATCCTATATCGGCCCACTGCTATGCATTTTCTAGCGGTATTAGCCACCATTTGTGAAGAGCTACCAGCTGATAGTGTCGT
GCTGTTGTATCTCTCAGCATCAGGGATGGCAAGTCGAGGTCCTCTTTCACTTTCTACACCTTCTGGCACTTATGGAGAGGCAGAATCTCATACAGATCGGCATGTTATAGATACAGCATCAGATGCAAACTCCATTTCTCCAATGAGCTCACCGCATGATAGCCCCACAATTCATAGAACTGCTGTTCATGAGAGGGGGC
ACTTAATCAACAATGGTGGGGGTGGGCTATTGCTGAGTTCTCGAGGAAATAGAGGTTTGAACACTGTTTACCCAGGCGATATCATTCCCTTCACAAGAAAGCCTCTCTTCATTATTATTGAGAGTGACAACAGTAATATGTTCAAGGTCATCAGCGGTGCAGAGCGAGGGGAGCCAGCTGTATTATTCCTTTCCCCGATG
GTGCAACCTCCCTGTGTAAGCACACCTACAGATTCTTCTCGTTATCAAAATAATGGGAGTCTTTTTACATTTTTCCTTACAGCTCCCTTACTGGCTTTCTGCCGACTGGTTGGTCTGTCAGCAACGAATTTAGGGATGGGTGTATACGACCGAGCAGACAAATTGCTTTCCTCTTTCTTTTCAGAATGGGGAGAGGCGCT
CACAATGTCTAACTCACTTGACTTGGTGTGGGCACGCCTTCTCTCTGATCCTTTCTTAAAGCGCCTGATTCTCAGgttttaagctcaaactgatcttgtgggatgcaatgctagcatgaatatgctttgcttttgtattttttagtaactgcctaattttatatattcagGTTCATTTTCTGTCGGGCATGCTTTTCTCT
GTATTCCCCATCTTCCAAAAAGAAGGAATGTATACCAGATTGTCTACCTCAACTTCCAGAGGAGTTCATGCCAGTTTCATCAACTGTAGAAGCTTGCATATCTCAACTCGCAAGCAGCCTTAAAGTAGGAAAGCATTTTAGATTTTCTGCAAGCATGTCCATTTCAGAAGACAGTGGAGCTGAAAGCCAGCAGGATGCTG
ATTTTGCTTCCAGTGAATATAGCAGAAACAAAACTTCGGATGTGAATACTGGGGAGATTGAAGAACAGCAGTTTGTGGAAGAAAATGGCCACTAGGCATACTATTGAATAGATAATTGATGAATTAAAAGTGCTCGGAGTTGTATGTTTCCAGGAATACTGGGGGATTTTAGCTCATTCATAGAATCACAACACTGCAAG
GATGGATTGCAGGCATTGTTGACTGGATGAATCTTGAAAGAGATTATCAGGGTTTTATACAGCCATTATTTGTTACCATACTTGAAACTGCCTACTGTGCAAACCTATTTTGGAAAATCTATTATCATTTGACCGCTGCTGAGACTGTCTGGTGATTGATTCTCTGAAAATGAAGCTTAAATGACTTGGTTGGATTCATG
GGTGTATCAGTACATGGAAAGCAGTTTGGGTACAAACTAAGTTGATGGTGTTAGATTCAAAGCACAGAACAGATATCAAGGATTTGGGTTTGGTCCGACTTTTACAACTTCATGATCACAAGTTACAACGTTGAACATATTTCCTTTTCCTGTTCATCATGGTCTAAGTTCTAACAGGCTTTAATAGAAGATCGTTTAGT
GATCTTGAACATTGTTAAACTATTTCTTATTTGTTCACAGGATTAAGCGTTCATACAGGCTGAGGGCTTATCAGCCAAGATGTTGGATGGTTACAAAATCACATCTTTTCTAAGCTTTGTTTGAGGGGAGAGTGTAGCGTTCTTCTCAACTGTCAGTCTGAACTGTTGAGAATGTGTTATGTTGGTGCCATTATTTGGAA
GTCATAAAATTTTCAGCACTCGCAAACAGCTGCAATTGTAGTTTACTAGATATAATGTGAAGTGCATTTTTTGGTCTTTTATTTTATTTCTGAAGTTTAAAAAACTAGACAGAAAGGCTTTCTTAACTGATCGCCTATACTGAATTTTACAGTGCGTAAGGACAGCAGAGATGATCATAAGAGATTCACCCTTAAAAATC
CCCTTGTGATGGGTTGGATCGGACATGATTTGTGGAAGTGTTTGGTAGAATGCTATATCAAATTGCTTGGAGTATCAGATGGACAATGGCTTCTTTACAGGTTAACATTCCATGGTTTTATGCCATTTTCCATGGCGAGAATATGCTTATGCAGTCTATAGGAAGTCCATCGTTACCTTTACTTTCAGTGTCACAACCCT
TGACTAGACCTGCATTTCCATAATAAAGAAGTAATGAACTCTACTGATGGATAGGATTAATAAAATATTTAATTAAATGTTTTTATGGATAATTAATGTTATTTAGGAGGCAGACTTTGTATTTAGACATTATTAAACCTAATTATCAAGTGCACCGATGGTGTTTACGTATGTAACATGCGTTTTTCTTTGCG
Intron 3 GTGAGTTTTG ... AATCATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.51 | 97 | 53 | 10 |
| A2 | 25.21 | 89 | 48 | 12 |
| A3 | 26.07 | 112 | 61 | 18 |
| A4 | 24.18 | 69 | 32 | 12 |
| A5 | 24.84 | 59 | 17 | 22 |
| A6 | 23.86 | 150 | 64 | 30 |
| A7 | 29.41 | 210 | 118 | 57 |
| A8 | 24.46 | 139 | 67 | 23 |
| A9 | 25.46 | 202 | 105 | 33 |
| A10 | 25.77 | 206 | 83 | 60 |
>TRINITY_DN37145_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformGCCGGCCCAGATGAAATGAAATGGGAGGCAAATGAATCCGAAATTAAATGACGACACGCGGGGATTTAGTCTGCAAAATGTCCCGGAACGGAAGGGTTTGGTCACATGTAAAAGACTAAATATTCTTCTGGCAAAGAACGGAGGGAGAGCTGTTTGGCAGAAGGACTGATGCAGTTCAGAGTTCAGACTGTACTGTACGT
CTGTTCATTCCAATAGAGGCTCAGGTTTAGGCTGAGTAAGAAGCCTAAAGTTGTATTTTGGTAACAGTGTCTGCTTGTCTTCAGAGAACGGCCTCGCCGTGGTTTTCATGAATCAGCTTTTGAAATTAGCAGAGATTTTATGTTTACCTAACCCCGGCTCGGTTATGTAATCCGGCGAGAGGTATCGAATTTTAGGTTTT
GCGGAATGAGAATGGCGGCGCAAAGCAGCAGTAATAATCCGGCGGCCGTGCCGGTGAGCGAAGTGTATTGGAGCCTGGTGGAGAAGGCCGACAAGAAATTCGCCCGCGTTAGGGATTTGCCGGCCTACGGCCGGAGCAGGTACGACTCTTATTTCCACAAGGTCTTCAAGGTTTACACGAAATTGTGGAAATTTCAGCAG
GAGAACAGGCAGAAATTAGTGGAGGCGGGGCTCAAGCGCTGGGAGATCGGCGAAATTGCGTCCCGGATCGCTCAGCTTTATTACAGTCAGTACCAGAGAACGAGCGAGGCGAGTTATCTGTCTGAGTCTTATATCTTCTACGAGGCAATCTTGAGCCGCGAGTATTTCAAGGATAGCGGTCAGGATCTAGGCTTGGCTAA
CAAGCAGCTCCGCTGTTATGCCCGCTTCATTCTCGTCTGCCTCATGCTTAATCGCAGGGAGATGGTCCAGCATCTTCTTAATCAGTTTCGGATGCTCGTCGATGAATACCGCCGGACTTTTCAGGAGACTGATGCTAAAGAATGGAAGCGGATAGTGCAAGAAATTATTCGTTTTGTGAAAGCAGATACTGCATTTCAGA
ACAGCAGGCCTTTACGTTATAGTGTGCGGCTTGATCCCCATCCAAATTCACATCCTTCTGTTGCTAGCTTGGAAGGCAGGCAGGCTTTAACATTACGAGATGCATTATTGACAAGCTATCATCGTAATGAGATAAAGTTTGCTGAGGTTACTCTTGATACCTTCAGAATGCTCCAGTGTTTAGAATGGGAGCCAAGTGGG
ATATTCTACCAGCCGCGAACATCAGAGTCAGGAATGAATGGATCATTCACTGGACAAAGTGGTTCAAGCCGCATGAACCCTATGGATGATATAACTGATCCAACTTTACCCCCAAATCCACGCAAAGCTATCCTATATCGGCCCACTGCTATGCATTTTCTAGCGGTATTAGCCACCATTTGTGAAGAGCTACCAGCTGA
TAGTGTCGTGCTGTTGTATCTCTCAGCATCAGGGATGGCAAGTCGAGGTCCTCTTTCACTTTCTACACCTTCTGGCACTTATGGAGAGGCAGAATCTCATACAGATCGGCATGTTATAGATACAGCATCAGATGCAAACTCCATTTCTCCAATGAGCTCACCGCATGATAGCCCCACAATTCATAGAACTGCTGTTCATG
AGAGGGGGCACTTAATCAACAATGGTGGGGGTGGGCTATTGCTGAGTTCTCGAGGAAATAGAGGTTTGAACACTGTTTACCCAGGCGATATCATTCCCTTCACAAGAAAGCCTCTCTTCATTATTATTGAGAGTGACAACAGTAATATGTTCAAGGTCATCAGCGGTGCAGAGCGAGGGGAGCCAGCTGTATTATTCCTT
TCCCCGATGGTGCAACCTCCCTGTGTAAGCACACCTACAGATTCTTCTCGTTATCAAAATAATGGGAGTCTTTTTACATTTTTCCTTACAGCTCCCTTACTGGCTTTCTGCCGACTGGTTGGTCTGTCAGCAACGAATTTAGGGATGGGTGTATACGACCGAGCAGACAAATTGCTTTCCTCTTTCTTTTCAGAATGGGG
AGAGGCGCTCACAATGTCTAACTCACTTGACTTGGTGTGGGCACGCCTTCTCTCTGATCCTTTCTTAAAGCGCCTGATTCTCAGGTTCATTTTCTGTCGGGCATGCTTTTCTCTGTATTCCCCATCTTCCAAAAAGAAGGAATGTATACCAGATTGTCTACCTCAACTTCCAGAGGAGTTCATGCCAGTTTCATCAACTG
TAGAAGCTTGCATATCTCAACTCGCAAGCAGCCTTAAAGTAGGAAAGCATTTTAGATTTTCTGCAAGCATGTCCATTTCAGAAGACAGTGGAGCTGAAAGCCAGCAGGATGCTGATTTTGCTTCCAGTGAATATAGCAGAAACAAAACTTCGGATGTGAATACTGGGGAGATTGAAGAACAGCAGTTTGTGGAAGAAAAT
GGCCACTAGGCATACTATTGAATAGATAATTGATGAATTAAAAGTGCTCGGAGTTGTATGTTTCCAGGAATACTGGGGGATTTTAGCTCATTCATAGAATCACAACACTGCAAGGATGGATTGCAGGCATTGTTGACTGGATGAATCTTGAAAGAGATTATCAGGGTTTTATACAGCCATTATTTGTTACCATACTTGAA
ACTGCCTACTGTGCAAACCTATTTTGGAAAATCTATTATCATTTGACCGCTGCTGAGACTGTCTGGTGATTGATTCTCTGAAAATGAAGCTTAAATGACTTGGTTGGATTCATGGGTGTATCAGGACATGGAAAGCAGTTTGGGTACAAACTAAGTTGATGGTGTTAGATTCAAAGCACAGAACAGATATCAAGGATTTG
GGTTTGGTCCGACTTTTACAACTTCATGATCACAAGTTACAACGTTGAACATATTTCCTTTTCCTGTTCATCATGGTCTAAGTTCTAACAGGCTTTAATAGAAGATCGTTTAGTGATCTTGAACATTGTTAAACTATTTCTTATTTGTTCACAGGATTAAGCGTTCATACAGGCTGAGGGCTTATCAGCCAAGATGTTGG
ATGGTTACAAAATCACATCTTTTCTAAGCTTTGTTTGAGGGGAGAGTGTAGCGTTCTTCTCAACTGTCAGTCTGAACTGTTGAGAATGTGTTATGTTGGTGCCATTATTTGGAAGTCATAAAATTTTCAGCACTCGCAAACAGCTGCAATTGTAGTTTACTAGATATAATGTGAAGTGCATTTTTTGGTCTTTTATTTTA
TTTCTGAAGTTTAAAAAACTAGACAGAAAGGCTTTCTTAACTGATCGCCTATACTGAATTTTACAGTGCGTAAGGACAGCAGAGATGATCATAAGAGATTCACCCTTAAAAATCCCCTTGTGATGGGTTGGATCGGACATGATTTGTGGAAGTGTTTGGTAGAATGCTATATCAAATTGCTTGGAGTATCAGATGGACAA
TGGCTTCTTTACAGGTTAACATTCCATGGTTTTATGCCATTTTCCATGGCGAGAATATGCTTATGCAGTCTATAGGAAGTCCATCGTTACCTTTACTTTCAGTGTCACAACCCTTGACTAGACCTGCATTTCCATAATAAAGAAGTAATGAACTCTACTGATGGATAGGATTAATAAAATATTTAATTAAATGTTTTTAT
GGATAATTAATGTTATTTAGGAGGCAGACTTTGTATTTAGACATTATTAAACCTAATTATCAAGTGCACCGATGGTGTTTACGTATGC
>TRINITY_DN37145_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:GCCGGCCCAGATGAAATGAAATGGGAGGCAAATGAATCCGAAATTAAATGACGACACGCGGGGATTTAGTCTGCAAAATGTCCCGGAACGGAAGGGTTTGGTCACATGTAAAAGACTAAATATTCTTCTGGCAAAGAACGGAGGGAGAGCTGTTTGGCAGAAGGACTGATGCAGTTCAGAGTTCAGACTGTACTGTACGT
CTGTTCATTCCAATAGAGGCTCAGGTTTAGGCTGAGTAAGAAGCCTAAAGTTGTATTTTGGTAACAGTGTCTGCTTGTCTTCAGAGAACGGCCTCGCCGTGGTTTTCATGAATCAGCTTTTGAAATTAGCAGAGATTTTATGTTTACCTAACCCCGGCTCGGTTATGTAATCCGGCGAGAGGTATCGAATTTTAGGTTTT
GCGGAATGAGAATGGCGGCGCAAAGCAGCAGTAATAATCCGGCGGCCGTGCCGGTGAGCGAAGTGTATTGGAGCCTGGTGGAGAAGGCCGACAAGAAATTCGCCCGCGTTAGGGATTTGCCGGCCTACGGCCGGAGCAGGTACGACTCTTATTTCCACAAGGTCTTCAAGGTTTACACGAAATTGTGGAAATTTCAGCAG
GAGAACAGGCAGAAATTAGTGGAGGCGGGGCTCAAGCGCTGGGAGATCGGCGAAATTGCGTCCCGGATCGCTCAGCTTTATTACAGTCAGTACCAGAGAACGAGCGAGGCGAGTTATCTGTCTGAGTCTTATATCTTCTACGAGGCAATCTTGAGCCGCGAGTATTTCAAGGATAGCGGTCAGGATCTAGGCTTGGCTAA
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