sp|Q8H045|NAC54_ORYSJ ----> NAC domain-containing protein 54
Intron 1 GTCTTCATTT ... CATTATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.98 | 85.4 | 84.9 | 46.5 |
| A2 | 46.61 | 57.3 | 49.9 | 29.3 |
| A3 | 54.33 | 74 | 87.9 | 32.7 |
| A4 | 51.89 | 52.1 | 56 | 37.7 |
| A5 | 46.87 | 34.3 | 30.1 | 21.4 |
| A6 | 46.21 | 37.4 | 32 | 17.3 |
| A7 | 40.34 | 61.4 | 41 | 36.9 |
| A8 | 56.48 | 24.7 | 32 | 6.3 |
| A9 | 47.74 | 70.5 | 64 | 33 |
| A10 | 42.71 | 55.6 | 40.9 | 19.9 |
>TRINITY_DN122206_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGGGTTTT
ATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAATTTGATGGCGCGATTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATT
GAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCTTTTGTGCACGTGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTC
CCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTGGATGAGTGTCAAGTTGCAGCAGGTTTACAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTG
CCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGTACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTCCTCACCTATTTTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGAC
GCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTCGACAAATAACACAAAGGTTGCCATTGATCAGGAAGTGCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCA
ATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCATCTCAGGCAGATAATACTGAAGTTGATTATTTCTTATATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATG
ATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTGACGTACCAGCAGGAACTGCCCTTTGATGGTACTGCCATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGAT
TATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTATGACACAGCTTCAAGATCCGGTGCCCCTAGCACCGGCAAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAA
AGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTGTACGGAAGTCTCCAGCCAATGAAATTCAACATATATTACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGC
AGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACCCAAATGATGAAACATGAACCGGGCAATAGAATGGATGTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCA
ACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAAACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTGGAGAAGTACCAGATAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTG
GAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTACGTCGATTTAATCCCATGAAAGCAATTCTTCCTTCAGAATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCA
GATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGAGAGAAGACAGGAGATGCTACGCAAAGATTTTGTAACTGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGA
CGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTTCTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGCGCTTTGCTAGGAGTGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCT
TACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAACTTGGAGATATGGATTCATATTAAGTTTTGTTTCTAGATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTG
TGCTAAATGATGCAGT
>TRINITY_DN122206_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGgtcttc
atttctatttttttcatttttttagtgttttccaaacccccgctcgtgctttttggtcgaaattggaggttggacattattcagGGTTTTATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAATTTGATGGCGCGA
TTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATTGAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCTTTTGTGCACG
TGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTCCCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTGGATGAGTGTC
AAGTTGCAGCAGGTTTACAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTGCCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGTACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTCCTCACCTATT
TTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGACGCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTCGACAAATAACACAAAGGTTGCCATTGATCAGGAAGT
GCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCAATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCATCTCAGGCAGATAATACTGAAGTTGATTATTTCTTAT
ATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATGATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTGACGTACCAGCAGGAACTGCCCTTTGATGGTACTGCC
ATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGATTATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTATGACACAGCTTCAAGATCCGGTGCCCCTAGCACCGGC
AAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAAAGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTGTACGGAAGTCTCCAGCCAATGAAATTCAACATATAT
TACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGCAGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACCCAAATGATGAAACATGAACCGGGCAATAGAATGGAT
GTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCAACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAAACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTGGAGAAGTACCAGA
TAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTGGAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTACGTCGATTTAATCCCATGAAAGCAATTCTTCCTTCAG
AATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCAGATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGAGAGAAGACAGGAGATGCTACGCAAAGATTTTGTAAC
TGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGACGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTTCTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGCGCTTTGCTAGGAG
TGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCTTACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAACTTGGAGATATGGATTCATATTAAGTTTTGTTTCTAG
ATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTGTGCTAAATGATGCAGT
Intron 2 GTCTTCATTT ... TCTGTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.77 | 50 | 88 | 14 |
| A2 | 54.84 | 42 | 51 | 8 |
| A3 | 61.87 | 53 | 86 | 11 |
| A4 | 64.44 | 32 | 58 | 12 |
| A5 | 62 | 19 | 31 | 4 |
| A6 | 57.14 | 24 | 32 | 1 |
| A7 | 60.61 | 26 | 40 | 3 |
| A8 | 64 | 18 | 32 | 1 |
| A9 | 62.75 | 38 | 64 | 4 |
| A10 | 61.9 | 24 | 39 | 1 |
>TRINITY_DN110215_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoformAATTCGTAGAAGGTGTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATAC
ACATTCAGGCCAAGACTTGATGAATATTTACAATTTGTAATTCTACGGCGATAAATTTAGGTAGAAGTGGGCGTAATCCGTCAAAATTAACGAGTGTGAATTGAAGGTCGTCATAGTTAGCTGGCGCAAGAGGAGATCCATTGACATTAACTGAGGTTAACGTATAAAATATGTATAGTACGAGAGATTGAAGTTAAAGT
TCTGAAATCTGTTGGGATCGGCGATGCTTTGACGAGCTTTCATCACTTATGGGGGGGTTTGAGGAAGCTTTTTACAACCCATTCCTCTTTGAAGGAGTTATCCGTGTAATTTTGTTCTGGCAAAAGTTAGAGGTTCAAATCCATATGACTGGGGCGTCTGTGGAGTGTTTCCCTCTTAATCATAGGGTTTTGAGTGGAAA
TCTACATATTTAATTAGTGTAATGTCTCAACATCCGTCTAGC
>TRINITY_DN110215_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATTCGTAGAAGGTGTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATAC
ACATTCAGgtcttcatttctatttttttcatttttttagtgttttccaaacccccgctcgtgctttttggtcgaaattggaggttggacattattcaggtgaaatttctttcatctttgctggaattcggaaagtttcgtgttttcctttcataatagcggaaaaattgtgaagtttcgtgttttctgttcataatgtct
gaaaatcttaaattttcgagtcatattcggatgtttgtggaaaatttacgtgactattgcttgaatttaattggaaatttctgtaacagGCCAAGACTTGATGAATATTTACAATTTGTAATTCTACGGCGATAAATTTAGGTAGAAGTGGGCGTAATCCGTCAAAATTAACGAGTGTGAATTGAAGGTCGTCATAGTTA
GCTGGCGCAAGAGGAGATCCATTGACATTAACTGAGGTTAACGTATAAAATATGTATAGTACGAGAGATTGAAGTTAAAGTTCTGAAATCTGTTGGGATCGGCGATGCTTTGACGAGCTTTCATCACTTATGGGGGGGTTTGAGGAAGCTTTTTACAACCCATTCCTCTTTGAAGGAGTTATCCGTGTAATTTTGTTCTG
GCAAAAGTTAGAGGTTCAAATCCATATGACTGGGGCGTCTGTGGAGTGTTTCCCTCTTAATCATAGGGTTTTGAGTGGAAATCTACATATTTAATTAGTGTAATGTCTCAACATCCGTCTAGC
Intron 3 GTCTTCATTT ... TTTGACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.29 | 87 | 88 | 29.8 |
| A2 | 46.79 | 58 | 51 | 16.8 |
| A3 | 53.42 | 75 | 86 | 15.8 |
| A4 | 52.25 | 53 | 58 | 20.3 |
| A5 | 46.97 | 35 | 31 | 13.5 |
| A6 | 45.71 | 38 | 32 | 9.8 |
| A7 | 38.83 | 63 | 40 | 23.5 |
| A8 | 56.14 | 25 | 32 | 4.8 |
| A9 | 47.06 | 72 | 64 | 19.3 |
| A10 | 40.63 | 57 | 39 | 14.3 |
>TRINITY_DN122206_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGGGTTTT
ATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAATTTGATGGCGCGATTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATT
GAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCTTTTGTGCACGTGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTC
CCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTGGATGAGTGTCAAGTTGCAGCAGGTTTACAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTG
CCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGTACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTCCTCACCTATTTTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGAC
GCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTCGACAAATAACACAAAGGTTGCCATTGATCAGGAAGTGCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCA
ATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCATCTCAGGCAGATAATACTGAAGTTGATTATTTCTTATATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATG
ATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTGACGTACCAGCAGGAACTGCCCTTTGATGGTACTGCCATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGAT
TATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTATGACACAGCTTCAAGATCCGGTGCCCCTAGCACCGGCAAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAA
AGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTGTACGGAAGTCTCCAGCCAATGAAATTCAACATATATTACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGC
AGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACCCAAATGATGAAACATGAACCGGGCAATAGAATGGATGTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCA
ACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAAACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTGGAGAAGTACCAGATAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTG
GAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTACGTCGATTTAATCCCATGAAAGCAATTCTTCCTTCAGAATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCA
GATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGAGAGAAGACAGGAGATGCTACGCAAAGATTTTGTAACTGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGA
CGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTTCTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGCGCTTTGCTAGGAGTGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCT
TACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAACTTGGAGATATGGATTCATATTAAGTTTTGTTTCTAGATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTG
TGCTAAATGATGCAGT
>TRINITY_DN122206_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGgtcttc
atttctatttttttcatttttttagtgttttccaaacccccgctcgtgctttttggtcgaaattggaggttggacattattcaggtgaaatttctttcatctttgctggaattcggaaagtttcgtgttttcctttcataatagcggaaaaattgtgaagtttcgtgttttctgttcataatgtctgaaaatcttaaatt
ttcgagtcatattcggatgtttgtggaaaatttacgtgactattgcttgaatttaattggaaatttctgtaacaggccaagacttgatgaatatttacaatttgtaattctacggcgataaatttaggtagaagtgggcgtaatccgtcaaaattaacgagtgtgaattgaaggtcgtcatagttagctggcgcaagagg
agatccattgacattaactgaggttaacgtataaaatatgtatagtacgagagattgaagttaaagttctgaaatctgttgggatcggcgatgctttgacgagctttcatcacttatgggggggtttgaggaagctttttacaacccattcctctttgaaggagttatccgtgtaattttgttctggcaaaagttagagg
ttcaaatccatatgactggggcgtctgtggagtgtttccctcttaatcatagggttttgagtggaaatctacatatttaattagtgtaatgtctcaacatccgtctagcttttttatttttatttcacgagctttagtgtccagcagagagattaaagtggaaattttaaaagtaacgttttggagaacatttggttagg
tgatgctatcgaacgtagagattccattgggatagctgaaagttggttttagtatggaatacaatttggcagatcgtatattgaatattctagtgtagaccaaaggcaaggttcacggaactgttgaatttgaaaggaattatagatagttctgatctctggttcatgttgaaggggtcatgtttgtagtcttccatcct
ctggtgggagttgcgatagttttccattcaggcaatttgaagagaaaactgttgcagtacgcaggcttttagagaagaatctttagtgccattagttggtaaaaagatactccatttgcaagtttcaaagaaaaactgaatgcttctattttattctggtatactgaattgcggagaacattttcaaatacatctattta
caaagttcctttatctaattatttattcttggtagtgttagacgcttttgtagtgtcaaccttatctgaattgggccattgctgtttgacacagGGTTTTATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAATTT
GATGGCGCGATTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATTGAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCT
TTTGTGCACGTGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTCCCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTG
GATGAGTGTCAAGTTGCAGCAGGTTTACAGGTACCTTGTTTGTCTCTTCTTGTTTGGGATGTTGATATTTTTCATTTGTATCCTGTAAACATGTGGGAAGTATATGATATCGTTGAGTCTCTCTGCATCATTAAAATTGTTGATAGTATGAGACTGTCTCTTGAAGAGTTTATTCAGTTCTAACTTATTTCATATTGCTT
TAAAGGTCATTAAGAGCTGTTTCGATAGTCAGTATTGATGTCAATTGCTTTTGCAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTGCCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGT
ACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTCCTCACCTATTTTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGACGCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTC
GACAAATAACACAAAGGTTGCCATTGATCAGGAAGTGCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCAATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCAT
CTCAGGCAGATAATACTGAAGTTGATTATTTCTTATATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATGATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTG
ACGTACCAGCAGGAACTGCCCTTTGATGGTACTGCCATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGATTATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTAT
GACACAGCTTCAAGATCCGGTGCCCCTAGCACCGGCAAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAAAGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTG
TACGGAAGTCTCCAGCCAATGAAATTCAACATATATTACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGCAGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACC
CAAATGATGAAACATGAACCGGGCAATAGAATGGATGTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCAACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAA
ACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTGGAGAAGTACCAGATAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTGGAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTAC
GTCGATTTAATCCCATGAAAGCAATTCTTCCTTCAGAATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCAGATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGA
GAGAAGACAGGAGATGCTACGCAAAGATTTTGTAACTGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGACGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTT
CTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGCGCTTTGCTAGGAGTGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCTTACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAAC
TTGGAGATATGGATTCATATTAAGTTTTGTTTCTAGATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTGTGCTAAATGATGCAGT
Intron 4 GTAAAAAGAT ... TTTGACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.17 | 33 | 18 | 36 |
| A2 | 52.63 | 18 | 8 | 20 |
| A3 | 44.68 | 26 | 5 | 21 |
| A4 | 47.06 | 27 | 10 | 24 |
| A5 | 55.17 | 13 | 2 | 16 |
| A6 | 48.15 | 14 | 1 | 13 |
| A7 | 47.69 | 34 | 8 | 31 |
| A8 | 54.55 | 5 | 4 | 6 |
| A9 | 51.02 | 24 | 1 | 25 |
| A10 | 51.43 | 17 | 7 | 18 |
>TRINITY_DN37914_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGGTCTTCA
TTTCTATTTTTTTCATTTTTTTAGTGTTTTCCAAACCCCCGCTCGTGCTTTTTGGTCGAAATTGGAGGTTGGACATTATTCAGGTGAAATTTCTTTCATCTTTGCTGGAATTCGGAAAGTTTCGTGTTTTCCTTTCATAATAGCGGAAAAATTGTGAAGTTTCGTGTTTTCTGTTCATAATGTCTGAAAATCTTAAATTT
TCGAGTCATATTCGGATGTTTGTGGAAAATTTACGTGACTATTGCTTGAATTTAATTGGAAATTTCTGTAACAGGCCAAGACTTGATGAATATTTACAATTTGTAATTCTACGGCGATAAATTTAGGTAGAAGTGGGCGTAATCCGTCAAAATTAACGAGTGTGAATTGAAGGTCGTCATAGTTAGCTGGCGCAAGAGGA
GATCCATTGACATTAACTGAGGTTAACGTATAAAATATGTATAGTACGAGAGATTGAAGTTAAAGTTCTGAAATCTGTTGGGATCGGCGATGCTTTGACGAGCTTTCATCACTTATGGGGGGGTTTGAGGAAGCTTTTTACAACCCATTCCTCTTTGAAGGAGTTATCCGTGTAATTTTGTTCTGGCAAAAGTTAGAGGT
TCAAATCCATATGACTGGGGCGTCTGTGGAGTGTTTCCCTCTTAATCATAGGGTTTTGAGTGGAAATCTACATATTTAATTAGTGTAATGTCTCAACATCCGTCTAGCTTTTTTATTTTTATTTCACGAGCTTTAGTGTCCAGCAGAGAGATTAAAGTGGAAATTTTAAAAGTAACGTTTTGGAGAACATTTGGTTAGGT
GATGCTATCGAACGTAGAGATTCCATTGGGATAGCTGAAAGTTGGTTTTAGTATGGAATACAATTTGGCAGATCGTATATTGAATATTCTAGTGTAGACCAAAGGCAAGGTTCACGGAACTGTTGAATTTGAAAGGAATTATAGATAGTTCTGATCTCTGGTTCATGTTGAAGGGGTCATGTTTGTAGTCTTCCATCCTC
TGGTGGGAGTTGCGATAGTTTTCCATTCAGGCAATTTGAAGAGAAAACTGTTGCAGTACGCAGGCTTTTAGAGAAGAATCTTTAGTGCCATTAGTTGGGTTTTATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAA
TTTGATGGCGCGATTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATTGAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATT
TCTTTTGTGCACGTGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTCCCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGG
TTGGATGAGTGTCAAGTTGCAGCAGGTTTACAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTGCCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGTACAGAAAATCAGTCACAGGAAAG
GTCCTCACCTATTTTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGACGCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTCGACAAATAACACAAAGGTTGCCA
TTGATCAGGAAGTGCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCAATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCATCTCAGGCAGATAATACTGAAGTT
GATTATTTCTTATATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATGATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTGACGTACCAGCAGGAACTGCCCTT
TGATGGTACTGCCATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGATTATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTATGACACAGCTTCAAGATCCGGTGC
CCCTAGCACCGGCAAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAAAGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTGTACGGAAGTCTCCAGCCAATGAA
ATTCAACATATATTACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGCAGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACCCAAATGATGAAACATGAACCGGG
CAATAGAATGGATGTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCAACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAAACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTG
GAGAAGTACCAGATAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTGGAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTACGTCGATTTAATCCCATGAAAGCA
ATTCTTCCTTCAGAATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCAGATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGAGAGAAGACAGGAGATGCTACGCA
AAGATTTTGTAACTGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGACGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTTCTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGC
GCTTTGCTAGGAGTGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCTTACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAACTTGGAGATATGGATTCATATTAA
GTTTTGTTTCTAGATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTGTGCTAAATGATGGAGTATTTGGAG
>TRINITY_DN37914_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:TGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGGTCTTCA
TTTCTATTTTTTTCATTTTTTTAGTGTTTTCCAAACCCCCGCTCGTGCTTTTTGGTCGAAATTGGAGGTTGGACATTATTCAGGTGAAATTTCTTTCATCTTTGCTGGAATTCGGAAAGTTTCGTGTTTTCCTTTCATAATAGCGGAAAAATTGTGAAGTTTCGTGTTTTCTGTTCATAATGTCTGAAAATCTTAAATTT
TCGAGTCATATTCGGATGTTTGTGGAAAATTTACGTGACTATTGCTTGAATTTAATTGGAAATTTCTGTAACAGGCCAAGACTTGATGAATATTTACAATTTGTAATTCTACGGCGATAAATTTAGGTAGAAGTGGGCGTAATCCGTCAAAATTAACGAGTGTGAATTGAAGGTCGTCATAGTTAGCTGGCGCAAGAGGA
GATCCATTGACATTAACTGAGGTTAACGTATAAAATATGTATAGTACGAGAGATTGAAGTTAAAGTTCTGAAATCTGTTGGGATCGGCGATGCTTTGACGAGCTTTCATCACTTATGGGGGGGTTTGAGGAAGCTTTTTACAACCCATTCCTCTTTGAAGGAGTTATCCGTGTAATTTTGTTCTGGCAAAAGTTAGAGGT
TCAAATCCATATGACTGGGGCGTCTGTGGAGTGTTTCCCTCTTAATCATAGGGTTTTGAGTGGAAATCTACATATTTAATTAGTGTAATGTCTCAACATCCGTCTAGCTTTTTTATTTTTATTTCACGAGCTTTAGTGTCCAGCAGAGAGATTAAAGTGGAAATTTTAAAAGTAACGTTTTGGAGAACATTTGGTTAGGT
GATGCTATCGAACGTAGAGATTCCATTGGGATAGCTGAAAGTTGGTTTTAGTATGGAATACAATTTGGCAGATCGTATATTGAATATTCTAGTGTAGACCAAAGGCAAGGTTCACGGAACTGTTGAATTTGAAAGGAATTATAGATAGTTCTGATCTCTGGTTCATGTTGAAGGGGTCATGTTTGTAGTCTTCCATCCTC
TGGTGGGAGTTGCGATAGTTTTCCATTCAGGCAATTTGAAGAGAAAACTGTTGCAGTACGCAGGCTTTTAGAGAAGAATCTTTAGTGCCATTAGTTGgtaaaaagatactccatttgcaagtttcaaagaaaaactgaatgcttctattttattctggtatactgaattgcggagaacattttcaaatacatctatttac
aaagttcctttatctaattatttattcttggtagtgttagacgcttttgtagtgtcaaccttatctgaattgggccattgctgtttgacacagGGTTTTATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAATTTG
ATGGCGCGATTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATTGAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCTT
TTGTGCACGTGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTCCCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTGG
ATGAGTGTCAAGTTGCAGCAGGTTTACAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTGCCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGTACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTCC
TCACCTATTTTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGACGCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTCGACAAATAACACAAAGGTTGCCATTGA
TCAGGAAGTGCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCAATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCATCTCAGGCAGATAATACTGAAGTTGATT
ATTTCTTATATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATGATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTGACGTACCAGCAGGAACTGCCCTTTGAT
GGTACTGCCATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGATTATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTATGACACAGCTTCAAGATCCGGTGCCCCT
AGCACCGGCAAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAAAGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTGTACGGAAGTCTCCAGCCAATGAAATTC
AACATATATTACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGCAGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACCCAAATGATGAAACATGAACCGGGCAAT
AGAATGGATGTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCAACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAAACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTGGAGA
AGTACCAGATAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTGGAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTACGTCGATTTAATCCCATGAAAGCAATTC
TTCCTTCAGAATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCAGATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGAGAGAAGACAGGAGATGCTACGCAAAGA
TTTTGTAACTGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGACGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTTCTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGCGCTT
TGCTAGGAGTGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCTTACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAACTTGGAGATATGGATTCATATTAAGTTT
TGTTTCTAGATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTGTGCTAAATGATGGAGTATTTGGAG
Intron 5 GTGAAATTTC ... TTTGACACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.62 | 45.8 | 33 | 27.7 |
| A2 | 27.56 | 29.3 | 11 | 15.7 |
| A3 | 29.34 | 32.3 | 13 | 14 |
| A4 | 37.21 | 37.7 | 22 | 19 |
| A5 | 36.58 | 21.3 | 12 | 12.7 |
| A6 | 24.93 | 16.8 | 5 | 8.7 |
| A7 | 19.96 | 36.3 | 8 | 21 |
| A8 | 15.97 | 6.2 | 1 | 4.3 |
| A9 | 25.36 | 32.2 | 10 | 17.3 |
| A10 | 37.96 | 19.5 | 11 | 13 |
>TRINITY_DN122206_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformGTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGGTCTTC
ATTTCTATTTTTTTCATTTTTTTAGTGTTTTCCAAACCCCCGCTCGTGCTTTTTGGTCGAAATTGGAGGTTGGACATTATTCAGGGTTTTATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAATTTGATGGCGCGA
TTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATTGAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCTTTTGTGCACG
TGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTCCCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTGGATGAGTGTC
AAGTTGCAGCAGGTTTACAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTGCCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGTACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTCCTCACCTATT
TTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGACGCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTCGACAAATAACACAAAGGTTGCCATTGATCAGGAAGT
GCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCAATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCATCTCAGGCAGATAATACTGAAGTTGATTATTTCTTAT
ATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATGATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTGACGTACCAGCAGGAACTGCCCTTTGATGGTACTGCC
ATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGATTATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTATGACACAGCTTCAAGATCCGGTGCCCCTAGCACCGGC
AAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAAAGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTGTACGGAAGTCTCCAGCCAATGAAATTCAACATATAT
TACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGCAGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACCCAAATGATGAAACATGAACCGGGCAATAGAATGGAT
GTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCAACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAAACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTGGAGAAGTACCAGA
TAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTGGAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTACGTCGATTTAATCCCATGAAAGCAATTCTTCCTTCAG
AATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCAGATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGAGAGAAGACAGGAGATGCTACGCAAAGATTTTGTAAC
TGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGACGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTTCTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGCGCTTTGCTAGGAG
TGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCTTACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAACTTGGAGATATGGATTCATATTAAGTTTTGTTTCTAG
ATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTGTGCTAAATGATGCAGT
>TRINITY_DN122206_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGGTCTTC
ATTTCTATTTTTTTCATTTTTTTAGTGTTTTCCAAACCCCCGCTCGTGCTTTTTGGTCGAAATTGGAGGTTGGACATTATTCAGgtgaaatttctttcatctttgctggaattcggaaagtttcgtgttttcctttcataatagcggaaaaattgtgaagtttcgtgttttctgttcataatgtctgaaaatcttaaatt
ttcgagtcatattcggatgtttgtggaaaatttacgtgactattgcttgaatttaattggaaatttctgtaacaggccaagacttgatgaatatttacaatttgtaattctacggcgataaatttaggtagaagtgggcgtaatccgtcaaaattaacgagtgtgaattgaaggtcgtcatagttagctggcgcaagagg
agatccattgacattaactgaggttaacgtataaaatatgtatagtacgagagattgaagttaaagttctgaaatctgttgggatcggcgatgctttgacgagctttcatcacttatgggggggtttgaggaagctttttacaacccattcctctttgaaggagttatccgtgtaattttgttctggcaaaagttagagg
ttcaaatccatatgactggggcgtctgtggagtgtttccctcttaatcatagggttttgagtggaaatctacatatttaattagtgtaatgtctcaacatccgtctagcttttttatttttatttcacgagctttagtgtccagcagagagattaaagtggaaattttaaaagtaacgttttggagaacatttggttagg
tgatgctatcgaacgtagagattccattgggatagctgaaagttggttttagtatggaatacaatttggcagatcgtatattgaatattctagtgtagaccaaaggcaaggttcacggaactgttgaatttgaaaggaattatagatagttctgatctctggttcatgttgaaggggtcatgtttgtagtcttccatcct
ctggtgggagttgcgatagttttccattcaggcaatttgaagagaaaactgttgcagtacgcaggcttttagagaagaatctttagtgccattagttggtaaaaagatactccatttgcaagtttcaaagaaaaactgaatgcttctattttattctggtatactgaattgcggagaacattttcaaatacatctattta
caaagttcctttatctaattatttattcttggtagtgttagacgcttttgtagtgtcaaccttatctgaattgggccattgctgtttgacacagGGTTTTATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAATTT
GATGGCGCGATTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATTGAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCT
TTTGTGCACGTGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTCCCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTG
GATGAGTGTCAAGTTGCAGCAGGTTTACAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTGCCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGTACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTC
CTCACCTATTTTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGACGCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTCGACAAATAACACAAAGGTTGCCATTG
ATCAGGAAGTGCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCAATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCATCTCAGGCAGATAATACTGAAGTTGAT
TATTTCTTATATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATGATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTGACGTACCAGCAGGAACTGCCCTTTGA
TGGTACTGCCATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGATTATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTATGACACAGCTTCAAGATCCGGTGCCCC
TAGCACCGGCAAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAAAGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTGTACGGAAGTCTCCAGCCAATGAAATT
CAACATATATTACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGCAGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACCCAAATGATGAAACATGAACCGGGCAA
TAGAATGGATGTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCAACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAAACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTGGAG
AAGTACCAGATAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTGGAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTACGTCGATTTAATCCCATGAAAGCAATT
CTTCCTTCAGAATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCAGATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGAGAGAAGACAGGAGATGCTACGCAAAG
ATTTTGTAACTGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGACGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTTCTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGCGCT
TTGCTAGGAGTGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCTTACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAACTTGGAGATATGGATTCATATTAAGTT
TTGTTTCTAGATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTGTGCTAAATGATGCAGT
Intron 6 GTGAAATTTC ... TCTGTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 54.02 | 20 | 33 | 14 |
| A2 | 44.19 | 12 | 11 | 8 |
| A3 | 44.44 | 15 | 13 | 11 |
| A4 | 54.84 | 14 | 22 | 12 |
| A5 | 53.33 | 7 | 12 | 4 |
| A6 | 37.5 | 5 | 5 | 1 |
| A7 | 64.71 | 3 | 8 | 3 |
| A8 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A9 | 36.84 | 12 | 10 | 4 |
| A10 | 60 | 4 | 11 | 1 |
>TRINITY_DN110215_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformAATTCGTAGAAGGTGTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATAC
ACATTCAGGTCTTCATTTCTATTTTTTTCATTTTTTTAGTGTTTTCCAAACCCCCGCTCGTGCTTTTTGGTCGAAATTGGAGGTTGGACATTATTCAGGCCAAGACTTGATGAATATTTACAATTTGTAATTCTACGGCGATAAATTTAGGTAGAAGTGGGCGTAATCCGTCAAAATTAACGAGTGTGAATTGAAGGTCG
TCATAGTTAGCTGGCGCAAGAGGAGATCCATTGACATTAACTGAGGTTAACGTATAAAATATGTATAGTACGAGAGATTGAAGTTAAAGTTCTGAAATCTGTTGGGATCGGCGATGCTTTGACGAGCTTTCATCACTTATGGGGGGGTTTGAGGAAGCTTTTTACAACCCATTCCTCTTTGAAGGAGTTATCCGTGTAAT
TTTGTTCTGGCAAAAGTTAGAGGTTCAAATCCATATGACTGGGGCGTCTGTGGAGTGTTTCCCTCTTAATCATAGGGTTTTGAGTGGAAATCTACATATTTAATTAGTGTAATGTCTCAACATCCGTCTAGC
>TRINITY_DN110215_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATTCGTAGAAGGTGTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATAC
ACATTCAGGTCTTCATTTCTATTTTTTTCATTTTTTTAGTGTTTTCCAAACCCCCGCTCGTGCTTTTTGGTCGAAATTGGAGGTTGGACATTATTCAGgtgaaatttctttcatctttgctggaattcggaaagtttcgtgttttcctttcataatagcggaaaaattgtgaagtttcgtgttttctgttcataatgtct
gaaaatcttaaattttcgagtcatattcggatgtttgtggaaaatttacgtgactattgcttgaatttaattggaaatttctgtaacagGCCAAGACTTGATGAATATTTACAATTTGTAATTCTACGGCGATAAATTTAGGTAGAAGTGGGCGTAATCCGTCAAAATTAACGAGTGTGAATTGAAGGTCGTCATAGTTA
GCTGGCGCAAGAGGAGATCCATTGACATTAACTGAGGTTAACGTATAAAATATGTATAGTACGAGAGATTGAAGTTAAAGTTCTGAAATCTGTTGGGATCGGCGATGCTTTGACGAGCTTTCATCACTTATGGGGGGGTTTGAGGAAGCTTTTTACAACCCATTCCTCTTTGAAGGAGTTATCCGTGTAATTTTGTTCTG
GCAAAAGTTAGAGGTTCAAATCCATATGACTGGGGCGTCTGTGGAGTGTTTCCCTCTTAATCATAGGGTTTTGAGTGGAAATCTACATATTTAATTAGTGTAATGTCTCAACATCCGTCTAGC
Intron 7 GTACCTTGTT ... GCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.93 | 60 | 13 | 29 |
| A2 | 25.37 | 50 | 12 | 22 |
| A3 | 24.14 | 55 | 11 | 24 |
| A4 | 25.53 | 70 | 19 | 29 |
| A5 | 16.22 | 31 | 1 | 11 |
| A6 | 26.92 | 19 | 3 | 11 |
| A7 | 18.92 | 60 | 6 | 22 |
| A8 | 18.18 | 36 | 6 | 10 |
| A9 | 24.75 | 38 | 6 | 19 |
| A10 | 23.18 | 58 | 9 | 26 |
>TRINITY_DN122206_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformTGAATATCTTGTACTTTTGCAGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCTTTTGTGCACGTGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTCCCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGT
ATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTGGATGAGTGTCAAGTTGCAGCAGGTTTACAGGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTGCCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGA
ACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGTACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTCCTCACCTATTTTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGACGCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGAT
CCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTCGACAAATAACACAAAGGTATGTAGCTTACTTCTTTTTGCTATA
>TRINITY_DN122206_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTGCAGCTACTGCTTTACTCTGGTGTGTTCAAGGAGAGGGTGAGGGTAGGGTTTGGTCCTGAAAGCCCTGTAATGCCTATGCGCAATTACGCAATTTCTGCCGGATTTTACCATGGCGGAGCCCAGATGCCTTCTCTGATTTTATTATTCGTTGATTTCCCCTGGTTTTAAAGGCGAATTTGATACACATTCAGGTCTTC
ATTTCTATTTTTTTCATTTTTTTAGTGTTTTCCAAACCCCCGCTCGTGCTTTTTGGTCGAAATTGGAGGTTGGACATTATTCAGGTGAAATTTCTTTCATCTTTGCTGGAATTCGGAAAGTTTCGTGTTTTCCTTTCATAATAGCGGAAAAATTGTGAAGTTTCGTGTTTTCTGTTCATAATGTCTGAAAATCTTAAATT
TTCGAGTCATATTCGGATGTTTGTGGAAAATTTACGTGACTATTGCTTGAATTTAATTGGAAATTTCTGTAACAGGCCAAGACTTGATGAATATTTACAATTTGTAATTCTACGGCGATAAATTTAGGTAGAAGTGGGCGTAATCCGTCAAAATTAACGAGTGTGAATTGAAGGTCGTCATAGTTAGCTGGCGCAAGAGG
AGATCCATTGACATTAACTGAGGTTAACGTATAAAATATGTATAGTACGAGAGATTGAAGTTAAAGTTCTGAAATCTGTTGGGATCGGCGATGCTTTGACGAGCTTTCATCACTTATGGGGGGGTTTGAGGAAGCTTTTTACAACCCATTCCTCTTTGAAGGAGTTATCCGTGTAATTTTGTTCTGGCAAAAGTTAGAGG
TTCAAATCCATATGACTGGGGCGTCTGTGGAGTGTTTCCCTCTTAATCATAGGGTTTTGAGTGGAAATCTACATATTTAATTAGTGTAATGTCTCAACATCCGTCTAGCTTTTTTATTTTTATTTCACGAGCTTTAGTGTCCAGCAGAGAGATTAAAGTGGAAATTTTAAAAGTAACGTTTTGGAGAACATTTGGTTAGG
TGATGCTATCGAACGTAGAGATTCCATTGGGATAGCTGAAAGTTGGTTTTAGTATGGAATACAATTTGGCAGATCGTATATTGAATATTCTAGTGTAGACCAAAGGCAAGGTTCACGGAACTGTTGAATTTGAAAGGAATTATAGATAGTTCTGATCTCTGGTTCATGTTGAAGGGGTCATGTTTGTAGTCTTCCATCCT
CTGGTGGGAGTTGCGATAGTTTTCCATTCAGGCAATTTGAAGAGAAAACTGTTGCAGTACGCAGGCTTTTAGAGAAGAATCTTTAGTGCCATTAGTTGGTAAAAAGATACTCCATTTGCAAGTTTCAAAGAAAAACTGAATGCTTCTATTTTATTCTGGTATACTGAATTGCGGAGAACATTTTCAAATACATCTATTTA
CAAAGTTCCTTTATCTAATTATTTATTCTTGGTAGTGTTAGACGCTTTTGTAGTGTCAACCTTATCTGAATTGGGCCATTGCTGTTTGACACAGGGTTTTATTAGAATTCGAGCAAAGGTTTTGTTCTTTGTAGAAAACTTCTCCAGAATTGATTTTCACGATAGAGCTCGAAGTGTAAATTGTAGATTTGTTTCAATTT
GATGGCGCGATTTTCGTTGCCTCCCGGCTTTGGTTTCCACCCCACAGATGAAGAACTTGTTGCTTATTACTTGAAGAGGAAAGTACATGGCCATAAAATTGAGCTTGACATTATTCCTGAGGTCGACCTTTACAAGTGCGAACCGTGGGATCTTCCTGACAAAATTTGCATTCCAAGTAAAGATCTACAGTGGCATTTCT
TTTGTGCACGTGATAGGAAGTATCCAAATGGCTCACGTACTAACAGGGCCACTGAGGCTGGTTACTGGAAAGCAACTGGTAAGGACCGTAAAGTTAACTCCCAGCGAGGCAAAATTGGAACAAAAAAGACACTGGTATTCTACAGGGGTCGTGCTCCATTTGGAGAAAGGACAGATTGGGTTATGCATGAGTATCGGTTG
GATGAGTGTCAAGTTGCAGCAGGTTTACAGgtaccttgtttgtctcttcttgtttgggatgttgatatttttcatttgtatcctgtaaacatgtgggaagtatatgatatcgttgagtctctctgcatcattaaaattgttgatagtatgagactgtctcttgaagagtttattcagttctaacttatttcatattgctt
taaaggtcattaagagctgtttcgatagtcagtattgatgtcaattgcttttgcagGATTCTTTTGTCTTATGCCGCGTTGTCAAGAAAAATGGATTAGAAACAAAAAGTGGTGACCAGCCTATTGCCCAAACTGAGAACAATGATTCATCTTGTGCAAAGAACAACACCTTTCCTGGCAATCTGGCTCTAACATCCTGT
ACAGAAAATCAGTCACAGGAAAGGTCCTCACCTATTTTGCAGGAAGATGAAAATAAAACAAAATTAAGTTTTTCAAAAACTGAAACGCCATCTGCGACTTTCAATGATATGACTGAAGACAGTGACGCCATTGAGAGATGGTTAGATGTGCTTCTGGATGATCCTGATCAAAATGGCAGTTTGACATCTCCACTTGAGTC
GACAAATAACACAAAGGTTGCCATTGATCAGGAAGTGCAGCAAATAATTTCATATCCACTACAACCTTTTGATTGGATTCCAGATGATGTAGAATTTACTATGTCTGGAAACCTGGATCATTGTCAATTGTCGAAGACTCTGGAAACATCTTTTGAGGAAGCAGAAATCATAGAGGAAATATTACATACTGCAGAGGCAT
CTCAGGCAGATAATACTGAAGTTGATTATTTCTTATATAGCAATATTGATGACATTGATGAAATTTGGAGACGAGAGGATCTTGGAGATGATATCTTACCCTCATTAGAGGAGTTGGAGTATCATGATACTTCTGTGGTGGAATTCGGCAACCACACTAATCCAGAGGTTACAGGAATTCAATTACGCCAAAGAAGGCTG
ACGTACCAGCAGGAACTGCCCTTTGATGGTACTGCCATGAAGAGGGTTCGATTGCAGAAGTATCCAATGCAAGGCTCTGCTGTTGAACATCAACAGGATGGATACATTGCTTACCCCAACAATGATTATAACTATGATCTACAAGAGCAATTGATCTTATTTGACAGTTTTAACGGGCAGAATCATAATTCAAAGATTAT
GACACAGCTTCAAGATCCGGTGCCCCTAGCACCGGCAAGGCAAACAAATACCATCAGAGAAGGTCATGTGCCGGATCATTTGAGAGGTCCATTCACAAATGAAAGTCTTGGATTGAATCTCCATAAAGCTCATTCAGTCAGAGGCTTGAGCAATTCATTTTCAGGGTACAACAGCCAACCTGGAACTAGTAGTATGGGTG
TACGGAAGTCTCCAGCCAATGAAATTCAACATATATTACATGGTTCAGAATTTGATTTCTCGCCAAATAGTGCTGATATTCCTGATAGAGTTACTGTTAATCATGTCATATCCTCAATGCCTCCGCAGCCTCTGACATATGGACTTTTCCTGAATAGCCAGTCTTCAGAGATAGTTGATATTCCTGCAGAGTCCCCTACC
CAAATGATGAAACATGAACCGGGCAATAGAATGGATGTATGGAAGTCTCAGAAACGGGAGTTGACACCGCCCACTGAGGATAAAATACGCATTTCTAAAATAAAATCAGAGGTCGGTCAGCACTCAACTGTAGCTGTTGTTCAGAATTGTGAGATTGCACCATCTGAATATGATTCAGAGACTCCAAATCAGTTTGGTAA
ACCAAGTAAAGGTTCATCGCCTGGAGAAGTACCAGATAGTCCAGGATCTTCATCTAGAGTGCTTCATCCAGAGAAAATGCTATCAGCTCCGAGCTCATCAGAACCGATATCAGTCGGAGGCGGCTGGAAAACTTCAGGACGAATCTTAAAATTATGCAGATCTATTCCTTCACAGGCAGCTTCAGTGATGGGATATCTAC
GTCGATTTAATCCCATGAAAGCAATTCTTCCTTCAGAATTTGCATGTAGAAAAACACATGTTGCGGCTGATAGTGTTGGTAATATGCGAACCTGCAAGTGCACTGAAGGAAATATGGAGCACGCCAGATCCGATATTTTCTTTTCTCGGTTGACCCACAGAGTGAAGTCTAGAGTAAAAAGTGTTATGCCTGATAGTGGA
GAGAAGACAGGAGATGCTACGCAAAGATTTTGTAACTGTTGTGCTGATCAAGGTAACGGTAGCGCTCTCCATGGTTTAGAGCAGCCATCGGGTGTCCTCAATGGCTTCTCTGAGTTTTTGAGCAGACGTGCACCAACAAGCTCTACTAGTGTTATTGTATCTGTATGCCTTCTAGGCACAACGATTTTACTCTTCCTTTT
CTTGCTGTTTCGGGGTATCTGGCGCTTTGCTAGGAGTGTATCAGCAATCATTTTCTAGGGAGAGACAGGGTGTCATGCAACTTGTAATCATCGACTGAACTGTAATCCTGTATTTATTAGGCGTCTTACATATGCTCTTTAGTGTTGGAGTTTGAAATTTGGAAGTAGGCTTCTTTTCAGTGCTCGTAGGCAGAAAAAAC
TTGGAGATATGGATTCATATTAAGTTTTGTTTCTAGATAGCTAGGAATCAGTATTTCTTAATTTAAATTATAAAAATGACTTGTGAACAGTTGGAAGTGTGCTTGCGTGGTTAGGAATATGCTGTGTGCTAAATGATGCAGT